Name: uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis
Uploaded: 2022-04-22T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Vi takker NCFPB Integrated Core Facility for Functional Genomics (Taipei, Taiwan) og NRPB Pharmacogenomics Lab (Taipei, Taiwan) for deres tekniske støtte. Dette arbeidet ble støttet av Vitenskaps- og teknologidepartementet, Taiwan, R.O.C. [tilskuddsnummer MOST109-2314-B-002 -186 til K.-Y.S., MOST 107-2320-B-002-016-MY3 til S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-043 til W.-h.F.]. H.-L.C. er mottaker av et doktorgradsstipend fra National Taiwan University. Støtte til åpen tilgang: Vitenskaps- og teknologidepartementet, R.O.C.

1. Forberedelse av substrat/mal
<ol><li>Design uracil substrat/ mal dupleks med et balansert G + C-innhold på ~ 50 ± 10% og minimum smeltetemperatur på 50 ° C for dupleksområdet. MERK: En nukleotidforskjell mellom 18 nt-substrater og 19 nt-maler (tabell 1 og figur 1) bidrar til bedre MS-signaltolkning og passende gløding. Malstrengen fungerer som komplementært DNA for å generere A-U- eller G-U-uoverensstemmelser (tabell 1), men ...

Dette dokumentet gir en detaljert prosedyre for bruk av en UDG MALDI-TOF MS analysemetode for å direkte oppdage AP-inneholdende DNA-produkter. De viktigste fordelene med denne metoden er at uracilholdige substrater er etikettfrie, skalerbare, enkle å jobbe med og har større fleksibilitet i substratdesign.
Den UDG leverandør-anbefalte fenol / kloroform ekstraksjon muliggjør inaktivering av enzymet for å forhindre nedbrytning av produktet DNA. Fenolutvinningsprotokollen innebærer imidlert...

