Name: uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis
Uploaded: 2022-04-22T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Vi tackar NCFPB Integrated Core Facility for Functional Genomics (Taipei, Taiwan) och NRPB Pharmacogenomics Lab (Taipei, Taiwan) för deras tekniska support. Detta arbete stöddes av ministeriet för vetenskap och teknik, Taiwan, R.O.C. [bidragsnummer MOST109-2314-B-002 -186 till K.-Y.S., MOST 107-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S.-Y.C., MOST 110-2320-B-002-016-MY3 till S H.-L.C. är mottagare av ett doktorandstipendium från National Taiwan University. Finansiering av öppen tillgångsavgift: Ministeriet för vetenskap och teknik, R.O.C.

1. Förberedelse av substrat/mall
<ol><li>Designa uracil substrat/mall duplex med en balanserad G +C-innehåll på ~50 ± 10% och minsta smälttemperatur på 50 °C för duplexregionen. OBS: En nukleotidskillnad mellan 18 ton substrat och 19 ton mallar (tabell 1 och figur 1) hjälper till att förbättra MS-signaltolkningen och lämplig glödgning. Mallsträngen fungerar som kompletterande DNA för att generera A-U- eller G-U-missmatchningar (ta...

Detta dokument ger en detaljerad procedur för att använda en UDG MALDI-TOF MS-analysmetod för att direkt upptäcka AP-innehållande DNA-produkter. De främsta fördelarna med denna metod är att uracilhaltiga substrat är etikettfria, skalbara, lätta att arbeta med och ger större flexibilitet i substratdesign.
UDG-leverantörsrekommenderad fenol/kloroform extraktion möjliggör inaktivering av enzymet för att förhindra nedbrytning av produktens DNA. Fenol extraktion protokollet innebär...

