Name: uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis
Uploaded: 2022-04-22T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Vi takker NCFPB Integrated Core Facility for Functional Genomics (Taipei, Taiwan) og NRPB Pharmacogenomics Lab (Taipei, Taiwan) for deres tekniske support. Dette arbejde blev støttet af Ministeriet for Videnskab og Teknologi, Taiwan, R.O.C. [tilskudsnummer MOST109-2314-B-002 -186 til K.-Y.S., MOST 107-2320-B-002-016-MY3 til S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-043 til W.-h.F.]. H.-L.C. er modtager af et ph.d.-stipendium fra National Taiwan University. Finansiering af open access-afgift: Ministeriet for Videnskab og Teknologi, R.O.C.

1. Forberedelse af substrat/skabelon
<ol><li>Design uracil substrat/skabelon duplex med et afbalanceret G + C indhold på ~ 50 ± 10% og minimum smeltetemperatur på 50 ° C for duplex regionen. BEMÆRK: En nukleotidforskel mellem 18 nt substrater og 19 nt skabeloner (tabel 1 og figur 1) hjælper med bedre MS signalfortolkning og passende udglødning. Skabelonstrengen fungerer som komplementært DNA til at generere A-U- eller G-U-mismatch (tabel...

Dette papir indeholder en detaljeret procedure for anvendelse af en UDG MALDI-TOF MS-analysemetode til direkte påvisning af AP-holdige DNA-produkter. De vigtigste fordele ved denne metode er, at uracilholdige substrater er etiketfrie, skalerbare, nemme at arbejde med og giver større fleksibilitet i substratdesign.
Den UDG-leverandøranbefalede phenol/chloroformekstraktion muliggør inaktivering af enzymet for at forhindre nedbrydning af produkt-DNA. Phenolekstraktionsprotokollen involverer i...