Selv om uracil er en normal base i RNA, er det en vanlig og svært mutagene lesjon i genomisk DNA. Uracil kan oppstå ved spontan/enzymatisk hydrolytisk deaminering av et deoksycytidin. I hver levende celle oppstår denne deaminering 100-500 ganger per dag under fysiologiske forhold1,2. Hvis disse endringene ikke repareres, kan det være en endring i DNA-sekvenssammensetningen, noe som forårsaker mutasjon. Som uracil i DNA foretrekker å parre med dATP under replikering, hvis cytosin deaminaterer til uracil, i to replikasjonshendelser, vil det være en ny G:C til A:T overgangsmutasjon i halvparten av avkom DNA3.
Blant de cellulære strategiene for å opprettholde genetisk stabilitet er base eksisjonsreparasjon (BER) en viktig mekanisme som reparerer skadede baser, for eksempel uracil, i DNA4. BER er en svært evolusjonært bevart prosess. Det er to generelle BER-veier: kortplasterveien som fører til en reparasjonskanal av et enkelt nukleotid og den lange patchbanen som produserer en reparasjonskanal på minst to nukleotider5. BER er en koordinert mekanisme som oppstår i flere trinn. Det første trinnet i BER er den enzymatiske hydrolysen til den skadede nukleotidbasen av et skadespesifikt DNA-glykosylase for å generere et apurinic / apyrimidinisk (AP) mellomliggende sted6. Dette etterfølges av spaltingen av sukkerfosfat-ryggraden på AP-anlegget av en endonuklease, opprydding av DNA-endene med en lyase, gapfylling av en DNA-polymerase og forseglet den endelige nick av en ligase5.
Uracil-DNA glykosylase (UDG) hydrolyserer uracil fra uracilholdig DNA for BER i Escherichia coli. Konvensjonelle UDG-analyser ved hjelp av radiomerket DNA som involverer forskjellige separasjonsteknikker6,7,8,9,10,11,12,13 er vanligvis tidkrevende, arbeidskrevende, med kostbare merkingsreagenser, kompliserte prosedyrer og krever intensiv trening og praksis for å redusere risikoen for eksponering for radioaktive materialer. Fluorometriske oligonukleotidanalyser er utviklet som en erstatning for radioisotopemerking14, i tillegg til molekylære beacons og Förster resonansenergioverføringsteknologi15,16,17,18,19,20. Det kreves imidlertid spesifikk merking for alle de nevnte metodene. Nylig etikettfrie biosensorer assays21,22,23 og kolorimetriske metoder basert på dannelsen av en G-quadruplex24,25,26 er utviklet. Imidlertid kompliserer flere A: U-par eller spesialdesignede sekvenser i sondene enzymenhetsdefinisjonen.
MALDI-TOF MS er en teknologi som kan være til stor nytte i DNA-analyse. Programmer utviklet inkluderer enkeltkjernepolymorfisme genotyping27,28, modifisert nukleotidanalyse29, og DNA-reparasjon mellomliggende identifikasjon30,31,32,33,34. MALDI-TOF MS bør lett vedtas for DNA glykosylaseanalyse for å oppdage AP-site-inneholdende DNA-produkter. Imidlertid er AP-nettsteder i DNA utsatt for strandbrudd under mange eksperimentelle forhold33. En UDG-analyse presenteres her ved hjelp av MALDI-TOF MS for direkte å måle AP-anleggsproduksjon uten betydelig strand-break støy. Denne etikettfrie metoden er enkel å jobbe med og har et høyt potensial for farmasøytisk anvendelse av DNA glykosylasehemmerscreening.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol (Tris base)</td>
			<td>J.T baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved deionized water</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>J.T Baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td>AQUAGLOVE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2,3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ice bucket</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(0.5-10 &#181;L)</td>
			<td>extra gene</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(1,250 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(200 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 4, 5 
			Mass spectrometry control programs include Typer Chip Linker, SpectroACQUIRE, and Start RT Process.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY Nanodispenser</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td>RS1000</td>
			<td>Protocol 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Kubota</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Clubio</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube (1.5 mL)</td>
			<td>National scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube rack</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P1000)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P10)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P100)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P200)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (SL2)</td>
			<td>Rainin</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Singapore)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quest Graph IC50 Calculator (v.1)</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Fig. 4 
			https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator-v1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide (NaOH)</td>
			<td>WAKO</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td>Protocol 3, 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td>Protocol 6 
			Typer 4.0 consists four programs including Assay Designer, Assay Editor, Plate Editor, and Typer Analyzer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UDG Reaction Buffer (10x)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B0280S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil Glycosylase Inhibitor</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0281S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil-DNA Glycosylase</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0280L</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-VISBLE spectrophotometer UV-1601</td>
			<td>SHIMADZU</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>ZETA ZC-4000 (Taiwan.Inc)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis

Uracil-DNA glykosylase (UDG) er en nøkkelkomponent i base excision reparasjonsveien for korreksjon av uracil dannet av hydrolytisk deaminering av cytosin. Dermed er det avgjørende for genomintegritetsvedlikehold. En svært spesifikk, ikke-merket, ikke-radio-isotopisk metode ble utviklet for å måle UDG-aktivitet. En syntetisk DNA-dupleks som inneholder en stedsspesifikk uracil ble spaltet av UDG og deretter utsatt for Matrix-assistert Laser Desorption / Ionization time-of-flight massespektrometri (MALDI-TOF MS) analyse. Det ble etablert en protokoll for å bevare det apurinic/apyrimidinic site (AP) produktet i DNA uten strandbrudd. Endringen i m/z-verdien fra substratet til produktet ble brukt til å evaluere uracilhydrolyse ved UDG. Et G:U-substrat ble brukt til UDG kinetisk analyse som ga Km = 50 nM, Vmax = 0,98 nM/s og Kcat = 9,31 s-1. Påføring av denne metoden til en uracil glykosylasehemmer (UGI) analyse ga en IC50-verdi på 7,6 pM. UDG-spesifisiteten ved hjelp av uracil i ulike posisjoner innen enkeltstrengede og dobbeltstrengede DNA-substrater viste forskjellig spaltingseffektivitet. Dermed kan denne enkle, raske og allsidige MALDI-TOF MS-metoden være en utmerket referansemetode for ulike monofunksjonelle DNA-glykosylaser. Det har også potensialet som et verktøy for DNA glykosylasehemmer screening.

