Name: an improved chemotaxis assay for the rapid identification of rhizobacterial chemoattractants in root exudates
Uploaded: 2022-03-25T13:30:00
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이 작품은 중국 국립자연과학재단(31870493, 중국 헤이룽장의 주요 연구개발 프로젝트(GA21B007), 중국 헤이룽장성 대학의 기초연구료(제1호 135409103)가 지원했다.

1. 재료 및 장비
참고: 바실러스 알티투디니스 LZP02 (CP075052)는 이 연구를 위해 중국 북동부의 쌀 의 뿌리부로부터 분리되었다12,13.
<ol><li>문화 B. 알티투디니스 LZP02 에서 루리아-베르타니 (LB) 매체 (펩톤, 10 g L-1; NaCl, L-1 및 효모 추출물 8g, L-1 5g) 10시간. 4°C에서 2분 동안 9,569 x <...

<ol>
	<li>Belas, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilms,+flagella,+and+mechanosensing+of+surfaces+by+bacteria.">Biofilms, flagella, and mechanosensing of surfaces by bacteria.</a> Trends in Microbiology. 22 (9), 517-527 (2014).</li><li>Haichar, Z., Santaella, C., Heulin, T., Achouak, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudates+mediated+interactions+belowground.">Root exudates mediated interactions belowground.</a> Soil Biology and Biochemistry. 77 (7), 69-80 (2014).</li><li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+different+plant+root+exudates+and+their+organic+acid+components+on+chemotaxis,+biofilm+formation+and+colonization+by+beneficial+rhizosphere-associated+bacterial+strains.">Effects of different plant root exudates and their organic acid components on chemotaxis, biofilm formation and colonization by beneficial rhizosphere-associated bacterial strains.</a> Plant and Soil. 374 (1-2), 689-700 (2014).</li><li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+transcriptomic+analysis+of+the+plant-beneficial+rhizobacterium+Bacillus+amyloliquefaciens+SQR9+during+enhanced+biofilm+formation+regulated+by+maize+root+exudates.">Whole transcriptomic analysis of the plant-beneficial rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens SQR9 during enhanced biofilm formation regulated by maize root exudates.</a> BMC Genomics. 16 (1), 685 (2015).</li><li>Lui, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induced+root-secreted+D-galactose+functions+as+a+chemoattractant+and+enhances+the+biofilm+formation+of+Bacillus+velezensis+SQR9+in+an+mcpa-dependent+manner.">Induced root-secreted D-galactose functions as a chemoattractant and enhances the biofilm formation of Bacillus velezensis SQR9 in an mcpa-dependent manner.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 104 (17), 785-797 (2020).</li><li>Vora, S. M., Joshi, P., Belwalkar, M., Archana, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudates+influence+chemotaxis+and+colonization+of+diverse+plant+growth-promoting+rhizobacteria+in+the+Cajanus+cajan+-+Zea+mays+intercropping+system.">Root exudates influence chemotaxis and colonization of diverse plant growth-promoting rhizobacteria in the Cajanus cajan - Zea mays intercropping system.</a> Rhizosphere. 18 (12), 100331 (2021).</li><li>Sampedro, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+halophyte+root+exudates+and+their+components+on+chemotaxis,+biofilm+formation+and+colonization+of+the+halophilic+bacterium+halomonas+anticariensis+FP35T.">Effects of halophyte root exudates and their components on chemotaxis, biofilm formation and colonization of the halophilic bacterium halomonas anticariensis FP35T.</a> Microorganisms. 8 (4), 575 (2020).</li><li>Liu, X. L., Raza, W., Ma, J. H., Huang, Q. W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+dual+role+amino+acid+from+sesbania+rostrata+seed+exudates+in+the+chemotaxis+response+of+Azorhizobium+caulinodans+ORS571.">A dual role amino acid from sesbania rostrata seed exudates in the chemotaxis response of Azorhizobium caulinodans ORS571.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 32 (9), 1134-1147 (2019).</li><li>Ling, N., Raza, W., Ma, J. H., Huang, Q. W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+role+of+organic+acids+in+watermelon+root+exudates+for+recruiting+Paenibacillus+polymyxa+SQR-21+in+the+rhizosphere.">Identification and role of organic acids in watermelon root exudates for recruiting Paenibacillus polymyxa SQR-21 in the rhizosphere.</a> European Journal of Soil Biology. 47 (6), 374-379 (2011).</li><li>Rudrappa, T., Czymmek, K. J., Pare, P. W., Bais, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root-secreted+malic+acid+recruits+beneficial+soil+bacteria.">Root-secreted malic acid recruits beneficial soil bacteria.</a> Plant Physiology. 148 (3), 1547-1556 (2008).</li><li>Shen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+chemotaxis+on+Slipchip.">Bacterial chemotaxis on Slipchip.</a> Lab on a Chip. 14 (16), 3074-3080 (2014).</li><li>Liu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacillus+pumilus+LZP02+promotes+rice+root+growth+by+improving+carbohydrate+metabolism+and+phenylpropanoid+biosynthesis.">Bacillus pumilus LZP02 promotes rice root growth by improving carbohydrate metabolism and phenylpropanoid biosynthesis.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 33 (10), 1222-1231 (2020).