Name: paramagnetic relaxation enhancement for detecting and characterizing self-associations of intrinsically disordered proteins
Uploaded: 2021-09-23T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Paramagnetic Relaxation Enhancement for Detecting and Characterizing Self-Associations of Intrinsically Disordered Proteins at JoVE.com

हम सहायक चर्चाओं और तकनीकी सहायता के लिए डॉ जिनफा यिंग और क्रिस्टिन कैनो को धन्यवाद देते हैं। डीएसएल एक सेंट बाल्ड्रिक स्कॉलर है और सेंट बाल्ड्रिक फाउंडेशन (634706) के समर्थन को स्वीकार करता है। इस काम को वेल्च फाउंडेशन (एक्यू -2001-20190330) द्वारा डीएसएल, मैक्स और मिनी टोमेरलिन वोएलकर फंड (वोल्कर फाउंडेशन यंग इन्वेस्टिगेटर ग्रांट टू डीएसएल), यूटीएचएसए स्टार्ट-अप फंड टू डीएसएल और सीएनजे को बच्चों के स्वास्थ्य में ग्रीहे ग्रेजुएट फैलोशिप द्वारा समर्थित किया गया था। यह काम स्ट्रक्चरल बायोलॉजी कोर फैसिलिटीज में किए गए शोध पर आधारित है, जो सैन एंटोनियो में टेक्सास स्वास्थ्य विज्ञान केंद्र विश्वविद्यालय में संस्थागत अनुसंधान कोर का हिस्सा है, जो अनुसंधान के लिए उपाध्यक्ष के कार्यालय और मेस कैंसर सेंटर ड्रग डिस्कवरी एंड स्ट्रक्चरल बायोलॉजी शेयर्ड रिसोर्स (एनआईएच पी 30 CA054174) द्वारा समर्थित है।

प्रोटोकॉल के लिए सामान्य आवश्यकताएं: प्रोटीन शोधन सुविधाएं, यूवी-विस स्पेक्ट्रोमीटर, उच्च क्षेत्र एनएमआर स्पेक्ट्रोमीटर और ऑपरेटिंग सॉफ्टवेयर, पोस्ट-प्रोसेसिंग विश्लेषण सॉफ्टवेयर सहित; NMRPip32<...

प्री का उपयोग करके आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन और विभिन्न बाध्यकारी भागीदारों के बीच कम आबादी पर मौजूद क्षणिक इंटरैक्शन को चिह्नित करने के लिए एक विधि प्रस्तुत की गई है। दिखाए गए उदाहरण में, प्रो...