Maler og underlag Ved å ta syntetiske oligonukleotider med U i midten (U+9) sammen med en G-mal som eksempel (figur 1A), kan en blank kontroll av likevektsmengder av mal og uracilholdig substrat brukes til kvalitetskontroll av syntetisk oligonukleotidrenhet (figur 1B; signalene samsvarer med den angitte m/z og den lave bakgrunnsstøyen). For MS-dataanalysen ble topphøydene målt (figur 2). 19 nt mal DNA var for...

Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis

En ikke-merket, ikke-radio-isotopisk metode for å analysere uracil-DNA glykosylaseaktivitet ble utviklet ved hjelp av MALDI-TOF massespektrometri for direkte apurinic / apyrimidinisk produktanalyse. Analysen viste seg å være ganske enkel, spesifikk, rask og enkel å bruke til DNA glykosylasemåling.

Uracil-DNA Glykosylaseanalyse ved matriseassistert laserdesorpsjon/ioniseringstid for massespektrometrianalyse

Uracil-DNA glycosylase (UDG) is a key component in the base excision repair pathway for the correction of uracil formed from hydrolytic deamination of ...

DNA-reparasjonsmekanismer er svært viktige for å opprettholde genomintegriteten i alle levende organismer. Uracil-DNA glykosylase er et avgjørende DNA-reparasjonsprotein i den grunnleggende vevsreparasjonsveien. Ved hjelp av MALDI-TOF massespektrometri kan vi direkte oppdage AP-produkt for enzymaktivitetsanalyse.Konvensjonell glykosylaseanalyse krever substratarbeid. Denne metoden er etikettfri og oppdager direkte masseendringen fra et uracil-substrat til AP-produkt. Andre fordeler inkluderer høy spesifisitet, allsidighet, skalerbarhet, hurtighet og enkel å utføre.Vi har brukt E.coli uracil-DNA glykosylase som eksempel. Denne metoden kan enkelt modifiseres for andre DNA glykosylaseanalyser. Godt opplært laboratoriepersonell med nøyaktig pipettering og fortynningsferdigheter er avgjørende.Nylagde reagenser og lave saltbuffere bør brukes til bedre signaler og mindre bakgrunnsstøy. Å demonstrere prosedyren vil være Hui-Lan Chang, en ph.d.-student fra laboratoriet mitt. For en DNA glykosylaseanalyse ved bruk av guanine-uracil basebærende substrat av T1 U+9 dupleks, tilsett 70 mikroliter vann, 10 mikroliter 10X uracil-DNA glykosylase eller UDG-reaksjonsbuffer, fem mikroliter T1-lager og fem mikroliter U+9-lager i et 1,5 milliliter sterilt mikrocentrifugerør.Lukk røret før du inkuberer det i et vannbad i 30 minutter ved 65 grader Celsius, etterfulgt av 30 minutter ved 37 grader Celsius, og til slutt på is i tre minutter for å sikre riktig gløding av substratmalen dupleks. Deretter, i et nytt 1,5 milliliterrør, tilsett 49 mikroliter iskald UDG-reaksjonsbuffer og en mikroliter fortynnet UDG, forbered deretter serielle fortynninger med UDG-bufferen for de ønskede enzymkonsentrasjonene og plasser den fortynnede UDG på is. Deretter legger du til ni mikroliter av den tilberedte substratblandingen i et annet 1,5 milliliterrør og prewarm det ved 37 grader Celsius, legg deretter til en mikroliter av den fortynnede UDG og flikk røret for å blande innholdet.Sentrifuger kort reaksjonsblandingen og plasser røret umiddelbart for inkubasjon ved 37 grader Celsius. Bruk timeren til å tidsan tiden reaksjonen. For reaksjonsavslutning, lag 0,25 molar saltsyre og 0,23 molar tris baseløsning.Bruk pH-måleren til å bekrefte pH-en når du klargjør reagenset og testingen med pH-stripe før du bruker reaksjonsavslutningstrinnet, og forsure 10 mikroliter tris-EDTA med en mikroliter 0,25 molar saltsyre og sørg for at pH er rundt to pluss eller minus 0,5. Nøytraliser løsningen med en mikroliter tris base og sørg for at den endelige pH er rundt 6,5 pluss eller minus 0,5. Deretter legger du til en mikroliter på 0,25 molar saltsyre til