Name: bioinformatics resources for the study of glycan-mediated protein interactions
Uploaded: 2022-01-20T14:00:00
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作者热烈感谢过去和现在参与开发本教程中使用的资源的蛋白质组信息学小组的成员，特别是GlyConnect的Julien Mariethoz和Catherine Hayes，UniLectin的François Bonnardel，Octopus的Davide Alocci和Frederic Nikitin，以及Octopus的Compozitor和最后的Totouch的Thibault Robin。
glyco@Expasy项目的发展得到了瑞士联邦政府通过国家教育、研究和创新秘书处（SERI）的支持，目前还得到了瑞士国家科学基金会（SNSF：31003A_179249）的补充。ExPASy由瑞士生物信息学研究所维护，并在Vital-IT能力中心托管。作者还感谢Anne Imberty在AnR PIA Glyco@Alps（ANR-15-IDEX-02），Alliance Campus Rhodanien共同基金（http://campusrhodanien.unige-cofunds.ch）Labex Arcane/CBH-EUR-GS（ANR-17-EURE-0003）共同支持的UniLectin平台上的出色合作。

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1. 从GlyConnect中的蛋白质N-糖组到UniLectin的凝集素
<ol><li>从Glyco@Expasy访问资源 注意：此处描述的过程是访问 GlyConnect，但可以应用于访问平台中记录的任何资源。<ol>
<li>转到 https://glycoproteome.expasy.org/glycomics-expasy，并考虑右侧...

