Name: an improved chemotaxis assay for the rapid identification of rhizobacterial chemoattractants in root exudates
Uploaded: 2022-03-25T13:30:00
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Este trabajo fue apoyado por la Fundación Nacional de Ciencias Naturales de China (Nos. 31870493), los Proyectos Clave de Investigación y Desarrollo en Heilongjiang, China (GA21B007) y las Tarifas de Investigación Básica de las Universidades en la Provincia de Heilongjiang, China (No. 135409103).

1. Materiales y equipos
NOTA: Bacillus altitudinis LZP02 (CP075052) fue aislado de la rizosfera del arroz en el noreste de China12,13 para este estudio.
<ol><li>Cultura B. altitudinis LZP02 en luria-bertani (LB) medio (peptona, 10 g L-1; NaCl, 8 g de L-1 y extracto de levadura, 5 g de L-1) durante 10 h. Recoger las células por centrifugación a 9.569 x ...

<ol>
	<li>Belas, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilms,+flagella,+and+mechanosensing+of+surfaces+by+bacteria.">Biofilms, flagella, and mechanosensing of surfaces by bacteria.</a> Trends in Microbiology. 22 (9), 517-527 (2014).</li><li>Haichar, Z., Santaella, C., Heulin, T., Achouak, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudates+mediated+interactions+belowground.">Root exudates mediated interactions belowground.</a> Soil Biology and Biochemistry. 77 (7), 69-80 (2014).</li><li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+different+plant+root+exudates+and+their+organic+acid+components+on+chemotaxis,+biofilm+formation+and+colonization+by+beneficial+rhizosphere-associated+bacterial+strains.">Effects of different plant root exudates and their organic acid components on chemotaxis, biofilm formation and colonization by beneficial rhizosphere-associated bacterial strains.</a> Plant and Soil. 374 (1-2), 689-700 (2014).</li><li>Zhang, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+transcriptomic+analysis+of+the+plant-beneficial+rhizobacterium+Bacillus+amyloliquefaciens+SQR9+during+enhanced+biofilm+formation+regulated+by+maize+root+exudates.">Whole transcriptomic analysis of the plant-beneficial rhizobacterium Bacillus amyloliquefaciens SQR9 during enhanced biofilm formation regulated by maize root exudates.</a> BMC Genomics. 16 (1), 685 (2015).</li><li>Lui, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induced+root-secreted+D-galactose+functions+as+a+chemoattractant+and+enhances+the+biofilm+formation+of+Bacillus+velezensis+SQR9+in+an+mcpa-dependent+manner.">Induced root-secreted D-galactose functions as a chemoattractant and enhances the biofilm formation of Bacillus velezensis SQR9 in an mcpa-dependent manner.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 104 (17), 785-797 (2020).</li><li>Vora, S. M., Joshi, P., Belwalkar, M., Archana, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root+exudates+influence+chemotaxis+and+colonization+of+diverse+plant+growth-promoting+rhizobacteria+in+the+Cajanus+cajan+-+Zea+mays+intercropping+system.">Root exudates influence chemotaxis and colonization of diverse plant growth-promoting rhizobacteria in the Cajanus cajan - Zea mays intercropping system.</a> Rhizosphere. 18 (12), 100331 (2021).</li><li>Sampedro, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+halophyte+root+exudates+and+their+components+on+chemotaxis,+biofilm+formation+and+colonization+of+the+halophilic+bacterium+halomonas+anticariensis+FP35T.">Effects of halophyte root exudates and their components on chemotaxis, biofilm formation and colonization of the halophilic bacterium halomonas anticariensis FP35T.