Name: isolation of culturable yeasts and molds from soils to investigate fungal population structure
Uploaded: 2022-05-27T13:45:00
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이 연구는 캐나다 자연 과학 및 공학 연구위원회 (Grant No. ALLRP 570780-2021) 및 McMaster University.

참고 : 국제 토양 샘플 및 / 또는 A. fumigatus 포자 및 균사체를 활용하는 모든 단계는 레벨 2 유기체 (BSCII)의 생물 안전 캐비닛 내에서 작업해야합니다.
1. 토양에서 효모의 분리
<ol><li>항균 및 항진균 용액의 제조<ol>
<li>클로람페니콜 분말을 70% 에탄올에 현탁하여 50g/L 원액을 제조하였다. 주사기 여과에 의해 멸균하고 4°C에서 보관한다. 참고 :이 항생제는 ?...

<ol>
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C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fitting+linear+mixed-effects+models+using+lme4.">Fitting linear mixed-effects models using lme4.</a> Journal of Statistical Software. 67 (1), 1-48 (2015).</li><li>Camacho, C., Madden, T., Tao, T., Agarwala, R., Morgulis, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BLAST+&#174;+Command+Line+Applications+User+Manual.">BLAST &#174; Command Line Applications User Manual.</a> National Center for Biotechnology Information. , 1-95 (2022).</li><li>Ashu, E. E., Korfanty, G. 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A., Dixon, M., Jia, H., Yoell, H., Xu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+diversity+and+dispersal+of+Aspergillus+fumigatus+in+Arctic+soils.">Genetic diversity and dispersal of Aspergillus fumigatus in Arctic soils.</a> Genes. 13 (1), 19 (2021).</li><li>Snelders, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Possible+environmental+origin+of+resistance+of+Aspergillus+fumigatus+to+medical+triazoles.">Possible environmental origin of resistance of Aspergillus fumigatus to medical triazoles.</a> Applied and Environmental Microbiology. 75 (12), 4053-4057 (2009).</li><li>Wang, H. -. 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토양에서 효모와 A. fumigatus 를 분리하기 위해 개발 된 프로토콜은 높은 처리량의 토양 처리 및 곰팡이 격리를위한 빠르고 효율적인 방법입니다. 이 프로토콜은 샘플 당 소량의 토양 (0.1-0.2g) 만 필요하므로 비슷한 노력으로 더 많은 사이트를 샘플링 할 수 있습니다. 빠른 처리 시간을 통해 짧은 시간 내에 결과를 얻을 수 있으며 필요한 경우 문제 해결 및 반복 실험을 위한 시간을 허용합니다....

