Name: uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis
Uploaded: 2022-04-22T14:00:00
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Agradecemos al NCFPB Integrated Core Facility for Functional Genomics (Taipei, Taiwán) y al Laboratorio de Farmacogenómica del NRPB (Taipei, Taiwán) por su apoyo técnico. Este trabajo fue apoyado por el Ministerio de Ciencia y Tecnología, Taiwán, R.O.C. [número de subvención MOST109-2314-B-002 -186 a K.-Y.S., MOST 107-2320-B-002-016-MY3 a S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-043 a W.-h.F.]. H.-L.C. ha recibido una beca de doctorado de la Universidad Nacional de Taiwán. Financiación para la tasa de acceso abierto: Ministerio de Ciencia y Tecnología, R.O.C.

1. Preparación de sustrato/plantilla
<ol><li>Diseñe sustrato de uracilo / dúplex de plantilla con un contenido equilibrado de G + C de ~ 50 ± 10% y una temperatura de fusión mínima de 50 ° C para la región dúplex. NOTA: Una diferencia de nucleótidos entre sustratos de 18 nt y plantillas de 19 nt (Tabla 1 y Figura 1) ayuda a una mejor interpretación de la señal de EM y al recocido apropiado. La hebra de plantilla sirve como ADN complementario...

Este documento proporciona un procedimiento detallado para el uso de un método de ensayo UDG MALDI-TOF MS para detectar directamente productos de ADN que contienen AP. Las principales ventajas de este método son que los sustratos que contienen uracilo no contienen etiquetas, son escalables, fáciles de trabajar y ofrecen una mayor flexibilidad en el diseño del sustrato.
La extracción de fenol/cloroformo recomendada por el proveedor de UDG permite la inactivación de la enzima para evitar l...

Aunque el uracilo es una base normal en el ARN, es una lesión común y altamente mutagénica en el ADN genómico. El uracilo puede surgir de la desaminación hidrolítica espontánea/enzimática de una desoxicitidina. En cada célula viva, esta desaminación ocurre 100-500 veces al día en condiciones fisiológicas1,2. Si estas alteraciones no se reparan, puede haber un cambio en la composición de la secuencia de ADN, causando mutación. Como el uracilo en el ADN prefiere emparejarse con dATP durante la replicación, si la citosina se desamina a uracilo, en dos eventos de replicación, habrá una nueva mutación de transición de G:C a A:T en la mitad de la progenie DNA3.
Entre las estrategias celulares para mantener la estabilidad genética, la reparación por escisión de bases (BER) es un mecanismo esencial que repara las bases dañadas, como el uracilo, en el ADN4. BER es un proceso altamente conservado evolutivamente. Existen dos vías generales de BER: la vía de parche corto que conduce a un tracto de reparación de un solo nucleótido y la vía de parche largo que produce un tracto de reparación de al menos dos nucleótidos5. BER es un mecanismo coordinado que se produce en varios pasos. El primer paso en BER es la hidrólisis enzimática de la base de nucleótidos dañada por una GLICosilasa de ADN específica del daño para generar un sitio intermedio apurínico/apirimidínico (AP)6. Esto es seguido por la escisión de la columna vertebral de azúcar-fosfato en el sitio AP por una endonucleasa, la limpieza de los extremos del ADN por una liasa, el llenado de huecos por una ADN polimerasa y el sellado del corte final por una ligasa5.
La uracilo-ADN glicosilasa (UDG) hidroliza el uracilo del ADN que contiene uracilo para BER en Escherichia coli. Los ensayos convencionales de UDG que utilizan ADN radiomarcado que involucran diferentes técnicas de separación6,7,8,9,10,11,12,13 suelen requerir mucho tiempo, mano de obra, con costosos reactivos de etiquetado, procedimientos complicados y que requieren capacitación y práctica intensivas para reducir los riesgos de exposición a materiales radiactivos. Se han desarrollado ensayos fluorométricos de oligonucleótidos como sustituto del etiquetado de radioisótopos14, además de balizas moleculares y tecnología de transferencia de energía de resonancia de Förster15,16,17,18,19,20. Sin embargo, se requiere un etiquetado específico para todos los métodos antes mencionados. Recientemente se han desarrollado ensayos de biosensores libres de etiquetas21,22,23 y métodos colorimétricos basados en la formación de un G-quadruplex24,25,26. Sin embargo, múltiples pares A:U o secuencias especialmente diseñadas en las sondas complican la definición de la unidad enzimática.
MALDI-TOF MS es una tecnología que podría ser de gran utilidad en el análisis de ADN. Las aplicaciones desarrolladas incluyen el genotipado de polimorfismo de un solo nucleótido27,28, el análisis de nucleótidos modificados29 y la identificación intermedia de reparación de ADN30,31,32,33,34. MALDI-TOF MS debe adoptarse fácilmente para el análisis de glicosilasa de ADN para detectar productos de ADN que contienen sitios AP. Sin embargo, los sitios AP en el ADN son propensos a la rotura de hebras bajo muchas condiciones experimentales33. Aquí se presenta un ensayo UDG utilizando MALDI-TOF MS para medir directamente la producción del sitio AP sin un ruido significativo de rotura de hebras. Este método sin etiqueta es fácil de trabajar y tiene un alto potencial para la aplicación farmacéutica de la detección de inhibidores de la GLUCosilasa de ADN.