<ol>
	<li>Spring Harbor Laboratory Press. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Essentials of Glycobiology. , (2015).</li><li>Gray, C. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advancing+solutions+to+the+carbohydrate+sequencing+challenge.">Advancing solutions to the carbohydrate sequencing challenge.</a> Journal of the American Chemical Society. 141 (37), 14463-14479 (2019).</li><li>Tsuchiya, S., Yamada, I., Aoki-Kinoshita, K. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GlycanFormatConverter:+a+conversion+tool+for+translating+the+complexities+of+glycans.">GlycanFormatConverter: a conversion tool for translating the complexities of glycans.</a> Bioinformatics. 35 (14), 2434-2440 (2018).</li><li>Fujita, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+international+glycan+repository+GlyTouCan+version+3.0.">The international glycan repository GlyTouCan version 3.0.</a> Nucleic Acids Research. 49, 1529-1533 (2021).</li><li>Alocci, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GlyConnect:+glycoproteomics+goes+visual,+interactive,+and+analytical.">GlyConnect: glycoproteomics goes visual, interactive, and analytical.</a> Journal of Proteome Research. 18 (2), 664-677 (2019).</li><li>York, W. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GlyGen:+computational+and+informatics+resources+for+glycoscience.">GlyGen: computational and informatics resources for glycoscience.</a> Glycobiology. 30 (2), 72-73 (2020).</li><li>Watanabe, Y., Aoki-Kinoshita, K. F., Ishihama, Y., Okuda, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=GlycoPOST+realizes+FAIR+principles+for+glycomics+mass+spectrometry+data.">GlycoPOST realizes FAIR principles for glycomics mass spectrometry data.</a> Nucleic Acids Research. 49, 1523-1528 (2020).</li><li>Campbell, M. P., Aoki-Kinoshita, K. F., Lisacek, F., York, W. S., Packer, N. 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F., Vora, J. K., Mazumder, R., Tiemeyer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycoinformatics+resources+integrated+through+the+GlySpace+Alliance.">Glycoinformatics resources integrated through the GlySpace Alliance.</a> Comprehensive Glycoscience. 1, 507-521 (2021).</li><li>Mariethoz, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycomics@ExPASy:+bridging+the+gap.">Glycomics@ExPASy: bridging the gap.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 17 (11), 2164-2176 (2018).</li><li>Duvaud, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expasy,+the+swiss+bioinformatics+resource+portal,+as+designed+by+its+users.">Expasy, the swiss bioinformatics resource portal, as designed by its users.</a> Nucleic Acids Research. 49, 216-227 (2021).</li><li>The UniProt Consortium et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UniProt:+the+universal+protein+knowledgebase+in+2021.">UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021.</a> Nucleic Acids Research. 49, 480-489 (2021).</li><li>Bonnardel, F., Perez, S., Lisacek, F., Imberty, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+database+for+lectins+and+the+UniLectin+web+platform.">Structural database for lectins and the UniLectin web platform.</a> Lectin Purification and Analysis. 2132, 1-14 (2020).</li><li>Neelamegham, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Updates+to+the+symbol+nomenclature+for+glycans+guidelines.">Updates to the symbol nomenclature for glycans guidelines.</a> Glycobiology. 29 (9), 620-624 (2019).</li><li>Sharon, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IUPAC-IUB+Joint+Commission+on+Biochemical+Nomenclature+(JCBN).+Nomenclature+of+glycoproteins,+glycopeptides+and+peptidoglycans:+JCBN+recommendations+1985.">IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN). Nomenclature of glycoproteins, glycopeptides and peptidoglycans: JCBN recommendations 1985.</a> Glycoconjugate Journal. 3 (2), 123-133 (1986).</li><li>Harvey, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proposal+for+a+standard+system+for+drawing+structural+diagrams+of+N-+and+O-linked+carbohydrates+and+related+compounds.">Proposal for a standard system for drawing structural diagrams of N- and O-linked carbohydrates and related compounds.</a> Proteomics. 9 (15), 3796-3801 (2009).