Name: determination of glucan chain length distribution of glycogen using the fluorophore-assisted carbohydrate electrophoresis (face) method
Uploaded: 2022-03-31T13:20:00
Duration: 6 min 13 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of Glucan Chain Length Distribution of Glycogen Using the Fluorophore-Assisted Carbohydrate Electrophoresis FACE Method at JoVE.com

这项工作得到了CNRS，里尔大学CNRS和ANR授予“MathTest”（ANR-18-CE13-0027）的支持。

1. 用去分枝酶孵育
<ol><li>将200μL纯化的糖原以0.5-2mg / mL与200μL的100mM乙酸盐缓冲液（pH 4.8）混合。加入2μL异淀粉酶（180 U / mg蛋白质）和1.5μL支链淀粉酶（30 U / mg蛋白质）（参见 材料表），通过上下移液轻轻混合，并在42°C下在1.5mL管中孵育16小时。 注意：在糖原纯化过程中可能会发生降解或淀粉酶污染。为了了解游离麦芽低聚糖的存在，可以在没有去分枝酶混合物的情况下同时孵育样品。在分析中包括标准品（例如麦芽七糖）以确定洗脱时间与聚合度之间的关系。</li>
	<li>通过在95°C下孵育5分钟来停止反应。</li>
	<li>在室温下以16，100× g 离心5分钟以沉淀并除去任何不溶性物质。</li>
	<li>使用移液器除去上清液，并将其转移到新的注释管中。通过加入相当于100μL阴离子/阳离子交换树脂珠（AG-501-X8，见 材料表）并搅拌来脱盐上清液。<ol>
<li>定期搅拌珠子5分钟。通过移液收集样品，并将其放入新的带注释的试管中。</li>
	</ol>
</li>
	<li>冷冻干燥或使用在30°C下设置的真空蒸发器（参见 材料表）来干燥样品。</li>
	<li>将干燥的样品储存在室温或-20°C下。 注意：样品可以储存1个月。</li>
</ol>2. 还原胺化
<ol><li>将干燥的样品与2μL1M氰基硼氢化钠在四氢呋喃（THF）和2μLAPTS（5mgAPTS重悬于48μL15%乙酸中）混合（参见 材料表）。</li>
	<li>在42°C下在黑暗中孵育16小时。 注意：氰基硼氢化钠使用经过改装的个人防护设备和化学罩进行处理。吸入和接触皮肤是剧毒的，可能是致命的，导致严重的皮肤灼伤和眼睛损伤。当氰基硼氢化钠与乙酸混合时，会产生剧毒气体。与水接触时，氰基硼氢化钠释放出易燃气体，可自燃。从此步骤开始，浓缩样品在化学罩下处理，并使用合适的个人防护设备。</li>
</ol>3. 人脸分析
<ol><li>向每个样品中加入46μL超纯水。</li>
	<li>通过将1μL样品加入49μL超纯水中，将样品直接稀释至1/50在100μL的微量小瓶中。将样品保持在黑暗中，同时设置面部（5-10分钟）。</li>
	<li>使用带有激光诱导荧光（LIF）检测器的毛细管电泳仪器进行反极性电泳（参见 材料表）。将极性设置为“反向模式”进行分离，将LIF设置为488 nm发射波长，将检测器设置为512 nm。</li>
	<li>将注射时间设置为 10 秒，将注射压力设置为 0.5 psi。</li>
	<li>在N连接的碳水化合物分离缓冲液中，在60.2厘米长，内径为50μm（375μm）的裸熔融石英毛细管中，在N连接的碳水化合物分离缓冲液中以30 kV进行APTS标记的葡聚糖分离（参见 材料表）。 注意：N-连接的碳水化合物分离缓冲液每20次运行更换一次。</li>
</ol>4. 数据处理
<ol><li>导出 “.ASC“和”。CDF“文件分别包含电泳图轮廓和积分数据。</li>
	<li>打开 .ASC 文件并根据时间图表绘制相对荧光单位。</li>
	<li>打开 .CDF 文件，继续进行第一次自动积分并调整以下参数：宽度;山谷到山谷的整合;最小面积。</li>
	<li>手动检查并更正任何不正确的集成事件。</li>
</ol>