Även om uracil är en normal bas i RNA, är det en vanlig och mycket mutagena lesion i genomisk DNA. Uracil kan uppstå från spontana/enzymatiska hydrolytiska deamination av en deoxycytidin. I varje levande cell sker denna deamination 100-500 gånger per dag under fysiologiska förhållanden1,2. Om dessa förändringar inte repareras kan det ske en förändring i DNA-sekvenssammansättningen, vilket orsakar mutation. Som uracil i DNA föredrar att para ihop med dATP under replikering, om cytosin deaminerar till uracil, i två replikeringshändelser, kommer det att finnas en ny G:C till A: T övergångsmutation i hälften av avkomman DNA3.
Bland de cellulära strategierna för att upprätthålla genetisk stabilitet är basexcisionsreparation (BER) en viktig mekanism som reparerar skadade baser, såsom uracil, i DNA4. BER är en mycket evolutionärt bevarad process. Det finns två allmänna BER-vägar: kortplåstervägen som leder till ett reparationsorgan av en enda nukleotid och den långa plåstervägen som producerar ett reparationsområde på minst två nukleotider5. BER är en samordnad mekanism som sker i flera steg. Det första steget i BER är den enzymatiska hydrolysen av den skadade nukleotidbasen genom en skadespecifik DNA-glykosylas för att generera en apurinisk/apyrimidinisk (AP) mellanliggande plats6. Detta följs av klyvningen av sockerfosfatstommen på AP-platsen genom en endonukleas, sanering av DNA-ändarna med en lyas, gapfyllning av ett DNA-polymeras och förseglar det sista smeknamnet med en ligase5.
Uracil-DNA glykosylas (UDG) hydrolyserar uracilen från uracilinnehållande DNA för BER i Escherichia coli. Konventionella UDG-analyser som använder radiomärkt DNA med olika separationstekniker6,7,8,9,10,11,12,13 är vanligtvis tidskrävande, arbetsintensiva, med kostsamma märkning av reagenser, komplicerade förfaranden och kräver intensiv utbildning och övning för att minska riskerna för exponering för radioaktiva material. Fluorometriska oligonukleotidanalyser har utvecklats som en ersättning för radioisotopemärkning14, förutom molekylära fyrar och Försters resonansenergiöverföringsteknik15,16,17,18,19,20. Särskild märkning krävs dock för alla ovannämnda metoder. Nyligen etikettfria biosensorer analyser21,22,23 och kolorimetriska metoder baserade på bildandet av en G-quadruplex24,25,26 har utvecklats. Flera A:U-par eller specialdesignade sekvenser i sonderna komplicerar dock enzymenhetsdefinitionen.
MALDI-TOF MS är en teknik som kan vara till stor nytta i DNA-analys. Tillämpningar som utvecklats inkluderar single-nucleotide polymorphism genotyping27,28, modifierad nukleotidanalys29 och DNA-reparation mellanliggande identifiering30,31,32,33,34. MALDI-TOF MS bör lätt antas för DNA-glykosylasanalys för att upptäcka DNA-produkter som innehåller AP-plats. AP-platser i DNA är dock benägna att stranda under många experimentella förhållanden33. En UDG-analys presenteras här med MALDI-TOF MS för att direkt mäta produktionen av AP-anläggningen utan betydande strandbrytningsbuller. Denna etikettfria metod är lätt att arbeta med och har en hög potential för läkemedelstillämpning av DNA-glykosylashämmare screening.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol (Tris base)</td>
			<td>J.T baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Autoclaved deionized water</td>
			<td>MILLIPORE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>J.T Baker</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gloves</td>
			<td>AQUAGLOVE</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2,3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>SIGMA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ice bucket</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(0.5-10 &#181;L)</td>
			<td>extra gene</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(1,250 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low retention pipette tips(200 &#181;L)</td>
			<td>national scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 4, 5 
			Mass spectrometry control programs include Typer Chip Linker, SpectroACQUIRE, and Start RT Process.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassARRAY Nanodispenser</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td>RS1000</td>
			<td>Protocol 3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Kubota</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Clubio</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube (1.5 mL)</td>
			<td>National scientific supply co, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge tube rack</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P1000)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette&#160; (P2)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P10)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P100)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (P200)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Micropipette (SL2)</td>
			<td>Rainin</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligonucleotides</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (Singapore)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1,2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quest Graph IC50 Calculator (v.1)</td>
			<td>AAT Bioquest, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Fig. 4 
			https://www.aatbio.com/tools/ic50-calculator-v1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide (NaOH)</td>
			<td>WAKO</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpectroCHIP array</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#01509</td>
			<td>Protocol 3, 5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer</td>
			<td>Taiwan.Inc</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Typer 4.0 software</td>
			<td>&#160;Agena Bioscience, CA</td>
			<td>#10145</td>
			<td>Protocol 6 
			Typer 4.0 consists four programs including Assay Designer, Assay Editor, Plate Editor, and Typer Analyzer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UDG Reaction Buffer (10x)</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>B0280S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil Glycosylase Inhibitor</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0281S</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil-DNA Glycosylase</td>
			<td>New England Biolabs, MA</td>
			<td>M0280L</td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-VISBLE spectrophotometer UV-1601</td>
			<td>SHIMADZU</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>ZETA ZC-4000 (Taiwan.Inc)</td>
			<td></td>
			<td>Protocol 2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

uracil-dna glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis

Uracil-DNA glykosylas (UDG) är en nyckelkomponent i den grundläggande excisionsreparationsvägen för korrigering av uracil som bildas av hydrolytisk deamination av cytosin. Därför är det avgörande för genomintegritetsunderhåll. En mycket specifik, icke-märkt, icke-radio-isotopisk metod utvecklades för att mäta UDG verksamhet. En syntetisk DNA duplex som innehåller en plats-specifika uracil klyvs av UDG och sedan utsattes för Matrix-assisterad laser desorption/jonisering tid-av-flygning masspektrometri (MALDI-TOF MS) analys. Ett protokoll upprättades för att bevara den apurinic/apyrimidinic plats (AP) produkten i DNA utan strandbrytning. Förändringen i m/z-värdet från substratet till produkten användes för att utvärdera uracil hydrolys av UDG. Ett G:U substrat användes för UDG kinetisk analys som gav Km = 50 nM, Vmax = 0,98 nM/s och Kcat = 9,31 s-1. Tillämpningen av denna metod på en uracil glykosylashämmare (UGI) visade ett IC50-värde på 7, 6 pM. UDG-specificiteten med hjälp av uracil på olika positioner inom enkelsträngade och dubbelsträngade DNA-substrat visade olika klyvningseffektivitet. Således kan denna enkla, snabba och mångsidiga MALDI-TOF MS-metod vara en utmärkt referensmetod för olika monofunktionella DNA-glykosylaser. Det har också potential som ett verktyg för DNA glykosylashämmare screening.

