Name: optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains
Uploaded: 2021-11-30T14:00:00
Duration: 6 min 18 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

يود المؤلفون أن يشكروا موظفي المختبر في معهد ماكس بلانك لعلوم التاريخ البشري على مساعدتهم في تطوير وتنفيذ هذه البروتوكولات. لم يكن هذا العمل ممكنا بدون المدخلات والعمل الجاد للدكتور جويدو براندت والدكتورة إليزابيث نيلسون وأنتجي ويسيغوت وفرانزيسكا آرون. تم تمويل هذه الدراسة من قبل جمعية ماكس بلانك ، ومجلس البحوث الأوروبي (ERC) في إطار برنامج البحث والابتكار Horizon 2020 التابع للاتحاد الأوروبي بموجب اتفاقيات المنح رقم 771234 - PALEoRIDER (WH، ABR) ومنحة البدء رقم 805268 CoDisEASe (إلى KIB).

<ol>
	<li>Adler, C. J., Haak, W., Donlon, D., Cooper, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survival+and+recovery+of+DNA+from+ancient+teeth+and+bones.">Survival and recovery of DNA from ancient teeth and bones.</a> Journal of Archaeological Science. 38 (5), 956-964 (2011).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Ancient DNA: Methods and Protocols. , 25-29 (2019).</li><li>Palsdottir, A. H., Bl&#228;uer, A., Rannam&#228;e, E., Boessenkool, S., Hallsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Not+a+limitless+resource:+ethics+and+guidelines+for+destructive+sampling+of+archaeofaunal+remains.">Not a limitless resource: ethics and guidelines for destructive sampling of archaeofaunal remains.</a> Royal Society Open Science. 6 (10), 191059 (2019).</li><li>Pinhasi, R., Fernandes, D. M., Sirak, K., Cheronet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolating+the+human+cochlea+to+generate+bone+powder+for+ancient+DNA+analysis.">Isolating the human cochlea to generate bone powder for ancient DNA analysis.</a> Nature Protocols. 14 (4), 1194-1205 (2019).</li><li>Latham, K. E., Miller, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+recovery+and+analysis+from+skeletal+material+in+modern+forensic+contexts.">DNA recovery and analysis from skeletal material in modern forensic contexts.</a> Forensic Sciences Research. 4 (1), 51-59 (2019).</li><li>Mundorff, A. Z., Bartelink, E. J., Mar-Cash, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+preservation+in+skeletal+elements+from+the+World+Trade+Center+disaster:+Recommendations+for+mass+fatality+management.">DNA preservation in skeletal elements from the World Trade Center disaster: Recommendations for mass fatality management.</a> Journal of Forensic Sciences. 54 (4), 739-745 (2009).</li><li>Gamba, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+flux+and+stasis+in+a+five+millennium+transect+of+European+prehistory.">Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory.</a> Nature Communications. 5 (1), 1-9 (2014).</li><li>Alberti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+DNA+sampling+of+ancient+bones+using+Computed+Tomography+scans.">Optimized DNA sampling of ancient bones using Computed Tomography scans.</a> Molecular Ecology Resources. 18 (6), 1196-1208 (2018).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Sirak, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+auditory+ossicles+as+an+alternative+optimal+source+of+ancient+DNA.">Human auditory ossicles as an alternative optimal source of ancient DNA.</a> Genome Research. 30 (3), 427-436 (2020).</li><li>Parker, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+investigation+of+human+DNA+preservation+in+medieval+skeletons.">A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons.</a> Scientific Reports. 10 (1), 18225 (2020).</li><li>Pinhasi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimal+ancient+DNA+yields+from+the+inner+ear+part+of+the+human+petrous+bone.">Optimal ancient DNA yields from the inner ear part of the human petrous bone.</a> PLoS ONE. 10 (6), 0129102 (2015).</li><li>Sirak, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally-invasive+method+for+sampling+human+petrous+bones+from+the+cranial+base+for+ancient+DNA+analysis.">A minimally-invasive method for sampling human petrous bones from the cranial base for ancient DNA analysis.</a> BioTechniques. 62 (6), 283-289 (2017).</li><li>. Minimally-invasive sampling of pars petrosa (os temporale) for ancient DNA extraction. protocols.io Available from: <a target="_blank" href="https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w">https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w</a> (2020)</li><li>Damgaard, P. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+access+to+endogenous+DNA+in+ancient+bones+and+teeth.">Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth.</a> Scientific Reports. 5 (1), 1-12 (2015).</li><li>Harney, &. #. 2. 0. 1. ;., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally+destructive+protocol+for+DNA+extraction+from+ancient+teeth.">A minimally destructive protocol for DNA extraction from ancient teeth.</a> Genome Research. 31 (3), 472-483 (2021).</li><li>Cooper, A., Poinar, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ancient+DNA:+Do+it+right+or+not+at+all.">Ancient DNA: Do it right or not at all.</a> Science. 289 (5482), 1139 (2000).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Boessenkool, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+bleach+and+mild+predigestion+improves+ancient+DNA+recovery+from+bones.">Combining bleach and mild predigestion improves ancient DNA recovery from bones.</a> Molecular Ecology Resources. 17 (4), 742-751 (2017).</li><li>Garc&#237;a-Garcer&#224;, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragmentation+of+contaminant+and+endogenous+DNA+in+ancient+samples+determined+by+shotgun+sequencing;+Prospects+for+human+palaeogenomics.">Fragmentation of contaminant and endogenous DNA in ancient samples determined by shotgun sequencing; Prospects for human palaeogenomics.</a> PLoS ONE. 6 (8), 24161 (2011).</li><li>Malmstr&#246;m, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=More+on+contamination:+The+use+of+asymmetric+molecular+behavior+to+identify+authentic+ancient+human+DNA.">More on contamination: The use of asymmetric molecular behavior to identify authentic ancient human DNA.</a> Molecular Biology and Evolution. 24 (4), 998-1004 (2007).</li><li>Basler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduction+of+the+contaminant+fraction+of+DNA+obtained+from+an+ancient+giant+panda+bone.">Reduction of the contaminant fraction of DNA obtained from an ancient giant panda bone.</a> BMC Research Notes. 10, 754 (2017).</li><li>Kemp, B. M., Smith, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bleach+to+eliminate+contaminating+DNA+from+the+surface+of+bones+and+teeth.">Use of bleach to eliminate contaminating DNA from the surface of bones and teeth.</a> Forensic Science International. 154 (1), 53-61 (2005).</li><li>Korlevi&#263;, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reducing+microbial+and+human+contamination+in+DNA+extractions+from+ancient+bones+and+teeth.">Reducing microbial and human contamination in DNA extractions from ancient bones and teeth.</a> BioTechniques. 59 (2), 87-93 (2015).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Methods in Molecular Biology. 1963, 25-29 (2019).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Gansauge, M. -. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+library+preparation+from+highly+degraded+DNA+using+T4+DNA+ligase.">Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase.</a> Nucleic Acids Research. 45 (10), 79 (2017).</li><li>Peltzer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EAGER:+efficient+ancient+genome+reconstruction.">EAGER: efficient ancient genome reconstruction.</a> Genome Biology. 17 (1), 60 (2016).</li><li>Korneliussen, T. S., Albrechtsen, A., Nielsen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANGSD:+analysis+of+next+generation+sequencing+data.">ANGSD: analysis of next generation sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 15, 356 (2014).</li><li>Renaud, G., Hangh&#248;j, K., Willerslev, E., Orlando, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gargammel:+A+sequence+simulator+for+ancient+DNA.">Gargammel: A sequence simulator for ancient DNA.</a> Bioinformatics. 33 (4), 577-579 (2017).</li><li>Ponce de Le&#243;n, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+bony+labyrinth+is+an+indicator+of+population+history+and+dispersal+from+Africa.">Human bony labyrinth is an indicator of population history and dispersal from Africa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (16), 4128-4133 (2018).</li><li>Nagaoka, T., Kawakubo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+petrous+part+of+the+temporal+bone+to+estimate+fetal+age+at+death.">Using the petrous part of the temporal bone to estimate fetal age at death.</a> Forensic Science International. 248, 188 (2015).</li><li>Nor&#233;n, A., Lynnerup, N., Czarnetzki, A., Graw, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lateral+angle:+A+method+for+sexing+using+the+petrous+bone.">Lateral angle: A method for sexing using the petrous bone.</a> American Journal of Physical Anthropology. 128 (2), 318-323 (2005).</li></ol>