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	<tbody>
		<tr>
			<td>2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol (Tris base)</td>
			<td>J.T baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved deionized water</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>J.T Baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td>AQUAGLOVE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2,3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ice bucket</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(0.5-10 &#181;L)</td>
			<td>extra gene</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(1,250 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(200 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 4, 5 
			Mass spectrometry control programs include Typer Chip Linker, SpectroACQUIRE, and Start RT Process.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY Nanodispenser</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td>RS1000</td>
			<td>Protocol 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Kubota</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Clubio</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube (1.5 mL)</td>
			<td>National scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube rack</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P1000)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P10)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P100)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P200)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (SL2)</td>
			<td>Rainin</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Singapore)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quest Graph IC50 Calculator (v.1)</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Fig. 4 
			https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator-v1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide (NaOH)</td>
			<td>WAKO</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td>Protocol 3, 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td>Protocol 6 
			Typer 4.0 consists four programs including Assay Designer, Assay Editor, Plate Editor, and Typer Analyzer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UDG Reaction Buffer (10x)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B0280S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil Glycosylase Inhibitor</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0281S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil-DNA Glycosylase</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0280L</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-VISBLE spectrophotometer UV-1601</td>
			<td>SHIMADZU</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>ZETA ZC-4000 (Taiwan.Inc)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis

La uracilo-ADN glicosilasa (UDG) es un componente clave en la vía de reparación de la escisión de base para la corrección del uracilo formado por la desaminación hidrolítica de la citosina. Por lo tanto, es crucial para el mantenimiento de la integridad del genoma. Se desarrolló un método altamente específico, no etiquetado, no radioisotópico para medir la actividad de UDG. Un dúplex de ADN sintético que contenía un uracilo específico del sitio fue escindido por UDG y luego sometido a un análisis de espectrometría de masas de tiempo de vuelo asistido por láser / ionización asistido por matrix (MALDI-TOF MS). Se estableció un protocolo para preservar el producto del sitio apurínico/apirimidínico (AP) en el ADN sin rotura de hebra. El cambio en el valor m/z del sustrato al producto se utilizó para evaluar la hidrólisis de uracilo por UDG. Se utilizó un sustrato G:U para el análisis cinético UDG que arrojó el Km = 50 nM, Vmax = 0.98 nM/s y Kcat = 9.31 s-1. La aplicación de este método a un ensayo de inhibidor de la uraciloglicosasa (UGI) arrojó un valor de IC50 de 7,6 pM. La especificidad de UDG utilizando uracilo en varias posiciones dentro de sustratos de ADN de cadena simple y doble cadena demostró diferentes eficiencias de escisión. Por lo tanto, este método SIMPLE, rápido y versátil MALDI-TOF MS podría ser un excelente método de referencia para varias glucosilasas de ADN monofuncionales. También tiene el potencial como una herramienta para la detección de inhibidores de la GLUCosilasa de ADN.