토양 생태계의 곰팡이는 유기물 분해, 영양 순환 및 토양 시비에 필수적인 역할을합니다1. 배양-독립적(즉, 고처리량 시퀀싱) 및 배양-의존적 접근법 둘 모두는 토양 진균 2,3의 연구에 널리 사용된다. 고처리량 메타바코드 시퀀싱에 의해 생성된 다량의 데이터는 공동체 구조와 다양성의 광범위한 패턴을 밝히는 데 유용하지만, 문화 의존적 접근 방식은 순수한 곰팡이 배양의 가용성으로 인해 다운스트림 다양성 및 기능 분석을 통해 개별 유기체의 분류 및 기능 구조에 대한 매우 보완적인 정보뿐만 아니라 개별 유기체의 보다 구체적인 프로파일을 제공할 수 있습니다.
토양 그램 당 수천 개의 세포를 거의 초과하지 않음에도 불구하고, 단세포 균류로 광범위하게 정의 된 효모는 다른 토양 거주자 4,5에게 필수적인 분해제 및 식품 공급원입니다. 사실, 효모는 남극 대륙 6,7과 같은 차가운 생물권에서 우세한 토양 균류일 수 있다. 토양은 또한 인간과 다른 포유류에 심각한 기회 감염을 일으키는 의학적으로 관련된 효모의 주요 저수지입니다8. 형태학적 유사성에도 불구하고, 효모 종은 계통유전학적으로 다양하며, 진균 왕국 내에서 두 개의 주요 필라, Ascomycota 및 Basidiomycota의 필라멘트 진균 사이에서 발생한다9. 효모는 핵 리보솜 RNA 유전자 클러스터(10)의 내부 전사된 스페이서(ITS) 영역인 진균 바코딩 유전자에서 정의된 DNA 시그니처가 결여되어, 메타게놈학 조사에서 다른 진균과 구별할 수 없게 만들고, 따라서 효모 종을 분리하기 위한 배양-의존적 방법의 사용을 필요로 한다.
아래 프로토콜은 9 개국의 토양 효모 공동체를 특성화하고 토양 효모 다양성9,11,12의 세계적인 추세와 패턴을 식별하기 위해 구현되었습니다. 메타게놈학 접근법은 효모 2,3과 같은 유기체의 표적 집단을 연구할 때 제한적으로 사용된다. 그들의 계통 발생 다양성으로 인해, 효모는 DNA 서열만으로 다른 곰팡이와 구별 될 수 없습니다. 따라서 효모 개체군을 연구하려면 문화 의존적 격리를 지속적으로 사용해야합니다. 그러나 배양은 종종 훨씬 더 많은 시간이 걸리고 실험을 수행하는 데 더 많은 인력이 필요합니다. 따라서 프로토콜은 제한된 인력으로 더 빠른 처리를 위해 최적화되고 간소화되었습니다. 배양의 가장 큰 장점은 확인 된 효모 종은 죽은 효모가 아닌 살아있는 효모이므로 토양에 존재하는 일시적인 세포보다는 진정한 토양 거주자가 될 가능성이 더 높다는 것입니다. 토양의 곰팡이 DNA의 약 40 %는 다른 환경, 세포 외 오염 물질 또는 더 이상 손상되지 않은 세포에서 나온 것으로 추정되어 곰팡이 풍부도를 55 % 과대 평가하기위한 높은 처리량 시퀀싱 접근법을 유발합니다 13. 배양-의존적 분리는 하류 분석에 사용될 순수한 배양물을 확보하는 추가적인 이점으로 효모 종 동일성을 쉽게 확인할 수 있다. 실제로, 44 추정 새로운 효모 종의 순수한 배양은 분류 및 기능적 특성을 자세히 연구하기 위해 다양한 방법의 사용을 허용하는이 토양 분리 프로토콜을 사용하여 확인되었습니다14.
아래의 프로토콜은 또한 A. fumigatus와 같은 토양 내에 존재하는 곰팡이를 분리하는 데 사용할 수 있습니다. 아스퍼질러스 푸미가투스(Aspergillus fumigatus)는 토양15에 널리 분포되어 있는 고온성 및 보호성 곰팡이입니다. 그것은 수많은 임상 및 비 임상 환경에서 분리되었습니다. 비임상 샘플링에는 일반적으로 공기, 유기 파편 (퇴비, 톱 먼지, 튤립 전구 폐기물) 및 토양 (농업, 정원 및 자연 토양)16,17,18,19이 포함됩니다. 아스퍼질러스 후미가투스(Aspergillus fumigatus)는 아스퍼질라증(aspergillosis)이라고 불리는 다양한 감염을 일으키는 인간 기회주의적 병원체로, 전 세계 800만 명 이상의 사람들에게 영향을 미치고16,20명에 이른다. 전 세계 약 300,000명의 사람들이 침습성 아스퍼질라증을 앓고 있으며, 이는 아스퍼질라증16의 가장 심각한 형태입니다. 환자 집단, 감염 부위 및 항진균 요법의 효능과 같은 요인에 따라 사망률은 90 %만큼 높을 수 있습니다. 지난 수십 년 동안 항진균 요법에 대한 내성이 증가하여 임상 및 환경 인구 모두에서 이러한 내성 유전자형21,22,23을 추적하기위한 전 세계적인 감시 노력이 필요했습니다. 50 ° C 이상의 온도에서 자랄 수있는 능력을 감안할 때,이 온도는 배양 의존적 인 방법을 사용하여 토양에서 A. fumigatus 분리물을 선택하기 위해 악용 될 수 있습니다. 아스퍼질러스 푸미가투스 단리물은 일반적으로 아홉 개의 고도로 다형성 짧은 탠덤 반복(STR) 유전자좌에서 유전자형화되며, 균주24 사이에 높은 차별력을 갖는 것으로 나타났다. 이러한 STR 유전자형은 약물 내성 유전자를 포함한 A. fumigatus 유전자형의 확산을 추적하기 위해 이전에 조사된 다른 개체군과 비교될 수 있다.
아래에서 우리는 효모와 A. fumigatus를 배양 의존적 인 방식으로 토양 샘플에서 신속하게 분리하기위한 프로토콜을 설명합니다. 샘플 당 수득된 토양의 양에 따라, 토양 샘플은 두 프로토콜 사이에서 공유될 수 있다. 토양에서 효모와 A. fumigatus를 분리하는 유사한 방법과 비교하여,이 프로토콜은 얻은 분리 물 당 10 배 적은 토양을 사용합니다. 토양에서 A. fumigatus를 분리하려는 연구는 분리 된 토양 당 1 ~ 2g의 토양을 필요로하지만,이 프로토콜은 0.1-0.2g의 토양18,19,25 만 필요로합니다. 이 프로토콜은 처리량이 높은 설계를 용이하게 하는 더 작은 플라스틱과 용기를 사용합니다. 따라서 인큐베이터 및 롤러 드럼과 같은 장비를위한 더 적은 공간을 사용하여 더 많은 수의 샘플을 처리 할 수 있습니다. 토양 샘플은 7 일 이내에 분리 물을 얻기 위해 완전히 처리 될 수 있습니다. 이 프로토콜은 1 인당 하루에 최대 150-200 개의 샘플을 처리 할 수 있도록 최적화되었습니다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.5 mL microcentrifuge tube</td>
			<td>Sarstedt Inc</td>
			<td>72.690.001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benomyl powder&#160;</td>
			<td>Toronto Research Chemicals</td>
			<td>B161380</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol powder&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SKU: C0378-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dextrose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SKU: D9434-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fragment Analysis Software</td>
			<td>NCBI&#39;s Osiris</td>
			<td></td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/osiris/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ITS sequence database</td>
			<td>NCBI GenBank&#160;</td>
			<td></td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ITS sequence database</td>
			<td>UNITE&#160;</td>
			<td></td>
			<td>https://unite.ut.ee/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peptone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SKU: P5905-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reusable cell spreaders&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>08-100-12</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 10 cm diameter Petri dishes&#160;</td>
			<td>Sarstedt Inc</td>
			<td>83.3902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 13 mL culture tubes&#160;</td>
			<td>Sarstedt Inc</td>
			<td>62.515.006</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Wooden plain-tipped applicator sticks&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>23-400-112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>SKU: Y1625-250G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation of culturable yeasts and molds from soils to investigate fungal population structure