ليس لدى المؤلفين أي تضارب في المصالح للإبلاغ عنه.

الممارسة الحالية في علم الوراثة البشرية القديمة هي أخذ عينات تفضيلية من pars petrosa (الخطوة 2.1) كلما أمكن ذلك. ومع ذلك ، يمكن أن يكون pars petrosa عينة يصعب الحصول عليها ، حيث أنها ذات قيمة عالية لعدد لا يحصى من تقييمات الهيكل العظمي (على سبيل المثال ، تاريخ السكان32 ، وتقدير عمر الجنين عند الوفاة 33 ، وتحديد الجنس34) ، وتاريخيا ، يمكن أن يكون أخذ عينات من pars petrosa لتحليل الحمض النووي مدمرا للغاية 3,4 (بما في ذلك البروتوكول المقدم هنا ، على الرغم من أن البروتوكولات الجديدة طفيفة التوغل13,14 قد تم اعتمادها الآن على نطاق واسع للتخفيف من هذا القلق). ويضاف إلى ذلك حقيقة أنه حتى وقت قريب جدا ، لم تتم محاولة إجراء دراسة منهجية واسعة النطاق لاستعادة الحمض النووي البشري عبر الهيكل العظمي11 ، مما يجعل العثور على استراتيجية مناسبة لأخذ العينات عندما يكون الهرم الصخري غير متاح أمرا صعبا.
تساعد البروتوكولات المقدمة هنا على التخفيف من هذا التحدي من خلال توفير مجموعة من الإجراءات المثلى لأخذ عينات الحمض النووي من بقايا الهيكل العظمي الأثري / الشرعي بما في ذلك pars petrosa بالإضافة إلى سبعة مواقع بديلة لأخذ العينات التشريحية عبر أربعة عناصر هيكلية إضافية. وتهدف جميع الخطوات الحاسمة المدرجة إلى التقليل إلى أدنى حد من احتمال فقدان/تلف الحمض النووي إما بسبب عدم كفاءة أخذ العينات (الخطوتان 2-1-6 و3-2-1-3) أو ارتفاع درجة حرارة العينات أثناء الحفر/القطع (الخطوة 3-1-6). بالإضافة إلى ذلك ، لوحظ في جميع أنحاء البروتوكول أنه قد يكون من الضروري تعديل / حذف خطوات ما قبل المعالجة لضمان أفضل أداء في العينات شديدة التدهور. وتجدر الإشارة أيضا إلى أنه حتى من بين العناصر المختارة المعروضة هنا ، لا تزال هناك العديد من تقنيات أخذ العينات البديلة الممكنة (خاصة بالنسبة ل pars petrosa13,14) ، بالإضافة إلى مجال واسع لمزيد من تحسين مواقع أخذ العينات التشريحية غير المستغلة المعروضة هنا (أي talus: الخطوة 2.5 والفقرات: الخطوة 2.3).
من المهم أيضا أن نضع في اعتبارنا أن هذه البروتوكولات قد تم تصميمها واختبارها باستخدام بقايا قديمة من الأحداث البالغين ذات جودة عالية (حفظ مورفولوجي جيد) لأغراض تحليلات الحمض النووي البشري الداخلي. قد لا تمتد النتائج المقدمة إلى المواد المتدهورة للغاية ، أو سياقات الحفظ الأخرى ، أو رفات الرضع ، أو الرفات غير البشرية ، أو دراسات مسببات الأمراض أو الميكروبيوم ، حيث لا تزال هناك حاجة إلى استكشاف أكبر لاستخدام هذه البروتوكولات في سياقات إضافية. بالإضافة إلى ذلك ، قد يكون من الصعب تعيين العناصر الهيكلية البديلة المعروضة هنا (الأسنان والفقرات والكتائب البعيدة والتالي) لفرد واحد بين البقايا المختلطة ، مما يستلزم أخذ عينات من عناصر متعددة لضمان أصل واحد. على الرغم من هذه القيود ، فإن إتاحة هذه البروتوكولات على نطاق واسع يمكن أن يساعد في التخفيف من بعض عدم التجانس المحيط باختيار العينات ومعالجتها من خلال توفير إطار عام ومحسن كميا للاستخدام في مجموعة واسعة من دراسات الحمض النووي / الطب الشرعي المستقبلية على الرفات البشرية.