reaksjonsblandingen for å inaktivere enzymet og plassere røret på is i seks minutter, legg deretter til en mikroliter tris base for å nøytralisere DNA-produktene og unngå brudd på AP-stedet ved langvarig eksponering for syre.Etter å ha tilsuppet 13 mikroliter tris-EDTA for å øke volumet av produktblandingen for matrisebrikkeoverføring, legg røret på is. Til slutt, overfør alle 25 mikroliter UDG reaksjonsprodukter fra mikrocentrifuge rør til en 384-brønns mikrotiter plate. Åpne døren til nanoliterdispenseren og last den 384-brønns mikrotiterplaten på plateholderen på decket, og sett deretter matrisebrikkematrisen inn i tilsvarende speiderplateposisjon.Plasser den lastede speiderplaten på prosesseringsdekket til nanoliterdispenseren og lukk døren. Trykk på løpeknappen på overføringsskjermen og vent til instrumentet begynner å dispensere prøver fra mikrotiterplaten til matrisebrikken. Deretter viser du bildet av brikken og dispenservolumene for hvert sted under utlevering ved utlevering.Forsikre deg om at det flekkete volumet på brikken er i området fem til ti nanoliter. Bruk riktig program til å klargjøre en xlsx-fil som inneholder den predikerte signal M by Z-verdien for import. Bruk deretter programmet til å opprette og definere en ny UDG-analyse ved å høyreklikke importanalysegruppen i designerformatalternativet og velge Excel-filen fra rullegardinlisten.Høyreklikk deretter på kundeprosjektplateknappen og klikk på toppen av rullegardinalternativtreet for å etablere en ny analyseplate. Skriv deretter inn et filnavn i dialogboksen . Og i rullegardinmenyen av platetype velger du 384-brønnsplatetypen.Trykk ok og vent til en tom plate vises til høyre på skjermen. Deretter klikker du på analysealternativet og velger analysen fra rullegardinlisten. Hvis du vil tilordne den valgte analysen til hver prøvepunktposisjon på platen, flytter du markøren til hver posisjon på den tomme platen, klikker for å merke brønnen og høyreklikker for å velge legg til plaketter.Bruk en stasjonær eller bærbar datamaskin til å klargjøre en arbeidsliste i xlsx-format uten overskrift for alle eksemplene på brikken, klikk deretter knappen Legg til nytt eksempelprosjekt og velg filen fra rullegardinlisten for å importere arbeidslisten. Se etter alle testeksempelkodene i arbeidslisten til venstre på skjermen, klikk deretter på en eksempelkode i arbeidslisten og høyreklikk på den tilsvarende plasseringen av platen for å koble testene til hver posisjon. Trykk på inn/ut-knappen på massespektrometeret for å forlenge aggregatet og ta ut sponholderen.Sett prøvebrikken inn i sponholderen, plasser den lastede sponholderen på det forlengede decket og trykk inn/ut-knappen igjen for at prøvebrikken skal komme inn i instrumentet. Dobbeltklikk ikonet for henting i kontrollprogrammet for massespektrometer. I oppkjøpsvinduet klikker du på autokjør-fanen for å starte instrumentet og skaffe massespektra fra prøvene på brikken.For dataanalyse, kjør dataanalyseprogrammet, bla deretter gjennom databasetreet og velg chip-ID.Klikk for å markere et mål godt på brikken og klikk på spektrumikonet for å vise massespekteret. Høyreklikk for å velge tilpasningsdialogboksen og beskjære et bestemt spektrumområde i et nytt vindu, klikk deretter på x-aksen for å skrive inn de øvre og nedre grensene for M by Z og trykk OK for å vise det angitte rekkeviddespekteret, inkludert signalene av interesse. For å måle topphøyden på signalene M by Z-verdier som tilsvarer uracil-substratet, AP-produktet og malen, klikker du på toppen og viser topphøyden øverst til venstre på skjermen.Til slutt, for å lagre spekteret for postføring, høyreklikk eksporter og velg filtype som JPEG i rullegardinlisten. Klikk