토양은 엄청난 양의 미생물 생명체의 숙주이며, 각 그램에는 수십억 개의 박테리아, 고고 및 곰팡이 세포가 포함되어 있습니다. 효모로 광범위하게 정의 된 곰팡이 및 단세포 균류와 같은 다세포 균류는 유기 물질의 분해제 및 다른 토양 거주자를위한 식량원으로서 토양 생태계에서 필수적인 역할을 수행합니다. 토양의 곰팡이 종의 다양성은 강우량 및 온도와 같은 다양한 기후 요인뿐만 아니라 유기물, pH 및 수분을 포함한 토양 특성에 달려 있습니다. 특히 아시아, 아프리카, 남미 및 중앙 아메리카 지역에서 적절한 환경 샘플링이 부족하면 토양 곰팡이 공동체의 특성화와 새로운 종의 발견을 방해합니다. 
우리는 ~ 4,000 토양 샘플과 효모와 곰팡이의 분리를 위해 실험실에서 개발 된 프로토콜을 사용하여 여섯 대륙의 아홉 개국의 토양 곰팡이 공동체를 특성화했습니다. 이 프로토콜은 박테리아 성장을 억제하면서 액체 배지에서 효모와 의학적으로 관련된 곰팡이 Aspergillus fumigatus에 대한 별도의 선택적 농축으로 시작됩니다. 생성 된 콜로니는 고체 배지로 옮겨지고 순수한 배양물을 얻기 위해 추가로 처리되고 하류 유전 적 특성화가 뒤 따른다. 효모 종 동일성은 핵 리보솜 RNA 유전자 클러스터의 내부 전사 스페이서 (ITS) 영역의 시퀀싱을 통해 확립되며, A. fumigatus의 글로벌 인구 구조는 마이크로 위성 마커 분석을 통해 탐구됩니다.
이 프로토콜은 카메룬, 캐나다, 중국, 코스타리카, 아이슬란드, 페루, 뉴질랜드 및 사우디 아라비아의 토양 효모 및 A. fumigatus 개체군을 분리하고 특성화하는 데 성공적으로 적용되었습니다. 이 발견은 토양 효모 다양성의 글로벌 패턴뿐만 아니라 A. fumigatus의 글로벌 인구 구조 및 항진균 저항 프로파일에 대한 많은 필요한 통찰력을 보여주었습니다. 이 논문은 국제 토양 샘플에서 효모와 A. fumigatus를 분리하는 방법을 제시합니다.