</li><li>Goswami, M., Deka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+a+novel+rhizobacteria+having+multiple+plant+growth+promoting+traits+and+antifungal+activity+against+certain+phytopathogens.">Isolation of a novel rhizobacteria having multiple plant growth promoting traits and antifungal activity against certain phytopathogens.</a> Microbiological Research. 240, 126516 (2020).</li><li>Kaiira, M., Chemining'Wa, G., Ayuke, F., Baguma, Y., Nganga, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiles+of+compounds+in+root+exudates+of+rice,+cymbopogon,+desmodium,+mucuna+and+maize.">Profiles of compounds in root exudates of rice, cymbopogon, desmodium, mucuna and maize.</a> Journal of Agricultural Sciences Belgrade. 64 (4), 399-412 (2019).</li><li>Shi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+rice+root+exudates+and+strain+combination+on+biofilm+formation+of+Paenibacillus+polymyxa+and+Paenibacillus+macerans.">Effect of rice root exudates and strain combination on biofilm formation of Paenibacillus polymyxa and Paenibacillus macerans.</a> African Journal of Microbiology Research. 6 (13), 3343-3347 (2012).</li><li>Lee, H. W., Ghimire, S. R., Shin, D. H., Lee, I. J., Kim, K. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+effect+of+the+root+exudates+of+K21,+a+potent+allelopathic+rice.">Allelopathic effect of the root exudates of K21, a potent allelopathic rice.</a> Weed Biology and Management. 8 (2), 85-90 (2008).</li><li>Belimov, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizobacteria+that+produce+auxins+and+contain+1-amino-cyclopropane-1-carboxylic+acid+deaminase+decrease+amino+acid+concentrations+in+the+rhizosphere+and+improve+growth+and+yield+of+well-watered+and+water-limited+potato+(Solanum+tuberosum).">Rhizobacteria that produce auxins and contain 1-amino-cyclopropane-1-carboxylic acid deaminase decrease amino acid concentrations in the rhizosphere and improve growth and yield of well-watered and water-limited potato (Solanum tuberosum).</a> Annals of Applied Biology. 167 (1), 11-25 (2015).</li><li>Ankati, S., Podile, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolites+in+the+root+exudates+of+groundnut+change+during+interaction+with+plant+growth+promoting+rhizobacteria+in+a+strain-specific+manner.">Metabolites in the root exudates of groundnut change during interaction with plant growth promoting rhizobacteria in a strain-specific manner.</a> Journal of Plant Physiology. 243, 153057 (2019).</li><li>Gordillo, F., Chavez, F., Jerez, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Motility+and+chemotaxis+of+Pseudomonas+sp.+B4+towards+polychlorobiphenyls+and+chlorobenzoates.">Motility and chemotaxis of Pseudomonas sp. B4 towards polychlorobiphenyls and chlorobenzoates.</a> FEMS Microbiology Ecology. 60 (2), 322-328 (2007).</li><li>Bais, H. P., Weir, T. L., Perry, L. G., Gilroy, S., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+root+exudates+in+rhizosphere+interactions+with+plants+and+other+organisms.">The role of root exudates in rhizosphere interactions with plants and other organisms.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 233-266 (2006).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant Cell Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Badri, D. V., Weir, T. L., Lelie, D., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizosphere+chemical+dialogues:+plant-microbe+interactions.">Rhizosphere chemical dialogues: plant-microbe interactions.</a> Curr Opin Biotech. Current Opinion in Biotechnology. 20 (6), 642-650 (2009).</li><li>Kamilova, F., Kravchenko, L. V., Shaposhnikov, A. I., Makarova, N., Lugtenberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+tomato+pathogen+Fusarium+oxysporum+f.+sp.+radicis-lycopersici+and+of+the+biocontrol+bacterium+Pseudomonas+fluorescens+WCS365.">Effects of the tomato pathogen Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici and of the biocontrol bacterium Pseudomonas fluorescens WCS365.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 19 (10), 1121-1126 (2006).</li><li>Kamilova, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organic+acids,+sugars,+and+L-tryptophane+in+exudates+of+vegetables+growing+on+stonewool+and+their+effects+on+activities+of+rhizosphere+bacteria.">Organic acids, sugars, and L-tryptophane in exudates of vegetables growing on stonewool and their effects on activities of rhizosphere bacteria.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 19 (3), 250-256 (2006).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant Cell Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Hao, W. Y., Ren, L. X., Ran, W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+effects+of+root+exudates+from+watermelon+and+rice+plants+on+Fusarium+oxysporum+f.sp.+Niveum.">Allelopathic effects of root exudates from watermelon and rice plants on Fusarium oxysporum f.sp. Niveum.</a> Plant and Soil. 336 (1-2), 485-497 (2010).</li><li>Hao, Z. P., Wang, Q., Christie, P., Li, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+potential+of+watermelon+tissues+and+root+exudates.">Allelopathic potential of watermelon tissues and root exudates.</a> Scientia Horticulturae. 112 (3), 315-320 (2007).</li></ol>