Selvom uracil er en normal base i RNA, er det en almindelig og meget mutagent læsion i genomisk DNA. Uracil kan opstå ved spontan/enzymatisk hydrolytisk deaminering af en deoxycytidin. I hver levende celle forekommer denne deaminering 100-500 gange om dagen under fysiologiske forhold1,2. Hvis disse ændringer ikke repareres, kan der være en ændring i DNA-sekvenssammensætningen, hvilket forårsager mutation. Da uracil i DNA foretrækker at parre sig med dATP under replikation, hvis cytosin deaminerer til uracil, vil der i to replikationshændelser være en ny G: C til A: T overgangsmutation i halvdelen af afkom DNA3.
Blandt de cellulære strategier til opretholdelse af genetisk stabilitet er base excision repair (BER) en væsentlig mekanisme, der reparerer beskadigede baser, såsom uracil, i DNA4. BER er en meget evolutionært bevaret proces. Der er to generelle BER-veje: den korte patchvej, der fører til en reparationskanal af et enkelt nukleotid, og den lange patchvej, der producerer en reparationskanal på mindst to nukleotider5. BER er en koordineret mekanisme, der forekommer i flere trin. Det første trin i BER er den enzymatiske hydrolyse af den beskadigede nukleotidbase ved hjælp af en skadesspecifik DNA-glycosylase for at generere et apurinisk/apyrimidinisk (AP) mellemliggende sted6. Dette efterfølges af spaltningen af sukkerfosfatrygraden på AP-stedet af en endonuklease, oprydning af DNA-enderne med en lyase, gap-fyldning af en DNA-polymerase og forsegling af det endelige nick med en ligase5.
Uracil-DNA-glycosylase (UDG) hydrolyserer uracil fra uracilholdigt DNA til BER i Escherichia coli. Konventionelle UDG-assays ved hjælp af radioaktivt mærket DNA, der involverer forskellige separationsteknikker6,7,8,9,10,11,12,13, er normalt tidskrævende, arbejdskrævende, med dyre mærkningsreagenser, komplicerede procedurer og kræver intensiv træning og praksis for at reducere risikoen for eksponering for radioaktive materialer. Fluorometriske oligonukleotidassays er udviklet som erstatning for radioisotopmærkning14, ud over molekylære fyrtårne og Förster resonansenergioverførselsteknologi15,16,17,18,19,20. Der kræves dog specifik mærkning for alle ovennævnte metoder. For nylig er der udviklet etiketfrie biosensorer assays21,22,23 og kolorimetriske metoder baseret på dannelsen af en G-quadruplex24,25,26. Imidlertid komplicerer flere A: U-par eller specielt designede sekvenser i sonderne enzymenhedsdefinitionen.
MALDI-TOF MS er en teknologi, der kan være til stor nytte i DNA-analyse. Udviklede anvendelser omfatter enkeltnukleotidpolymorfisme genotyping27,28, modificeret nukleotidanalyse29 og DNA-reparation mellemidentifikation30,31,32,33,34. MALDI-TOF MS bør let anvendes til DNA-glycosylaseanalyse til påvisning af AP-site-holdige DNA-produkter. AP-steder i DNA er imidlertid tilbøjelige til at bryde streng under mange eksperimentelle forhold33. Et UDG-assay præsenteres her ved hjælp af MALDI-TOF MS til direkte måling af AP-produktionsstedet uden betydelig strengbrudsstøj. Denne etiketfri metode er let at arbejde med og har et stort potentiale for farmaceutisk anvendelse af DNA-glycosylasehæmmerscreening.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol (Tris base)</td>
			<td>J.T baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved deionized water</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>J.T Baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td>AQUAGLOVE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2,3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ice bucket</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(0.5-10 &#181;L)</td>
			<td>extra gene</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(1,250 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(200 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 4, 5 
			Mass spectrometry control programs include Typer Chip Linker, SpectroACQUIRE, and Start RT Process.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY Nanodispenser</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td>RS1000</td>
			<td>Protocol 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Kubota</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Clubio</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube (1.5 mL)</td>
			<td>National scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube rack</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P1000)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P10)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P100)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P200)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (SL2)</td>
			<td>Rainin</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Singapore)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quest Graph IC50 Calculator (v.1)</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Fig. 4 
			https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator-v1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide (NaOH)</td>
			<td>WAKO</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td>Protocol 3, 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td>Protocol 6 
			Typer 4.0 consists four programs including Assay Designer, Assay Editor, Plate Editor, and Typer Analyzer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UDG Reaction Buffer (10x)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B0280S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil Glycosylase Inhibitor</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0281S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil-DNA Glycosylase</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0280L</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-VISBLE spectrophotometer UV-1601</td>
			<td>SHIMADZU</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>ZETA ZC-4000 (Taiwan.Inc)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis

Uracil-DNA-glycosylase (UDG) er en nøglekomponent i baseudskæringsreparationsvejen til korrektion af uracil dannet ved hydrolytisk deaminering af cytosin. Det er således afgørende for vedligeholdelse af genomintegritet. En meget specifik, ikke-mærket, ikke-radio-isotopisk metode blev udviklet til at måle UDG-aktivitet. En syntetisk DNA-duplex indeholdende en stedsspecifik uracil blev spaltet af UDG og derefter underkastet Matrix-assisteret laserdesorption/ioniseringstid-of-flight massespektrometri (MALDI-TOF MS) analyse. En protokol blev etableret for at bevare det apuriniske / apyrimidiniske sted (AP) produkt i DNA uden strengbrud. Ændringen i m/z-værdien fra substratet til produktet blev anvendt til at evaluere uracilhydrolyse ved UDG. Et G: U-substrat blev anvendt til UDG-kinetisk analyse, der gav Km = 50 nM, Vmax = 0,98 nM / s og Kcat = 9,31 s-1. Anvendelse af denne metode på en uracil glycosylasehæmmer (UGI) assay gav en IC50-værdi på 7,6 pM. UDG-specificiteten ved anvendelse af uracil på forskellige positioner inden for enkeltstrengede og dobbeltstrengede DNA-substrater viste forskellige spaltningseffektiviteter. Således kan denne enkle, hurtige og alsidige MALDI-TOF MS-metode være en glimrende referencemetode til forskellige monofunktionelle DNA-glycosylaser. Det har også potentialet som et redskab til SCREENING AF DNA-glycosylasehæmmere.