토양으로부터의 효모 분리 상기 효모 분리 프로토콜은 9,12개국 9,12개국의 53개 지역에서 유래한 토양 샘플로부터 효모를 배양하기 위해 구현되었다. 전체적으로, 1,473개의 효모 균주가 3,826개의 토양 샘플로부터 분리되었다. 아홉 개의 원산지 국가의 상이한 기후 조건을 고려할 때, 각 국가의 최상의 배양 온도는 그것의 평균 연간 온도에 ?...

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Isolation of Culturable Yeasts and Molds from Soils to Investigate Fungal Population Structure

이 프로토콜은 7 일 이내에 대규모 토양 샘플 세트에서 효모와 곰팡이 Aspergillus fumigatus를 배양하는 효과적이고 신속한 방법입니다. 이 방법은 실험에 필요한 다양한 인큐베이션 배지 및 온도를 수용하도록 쉽게 변형 될 수 있습니다.

곰팡이 개체군 구조를 조사하기 위해 토양에서 배양 가능한 효모와 곰팡이를 분리합니다.

Soil is host to an incredible amount of microbial life, with each gram containing up to billions of bacterial, archaeal, and fungal cells. Multicellular ...

우리의 프로토콜은 다른 기후 지역에서 얻은 토양 샘플을 사용하여 토양의 효모와 곰팡이 다양성을 조사합니다. 이것은 환경 효모 다양성에 대한 통찰력을 제공하고 병원성 종을 추적하는 데 도움이됩니다. 이 프로토콜은 토양에서 효모와 곰팡이를 수확하는 비용 효율적이고 신속한 방법을 제공합니다.토양 샘플은 칠일 이내에 분리 물을 얻기 위해 완전히 처리 될 수 있습니다. 배양 튜브를 라벨링하고 배지를 하루 미리 준비하는 것과 같은 잘 조직 된 실험 설정은 실험 중에 압도 당하는 느낌을 피하는 열쇠입니다. 멸균 13 밀리리터 배양 튜브 세트를 준비하는 것으로 시작하십시오.토양 샘플 ID로 라벨을 붙인 다음 혈청 학적 피펫을 사용하여 클로람페니콜과 베노밀로 보충 된 효모 추출물 - 펩톤 - 덱스트로스 국물 다섯 밀리리터를 각 튜브에 첨가하십시오. 레벨 두 유기체를위한 생물 안전 캐비닛 내부에서는 멸균 된 목재 평면 팁 어플리케이터를 사용하여 약 0.1 그램의 토양을 적절한 배양 튜브로 옮깁니다. 튜브를 첫 번째 정지에 단단히 고정시켜 인큐베이션 중에 공기 교환을 허용하면서 유출을 방지합니다.다음으로, 배양 튜브를 효모 성장을 최대화하는데 최적으로 간주되는 온도에서 24시간 동안 롤러 드럼에서 인큐베이션한다. 그런 다음 클로람페니콜 및 베노밀이 보충된 효모 추출물 펩톤-덱스트로스 한천 플레이트를 상청액을 고체 배지로 옮기기 전에 토양 샘플 ID로 라벨링한다. 롤러 드럼에서 배양 튜브를 제거합니다.그런 다음 두 단계의 생물을위한 생물 안전 캐비닛 내부에서 튜브를 간단히 와류하여 바닥에 정착했을 수있는 토양 입자와 세포를 다시 현탁액으로 그립니다. 다음으로, 100 마이크로리터의 상청액을 마이크로피펫을 사용하여 플레이트 상에 옮긴다. 멸균 재사용 가능한 셀 스프레더를 사용하여 액체를 한천 표면 위로 철저하고 고르게 퍼뜨립니다.이틀에서 사흘의 충분한 배양 시간을 허용한 후, 플레이트에서 두 단계의 생물에 대한 생물안전 캐비닛 내부의 효모 성장이 있는지 검사한다. 박테리아 및 곰팡이 식민지와 쉽게 구별 할 수있는 크림 같은 둥글고 매트 같은 효모를 찾으십시오. 멸균 된 나무 일반 팁 어플리케이터 스틱을 사용하여 각 접시에서 하나의 효모 같은 식민지를 선택하십시오.각각의 선택된 콜로니를 클로람페니콜 및 베노밀로 보충된 신선한 효모 추출물 펩톤-덱스트로 한천 플레이트 상으로 옮기고 단일 콜로니를 위한 줄무늬를 만든다. 세 개의 개별 줄무늬를 수행하고 모든 줄무늬에 대해 새 어플리케이터 스틱을 사용하십시오. 다음으로, 플레이트 상에서 개발된 신선한 세포를 사용하여 콜로니 중합효소 연쇄 반응을 수행한다.내부 전사된 스페이서 ITS1 및 ITS4 프라이머를 사용하여 진균 바 코딩 유전자를 증폭시킨다. 효모 균주의 수득된 내부 전사된 스페이서 서열을 비교하여, 국립 생명공학 정보 센터 GenBank 및 UNITE와 같은 공공 데이터베이스에 기탁된 두 개의 서열을 비교하여 종 동일성을 확립한다. Sabouraud 덱스트로스 국물 1 밀리리터가 들어있는 1.5 밀리리터 마이크로 원심분리 튜브에 토양을 넣고 섭씨 50도에서 이틀에서 나흘 동안 배양하십시오.