증가 연구는 식물 박테리아 상호 작용이 주로 뿌리 에서 발생 하 고 루트 exudates20,21,22,23,24에 의해 영향을 나타냅니다. 식물 뿌리 이출은 페놀산, 유기산 및 아미노산뿐만 아니라 더 복잡한 이차 화합물25,26,27을 포함한 다?...

화학 요법은 뿌리에 식물 성장 촉진 뿌리 균 (PGPR)의 식민지화에 중요 하고 식물-미생물 상호 작용을 이해 1. 식물 뿌리 에서 저분자 화합물 (화학 요법제)의 클래스는 뿌리 부각에 PGPR의 화학 운동을 유도2. 말산, 구연산 및 뿌리 의 다른 성분은 바실러스 균주의 화학 을 자극3. 예를 들어, 옥수수 뿌리에서 포도당, 구연산 및 fumaric 산은 뿌리 표면에 박테리아를 모집4. D-갈라콘토제는 뿌리 에서 유래되어 바실러스 벨레젠시스 SQR95의 화학요법을 유도한다. 유기 산, fumarate를 포함 하 여, 기이 한 산, 그리고 간결, 화학 요법및 카자누스 카잔에서 다양 한 PGPR의 식민지에 영향을 - 제아는 교차 크롭 시스템 6 수 있습니다. 쌀 뿌리에서 올레아놀산은 변속, 변형 FP357에 대한 화학 작용의 역할을 한다. 다른 식물 이출 (히스티딘 포함, 아르기닌, 및 아스파르타트) 박테리아의 화학 반응에 중요 한 역할을 할 수 있습니다8. 식물은 뿌리 권 식민지 동안 첫 번째 단계인 박테리아의 움직임을 지시하는 신호로서의 기능을 추방한다. PGPR에 의한 식물 식민지는 엄청난 관련성의 과정입니다, PGPR은 식물 호스트에 도움이 되기 때문에.
세균 성 화학 요법을 분석하는 데 많은 방법이 사용되었습니다. 상기 수영플레이트 방법은 이전에 설명된 방법 중 하나입니다9. 이 방법에서 플레이트는 반고체 배지로 만들어졌습니다. 한천(1.0%, w/v)을 함유한 화학완충제가 플레이트에 첨가되었다. 버퍼는 가열된 다음 화학 요법자와 혼합됩니다. 이어서, 8μL의 박테리아 현탁액은 플레이트의 중간에 드롭와이즈로 첨가되었고 플레이트는 28°C에서 인큐베이터에 배치되었다. 접시는 정기적으로 관찰되고 촬영되었습니다. 그러나, 수영 플레이트 방법의 실험 주기는 매우 길다. 모세관과 같은 방법10에서, 파이펫 팁은 세균 현탁액의 100 μL을 보유하기위한 챔버 역할을한다. 1 mL 주사기 바늘은 모세관으로 사용되었다. 다른 농도 그라데이션을 가진 화학 물질을 포함하는 주사기 바늘을 100 μL 파이펫 팁에 삽입했습니다. 3시간 동안 실온에서 배양한 후, 주사기 바늘을 제거하고, 함량을 희석시키고 배지상에 도금하였다. 주사기의 세균 축적은 플레이트내의 식민지 형성 단위(CfU)로 표현되었다. 그러나 모세관과 같은 방법에 대한 복제 내의 실험 오차는 컸다. 또 다른 방법은 미세 유체 슬립 칩 장치를 사용했다11. 간략하게, 소 혈청 알부민 (BSA) 용액은 모든 채널에 주입하고 진공을 사용하여 제거되었다. 상이한 화학요법제(질적 검출을 위한 1mM 농도),인산완충식염 및 인산염 완충식식염 버퍼링식 염선 버퍼(음성 대조군)에서 중단된 세균세포(음의 대조군)를 각각 상부, 중간 및 하부 마이크로웰에 첨가하였다. 인큐베이션은 30분 동안 실온에서 어두운 환경에서 수행되었다. 세균성 세포는 마이크로웰에서 그 때 검출되었습니다. 그러나 미세유체 슬립칩 장치는 비용이 많이 들었습니다. 따라서, 상술한 각 방법은 장점과 단점이 있었다.
복잡한 단계 없이 멸균 유리 슬라이드를 사용하여 뿌리 에서 뿌리 줄기균 화학 요법의 신속한 식별을 위한 개선된 화학요법 분석법을 확립했습니다. 이 연구에서는 실험 결과의 여러 비교를 통해, 방법은 전통적인 세균성 화학 요법 방법의 여러 단점을 극복. 이 방법은 플레이트 계수의 오류를 줄이고 실험 주기를 단축시켰다. 따라서, 화학 물질을 식별하는 데 사용되는 경우, 이 새로운 방법은 2-3 일을 절약하고 실험 재료의 비용을 줄일 수 있습니다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2,5-dihydroxybenzoic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>490-79-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>75-05-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>631-61-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Caffeic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>331-39-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Heraeus Fresco17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Citric acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>77-92-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean bench</td>
			<td>Shanghai Boxun Industrial Co., Ltd.</td>
			<td>BJ-CD</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ferulic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>1135-24-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>64-18-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fructose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>57-48-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Galactose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>59-23-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>56-40-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Grinding Mill</td>
			<td>Shanghai Jingxin Industrial Development 
			Co., Ltd.</td>
			<td>JXFSTPRP-24</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Histidine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>71-00-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Internal standard: 2-Chloro-L-phenylalanine</td>
			<td>Shanghai Hengbai Biotech C.,Ltd.</td>
			<td>103616-89-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leucine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>61-90-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Malic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>6915-15-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mannose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>3458-28-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q Exactive Focus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>67-56-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optical Microscope</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>BX43</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenylalanine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>63-91-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proline</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>147-85-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scales</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA124S-CW</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>56-45-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Threonine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>72-19-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UHPLC</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>1290 UHPLC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasound Instrument</td>
			<td>Shenzhen Leidebang Electronics 
			Co., Ltd.</td>
			<td>PS-60AL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Valine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>7004-03-7</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an improved chemotaxis assay for the rapid identification of rhizobacterial chemoattractants in root exudates

