Name: optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains
Uploaded: 2021-11-30T14:00:00
Duration: 6 min 18 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

Yazarlar, Max Planck İnsanlık Tarihi Bilimi Enstitüsü'nün laboratuvar personeline, bu protokollerin geliştirilmesi ve uygulanmasındaki yardımları için teşekkür eder. Bu çalışma, Dr. Guido Brandt, Dr. Elizabeth Nelson, Antje Wissegot ve Franziska Aron'un katkısı ve sıkı çalışması olmadan mümkün olmazdı. Bu çalışma, Max Planck Topluluğu, Avrupa Araştırma Konseyi (ERC) tarafından Avrupa Birliği'nin Horizon 2020 araştırma ve inovasyon programı kapsamında 771234 No'lu hibe anlaşmaları kapsamında finanse edilmiştir - PALEoRIDER (WH, ABR) ve Başlangıç Hibe No. 805268 CoDisEASe (KIB'ye).

<ol>
	<li>Adler, C. J., Haak, W., Donlon, D., Cooper, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survival+and+recovery+of+DNA+from+ancient+teeth+and+bones.">Survival and recovery of DNA from ancient teeth and bones.</a> Journal of Archaeological Science. 38 (5), 956-964 (2011).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Ancient DNA: Methods and Protocols. , 25-29 (2019).</li><li>Palsdottir, A. H., Bl&#228;uer, A., Rannam&#228;e, E., Boessenkool, S., Hallsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Not+a+limitless+resource:+ethics+and+guidelines+for+destructive+sampling+of+archaeofaunal+remains.">Not a limitless resource: ethics and guidelines for destructive sampling of archaeofaunal remains.</a> Royal Society Open Science. 6 (10), 191059 (2019).</li><li>Pinhasi, R., Fernandes, D. M., Sirak, K., Cheronet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolating+the+human+cochlea+to+generate+bone+powder+for+ancient+DNA+analysis.">Isolating the human cochlea to generate bone powder for ancient DNA analysis.</a> Nature Protocols. 14 (4), 1194-1205 (2019).</li><li>Latham, K. E., Miller, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+recovery+and+analysis+from+skeletal+material+in+modern+forensic+contexts.">DNA recovery and analysis from skeletal material in modern forensic contexts.</a> Forensic Sciences Research. 4 (1), 51-59 (2019).</li><li>Mundorff, A. Z., Bartelink, E. J., Mar-Cash, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+preservation+in+skeletal+elements+from+the+World+Trade+Center+disaster:+Recommendations+for+mass+fatality+management.">DNA preservation in skeletal elements from the World Trade Center disaster: Recommendations for mass fatality management.</a> Journal of Forensic Sciences. 54 (4), 739-745 (2009).</li><li>Gamba, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome+flux+and+stasis+in+a+five+millennium+transect+of+European+prehistory.">Genome flux and stasis in a five millennium transect of European prehistory.</a> Nature Communications. 5 (1), 1-9 (2014).</li><li>Alberti, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+DNA+sampling+of+ancient+bones+using+Computed+Tomography+scans.">Optimized DNA sampling of ancient bones using Computed Tomography scans.</a> Molecular Ecology Resources. 18 (6), 1196-1208 (2018).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Sirak, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+auditory+ossicles+as+an+alternative+optimal+source+of+ancient+DNA.">Human auditory ossicles as an alternative optimal source of ancient DNA.</a> Genome Research. 30 (3), 427-436 (2020).</li><li>Parker, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+systematic+investigation+of+human+DNA+preservation+in+medieval+skeletons.">A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons.</a> Scientific Reports. 10 (1), 18225 (2020).</li><li>Pinhasi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimal+ancient+DNA+yields+from+the+inner+ear+part+of+the+human+petrous+bone.">Optimal ancient DNA yields from the inner ear part of the human petrous bone.</a> PLoS ONE. 10 (6), 0129102 (2015).</li><li>Sirak, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally-invasive+method+for+sampling+human+petrous+bones+from+the+cranial+base+for+ancient+DNA+analysis.">A minimally-invasive method for sampling human petrous bones from the cranial base for ancient DNA analysis.</a> BioTechniques. 62 (6), 283-289 (2017).</li><li>. Minimally-invasive sampling of pars petrosa (os temporale) for ancient DNA extraction. protocols.io Available from: <a target="_blank" href="https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w">https://www.protocols.io/view/minimally-invasive-sampling-of-pars-petrosa-os-tem-bqd8ms9w</a> (2020)</li><li>Damgaard, P. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+access+to+endogenous+DNA+in+ancient+bones+and+teeth.">Improving access to endogenous DNA in ancient bones and teeth.</a> Scientific Reports. 5 (1), 1-12 (2015).</li><li>Harney, &. #. 2. 0. 1. ;., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+minimally+destructive+protocol+for+DNA+extraction+from+ancient+teeth.">A minimally destructive protocol for DNA extraction from ancient teeth.</a> Genome Research. 