Name: uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis
Uploaded: 2022-04-22T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Мы благодарим NCFPB Integrated Core Facility for Functional Genomics (Тайбэй, Тайвань) и NRPB Pharmacogenomics Lab (Тайбэй, Тайвань) за техническую поддержку. Эта работа была поддержана Министерством науки и технологий Тайваня, R.O.C. [номер гранта MOST109-2314-B-002 -186 для K.-Y.S., MOST 107-2320-B-002-016-MY3 для S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-043 для W.-h.F.]. H.-L.C. является получателем докторской стипендии от Национального университета Тайваня. Финансирование сбора за открытый доступ: Министерство науки и технологий, R.O.C.

1. Подготовка подложки/шаблона
<ol><li>Конструкция урациловой подложки/шаблона дуплексная с сбалансированным содержанием G+C ~50 ± 10% и минимальной температурой плавления 50 °C для дуплексной области. ПРИМЕЧАНИЕ: Одна нуклеотидная разница между 18 нт субстратами и 19 нт шаблонами (<str...

В этой статье представлена подробная процедура использования метода анализа UDG MALDI-TOF MS для непосредственного обнаружения ПРОДУКТОВ ДНК, содержащих AP. Основные преимущества этого метода заключаются в том, что субстраты, содержащие урацил, не содержат этикеток, масштабируемы, просты в р?...

Хотя урацил является нормальным основанием в РНК, он является распространенным и высокомутагенным поражением в геномной ДНК. Урацил может возникать в результате спонтанного/ферментативного гидролитического дезаминирования дезоксицитидина. В каждой живой клетке это дезаминирование происходит 100-500 раз в сутки при физиологических условиях1,2. Если эти изменения не восстанавливаются, может произойти изменение в составе последовательности ДНК, вызывающее мутацию. Поскольку урацил в ДНК предпочитает спариваться с dATP во время репликации, если цитозин деаминтируется в урацил, в двух событиях репликации в половине ДНК потомства будет новая мутация перехода G:C в A:T.
Среди клеточных стратегий для поддержания генетической стабильности восстановление иссечения оснований (BER) является важным механизмом, который восстанавливает поврежденные основания, такие как урацил, в ДНК4. BER является высоко эволюционно сохраненным процессом. Существует два общих пути BER: короткий путь, ведущий к репарации одного нуклеотида, и путь длинного пятна, который производит репарационный тракт по крайней мере из двух нуклеотидов5. BER является скоординированным механизмом, который происходит в несколько этапов. Первым шагом в BER является ферментативный гидролиз поврежденного нуклеотидного основания повреждающей ДНК-гликозилазой для генерации промежуточного сайта апуринина/апиримидинового (AP)6. За этим следует расщепление сахарно-фосфатной основы в месте AP эндонуклеазой, очистка концов ДНК лиазой, заполнение промежутков ДНК-полимеразой и герметизация конечного ника лигазой5.
Урацил-ДНК-гликозилаза (UDG) гидролизует урацил из урацилсодержащей ДНК для BER в Escherichia coli. Обычные анализы UDG с использованием радиомаркированной ДНК с использованием различных методов разделения6,7,8,9,10,11,12,13 обычно являются трудоемкими, трудоемкими, с дорогостоящими реагентами маркировки, сложными процедурами и требуют интенсивной подготовки и практики для снижения рисков воздействия радиоактивных материалов. Фторометрические олигонуклеотидные анализы были разработаны в качестве замены для радиоизотопной маркировки14, в дополнение к молекулярным маякам и технологии резонансного переноса энергии Фёрстера15,16,17,18,19,20. Тем не менее, для всех вышеупомянутых методов требуется специальная маркировка. В последнее время были разработаны безметочные биосенсорные анализы21,22,23 и колориметрические методы, основанные на формировании G-квадруплекса24,25,26. Однако несколько пар A:U или специально разработанные последовательности в зондах усложняют определение ферментной единицы.
MALDI-TOF MS - это технология, которая может быть очень полезна в анализе ДНК. Разработанные приложения включают генотипирование однонуклеотидного полиморфизма27,28, модифицированный нуклеотидный анализ29 и промежуточную идентификацию репарации ДНК30,31,32,33,34. MALDI-TOF MS должен быть легко принят для анализа ДНК-гликозилазы для обнаружения ПРОДУКТОВ ДНК, содержащих AP-сайт. Однако AP-сайты в ДНК склонны к разрыву нити при многих экспериментальных условиях33. Анализ UDG представлен здесь с использованием MALDI-TOF MS для непосредственного измерения производства на площадке AP без значительного шума разрыва пряди. Этот метод без меток прост в работе и имеет высокий потенциал для фармацевтического применения скрининга ингибиторов ДНК-гликозилазы.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol (Tris base)</td>
			<td>J.T baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved deionized water</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>J.T Baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td>AQUAGLOVE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2,3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ice bucket</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(0.5-10 &#181;L)</td>
			<td>extra gene</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(1,250 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(200 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 4, 5 
			Mass spectrometry control programs include Typer Chip Linker, SpectroACQUIRE, and Start RT Process.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY Nanodispenser</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td>RS1000</td>
			<td>Protocol 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Kubota</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Clubio</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube (1.5 mL)</td>
			<td>National scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube rack</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P1000)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P10)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P100)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P200)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (SL2)</td>
			<td>Rainin</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Singapore)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quest Graph IC50 Calculator (v.1)</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Fig. 4 
			https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator-v1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide (NaOH)</td>
			<td>WAKO</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td>Protocol 3, 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td>Protocol 6 
			Typer 4.0 consists four programs including Assay Designer, Assay Editor, Plate Editor, and Typer Analyzer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UDG Reaction Buffer (10x)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B0280S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil Glycosylase Inhibitor</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0281S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil-DNA Glycosylase</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0280L</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-VISBLE spectrophotometer UV-1601</td>
			<td>SHIMADZU</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>ZETA ZC-4000 (Taiwan.Inc)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis

Урацил-ДНК-гликозилаза (UDG) является ключевым компонентом в базовом пути иссечения для коррекции урацила, образующегося в результате гидролитического дезаминирования цитозина. Таким образом, это имеет решающее значение для поддержания целостности генома. Для измерения активности UDG был разработан высокоспецифичный, немаркированный, нерадиоизотопный метод. Синтетический дуплекс ДНК, содержащий сайт-специфический урацил, был расщеплен UDG, а затем подвергнут анализу лазерной десорбции / ионизации во время полета (MALDI-TOF MS). Был установлен протокол для сохранения продукта апуринового/апиримидинового сайта (AP) в ДНК без разрыва цепи. Изменение значения m/z от субстрата к продукту использовалось для оценки гидролиза урацила UDG. Субстрат G:U использовался для кинетического анализа UDG, в результате которого Km = 50 нМ, Vmax = 0,98 нМ/с и Kcat = 9,31 с-1. Применение этого метода к анализу ингибитора урацилгликозилазы (UGI) дало значение IC50 7,6 пМ. Специфичность UDG с использованием урацила в различных положениях в одноцепочечных и двухцепочечных субстратах ДНК продемонстрировала различную эффективность расщепления. Таким образом, этот простой, быстрый и универсальный метод MALDI-TOF MS может стать отличным эталонным методом для различных монофункциональных гликозилаз ДНК. Он также имеет потенциал в качестве инструмента для скрининга ингибиторов ДНК-гликозилазы.

Шаблоны и подложки Взяв в качестве примера синтетические олигонуклеотиды с U в центре (U+9) в паре с шаблоном G (рис. 1А), для контроля качества чистоты синтетических олигонуклеотидов может быть использован пустой контроль эквимолярных количеств шаблона и урацил...

Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis

Немаркированный, нерадиоизотопный метод анализа активности урацил-ДНК-гликозилазы был разработан с использованием масс-спектрометрии MALDI-TOF для прямого анализа апуринового/апиримидинического сайта,содержащего продукт. Анализ оказался довольно простым, специфическим, быстрым и удобным в использовании для измерения ДНК-гликозилазы.

Анализ урацил-ДНК-гликозилазы с помощью матрицы лазерной десорбции/ионизации Масс-спектрометрии времени пролета

Uracil-DNA glycosylase (UDG) is a key component in the base excision repair pathway for the correction of uracil formed from hydrolytic deamination of ...