Skabeloner og underlag Ved at tage syntetiske oligonukleotider med U i midten (U + 9) parret med en G-skabelon som et eksempel (figur 1A) kan en tom kontrol af ækvivalarmængder af skabelon og uracilholdigt substrat anvendes til kvalitetskontrol af syntetisk oligonukleotidrenhed (figur 1B; signalerne matcher den udpegede m / z og den lave baggrundsstøj). I analysen af MS-dataene blev tophøjderne målt (figur 2...

Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis

En ikke-mærket, ikke-radio-isotopisk metode til assay uracil-DNA-glycosylaseaktivitet blev udviklet ved anvendelse af MALDI-TOF massespektrometri til direkte apurinisk/ apyrimidinisk stedholdig produktanalyse. Assayet viste sig at være ret simpelt, specifikt, hurtigt og let at bruge til DNA-glycosylasemåling.

Uracil-DNA-glycosylaseassay ved matrixassisteret laserdesorption/ionisering Time-of-flight Massespektrometrianalyse

Uracil-DNA glycosylase (UDG) is a key component in the base excision repair pathway for the correction of uracil formed from hydrolytic deamination of ...

DNA-reparationsmekanismer er meget vigtige for at opretholde genomintegritet i alle levende organismer. Uracil-DNA-glycosylase er et afgørende DNA-reparationsprotein i den grundlæggende vævsreparationsvej. Ved hjælp af MALDI-TOF massespektrometri kan vi direkte detektere AP-produkt til enzymaktivitetsanalyse.Konventionel glycosylaseassay kræver substratarbejde. Denne metode er etiketfri og detekterer direkte masseændringen fra et uracilsubstrat til AP-produkt. Andre fordele inkluderer høj specificitet, alsidighed, skalerbarhed, hurtighed og let at udføre.Vi har brugt E.coli uracil-DNA glycosylase som eksempel. Denne metode kan let modificeres til andre DNA-glycosylaseassays. Veluddannet laboratoriepersonale med nøjagtige pipetterings- og fortyndingsfærdigheder er afgørende.Frisklavede reagenser og buffere med lavt saltindhold bør anvendes til bedre signaler og mindre baggrundsstøj. Hui-Lan Chang, en ph.d.-studerende fra mit laboratorium, demonstrerer proceduren. Til et DNA-glycosylaseassay ved anvendelse af guanin-uracil basebærende substrat af T1 U + 9 duplex tilsættes 70 mikroliter vand, 10 mikroliter 10X uracil-DNA-glycosylase eller UDG-reaktionsbuffer, fem mikroliter T1-lager og fem mikroliter U + 9-lager i et 1,5 ml sterilt mikrocentrifugerør.Luk røret, før du inkuberer det i et vandbad i 30 minutter ved 65 grader Celsius, efterfulgt af 30 minutter ved 37 grader Celsius og til sidst på is i tre minutter for at sikre korrekt udglødning af substratskabelonens dupleks. Derefter tilsættes 49 mikroliter iskold UDG-reaktionsbuffer og en mikroliter fortyndet UDG i et nyt 1,5 ml rør, og derefter forberede serielle fortyndinger med UDG-bufferen til de ønskede enzymkoncentrationer og placere den fortyndede UDG på is. Derefter tilsættes ni mikroliter af den tilberedte substratblanding i et andet 1,5 ml rør og forvarmer det ved 37 grader Celsius, tilsæt derefter en mikroliter af den fortyndede UDG og svirp røret for at blande indholdet.Centrifugering af reaktionsblandingen kort og anbring røret straks til inkubation ved 37 grader Celsius. Brug timeren til at time reaktionen. Til reaktionsafslutning fremstilles 0,25 molær saltsyre og 0,23 molær trisbaseopløsning.Brug pH-måleren til at bekræfte pH-værdien, når reagenset fremstilles, og test med pH-strimmel, inden reaktionsafslutningstrinnet, syr derefter 10 mikroliter tris-EDTA med en mikroliter på 0,25 molær saltsyre og sørg for, at pH er omkring to plus eller minus 0,5. Neutraliser opløsningen med en mikroliter trisbase og sørg for, at den endelige pH er omkring 6,5 plus eller minus 0,5. Derefter tilsættes en mikroliter 0,25 molær saltsyre til reaktionsblandingen