31 (3), 472-483 (2021).</li><li>Cooper, A., Poinar, H. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ancient+DNA:+Do+it+right+or+not+at+all.">Ancient DNA: Do it right or not at all.</a> Science. 289 (5482), 1139 (2000).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Llamas, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+the+field+to+the+laboratory:+Controlling+DNA+contamination+in+human+ancient+DNA+research+in+the+high-throughput+sequencing+era.">From the field to the laboratory: Controlling DNA contamination in human ancient DNA research in the high-throughput sequencing era.</a> STAR: Science &amp; Technology of Archaeological Research. 3 (1), 1-14 (2017).</li><li>Boessenkool, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+bleach+and+mild+predigestion+improves+ancient+DNA+recovery+from+bones.">Combining bleach and mild predigestion improves ancient DNA recovery from bones.</a> Molecular Ecology Resources. 17 (4), 742-751 (2017).</li><li>Garc&#237;a-Garcer&#224;, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragmentation+of+contaminant+and+endogenous+DNA+in+ancient+samples+determined+by+shotgun+sequencing;+Prospects+for+human+palaeogenomics.">Fragmentation of contaminant and endogenous DNA in ancient samples determined by shotgun sequencing; Prospects for human palaeogenomics.</a> PLoS ONE. 6 (8), 24161 (2011).</li><li>Malmstr&#246;m, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=More+on+contamination:+The+use+of+asymmetric+molecular+behavior+to+identify+authentic+ancient+human+DNA.">More on contamination: The use of asymmetric molecular behavior to identify authentic ancient human DNA.</a> Molecular Biology and Evolution. 24 (4), 998-1004 (2007).</li><li>Basler, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduction+of+the+contaminant+fraction+of+DNA+obtained+from+an+ancient+giant+panda+bone.">Reduction of the contaminant fraction of DNA obtained from an ancient giant panda bone.</a> BMC Research Notes. 10, 754 (2017).</li><li>Kemp, B. M., Smith, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bleach+to+eliminate+contaminating+DNA+from+the+surface+of+bones+and+teeth.">Use of bleach to eliminate contaminating DNA from the surface of bones and teeth.</a> Forensic Science International. 154 (1), 53-61 (2005).</li><li>Korlevi&#263;, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reducing+microbial+and+human+contamination+in+DNA+extractions+from+ancient+bones+and+teeth.">Reducing microbial and human contamination in DNA extractions from ancient bones and teeth.</a> BioTechniques. 59 (2), 87-93 (2015).</li><li>Dabney, J., Meyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+highly+degraded+DNA+from+ancient+bones+and+teeth.">Extraction of highly degraded DNA from ancient bones and teeth.</a> Methods in Molecular Biology. 1963, 25-29 (2019).</li><li>Hansen, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+ancient+DNA+preservation+in+petrous+bone+and+tooth+cementum.">Comparing ancient DNA preservation in petrous bone and tooth cementum.</a> PLoS ONE. 12 (1), 0170940 (2017).</li><li>Gansauge, M. -. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+library+preparation+from+highly+degraded+DNA+using+T4+DNA+ligase.">Single-stranded DNA library preparation from highly degraded DNA using T4 DNA ligase.</a> Nucleic Acids Research. 45 (10), 79 (2017).</li><li>Peltzer, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EAGER:+efficient+ancient+genome+reconstruction.">EAGER: efficient ancient genome reconstruction.</a> Genome Biology. 17 (1), 60 (2016).</li><li>Korneliussen, T. S., Albrechtsen, A., Nielsen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANGSD:+analysis+of+next+generation+sequencing+data.">ANGSD: analysis of next generation sequencing data.</a> BMC Bioinformatics. 15, 356 (2014).</li><li>Renaud, G., Hangh&#248;j, K., Willerslev, E., Orlando, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gargammel:+A+sequence+simulator+for+ancient+DNA.">Gargammel: A sequence simulator for ancient DNA.</a> Bioinformatics. 33 (4), 577-579 (2017).</li><li>Ponce de Le&#243;n, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+bony+labyrinth+is+an+indicator+of+population+history+and+dispersal+from+Africa.">Human bony labyrinth is an indicator of population history and dispersal from Africa.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115 (16), 4128-4133 (2018).</li><li>Nagaoka, T., Kawakubo, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+the+petrous+part+of+the+temporal+bone+to+estimate+fetal+age+at+death.">Using the petrous part of the temporal bone to estimate fetal age at death.</a> Forensic Science International. 248, 188 (2015).</li><li>Nor&#233;n, A., Lynnerup, N., Czarnetzki, A., Graw, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lateral+angle:+A+method+for+sexing+using+the+petrous+bone.">Lateral angle: A method for sexing using the petrous bone.</a> American Journal of Physical Anthropology. 128 (2), 318-323 (2005).</li></ol>