토양 접종 국물에서 맥아 추출물 한천 플레이트로 균사체를 옮기려면 먼저 균사체 성장이 보이는 토양 접종물을 확인하고 Sabouraud 덱스트로스 국물을 공기 경계에 추가하십시오. 그런 다음 멸균 된 나무 일반 팁 어플리케이터 스틱을 사용하여 균사체를 맥아 추출물 한천 플레이트의 중앙으로 옮기고 이러한 맥아 추출물 한천 플레이트 세트 37 °C를 3 일 동안 배양하십시오. Aspergillus fumigatus 형태 학적 특성을 가진 균사체의 선택을 위해, 특징적인 녹색 흔들림과 같은 성장을 가진 곰팡이 식민지를 확인하십시오.레벨 두 유기체에 대한 생물 안전 캐비닛 내부, 살균 된 나무 비행기 팁 어플리케이터 스틱 또는 접종 루프를 사용하여 표면을 한 번 긁어 내고 단일 콜로니를 위해 한천에 스트레칭하여 맥아 추출물 한천 플레이트의 중앙으로 옮겨 코니디아 또는 균사체를 수확하십시오. 플레이트를 섭씨 37도에서 이틀 동안 배양하십시오. 멸균 도포스틱 또는 접종 루프를 사용하여, 생성된 단일 콜로니를 맥아 추출물 한천 상에 계대배양하여 콜로니를 한 번 스트레킹한다.수확 된 포자를 플레이트의 중앙에 퍼뜨립니다. 멸균 30% 글리세롤 용액을 준비하여 배양 보관을 위해 아스퍼질러스 후미가투스 포자 또는 균사체를 수확한다. 한천 플레이트를 섭씨 37도에서 이틀 동안 인큐베이션한 후, 피펫을 사용하여 30% 글리세롤 용액 한 밀리리터를 흡인하고 이를 아스퍼질러스 후미가투스 콜로니 상에 분산시킨다.Aspergillus fumigatus 균주의 표현형 확인을 위해 균사 및 포자 스톡의 10 마이크로 리터를 흡인하여 990 마이크로 리터의 물을 첨가하십시오. 이 희석된 포자 현탁액을 소용돌이치고, 현탁액 10 마이크로리터를 표준 현미경 슬라이드 상에 분배한다. 그런 다음 400X 배율에서 화합물 현미경을 사용하여 현탁액을 보고 conidiophores를 찾습니다.관찰된 conidiophore 형태학을 Aspergillus fumigatus conidiophore 형태학과 비교한다. 아홉 개의 마이크로 위성 유전자좌 각각에 대한 정확한 단편 크기를 결정하려면 단편 분석이 가능한 소프트웨어를 사용하십시오. 모세관 전기영동으로부터 얻은 원시 데이터를 검색하고, 단편화된 분석 소프트웨어를 사용하여 가장 큰 피크를 기준으로 단편 크기를 점수화한다.다음으로, 단편 크기를 각각의 반복 숫자로 변환하여 참조 균주 Af293의 반복 번호의 단편 크기를 사용하여 아홉 개의 낮은 숫자로 변환한다. 3개국 53개 지역에서 채취한 3개, 826개의 토양 샘플로부터, 1, 473개의 효모 균주를 분리하였다. 각 국가의 최고 배양 온도는 평균 연간 온도를 기준으로 결정되었습니다.각 국가의 희귀 분석에서 섀넌 다양성 지수는 토양 효모 다양성의 척도로 사용되었습니다. 결과 희박 곡선은 포화 점근선에 접근하여 추가 샘플링이 더 많은 효모 다양성을 산출하지 못했을 가능성이 있음을 나타냅니다. 플레이트 위의 균사체 성장은 Aspergillus fumigatus의 전형적인 녹색 흔들림 형태를 형성했습니다.다른 내열성 곰팡이 종은 동일한 토양 샘플 내에 존재할 수 있으며 동일한 플레이트 또는 그 자체로 Aspergillus fumigatus를 재배 할 수 있습니다. 아스퍼질러스 후미가투스 코니디오포어 구조를보고 가벼운 현미경을 사용하여 확인한 결과, conidiophores는 스틱 형태학에 공을 가지고 있으며 conidiophores는 uniseriate이며, conidia 사슬에 부착 된 phialides는 구형 소포에 직접 부착됩니다. 크로마토그램 생성 비스세리에이트는 아스퍼질러스 푸미가투스 디뉴클레오타이드, 트리뉴클레오타이드, 및 테트라뉴클레오타이드 짧은 탠덤 반복 유전자좌의 단편 길이를 시각화하는 세 개의 채널을 밝혀냈다.고품질 최소 스패닝 네트워크는 R 스크립트 plot_poppr_msn 또는 imsn을 사용하여 생성할 수 있습니다. 원리 성분에 대한 차별적 분석은 균주 간의 유전 적 관계를 시각화하는 또 다른 방법입니다. 베노밀과 클로람페니콜을 성장 배지에 첨가하면 곰팡이와 박테리아 성장을 각각 방지하고 효모 선택을 선호합니다.클로람페니콜은 또한 배지에서 발효를 감소시켜 인큐베이팅 튜브의 가스 축적을 낮춥니다. 토양 샘플에 대한 메타 게놈을 수행하면 문화적 다양성에 대한 추가 정보가 제공됩니다. A.fumigatus 균주의 감수성 테스트는 내성 유전자형의 존재를 확인합니다.이 프로토콜은 거의 수정하지 않고 다른 효모 및 곰팡이 시스템에 적용 할 수 있습니다. 그것은 문화적 토양 효모 다양성과 그 예측 인자에 대한 조사를 전 세계적으로 촉진했습니다.