</li><li>Song, E., Mayampurath, A., Yu, C. -. Y., Tang, H., Mechref, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycoproteomics:+identifying+the+glycosylation+of+prostate+specific+antigen+at+normal+and+high+isoelectric+points+by+LC-MS/MS.">Glycoproteomics: identifying the glycosylation of prostate specific antigen at normal and high isoelectric points by LC-MS/MS.</a> Journal of Proteome Research. 13 (12), 5570-5580 (2014).</li><li>Moran, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+the+proteoforms+of+urinary+prostate-specific+antigen+by+capillary+electrophoresis+-+mass+spectrometry.">Profiling the proteoforms of urinary prostate-specific antigen by capillary electrophoresis - mass spectrometry.</a> Journal of Proteomics. 238, 104148 (2021).</li><li>Wang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+glycopeptide+profiling+of+prostate-specific+antigen+from+seminal+plasma+by+MALDI-MS.">High-throughput glycopeptide profiling of prostate-specific antigen from seminal plasma by MALDI-MS.</a> Talanta. 222, 121495 (2021).</li><li>wwPDB consortium metal. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Data+Bank:+the+single+global+archive+for+3D+macromolecular+structure+data.">Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data.</a> Nucleic Acids Research. 47, 520-528 (2019).</li><li>Sehnal, D., Grant, O. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapidly+display+glycan+symbols+in+3D+structures:+3D-SNFG+in+LiteMol.">Rapidly display glycan symbols in 3D structures: 3D-SNFG in LiteMol.</a> Journal of Proteome Research. 18 (2), 770-774 (2019).</li><li>Bonnardel, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UniLectin3D,+a+database+of+carbohydrate+binding+proteins+with+curated+information+on+3D+structures+and+interacting+ligands.">UniLectin3D, a database of carbohydrate binding proteins with curated information on 3D structures and interacting ligands.</a> Nucleic Acids Research. 47, 1236-1244 (2019).</li><li>Sehnal, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LiteMol+suite:+interactive+web-based+visualization+of+large-scale+macromolecular+structure+data.">LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data.</a> Nature Methods. 14 (12), 1121-1122 (2017).</li><li>Salentin, S., Schreiber, S., Haupt, V. J., Adasme, M. F., Schroeder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PLIP:+fully+automated+protein-ligand+interaction+profiler.">PLIP: fully automated protein-ligand interaction profiler.</a> Nucleic Acids Research. 43, 443-447 (2015).</li><li>Robin, T., Mariethoz, J., Lisacek, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Examining+and+fine-tuning+the+selection+of+glycan+compositions+with+GlyConnect+Compozitor.">Examining and fine-tuning the selection of glycan compositions with GlyConnect Compozitor.</a> Molecular &amp; Cellular Proteomics. 19 (10), 1602-1618 (2020).</li><li>Compagno, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycans+and+galectins+in+prostate+cancer+biology,+angiogenesis+and+metastasis.">Glycans and galectins in prostate cancer biology, angiogenesis and metastasis.</a> Glycobiology. 24 (10), 899-906 (2014).</li><li>Gentilini, L. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stable+and+high+expression+of+Galectin-8+tightly+controls+metastatic+progression+of+prostate+cancer.">Stable and high expression of Galectin-8 tightly controls metastatic progression of prostate cancer.</a> Oncotarget. 8 (27), 44654-44668 (2017).</li><li>Schw&#228;mmle, V., Verano-Braga, T., Roepstorff, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+and+statistical+methods+for+high-throughput+analysis+of+post-translational+modifications+of+proteins.">Computational and statistical methods for high-throughput analysis of post-translational modifications of proteins.</a> Journal of Proteomics. 129, 3-15 (2015).</li><li>Khatri, K., Klein, J. A., Zaia, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+an+informed+search+space+maximizes+confidence+of+site-specific+assignment+of+glycoprotein+glycosylation.">Use of an informed search space maximizes confidence of site-specific assignment of glycoprotein glycosylation.</a> Analytical and Bioanalytical Chemistry. 409 (2), 607-618 (2017).</li><li>Sztain, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+glycan+gate+controls+opening+of+the+SARS-CoV-2+spike+protein.">A glycan gate controls opening of the SARS-CoV-2 spike protein.</a> Nature Chemistry. 13, 963-968 (2021).</li></ol>