Yazarların bildirecekleri herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Eski insan popülasyonu genetiğindeki mevcut uygulama, mümkün olduğunda tercihen pars petrosa'dan (adım 2.1) örnekleme yapmaktır. Bununla birlikte, pars petrosa, sayısız iskelet değerlendirmesi (örneğin, popülasyon öyküsü32, ölümde fetal yaşın tahmini 33 ve cinsiyet belirleme34) için oldukça değerli olduğu için elde edilmesi zor bir örnek olabilir ve tarihsel olarak, DNA analizi için pars petrosa'nın örneklemesi oldukça yıkıcı olabilir 3,4 (burada sunulan protokol dahil, her ne kadar yeni, minimal invaziv protokoller13,14 bu endişeyi hafifletmek için yaygın olarak benimsenmiş olsa da). Bu, çok yakın zamana kadar, iskelet boyunca insan DNA'sı geri kazanımının büyük ölçekli, sistematik bir çalışmasının denenmemiş olması gerçeğiyle birleşiyor11, petroz piramidi mevcut olmadığında uygun bir örnekleme stratejisi bulmayı zorlaştırıyor.
Burada sunulan protokoller, pars petrosa ve dört ek iskelet elemanı boyunca yedi alternatif anatomik örnekleme yeri de dahil olmak üzere arkeolojik/adli iskelet kalıntılarından DNA örneklemesi için bir dizi optimize edilmiş prosedür sağlayarak bu zorluğun hafifletilmesine yardımcı olmaktadır. Dahil edilen kritik adımların tümü, verimsiz örnekleme (adım 2.1.6 ve 3.2.1.3) veya sondaj/kesim sırasında numunelerin aşırı ısınması (adım 3.1.6) nedeniyle DNA kaybı / hasarı olasılığını en aza indirmeyi amaçlamaktadır. Ek olarak, protokol boyunca, yüksek oranda bozulmuş numunelerde en iyi performansı sağlamak için ön işlem adımlarını değiştirmenin / atlamanın gerekli olabileceği belirtilmiştir. Ayrıca, burada sunulan seçilmiş elementler arasında bile, birkaç olası alternatif örnekleme tekniğinin (özellikle pars petrosa13,14 için) yanı sıra, burada sunulan az sömürülen anatomik örnekleme yerlerinin (yani, talus: adım 2.5 ve omurlar: adım 2.3) daha fazla optimizasyonu için yeterli alanın kaldığı da belirtilmelidir.
Bu protokollerin, endojen insan DNA analizleri amacıyla yüksek kalitede (iyi morfolojik koruma) eski genç-yetişkin kalıntıları kullanılarak tasarlandığını ve test edildiğini akılda tutmak da önemlidir. Sunulan sonuçlar, daha yüksek oranda bozulmuş materyallere, diğer koruma bağlamlarına, bebek kalıntılarına, insan dışı kalıntılara veya patojenler veya mikrobiyom çalışmalarına uzanmayabilir, çünkü bu protokollerin ek bağlamlarda kullanımına yönelik daha büyük bir araştırmaya ihtiyaç vardır. Ek olarak, burada sunulan alternatif iskelet elemanları (dişler, omurlar, distal falanks ve tali), karışık kalıntılar arasında tek bir bireye atanması zor olabilir, bu da tek bir kökeni sağlamak için birden fazla elementten örnekleme yapılmasını gerektirir. Bu sınırlamalara rağmen, bu protokollerin yaygın olarak kullanılabilir hale getirilmesi, insan kalıntıları üzerinde gelecekteki aDNA / adli çalışmalarda kullanılmak üzere genelleştirilmiş ve nicel olarak optimize edilmiş bir çerçeve sağlayarak numune seçimi ve işlenmesini çevreleyen heterojenliğin bir kısmını hafifletmeye yardımcı olabilir.