화학 요법 식별은 뿌리 권 성장 촉진 박테리아의 연구 및 응용 프로그램에 매우 중요합니다. 간단한 단계를 통해 멸균 유리 슬라이드에서 뿌리 부속성 성장 촉진 박테리아의 화학적 움직임을 유도할 수 있는 화학 물질을 신속하게 식별하는 간단한 방법을 확립했습니다. 박테리아 용액(OD600 = 0.5) 및 멸균 화학 요법 수성 용액은 1cm 간격으로 유리 슬라이드에 드롭와이즈를 첨가하였다. 항분 루프는 화학 요법 수성 용액을 세균 용액에 연결하는 데 사용되었습니다. 슬라이드는 깨끗한 벤치에서 20 분 동안 실온에서 보관되었습니다. 마지막으로, 항암제 수성 용액은 세균계 수분 및 현미경 관찰을 위해 수집되었다. 이 연구에서는 실험 결과의 여러 비교를 통해, 방법은 전통적인 세균성 화학 요법 방법의 여러 단점을 극복. 이 방법은 플레이트 계수의 오류를 줄이고 실험 주기를 단축시켰다. 화학 물질의 식별을 위해,이 새로운 방법은 기존의 방법에 비해 2-3 일을 절약 할 수 있습니다. 추가적으로, 이 방법은 어떤 연구원든지 체계적으로 1-2 일 안에 세균성 화학 요법 실험을 완료하는 것을 허용합니다. 프로토콜은 식물 세균 상호 작용을 이해하기 위한 귀중한 자원으로 간주될 수 있습니다.

총 584 및 937 알려진 대사 산물은 각각 양성 및 음의 이온 지수에서 검출되었다. 이전 연구에 따르면 화학 요법은 일반적으로 유기산, 아미노산 및 탄수화물17,18입니다.
본 연구에서는, 쌀 뿌리줄기에서 LC-MS 연구에서 16종류의 화학요법제가 후속 실험(표 1)을 위해 선택되었다. 수영 플레이트 방법을 사용하여, 우리는 rhizo...

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An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

여기에서, 우리는 향상된 화학탁증 분석 프로토콜을 제시합니다. 이 프로토콜의 목표는 전통적인 세균 화학 요법 방법의 단계와 비용을 줄이고 식물 미생물 상호 작용을 이해하는 데 중요한 자원역할을하는 것입니다.

루트 엑수데이트에서 뿌리 균 화학 물질의 신속 한 식별에 대 한 향상 된 화학 분석

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

이 논문은 개선된 화학요법 분석법을 사용하여 뿌리에서 뿌리 균의 화학 요법의 식별을 보고했습니다. 화학 요법 임플란트 뿌리 액추에이트는 식물 성장을 위한 뿌리 식민지화, 뿌리 공포증 박테리아 를 촉진하고 식물 세균 상호 작용의 유용한 파벌을 제공하기 위한 중요합니다. 세균 화학 요법을 분석하기 위해 많은 방법이 사용되었습니다.예를 들어, 수영 플레이트 방법, 방법, 미세 유체 슬립 칩 장치와 같은 Cappilary. 