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

마우스 뒷면에서 게놈 DNA의 분리

연구

생물학

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Kinesin의 분리 및 정제에서 Drosophila 태아

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Isolation of Small Noncoding RNAs from Human Serum

인간 혈청에서 작은 비 암호화 RNA를의 분리

The analysis of RNA and its expression is a common feature in many laboratories. Of significance is the emergence of small RNAs like microRNAs, which are ...

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마우스 및 인간의 식도에서 근섬유 아세포의 분리

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Analysis of Autophagy in Penicillium chrysogenum by Using Starvation Pads in Combination With Fluorescence Microscopy

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자식 작용의 분석에<em&gt; 페니 chrysogenum</em&gt; 형광 현미경과 조합 기아 패드를 사용하여

The study of cellular quality control systems has emerged as a highly dynamic and relevant field of contemporary research. It has become clear that cells ...

Maintenance of a Drosophila melanogaster Population Cage

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(A)의 유지 보수<em&gt; 노랑 초파리</em&gt; 인구 케이지

Large quantities of DNA, RNA, proteins and other cellular components are often required for biochemistry and molecular biology experiments. The short life ...

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고대 생물 커뮤니티 숨겨 내부를 조사하기 위해 냉동 코어의 바깥 부분에서 외인성 물질의 제거

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Isolation and Characterization of Microvesicles from Peripheral Blood

말초 혈액에서 마이크로 소포의 분리 및 특성

The release of extracellular vesicles (EVs) including small endosomal-derived exosomes (Exos, diameter &#60; 100 nm) and large plasma membrane-derived ...

Techniques to Induce and Quantify Cellular Senescence

기술은 유도 및 정량화 세포 노화하기

In response to cellular stress or damage, proliferating cells can induce a specific program that initiates a state of long-term cell-cycle arrest, termed ...