GlyConnect Octopus作为揭示意外相关性的工具 GlyConnect Octopus最初设计用于查询具有松散的聚糖定义的数据库。事实上，文献经常报道糖组中聚糖的主要特征，例如岩藻糖基化或唾液酸化，由两个或多个触角组成等。此外，无论是N-还是O-连接的聚糖都被归类为核心，如参考手册《Glycobiology的精要》1中所述，这些聚糖也经常在已发表的文章中引用。最后，聚糖表位（如?...

聚糖、它们附着的蛋白质（糖蛋白）和它们结合的蛋白质（凝集素或碳水化合物结合蛋白）是细胞表面的主要分子参与者1。尽管在细胞 - 细胞通讯中发挥了核心作用，但与基因组学和蛋白质组学中的对应物相比，包括糖组学，糖组学或聚糖相互作用组学数据的大规模研究仍然稀缺。
直到最近，尚未开发出表征复杂碳水化合物的分支结构，同时仍与载体蛋白偶联的方法。糖蛋白的生物合成是一个非模板驱动的过程，其中单糖供体，接受糖蛋白底物以及糖基转移酶和糖苷酶起着相互作用的作用。由此产生的糖蛋白可以具有具有多个分支点的复杂结构，其中每个单糖组分都可以是自然界中存在的几种类型之一1。非模板驱动的过程将生化分析作为生成寡糖结构数据的唯一选择。附着在天然蛋白质上的聚糖结构的分析过程通常具有挑战性，因为它需要灵敏，定量和稳健的技术来确定单糖组成，键和分支序列2。
在这种情况下，质谱（MS）是糖组学和糖蛋白质组学实验中使用最广泛的技术。随着时间的推移，这些都是在更高的吞吐量设置中执行的，数据现在正在数据库中积累。各种格式的聚糖结构3，填充GlyTouCan4，通用聚糖数据存储库，其中每个结构都与稳定的标识符相关联，而不管定义聚糖的精度水平如何（例如，可能缺少链接类型或模糊的组成）。收集了非常相似的结构，但清楚地报告了它们的微小差异。糖蛋白在GlyConnect5和GlyGen6中进行了描述和策划，这两个数据库相互交叉引用。支持结构性证据的MS数据越来越多地存储在GlycoPOST7中。为了更广泛地覆盖在线资源，参考手册的第52章“糖生物学精要”专门介绍glycoinformatics8。有趣的是，糖肽鉴定软件近年来激增9，10尽管没有达到可重复性的好处。后一种担忧促使HUPO GlycoProteomics Initiative（HGI）的领导者在2019年设定了软件挑战。通过处理CID，ETD和EThcD片段化模式下的N-和O糖基化人血清蛋白的复杂混合物获得的MS数据可供竞争对手使用，无论是软件用户还是开发人员。关于这一挑战的结果11的完整报告仅在此概述。首先，观察到身份的传播。它主要被解释为由搜索引擎中实施的方法的多样性，它们的设置以及输出如何过滤和肽“计数”引起的。实验设计也可能使一些软件和方法处于（不）优势。重要的是，使用相同软件的参与者报告了不一致的结果，从而突出了严重的可重复性问题。通过比较不同的提交得出的结论是，某些软件解决方案的性能优于其他软件解决方案，并且某些搜索策略产生了更好的结果。这种反馈可能会指导自动化糖肽数据分析方法的改进，进而影响数据库内容。
glycoinformatics的扩展导致创建了门户网站，提供信息和访问多个相似或互补的资源。最新和最新的在综合糖科学丛书的一章中进行了描述12，通过合作，以开放获取模式提供了数据共享和信息交换的解决方案。在对Expasy平台14进行重大改革之后，开发了一个这样的门户网站，最初称为Glycomics@ExPASy 13，并更名为Glyco@Expasy，该平台托管了数十年来在几个组学中使用的大量工具和数据库，最受欢迎的项目是UniProt15 - 通用蛋白质知识库。Glyco@Expasy基于可视化分类和显示其相互依赖关系，对数据库和工具的目的和用途进行了教学性发现。以下协议说明了探索糖组学和糖组学数据的程序，并从该门户网站中选择资源，通过糖组学明确地将糖组学和聚糖相互作用组学之间的联系明确化。事实上，糖组学实验产生的结构是完全定义的单糖和部分或完全确定的键，但它们的蛋白质位点附着很差，如果有的话，表征得很差。相反，糖蛋白质组学实验产生精确的位点附着信息，但聚糖结构的分辨率较差，通常仅限于单糖组合物。这些信息在GlyConnect数据库中拼凑在一起。此外，GlyConnect中的搜索工具可用于检测潜在的聚糖配体，这些配体与UniLectin16中识别它们的蛋白质一起描述，通过聚糖与GlyConnect相关联。这里介绍的方案分为两个部分，以涵盖N-连接和O-连接聚糖和糖蛋白特异性的问题。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>internet connection</td>
			<td>user&#39;s choice</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>recent version of web browser</td>
			<td>user&#39;s choice</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

bioinformatics resources for the study of glycan-mediated protein interactions

Glyco@Expasy倡议是作为相互依存的数据库和工具的集合而发起的，这些数据库和工具跨越了糖生物学知识的几个方面。特别是，它旨在突出糖蛋白（如细胞表面受体）与聚糖介导的碳水化合物结合蛋白之间的相互作用。在这里，通过两个以人前列腺特异性抗原（PSA）的N-糖组和人血清蛋白的O-糖组为中心的说明性示例介绍了该系列的主要资源。通过不同的数据库查询和可视化工具的帮助，本文演示了如何在连续体中浏览和比较内容，以收集和关联原本分散的信息片段。收集的数据注定要为更复杂的聚糖功能方案提供信息。因此，这里介绍的Glycoinformatics被提议作为一种在给定背景下加强，塑造或反驳对蛋白质糖组特异性的假设的手段。

该协议的第一部分（第1节）显示了如何使用GlyConnect平台研究附着在人前列腺特异性抗原（PSA）的Asn-69上的N-聚糖的特异性或共性。使用两种可视化工具强调聚糖表达的组织依赖性（尿液和）以及同种型依赖性（正常和高 pI ）变化（ 图 4 和 图 5 ）。
首先，GlyConnect八达通显示储存在数据库中的实体之间的关联， 透...