Plantillas y sustratos Tomando como ejemplo los oligonucleótidos sintéticos con U en el centro (U+9) emparejados con una plantilla G (Figura 1A), se puede utilizar un control en blanco de las cantidades equimolares de plantilla y sustrato que contiene uracilo para el control de calidad de la pureza de los oligonucleótidos sintéticos (Figura 1B; las señales coinciden con el m/z designado y el bajo ruido de fondo). Para el análisis de los...

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Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis

Se desarrolló un método no radioisotópico no marcado para evaluar la actividad de la uracilo-ADN glicosilasa utilizando la espectrometría de masas MALDI-TOF para el análisis directo de productos que contienen sitios apurínicos/apirimidínicos. El ensayo demostró ser bastante simple, específico, rápido y fácil de usar para la medición de la GLICosilasa de ADN.

Ensayo de uracilo-ADN glicosilasa mediante desorción láser asistida por matriz/análisis de espectrometría de masas de tiempo de vuelo

Uracil-DNA glycosylase (UDG) is a key component in the base excision repair pathway for the correction of uracil formed from hydrolytic deamination of ...

Los mecanismos de reparación del ADN son muy importantes para mantener la integridad del genoma en todos los organismos vivos. La uracilo-ADN glicosilasa es una proteína crucial de reparación del ADN en la vía básica de reparación de tejidos. Usando la espectrometría de masas MALDI-TOF, podemos detectar directamente el producto AP para el ensayo de actividad enzimática.El ensayo convencional de glicosilasa requiere trabajo de parto de sustrato. Este método no contiene etiquetas y detecta directamente el cambio de masa de un sustrato de uracilo a un producto AP. Otras ventajas incluyen alta especificidad, versatilidad, escalabilidad, rapidez y facilidad de rendimiento.Hemos utilizado E.coli uracilo-ADN glicosilasa como ejemplo. Este método se puede modificar fácilmente para otros ensayos de ADN glicosilasa. El personal de laboratorio bien capacitado con habilidades precisas de pipeteo y dilución es esencial.Se deben utilizar reactivos recién preparados y tampones bajos en sal para obtener mejores señales y menos ruido de fondo. Demostrando el procedimiento estará Hui-Lan Chang, un estudiante de doctorado de mi laboratorio. Para un ensayo de ADN glicosilasa utilizando sustrato portador de base de guanina-uracilo de T1 U + 9 dúplex, agregue 70 microlitros de agua, 10 microlitros de glicosilasa de uracilo-ADN 10X o tampón de reacción UDG, cinco microlitros de stock T1 y cinco microlitros de stock U + 9 en un tubo de microcentrífuga estéril de 1.5 mililitros.Cierre el tubo antes de incubarlo en un baño de agua durante 30 minutos a 65 grados centígrados, seguido de 30 minutos a 37 grados centígrados y, finalmente, en hielo durante tres minutos para garantizar el recocido adecuado del dúplex de la plantilla de sustrato. A continuación, en un nuevo tubo de 1,5 mililitros, agregue 49 microlitros de tampón de reacción UDG helado frío y un microlitro de UDG diluido, luego prepare diluciones en serie con el tampón UDG para las concentraciones de enzimas deseadas y coloque el UDG diluido en hielo. A continuación, en otro tubo de 1,5 mililitros, agregue nueve microlitros de la mezcla de sustrato preparada y caliéntela previamente a 37 grados centígrados, luego agregue un microlitro del UDG diluido y mueva el tubo para mezclar el contenido.Centrifugar brevemente la mezcla de reacción y colocar el tubo inmediatamente para la incubación a 37 grados centígrados. Utilice el temporizador para cronometrar la reacción. Para la terminación de la reacción, prepare ácido clorhídrico molar 0.25 y solución base de tris molar 0.23.Use el medidor de pH para confirmar el pH al preparar el reactivo y probar con una tira de pH antes de operar el paso de terminación de la reacción, luego acidifique 10 microlitros de tris-EDTA con un microlitro de ácido clorhídrico molar 0.25 y asegúrese de que el pH esté alrededor de dos más o menos 0.5. Neutralice la solución con un microlitro de base tris y asegúrese de que el pH final sea de alrededor de 6.5 más o menos 0.5. A continuación, agregue un microlitro de ácido clorhídrico molar 0.25 a la mezcla de reacción para inactivar la enzima y coloque el tubo en hielo durante seis minutos, luego agregue un microlitro de base tris para neutralizar los productos de ADN y evitar la rotura del sitio