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.45 &#181;m and 0.22 &#181;m syringe filters</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>SLHVM33RS 
			SLGVR33RS</td>
			<td>Filter lysate before first purification step and before size exclusion chromatography.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 mm Petri Dish</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>FB0875713</td>
			<td>Agar plates for bacterial transformation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>14N Ammonium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>576794</td>
			<td>Use of 15N in M9 medium will produce an NMR visible protein, 14N will produces an NMR invisible protein</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15N Ammonium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>299251</td>
			<td>Use of 15N in M9 medium will produce an NMR visible protein, 14N will produces an NMR invisible protein</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3 L Fernbach baffled flask</td>
			<td>Corning</td>
			<td>431523</td>
			<td>Bacterial expression culture</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3-Maleimido-Proxyl</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>253375</td>
			<td>Nitroxide spin label</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL conical centrifuge tubes</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>14-432-22</td>
			<td>Solution/protein storage</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon centrifugal filter</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC900308</td>
			<td>Protein concentration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillan</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A5354</td>
			<td>Antibiotic for a selective marker, exact choice depends on the expression construct plasmid</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Oahus</td>
			<td>30061978</td>
			<td>Explorer Pro, for weighing reagents</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ascorbic acid</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>AX1775</td>
			<td>Reduces nitroxide spin label</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclave</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Sterilize glassware and culture media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C4901</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge bottles</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>010-1459</td>
			<td>Harvest E. coli cells after recombinant protein expression</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge, hand-crank</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>0241C68</td>
			<td>Boekel hand-driven, low-speed centrifuge with 15 mL buckets that can accommodate NMR tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chelex 100</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C7901</td>
			<td>Remove contaminating paramagnetic compounds from buffer solutions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Computer workstation</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Linux or Mac OS compatable with NMR data processing and analysis software packages such as NMRPipe and Sparky</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deuterium oxide</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>151882</td>
			<td>Needed for NMR lock signal</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dextrose</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D9434</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dibasic Sodium Phosphate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5136</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ellman&#39;s reagent (5,5-dithio-bis-(2-nitrobenzoic acid)</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>22582</td>
			<td>Quantification of free cystiene residues</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High speed centrifuge tubes</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>3114-0050</td>
			<td>Used to clear bacterial lysate.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-field NMR instrument (600 - 800 MHz)</td>
			<td>Bruker</td>
			<td></td>
			<td>Equiped with a multichannel cryogenic probe and temperature control</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IMAC column, HisTrap FF</td>
			<td>Cytvia</td>
			<td>17528601</td>
			<td>Initial fractionation of crude bacterial lysate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropyl B-D-thiogalactoside (IPTG)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>I6758</td>
			<td>Induces protein expression for genes under control of lac operator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB agar</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>22700025</td>
			<td>Items are used for transforming E. coli to express protein of interest, substitions for any of these items with like products is acceptable.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB broth</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>12780052</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low-pressure chromatography system</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>7318300</td>
			<td>BioRad BioLogic is used for low-pressure chomatograph such as running IMAC columns</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M7506</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium pressure chromatography system</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>7880007</td>
			<td>BioRad NGC equipped with a multi-wavelength detector, pH and conductivity monitors, and automatic fraction collector</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MEM vitamin solution</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>M6895</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microfluidizer</td>
			<td>Avestin</td>
			<td>EmulsiFlex-C3</td>
			<td>Provides rapid and efficient bacterial cell lysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipettes</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td></td>
			<td>Calibrated set of micropippetters with properly fitting disposable tips (available from multiple manufacturers e.g. Eppendorf)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Monobasic potassium phosphate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>1551139</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NMR pipettes</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>255688</td>
			<td>To remove sample from NMR tube</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NMR sample tube</td>
			<td>NewEra</td>
			<td>NE-SL5</td>
			<td>Suitable for high-field NMR spectrometers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Preparative Centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Avanti J-HC</td>
			<td>Harvest E. coli cells after recombinant protein expression</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Round bottom polystyrene centrifuge tubes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352057</td>
			<td>Clear bacterial lysate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaking incubator</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>S44I200005</td>
			<td>Temperature controlled growth of E. coli starter and expression cultures</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S5886</td>
			<td>M9 media component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicating water bath and vacuum source</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Used to degas buffer solutions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>FB505110</td>
			<td>Used for bacterial cell lysis or shearing bacterial DNA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectrophotometer</td>
			<td>Implen</td>
			<td>OD600 Diluphotometer</td>
			<td>Monitor growth of E.coli protein expression cultures</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superdex 200 16/600 size exculsion colum</td>
			<td>Cytvia</td>
			<td>28989333</td>
			<td>Final protein purification step</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Topspin software, version 3.2 or later</td>
			<td>Bruker</td>
			<td></td>
			<td>Operating software for the NMR instrument</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Transformation competent E. coli cells</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>C600003</td>
			<td>One Shot BL21 Star (DE3) chemically competent E. coli, other strains may be compatable</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP)</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>20490</td>
			<td>Reducing agent compatable with some sulfhydryl-reactive conjugations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-Vis spectrophotometer</td>
			<td>Implen</td>
			<td>NP80</td>
			<td>Measure protein concentration.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath, temperature controlled</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>FSGPD25</td>
			<td>For heat shock step of bacterial transformation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>Y1625</td>
			<td>For supplementing M9 media if required</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

paramagnetic relaxation enhancement for detecting and characterizing self-associations of intrinsically disordered proteins