<ol>
	<li>Konkolewicz, D., Thorn-Seshold, O., Gray-Weale, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Models+for+randomly+hyperbranched+polymers:+Theory+and+simulation.">Models for randomly hyperbranched polymers: Theory and simulation.</a> The Journal of Chemical Physics. 129 (5), 054901 (2008).</li><li>Deng, B., Sullivan, M. A., Wu, A. C., Li, J., Chen, C., Gilbert, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mechanism+for+stopping+chain+and+total-molecule+growth+in+complex+branched+polymers,+exemplified+by+glycogen.">The mechanism for stopping chain and total-molecule growth in complex branched polymers, exemplified by glycogen.</a> Biomacromolecules. 16 (6), 1870-1872 (2015).</li><li>Besford, Q. A., Sullivan, M. A., Zheng, L., Gilbert, R. G., Stapleton, D., Gray-Weale, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+cardiac+glycogen+in+healthy+mice.">The structure of cardiac glycogen in healthy mice.</a> International Journal of Biological Macromolecules. 51 (5), 887-891 (2012).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+structure+of+glycogen+in+escherichia+coli.">Molecular structure of glycogen in escherichia coli.</a> BioMacromolecules. 20 (7), 2821-2829 (2019).</li><li>Ball, S., Colleoni, C., Cenci, U., Raj, J. N., Tirtiaux, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolution+of+glycogen+and+starch+metabolism+in+eukaryotes+gives+molecular+clues+to+understand+the+establishment+of+plastid+endosymbiosis.">The evolution of glycogen and starch metabolism in eukaryotes gives molecular clues to understand the establishment of plastid endosymbiosis.</a> Journal of Experimental Botany. 62 (6), 1775-1801 (2011).</li><li>Zhang, P., Nada, S. S., Tan, X., Deng, B., Sullivan, M. A., Gilbert, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+glycogen+biosynthesis+through+Monte+Carlo+simulation.">Exploring glycogen biosynthesis through Monte Carlo simulation.</a> International Journal of Biological Macromolecules. 116, 264-271 (2018).</li><li>Melendez-Hevia, E., Waddell, T. G., Shelton, E. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+molecular+design+in+the+evolution+of+metabolism:+The+glycogen+molecule.">Optimization of molecular design in the evolution of metabolism: The glycogen molecule.</a> Biochemical Journal. 295 (2), 477-483 (1993).</li><li>Mel&#233;ndez, R., Mel&#233;ndez-Hevia, E., Cascante, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+did+glycogen+structure+evolve+to+satisfy+the+requirement+for+rapid+mobilization+of+glucose?+A+problem+of+physical+constraints+in+structure+building.">How did glycogen structure evolve to satisfy the requirement for rapid mobilization of glucose? A problem of physical constraints in structure building.</a> Journal of Molecular Evolution. 45 (4), 446-455 (1997).</li><li>Mel&#233;ndez, R., Mel&#233;ndez-Hevia, E., Canela, E. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fractal+structure+of+glycogen:+A+clever+solution+to+optimize+cell+metabolism.">The fractal structure of glycogen: A clever solution to optimize cell metabolism.</a> Biophysical Journal. 77 (3), 1327-1332 (1999).</li><li>Wang, L., Wise, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycogen+with+short+average+chain+length+enhances+bacterial+durability.">Glycogen with short average chain length enhances bacterial durability.</a> Naturwissenschaften. 98 (9), 719-729 (2011).</li><li>Kanungo, S., Wells, K., Tribett, T., El-Gharbawy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glycogen+metabolism+and+glycogen+storage+disorders.">Glycogen metabolism and glycogen storage disorders.</a> Annals of Translational Medicine. 6 (24), 474 (2018).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+progress+in+the+structure+of+glycogen+serving+as+a+durable+energy+reserve+in+bacteria.">Recent progress in the structure of glycogen serving as a durable energy reserve in bacteria.</a> World Journal of Microbiology and Biotechnology. 36 (1), 14 (2020).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Influence+of+in+situ+progressive+N-terminal+is+still+controversial+truncation+of+glycogen+branching+enzyme+in+Escherichia+coli+DH5&#945;+on+glycogen+structure,+accumulation,+and+bacterial+viability.">Influence of in situ progressive N-terminal is still controversial truncation of glycogen branching enzyme in Escherichia coli DH5&#945; on glycogen structure, accumulation, and bacterial viability.</a> BMC Microbiology. 15 (1), 1-14 (2015).</li><li>Bernard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+physiological+mechanism+of+sugar+formation+in+the+liver.">On the physiological mechanism of sugar formation in the liver.</a> Proceedings of the Academy of Sciences. 44 (12), 578-586 (1857).