إن أخذ عينات من الرفات البشرية القديمة لأغراض استعادة الحمض النووي وتحليله مدمر بطبيعته1،2،3،4. العينات نفسها هي عينات ثمينة ويجب الحفاظ على الحفظ المورفولوجي حيثما أمكن ذلك. وعلى هذا النحو، من الضروري تحسين ممارسات أخذ العينات لتجنب التدمير غير الضروري للمواد التي لا يمكن تعويضها ولزيادة احتمال النجاح إلى أقصى حد. تستند تقنيات أفضل الممارسات الحالية إلى مجموعة صغيرة من الدراسات التي تقتصر إما على مسوحات الطب الشرعي5،6 ، أو دراسات العينات القديمة حيث لا يكون تطوير أخذ العينات الأمثل هو الهدف المباشر للدراسة7 ، أو الدراسات المخصصة التي تستخدم إما بقايا غير بشرية8 أو تستهدف مجموعة صغيرة جدا من مواقع أخذ العينات التشريحية (تستخدم هنا للدلالة على منطقة معينة من عنصر الهيكل العظمي الذي مسحوق العظام منه ، للاستخدام في تحليلات الحمض النووي النهائية ، تم إنشاؤه)9,10. تم تحسين بروتوكولات أخذ العينات المعروضة هنا في أول دراسة منهجية واسعة النطاق لحفظ الحمض النووي عبر عناصر هيكلية متعددة من أفرادمتعددين 11. جميع العينات ناتجة عن عناصر هيكلية تم استردادها من 11 فردا تم التنقيب عنهم من مقبرة الكنيسة في مستوطنة كراكور بيرغ المهجورة التي تعود إلى العصور الوسطى بالقرب من بيسن ، ساكسونيا أنهالت ، ألمانيا (انظر الجدول 1 للحصول على التركيبة السكانية التفصيلية للعينات) ، وعلى هذا النحو ، قد تحتاج إلى تعديل لاستخدامها مع عينات خارج هذا النطاق الجغرافي / الزمني.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>فرد</td>
			<td>جنس</td>
			<td>العمر المقدر عند الوفاة</td>
			<td>14 تواريخ C (CE ، Cal 2-sigma)</td>
		</tr><tr><td>كرا 001</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>25-35</td>
			<td>1058-1219</td>
		</tr><tr><td>كرا 002</td>
			<td>أنثى</td>
			<td>20-22</td>
			<td>1227-1283</td>
		</tr><tr><td>كرا003</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>25</td>
			<td>1059-1223</td>
		</tr><tr><td>كرا004</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>15</td>
			<td>1284-1392</td>
		</tr><tr><td>كرا 005</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>10-12</td>
			<td>1170-1258</td>
		</tr><tr><td>كرا 006</td>
			<td>أنثى</td>
			<td>30-40</td>
			<td>1218-1266</td>
		</tr><tr><td>كرا 007</td>
			<td>أنثى</td>
			<td>25-30</td>
			<td>1167-1251</td>
		</tr><tr><td>كرا008</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>20</td>
			<td>1301-1402</td>
		</tr><tr><td>كرا 009</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>مجهول</td>
			<td>1158-1254</td>
		</tr><tr><td>كرا 010</td>
			<td>ذكر</td>
			<td>25</td>
			<td>1276-1383</td>
		</tr><tr><td>كرا 011</td>
			<td>أنثى</td>
			<td>30-45</td>
			<td>1040-1159</td>
		</tr></tbody></table>الجدول 1: الجنس المحدد وراثيا ، والعمر المقدر المحدد أثريا عند الوفاة ، والتأريخ بالكربون المشع (14C Cal 2-sigma) لجميع الأفراد ال 11 الذين تم أخذ عينات منهم. تم تكييف هذا الجدول من Parker، C. et al. 202011.
تسمح هذه البروتوكولات بتوليد مسحوق العظام بشكل مباشر وفعال نسبيا من ثمانية مواقع لأخذ العينات التشريحية عبر خمسة عناصر هيكلية (بما في ذلك pars petrosa) مع تلوث محدود للحمض النووي الناجم عن المختبر. من بين هذه العناصر الهيكلية الخمسة ، تم تحديد سبعة مواقع لأخذ العينات التشريحية الموجودة على أربعة عناصر هيكلية لتكون بدائل قابلة للتطبيق لأخذ العينات المدمرة للهرم الصخري11,12. وتشمل هذه الملاط ، العاج ، وغرفة اللب من الأضراس الدائمة. العظم القشري الذي تم جمعه من الشق الفقري العلوي وكذلك من جسم الفقرات الصدرية ؛ العظم القشري النابع من السطح السفلي للخصل القمي وعمود الكتائب البعيدة ؛ والعظم القشري الكثيف على طول الجزء الخارجي من تالي. في حين أن هناك العديد من الطرق المطبقة على نطاق واسع لأخذ عينات من pars petrosa4،12،13،14 ، العاج ، وغرفة لب الأسنان1،2،15 ، فإن الطرق المنشورة تصف الجيل الناجح لمسحوق العظام من الملاط 16 ، والجسم الفقري ، والشق الفقري السفلي ، والكاحل قد يكون من الصعب الحصول عليها. على هذا النحو ، نوضح هنا بروتوكولات أخذ العينات المحسنة للهرم الصخري (الخطوة 3.1) ؛ الملاط (الخطوة 3.2.1) ، العاج (الخطوة 3.2.2) ، ولب الأسنان (الخطوة 3.2.3) من الأضراس البالغة ؛ العظم القشري للجسم الفقري (الخطوة 3.3.1) والقوس الفقري العلوي (الخطوة 3.3.2) ؛ الكتائب البعيدة (الخطوة 3.4) ؛ والكاحل (الخطوة 3.5) من أجل جعل الاستخدام الفعال لهذه العناصر الهيكلية لكل من الحمض النووي وأبحاث الطب الشرعي متاحا على نطاق أوسع.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>#16 Dental Drill Bit</td>
			<td>NTI</td>
			<td>H1-016-HP</td>
			<td>example drilling bit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.6 mm scroll saw blade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-097</td>
			<td>blade for Jewellers Saw</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22mm diamond cutting wheel</td>
			<td>Kahla</td>
			<td>SKU 806 104 358 514 220</td>
			<td>Dremel cutting attachment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Commercial Bleach</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1818018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Control Company Ultra-Clean Supreme Aluminum Foil</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-078-29X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA LoBind Tubes (2 mL)</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 225-01 Flex Shaft Attachment</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>225-01</td>
			<td>Dremel flexible extension</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 4300 Rotary Tool</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4300</td>
			<td>Example drill</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel collet and nut kit</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4485</td>
			<td>Adapters for various Dremel tool attachments/bits</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eagle 33 Gallon Red Biohazard Waste Bag</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>17-988-501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf DNA LoBind 2 mL microcentrifuge tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-792</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol (Molecular Biology Grade)</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>1.08543</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FDA approved level 2 Surgical Mask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-206-0397</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Comfort Nitrile Gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-041-171X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Safety Glasses</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-130-208X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Granger Stationary Vise</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1336173</td>
			<td>benchtop vise</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Invitrogen UltraPure DNase/Rnase free distilled water</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-977-023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Jewellers Saw</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes</td>
			<td>Sigma-Aldritch</td>
			<td>Z188956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labconco Purifier Logic Biosafety cabinet</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>30-368-1101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LookOut DNA Erase</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>L9042-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium weighing boat</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSC 10pc plier/clamp set</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-129-5352</td>
			<td>Miscellaneous&#160;clamps/vise grips for securely holding samples while drilling/cutting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sartorius Quintix Semi-Micro Balance</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-560-019</td>
			<td>enclosed balance</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tyvek coveralls with hood</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-361-7X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weigh paper</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120116</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains

تسعى الطرق المقدمة هنا إلى تعظيم فرص استعادة الحمض النووي البشري من البقايا الأثرية القديمة مع الحد من مواد عينة الإدخال. تم ذلك عن طريق استهداف مواقع أخذ العينات التشريحية التي تم تحديدها مسبقا لإنتاج أعلى كميات من الحمض النووي القديم (aDNA) في تحليل مقارن لاستعادة الحمض النووي عبر الهيكل العظمي. أشارت الأبحاث السابقة إلى أن هذه البروتوكولات تزيد من فرص التعافي الناجح للحمض النووي البشري القديم والممرض من البقايا الأثرية. تم تقييم غلة الحمض النووي سابقا بواسطة Parker et al. 2020 في مسح واسع للحفاظ على الحمض النووي عبر عناصر هيكلية متعددة من 11 فردا تم استردادهم من مقبرة العصور الوسطى (الكربون المشع مؤرخة في فترة حوالي (حوالي 1040-1400 م ، معايرة نطاق 2 سيجما) في كراكور بيرج ، وهي مستوطنة مهجورة من العصور الوسطى بالقرب من Peißen ألمانيا. نجحت نقاط أخذ العينات الثمانية هذه ، والتي تمتد على خمسة عناصر هيكلية (pars petrosa ، والأضراس الدائمة ، والفقرة الصدرية ، والكتائب البعيدة ، والكاحل) في إنتاج الحمض النووي البشري القديم عالي الجودة ، حيث كانت الغلة أكبر بكثير من المتوسط العام عبر جميع العناصر والأفراد. كانت الغلة كافية للاستخدام في معظم التحليلات الجينية الشائعة للسكان في المصب. تدعم نتائجنا الاستخدام التفضيلي لمواقع أخذ العينات التشريحية هذه لمعظم الدراسات التي تتضمن تحليلات الحمض النووي البشري القديم من البقايا الأثرية. سيساعد تنفيذ هذه الأساليب على تقليل تدمير العينات الأثرية الثمينة.