AP por exposición prolongada al ácido.Después de agregar 13 microlitros de tris-EDTA para aumentar el volumen de la mezcla de productos para la transferencia de virutas de matriz, coloque el tubo sobre hielo. Finalmente, transfiera los productos de reacción UDG de 25 microlitros de los tubos de microcentrífuga a una placa de microtitulación de 384 pocillos. Abra la puerta del dispensador de nanolitros y cargue la placa de microtitulación de 384 pocillos en el soporte de la placa de la cubierta, luego inserte la matriz de chips en la posición correspondiente de la placa de exploración.Coloque la placa de exploración cargada en la plataforma de procesamiento del dispensador de nanolitros y cierre la puerta. Toque el botón de ejecución en la pantalla de transferencia y espere a que el instrumento comience a dispensar muestras desde la placa de microtitulación hasta el chip de matriz. A continuación, utilizando la opción de pestaña de visión, muestre la imagen del chip y los volúmenes de dispensación para cada punto durante la dispensación.Asegúrese de que el volumen manchado en el chip esté en el rango de cinco a 10 nanolitros. Utilizando el programa de aplicación apropiado, prepare un archivo xlsx que contenga el valor de señal predicho M por Z para la importación. A continuación, utilice el programa de aplicación para crear y definir un nuevo ensayo UDG haciendo clic con el botón secundario en la opción importar grupo de ensayo en formato de diseñador y seleccionando el archivo de Excel de la lista desplegable.A continuación, haga clic con el botón derecho en el botón de la placa del proyecto del cliente y haga clic en la parte superior del árbol de opciones desplegable para establecer una nueva placa de ensayo. A continuación, en el cuadro de diálogo, escriba un nombre de archivo. Y en el menú desplegable Tipo de placa, seleccione el tipo de placa de 384 pocillos.Presione OK y espere a que aparezca una placa en blanco a la derecha de la pantalla. A continuación, haga clic en la opción de ensayo y seleccione el ensayo en la lista desplegable. Para asignar el ensayo seleccionado a cada posición del punto de muestra en la placa, mueva el cursor a cada posición de la placa en blanco, haga clic para resaltar el pozo y haga clic con el botón derecho para seleccionar agregar placas.Con un ordenador de sobremesa o portátil, prepare una lista de trabajo en formato xlsx sin encabezado para todas las muestras del chip, haga clic en el botón Agregar nuevo proyecto de muestra y seleccione el archivo de la lista desplegable para importar la lista de trabajo. Busque todos los códigos de muestra de prueba en la lista de trabajo a la izquierda de la pantalla, luego haga clic en un código de muestra en la lista de trabajo y haga clic con el botón derecho en la posición correspondiente de la placa para vincular las pruebas a cada posición. Presione el botón de entrada / salida del espectrómetro de masas para extender la cubierta y sacar el soporte de virutas.Inserte el chip de muestra en el soporte del chip, coloque el soporte del chip cargado en la cubierta extendida y presione el botón de entrada / salida nuevamente para que el chip de muestra ingrese al instrumento. En el programa de control del espectrómetro de masas, haga doble clic en el icono adquirir. En la ventana de adquisición, haga clic en la pestaña de ejecución automática para iniciar el instrumento y adquirir espectros de masas de las muestras en el chip.Para el análisis de datos, ejecute el programa de análisis de datos, luego navegue por el árbol de la base de datos y seleccione el ID del chip.Haga clic para resaltar un pozo de destino en el chip y haga clic en el icono de espectro para mostrar el espectro de masas. Haga clic con el botón derecho para elegir el cuadro de diálogo de personalización y recortar un rango de espectro específico en una nueva ventana, luego haga clic en el eje x para escribir los límites superior e inferior de M por Z y presione OK para mostrar el espectro de rango especificado, incluidas las señales de interés. Para medir la altura máxima de las señales M por Z valores correspondientes al sustrato de uracilo, producto AP y plantilla, haga clic en el pico y vea la altura máxima en la esquina superior izquierda de la pantalla.Finalmente, para guardar el espectro para el mantenimiento de registros, haga clic con el botón derecho en exportar y seleccione el tipo de archivo como JPEG en la lista desplegable. Haga