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Bioinformatics Resources for the Study of Glycan-Mediated Protein Interactions

该协议说明了如何使用在线资源探索，比较和解释人类蛋白质糖组。

聚糖介导的蛋白质相互作用研究的生物信息学资源

The Glyco@Expasy initiative was launched as a collection of interdependent databases and tools spanning several aspects of knowledge in glycobiology. In ...

生物信息学是关于使用计算机来解决生物学中的问题。Glycoinformatics是关于使用计算机来解决糖生物学中的问题。通过glycoinformatics，我们开发了存储可以浏览或搜索的糖组学或糖蛋白质组学数据的数据库，我们还开发了可视化和比较这些数据的工具。聚糖的作用越来越被认为是健康和疾病中的重要，glycoinformatics也试图将其推向前进。Catherine Hayes接受过糖生物学培训，是一名数据科学家。Julien Mariethoz接受过计算机科学培训，负责协调数据库和工具的发展。转到glycoproteome.expasy网站。org/glycomics-expasy，在最左边的菜单中，选中糖蛋白框。右侧的气泡图将放大与该类别匹配的气泡，然后单击GlyConnect气泡以在新选项卡中打开GlyConnect主页。选择蛋白质按钮，然后在蛋白质视图页面中，在搜索窗口中键入前列腺。单击对应于前列腺特异性抗原或PSA的常见同种型的790。接下来，在顶部的多色条上，单击绿色的源按钮以显示处理已发布数据的示例类型。单击“疾病”按钮以检查数据库的健康相关内容。然后单击结构按钮，从糖组学数据中查看与PSA相关的135种结构的完整列表。单击由糖组学实验确定的相关78种组合物的组成按钮。单击任何结构或组成以获取更多详细信息。要减少构图的歧义，请单击所选构图下方的建议结构。每次单糖计数与所列结构的计数一致时，都会提出建议。要全面浏览蛋白质页面，请在页面右侧查看更多详细信息。前往Octopus主页，确认附着在PSA上的聚糖多样性中存在共同的结构特征，默认情况下保持N-Linked选项卡处于选中状态，移动到核心子选项卡并单击混合图标。然后移动到属性子选项卡，选择唾液酸化图标，然后单击绿色搜索按钮。在显示的关系图中，将鼠标悬停在H6N4F1S1上以突出显示与三个结构中的七种蛋白质的链接。通过悬停在H6N4F2S1上来与此形成鲜明对比，H6N4F2S1挑出PSA的两种亚型。将鼠标悬停在结构 ID 上以显示其 SNFG 表示形式，然后单击它以打开相应的页面。将中心节点更改为组织，然后将光标放在图中间的尿液或精液上以查看不同的关联。将中心节点更改为疾病以显示13个选项，其中一个是前列腺癌。唯一相关的蛋白质是PSA。接下来，单击清除按钮以刷新搜索。移动到属性子选项卡，然后单击双天线图标。然后移动到行列式子选项卡，选择3-sialyl-LN类型2图标，然后单击绿色搜索按钮。检查章鱼检索到的与含有末端3-唾液基-LN二型基序的双触端聚糖的关联。将中心节点更改为组织，以便于读取，并将鼠标悬停在 KLK3 _ human 上，直接将与 PSA 普通亚型和七种结构连接。返回蛋白质页面，在本例中为PSA，以扫描其列表中每个组合物之间的潜在关系。在PSA条目页面的右侧，单击Compozitor链接。确保Compozitor搜索字段在蛋白质选项卡中预先填充了ID 790条目的详细信息。单击添加到选择按钮以从数据库中检索数据。取消选择“包括虚拟节点”选项，然后单击计算图按钮以显示一个图形，该图形显示代表PSA N-糖组的78个组合的连接良好集合，以及显示聚糖主要特征的条形图。