</li><li>Liu, Q. -. H., Tang, J. -. W., Wen, P. -. B., Wang, M. -. M., Zhang, X., Wang, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+prokaryotes+to+eukaryotes:+Insights+into+the+molecular+structure+of+glycogen+particles.">From prokaryotes to eukaryotes: Insights into the molecular structure of glycogen particles.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 673315 (2021).</li><li>Zang, L. H., Rothman, D. L., Shulman, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=1+H+NMR+visibility+of+mammalian+glycogen+in+solution.">1 H NMR visibility of mammalian glycogen in solution.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 87 (5), 1678 (1990).</li><li>O'Shea, M. G., Samuel, M. S., Konik, C. M., Morell, M. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorophore-assisted+carbohydrate+electrophoresis+(FACE)+of+oligosaccharides:+Efficiency+of+labelling+and+high-resolution+separation.">Fluorophore-assisted carbohydrate electrophoresis (FACE) of oligosaccharides: Efficiency of labelling and high-resolution separation.</a> Carbohydrate Research. 307 (1-2), 1-12 (1998).</li><li>Koizumi, K., Fukuda, M., Hizukuri, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimation+of+the+distributions+of+chain+length+of+amylopectins+by+high-performance+liquid+chromatography+with+pulsed+amperometric+detection.">Estimation of the distributions of chain length of amylopectins by high-performance liquid chromatography with pulsed amperometric detection.</a> Journal of Chromatography A. 585 (2), 233-238 (1991).</li><li>Morell, M. K., Samuel, M. S., Shea, M. G. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+starch+structure.">Analysis of starch structure.</a> Electrophoresis. 19, 2603-2611 (1998).</li><li>Guttman, A., Chen, F. -. T. A., Evangelista, R. A., Cooke, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+capillary+gel+electrophoresis+of+reducing+oligosaccharides+labeled+with+1-Aminopyrene-3,6,8-trisulfonate.">High-resolution capillary gel electrophoresis of reducing oligosaccharides labeled with 1-Aminopyrene-3,6,8-trisulfonate.</a> Analytical Biochemistry. 233 (2), 234-242 (1996).</li><li>Kadouche, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+function+of+the+GlgA2+glycogen/starch+synthase+in+cyanobacterium+sp.+clg1+highlights+convergent+evolution+of+glycogen+metabolism+into+starch+granule+aggregation.">Characterization of function of the GlgA2 glycogen/starch synthase in cyanobacterium sp. clg1 highlights convergent evolution of glycogen metabolism into starch granule aggregation.</a> Plant Physiology. 171 (3), 1879-1892 (2016).</li><li>Hayashi, M., Suzuki, R., Colleoni, C., Ball, S. G., Fujita, N., Suzuki, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bound+substrate+in+the+structure+of+cyanobacterial+branching+enzyme+supports+a+new+mechanistic+model.">Bound substrate in the structure of cyanobacterial branching enzyme supports a new mechanistic model.</a> The Journal of biological chemistry. 292 (13), 5465-5475 (2017).</li><li>Sawada, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+reaction+characteristics+of+glucan+branching+enzymes+and+the+fine+structure+of+&#945;-glucan+from+various+sources.">Diversity of reaction characteristics of glucan branching enzymes and the fine structure of &#945;-glucan from various sources.</a> Archives of Biochemistry and Biophysics. 562, 9-21 (2014).</li><li>Wong, K. S., Jane, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+debranched+amylopectin+by+HPAEC-PAD+with+a+post-column+enzyme+reactor.">Quantitative analysis of debranched amylopectin by HPAEC-PAD with a post-column enzyme reactor.</a> Journal of Liquid Chromatography &amp; Related Technologies. 20 (2), 297-310 (1997).</li><li>Colleoni, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+Characterization+of+the+chlamydomonas+reinhardtii+a-1,4+glucanotransferase+supports+a+direct+function+in+amylopectin+biosynthesis.">Biochemical Characterization of the chlamydomonas reinhardtii a-1,4 glucanotransferase supports a direct function in amylopectin biosynthesis.</a> Plant Physiology. 120, 9 (1999).</li><li>Broberg, S., Koch, K., Andersson, R., Kenne, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparison+between+MALDI-TOF+mass+spectrometry+and+HPAEC-PAD+analysis+of+debranched+starch.">A comparison between MALDI-TOF mass spectrometry and HPAEC-PAD analysis of debranched starch.</a> Carbohydrate Polymers. 43 (3), 285-289 (2000).</li><li>Sun, R. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+glycogen+serves+as+a+critical+glucosamine+cache+required+for+protein+glycosylation.">Brain glycogen serves as a critical glucosamine cache required for protein glycosylation.</a> Cell Metabolism. 33 (7), 1404-1417 (2021).</li></ol>