på destinasjonen og bla gjennom disken for å velge lagringsenheten i rullegardinlisten, skriv deretter inn filnavnet og klikk eksporter. Modellsystemet for en DNA glykosylaseanalyse er vist her.19 nukleotidmalen DNA forble uendret etter glykosylasehydrolyse. Derfor kan signalet fungere som en referanse for kvantiteten av AP-produktet. Forskjellen på ett nukleotid mellom substratet og tilsvarende mal ga en godt separert signalprofil for begge.Signalet til AP-produktet ble også godt skilt fra det uracilholdige substratet. For MS-dataanalyse ble topphøydene målt. Tidskursanalyse for UDG-aktivitet ved 0,01, 0,02, 0,05 og 0,1 viste både dose- og tidsavhengighet.Et eksempel på reaksjonshastighetsplott med relative MS-signalintensiteter av produktet og substratet i nanomolarkonsentrasjoner er vist her. UDG-reaksjonsraten presenteres som nanomoler på AP-anlegget produsert per sekund. KM og VMAX ble beregnet fra Lineweaver Burk-tomten.Den målte massespektrometrienheten i Maldive-TOF var proporsjonal med den definerte enheten fra 0,001 enheter til 0,02 enheter med en merkbar bestemmelseskoeffisient. Hemming av UDG-aktivitet av en uracil glykosylasehemmer er vist her. I nærvær av 100 picomoles av inhibitoren ble aktiviteten til 0,05 enheter av UDG hemmet til et uoppdagelig nivå, og IC50 ble funnet å være 7,6 picomoles.Siden AP-størrelsen er labile og kan hydrolyseres av en beta-elimineringsreaksjon ved ekstrem pH og forhøyet temperatur, bør analyseslukking utføres på is i den definerte perioden. Bruk også en pH-måler for å sikre at HCL syrer reaksjonsbufferen til ønsket pH- og trisbase nøytralisert produktblandingen riktig. Denne metoden kan også modifiseres for å analysere bifunksjonell DNA-glykosylase.For eksempel er U +2 T3 et passende substrat for formamidopyrimidin DNA glykosylaseanalyse. Spaltingsproduktene til FPG AP-ligaseaktivitet kan lett oppdages av MALDI-TOF-massen. Denne metoden har potensial til å bli referansemetode for monofunksjonell glykosylasemåling og kan også brukes som verktøy for glykosylasehemmerscreening for farmasøytisk utvikling.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Time-løst elektrospray-ionisering Hydrogen-deuterium Veksling massespektrometri for å studere Protein struktur og dynamikk

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Løse affinitetsrenset protein komplekser av Blå Native PAGE og Protein korrelasjon Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipid Droplet Isolasjon for Quantitative massespektrometri analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics av ​​den ekstracellulære matrise: En metode for Intakt glykopeptidreagens analyse ved hjelp av massespektrometri

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Optimal utarbeidelse av Formalin fast prøver for peptid basert Matrix assistert Laser desorpsjon/ionisering massespektrometri Imaging arbeidsflyter

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Korrekturlesing og DNA reparasjon analysen Single nukleotid forlengelse og MALDI-TOF massespektrometri analyse

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Påvisning av protein ubiquitination nettsteder av peptid berikelse og masse spektrometri

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptide profilering og identifisering illustrert av angiotensin II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Prøve forberedelse til sonde elektrospray ionisering massespektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kvantitativ analyse av cellulær lipidom eav saccharomyces cerevisiae ved hjelp av flytende kromatografi kombinert med tandem massespektrometri

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...