प्रोटीन के भीतर आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन और आंतरिक रूप से अव्यवस्थित क्षेत्र मानव प्रोटिओम का एक बड़ा और कार्यात्मक रूप से महत्वपूर्ण हिस्सा बनाते हैं। इन अनुक्रमों की अत्यधिक लचीली प्रकृति उन्हें विभिन्न बायोमोलेक्यूलर भागीदारों के साथ कमजोर, लंबी दूरी और क्षणिक बातचीत बनाने की अनुमति देती है। विशिष्ट लेकिन कम-आत्मीयता इंटरैक्शन नकली बंधन को बढ़ावा देते हैं और एक आंतरिक रूप से अव्यवस्थित खंड को लक्षित साइटों की भीड़ के साथ बातचीत करने में सक्षम बनाते हैं। इन इंटरैक्शन की क्षणिक प्रकृति के कारण, उन्हें संरचनात्मक जीव विज्ञान विधियों द्वारा चिह्नित करना मुश्किल हो सकता है जो एक एकल, प्रमुख रचना बनाने के लिए प्रोटीन पर निर्भर करते हैं। पैरामैग्नेटिक विश्राम वृद्धि एनएमआर कमजोर और क्षणिक इंटरैक्शन के संरचनात्मक आधार को पहचानने और परिभाषित करने के लिए एक उपयोगी उपकरण है। आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन और उनके प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, या अन्य बायोमोलेक्यूलर भागीदारों के बीच बनने वाले कम आबादी वाले मुठभेड़ परिसरों को चिह्नित करने के लिए पैरामैग्नेटिक विश्राम वृद्धि का उपयोग करने के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल का वर्णन किया गया है।

इंट्रामोलेक्यूलर 1 एचएन -Γ2 पीआरई को आरएनए-बाइंडिंग प्रोटीन ईडब्ल्यूएसआर 142 (चित्रा 3) के कम-जटिलता डोमेन से प्राप्त एक स्व-संबद्ध, आंतरिक रूप से अव्यवस्थित टुकड़े (अवश...

Watch this Scientific Journal Video about Paramagnetic Relaxation Enhancement for Detecting and Characterizing Self-Associations of Intrinsically Disordered Proteins at JoVE.com

Paramagnetic Relaxation Enhancement for Detecting and Characterizing Self-Associations of Intrinsically Disordered Proteins

आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन में कमजोर और क्षणिक अंतर-और इंट्रा-आणविक इंटरैक्शन का पता लगाने के लिए पैरामैग्नेटिक विश्राम वृद्धि एनएमआर स्पेक्ट्रोस्कोपी के आवेदन के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया गया है।

आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन के आत्म-संघों का पता लगाने और विशेषता बताने के लिए पैरामैग्नेटिक विश्राम वृद्धि

Intrinsically disordered proteins and intrinsically disordered regions within proteins make up a large and functionally significant part of the human ...