作者与本作品没有相关的利益冲突。

糖原颗粒的物理化学性质（例如，大小，形态，溶解度）与组成颗粒的葡聚糖的长度直接相关。生物合成酶和分解代谢酶之间的任何不平衡都会导致链长分布的改变， 并且本身 会导致异常糖原的积累，这可能对细胞11有害。FACE分析是确定糖原链长分布（CLD）的首选方法。如图 2所示，CLD的测定允许推断糖原（ACL）的平均链长值，其反映了糖原颗粒的结构。具有高ACL值的动物糖原与异常颗粒的出现有关。减法分析是比较来自不同遗传背景（突变型与野生型）的两个糖原样品的有用方法。另一方面，通过在对数尺度上绘制归一化到最大峰的CLD，具有独立于参考进行比较CLD的优点，并为我们提供了有关生长糖原机制的信息。
此外，FACE分析是表征糖原代谢酶催化特性的强大技术。例如，所有糖原支化酶都切割（1→4）-α键并将寡麦芽糖基团转移到（1→6）-α位置或分支点上。尽管催化机制相似，但支化酶由于其对多糖（例如，支链淀粉，糖原）的亲和力和转移葡聚糖的长度而具有可区分性22。因此，可以使用FACE分析23通过一系列孵育实验和CLD比较来表征和分类分支酶的各种来源（人，植物，细菌）。
如引言中所述，HPAEC-PAD也是确定链长分布的替代方法18。这两种技术都需要通过异淀粉酶型去分枝酶完全水解（1→6）-α键或支化点，然后根据其聚合度（DP）分离直列葡聚糖池。然而，与FACE相比，HPAEC-PAD方法有两个缺点：（1）随着葡聚糖链的增加，安培脉冲响应降低，这不能提供定量信息。这种质量偏差问题可以使用HPAEC-ENZ-PAD来规避，HPAEC-ENZ-PAD涉及阴离子交换柱和PAD24之间的柱后酶反应器。柱式酶反应器将麦芽低聚糖水解成葡萄糖残基，允许恒定的脉冲安培响应。（2） HPAEC-PAD允许分离葡聚糖链，聚合度高达70。虽然分辨率足以测定糖原样品的CLD，但FACE分离DP高达150的链，适用于淀粉样品17。必须记住，HPAEC-PAD和FACE分析都有优点和缺点。例如，胺化反应需要游离的半缩醛基团与APTS的伯胺功能反应。这意味着APTS标记不能用于缺乏还原末端的葡聚糖链（例如菊粉）。HPAEC-PAD方法不需要存在还原末端。HPAEC-PAD方法的第二个有趣的方面是阴离子交换柱可以加载几毫克的线性葡聚糖，允许用特定的DP或 14个C放射性标记的麦芽低聚糖纯化麦芽寡糖用于酶法测定18，25。最后，尽管质谱法（例如，MALDI-TOF）是确定链长分布的快速而灵敏的技术，但该技术的可重复性似乎较低。它高估了长葡聚糖链26的量。然而，后者可用于特定应用，例如MALDI成像以映射细胞组织中糖原的存在27。