for at inaktivere enzymet og placere røret på is i seks minutter, tilsæt derefter en mikroliter trisbase for at neutralisere DNA-produkterne og undgå AP-stedbrud ved langvarig eksponering for syre.Efter tilsætning af 13 mikroliter tris-EDTA for at øge volumenet af produktblandingen til matrixchipoverførsel, anbring røret på is. Endelig overføres alle 25 mikroliter UDG-reaktionsprodukter fra mikrocentrifugerør til en 384-brønds mikrotiterplade. Åbn døren til nanoliterdispenseren, og læg mikrotiterpladen med 384 brønde på dækkets pladeholder, og indsæt derefter matrixchiparrayet i den tilsvarende spejderpladeposition.Placer den lastede spejderplade på nanoliterdispenserens behandlingsdæk, og luk døren. Tryk på knappen Kør på overførselsskærmen, og vent på, at instrumentet begynder at dispensere prøver fra mikrotiterpladen til matrixchippen. Brug derefter indstillingen Vision Tab til at vise billedet af chippen og dispenseringsvolumenerne for hvert sted under dispensering.Sørg for, at det plettede volumen på chippen ligger i området fra fem til 10 nanoliter. Brug det relevante applikationsprogram til at forberede en xlsx-fil, der indeholder det forudsagte signal M med Z-værdi til import. Brug derefter programprogrammet til at oprette og definere et nyt UDG-assay ved at højreklikke på importanalysegruppen i designerformat og vælge Excel-filen fra rullelisten.Højreklik derefter på knappen Kundeprojektplade, og klik øverst på rullemenuen for at etablere en ny analyseplade. Indtast derefter et filnavn i dialogboksen. Og i rullemenuen pladetype skal du vælge pladetypen 384-brønd.Tryk på OK, og vent på, at der vises en tom plade til højre på skærmen. Klik derefter på analyseindstillingen, og vælg analysen fra rullelisten. Hvis du vil tildele det valgte assay til hver prøvepletposition på pladen, skal du flytte markøren til hver position af den tomme plade, klikke for at fremhæve brønden og højreklikke for at vælge tilføj plaques.Brug en stationær eller bærbar computer til at udarbejde en arbejdsliste i xlsx-format uden overskrift til alle eksemplerne på chippen, og klik derefter på knappen Tilføj nyt eksempelprojekt, og vælg filen på rullelisten for at importere arbejdslisten. Se efter alle testprøvekoderne på arbejdslisten til venstre på skærmen, klik derefter på en eksempelkode på arbejdslisten, og højreklik på den tilsvarende position af pladen for at knytte testene til hver position. Tryk på ind/ud-knappen på massespektrometeret for at forlænge dækket og tage chipholderen ud.Indsæt prøvechippen i chipholderen, anbring den belastede chipholder på det forlængede dæk, og tryk på ind/ud-knappen igen, så prøvechippen kan komme ind i instrumentet. Dobbeltklik på ikonet erhverv i massespektrometerkontrolprogrammet. I vinduet Hent skal du klikke på fanen Kør automatisk for at starte instrumentet og hente massespektre fra prøverne på chippen.Til dataanalyse skal du køre dataanalyseprogrammet, derefter gennemse databasetræet og vælge chip-id'et.Klik for at fremhæve et mål godt på chippen og klikke på spektrumikonet for at vise massespektret. Højreklik for at vælge tilpasningsdialogen og beskære et bestemt spektrumområde i et nyt vindue, og klik derefter på x-aksen for at indtaste de øvre og nedre grænser for M med Z, og tryk på OK for at få vist det angivne områdespektrum inklusive de signaler, der er af interesse. For at måle tophøjden af signalerne M med Z-værdier svarende til uracilsubstratet, AP-produktet og skabelonen skal du klikke på toppen og se tophøjden i øverste venstre hjørne af skærmen.Endelig, for at gemme spektret til registrering, skal du højreklikke på eksport og vælge filtype som JPEG på rullelisten. Klik på destinationen, og