</a> Microorganisms. 8 (4), 575 (2020).</li><li>Liu, X. L., Raza, W., Ma, J. H., Huang, Q. W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+dual+role+amino+acid+from+sesbania+rostrata+seed+exudates+in+the+chemotaxis+response+of+Azorhizobium+caulinodans+ORS571.">A dual role amino acid from sesbania rostrata seed exudates in the chemotaxis response of Azorhizobium caulinodans ORS571.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 32 (9), 1134-1147 (2019).</li><li>Ling, N., Raza, W., Ma, J. H., Huang, Q. W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+role+of+organic+acids+in+watermelon+root+exudates+for+recruiting+Paenibacillus+polymyxa+SQR-21+in+the+rhizosphere.">Identification and role of organic acids in watermelon root exudates for recruiting Paenibacillus polymyxa SQR-21 in the rhizosphere.</a> European Journal of Soil Biology. 47 (6), 374-379 (2011).</li><li>Rudrappa, T., Czymmek, K. J., Pare, P. W., Bais, H. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Root-secreted+malic+acid+recruits+beneficial+soil+bacteria.">Root-secreted malic acid recruits beneficial soil bacteria.</a> Plant Physiology. 148 (3), 1547-1556 (2008).</li><li>Shen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+chemotaxis+on+Slipchip.">Bacterial chemotaxis on Slipchip.</a> Lab on a Chip. 14 (16), 3074-3080 (2014).</li><li>Liu, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacillus+pumilus+LZP02+promotes+rice+root+growth+by+improving+carbohydrate+metabolism+and+phenylpropanoid+biosynthesis.">Bacillus pumilus LZP02 promotes rice root growth by improving carbohydrate metabolism and phenylpropanoid biosynthesis.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 33 (10), 1222-1231 (2020).</li><li>Goswami, M., Deka, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+a+novel+rhizobacteria+having+multiple+plant+growth+promoting+traits+and+antifungal+activity+against+certain+phytopathogens.">Isolation of a novel rhizobacteria having multiple plant growth promoting traits and antifungal activity against certain phytopathogens.</a> Microbiological Research. 240, 126516 (2020).</li><li>Kaiira, M., Chemining'Wa, G., Ayuke, F., Baguma, Y., Nganga, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiles+of+compounds+in+root+exudates+of+rice,+cymbopogon,+desmodium,+mucuna+and+maize.">Profiles of compounds in root exudates of rice, cymbopogon, desmodium, mucuna and maize.</a> Journal of Agricultural Sciences Belgrade. 64 (4), 399-412 (2019).</li><li>Shi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+rice+root+exudates+and+strain+combination+on+biofilm+formation+of+Paenibacillus+polymyxa+and+Paenibacillus+macerans.">Effect of rice root exudates and strain combination on biofilm formation of Paenibacillus polymyxa and Paenibacillus macerans.</a> African Journal of Microbiology Research. 6 (13), 3343-3347 (2012).</li><li>Lee, H. W., Ghimire, S. R., Shin, D. H., Lee, I. J., Kim, K. U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+effect+of+the+root+exudates+of+K21,+a+potent+allelopathic+rice.">Allelopathic effect of the root exudates of K21, a potent allelopathic rice.</a> Weed Biology and Management. 8 (2), 85-90 (2008).</li><li>Belimov, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizobacteria+that+produce+auxins+and+contain+1-amino-cyclopropane-1-carboxylic+acid+deaminase+decrease+amino+acid+concentrations+in+the+rhizosphere+and+improve+growth+and+yield+of+well-watered+and+water-limited+potato+(Solanum+tuberosum).">Rhizobacteria that produce auxins and contain 1-amino-cyclopropane-1-carboxylic acid deaminase decrease amino acid concentrations in the rhizosphere and improve growth and yield of well-watered and water-limited potato (Solanum tuberosum).