糖原用作碳和能量储存，是葡萄糖的均聚物，由由（1→4）-α键连接的葡萄糖基单元的线性链组成，并通过（1→6）-α糖苷键或分支点连接。它们在各种生物体的细胞质基质中表现为β和α颗粒。β颗粒是微小的水溶性颗粒，主要在原核生物中观察到。它们的直径范围为20-40nm，可能由糖原代谢酶和空间位阻1，2决定。
首先在动物细胞中描述，较大的α颗粒显示直径可达300nm，具有花椰菜状形状。这种特殊的组织可能起源于几个β粒子的聚集，或者可能通过从单个β粒子3中萌出而产生。有趣的是，最近的一项研究报告了 大肠杆菌4中存在α颗粒。然而，与来自动物细胞的α颗粒不同，后者在提取过程中迅速分崩离析，这可以解释文献中缺乏数据4。真核生物和原核生物中α颗粒的出现涉及系统发育上不相关的糖原代谢酶5。这就提出了关于这种颗粒的功能以及β颗粒5之间潜在交联剂的性质的问题。
尽管针对糖原分子形成提出了两种相反的数学模型6，7，8，9，但人们普遍认为，β颗粒已经响应于它们的代谢功能而进化，作为快速释放大量葡萄糖的高效燃料储备。大量证据表明，糖原特性（如消化率和在水中的溶解度）与平均链长（ACL）相关，这将决定分支点的百分比和粒径2，6，7，8，10，11.ACL由葡萄糖残基总数与分支点数量之间的比率定义。通常，真核生物和原核生物中的ACL值分别为11-14和7-23葡萄糖残基，为10。在人类中，几种糖原紊乱疾病是由于异常的糖原积累。例如，安徒生氏病与糖原分支酶的活性不足有关，导致异常糖原11的积累。在原核生物中，累积研究表明，前交叉韧带是影响糖原降解速率和细菌存活能力的关键因素12，13。据报道，合成低ACL值β颗粒的细菌降解速度较慢，因此承受饥饿条件的时间更长。因此，了解β颗粒的结构对于了解人类糖原贮积病中异常糖原颗粒的形成和原核生物在营养缺乏的环境中的生存至关重要。
自从法国生理学家克劳德·伯纳德（Claude Bernard）在19世纪后期首次从狗肝中分离出糖原以来，已经开发了许多技术来详细表征糖原颗粒。例如，用于糖原形态学（α或β颗粒）的透射电子显微镜15，用于确定α-1，6键16百分比的质子-NMR光谱法，用于推断分子量的多检测器的尺寸排阻色谱，荧光团辅助碳水化合物电泳（FACE）17 或具有脉冲安培检测（HPAEC-PAD）的高性能阴离子交换色谱（HPAEC-PAD）用于链长分布（CLD）和ACL 确定18.
本研究的重点是荧光团辅助碳水化合物电泳方法，该方法依赖于伯胺功能对半缩醛基团的还原胺化。从历史上看，8-氨基-1，3，6-萘三磺酸（ANTS）首先用于标记。后来，它被更灵敏的荧光团，8-氨基1，3，6芘三磺酸（APTS）19所取代。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig01.jpg"> 图1：与8-氨基1，3，6芘三磺酸（APTS）的还原胺化反应。 在还原条件下，8-氨基1，3，6芘三磺酸（APTS）的伯胺功能对半缩醛基团的还原胺化反应 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig01large.jpg" target="_blank">请单击此处查看该图的大图。</a>
如图 1所示，葡聚糖链还原端的半缩醛功能在还原条件下与APTS的伯胺相互作用。APTS的磺基团带有负电荷，能够根据其聚合度（DP）分离葡聚糖链。还原胺反应具有高度的可重复性和效率。DP3至DP135的平均效率标记为80%，麦芽糖（DP2）和葡萄糖的平均效率标记分别为88%和97%，分别为17，20。由于APTS的一个分子与每个葡聚糖链的还原端反应，因此可以定量单个链并在摩尔基础上相互比较。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>AG-501-X8 Resin</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>#1436424</td>
			<td>Storage Room temperature</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 mM sodium acetate buffer, pH 4.8</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Dissolve 0.82 g of sodium acetate in 80 mL of water. Adjust pH to 4.8 with acetic acid and complete the volume to 100 mL with water&#8212;storage at room temperature.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>APTS stock solution</td>
			<td>Merck</td>
			<td>09341-5MG</td>
			<td>Dissolve 5 mg of APT in 48 mL acetic acid 0.2 M. Storage at -20 &#176;C.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary</td>
			<td>Sciex Separations, Les Ulis, France</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chromeleon 6.80 SR8 Build 2623</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td></td>
			<td>select :File&#62;import/restore&#62;ANDI/chromatography in the open window: select &#34;add&#34; select cdf&#160; file &#62; import &#62; next 
			Choose the folder where your file will downloaded in Chromeleon software&#62; finish click on QNT-Editor&#62; parameter &#34;Min Area&#34; select &#34;Range&#34; 0.05 [Signal]*min.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Excel</td>
			<td>Microsoft</td>
			<td></td>
			<td>Open Excel&#62; New file&#62; save the file &#62; File menu click on Import &#62; In the open window choose &#34;csv.&#34; as type file &#62; select your asc file &#62; a new window appears Step 1: choose Macintosh or&#160; Window and then used default setting for the steps 2 and 3. &#62; Y values appear in column A&#62; Manually add a Time column by incrementing 0.25 second to each cell that corresponds to the frequency (4Hz) for acquisition data . Then plot the graph.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Free-Dry apparatus</td>
			<td>Christ</td>
			<td>alpha 2-4 LO plus</td>
			<td>before the freezing-drying process, samples are stored at -80 &#176;C for 1 h.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isoamylase</td>
			<td>Megazyme</td>
			<td>E-ISAMY</td>
			<td>180 U/mg of protein</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Maltoheptaose</td>
			<td>Merck</td>
			<td>M7753</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-Linked carbohydrate separation buffer</td>
			<td>Sciex Separations, Les Ulis, France</td>
			<td>477623</td>
			<td>Storage at 4 &#176;C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pullulanase</td>
			<td>Megazyme</td>
			<td>E-PULKP</td>
			<td>30 U/mg of protein</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium cyanoborohydride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>296813-100ML</td>
			<td>1 M Sodium cyanoborohydride in THF</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum-evaporator</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>Concentrator 5301</td>
			<td>Set the temperature at 30 &#176;C. Centrifuge until the samples are dried</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determination of glucan chain length distribution of glycogen using the fluorophore-assisted carbohydrate electrophoresis (face) method