DNA geri kazanımı ve analizi amacıyla eski insan kalıntılarının örneklenmesi doğası gereği yıkıcıdır 1,2,3,4. Örneklerin kendileri değerli örneklerdir ve morfolojik koruma mümkün olan her yerde korunmalıdır. Bu nedenle, örnekleme uygulamalarının hem yeri doldurulamaz malzemenin gereksiz yere tahrip edilmesini önlemek hem de başarı olasılığını en üst düzeye çıkarmak için optimize edilmesi zorunludur. Mevcut en iyi uygulama teknikleri, adli araştırmalar5,6, optimal örneklemenin geliştirilmesinin çalışmanın doğrudan amacı olmadığı eski örneklerin çalışmaları7 veya insandışı kalıntıları kullanan 8 veya çok küçük bir anatomik örnekleme yeri seçimini hedefleyen özel çalışmalarla sınırlı küçük bir çalışma kohortuna dayanmaktadır (burada kemik tozunun bulunduğu iskelet elemanının belirli bir alanını belirtmek için kullanılır), aşağı akış DNA analizlerinde kullanılmak üzere üretilmiştir)9,10. Burada sunulan örnekleme protokolleri, birden fazla bireyden çoklu iskelet elemanlarında DNA korumasının ilk büyük ölçekli sistematik çalışmasında optimize edilmiştir11. Tüm örnekler, Peißen, Saksonya-Anhalt, Almanya yakınlarındaki terk edilmiş ortaçağ yerleşimi Krakauer Berg'in kilise mezarlığından çıkarılan 11 kişiden elde edilen iskelet elemanlarından kaynaklanmıştır (ayrıntılı örnek demografisi için Tablo 1'e bakınız) ve bu nedenle, bu coğrafi/zamansal aralığın dışındaki örneklerle kullanım için modifikasyona ihtiyaç duyabilir.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Birey</td>
			<td>Seks</td>
			<td>Tahmini ölüm yaşı</td>
			<td>14 adet C tarihleri (CE, Cal 2-sigma)</td>
		</tr><tr><td>KRA001</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>25-35</td>
			<td>1058-1219</td>
		</tr><tr><td>KRA002</td>
			<td>Dişi</td>
			<td>20-22</td>
			<td>1227-1283</td>
		</tr><tr><td>KRA003</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>25</td>
			<td>1059-1223</td>
		</tr><tr><td>KRA004</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>15</td>
			<td>1284-1392</td>
		</tr><tr><td>KRA005</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>10-12</td>
			<td>1170-1258</td>
		</tr><tr><td>KRA006</td>
			<td>Dişi</td>
			<td>30-40</td>
			<td>1218-1266</td>
		</tr><tr><td>KRA007</td>
			<td>Dişi</td>
			<td>25-30</td>
			<td>1167-1251</td>
		</tr><tr><td>KRA008</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>20</td>
			<td>1301-1402</td>
		</tr><tr><td>KRA009</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>Bilinmeyen</td>
			<td>1158-1254</td>
		</tr><tr><td>KRA010 Serisi</td>
			<td>Erkek</td>
			<td>25</td>
			<td>1276-1383</td>
		</tr><tr><td>KRA011</td>
			<td>Dişi</td>
			<td>30-45</td>
			<td>1040-1159</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 1: Genetik olarak belirlenmiş cinsiyet, arkeolojik olarak belirlenmiş tahmini ölüm yaşı ve örneklenen 11bireyin tümü için radyokarbon tarihlemesi (14 C Cal 2-sigma). Bu tablo Parker, C. et al. 202011'den uyarlanmıştır.
Bu protokoller, laboratuvar kaynaklı DNA kontaminasyonu ile beş iskelet elemanı (pars petrosa dahil) boyunca sekiz anatomik örnekleme yerinden nispeten basit ve verimli bir kemik tozu üretilmesine izin verir. Bu beş iskelet elemanından, dört iskelet elemanı üzerinde bulunan yedi anatomik örnekleme yerinin, petroz piramidin yıkıcı örneklemesine uygulanabilir alternatifler olduğu belirlenmiştir11,12. Bunlar arasında kalıcı azı dişlerinin sementum, dentin ve kağıt hamuru odası; torasik vertebraların gövdesinden olduğu kadar superior vertebral çentikten toplanan kortikal kemik; apikal tutamın inferior yüzeyinden ve distal falanjların şaftından kaynaklanan kortikal kemik; ve tali'nin dış kısmı boyunca yoğun kortikal kemik. Pars petrosa 4,12,13,14, dentin ve diş pulpası odası 1,2,15'in örneklenmesi için yaygın olarak uygulanan birkaç yöntem olsa da, sementumdan başarılı bir şekilde kemik tozu üretimini tanımlayan yayınlanmış yöntemler 16 , vertebral gövde, inferior vertebral çentik ve talus elde etmek zor olabilir. Bu nedenle, burada petroz piramidi için optimize edilmiş örnekleme protokollerini gösteriyoruz (adım 3.1); yetişkin azı dişlerinin sementum (adım 3.2.1), dentin (adım 3.2.2) ve diş pulpası (adım 3.2.3); vertebral cismin kortikal kemiği (adım 3.3.1) ve üstün vertebral ark (adım 3.3.2); distal falanks (adım 3.4); ve bu iskelet elemanlarının hem aDNA hem de adli tıp araştırmaları için etkili bir şekilde kullanılmasını daha yaygın olarak erişilebilir kılmak için talus (adım 3.5).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>#16 Dental Drill Bit</td>
			<td>NTI</td>
			<td>H1-016-HP</td>
			<td>example drilling bit</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.6 mm scroll saw blade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-097</td>
			<td>blade for Jewellers Saw</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22mm diamond cutting wheel</td>
			<td>Kahla</td>
			<td>SKU 806 104 358 514 220</td>
			<td>Dremel cutting attachment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Commercial Bleach</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1818018</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Control Company Ultra-Clean Supreme Aluminum Foil</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-078-29X</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA LoBind Tubes (2 mL)</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 225-01 Flex Shaft Attachment</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>225-01</td>
			<td>Dremel flexible extension</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel 4300 Rotary Tool</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4300</td>
			<td>Example drill</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dremel collet and nut kit</td>
			<td>Dremel</td>
			<td>4485</td>
			<td>Adapters for various Dremel tool attachments/bits</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eagle 33 Gallon Red Biohazard Waste Bag</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>17-988-501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf DNA LoBind 2 mL microcentrifuge tube</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-792</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol (Molecular Biology Grade)</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>1.08543</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FDA approved level 2 Surgical Mask</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-206-0397</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Comfort Nitrile Gloves</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-041-171X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fisherbrand Safety Glasses</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>19-130-208X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Granger Stationary Vise</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1336173</td>
			<td>benchtop vise</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Invitrogen UltraPure DNase/Rnase free distilled water</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-977-023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Jewellers Saw</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-949-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes</td>
			<td>Sigma-Aldritch</td>
			<td>Z188956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labconco Purifier Logic Biosafety cabinet</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>30-368-1101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LookOut DNA Erase</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>L9042-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium weighing boat</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120223</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MSC 10pc plier/clamp set</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-129-5352</td>
			<td>Miscellaneous&#160;clamps/vise grips for securely holding samples while drilling/cutting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sartorius Quintix Semi-Micro Balance</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-560-019</td>
			<td>enclosed balance</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tyvek coveralls with hood</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-361-7X</td>
			<td>PPE</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weigh paper</td>
			<td>Heathrow Scientific</td>
			<td>HS120116</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient dna from archaeological remains