gennemse disken for at vælge lagerenheden på rullelisten, skriv derefter filnavnet, og klik på eksporter. Modelsystemet for et DNA-glycosylaseassay er vist her.19 nukleotidskabelon-DNA'et forblev uændret efter glycosylasehydrolyse. Signalet kan derfor tjene som reference for kvantiteten af AP-produktet. Forskellen på et nukleotid mellem substratet og den tilsvarende skabelon producerede en godt adskilt signalprofil for begge.Signalet fra AP-produktet var også godt adskilt fra signalet fra det uracilholdige substrat. Til MS-dataanalyse blev tophøjderne målt. Tidsforløbsanalyse for UDG-aktivitet ved 0,01, 0,02, 0,05 og 0,1 viste både dosis- og tidsafhængighed.Et eksempel på reaktionshastighedsplot med relative MS-signalintensiteter af produktet og substratet i nanomolære koncentrationer er vist her. UDG-reaktionshastigheden præsenteres som nanomol af AP-stedet produceret pr. Sekund. KM og VMAX blev beregnet ud fra Lineweaver Burk-plottet.Den målte MALDI-TOF-massespektrometrienhed var proportional med den definerede enhed fra 0,001 enheder til 0,02 enheder med en betydelig bestemmelseskoefficient. Inhiberingen af UDG-aktivitet af en uracilglycosylasehæmmer er vist her. I nærvær af 100 picomoler af inhibitoren blev aktiviteten af 0,05 enheder UDG hæmmet til et uopdageligt niveau, og IC50 viste sig at være 7,6 picomoler.Da AP-størrelsen er labil og kan hydrolyseres ved en beta-eliminationsreaktion ved ekstrem pH og forhøjet temperatur, bør assayslukning udføres på is i den definerede periode. Brug også en pH-måler for at sikre, at HCL syrner reaktionsbufferen til den ønskede pH, og tris-basen neutraliserede produktblandingen korrekt. Denne metode kan også ændres til at analysere bifunktionel DNA-glycosylase.For eksempel er U + 2 T3 et egnet substrat til formamidopyrimidin DNA-glycosylaseassay. Spaltningsprodukterne fra FPG AP ligaseaktivitet kan let detekteres af MALDI-TOF-masse. Denne metode har potentiale til at blive referencemetoden til monofunktionel glycosylasemåling og kan også bruges som et værktøj til screening af glycosylasehæmmere til farmaceutisk udvikling.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Time-løst elektrosprayioniserings Brint-deuterium Exchange-massespektrometri til at studere proteiners struktur og Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Løsning affinitetsrensede proteinkomplekser ved Blå Native PAGE og protein Korrelation Profilering

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipid Droplet Isolation for Kvantitativ massespektrometri Analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics af den ekstracellulære matrix: En metode til Intakt glycopeptid analyse ved hjælp massespektrometri

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Optimal forberedelse af Formalin fast prøver for peptid baseret Matrix Assisted Laser Desorption/Ionisation massespektrometri Imaging arbejdsprocesser

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Korrekturlæsning og DNA reparation analyse ved hjælp af Single Nucleotide udvidelse og MALDI-TOF-massespektrometri analyse

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Påvisning af proteinubiquitinationssteder ved peptidberigelse og massespektrometri

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptid profilering og identifikation illustreret af angiotensin II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Prøve forberedelse til Sonde Elektrospray Ionization Mass Spektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kvantitativ analyse af cellulære lipidom af Saccharomyces Cerevisiae Ved hjælp af flydende kromatografi kombineret med tandem massespektrometri

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...