पैरामैग्नेटिक विश्राम वृद्धि तकनीक का उपयोग इंटरमॉलिक्युलर दूरी को चिह्नित करने और मापने और क्षणिक और / या कम आबादी वाले बायोमोलेक्यूलर इंटरैक्शन को मापने के लिए किया जा सकता है। यहां, हमने इस तकनीक को प्रोटीन संघनन से पहले होने वाली बातचीत को पकड़ने के लिए लागू किया है। पीआरई की संवेदनशीलता परमाणु संकल्प पहचान, पता लगाने और गतिशील स्थिति का परिमाणीकरण करने में सक्षम बनाती है जो अन्य एनएमआर तकनीकों के लिए अदृश्य और दुर्गम रहती है।इस प्रोटोकॉल के प्रमुख चरणों में असंगत नाइट्रोक्साइड स्पिन लेबल को हटाना और शिखर ऊंचाई को सटीक रूप से मापने के लिए स्पेक्ट्रा का सावधानीपूर्वक विश्लेषण करना शामिल है। इसके अतिरिक्त, एनएमआर प्रयोग सेटअप और पल्स अंशांकन के दौरान सावधानी बरतनी चाहिए। शुरू करने के लिए, 15 एन आइसोटोपिक रूप से लेबल किए गए प्रोटीन के 20 गुना मोलर अतिरिक्त पर स्टॉक समाधान से 3-मैलिमिडो-प्रॉक्सिल जोड़ें।कमरे के तापमान या चार डिग्री सेल्सियस पर रात भर इनक्यूबेट करें जो प्रकाश और ऑक्सीजन से सुरक्षित हो और कोमल रॉकिंग या न्यूट्रेशन के साथ हो। अगले दिन, प्रोटीन नमूने के व्यापक डायलिसिस या जेल निस्पंदन का उपयोग करके गैर-विशिष्ट विलायक प्री को रोकने के लिए गैर-प्रतिक्रियाशील मुक्त स्पिन लेबल को हटा दें। फिर समाधान में मुक्त सल्फहाइड्रील समूहों को निर्धारित करने के लिए एलमैन के अभिकर्मक का उपयोग करें।माइक्रोप्लेट रीडर का उपयोग करके अवशोषण को मापें और मानक वक्र का निर्माण करें। इंट्रामोलेक्यूलर प्री को मापने के लिए, एनएमआर के लिए उपयुक्त बफर में कम से कम 100 माइक्रोमोलर की एकाग्रता के लिए 15 एन आइसोटोपिक रूप से समृद्ध स्पिन लेबल प्रोटीन तैयार करें, लेकिन 300 माइक्रोमोलर से अधिक नहीं। फिर एक लंबे स्टेम ग्लास पिपेट या माइक्रोपिपेट का उपयोग करके, एनएमआर नमूने को उच्च क्षेत्र मैग्नेट में उपयोग के लिए उपयुक्त पांच मिलीमीटर एनएमआर ट्यूब में स्थानांतरित करें।नमूने को चुंबक में रखें। लॉक कमांड का उपयोग करके ड्यूटेरियम सिग्नल पर लॉक करें और सुविधा प्रोटोकॉल के अनुसार प्रोटॉन चैनल को ट्यून और मिलान करें। फिर विलायक सिग्नल दमन को अनुकूलित करने के लिए शीर्ष शिम सबरूटीन का उपयोग करके शिम्स को समायोजित करें।इसके बाद, पी-ओपीटी प्रोग्राम का उपयोग करके प्रोटॉन पल्स को कैलिब्रेट करें। फिर एक मानक नमूने के खिलाफ 15 एन पल्स को कैलिब्रेट करें। आकार उपकरण उप-दिनचर्या का उपयोग करके आकार की दालों के लिए सही क्षीणन निर्धारित करें।फिर फ़ोल्डर आइकन पर क्लिक करके उपयुक्त पल्स आकार फ़ाइल खोलें। आकार की दालें अधिग्रहण मापदंडों के पल्स पैरामीटर अनुभाग में पाई जाती हैं। पल्स परिभाषा फ़ाइल लोड करने के बाद, वेवफ़ॉर्म का विश्लेषण करें पर क्लिक करें, उसके बाद एकीकृत आकार.कैलिब्रेटेड प्रोटॉन 90 डिग्री हार्ड पल्स, वांछित आकार पल्स लंबाई और रोटेशन इनपुट करें। फिर कैलिब्रेटेड 90 डिग्री पल्स के लिए क्षीणन में शक्ति स्तर के परिवर्तन को जोड़कर आकार की पल्स के शक्ति स्तर की गणना करें। स्वीप चौड़ाई, वाहक आवृत्ति को अनुकूलित करने और पानी के दमन की जांच करने के लिए एक मानक प्रोटॉन 15 एन एचएसक्यूसी रिकॉर्ड करें।