Name: optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains
Uploaded: 2021-11-30T14:00:00
Duration: 6 min 18 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

De auteurs willen de laboratoriummedewerkers van het Max Planck Institute for the Science of Human History bedanken voor hun hulp bij de ontwikkeling en implementatie van deze protocollen. Dit werk zou niet mogelijk zijn geweest zonder de inbreng en het harde werk van Dr. Guido Brandt, Dr. Elizabeth Nelson, Antje Wissegot en Franziska Aron. Deze studie werd gefinancierd door de Max Planck Society, de European Research Council (ERC) in het kader van het Horizon 2020 onderzoeks- en innovatieprogramma van de Europese Unie onder subsidieovereenkomsten nr. 771234 - PALEoRIDER (WH, ABR) en Starting Grant No. 805268 CoDisEASe (aan KIB).

<ol>
	<li>Adler, C. J., Haak, W., Donlon, D., Cooper, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survival+and+recovery+of+DNA+from+ancient+teeth+and+bones.">Survival and recovery of DNA from ancient teeth and bones.</a> Journal of Archaeological Science. 38 (5), 956-964 (2011).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Ancient DNA: Methods and Protocols. , 25-29 (2019).</li><li>Palsdottir, A. H., Bl&#228;uer, A., Rannam&#228;e, E., Boessenkool, S., Hallsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Not+a+limitless+resource:+ethics+and+guidelines+for+destructive+sampling+of+archaeofaunal+remains.">Not a limitless resource: ethics and guidelines for destructive sampling of archaeofaunal remains.</a> Royal Society Open Science. 6 (10), 191059 (2019).</li><li>Pinhasi, R., Fernandes, D. M., Sirak, K., Cheronet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolating+the+human+cochlea+to+generate+bone+powder+for+ancient+DNA+analysis.">Isolating the human cochlea to generate bone powder for ancient DNA analysis.</a> Nature Protocols. 14 (4), 1194-1205 (2019).</li><li>Latham, K. E., Miller, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+recovery+and+analysis+from+skeletal+material+in+modern+forensic+contexts.">DNA recovery and analysis from skeletal material in modern forensic contexts.</a> Forensic Sciences Research. 4 (1), 51-59 (2019).</li><li>Mundorff, A. Z., Bartelink, E. J., Mar-Cash, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+preservation+in+skeletal+elements+from+the+World+Trade+Center+disaster:+Recommendations+for+mass+fatality+management.">DNA preservation in skeletal elements from the World Trade Center disaster: Recommendations for mass fatality management.</a> Journal of Forensic Sciences. 54 (4), 739-745 (2009).</li><li>Gamba, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+flux+and+stasis+in+a+five+millennium+transect+of+European+prehistory.">Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory.</a> Nature Communications. 5 (1), 1-9 (2014).</li><li>Alberti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+DNA+sampling+of+ancient+bones+using+Computed+Tomography+scans.">Optimized DNA sampling of ancient bones using Computed Tomography scans.</a> Molecular Ecology Resources. 18 (6), 1196-1208 (2018).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Sirak, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+auditory+ossicles+as+an+alternative+optimal+source+of+ancient+DNA.">Human auditory ossicles as an alternative optimal source of ancient DNA.</a> Genome Research. 30 (3), 427-436 (2020).</li><li>Parker, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+investigation+of+human+DNA+preservation+in+medieval+skeletons.">A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons.</a> Scientific Reports. 10 (1), 18225 (2020).</li><li>Pinhasi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimal+ancient+DNA+yields+from+the+inner+ear+part+of+the+human+petrous+bone.">Optimal ancient DNA yields from the inner ear part of the human petrous bone.</a> PLoS ONE. 10 (6), 0129102 (2015).</li><li>Sirak, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally-invasive+method+for+sampling+human+petrous+bones+from+the+cranial+base+for+ancient+DNA+analysis.">A minimally-invasive method for sampling human petrous bones from the cranial base for ancient DNA analysis.</a> BioTechniques. 62 (6), 283-289 (2017).</li><li>. Minimally-invasive sampling of pars petrosa (os temporale) for ancient DNA extraction. protocols.io Available from: <a target="_blank" href="https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w">https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w</a> (2020)</li><li>Damgaard, P. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+access+to+endogenous+DNA+in+ancient+bones+and+teeth.">Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth.</a> Scientific Reports. 5 (1), 1-12 (2015).</li><li>Harney, &. #. 2. 0. 1. ;., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally+destructive+protocol+for+DNA+extraction+from+ancient+teeth.">A minimally destructive protocol for DNA extraction from ancient teeth.</a> Genome Research. 31 (3), 472-483 (2021).</li><li>Cooper, A., Poinar, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ancient+DNA:+Do+it+right+or+not+at+all.">Ancient DNA: Do it right or not at all.</a> Science. 289 (5482), 1139 (2000).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Boessenkool, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+bleach+and+mild+predigestion+improves+ancient+DNA+recovery+from+bones.">Combining bleach and mild predigestion improves ancient DNA recovery from bones.</a> Molecular Ecology Resources. 17 (4), 742-751 (2017).</li><li>Garc&#237;a-Garcer&#224;, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragmentation+of+contaminant+and+endogenous+DNA+in+ancient+samples+determined+by+shotgun+sequencing;+Prospects+for+human+palaeogenomics.">Fragmentation of contaminant and endogenous DNA in ancient samples determined by shotgun sequencing; Prospects for human palaeogenomics.</a> PLoS ONE. 6 (8), 24161 (2011).</li><li>Malmstr&#246;m, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=More+on+contamination:+The+use+of+asymmetric+molecular+behavior+to+identify+authentic+ancient+human+DNA.">More on contamination: The use of asymmetric molecular behavior to identify authentic ancient human DNA.</a> Molecular Biology and Evolution. 24 (4), 998-1004 (2007).</li><li>Basler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduction+of+the+contaminant+fraction+of+DNA+obtained+from+an+ancient+giant+panda+bone.">Reduction of the contaminant fraction of DNA obtained from an ancient giant panda bone.</a> BMC Research Notes. 10, 754 (2017).</li><li>Kemp, B. M., Smith, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bleach+to+eliminate+contaminating+DNA+from+the+surface+of+bones+and+teeth.">Use of bleach to eliminate contaminating DNA from the surface of bones and teeth.</a> Forensic Science International. 154 (1), 53-61 (2005).</li><li>Korlevi&#263;, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reducing+microbial+and+human+contamination+in+DNA+extractions+from+ancient+bones+and+teeth.">Reducing microbial and human contamination in DNA extractions from ancient bones and teeth.</a> BioTechniques. 59 (2), 87-93 (2015).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Methods in Molecular Biology. 1963, 25-29 (2019).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Gansauge, M. -. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+library+preparation+from+highly+degraded+DNA+using+T4+DNA+ligase.">Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase.</a> Nucleic Acids Research. 45 (10), 79 (2017).</li><li>Peltzer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EAGER:+efficient+ancient+genome+reconstruction.">EAGER: efficient ancient genome reconstruction.</a> Genome Biology. 17 (1), 60 (2016).</li><li>Korneliussen, T. S., Albrechtsen, A., Nielsen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANGSD:+analysis+of+next+generation+sequencing+data.">ANGSD: analysis of next generation sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 15, 356 (2014).</li><li>Renaud, G., Hangh&#248;j, K., Willerslev, E., Orlando, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gargammel:+A+sequence+simulator+for+ancient+DNA.">Gargammel: A sequence simulator for ancient DNA.</a> Bioinformatics. 33 (4), 577-579 (2017).</li><li>Ponce de Le&#243;n, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+bony+labyrinth+is+an+indicator+of+population+history+and+dispersal+from+Africa.">Human bony labyrinth is an indicator of population history and dispersal from Africa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (16), 4128-4133 (2018).</li><li>Nagaoka, T., Kawakubo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+petrous+part+of+the+temporal+bone+to+estimate+fetal+age+at+death.">Using the petrous part of the temporal bone to estimate fetal age at death.</a> Forensic Science International. 248, 188 (2015).</li><li>Nor&#233;n, A., Lynnerup, N., Czarnetzki, A., Graw, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lateral+angle:+A+method+for+sexing+using+the+petrous+bone.">Lateral angle: A method for sexing using the petrous bone.</a> American Journal of Physical Anthropology. 128 (2), 318-323 (2005).</li></ol>

De auteurs hebben geen belangenconflicten te melden.