糖原颗粒是由由α-1，4葡糖苷键连接的葡萄糖基单元的线性链组成的支链多糖。后者通过α-1，6葡萄糖苷键相互连接，称为分支点。在不同形式的碳储存（即淀粉， β葡聚糖）中，糖原可能是生物世界中发现的最古老，最成功的储存多糖之一。葡聚糖链的组织使得大量的葡萄糖可以在需要时快速储存或燃料在细胞中。在过去的几十年中，已经开发了许多互补技术来解决糖原颗粒的精细结构。本文介绍了荧光团辅助碳水化合物电泳（FACE）。该方法量化了组成糖原颗粒的葡聚糖链的群体。也称为链长分布（CLD），此参数反映了颗粒大小和支化百分比。它也是糖原生物合成数学建模的基本要求。

糖原平均链长的测定 图2 表示推断糖原的链长分布和平均链长（ACL）所需的工作流程。
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig02.jpg"> 图 2：确定链长分布 （CLD） 和平均链长的过程。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig02large.jpg" target="_blank">请单击此处查看此图的放大版本。</a>
图3 显示了商用麦芽六糖和去支链牛肝糖原的电泳图。在所有实验中观察到的荧光信号在4.13-4.67分钟之间来自未反应的APTS。标记麦芽六糖（DP6）的洗脱时间估计为8.49分钟（图3A）。根据DP6的洗脱时间鉴定出牛糖原的APTS标记葡聚糖（图3B）。在对照样品中未检测到微量游离麦芽低聚糖（未与去分枝酶一起孵育的糖原）（图3C）。
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig03.jpg"> 图3：标准品和牛肝糖原的电泳图 （A）以葡聚糖标准品麦芽六糖（DP6）的时间洗脱（8.49分钟）作为参考，以确定APTS标记葡聚糖在去分枝酶活性作用后从牛肝糖原释放的聚合度（DP）).插图显示了高达44 DP的葡聚糖链的分离。同时，用APTS标记未经处理的牛糖原，以检测样品（C）中可能存在的游离麦芽低聚糖痕迹。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig03large.jpg" target="_blank">请点击此处查看此图的大图。</a>
可以得出结论，APTS标记的葡聚糖的释放是由于异淀粉酶和拉鲁淀粉酶活性对分支点的裂解。应该注意的是，毛细管电泳曲线可以以更合适的格式重绘，以创建包含多个轮廓的镶嵌图。为此，使用“asc”扩展名生成包含荧光值的数据文件，并通过选择CSV（逗号分隔值）格式在电子表格程序中打开。不幸的是，导出的荧光值与相应的洗脱时间无关。因此，必须根据FACE设备上的采集频率设置手动添加它们（4 Hz表示每0.25秒采集一次值）。
然后使用FACE仪器的本机应用程序推断峰值面积，或导出为扩展名为“cdf”的数据文件以使用另一个应用程序。面积值在电子表格程序中导出，并通过将DP表示为总表面积的百分比进行归一化（图4）。
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig04.jpg"> 图 4：数据归一化、链长分布和平均链长值。 在电子表格中导入荧光峰区域并归一化。链长分布显示为每个 DP 的 DP 百分比。平均链长（ACL）是通过对每个百分比链乘以相应的聚合度来计算的。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig04large.jpg" target="_blank">请点击此处查看此图的大图。</a>
最后，通过计算每个百分比链的总和乘以相应的聚合度来推断平均链长（ACL）。对兔肝糖原（图5A），牛肝糖原（图5B）和牡蛎糖原（图5C）进行了一式三份的实验。
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig05.jpg"> 图5：商业糖原的链长分布。 兔肝（A），牛肝（B）和牡蛎糖原（C）在去分枝酶（异淀粉酶和支链淀粉酶）存在下孵育。然后使用FACE分析根据其聚合度（DP）分离APTS标记的葡聚糖。麦芽糖（DP2），麦芽六糖（DP6）麦芽七糖（DP7）分别是兔肝，牡蛎和牛肝糖原中最丰富的葡聚糖。均值标准误（SEM）是从三个独立实验中推断出来的。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig05large.jpg" target="_blank">请点击此处查看此图的大图。</a>
兔肝糖原链长分布明显显示出低麦芽低聚糖短糖（DP2）含量高于牛肝糖原（DP7）或牡蛎糖原（DP6）。因此，与牛肝糖原（ACL = 11.9）和牡蛎糖原（ACL = 12.6）相比，兔肝糖原的平均链长（ACL = 9.8）最低。需要注意的是，这些商业糖原通常用于测定糖原磷酸化酶或糖原合酶活性。这表明糖原代谢酶活性的动力学参数（Vmax 和Km）的测定将根据糖原的来源而变化。