Burada sunulan yöntemler, insan DNA'sının eski arkeolojik kalıntılardan geri kazanılma şansını en üst düzeye çıkarmaya çalışırken, girdi numune materyalini sınırlandırmaktadır. Bu, iskelet boyunca DNA geri kazanımının karşılaştırmalı bir analizinde daha önce en yüksek miktarda antik DNA (aDNA) verdiği belirlenen anatomik örnekleme konumlarını hedefleyerek yapıldı. Önceki araştırmalar, bu protokollerin antik insan ve patojen DNA'sının arkeolojik kalıntılardan başarılı bir şekilde geri kazanılma şansını en üst düzeye çıkardığını ileri sürmüştür. DNA verimleri daha önce Parker ve ark. 2020 tarafından, Peißen Almanya yakınlarındaki terk edilmiş bir ortaçağ yerleşimi olan Krakauer Berg'deki ortaçağdan (yaklaşık 1040-1400 CE, kalibre edilmiş 2-sigma aralığına tarihlenen radyokarbon) mezarlıktan kurtarılan 11 kişiden elde edilen 11 kişiden çoklu iskelet elementleri arasında aDNA korumasının geniş bir araştırmasında değerlendirildi. Beş iskelet elementini (pars petrosa, kalıcı azı dişleri, torasik vertebra, distal falanks ve talus) kapsayan bu sekiz örnekleme noktası, verimin tüm elementler ve bireyler arasında genel ortalamadan önemli ölçüde daha yüksek olduğu yüksek kaliteli antik insan DNA'sını başarıyla verdi. Verimler, en yaygın aşağı akış popülasyon genetik analizlerinde kullanım için yeterliydi. Sonuçlarımız, arkeolojik kalıntılardan antik insan DNA'sının analizini içeren çoğu çalışma için bu anatomik örnekleme yerlerinin tercihli kullanımını desteklemektedir. Bu yöntemlerin uygulanması, değerli arkeolojik örneklerin tahribatını en aza indirmeye yardımcı olacaktır.