De huidige praktijk in de oude menselijke populatiegenetica is om waar mogelijk bij voorkeur monsters te nemen van de pars petrosa (stap 2.1). De pars petrosa kan echter een moeilijk te verkrijgen monster zijn, omdat het zeer gewaardeerd wordt voor een groot aantal skeletbeoordelingen (bijv. Populatiegeschiedenis32, de schatting van de foetale leeftijd bij overlijden33 en geslachtsbepaling34), en historisch gezien kan bemonstering van de pars petrosa voor DNA-analyse zeer destructief zijn 3,4 (inclusief het hier gepresenteerde protocol, hoewel nieuwe, minimaal invasieve protocollen13,14 nu op grote schaal zijn aangenomen om deze bezorgdheid te verlichten). Dit wordt nog verergerd door het feit dat tot voor kort een grootschalige, systematische studie van menselijk DNA-herstel over het skelet niet was geprobeerd11, waardoor het vinden van een geschikte bemonsteringsstrategie wanneer de petrouspiramide niet beschikbaar is, een uitdaging is.
De hier gepresenteerde protocollen helpen die uitdaging te verlichten door een reeks geoptimaliseerde procedures te bieden voor DNA-bemonstering van archeologische / forensische skeletresten, waaronder de pars petrosa, evenals zeven alternatieve anatomische bemonsteringslocaties over vier extra skeletelementen. De opgenomen kritieke stappen zijn allemaal bedoeld om de kans op DNA-verlies/-schade als gevolg van inefficiënte bemonstering (stappen 2.1.6 en 3.2.1.3) of oververhitting van monsters tijdens het boren/snijden (stap 3.1.6) tot een minimum te beperken. Bovendien is in het hele protocol opgemerkt dat het nodig kan zijn om de voorbehandelingsstappen te wijzigen / weg te laten om de beste prestaties in sterk afgebroken monsters te garanderen. Er moet ook worden opgemerkt dat zelfs onder de geselecteerde elementen die hier worden gepresenteerd, er verschillende mogelijke alternatieve bemonsteringstechnieken blijven (met name voor de pars petrosa 13,14), evenals voldoende ruimte voor verdere optimalisatie van de hier gepresenteerde onderbenutte anatomische bemonsteringslocaties (d.w.z. de talus: stap 2.5 en de wervels: stap 2.3).
Het is ook belangrijk om in gedachten te houden dat deze protocollen zijn ontworpen en getest met behulp van oude juveniel-volwassen overblijfselen van hoge kwaliteit (goed morfologisch behoud) voor de doeleinden van endogene menselijke DNA-analyses. De gepresenteerde resultaten kunnen zich niet uitstrekken tot meer sterk afgebroken materialen, andere conserveringscontexten, babyresten, niet-menselijke overblijfselen of studies van pathogenen of het microbioom, omdat een grotere verkenning van het gebruik van deze protocollen in aanvullende contexten nog steeds nodig is. Bovendien kunnen de alternatieve skeletelementen die hier worden gepresenteerd (de tanden, wervels, distale falanx en tali) een uitdaging zijn om aan één persoon toe te wijzen tussen gemengde overblijfselen, waardoor bemonstering van meerdere elementen nodig is om een enkele oorsprong te garanderen. Ondanks deze beperkingen kan het op grote schaal beschikbaar maken van deze protocollen helpen een deel van de heterogeniteit rond monsterselectie en -verwerking te verlichten door een gegeneraliseerd en kwantitatief geoptimaliseerd kader te bieden voor gebruik in een breed scala aan toekomstige aDNA / forensische studies op menselijke resten.