في دراسة منفصلة 11 ، تم استخراج الحمض النووي من مسحوق العظام المتولد من كل موقع أخذ عينات تشريحي في11 فردا ، باستخدام بروتوكول استخراج الحمض النووي القياسي الأمثل للشظايا القصيرة من الأنسجة المتكلسة2. ثم تم إنتاج مكتبات مفردة تقطعت بها السبل 28 وتسلسلها على HiSeq 4000 (75 نقطة أساس نهاية مزدوجة) إلى عمق ~20،000،000 قراءة لكل عينة. ثم تم تقييم بيانات التسلسل الناتجة لمحتوى الحمض النووي البشري الداخلي باستخدام خط أنابيب EAGER29 (إعدادات BWA: طول البذور 32 ، عقوبة عدم تطابق 0.1 ، مرشح جودة رسم الخرائط 37). يتم الإبلاغ عن جميع النتائج التمثيلية باستخدام نفس المقاييس مثل Parker et al. 202011 من أجل الاتساق. أنتجت المكتبات من الأجزاء المسحوقة من pars petrosa ، في المتوسط ، حمضا نوويا داخليا أعلى من أي من مواقع أخذ العينات التشريحية ال 23 الأخرى التي تم مسحها (الشكل 6A-B). أنتجت مواقع أخذ العينات التشريحية السبعة الإضافية المعروضة في هذا البروتوكول (الملاط ، الممر الأول لغرفة لب الأسنان ، وعاج الأضراس الدائمة ؛ العظم القشري من الجسم الفقري والقوس الفقري العلوي للفقرة الصدرية ؛ العظم القشري من الخصلة القمية للسلامية البعيدة ؛ والعظم القشري من عنق الكاحل) أعلى غلة تالية (مع عدم وجود دلالة إحصائية بين مواقع أخذ العينات التشريحية هذه. الشكل 6 أ - ب ؛ الملف التكميلي 1: EndoogenousDNAPreCap). أنتجت جميع هذه المواقع البديلة باستمرار غلة الحمض النووي الكافية لتحليلات علم الوراثة السكانية القياسية مثل تحليلات الميتوكوندريا وتحليلات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP). وكانت معدلات الازدواجية في المكتبات الناجمة عن جميع مواقع أخذ العينات التشريحية منخفضة (العوامل العنقودية < 1.2 في المتوسط، محسوبة كنسبة جميع قراءات رسم الخرائط إلى قراءات رسم الخرائط الفريدة، الجدول 2؛ والجدول 2). الملف التكميلي 1: ClusterFactor) ، مما يشير إلى أن جميع المكتبات التي تم فحصها كانت ذات تعقيد كبير جدا. وبالمثل ، كان متوسط تقديرات تلوث الحمض النووي البشري الخارجي منخفضا ، حيث بلغ متوسطه 2٪ < (تلوث كروموسوم X في الذكور ، n = 7 ، كما ورد في خط أنابيب ANGSD30) في جميع مواقع أخذ العينات التشريحية باستثناء القوس الفقري العلوي (متوسط التلوث المقدر: 2.11٪ ، مع إزالة عينة واحدة كقيمة شاذة. KRA005: 19.52٪ ، انظر الجدول 2 ؛ الملف التكميلي 1: Xpollution). كان متوسط طول الشظية (بعد الترشيح لإزالة جميع القراءات < 30 نقطة أساس) هو الأدنى في المادة التي تم جمعها من حجرة لب الأسنان والعاج ، مع عدم وجود اختلاف كبير بين مواقع أخذ العينات التشريحية الأخرى (55.14 نقطة أساس و 60.22 نقطة أساس ، على التوالي مقارنة بمتوسط 62.87 ، قيم p الزوجية < 0.019 ، الجدول 2 ؛ الملف التكميلي 1: AvgFragLength). بالإضافة إلى ذلك ، تحتوي كل من الأسنان والفقرات الصدرية على مواقع متعددة لأخذ العينات التشريحية حيث لوحظ ارتفاع استعادة الحمض النووي الداخلي ، مما يجعلها مناسبة بشكل خاص كبدائل ل pars petrosa.