减法分析 减法分析是比较两个样品的葡聚糖链分布的简单方法。例如，测定了由野生型（WT）集胞藻PCC6803菌株和单一等基因glgaA1和glgaA2突变株产生的糖原CLD（图6A）。
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63392/63392fig06.jpg"> 图6：使用减法分析比较链长分布。 （A）从蓝藻菌株纯化的糖原的链长分布：野生型（WT） 集胞藻 PCC6803和单等基因 glgaA1 和 glgaA2 突变株使用FACE分析测定。均值标准误（SEM）是从三个独立实验中推断出来的。（B）减法分析是通过将WT的每个DP的%减去 ΔglgA1 的每个DP的%，并将WT的每个DP的%减去DP ΔglgA2的每个DP的%来执行减法分析。这种简单的数学操作显示了突变菌株（黑线）中葡聚糖链的改变。（C）根据观察到的每个CLD的最大峰（所有样品均为DP6），对来自 火连囊虫 野生型和突变体的糖原的平均链长分布进行归一化。通过在对数尺度（Nde （DP））上绘制归一化CLD来证明两个分量。每个组件都表示不同的生长停止机制（有关更多信息，请参阅参考文献2）。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63392/63392fig06large.jpg" target="_blank">请点击此处查看此图的大图。</a>
回想一下，大多数蓝藻菌株具有两个编码糖原合酶活性的基因：GlgA1和GlgaA221。两种酶都将ADP-葡萄糖的残基葡萄糖转移到线性葡聚糖链的非还原末端。如图 6A所示，仅通过查看链长分布曲线来比较样品具有挑战性。减法分析包括减去样品之间每个DP的百分比（图6B）。对WT的%DP减去DP ΔglgA1 突变体的%的减法分析显示DP3，4和5（负值）过量，DP 10-20的含量降低。相比之下，WT的%DP和DP ΔglgA2 突变体%之间的减法分析表明具有相反的效果。由于GlgaA1和GlgaA2之间的减法分析谱不同，这表明每种糖原合成酶亚型在糖原生物合成21中的特定功能。
重要的是要注意，减法分析仅适用于涉及与样品并行执行的参考样品的实验。否则，减法分析可以是经验性的，因为它位于参考的归一化CLD上。2015年，Deng和合作者研究了小鼠和人类糖原生长的停止机制，提出了一种替代绘制和解释糖原CLDs来解决这个问题。此图使用最大峰面积对每个 CLD 进行归一化。然后以对数刻度绘制数据，突出显示两个分量。后者说明了链伸长停止2的两种不同机制。通过绘制拟合到较高DP分量的线，绝对参数（即线的斜率和截距）可用于CLD比较，而无需归一化到参考轮廓。在对数尺度上绘制野生型（WT）集胞藻PCC6803菌株的CLD和单个等基因glgaA1和glgaA2突变体，并确定每个谱的拟合线（图6C）。第一种组分在样品之间高度相似，在DP 6处达到最大值。这说明支化酶明确地产生最大这样的链。第二种成分表现为宽肩，已经为小鼠和人类糖原2进行了描述。在Δ glgA1中，第二组分的倾角在较高的DP处出现，并且相应拟合线（红线）的斜率低于野生型剖面。因此，GlgA1的缺乏减缓了生物合成过程中链伸长的停滞，这是由小鼠和人糖原2的空间位阻发生的。这些数据表明，剩余的伸长酶（即GlgaA2）在链拥挤之前产生更长的链。在ΔglgA2中，观察到相反的效应，拟合线的下降幅度更大，证实了剩余的GlgaA1产生的链总体上比GlgaA2在空间位阻之前单独合成的链短。该分析表明，两种亚型都具有不同的动力学和/或它们各自与分支酶活性的协同作用不同。

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Determination of Glucan Chain Length Distribution of Glycogen Using the Fluorophore-Assisted Carbohydrate Electrophoresis FACE Method

在本方案中，荧光团辅助碳水化合物电泳（FACE）技术用于确定糖原的链长分布（CLD）和平均链长（ACL）。

使用荧光团辅助碳水化合物电泳（FACE）方法测定糖原的葡聚糖链长分布

Glycogen particles are branched polysaccharides composed of linear chains of glucosyl units linked by &#945;-1,4 glucoside bonds. The latter are attached ...