Mallar och substrat Med syntetiska oligonukleotider med U i mitten (U+9) parat med en G-mall som exempel (figur 1A), kan en tom kontroll av likmolära mängder mall och uracilhaltigt substrat användas för kvalitetskontroll av syntetisk oligonukleotidrenhet (figur 1B; signalerna matchar den angivna m/z och det låga bakgrundsljudet). För analysen av MS-data mättes topphöjderna (figur 2). 19 nt mall DNA förv?...

Watch this Scientific Journal Video about Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis at JoVE.com

Uracil-DNA Glycosylase Assay by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry Analysis

En icke-märkt, icke-radio-isotopisk metod för att analysera uracil-DNA glykosylas aktivitet utvecklades med maldi-TOF masspektrometri för direkt apurinic/apyrimidinic platsinnehållande produktanalys. Analysen visade sig vara ganska enkel, specifik, snabb och lätt att använda för DNA-glykosylasmätning.

Uracil-DNA Glykosylasanalys av Matrix-assisterad laserdesorption/joniseringStid för flygning Masspektrometrianalys

Uracil-DNA glycosylase (UDG) is a key component in the base excision repair pathway for the correction of uracil formed from hydrolytic deamination of ...

DNA-reparationsmekanismer är mycket viktiga för att upprätthålla genomintegriteten i alla levande organismer. Uracil-DNA glykosylas är ett avgörande DNA-reparationsprotein i den grundläggande vävnadsreparationsvägen. Med hjälp av MALDI-TOF masspektrometri kan vi direkt detektera AP-produkt för enzymaktivitetsanalys.Konventionell glykosylasanalys kräver substratarbete. Denna metod är etikettfri och detekterar direkt massförändringen från ett uracilsubstrat till AP-produkt. Andra fördelar inkluderar hög specificitet, mångsidighet, skalbarhet, snabbhet och lätt att utföra.Vi har använt E.coli uracil-DNA glykosylas som exempel. Denna metod kan enkelt modifieras för andra DNA-glykosylasanalyser. Välutbildad laboratoriepersonal med noggrann pipettering och utspädningsförmåga är avgörande.Nyberedda reagenser och låga saltbuffertar bör användas för bättre signaler och mindre bakgrundsljud. Hui-Lan Chang, doktorand från mitt laboratorium, visar proceduren. För en DNA-glykosylasanalys med guanin-uracil basbärande substrat av T1 U+9 duplex, tillsätt 70 mikroliter vatten, 10 mikroliter av 10X uracil-DNA glykosylas eller UDG-reaktionsbuffert, fem mikroliter T1-lager och fem mikroliter U +9-lager i en 1,5 ml steril mikrocentrifugerör.Stäng röret innan du inkuberar det i ett vattenbad i 30 minuter vid 65 grader Celsius, följt av 30 minuter vid 37 grader Celsius och slutligen på is i tre minuter för att säkerställa korrekt glödgning av substratmallen duplex. Lägg sedan till 49 mikroliter iskall UDG-reaktionsbuffert och en mikroliter utspädd UDG i ett nytt 1,5 milliliterrör, förbered sedan seriella utspädningar med UDG-bufferten för önskade enzymkoncentrationer och placera den utspädda UDG på is. Lägg sedan till nio mikroliter av den beredda substratblandningen i ytterligare 1,5 milliliter och förvarna den vid 37 grader Celsius, tillsätt sedan en mikroliter av den utspädda UDG och snärta röret för att blanda innehållet.Centrifugera reaktionsblandningen kort och placera röret omedelbart för inkubation vid 37 grader Celsius. Använd timern för att taja reaktionen. För reaktionsavslutning, bered 0,25 molar saltsyra och 0,23 molar tris baslösning.Använd pH-mätare för att bekräfta pH-värdet vid beredning av reagens och testning med pH-remsa innan du använder reaktionsavslutningssteget, surbringa sedan 10 mikroliter tris-EDTA med en mikroliter på 0,25 molarhydroklorsyra och se till att pH-värdet är cirka två plus eller minus 0,5. Neutralisera lösningen med en mikroliter trisbas och se till att det slutliga pH-värdet är cirka 6,5 plus eller minus 0,5. Tillsätt sedan en mikroliter på 0,25 molarhydroklorsyra till reaktionsblandningen för att inaktivera enzymet och placera röret på is i sex minuter, tillsätt sedan en mikroliter trisbas för att neutralisera DNA-produkterna och undvika AP-platsbrott genom långvarig exponering för syra.Efter tillsats av 13 mikroliter tris-EDTA för att öka volymen på produktblandningen för matrischipöverföring, placera röret på is. Slutligen överför alla 25 mikroliter UDG-reaktionsprodukter från mikrocentrifugerör till en 384-väl mikrotiterplatta. Öppna dörren till nanoliterdispensern och ladda 384-brunnsmikrotiterplattan på däckets plåthållare och sätt sedan in matrischipmatrisen i motsvarande scoutplatta.Placera den laddade spaningsplattan på nanoliterdispenserns bearbetningsdäck och stäng dörren. Tryck på körknappen på överföringsskärmen och vänta tills instrumentet börjar dela ut prover från mikrotiterplattan till matrischipet. Visa sedan bilden av chipet och dispensevolymerna för varje plats under dispensering med alternativet vision