Ayrı bir çalışmada 11, DNA, kalsifiye doku2'den kısa fragmanlar için optimize edilmiş standart bir DNA ekstraksiyon protokolü kullanılarak,11 bireyde her anatomik örnekleme yerinden üretilen kemik tozundan ekstrakte edildi. Tek sarmallı kütüphaneler daha sonra28 adet üretildi ve bir HiSeq 4000 (75 bp çift uçlu) üzerinde örnek başına ~ 20.000.000 okuma derinliğine kadar sıralandı. Elde edilen dizi verileri daha sonra EAGER boru hattı29 kullanılarak endojen insan DNA içeriği için değerlendirildi (BWA ayarları: 32 tohum uzunluğu, 0.1 uyumsuzluk cezası, 37 eşleme kalitesi filtresi). Tüm temsili sonuçlar, tutarlılık için Parker et al. 202011 ile aynı metrikler kullanılarak raporlanır. Pars petrosa'nın toz haline getirilmiş kısımlarından elde edilen kütüphaneler, ortalama olarak, incelenen diğer 23 anatomik örnekleme yerinin herhangi birinden daha yüksek endojen DNA vermiştir (Şekil 6A-B). Bu protokolde sunulan yedi ek anatomik örnekleme yeri (sementum, diş pulpası odasının ilk geçişi ve kalıcı azı dişlerinin dentini; vertebral gövdeden kortikal kemik ve torasik omurların üstün vertebral kemeri; distal falanksın apikal tutamından kortikal kemik; ve talusun boynundan kortikal kemik) bir sonraki en yüksek verimi üretti (bu anatomik örnekleme yerleri arasında istatistiksel bir anlam olmadan; Şekil 6A-B; Ek Dosya 1: Endojen DNAPreCap). Bu alternatif konumların tümü, mitokondriyal analizler ve tek nükleotid polimorfizmi (SNP) analizleri gibi standart popülasyon genetiği analizleri için tutarlı bir şekilde üretilen DNA'yı yeterli hale getirmektedir. Tüm anatomik örnekleme konumlarından kaynaklanan kütüphanelerdeki çoğaltma oranları düşüktü (küme faktörleri ortalama 1.2'<, tüm haritalama okumalarının benzersiz haritalama okumalarına oranı olarak hesaplanmıştır, Tablo 2; Ek Dosya 1: ClusterFactor), taranan tüm kitaplıkların çok yüksek karmaşıklığa sahip olduğunu gösterir. Benzer şekilde, ortalama eksojen insan DNA kontaminasyon tahminleri düşüktü, üstün vertebral ark hariç tüm anatomik örnekleme yerlerinde ortalama% 2 <(ANGSD30 boru hattı tarafından bildirildiği gibi erkeklerde X kromozom kontaminasyonu, n = 7) (ortalama tahmini kontaminasyon: % 2.11, bir örnek aykırı değer olarak çıkarıldı; KRA005: %19,52, bkz. Tablo 2; Ek Dosya 1: Xcontamination). Ortalama parça uzunluğu (30 bp'< tüm okumaları çıkarmak için filtrelemeden sonra), diş pulpası odasından ve dentinden toplanan materyalde en düşüktü ve diğer anatomik örnekleme yerleri arasında anlamlı bir değişiklik olmadı (sırasıyla 55.14 bp ve 60.22 bp, ortalama medyan 62.87, çift yönlü p değerleri < 0.019, Tablo 2; Ek Dosya 1: AvgFragLength). Ek olarak, dişler ve torasik omurların her biri, yüksek endojen DNA iyileşmesinin gözlendiği çoklu anatomik örnekleme yerleri içerir ve bu da onları pars petrosa'ya alternatif olarak özellikle uygun hale getirir.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63250/63250fig06.jpg"> Şekil 6: Taranan tüm örnekler için insan DNA içeriği. Siyah çizgiler genel ortalamayı temsil ederken, kırmızı çizgiler medyanı temsil eder (katı: insan DNA oranı, kesikli: üretilen milyon okuma başına eşlenmiş insan okumaları). Ortalama insan DNA oranı genel ortalamadan (%8.16) daha yüksek olan bireysel anatomik örnekleme yerleri tüm analizlerde renklendirilmiştir. (A) Okumaların hg19 referans genomuna eşlenmesinin oranı. Mavi kesikli çizgi, boru hattının haritalama parametreleri göz önüne alındığında teorik maksimumu temsil eder (simüle edilmiş hasarlahg19 referans genomundan 5.000.000 okumanın rastgele dağılımını simüle etmek için Gargammel 31 kullanılarak oluşturulur). Bireysel ortalamalar (siyah X) ve medyanlar (kırmızı daire), genel ortalamadan daha yüksek bir ortalama insan DNA oranına sahip örnekler için bildirilmiştir. Güven aralıkları, istatistiksel aykırı değerler hariç üst ve alt sınırları gösterir. (B) Dizileme çabasının milyon okuması başına hg19 referans genomuna eşlenen benzersiz okuma sayısı (75 bp eşleştirilmiş uç). Güven aralıkları, istatistiksel aykırı değerler hariç üst ve alt sınırları gösterir. Bu rakam Parker, C. et al. 202011'den uyarlanmıştır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/63250fig06large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Tablo 2: Tüm anatomik örnekleme yerleri için ortalama çoğaltma seviyeleri (haritalama okumaları/benzersiz okumalar), ortalama ve medyan fragman uzunlukları ve X kromozomu kontaminasyon tahminleri. Ortalamanın standart hatası olarak bildirilen hata. Bu tablo Parker, C. et al. 202011'den uyarlanmıştır.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Örnekleme konumu</td>
			<td>Ortalama çoğaltma faktörü (# eşlenmiş okumalar /# benzersiz eşlenmiş okumalar)</td>
			<td>Bp cinsinden ortalama parça uzunluğu</td>
			<td>X kromozomu kontaminasyonunun ortalama tahmini oranı</td>
		</tr><tr><td>Petrus piramidi</td>
			<td>1.188 ± 0.006</td>
			<td>65,40 ± 1,36</td>
			<td>0.000 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>Cementum</td>
			<td>1.197 ± 0.028</td>
			<td>67,28 ± 1,76</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>Dentin</td>
			<td>1.188 ± 0.061</td>
			<td>60,22 ± 2,37</td>
			<td>0.002 ± 0.007</td>
		</tr><tr><td>Hamuru</td>
			<td>1.179 ± 0.024</td>
			<td>55,14 ± 2,90</td>
			<td>0.013 ± 0.006</td>
		</tr><tr><td>Distal falanks</td>
			<td>1.191 ± 0.049</td>
			<td>65,95 ± 1,08</td>
			<td>0.013 ± 0.005</td>
		</tr><tr><td>Vertebral gövde</td>
			<td>1.194 ± 0.037</td>
			<td>66,14 ± 1,03</td>
			<td>0.008 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>Üstün vertebral ark</td>
			<td>1.19 ± 0.017</td>
			<td>63,02 ± 1,23</td>
			<td>0,021 ± 0,009*</td>
		</tr><tr><td>Aşık kemiği</td>
			<td>1.198 ± 0.010</td>
			<td>68,20 ± 1,24</td>
			<td>0.011 ± 0.003</td>
		</tr><tr><td>*Örnek KRA005, 0.1952'de aykırı değer olarak kaldırıldı</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr></tbody></table>Kod kullanılabilirliği Bu makalenin analizinde kullanılan tüm analiz programları ve R modülleri, ilgili yazarlarından ücretsiz olarak temin edilebilir. Tüm özel R kodları istek üzerine kullanılabilir.
Veri kullanılabilirliği Temsili sonuçların hesaplanmasında kullanılan tüm ham veriler, Avrupa Nükleotid Arşivi ENA veri havuzunda (katılım numarası PRJ-EB36983) veya Parker, C. ve ark.11'in ek materyallerinde serbestçe kullanılabilir.
Ek Dosya 1. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63250/SupplementalFile1.xlsx" target="_blank">Bu Dosyayı indirmek için lütfen tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains at JoVE.com