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63250/63250fig06.jpg"> الشكل 6: محتوى الحمض النووي البشري لجميع العينات التي تم فحصها. تمثل الخطوط السوداء المتوسط العام ، بينما تمثل الخطوط الحمراء الوسيط (صلب: نسبة الحمض النووي البشري ، متقطعة: قراءات بشرية معينة لكل مليون قراءة تم إنشاؤها). مواقع أخذ العينات التشريحية الفردية مع متوسط نسبة الحمض النووي البشري أعلى من المتوسط العام (8.16٪) ملونة في جميع التحليلات. (أ) نسبة القراءات إلى الجينوم المرجعي hg19. يمثل الخط المتقطع الأزرق الحد الأقصى النظري بالنظر إلى معلمات رسم الخرائط لخط الأنابيب (التي تم إنشاؤها باستخدام Gargammel31 لمحاكاة التوزيع العشوائي ل 5,000,000 قراءة من الجينوم المرجعي hg19 مع تلف محاكاة). يتم الإبلاغ عن الوسائل الفردية (X السوداء) والمتوسطات (الدائرة الحمراء) لتلك العينات ذات متوسط نسبة الحمض النووي البشري أعلى من المتوسط العام. تشير فترات الثقة إلى الحدود العليا والدنيا باستثناء القيم الإحصائية المتطرفة. (ب) عدد القراءات الفريدة التي يتم تعيينها للجينوم المرجعي hg19 لكل مليون قراءة لجهد التسلسل (75 نقطة أساس نهاية مزدوجة). تشير فترات الثقة إلى الحدود العليا والدنيا باستثناء القيم الإحصائية المتطرفة. تم تكييف هذا الرقم من Parker، C. et al. 202011. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/63250fig06large.jpg" target="_blank">الرجاء الضغط هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.</a>
الجدول 2: متوسط مستويات الازدواجية (قراءات رسم الخرائط/القراءات الفريدة)، ومتوسط ومتوسط أطوال الشظايا، وتقديرات التلوث بالكروموسوم X لجميع مواقع أخذ العينات التشريحية. تم الإبلاغ عن الخطأ على أنه الخطأ القياسي للمتوسط. تم تكييف هذا الجدول من Parker، C. et al. 202011.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>موقع أخذ العينات</td>
			<td>متوسط عامل الازدواجية (# القراءات المعينة /# القراءات المعينة الفريدة)</td>
			<td>متوسط طول الشظية بالحصان</td>
			<td>متوسط النسبة المقدرة لتلوث الكروموسوم X</td>
		</tr><tr><td>الهرم الصخري</td>
			<td>1.188 ± 0.006</td>
			<td>65.40 ± 1.36</td>
			<td>0.000 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>ملاط</td>
			<td>1.197 ± 0.028</td>
			<td>67.28 ± 1.76</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>العاج</td>
			<td>1.188 ± 0.061</td>
			<td>60.22 ± 2.37</td>
			<td>0.002 ± 0.007</td>
		</tr><tr><td>لب</td>
			<td>1.179 ± 0.024</td>
			<td>55.14 ± 2.90</td>
			<td>0.013 ± 0.006</td>
		</tr><tr><td>الكتائب البعيدة</td>
			<td>1.191 ± 0.049</td>
			<td>65.95 ± 1.08</td>
			<td>0.013 ± 0.005</td>
		</tr><tr><td>الجسم الفقري</td>
			<td>1.194 ± 0.037</td>
			<td>66.14 ± 1.03</td>
			<td>0.008 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>القوس الفقري العلوي</td>
			<td>1.19 ± 0.017</td>
			<td>63.02 ± 1.23</td>
			<td>0.021 ± 0.009*</td>
		</tr><tr><td>تالوس</td>
			<td>1.198 ± 0.010</td>
			<td>68.20 ± 1.24</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>* تمت إزالة عينة KRA005 كقيمة شاذة عند 0.1952</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>توفر الرمز جميع برامج التحليلات ووحدات R المستخدمة في تحليلات هذه المخطوطة متاحة مجانا من مؤلفيها. كل رمز R المخصص متاح حسب الطلب.
توافر البيانات جميع البيانات الأولية المستخدمة في حساب النتائج التمثيلية متاحة مجانا في مستودع بيانات ENA لأرشيف النوكليوتيدات الأوروبي (رقم الانضمام PRJ-EB36983) أو المواد التكميلية ل Parker، C. et al.11.
الملف التكميلي 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/SupplementalFile1.xlsx" target="_blank">الرجاء الضغط هنا لتنزيل هذا الملف.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains

يقدم البروتوكول سلسلة من بروتوكولات أفضل الممارسات لجمع مسحوق العظام من ثمانية مواقع أخذ عينات تشريحية موصى بها (مواقع محددة على عنصر هيكلي معين) عبر خمسة عناصر هيكلية مختلفة من أفراد العصور الوسطى (الكربون المشع يرجع تاريخه إلى فترة حوالي 1040-1400 م ، معايرة نطاق 2 سيجما).

بروتوكولات أخذ عينات العظام المحسنة لاسترجاع الحمض النووي القديم من البقايا الأثرية

The methods presented here seek to maximize the chances for the recovery of human DNA from ancient archaeological remains while limiting input sample ...

تعمل هذه البروتوكولات كإرشادات لأفضل الممارسات لتوليد مسحوق العظام لاستخدامها في استخراج الحمض النووي عبر مجموعة من عناصر الهيكل العظمي. هناك عدد قليل من بروتوكولات أخذ عينات الحمض النووي القديمة المنشورة لمواقع أخرى غير العاج والهرم الصخري. سنعرض اليوم طرق أخذ العينات التفصيلية لثلاثة بدائل.تظهر هذه الطرق أيضا إمكانات كبيرة للاستخدام مع بقايا الطب الشرعي المتدهورة ، ولكن أيضا كخط أساس لتطوير تقنيات مماثلة مع عينات غير بشرية. قم بإجراء جميع عمليات أخذ العينات في غرفة نظيفة مخصصة ، تحت غطاء PCR مجهز بالأشعة فوق البنفسجية أو خزانة السلامة البيولوجية. قم بإيقاف تشغيل تدفق الهواء وانشر رقائق الألومنيوم المعقمة عبر سطح الطاولة لالتقاط أي مسحوق أو شظايا عظام طائشة.ضع ورقة وزن في صينية وزن معقمة. أمسك الضرس المطهر من المينا بحيث يكون الجذر متجها لأسفل فوق صينية وزن، باستخدام مشبك محمول باليد. جهز مثقاب الأسنان بعجلة قطع دائرية ذات حواف ماسية.مع ضبط المثقاب على إعداد سرعة متوسطة ، المس حافة المثقاب برفق إلى الجذر بزاوية 20 درجة تقريبا. اكشط العينة لأسفل في الدرج لجمع المادة الصفراء الخارجية من الجذر. توقف عن التجميع بمجرد أن تصبح المادة الأخف وزنا من العاج مرئية.انقل المسحوق إلى أنبوب LoBind Safe-Lock سعة 2 ملليلتر ، وسجل هذه الكتلة المجمعة من المسحوق باستخدام ميزان مغلق بدقة لا تقل عن 0.01 ملليغرام. انقل المسحوق من ورق الوزن إلى أنبوب LoBind Safe-Lock سعة 2 ملليلتر لاستخراجه. قم بتخزين هذا الأنبوب عند 20 درجة مئوية.تأكد من استعادة جميع شظايا العظام وأكبر قدر ممكن من المسحوق. قم بتغيير الرقاقة بين كل عينة ، وتخلص من الرقاقة المستخدمة في كيس خطر بيولوجي قابل للتعقيم. قم بتطهير منطقة العمل وانشر رقائق الألومنيوم المعقمة عبر سطح الطاولة في كل مرة قبل الانتقال إلى العظم التالي.ضع ورقة صغيرة من ورق الوزن في درج وزن قياسي. قم بإزالة وتجاهل الطبقة الخارجية من العظم القشري للقوس الفقري العلوي باستخدام مثقاب الأسنان. بعد ذلك ، قم بتأمين الفقرات في مشبك يدوي ، مع العملية الشائكة للخارج والجانب العلوي لأسفل.أثناء حمل الفقرة ، قم بالحفر لأعلى في وسط الشق على شكل حرف V ، والذي يتكون من اندماج العملية الشائكة مع الصفائح بسرعة منخفضة وعزم دوران عالي. توقف عن الحفر عندما يكون هناك انخفاض ملحوظ في المقاومة. قم بتغيير موضع الحفر قليلا ، وكرر حتى يتم جمع 50 إلى 100 ملليغرام من مسحوق العظام.انقل مسحوق العظام من ورق الوزن إلى أنبوب LoBind سعة 2 ملليلتر لاستخراجه ، وقم بتخزينه عند 20 درجة مئوية. تأكد من استعادة جميع شظايا العظام وأكبر قدر ممكن من المسحوق قبل التخلص من ورق القصدير. تطهير منطقة العمل والاستعداد لجمع العينات ، كما هو موضح سابقا.ضع ورقة صغيرة من ورق الوزن في درج وزن قياسي. امسك قبة الكاحل لأعلى، والسطح الإنسي باتجاه المجمع، فوق درج الوزن. كشط العظم القشري إلى عمق حوالي ملليمتر واحد من عنق الكاحل باستخدام مثقاب الأسنان مع بت منخفض القياس مضبوط على سرعة منخفضة وعزم دوران عالي.قم بتغيير موضع الحفر وكرر ذلك حتى يتم جمع ما يقرب من 50 إلى 100 ملليغرام من مسحوق العظام. انقل مسحوق العظام هذا من ورق الوزن إلى أنبوب LoBind سعة 2 ملليلتر لاستخراجه. قم بتخزين المسحوق على حرارة 20 درجة مئوية إلى أجل غير مسمى.قم بتخزين العظم المتبقي والمسحوق الزائد في بيئة معقمة جافة يتم التحكم في درجة حرارتها عند 25 درجة مئوية. تخلص من جميع النفايات في أكياس أو أوعية الأوتوكلاف للمخاطر البيولوجية. تعقيم أو تطهير جميع المعدات القابلة لإعادة الاستخدام وتعريضها للأشعة فوق البنفسجية بين كل عينة.أنتج Pars petrosa حمضا نوويا داخليا أعلى من مواقع أخذ العينات التشريحية ال 23 الأخرى التي شملها المسح. أنتجت مواقع أخذ العينات التشريحية السبعة الإضافية المعروضة في هذا البروتوكول أعلى إنتاجية تالية. أنتجت المواقع البديلة باستمرار غلة الحمض النووي الكافية لتحليلات علم الوراثة السكانية القياسية.وكانت معدلات الازدواجية في المكتبات الناجمة عن جميع مواقع أخذ العينات التشريحية منخفضة، مما يشير إلى درجة عالية من التعقيد. أظهرت الأسنان ، وكذلك الفقرات الصدرية الانتعاش الجزيئي الكافي. واحدة من أكثر الجوانب تحديا لأخذ عينات العظام هي عملية الحفر ، مثل كيفية إجراء الحفر ، ومكان الحفر ، ومتى تتوقف عن الحفر.