tab.Se till att den prickiga volymen på chipet ligger inom intervallet fem till tio nanoliter. Med lämpligt program förbereder du en xlsx-fil som innehåller det förväntade värdet M by Z för import. Använd sedan programmet för att skapa och definiera en ny UDG-analys genom att högerklicka på importanalysgruppen i designerformat och välja Excel-filen i listrutan.Högerklicka sedan på knappen kundprojektplatta och klicka på toppen av listrutans alternativträd för att upprätta en ny analysplatta. Skriv sedan in ett filnamn i dialogrutan. Och i listrutan väljer du 384-brunnsplattan.Tryck på OK och vänta tills en tom platta visas till höger på skärmen. Klicka sedan på analysalternativet och välj analysen i listrutan. Om du vill tilldela den valda analysen till varje provpunktposition på plattan flyttar du markören till varje plats på den tomma plattan, klickar för att markera brunnen och högerklickar för att markera lägg till plack.Använd en stationär eller bärbar dator och förbered en arbetslista i xlsx-format utan rubrik för alla exempel på chippet, klicka sedan på knappen Lägg till nytt exempelprojekt och välj filen i listrutan för att importera arbetslistan. Leta efter alla provkoder i arbetslistan till vänster på skärmen, klicka sedan på en exempelkod i arbetslistan och högerklicka på plattans motsvarande position för att länka testerna till varje position. Tryck på in/ut-knappen på masspektrometern för att förlänga däcket och ta ut spånhållaren.Sätt in provchipet i spånhållaren, placera den laddade spånhållaren på det förlängda däcket och tryck in/ut-knappen igen för att provchipet ska komma in i instrumentet. Dubbelklicka på ikonen Hämta i kontrollprogrammet för masspektrometer. I det förvärvade fönstret klickar du på fliken kör automatiskt för att starta instrumentet och skaffa massspektra från proverna på chipet.För dataanalys kör du dataanalysprogrammet, bläddrar sedan i databasträdet och väljer chip-ID.Klicka för att markera ett mål väl på chipet och klicka på spektrumikonen för att visa massspektrumet. Högerklicka för att välja anpassningsdialogrutan och beskära ett visst spektrumområde i ett nytt fönster, klicka sedan på x-axeln för att skriva in de övre och nedre gränserna för M by Z och tryck på OK för att visa det angivna intervallspektrumet inklusive intressesignalerna. Om du vill mäta signalernas topphöjd M med Z-värden som motsvarar uracilsubstratet, AP-produkten och mallen klickar du på toppen och visar topphöjden i skärmens övre vänstra hörn.Slutligen högerklickar du på exportera om du vill spara spektrumet för postunderhållning och väljer filtyp som JPEG i listrutan. Klicka på mål och bläddra på disken för att välja lagringsenheten i listrutan och skriv sedan filnamnet och klicka på exportera. Modellsystemet för en DNA-glykosylasanalys visas här.19 nukleotid mall DNA förblev oförändrade efter glykosylas hydrolys. Signalen kan därför fungera som referens för kvantiteten av AP-produkten. Skillnaden mellan en nukleotid mellan substratet och motsvarande mall gav en väl separerad signalprofil för båda.Signalen från AP-produkten var också väl separerad från den uracilhaltiga substratet. För MS-dataanalys mättes topphöjderna. Tidskursanalys för UDG-aktivitet vid 0, 01, 0, 02, 0, 05 och 0, 1 visade både dos- och tidsberoende.Ett exempel på reaktionshastighetsdiagram med relativ MS-signalintensitet för produkten och substratet i nanomolära koncentrationer visas här. UDG-reaktionshastigheten presenteras som nanomol på AP-platsen som produceras per sekund. KM och VMAX beräknades från Lineweaver Burk-tomten.Masspektrometrimätenheten MALDI-TOF var proportionell mot den definierade enheten från 0,001 enheter till 0,02 enheter med en märkbar bestämningskoefficient. Hämningen av UDG-aktivitet med en uracil glykosylashämmare visas här. I närvaro av 100 picomoles av inhibitoren hämmades aktiviteten hos 0, 05 enheter UDG till en oidentifierbar nivå och IC50 befanns vara 7,6 picomoles.Eftersom AP-storleken är labil och kan hydrolyseras genom en betaelimineringsreaktion vid extremt pH och förhöjd temperatur, bör analyssläckning utföras på is under den definierade perioden. Använd också en pH-mätare för att säkerställa att HCL försurar reaktionsbufferten till önskat pH- och trisbas neutraliserade produktblandningen ordentligt. Denna metod kan också modifieras för att analysera bifunktionell DNA glykosylas.U+2 T3 är till exempel ett lämpligt substrat för formamidopyrimidin DNA glykosylasanalys. Klyvningsprodukterna för FPG AP ligase aktivitet kan lätt upptäckas av MALDI-TOF massa. Denna metod har potential att bli referensmetod för monofunktionell glykosylasmätning och kan även användas som ett verktyg för screening av glykosylashämmare för läkemedelsutveckling.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