保留在主蛋白质标签中，并在蛋白质领域中选择前列腺特异性抗原高Pi同种型。单击“添加到选择”按钮，从数据库中检索总计 57 个合成的数据。单击计算图按钮以生成两种亚型的叠加图，并评估两种PSA亚型的糖组差异。转到网站 www.unilectin。eu，然后单击UniLectin3D按钮。单击聚糖搜索按钮，然后单击代表唾液酸的紫色菱形，提示显示所有以存储在数据库中的唾液酸结尾的聚糖结合基序。单击 3-唾液基-LN 二型基序以提示显示所有凝集素，其中 3D 结构确认了与 3-唾液基-LN 二型的相互作用是已知的。按字段搜索选项。在物种领域中，输入智人。单击“探索 X 射线结构”按钮以过滤掉原始列表。只剩下一个条目，即人类半乳糖凝集素-8。单击查看3D结构和信息按钮，以显示人半乳糖凝集素-8与3-唾液酰-LN第二型相互作用的详细信息。访问页面上显示的关于人半乳糖凝集素-8的结构信息，其中包含两个不同的查看器。握住鼠标将分子转过来，并使用LiteMol软件将配体带到前面。将鼠标悬停在左侧列出的交互组件上，以更新右侧的视图，并使用 PLIP 软件找到该特定交互在结构中的作用。通过直接转到此页面上引用的文章，从GlyConnect主页浏览HGI数据集。单击参考条目页面右侧的 Compozitor 链接以评估数据集的一致性。搜索字段将已填充与工具的高级选项卡中的 DOI 号相等的参考。在 DOI 号后键入 glycan_type=O 链接，将搜索范围缩小到 O-链接聚糖。然后单击“添加到选择”按钮以从数据库中检索数据。保持选中“包括虚拟节点”选项，然后单击计算图形按钮以显示连接组合的图形。转到GlyConnect Compozitor的蛋白质选项卡，从蛋白质列表中选择α间胰蛋白酶抑制剂重链H4。确保物种选择默认为智人。取消选择聚糖型中的 N-Linked。在站点列表中选择仅选择 THR 725，然后单击添加到选择按钮。然后单击计算图形按钮以显示连接的组合的图形。要理解虚拟节点，请单击图表下方的导出按钮。仅选择虚拟并单击剪贴板图标以复制八个合成的选择。将所选内容粘贴到 Compozitor 的自定义选项卡的查询窗口中。在组合物字段中设置选择标签，在聚糖类型字段中选择O-Linked，然后单击添加到选择按钮。最后，单击计算图形按钮。蛋白质和聚糖之间的组织依赖性关联显示在GlyConnect Octopus的输出中。所有携带杂交和唾液基化聚糖结构的人类蛋白质及其表达的组织都显示在此输出中。与尿液的关联突出显示了两种蛋白质，脉络膜促性腺激素或GLHA人和PSA普通亚型或KLK3人，与分散的聚糖结构相连。同样，突出显示了与的关联，显示了与分组聚糖结构相连的 PSA 的两种蛋白质亚型。PSA的两种亚型的叠加N-糖组显示在GlyConnect Compozitor的输出中。蓝色节点表示与共同同种型相关的聚糖，高Pi同种型的聚糖表示为红色节点。糖组之间的重叠显示为洋红色节点。节点内的数字表示根据GlyConnect数据库关于PSA的内容与标记组合物匹配的聚糖结构的数量。GlyConnect中显示的PSA糖组通过3-唾液腺素-LN型二终端表位显示与UniLectin3D中显示的半乳糖凝集素-8相关。这为聚糖介导的蛋白质 - 蛋白质相互作用提供了可能但不能保证的情况。检查了一组与人血清相关的高质量O-聚糖组合物，并与GlyConnect数据库内容进行了比较，从而提供了定制聚糖组合物文件的选项，用于糖肽的精制鉴定。它可以依赖于一个数据集中可用的20个合成的最小集合，也可以通过在GlyConnect中合理收集的23到26个项目来增强，以增强集合的一致性。从这个协议中，重要的是要记住，糖组不能局限于项目列表。恰恰使用glycoinformatics工具，您可以显示这些项目之间的依赖关系，这些依赖关系最终将解释它们的功能。

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