</a> Annals of Applied Biology. 167 (1), 11-25 (2015).</li><li>Ankati, S., Podile, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolites+in+the+root+exudates+of+groundnut+change+during+interaction+with+plant+growth+promoting+rhizobacteria+in+a+strain-specific+manner.">Metabolites in the root exudates of groundnut change during interaction with plant growth promoting rhizobacteria in a strain-specific manner.</a> Journal of Plant Physiology. 243, 153057 (2019).</li><li>Gordillo, F., Chavez, F., Jerez, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Motility+and+chemotaxis+of+Pseudomonas+sp.+B4+towards+polychlorobiphenyls+and+chlorobenzoates.">Motility and chemotaxis of Pseudomonas sp. B4 towards polychlorobiphenyls and chlorobenzoates.</a> FEMS Microbiology Ecology. 60 (2), 322-328 (2007).</li><li>Bais, H. P., Weir, T. L., Perry, L. G., Gilroy, S., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+root+exudates+in+rhizosphere+interactions+with+plants+and+other+organisms.">The role of root exudates in rhizosphere interactions with plants and other organisms.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 233-266 (2006).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant Cell Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Badri, D. V., Weir, T. L., Lelie, D., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rhizosphere+chemical+dialogues:+plant-microbe+interactions.">Rhizosphere chemical dialogues: plant-microbe interactions.</a> Curr Opin Biotech. Current Opinion in Biotechnology. 20 (6), 642-650 (2009).</li><li>Kamilova, F., Kravchenko, L. V., Shaposhnikov, A. I., Makarova, N., Lugtenberg, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+the+tomato+pathogen+Fusarium+oxysporum+f.+sp.+radicis-lycopersici+and+of+the+biocontrol+bacterium+Pseudomonas+fluorescens+WCS365.">Effects of the tomato pathogen Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici and of the biocontrol bacterium Pseudomonas fluorescens WCS365.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 19 (10), 1121-1126 (2006).</li><li>Kamilova, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organic+acids,+sugars,+and+L-tryptophane+in+exudates+of+vegetables+growing+on+stonewool+and+their+effects+on+activities+of+rhizosphere+bacteria.">Organic acids, sugars, and L-tryptophane in exudates of vegetables growing on stonewool and their effects on activities of rhizosphere bacteria.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 19 (3), 250-256 (2006).</li><li>Badri, D. V., Vivanco, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+root+exudates.">Regulation and function of root exudates.</a> Plant Cell Environment. 32 (6), 666-681 (2009).</li><li>Hao, W. Y., Ren, L. X., Ran, W., Shen, Q. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+effects+of+root+exudates+from+watermelon+and+rice+plants+on+Fusarium+oxysporum+f.sp.+Niveum.">Allelopathic effects of root exudates from watermelon and rice plants on Fusarium oxysporum f.sp. Niveum.</a> Plant and Soil. 336 (1-2), 485-497 (2010).</li><li>Hao, Z. P., Wang, Q., Christie, P., Li, X. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Allelopathic+potential+of+watermelon+tissues+and+root+exudates.">Allelopathic potential of watermelon tissues and root exudates.</a> Scientia Horticulturae. 112 (3), 315-320 (2007).</li></ol>