该方法提供了对糖原颗粒结构组织的更好理解。这是一个重要的问题，因为葡聚糖链的种群，即所谓的链长分布，决定了糖原颗粒的物理化学性质。如水溶性。该技术的一个主要优点是，无论葡聚糖链长短如何，荧光都是恒定的。只有一个APTS分子被葡聚糖结合。因此，荧光强度与葡聚糖链的数量成正比。辅助毛细管电泳领域适用于解决糖原代谢酶的医学机制。例如，我们可以确定通过将支化酶转移到接受的葡聚糖上的葡聚糖链的聚合程度。反应必须在条件下进行。因此，必须保护区域免受潮气。将200微升每毫升0.5-2毫克纯化的糖原与200微升pH值为4.8的100醋酸缓冲液混合。加入2微升异淀粉酶和1.5微升支链淀粉酶。通过上下移液轻轻混合。然后在42摄氏度下在1.5毫升管中孵育16小时。通过在95摄氏度下孵育5分钟来停止反应。在室温下以16，100倍G'离心5分钟，以沉淀并除去任何不溶性物质。用移液器取下超级维护，并将其转移到新的带注释的试管中。将树脂珠加入空的微沟管中后，通过加入相当于100微升的阴离子阳离子交换树脂珠来脱盐上清液并搅拌。通过移液收集样品，并将其放入新的带注释的试管中。将样品冷冻干燥。将干燥的样品储存在室温或20摄氏度下。将干燥的样品与2微升1摩尔氰基硼氢化钠和四氢呋喃以及2微升8氨基1-3-6芘三磺酸混合。在42摄氏度下在黑暗中孵育16小时。向每个样品中加入46微升超纯水。要将样品稀释50次，将一微升样品加入49微升超纯水中，加入100微升微孔中。在漩涡中彻底混合。将样品放在黑暗中5至10分钟，同时设置面部。要进行反极性电泳，请设置方法，将注射压力设置为每平方英寸0.5磅力。然后将极性设置为反向模式以进行分离。在超纯水中将N连接的碳水化合物分离缓冲液稀释至三分之一。在裸熔石英毛细管中以30千伏的稀释缓冲液进行APTS标记的葡聚糖分离。然后设置注射时间，并开始分析。导出分别包含电泳图配置文件和集成数据的 ASC 和 CDF 文件。打开ASC文件，并根据时间图表绘制相对荧光单位。打开 CDF 文件。继续进行第一次自动积分，并使用谷到谷积分和最小面积调整以下参数。手动检查并更正任何不正确的集成事件。在4.13至4.67分钟之间观察到的荧光信号来自未反应的APTS。标记的麦芽六糖DP 6的阿留申时间估计为8.49分钟。根据DP 6的阿留申时间鉴定出APTS标记的牛糖原葡聚糖。在对照样品中未检测到微量游离低聚麦芽糖，其中糖原未与去分枝酶孵育。插图显示葡聚糖链的分离度高达 44 DP。链长分布显示为每个 DP 的 DP 百分比。平均链长是通过对每个百分比链乘以相应的聚合度来计算的。面部分析表明，最丰富的葡聚糖是麦芽糖和兔肝，牡蛎中的麦芽六糖和牛肝中的麦芽七糖。使用面部分析测定从野生型和突变蓝藻细菌菌株纯化的糖原的链长分布。减法分析是通过从突变体的每个DP的百分比中减去野生型DP的百分比来进行的。根据每个CLD观察到的最大峰，对来自火连囊虫野生型和突变体的糖原的平均链长分布进行归一化。该技术可以更好地理解与糖原代谢缺陷相关的人类疾病，特别是安徒生病疾病，这是由于异常糖原颗粒在细胞中积累的丰富结果。

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Determination of Glucan Chain Length Distribution of Glycogen Using the Fluorophore-Assisted Carbohydrate Electrophoresis (FACE) Method

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科研

生物化学

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