Tidsupplöst elektrosprayjonisering Väte-deuterium Exchange-masspektrometri för att studera Protein Structure and Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Lösa affinitetsrenat proteinkomplex av Blue Native PAGE och protein Korrelation profilering

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipid Droplet Isolation för Kvantitativ masspektrometri Analys

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Glycoproteomics of the Extracellular Matrix: A Method for Intact Glycopeptide Analysis Using Mass Spectrometry

Glycoproteomics av ​​den extracellulära matrisen: En metod för intakt glykopeptiden analys med masspektrometri

Fibrosis is a hallmark of many cardiovascular diseases and is associated with the exacerbated secretion and deposition of the extracellular matrix (ECM). ...

Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows

Optimal förberedelse av formalinbeständiga prover för peptid baserat Matrix assisterad Laser Desorption/jonisering masspektrometri Imaging arbetsflöden

The use of matrix-assisted laser desorption/ionization, mass spectrometry imaging (MALDI MSI) has rapidly expanded, since this technique analyzes a host ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Korrekturläsning och DNA reparation Assay använder Single Nucleotide förlängning och MALDI-TOF-masspektrometri.

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

Detektion av protein ubiquitination platser av peptidanrikning och masspektrometri

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Nitropeptide Profiling and Identification Illustrated by Angiotensin II

Nitropeptid profilering och identifiering illustrerad av angiotensin II

Protein nitration is one of the most important post-translational modifications (PTM) on tyrosine residues and it can be induced by chemical actions of ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Provberedning för probe electrospray jonisering Masspektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kvantitativ analys av cellulär lipidom e av Saccharomyces Cerevisiae med hjälp av flytande kromatografi tillsammans med Tandem Mass Spectrometri

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...