El aumento de la investigación indica que las interacciones planta-bacteria ocurren principalmente en la rizosfera y están influenciadas por los exudados de la raíz20,21,22,23,24. Los exudados de las raíces de las plantas incluyen una amplia gama de metabolitos primarios, incluidos ácidos fenólicos, ácidos orgánicos y aminoácidos, así como compuestos...

La quimiotaxis es importante para la colonización de las rizobacterias promotoras del crecimiento de las plantas (PGPR) en las raíces y para comprender las interacciones planta-microbio1. Una clase de compuestos de bajo peso molecular (quimioatrayentes) en los exudados de la raíz de las plantas inducen el movimiento quimiotáctico de PGPR a la rizosfera2. El ácido málico, el ácido cítrico y otros componentes de los exudados radiculares estimulan la quimiotaxis de las cepas de Bacillus3. Por ejemplo, la glucosa, el ácido cítrico y el ácido fumárico en los exudados de la raíz del maíz reclutan bacterias a la superficie de la raíz4. La D-galactosa, que se deriva de los exudados radiculares, induce la quimiotaxis de Bacillus velezensis SQR95. Los ácidos orgánicos, incluyendo fumarato, ácido málico y succinato, influyen en la quimiotaxis y la colonización de varios PGPR en el sistema de cultivo intercalado Cajanus cajan - Zea mays6. El ácido oleanólico en los exudados de la raíz de arroz, actúa como quimioatrayente para la cepa FP357. Otros exudados vegetales (incluyendo histidina, arginina y aspartato) pueden desempeñar un papel crucial en la respuesta quimiotáctica de las bacterias8. Los exudados de las plantas funcionan como una señal para dirigir el movimiento de las bacterias, que es el primer paso durante la colonización de la rizosfera. La colonización de plantas por PGPR es un proceso de enorme relevancia, ya que los PGPR son beneficiosos para el huésped de la planta.
Se han utilizado muchos métodos para analizar la quimiotaxis bacteriana. El método de la placa de natación es uno de los métodos descritos anteriormente9. En este método, las placas se hicieron con un medio semisólido. Se agregó un tampón quimiotáctico que contenía agar (1.0%, p/v) a la placa. El tampón se calienta y luego se mezcla con el quimioatrayente. Luego, se agregaron 8 μL de suspensión de bacterias gota a gota a la mitad de la placa y la placa se colocó en una incubadora a 28 ° C. La placa fue observada y fotografiada regularmente. Sin embargo, el ciclo experimental del método de la placa de natación fue muy largo. En el método capilar10, una punta de pipeta sirve como cámara para contener 100 μL de suspensión bacteriana. Se utilizó una aguja de jeringa de 1 ml como capilar. Se insertó una aguja de jeringa que contenía quimioatrayentes con diferentes gradientes de concentración en la punta de la pipeta de 100 μL. Después de la incubación a temperatura ambiente durante 3 h, se retiró la aguja de la jeringa, el contenido se diluyó y se enchapó en el medio. La acumulación bacteriana en la jeringa estaba representada por unidades formadoras de colonias (UFC) en las placas. Sin embargo, el error experimental dentro de las réplicas para el método capilar fue grande. Otro método utilizó un dispositivo Microfluídico SlipChip11. Brevemente, la solución de albúmina sérica bovina (BSA) se inyectó en todos los canales y se retiró al vacío. Las soluciones que contenían diferentes quimioatrayentes (concentración de 1 mM solo para detección cualitativa), células bacterianas suspendidas en solución salina tamponada con fosfato y tampón salino tamponado con fosfato (control negativo) se agregaron a los micropocillos superior, medio e inferior, respectivamente. La incubación se realizó en un ambiente oscuro a temperatura ambiente durante 30 minutos. Las células bacterianas se detectaron en los micropocillos. El dispositivo microfluídico SlipChip, sin embargo, era caro. Por lo tanto, cada uno de los métodos descritos anteriormente tenía ventajas y desventajas.
Se estableció un ensayo de quimiotaxis mejorado para la identificación rápida de quimioatrayentes rizobacterianos en exudados radiculares utilizando portaobjetos de vidrio estériles sin pasos complicados. En este estudio, a través de múltiples comparaciones de resultados experimentales, el método superó múltiples deficiencias de los métodos tradicionales de quimiotaxis bacteriana. El método redujo el error de conteo de placas y acortó el ciclo experimental. Por lo tanto, si se utiliza para identificar una sustancia quimioatrayente, este nuevo método puede ahorrar 2-3 días y reducir el costo de los materiales experimentales.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2,5-dihydroxybenzoic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>490-79-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>75-05-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>631-61-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Caffeic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>331-39-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Heraeus Fresco17</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Citric acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>77-92-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean bench</td>
			<td>Shanghai Boxun Industrial Co., Ltd.</td>
			<td>BJ-CD</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ferulic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>1135-24-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic acid</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>64-18-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fructose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>57-48-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Galactose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>59-23-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>56-40-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Grinding Mill</td>
			<td>Shanghai Jingxin Industrial Development 
			Co., Ltd.</td>
			<td>JXFSTPRP-24</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Histidine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>71-00-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Internal standard: 2-Chloro-L-phenylalanine</td>
			<td>Shanghai Hengbai Biotech C.,Ltd.</td>
			<td>103616-89-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leucine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>61-90-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Malic acid</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>6915-15-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mannose</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>3458-28-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q Exactive Focus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>CNW Technologies</td>
			<td>67-56-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optical Microscope</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>BX43</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenylalanine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>63-91-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proline</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>147-85-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scales</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA124S-CW</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>56-45-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Threonine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>72-19-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UHPLC</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>1290 UHPLC</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasound Instrument</td>
			<td>Shenzhen Leidebang Electronics 
			Co., Ltd.</td>
			<td>PS-60AL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Valine</td>
			<td>Beijing InnoChem Science &#38; Technology C.,Ltd.</td>
			<td>7004-03-7</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an improved chemotaxis assay for the rapid identification of rhizobacterial chemoattractants in root exudates