अंत में, स्वीप चौड़ाई और अप्रत्यक्ष आयाम वृद्धि की संख्या को एसडब्ल्यू और टीडी कमांड का उपयोग करके या सीधे उपयुक्त संवाद बॉक्स में समायोजित करें। आकार की दालों को कैलिब्रेट करें जैसा कि पहले दिखाया गया था। फिर अधिग्रहण पैरामीटर टैब पर पल्स पैरामीटर अनुभाग में कैलिब्रेटेड पल्स लंबाई दर्ज करें।दो समय विलंब बिंदु दृष्टिकोण का उपयोग करके एमाइड प्रोटॉन टी 2 को मापने के लिए, वीडी सूची फ़ाइल को संपादित करके समय देरी सेट करें। पहली देरी 0.01 मिलीसेकंड पर सेट है। अपेक्षित अधिकतम पूर्व के संबंध का उपयोग करते हुए, दूसरी देरी चुनें।फिर पहले और दूसरे देरी स्पेक्ट्रा की पहली वृद्धि की तुलना करके और दूसरी देरी को समायोजित करके एक उपयुक्त मूल्य निर्धारित करें ताकि सिग्नल अपने प्रारंभिक मूल्य के 40 से 50% के बीच क्षय हो जाए। रिकॉर्ड करने के लिए जटिल बिंदुओं की संख्या और पर्याप्त सिग्नल औसत के लिए स्कैन की संख्या निर्धारित करें। फिर प्रयोग समय की गणना करने के लिए कमांड एक्सपीटी का उपयोग करें और कमांड जेडजी के साथ प्रयोग शुरू करें। एनएमआर बफर में सोडियम एस्कॉर्बेट को भंग करने के बाद, मूल एनएमआर बफर से मेल खाने के लिए पीएच को समायोजित करें।फिर ट्यूब के रिम के नीचे एक बूंद रखकर स्पिन लेबल की एकाग्रता पर 10 गुना मोलर अतिरिक्त पर एनएमआर ट्यूब में एस्कॉर्बिक एसिड जोड़ें। ट्यूब को कैप करें और मिश्रण करने के लिए सावधानी पूर्वक इनवर्ट करें। ट्यूब के निचले हिस्से में नमूने को व्यवस्थित करने के लिए एक हाथ से सेंट्रीफ्यूज में 10 से 20 सेकंड के लिए 200 से 400 ग्राम पर स्पिन करें।पन्नी में ट्यूब लपेटने के बाद, प्रतिक्रिया को कम से कम तीन घंटे तक आगे बढ़ने दें। फिर पैरामैग्नेटिक नमूने के लिए उपयोग किए जाने वाले समान मापदंडों का उपयोग करके डायमैग्नेटिक नमूने पर एमाइड प्रोटॉन टी 2 रिकॉर्ड करें। इंट्रामोलेक्यूलर एमाइड प्रोटॉन गामा पीआरई को आरएनए बाइंडिंग प्रोटीन ईडब्ल्यूएसआर 1 के कम जटिलता डोमेन से प्राप्त आंतरिक रूप से अव्यवस्थित टुकड़े पर दर्ज किया गया था।स्पिन लेबल अटैचमेंट पॉइंट के निकट अनुक्रमिक निकटता में अवशेषों को काफी व्यापक होने की उम्मीद है और स्पेक्ट्रम में पता लगाने योग्य नहीं हैं। अनुलग्नक बिंदु से क्रमिक रूप से स्थान प्राप्त करने वाले अवशेष ों ने अभी तक बढ़े हुए गामा को स्थानिक रूप से स्पिन लेबल के करीब दिखाया था। आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन के मामले में, प्यूरी को रिकॉर्ड करने और विश्लेषण करने से इंट्रामोलेक्यूलर संपर्कों और क्षणिक इंटरैक्शन सतहों के बारे में जानकारी मिलेगी।अन्य बायोफिज़िकल विधियों जैसे गतिशील प्रकाश प्रकीर्णन, आकार बहिष्करण क्रोमैटोग्राफी, विश्लेषणात्मक अल्ट्रासेंट्रीफ्यूजेशन और कम्प्यूटेशनल विधियों के साथ प्री माप का संयोजन गहरी अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकता है। पूर्व माप क्षणिक कम आबादी वाली स्थिति को चिह्नित करने में सहायता करता है। इस दृष्टिकोण को असंख्य जैविक प्रक्रियाओं जैसे आणविक मान्यता, एलोस्टेरिक विरूपण चयन, और चरण पृथक्करण के माध्यम से झिल्ली रहित जीवों को इकट्ठा करने सहित असेंबली प्रक्रियाओं के लिए महत्वपूर्ण बातचीत को चिह्नित करने के लिए विस्तारित किया जा सकता है।