수영 플레이트 방법의 실험 주기는 길다. Cappilary 방법의 실험 오차가 출시되었고, 미세 유체 슬립 칩 장치는 실험비용이 많이 듭니다.우리는 복잡한 단계없이 멸균 유리 슬라이드를 사용하여 뿌리 부류 성장 촉진 박테리아의 화학 적 움직임을 유도 할 수있는 화학 요법을 신속하게 식별하는 간단한 방법을 확립했습니다. 이 방법은 플레이트 계수의 오류를 줄이고 실험 주기를 단축시켰다. 화학 물질을 식별하는 것과 관련하여, 새로운 방법은 2-3 일을 절약하고 또한 실험 재료의 비용을 줄일 수 있습니다.1주일 동안 발생하는 재배챔버 배양에 쌀씨를 무작위로 분배하고 멸균수를 두 번 첨가한다. 비슷한 크기의 쌀 모종을 선택하고 Ms 액체 매체의 50 밀리리터로 식물을 선택합니다. 섭씨 22도및 정화조 조건에서 48시간 동안 배양하세요.쌀 뿌리 는 Ms 매체로 출시 됩니다. 액체 크로마토그래피 질량 분광분석은 UHPLC 시스템을 사용하여 수행되었다. 화학 요법 수성 용액을 준비하여 멸균되도록 하십시오.0.22 마이크로미터 박테리아 필터로 화학 요법 용액을 필터링합니다. 화학화수성 용액은 물에 용해된 LCMS 연구에서 얻은 단일 물질이었다. 시트릭스산 용액을 예로 사용하였습니다.모든 작업은 램프 의 측면에 의해 수행되어야합니다. 유리 슬라이드의 중간 위치를 1센티미터 간격으로 표시합니다. 유리 슬라이드가 화염에 여러 번 살균되었는지 확인합니다.유리 슬라이드의 왼쪽에 있는 30 마이크로리터 화학 요법용액에서 박테리아가 로그산계로 배양되도록 합니다. 유리 슬라이드 오른쪽에 30 마이크로리터 박테리아 용액을 추가합니다. 염증 루프를 사용하여 화염에 여러 번 접종 루프를 살균하여 화학 요법 수성 용액을 박테리아 용액에 연결하고 깨끗한 벤치에서 20 분 동안 실온에서 유지하십시오.20분 후 필터 용지로 연결 선을 분리합니다. 1.5 밀리리터 원심분리관이 멸균되었는지 확인하십시오. 유리 슬라이드의 왼쪽에 있는 화학 요법 수성 용액을 수집합니다.1.5 밀리리터 멸균 원심분리 관으로 용액을 전달합니다. 원심 분리 튜브에 세포 전면 염료의 적절한 부피를 추가합니다. 2 분 후, 혈액 계수 챔버와 박테리아 계산 및 현미경 관찰에 대한 놓칠 수있는 액체를 수집합니다.다음 방정식을 사용하여 유치된 생존 가능한 미생물의 수를 결정합니다. RCI가 높을수록 화학 요법에 대한 강한 반응을 나타냅니다. 결과는 구연산과 카페인산이 가장 높은 화학상구지수를 가지고 있음을 나타냈다.새로운 화학 요법 분석 방법 결과는 세균성 구연산, 카페인산 및 갈라토제 실험의 농도가 대조군 및 양성 대조군보다 현저히 높았다고 썼다. 구연산은 가장 강한 화학 요법을 기록했습니다. 실험 결과는 전통적인 방법의 결과와 일치했다.이 비디오 프로토콜은 식물-미생물 상호 작용의 명확화를 위한 귀중한 자원으로 제시될 수 있습니다.