De bemonstering van oude menselijke resten met het oog op DNA-herstel en -analyse is inherent destructief 1,2,3,4. De monsters zelf zijn kostbare exemplaren en morfologische conservering moet waar mogelijk worden bewaard. Als zodanig is het absoluut noodzakelijk dat bemonsteringspraktijken worden geoptimaliseerd om zowel onnodige vernietiging van onvervangbaar materiaal te voorkomen als de kans op succes te maximaliseren. De huidige beste praktijktechnieken zijn gebaseerd op een klein cohort van studies die beperkt zijn tot forensische onderzoeken 5,6, studies van oude specimens waarbij de ontwikkeling van optimale bemonstering niet het directe doel van de studie is7, of specifieke studies waarbij gebruik wordt gemaakt van niet-menselijke resten8 of gericht op een zeer kleine selectie van anatomische bemonsteringslocaties (hier gebruikt om een specifiek gebied van een skeletelement aan te duiden waaruit botpoeder, voor gebruik in downstream DNA-analyses, werd gegenereerd)9,10. De hier gepresenteerde bemonsteringsprotocollen werden geoptimaliseerd in de eerste grootschalige systematische studie van DNA-behoud over meerdere skeletelementen van meerdere individuen11. Alle monsters waren afkomstig van skeletelementen die waren teruggevonden van 11 personen die waren opgegraven op het kerkhof van de verlaten middeleeuwse nederzetting Krakauer Berg in de buurt van Peißen, Saksen-Anhalt, Duitsland (zie tabel 1 voor gedetailleerde demografische gegevens van de steekproef) en als zodanig mogelijk moeten worden gewijzigd voor gebruik met monsters buiten dit geografische / temporele bereik.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Individueel</td>
			<td>Geslacht</td>
			<td>Geschatte leeftijd bij overlijden</td>
			<td>14 C data (CE, Cal 2-sigma)</td>
		</tr><tr><td>Kra001</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>25-35</td>
			<td>1058-1219</td>
		</tr><tr><td>KRA002</td>
			<td>Vrouwelijk</td>
			<td>20-22</td>
			<td>1227-1283</td>
		</tr><tr><td>Kra003</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>25</td>
			<td>1059-1223</td>
		</tr><tr><td>Kra004</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>15</td>
			<td>1284-1392</td>
		</tr><tr><td>KRA005</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>10-12</td>
			<td>1170-1258</td>
		</tr><tr><td>Kra006</td>
			<td>Vrouwelijk</td>
			<td>30-40</td>
			<td>1218-1266</td>
		</tr><tr><td>KRA007</td>
			<td>Vrouwelijk</td>
			<td>25-30</td>
			<td>1167-1251</td>
		</tr><tr><td>Kra008</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>20</td>
			<td>1301-1402</td>
		</tr><tr><td>KRA009</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>Onbekend</td>
			<td>1158-1254</td>
		</tr><tr><td>Kra010</td>
			<td>Mannelijk</td>
			<td>25</td>
			<td>1276-1383</td>
		</tr><tr><td>Kra011</td>
			<td>Vrouwelijk</td>
			<td>30-45</td>
			<td>1040-1159</td>
		</tr></tbody></table>Tabel 1: Genetisch bepaald geslacht, archeologisch bepaalde geschatte leeftijd bij overlijden en radiokoolstofdatering (14C Cal 2-sigma) voor alle 11 bemonsterde personen. Deze tabel is aangepast van Parker, C. et al. 202011.
Deze protocollen maken een relatief eenvoudige en efficiënte generatie van botpoeder mogelijk uit acht anatomische bemonsteringslocaties over vijf skeletelementen (inclusief de pars petrosa) met beperkte laboratorium-geïnduceerde DNA-besmetting. Van deze vijf skeletelementen zijn zeven anatomische bemonsteringslocaties op vier skeletelementen geïdentificeerd als levensvatbare alternatieven voor de destructieve bemonstering van de petrouspiramide 11,12. Deze omvatten het cementum, dentine en pulpkamer van permanente kiezen; corticale bot verzameld uit de superieure wervelinkeping en uit het lichaam van thoracale wervels; corticale bot afkomstig van het inferieure oppervlak van de apicale pluk en schacht van de distale vingerkootjes; en het dichte corticale bot langs het buitenste deel van de tali. Hoewel er verschillende veel toegepaste methoden zijn voor de bemonstering van de pars petrosa 4,12,13,14, dentine en de tandpulpkamer 1,2,15, gepubliceerde methoden die de succesvolle generatie van botpoeder uit het cementum beschrijven16 , wervellichaam, inferieure wervelinkeping en talus kunnen moeilijk te verkrijgen zijn. Als zodanig demonstreren we hier geoptimaliseerde bemonsteringsprotocollen voor de petrouspiramide (stap 3.1); cementum (stap 3.2.1), dentine (stap 3.2.2) en tandpulp (stap 3.2.3) van volwassen kiezen; corticale bot van het wervellichaam (stap 3.3.1) en superieure wervelboog (stap 3.3.2); de distale falanx (stap 3.4); en de talus (stap 3.5) om het effectieve gebruik van deze skeletelementen voor zowel aDNA als forensisch onderzoek breder toegankelijk te maken.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>#16 Dental Drill Bit</td>
			<td>NTI</td>
			<td>H1-016-HP</td>
			<td>example drilling bit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.6 mm scroll saw blade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-097</td>
			<td>blade for Jewellers Saw</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22mm diamond cutting wheel</td>
			<td>Kahla</td>
			<td>SKU 806 104 358 514 220</td>
			<td>Dremel cutting attachment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Commercial Bleach</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1818018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Control Company Ultra-Clean Supreme Aluminum Foil</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-078-29X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA LoBind Tubes (2 mL)</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 225-01 Flex Shaft Attachment</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>225-01</td>
			<td>Dremel flexible extension</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 4300 Rotary Tool</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4300</td>
			<td>Example drill</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel collet and nut kit</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4485</td>
			<td>Adapters for various Dremel tool attachments/bits</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eagle 33 Gallon Red Biohazard Waste Bag</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>17-988-501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf DNA LoBind 2 mL microcentrifuge tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-792</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol (Molecular Biology Grade)</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>1.08543</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FDA approved level 2 Surgical Mask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-206-0397</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Comfort Nitrile Gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-041-171X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Safety Glasses</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-130-208X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Granger Stationary Vise</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1336173</td>
			<td>benchtop vise</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Invitrogen UltraPure DNase/Rnase free distilled water</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-977-023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Jewellers Saw</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes</td>
			<td>Sigma-Aldritch</td>
			<td>Z188956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labconco Purifier Logic Biosafety cabinet</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>30-368-1101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LookOut DNA Erase</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>L9042-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium weighing boat</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSC 10pc plier/clamp set</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-129-5352</td>
			<td>Miscellaneous&#160;clamps/vise grips for securely holding samples while drilling/cutting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sartorius Quintix Semi-Micro Balance</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-560-019</td>
			<td>enclosed balance</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tyvek coveralls with hood</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-361-7X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weigh paper</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120116</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains

De hier gepresenteerde methoden proberen de kansen op het herstel van menselijk DNA uit oude archeologische overblijfselen te maximaliseren en tegelijkertijd het materiaal van inputmonsters te beperken. Dit werd gedaan door zich te richten op anatomische bemonsteringslocaties waarvan eerder was vastgesteld dat ze de hoogste hoeveelheden oud DNA (aDNA) opleverden in een vergelijkende analyse van DNA-herstel over het skelet. Eerder onderzoek heeft gesuggereerd dat deze protocollen de kansen op het succesvolle herstel van oud menselijk en pathogeen DNA uit archeologische overblijfselen maximaliseren. DNA-opbrengsten werden eerder beoordeeld door Parker et al. 2020 in een breed onderzoek naar aDNA-conservering over meerdere skeletelementen van 11 individuen die zijn teruggevonden op het middeleeuwse (radiokoolstof gedateerd op een periode van circa (ca.) 1040-1400 CE, gekalibreerd 2-sigmabereik) kerkhof op Krakauer Berg, een verlaten middeleeuwse nederzetting in de buurt van Peißen Duitsland. Deze acht bemonsteringsplekken, die vijf skeletelementen omvatten (pars petrosa, permanente kiezen, thoracale wervel, distale falanx en talus) leverden met succes hoogwaardig oud menselijk DNA op, waar de opbrengsten aanzienlijk groter waren dan het algemene gemiddelde over alle elementen en individuen. De opbrengsten waren voldoende voor gebruik in de meest voorkomende downstream populatiegenetische analyses. Onze resultaten ondersteunen het voorkeursgebruik van deze anatomische bemonsteringslocaties voor de meeste studies met de analyses van oud menselijk DNA uit archeologische overblijfselen. Implementatie van deze methoden zal helpen om de vernietiging van kostbare archeologische exemplaren te minimaliseren.