Optimized Bone Sampling Protocols for the Retrieval of Ancient DNA from Archaeological Remains

Protokol, ortaçağ bireylerinden beş farklı iskelet elemanı (yaklaşık 1040-1400 CE, kalibre edilmiş 2-sigma aralığına tarihlenen radyokarbon) boyunca önerilen sekiz anatomik örnekleme yerinden (belirli bir iskelet elemanı üzerindeki belirli yerler) kemik tozunun toplanması için bir dizi en iyi uygulama protokolü sunmaktadır.

Arkeolojik Kalıntılar'dan Antik DNA'nın Alınması için Optimize Edilmiş Kemik Örnekleme Protokolleri

The methods presented here seek to maximize the chances for the recovery of human DNA from ancient archaeological remains while limiting input sample ...

Bu protokoller, bir dizi iskelet elemanında aşağı akış DNA ekstraksiyonunda kullanılmak üzere kemik tozu üretimi için en iyi uygulama kılavuzları olarak hizmet eder. Dentin ve petroz piramidi dışındaki yerler için yayınlanmış birkaç antik DNA örnekleme protokolü vardır. Bugün, üç alternatif için ayrıntılı örnekleme yöntemlerini göstereceğiz.Bu yöntemler aynı zamanda bozulmuş adli kalıntılarla kullanım için büyük bir potansiyel göstermektedir, ancak aynı zamanda insan dışı örneklerle benzer teknikler geliştirmek için bir temel oluşturmaktadır. Tüm numune alımlarını özel bir temiz odada, UV ışığı donanımlı bir PCR başlığı veya biyogüvenlik kabini altında gerçekleştirin. Hava akışını kapatın ve başıboş kemik tozu veya parçalarını yakalamak için steril alüminyum folyoyu tezgah üstü boyunca yayın.Steril bir tartım tepsisine bir tartım kağıdı yerleştirin. Dekontamine olmuş azı dişini, elde taşınan bir kelepçe kullanarak, kök bir tartım tepsisinin üzerine bakacak şekilde emaye ile tutun. Bir diş matkabını elmas kenarlı dairesel bir kesme tekerleği ile donatın.Matkap orta hız ayarına ayarlandığında, matkabın kenarından köke yaklaşık 20 derecelik bir açıyla hafifçe dokunun. Sarı, en dıştaki malzemeyi kökten toplamak için numuneyi tepsiye aşağı doğru kazıyın. Dentinin daha hafif materyali görünür hale geldiğinde toplamayı durdurun.Tozu iki mililitrelik bir LoBind Safe-Lock tüpüne aktarın ve toplanan bu toz kütlesini en az 0,01 miligram hassasiyetle kapalı bir terazi kullanarak kaydedin. Tozu tartım kağıdından ekstraksiyon için iki mililitrelik LoBind Safe-Lock tüpüne aktarın. Bu tüpü 20 santigrat derecede saklayın.Tüm kemik parçalarını ve mümkün olduğunca fazla tozu geri kazandığınızdan emin olun. Her örnekleme arasındaki folyoyu değiştirin, kullanılmış folyoyu otoklavlanabilir bir biyolojik tehlike torbasına atın. Çalışma alanını dekontamine edin ve bir sonraki kemiğe geçmeden önce her seferinde steril alüminyum folyoyu tezgah üstü boyunca yayın.Standart tartım tepsisine küçük bir tartım kağıdı yerleştirin. Bir diş matkabı kullanarak üstün vertebral kemerin kortikal kemiğinin en dış tabakasını çıkarın ve atın. Daha sonra, omurları bir el kelepçesine sabitleyin, dikenli süreç dışa doğru ve üstün yönü aşağıda.Omurları tutarken, dikenli işlemin düşük hız ve yüksek torklu lameller ile füzyonu ile oluşan V şeklindeki çentiğin merkezine doğru yukarı doğru delin. Dirençte gözle görülür bir düşüş olduğunda sondajı durdurun. Delme pozisyonunu hafifçe değiştirin ve 50 ila 100 miligram kemik tozu toplanana kadar tekrarlayın.Kemik tozunu tartım kağıdından ekstraksiyon için iki mililitrelik bir LoBind tüpüne aktarın ve 20 santigrat derecede saklayın. Bir folyo atmadan önce tüm kemik parçalarının ve mümkün olduğunca fazla tozun geri kazanıldığından emin olun. Çalışma alanını dekontamine edin ve daha önce açıklandığı gibi numune toplamaya hazırlanın.Standart bir tartım tepsisine küçük bir tartım kağıdı yerleştirin. Talus kubbesini yukarı doğru ve medial yüzeyi toplayıcıya doğru, tartım tepsisinin üzerinde tutun. Düşük hız ve yüksek torka ayarlanmış düşük ölçülü bir uca sahip bir diş matkabı kullanarak kortikal kemiği talusun boynundan yaklaşık bir milimetre derinliğe kazıyın.Delme pozisyonunu değiştirin ve yaklaşık 50 ila 100 miligram kemik tozu toplanana kadar bunu tekrarlayın. Bu kemik tozunu tartım kağıdından ekstraksiyon için iki mililitrelik bir LoBind tüpüne aktarın. Tozu süresiz olarak 20 santigrat derecede saklayın.Kalan kemiği ve fazla tozu kuru, sıcaklık kontrollü steril bir ortamda 25 santigrat derecede saklayın. Tüm atıkları otoklav biyolojik tehlike torbalarına veya kaplarına atın. Yeniden kullanılabilir tüm ekipmanı sterilize edin veya dekontamine edin ve her örnekleme arasında UV'ye maruz bırakın.Pars petrosa, incelenen diğer 23 anatomik örnekleme yerinden daha yüksek endojen DNA verdi. Bu protokolde sunulan yedi ek anatomik örnekleme yeri, bir sonraki en yüksek verimi üretti. Sürekli olarak üretilen alternatif bölgeler, standart popülasyon genetiği analizleri için yeterli DNA verimi sağlar.Tüm anatomik örnekleme yerlerinden kaynaklanan kütüphanelerdeki çoğaltma oranları düşüktü, bu da yüksek karmaşıklığı gösteriyordu. Dişler ve torasik omurlar yeterli moleküler iyileşme gösterdi. Kemik örneklemesinin en zorlu yönlerinden biri, bir matkabın nasıl tutulacağı, nerede delineceği ve delmenin ne zaman durdurulacağı gibi delme işlemidir.