Механизмы репарации ДНК очень важны для поддержания целостности генома во всех живых организмах. Урацил-ДНК-гликозилаза является важным белком репарации ДНК в основном пути восстановления тканей. Используя масс-спектрометрию MALDI-TOF, мы можем непосредственно обнаружить продукт AP для анализа активности ферментов.Обычный анализ гликозилазы требует субстратной обработки. Этот метод не содержит этикеток и непосредственно обнаруживает изменение массы от подложки из урацила к продукту AP. Другие преимущества включают высокую специфичность, универсальность, масштабируемость, быстроту и простоту выполнения.В качестве примера мы использовали урацил-ДНК-гликозилазу E.coli. Этот метод может быть легко модифицирован для других анализов ДНК-гликозилазы. Важное значение имеет хорошо подготовленный лабораторный персонал, обладающий навыками точного дозирования и разбавления.Следует использовать свежеприготовленные реагенты и буферы с низким содержанием соли для улучшения сигналов и меньшего фонового шума. Демонстрировать процедуру будет Хуэй-Лань Чанг, аспирант из моей лаборатории. Для анализа ДНК-гликозилазы с использованием субстрата, несущего основание гуанин-урацил, дуплекса T1 U+9, добавьте 70 микролитров воды, 10 микролитров 10X урацил-ДНК-гликозилазы или реакционного буфера UDG, пять микролитров запаса T1 и пять микролитров запаса U+9 в стерильную микроцентрифужную трубку 1,5 миллилитра.Закройте трубку перед инкубацией на водяной бане в течение 30 минут при 65 градусах Цельсия, затем 30 минут при 37 градусах Цельсия и, наконец, на льду в течение трех минут, чтобы обеспечить надлежащий отжиг субстрата шаблона дуплекса. Далее в новую 1,5-миллилитровую трубку добавляют 49 микролитров ледяного реакционного буфера UDG и один микролитр разбавленного UDG, затем готовят серийные разведения с буфером UDG для требуемых концентраций ферментов и помещают разбавленный UDG на лед. Далее, в еще одну 1,5-миллилитровую трубку, добавляют девять микролитров подготовленной субстратной смеси и предварительно разогревают ее при 37 градусах Цельсия, затем добавляют один микролитр разбавленного UDG и щелкают трубкой, чтобы перемешать содержимое.Кратковременно центрифугируйте реакционную смесь и поместите трубку сразу для инкубации при температуре 37 градусов Цельсия. Используйте таймер, чтобы рассчитать время реакции. Для прекращения реакции готовят 0,25 молярной соляной кислоты и 0,23 молярного трисового основания раствора.Используйте рН-метр для подтверждения рН при приготовлении реагента и тестировании рН-полоской перед работой на стадии окончания реакции, затем подкисляют 10 микролитров трис-ЭДТА одним микролитром 0,25 молярной соляной кислоты и обеспечивают, чтобы рН составлял около двух плюс-минус 0,5. Нейтрализуйте раствор одним микролитром основания tris и убедитесь, что конечный рН составляет около 6,5 плюс-минус 0,5. Затем добавьте один микролитр 0,25 молярной соляной кислоты в реакционную смесь для инактивации фермента и поместите трубку на лед на шесть минут, затем добавьте один микролитр основания триса, чтобы нейтрализовать продукты ДНК и избежать разрушения сайта AP путем длительного воздействия кислоты.После добавления 13 микролитров трис-ЭДТА для увеличения объема продуктовой смеси для матричного переноса стружки поместите трубку на лед. Наконец, перенесите все 25 микролитровых продуктов реакции UDG из микроцентрифужных трубок на 384-луночную микротитровую пластину. Откройте дверцу нанолитрового дозатора и загрузите 384-луночную микротитровую пластину на держатель пластины палубы, затем вставьте матрицу чипов в соответствующее положение скаутской пластины.Поместите загруженную скаутскую пластину на обрабатывающую палубу нанолитрового дозатора и закройте дверцу. Нажмите кнопку запуска на экране передачи и подождите, пока прибор начнет дозировать образцы с микротитерной пластины на матричную микросхему. Затем, используя опцию vision tab, покажите изображение чипа и объемы дозирования для каждого пятна во время дозирования.Убедитесь, что пятнистый объем на чипе находится в диапазоне от пяти до 10 нанолитров. Используя соответствующую прикладную программу, подготовьте xlsx-файл, содержащий прогнозируемое значение сигнала M by Z для импорта. Затем с помощью прикладной программы создайте и определите новый анализ UDG, щелкнув правой кнопкой мыши параметр импортной группы анализа в формате конструктора и выбрав файл Excel из раскрывающегося списка.Затем щелкните правой кнопкой мыши кнопку таблички проекта клиента и щелкните в верхней части раскрывающегося списка, чтобы установить новую пробирную пластину. Затем в диалоговом окне введите имя файла. А в раскрывающемся списке Тип пластины выберите тип плиты на 384 скважины.Нажмите OK и подождите, пока в правой части экрана появится пустая пластина. Затем щелкните параметр анализа и выберите его из раскрывающегося списка. Чтобы назначить выбранный анализ каждому положению образца на пластине, переместите курсор в каждое положение пустой пластины, щелкните, чтобы выделить колодец, и щелкните правой кнопкой мыши, чтобы выбрать добавить таблички.С помощью настольного или портативного компьютера подготовьте рабочий список в формате xlsx без заголовка для всех образцов на чипе, затем нажмите кнопку добавить новый образец проекта и выберите файл из раскрывающегося списка, чтобы импортировать рабочий список. Найдите все тестовые образцы кодов в рабочем списке в левой части экрана, затем щелкните образец кода в рабочем списке и щелкните правой кнопкой мыши соответствующую позицию пластины, чтобы связать тесты с каждой позицией. Нажмите кнопку входа/выхода масс-спектрометра, чтобы расширить палубу и вынуть держатель чипа.