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy for the Identification of Multiple Phosphorylations of Intrinsically Disordered Proteins

आंतरिक रूप से बेक़ायदा प्रोटीन के एकाधिक Phosphorylations की पहचान के लिए परमाणु चुंबकीय अनुनाद स्पेक्ट्रोस्कोपी

Aggregates of the neuronal Tau protein are found inside neurons of Alzheimer's disease patients. Development of the disease is accompanied by increased, ...

Use of Electron Paramagnetic Resonance in Biological Samples at Ambient Temperature and 77 K

परिवेशी तापमान और ७७ K पर जैविक नमूनों में इलेक्ट्रॉन Paramagnetic अनुनाद का उपयोग

The accurate and specific detection of reactive oxygen species (ROS) in different cellular and tissue compartments is essential to the study of ...

Fluorescent Silver Staining of Proteins in Polyacrylamide Gels

Polyacrylamide जैल में फ्लोरोसेंट चांदी के प्रोटीन के धुंधला

Silver staining is a colorimetric technique widely used to visualize protein bands in polyacrylamide gels following sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide ...

Expression, Purification, Crystallization, and Enzyme Assays of Fumarylacetoacetate Hydrolase Domain-Containing Proteins

अभिव्यक्ति, शुद्धि, क्रिस्टलीकरण, और फ्जाइम परख के Fumarylacetoaceate hydrolase डोमेन युक्त प्रोटीन

Fumarylacetoacetate hydrolase (FAH) domain-containing proteins (FAHD) are identified members of the FAH superfamily in eukaryotes. Enzymes of this ...

Characterizing Individual Protein Aggregates by Infrared Nanospectroscopy and Atomic Force Microscopy

इन्फ्रारेड नैनोस्पेक्ट्रोस्कोपी और परमाणु बल माइक्रोस्कोपी द्वारा व्यक्तिगत प्रोटीन सकल की विशेषता

The phenomenon of protein misfolding and aggregation results in the formation of highly heterogeneous protein aggregates, which are associated with ...

Fully Processed Recombinant KRAS4b: Isolating and Characterizing the Farnesylated and Methylated Protein

पूरी तरह से संसाधित पुनः संयोजन KRAS4b: फरनेसेटेड और मेथाइलेटेड प्रोटीन को अलग और विशेषता

Protein prenylation is a key modification that is responsible for targeting proteins to intracellular membranes. KRAS4b, which is mutated in 22% of human ...

Characterizing Cellular Proteins with In-cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

प्रोटीन के इन-सेल फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण के साथ सेलुलर प्रोटीन की विशेषता

Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting method used to characterize protein structure and interactions. ...

Transverse Sectioning of Mature Rice (Oryza sativa L.) Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

Transverse Sectioning of Mature Rice Oryza sativa L. Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

परिपक्व चावल के अनुप्रस्थ विभाजन(Oryza sativa एल.) स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी इमेजिंग के लिए कर्नेल्स स्थिरीकरण समर्थन के रूप में पिपेट युक्तियाँ का उपयोग कर

Starch granules (SGs) exhibit different morphologies depending on the plant species, especially in the endosperm of the Poaceae family. Endosperm ...

15N CPMG Relaxation Dispersion for the Investigation of Protein Conformational Dynamics on the &#181;s-ms Timescale

15N CPMG Relaxation Dispersion for the Investigation of Protein Conformational Dynamics on the Ãƒâ€šÃ‚Âµs-ms Timescale

15 एन CPMG μs-एमएस Timescale पर प्रोटीन अनुरूप गतिशीलता की जांच के लिए छूट फैलाव

Protein conformational dynamics play fundamental roles in regulation of enzymatic catalysis, ligand binding, allostery, and signaling, which are important ...

Practical Aspects of Sample Preparation and Setup of 1H R1&#961; Relaxation Dispersion Experiments of RNA

Practical Aspects of Sample Preparation and Setup of 1H R1ÃƒÂÃ‚Â Relaxation Dispersion Experiments of RNA

नमूना तैयारी के व्यावहारिक पहलू और आरएनए के 1एच आर 1 ο विश्राम प्रसार प्रयोगों के सेटअप

RNA is a highly flexible biomolecule, wherein changes in structures play crucial roles in the functions that RNA molecules execute as cellular messengers ...