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

ملزم الميثيل تسلسل القبض على الحمض النووي للأنسجة المريض

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Tools to Study the Role of Architectural Protein HMGB1 in the Processing of Helix Distorting, Site-specific DNA Interstrand Crosslinks

أدوات لدراسة دور HMGB1 البروتين المعماري في تجهيز اللولب تشويه، والحمض النووي الخاصة بالموقع Interstrand Crosslinks

High mobility group box 1 (HMGB1) protein is a non-histone architectural protein that is involved in regulating many important functions in the genome, ...

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

تحديد الجينوم على نطاق توقيت النسخ المتماثل الثدييات بواسطة الحمض النووي قياس المحتوى

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Purification of High Molecular Weight Genomic DNA from Powdery Mildew for Long-Read Sequencing

تنقية عالية الوزن الجزيئي الحمض النووي الجينوم من البياض الدقيقي لونغ-مقروءة التسلسل

The powdery mildew fungi are a group of economically important fungal plant pathogens. Relatively little is known about the molecular biology and genetics ...

Studying Cell Cycle-regulated Gene Expression by Two Complementary Cell Synchronization Protocols

دراسة الخلية التعبير عن تنظيم دورة الجينات من قبل اثنين من بروتوكولات التزامن الخلية التكميلية

The gene expression program of the cell cycle represents a critical step for understanding cell cycle-dependent processes and their role in diseases such ...

Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1

بروتوكولات ل C-بريك دنا الجمعية القياسية باستخدام Cpf1

CRISPR-associated protein Cpf1 cleaves double-stranded DNA under the guidance of CRISPR RNA (crRNA), generating sticky ends. Because of this ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

تحديد المواقع صبغية أمثل لعنصر الحمض النووي في الإشريكيّة القولونية باستخدام نهج ينقول بوساطة جديدة

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Universal Protocol for Large-scale gRNA Library Production from any DNA Source

بروتوكول عالمي جرنة على نطاق واسع "الإنتاج مكتبة" من أي "مصدر الحمض النووي"

The popularity of the CRISPR/Cas9 system for both genome and epigenome engineering stems from its simplicity and adaptability. An effector (the Cas9 ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

إيمونوستينينج لإدخال تعديلات على الحمض النووي: التحليل الحسابي للصور [كنفوكل]

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

عزل الحمض النووي قوية وبناء مكتبة التسلسل الفائق للعينات دار النباتات

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...