In een afzonderlijke studie11 werd DNA geëxtraheerd uit botpoeder gegenereerd uit elke anatomische bemonsteringslocatie bij 11 personen, met behulp van een standaard DNA-extractieprotocol dat is geoptimaliseerd voor korte fragmenten uit verkalkt weefsel2. Enkelstrengsbibliotheken werden vervolgensgeproduceerd 28 en gesequenced op een HiSeq 4000 (75 bp paired-end) tot een diepte van ~ 20.000.000 reads per monster. De resulterende sequentiegegevens werden vervolgens geëvalueerd op endogene menselijke DNA-inhoud met behulp van de EAGER-pijplijn29 (BWA-instellingen: zaadlengte van 32, 0,1 mismatch-straf, mappingkwaliteitsfilter van 37). Alle representatieve resultaten worden gerapporteerd met behulp van dezelfde statistieken als Parker et al. 202011 voor consistentie. Bibliotheken van de poedervormige delen van de pars petrosa leverden gemiddeld een hoger endogene DNA op dan alle andere 23 onderzochte anatomische bemonsteringslocaties (figuur 6A-B). De zeven aanvullende anatomische bemonsteringslocaties die in dit protocol worden gepresenteerd (het cementum, de eerste doorgang van de tandpulpkamer en dentine van permanente kiezen; corticale bot van het wervellichaam en de superieure wervelboog van de thoracale wervel; corticale bot uit het apicale plukje van de distale falanx; en corticale bot uit de nek van de talus) produceerden de op een na hoogste opbrengsten (zonder statistische significantie tussen deze anatomische bemonsteringslocaties; Figuur 6A-B; Aanvullend bestand 1: EndogenousDNAPreCap). Deze alternatieve locaties hebben allemaal consistent geproduceerde DNA-opbrengsten opgeleverd die voldoende zijn voor standaard populatiegenetische analyses zoals mitochondriale analyses en single nucleotide polymorphism (SNP) analyses. Duplicatiepercentages in bibliotheken afkomstig van alle anatomische bemonsteringslocaties waren laag (clusterfactoren < gemiddeld 1,2, berekend als de verhouding tussen alle mapping reads en unieke mapping reads, tabel 2; Supplemental File 1: ClusterFactor), wat aangeeft dat alle gescreende bibliotheken van zeer hoge complexiteit waren. Evenzo waren de gemiddelde schattingen van exogene menselijke DNA-besmetting laag, gemiddeld < 2% (X-chromosoomverontreiniging bij mannen, n = 7, zoals gerapporteerd door de ANGSD30-pijplijn) in alle anatomische bemonsteringslocaties behalve de superieure wervelboog (gemiddelde geschatte besmetting: 2,11%, waarbij één monster als uitschieter werd verwijderd; KRA005: 19,52%, zie tabel 2; Aanvullend bestand 1: Xcontaminatie). De gemiddelde fragmentlengte (na filtering om alle afgelezen waarden < 30 bp te verwijderen) was het laagst in het materiaal verzameld uit de tandpulpkamer en dentine, zonder significante variatie tussen andere anatomische bemonsteringslocaties (respectievelijk 55,14 bp en 60,22 bp, in vergelijking met een gemiddelde mediaan van 62,87, paarsgewijze p-waarden < 0,019, tabel 2; Aanvullend bestand 1: AvgFragLength). Bovendien bevatten de tanden en borstwervels elk meerdere anatomische bemonsteringslocaties waar hoog endogene DNA-herstel werd waargenomen, waardoor ze bijzonder geschikt zijn als alternatieven voor de pars petrosa.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63250/63250fig06.jpg"> Figuur 6: Menselijk DNA-gehalte voor alle gescreende monsters. Zwarte lijnen vertegenwoordigen het totale gemiddelde, terwijl rode lijnen de mediaan vertegenwoordigen (solide: menselijk DNA-aandeel, onderbroken: in kaart gebrachte menselijke metingen per miljoen gegenereerde metingen). Individuele anatomische bemonsteringslocaties met een gemiddeld menselijk DNA-aandeel dat hoger is dan het totale gemiddelde (8,16%) worden in alle analyses ingekleurd. (A) Het aandeel van reads mapping tot het hg19-referentiegenoom. De blauwe stippellijn vertegenwoordigt het theoretische maximum gezien de mappingparameters van de pijplijn (gegenereerd met Gargammel31 om een willekeurige verdeling van 5.000.000 aflezingen van het hg19-referentiegenoom met gesimuleerde schade te simuleren). Individuele gemiddelden (zwarte X) en medianen (rode cirkel) worden gerapporteerd voor die monsters met een hoger gemiddeld menselijk DNA-aandeel dan het totale gemiddelde. Betrouwbaarheidsintervallen geven boven- en ondergrenzen aan, met uitzondering van statistische uitschieters. (B) Het aantal unieke reads mapping naar het hg19-referentiegenoom per miljoen reads van sequencing-inspanning (75 bp gepaard uiteinde). Betrouwbaarheidsintervallen geven boven- en ondergrenzen aan, met uitzondering van statistische uitschieters. Dit cijfer is overgenomen uit Parker, C. et al. 202011. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/63250fig06large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.</a>
Tabel 2: Gemiddelde duplicatieniveaus (mapping reads/unique reads), gemiddelde en mediane fragmentlengtes en X-chromosoombesmettingsschattingen voor alle anatomische bemonsteringslocaties. Fout gerapporteerd als de standaardfout van het gemiddelde. Deze tabel is aangepast van Parker, C. et al. 202011.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Bemonsteringslocatie</td>
			<td>Gemiddelde duplicatiefactor (# in kaart gebrachte leeswaarden /# unieke toegewezen leeswaarden)</td>
			<td>Gemiddelde fragmentlengte in bp</td>
			<td>Gemiddeld geschat aandeel X-chromosoombesmetting</td>
		</tr><tr><td>Petrous piramide</td>
			<td>1.188 ± 0.006</td>
			<td>65,40 ± 1,36</td>
			<td>0,000 ± 0,003</td>
		</tr><tr><td>Cementum</td>
			<td>1.197 ± 0.028</td>
			<td>67,28 ± 1,76</td>
			<td>0,011 ± 0,003</td>
		</tr><tr><td>Dentine</td>
			<td>1.188 ± 0.061</td>
			<td>60,22 ± 2,37</td>
			<td>0,002 ± 0,007</td>
		</tr><tr><td>Pulp</td>
			<td>1.179 ± 0.024</td>
			<td>55,14 ± 2,90</td>
			<td>0,013 ± 0,006</td>
		</tr><tr><td>Distale falanx</td>
			<td>1.191 ± 0.049</td>
			<td>65,95 ± 1,08</td>
			<td>0,013 ± 0,005</td>
		</tr><tr><td>Wervellichaam</td>
			<td>1.194 ± 0.037</td>
			<td>66,14 ± 1,03</td>
			<td>0,008 ± 0,003</td>
		</tr><tr><td>Superieure wervelboog</td>
			<td>1,19 ± 0,017</td>
			<td>63,02 ± 1,23</td>
			<td>0,021 ± 0,009*</td>
		</tr><tr><td>Talus</td>
			<td>1.198 ± 0.010</td>
			<td>68,20 ± 1,24</td>
			<td>0,011 ± 0,003</td>
		</tr><tr><td>*Monster KRA005 verwijderd als uitschieter op 0,1952</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>Beschikbaarheid van code Alle analyseprogramma's en R-modules die in de analyses van dit manuscript worden gebruikt, zijn vrij beschikbaar bij hun respectieve auteurs. Alle aangepaste R-code is op aanvraag beschikbaar.
Beschikbaarheid van gegevens Alle ruwe gegevens die worden gebruikt bij de berekening van representatieve resultaten zijn vrij beschikbaar in de gegevensopslagplaats van het European Nucleotide Archive ENA (toetredingsnummer PRJ-EB36983) of aanvullende materialen van Parker, C. et al.11.
Aanvullend dossier 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/SupplementalFile1.xlsx" target="_blank">Klik hier om dit bestand te downloaden.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains

Het protocol presenteert een reeks best practice-protocollen voor het verzamelen van botpoeder van acht aanbevolen anatomische bemonsteringslocaties (specifieke locaties op een bepaald skeletelement) over vijf verschillende skeletelementen van middeleeuwse individuen (radiokoolstof gedateerd op een periode van ca. 1040-1400 CE, gekalibreerd 2-sigmabereik).

Geoptimaliseerde botbemonsteringsprotocollen voor het ophalen van oud DNA uit archeologische overblijfselen

The methods presented here seek to maximize the chances for the recovery of human DNA from ancient archaeological remains while limiting input sample ...

Deze protocollen dienen als richtlijnen voor best practices voor het genereren van botpoeder voor gebruik in de downstream DNA-extractie over een reeks skeletelementen. Er zijn een paar gepubliceerde oude DNA-bemonsteringsprotocollen voor andere locaties dan het dentine en de petrouspiramide. Vandaag laten we de gedetailleerde bemonsteringsmethoden voor drie alternatieven zien.Deze methoden vertonen ook een groot potentieel voor gebruik met gedegradeerde forensische resten, maar ook als basis voor het ontwikkelen van vergelijkbare technieken met niet-menselijke exemplaren. Voer alle monsters uit in een speciale cleanroom, onder een PCR-kap met UV-licht of bioveiligheidskast. Schakel de luchtstroom uit en verdeel steriele aluminiumfolie over het bankblad om verdwaald botpoeder of fragmenten op te vangen.Leg een vel weegpapier in een steriele weegschaal. Houd de ontsmette kies bij het glazuur met de wortel naar beneden gericht over een weegschaal, met behulp van een handklem. Rust een tandartsboor uit met een cirkelvormig snijwiel met diamantrand.Met de boor ingesteld op een gemiddelde snelheidsinstelling, raakt u de rand van de boor lichtjes aan de wortel onder een hoek van ongeveer 20 graden. Schraap het monster naar beneden in de lade om het gele, buitenste materiaal van de wortel te verzamelen. Stop met verzamelen zodra het lichtere materiaal van het dentine zichtbaar wordt.Breng het poeder over in een LoBind Safe-Lock-buis van twee milliliter en noteer deze verzamelde massa poeder met behulp van een gesloten balans met een nauwkeurigheid van ten minste 0,01 milligram. Breng het poeder van het weegpapier over in een LoBind Safe-Lock buis van twee milliliter voor extractie. Bewaar deze buis bij 20 graden Celsius.Zorg ervoor dat alle botfragmenten en zoveel mogelijk poeder worden teruggewonnen. Vervang de folie tussen elk monster en gooi de gebruikte folie weg in een autoclaafbare biohazard-zak. Ontsmet het werkgebied en verdeel steriele aluminiumfolie elke keer over het bankblad voordat u naar het volgende bot gaat.Plaats een klein vel weegpapier in een standaard weeglade. Verwijder en gooi de buitenste laag van het corticale bot van de superieure wervelboog met behulp van een tandboor. Bevestig vervolgens de wervels in een handklem, met het processus spinosus naar buiten en het superieure aspect naar beneden.Terwijl u de wervel vasthoudt, boort u omhoog in het midden van de V-vormige inkeping, gevormd door de fusie van het spineuze proces met de lamellen met lage snelheid en hoog koppel. Stop met boren wanneer er een merkbare daling van de weerstand is. Verander de boorpositie enigszins en herhaal dit totdat 50 tot 100 milligram botpoeder is verzameld.Breng het botpoeder van het weegpapier over in een LoBind-buis van twee milliliter voor extractie en bewaar het bij 20 graden Celsius. Zorg ervoor dat alle botfragmenten en zoveel mogelijk poeder worden teruggewonnen voordat u een folie weggooit. Ontsmet het werkgebied en bereid u voor op monsterverzameling, zoals eerder beschreven.Plaats een klein vel weegpapier in een standaard weeglade. Houd de taluskoepel omhoog en het mediale oppervlak naar de collector, boven de weegschaal. Schraap corticale bot tot een diepte van ongeveer een millimeter van de hals van de talus met behulp van een tandboor met een low-gauge bit ingesteld op lage snelheid en hoog koppel.Verander de boorpositie en herhaal dit totdat ongeveer 50 tot 100 milligram botpoeder is verzameld. Breng dit botpoeder van het weegpapier over in een LoBind-buis van twee milliliter voor extractie. Bewaar het poeder voor onbepaalde tijd bij 20 graden Celsius.Bewaar het resterende bot en overtollig poeder in een droge, temperatuurgecontroleerde steriele omgeving bij 25 graden Celsius. Gooi al het afval weg in biohazardzakken of recipiënten van de autoclaaf. Steriliseer of ontsmet alle herbruikbare apparatuur en stel deze tussen elke bemonstering bloot aan UV.De Pars petrosa leverde een hoger endogeen DNA op dan de andere 23 onderzochte anatomische bemonsteringslocaties. De zeven extra anatomische bemonsteringslocaties die in dit protocol worden gepresenteerd, leverden de op een na hoogste opbrengsten op. De alternatieve locaties produceerden consequent DNA-opbrengsten die voldoende waren voor standaard populatiegenetische analyses.Duplicatiepercentages in bibliotheken afkomstig van alle anatomische bemonsteringslocaties waren laag, wat wijst op een hoge complexiteit. De tanden, evenals thoracale wervels vertoonden voldoende moleculair herstel. Een van de meest uitdagende aspecten van botbemonstering is het boorproces, zoals hoe een boor te houden, waar te boren en wanneer te stoppen met boren.