clic en destino y busque el disco para seleccionar el dispositivo de almacenamiento en la lista desplegable, luego escriba el nombre del archivo y haga clic en exportar. El sistema modelo para un ensayo de ADN glicosilasa se muestra aquí.El ADN de la plantilla de 19 nucleótidos permaneció sin cambios después de la hidrólisis de la glicosilasa. Por lo tanto, la señal podría servir como referencia para la cuantificación del producto AP. La diferencia de un nucleótido entre el sustrato y la plantilla correspondiente produjo un perfil de señal bien separado para ambos.La señal del producto AP también estaba bien separada de la del sustrato que contenía uracilo. Para el análisis de los datos de EM, se midieron las alturas máximas. El análisis del curso de tiempo para la actividad de UDG en 0.01, 0.02, 0.05 y 0.1 demostró tanto la dosis como la dependencia del tiempo.Aquí se muestra un ejemplo de diagrama de velocidad de reacción con intensidades relativas de señal MS del producto y sustrato en concentraciones nanomolares. La velocidad de reacción UDG se presenta como nanomoles del sitio AP producidos por segundo. El KM y el VMAX se calcularon a partir de la gráfica de Lineweaver Burk.La unidad medida de espectrometría de masas MALDI-TOF fue proporcional a la unidad definida de 0,001 unidades a 0,02 unidades con un coeficiente de determinación apreciable. La inhibición de la actividad de la UDG por un inhibidor de la uraciloglicosasinasa se muestra aquí. En presencia de 100 picomoles del inhibidor, la actividad de 0,05 unidades de UDG se inhibió a un nivel indetectable y se encontró que el IC50 era de 7,6 picomoles.Dado que el tamaño de los AP es lábil y puede hidrolizarse mediante una reacción de eliminación de beta a pH extremo y temperatura elevada, el enfriamiento del ensayo debe realizarse en hielo durante el período definido. Además, use un medidor de pH para asegurarse de que HCL acidifica el tampón de reacción al pH deseado y la base tris neutralizó la mezcla de productos correctamente. Este método también se puede modificar para analizar la ADN glicosilasa bifuncional.Por ejemplo, U+2 T3 es un sustrato adecuado para el ensayo de formulaciónmidopimidina ADN glicosilasa. Los productos de escisión de la actividad de la ligasa FPG AP pueden ser fácilmente detectados por la masa MALDI-TOF. Este método tiene el potencial de convertirse en el método de referencia para la medición monofuncional de la glicosilasa y también se puede utilizar como una herramienta para la detección de inhibidores de la glicosilasa para el desarrollo farmacéutico.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Resuelta en el tiempo de ionización por electrospray de hidrógeno-deuterio Espectrometría de Masas de cambio para el estudio de la estructura proteica y Dinámica

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Investigación

Bioquímica

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Resolver purificado por afinidad Complejos de Proteína de Blue nativo PAGE y de proteínas de perfiles de correlación

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Aislamiento gotas de lípidos para el análisis cuantitativo de Espectrometría de Masas

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics de la matriz extracelular: Un método para el análisis glucopéptidos Intacto El uso de la espectrometría de masas

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Óptima preparación de formol fijada muestras para péptidos basados en matriz asistida por láser de desorción/ionización espectrometría de masas de flujos de trabajo

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Revisión y análisis de la reparación de ADN usando análisis de extensión de un solo nucleótido y MALDI-TOF espectrometría de masa

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Detección de sitios de ubiquitinación de proteínas por enriquecimiento de péptidos y espectrometría de masas

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Perfilado e identificación de nitropéptidos ilustrados por Angiotensin A II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Preparación de muestras para espectrometría de masas de ionización por electrospray de sonda

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Análisis cuantitativo del lipidomo celular de Saccharomyces Cerevisiae utilizando cromatografía líquida junto con espectrometría de masas en tándem

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...