La identificación de quimiotaxis es muy importante para la investigación y aplicación de bacterias promotoras del crecimiento de la rizosfera. Establecimos un método sencillo para identificar rápidamente los quimioatrayentes que podrían inducir el movimiento quimiotáctico de las bacterias promotoras del crecimiento de la rizosfera en portaobjetos de vidrio estériles a través de pasos simples. La solución bacteriana (OD600 = 0,5) y la solución acuosa quimioatrayente estéril se agregaron gota a gota en el portaobjetos de vidrio a un intervalo de 1 cm. Se utilizó un asa inoculante para conectar la solución acuosa quimioatrayente a la solución bacteriana. El tobogán se mantuvo a temperatura ambiente durante 20 minutos en el banco limpio. Finalmente, se recogió la solución acuosa quimioatrayente para el recuento bacteriano y la observación microscópica. En este estudio, a través de múltiples comparaciones de resultados experimentales, el método superó múltiples deficiencias de los métodos tradicionales de quimiotaxis bacteriana. El método redujo el error de conteo de placas y acortó el ciclo experimental. Para la identificación de sustancias quimioatrayentes, este nuevo método puede ahorrar 2-3 días en comparación con el método tradicional. Además, este método permite a cualquier investigador completar sistemáticamente un experimento de quimiotaxis bacteriana en 1-2 días. El protocolo puede considerarse un recurso valioso para comprender las interacciones planta-microbio.

Se detectaron un total de 584 y 937 metabolitos conocidos en los índices de iones positivos y negativos, respectivamente. Estudios previos han demostrado que los quimioatrayentes son típicamente ácidos orgánicos, aminoácidos y carbohidratos17,18.
En este estudio, se seleccionaron 16 tipos de quimioatrayentes de los estudios LC-MS en los exudados de la rizosfera de arroz para experimentos posteriores (Tabla 1). Uti...

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An Improved Chemotaxis Assay for the Rapid Identification of Rhizobacterial Chemoattractants in Root Exudates

Aquí, presentamos un protocolo mejorado de ensayo de quimiotaxis. El objetivo de este protocolo es reducir los pasos y los costos de los métodos tradicionales de quimiotaxis bacteriana y servir como un recurso valioso para comprender las interacciones planta-microbio.

Un ensayo de quimiotaxis mejorado para la identificación rápida de quimioatrayentes rizobacterianos en exudados radiculares

Chemotaxis identification is very important for the research and application of rhizosphere growth-promoting bacteria. We established a straightforward ...