Research

JoVE Journal

Genetics

Methyl-binding DNA capture Sequencing for Patient Tissues

Hasta Dokularda metil-bağlayıcı DNA yakalama Dizi

Methylation is one of the essential epigenetic modifications to the DNA, which is responsible for the precise regulation of genes required for stable ...

Tools to Study the Role of Architectural Protein HMGB1 in the Processing of Helix Distorting, Site-specific DNA Interstrand Crosslinks

Araçlar Helix bozan, site-spesifik DNA içi çapraz bağlantılar işlenmesi Mimari Protein HMGB1 Rolü Eğitim için

High mobility group box 1 (HMGB1) protein is a non-histone architectural protein that is involved in regulating many important functions in the genome, ...

Genome-wide Determination of Mammalian Replication Timing by DNA Content Measurement

DNA İçerik Ölçüm tarafından Memeli Çoğaltma Zamanlama genom Tayini

Replication of the genome occurs during S phase of the cell cycle in a highly regulated process that ensures the fidelity of DNA duplication. Each genomic ...

Purification of High Molecular Weight Genomic DNA from Powdery Mildew for Long-Read Sequencing

Uzun Okuma Dizi Yapmak İçin Küllemesi Yüksek Moleküler Ağırlık Genomik DNA saflaştırılması

The powdery mildew fungi are a group of economically important fungal plant pathogens. Relatively little is known about the molecular biology and genetics ...

Studying Cell Cycle-regulated Gene Expression by Two Complementary Cell Synchronization Protocols

Hücre Çevrimiyle Düzenlenen Gen İfadesini İki Tamamlayıcı Hücre Senkronizasyon Protokolü İle Çalışmak

The gene expression program of the cell cycle represents a critical step for understanding cell cycle-dependent processes and their role in diseases such ...

Protocols for C-Brick DNA Standard Assembly Using Cpf1

Cpf1&#39;i Kullanarak C-Brick DNA Standart Montajı İçin Protokoller

CRISPR-associated protein Cpf1 cleaves double-stranded DNA under the guidance of CRISPR RNA (crRNA), generating sticky ends. Because of this ...

Determination of the Optimal Chromosomal Location(s) for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

Determination of the Optimal Chromosomal Locations for a DNA Element in Escherichia coli Using a Novel Transposon-mediated Approach

En iyi kromozom Location(s) belirlenmesi için yeni bir Transposon-aracılı yaklaşımın kullanarak Escherichia coli DNA öğesinde

The optimal chromosomal position(s) of a given DNA element was/were determined by transposon-mediated random insertion followed by fitness selection. In ...

A Universal Protocol for Large-scale gRNA Library Production from any DNA Source

Büyük ölçekli gRNA Kütüphane üretim herhangi bir DNA kaynaktan için evrensel bir iletişim kuralı

The popularity of the CRISPR/Cas9 system for both genome and epigenome engineering stems from its simplicity and adaptability. An effector (the Cas9 ...

Immunostaining for DNA Modifications: Computational Analysis of Confocal Images

DNA değişiklikler için Immunostaining: Confocal görüntülerin sayısal analiz

For several decades, 5-methylcytosine (5mC) has been thought to be the only DNA modification with a functional significance in metazoans. The discovery of ...

Robust DNA Isolation and High-throughput Sequencing Library Construction for Herbarium Specimens

Sağlam DNA izolasyon ve yüksek işlem hacmi sıralama kitaplığı inşaat sulak numuneler için

Herbaria are an invaluable source of plant material that can be used in a variety of biological studies. The use of herbarium specimens is associated with ...