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

-Methyl-bindende DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Tools to Study the Role of Architectural Protein HMGB1 in the Processing of Helix Distorting, Site-specific DNA Interstrand Crosslinks

Tools om de rol van de Architectural eiwit HMGB1 Bestudeer in de verwerking van Helix vervormen, site-specifieke DNA InterStrand Crosslinks

High mobility group box 1 (HMGB1) protein is a non-histone architectural protein that is involved in regulating many important functions in the genome, ...

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

Genoom-brede analyse van zoogdieren Replication Timing door DNA Content Measurement

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Purification of High Molecular Weight Genomic DNA from Powdery Mildew for Long-Read Sequencing

Zuivering van hoog molecuulgewicht Genomic DNA van echte meeldauw voor Long-Read Sequencing

The powdery mildew fungi are a group of economically important fungal plant pathogens. Relatively little is known about the molecular biology and genetics ...

Studying Cell Cycle-regulated Gene Expression by Two Complementary Cell Synchronization Protocols

Het bestuderen van celcyclusreguleerde genuitdrukking door twee complementaire celsynchronisatieprotocollen

The gene expression program of the cell cycle represents a critical step for understanding cell cycle-dependent processes and their role in diseases such ...

Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1

Protocollen voor C-Brick DNA Standard Assembly met behulp van Cpf1

CRISPR-associated protein Cpf1 cleaves double-stranded DNA under the guidance of CRISPR RNA (crRNA), generating sticky ends. Because of this ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Bepaling van de optimale chromosomale locatie (s) voor een DNA Element in Escherichia coli met behulp van een nieuwe benadering van Transposon-gemedieerde

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Universal Protocol for Large-scale gRNA Library Production from any DNA Source

Een universeel Protocol voor grootschalige gRNA bibliotheek productie uit elke bron van DNA

The popularity of the CRISPR/Cas9 system for both genome and epigenome engineering stems from its simplicity and adaptability. An effector (the Cas9 ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

Immunokleuring voor DNA wijzigingen: computationele analyse van Confocal beelden

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

Robuuste DNA isolatie en High-throughput Sequencing bibliotheek bouw voor Herbarium Specimens

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...