El documento informó la identificación de quimioatrayente de rizobacterias en exudados radiculares utilizando un ensayo de quimiotaxis mejorado. Los accionamientos radiculares de implantes de quimiotaxis son importantes para la colonización de raíces para el crecimiento de las plantas, la promoción de las bacterias rizobias y para proporcionar las facciones útiles de las interacciones planta-microbio. Se utilizaron muchos métodos para analizar la quimiotaxis bacteriana.Por ejemplo, el método de la placa de natación, el método tipo Cappilary, el dispositivo de deslizamiento microfluídico. El ciclo de experimento del método de la placa de natación fue largo. Se lanzó el error experimental del método tipo Cappilary, el dispositivo de deslizamiento microfluídico es costoso de experimentar.Establecimos un método sencillo para identificar rápidamente el quimioatrayente que podría inducir el movimiento quimiotáctico de las bacterias promotoras del crecimiento de la rizosfera utilizando portaobjetos de vidrio estériles sin pasos complicados. El método redujo el error del conteo de placas y acortó el ciclo de experimento. Con respecto a la identificación de una sustancia quimioatrayente, el nuevo método podría ahorrar 2-3 días y también reducir el costo de los materiales experimentales.Distribuir aleatoriamente las semillas de arroz en la cámara de cultivo surge durante una semana y agregar agua estéril dos veces. Seleccione las plántulas de arroz de tamaño similar y plante en un medio líquido de 50 mililitros de Ms. Incubar durante 48 horas a 22 grados centígrados y condiciones sépticas.Los exudados de raíz de arroz se liberarán en el medio Ms. El análisis de espectrometría de masas por cromatografía líquida se realizó mediante el sistema UHPLC. Prepare la solución acuosa quimioatrayente para asegurarse de que sea estéril.Filtre la solución quimioatrayente con un filtro de bacterias de 0,22 micrómetros. La solución acuosa quimioatrayente fue la única sustancia obtenida de los estudios LCMS disuelta en agua. Se utilizó la solución de ácido Citrix como ejemplo.Todas las acciones deben realizarse por el lado de la lámpara. Marque la posición media de la diapositiva de vidrio en un intervalo de 1 centímetro. Asegúrese de que el portaobjetos de vidrio esté esterilizado varias veces en la llama.En la solución quimioatrayente de 30 microlitros a la izquierda del portaobjetos de vidrio, asegúrese de que las bacterias se cultivaron hasta la etapa logarítmica. Agregue la solución de bacterias de 30 microlitros a la derecha del portaobjetos de vidrio. Esterilizar el bucle de inoculación varias veces en la llama usando el bucle de inoculación para conectar la solución acuosa quimioatrayente a la solución de bacterias y mantenerla a temperatura ambiente durante 20 minutos en un banco limpio.Después de 20 minutos, desconecte la línea de conexión con papel de filtro. Asegúrese de que el tubo centrifugado de 1,5 mililitros sea estéril. Recoja la solución acuosa quimioatrayente a la izquierda del portaobjetos de vidrio.Transfiera la solución al tubo centrifugado estéril de 1,5 mililitros. Agregue el volumen apropiado del tinte frontal de la celda al tubo centrifugado. Después de 2 minutos, recoja los líquidos no detectables para el conteo de bacterias y la observación microscópica con una cámara de conteo de sangre.Determine el número de microorganismos viables atraídos utilizando una ecuación siguiente. Un RCI más alto indica una fuerte reacción al quimioatrayente. Los resultados indicaron que el ácido cítrico y el ácido cafeico tienen los índices de quimiotaxis más altos.Los nuevos resultados del método de ensayo de quimiotaxis escribieron que la concentración bacteriana de lata de los experimentos de ácido cítrico, ácido cafeico y galactosa fue significativamente mayor que la del grupo de control y el control positivo. El ácido cítrico escribió la quimiotaxis más fuerte. Los resultados experimentales estuvieron de acuerdo con los resultados de los métodos tradicionales.Este protocolo de video se puede presentar como un recurso valioso para la aclaración de las interacciones planta-microbio.

Research

JoVE Journal

Biology

C. elegans Chemotaxis Assay

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C. elegans Ensayo de quimiotaxis

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Investigación

Biología

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Ensayo de inmunoprecipitación de la cromatina para la Identificación de Arabidopsis proteína-DNA<em&gt; En Vivo</em

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SA-&#946;-Galactosidase-Based Screening Assay for the Identification of Senotherapeutic Drugs

SA-ÃƒÆ’Ã…Â½Ãƒâ€šÃ‚Â²-Galactosidase-Based Screening Assay for the Identification of Senotherapeutic Drugs

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Fijación rápida in vivo y aislamiento de complejos traslacionales de células eucariotas

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