Research

JoVE Journal

Biology

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans의 주 화성 분석

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

연구

생물학

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

비행 성능의 정확하고 빠른 측정을위한 개선 된 방법에<em&gt; 초파리</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

화학 유전자 상호 작용의 신속한 식별<em&gt; 사카로 미세스 세 레비 시아</em

Determining the mode of action of bioactive chemicals is of interest to a broad range of academic, pharmaceutical, and industrial scientists. ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

애기 장대 단백질 DNA 상호 작용의 식별을위한 염색질 면역 침전 분석<em&gt; 생체</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

핵산의 여과 분리 : 간단하고 신속한 DNA 추출 방법

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

하이브리드 컷 : 난 분해성 식물 조직 샘플에 대한 개선 단면 방법

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Plant Promoter Analysis: Identification and Characterization of Root Nodule Specific Promoter in the Common Bean

식물 발기인 분석: 식별 및 일반적인 콩에서 루트 결 절 특정 발기인의 특성

The upstream sequences of gene coding sequences are termed as promoter sequences. Studying the expression patterns of promoters are very significant in ...

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates

감자 루트 Exudates 균 Mycoides 의 Transcriptional 응답을 식물 세균 상호 작용:

Beneficial plant-associated bacteria play an important role in promoting growth and preventing disease in plants. The application of plant ...

SA-&#946;-Galactosidase-Based Screening Assay for the Identification of Senotherapeutic Drugs

SA-ÃƒÆ’Ã…Â½Ãƒâ€šÃ‚Â²-Galactosidase-Based Screening Assay for the Identification of Senotherapeutic Drugs

SA-β-갈락토시다아제 계 선별 분석법

Cell senescence is one of the hallmarks of aging known to negatively influence a healthy lifespan. Drugs able to kill senescent cells specifically in cell ...

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

Rapid In Vivo Fixation and Isolation of Translational Complexes from Eukaryotic Cells

진핵 세포에서 번역 단지의 신속한 생체 내 고정 및 격리

Rapid responses involving fast redistribution of messenger(m)RNA and alterations of mRNA translation are pertinent to ongoing homeostatic adjustments of ...