Вставьте чип образца в держатель чипа, поместите загруженный держатель чипа на расширенную палубу и снова нажмите кнопку входа / выхода, чтобы чип образца вошел в инструмент. В программе управления масс-спектрометром дважды щелкните значок приобретения. В окне получения перейдите на вкладку автозапуска, чтобы запустить прибор и получить масс-спектры из образцов на чипе.Для анализа данных запустите программу анализа данных, затем просмотрите дерево базы данных и выберите идентификатор чипа.Щелкните, чтобы выделить целевой колодец на чипе, и щелкните значок спектра, чтобы отобразить массовый спектр. Щелкните правой кнопкой мыши, чтобы выбрать диалоговое окно настройки и обрезать определенный диапазон спектра в новом окне, затем щелкните по оси X, чтобы ввести верхнюю и нижнюю границы M by Z, и нажмите OK, чтобы показать указанный спектр диапазона, включая интересующие сигналы. Чтобы измерить пиковую высоту сигналов M по значениям Z, соответствующим подложке урацила, изделию AP и шаблону, нажмите на пик и просмотрите пиковую высоту в левом верхнем углу экрана.Наконец, чтобы сохранить спектр для ведения записей, щелкните правой кнопкой мыши экспорт и выберите тип файла как JPEG в раскрывающемся списке. Нажмите на назначение и просмотрите диск, чтобы выбрать запоминающее устройство в раскрывающемся списке, затем введите имя файла и нажмите кнопку экспорт. Модельная система для анализа ДНК-гликозилазы показана здесь.19 нуклеотидная шаблонная ДНК осталась неизменной после гидролиза гликозилазы. Таким образом, сигнал может служить ориентиром для количественного определения продукта AP. Разница одного нуклеотида между субстратом и соответствующим шаблоном привела к хорошо разделенному профилю сигнала для обоих.Сигнал продукта AP также был хорошо отделен от сигнала субстрата, содержащего урацил. Для анализа данных MS были измерены пиковые высоты. Анализ временного курса для активности UDG на 0,01, 0,02, 0,05 и 0,1 продемонстрировал как дозовую, так и временную зависимость.Приведен пример графика скорости реакции с относительной интенсивностью сигнала МС продукта и подложки в наномолярных концентрациях. Скорость реакции UDG представлена в виде наномолей участка AP, образующихся в секунду. KM и VMAX были рассчитаны по графику Lineweaver Burk.Измеренная единица масс-спектрометрии MALDI-TOF была пропорциональна определенной единице от 0,001 единицы до 0,02 единицы с заметным коэффициентом определения. Здесь показано ингибирование активности UDG ингибитором урацилгликозилазы. В присутствии 100 пикомол ингибитора активность 0,05 единиц UDG была ингибирована до неопределяемого уровня, и IC50 оказался 7,6 пикомол.Поскольку размеры АП являются лабильными и могут быть гидролизованы реакцией бета-элиминации при экстремальном рН и повышенной температуре, закалка анализа должна выполняться на льду в течение определенного периода. Кроме того, используйте рН-метр, чтобы гарантировать, что HCL подкисляет реакционный буфер до желаемого pH, а основание триса нейтрализует смесь продукта должным образом. Этот метод также может быть модифицирован для анализа бифункциональной ДНК-гликозилазы.Например, U+2 T3 является подходящим субстратом для анализа формамидопиримидина ДНК-гликозилазы. Продукты расщепления активности лигазы FPG AP могут быть легко обнаружены по массе MALDI-TOF. Этот метод может стать эталонным методом для измерения монофункциональной гликозилазы, а также может быть использован в качестве инструмента для скрининга ингибиторов гликозилазы для фармацевтической разработки.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Времяразрешенная ионизацией электрораспылением водорода дейтерий Обмен масс-спектрометрии для изучения белка структуры и динамики

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Разрешающая Affinity Очищенная Белковые комплексы от Синей Native ПААГ и белка корреляции профилирование

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Липидное Выделение капельного для количественной анализа масс-спектрометрии

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics внеклеточного матрикса: Метод анализа интактного гликопептидных использованием масс-спектрометрии

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Оптимальная подготовка формалин фиксированной образцы для пептида основан матрицу помогает лазерная десорбция/ионизации масс-спектрометрия визуализации рабочих процессов

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Корректура и ДНК ремонт пробирного анализа единичных нуклеотидных расширение и MALDI-TOF масс-спектрометрии с помощью

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Обнаружение мест убиквитирования белка путем обогащения пептида и масс-спектрометрии

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

НитропептидНое профилирование и идентификация Иллюстрировано Ангиотензином II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Образец Подготовки для зонда Электроспрей ионизации масс-спектрометрии

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Количественный анализ клеточного липидома Сахаромиса Церевизии с использованием жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...