Name: pre-implantation genetic testing for aneuploidy on a semiconductor based next-generation sequencing platform
Uploaded: 2022-08-17T12:50:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Pre-Implantation Genetic Testing for Aneuploidy on a Semiconductor Based Next-Generation Sequencing Platform at JoVE.com

Nous tenons à remercier le Dr Zhangyong Ming et M. Rongji Hou pour leurs conseils sur l’application élargie du LIMS. Cette étude est soutenue par les projets de recherche spéciaux de l’APL pour la planification familiale (17JS008, 20JSZ08), le Fonds du Laboratoire clé de recherche sur les maladies métaboliques du Guangxi (n ° 20-065-76) et le Projet de recherche sur les sciences et technologies de la santé citoyenne de Guangzhou (201803010034).

Tous les protocoles et la biopsie du trophectoderme (TE) (section 1.1.1.1) appliqués dans cette étude ont été examinés et approuvés par le comité d’éthique de la recherche humaine de l’hôpital n ° 924 le 18 septembre 2017 (NO: PLA924-2017-59). Les patients/participants ont fourni leur consentement éclairé écrit pour participer à cette étude.
1. Isolement de l’ADN à partir d’une biopsie d’embryons humains et d’une amplification génomique complète...

<ol>
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L’aneuploïdie chromosomique des embryons est à l’origine d’une grande partie des pertes de grossesse, qu’elles soient conçues naturellement ou par fécondation in vitro (FIV). Dans la pratique clinique de la FIV, il est proposé que le dépistage de l’aneuploïdie embryonnaire et le transfert de l’embryon euploïdie pourraient améliorer les résultats de la FIV. L’hybridation in situ par fluorescence est la première technique adoptée pour la sélection du sexe et la PGT-A; Cependant,...

L’aneuploïdie est l’anomalie du nombre de chromosomes par la présence d’un ou plusieurs chromosomes supplémentaires ou l’absence d’un ou plusieurs chromosomes. Les embryons porteurs d’un certain type d’aneuploïdie, comme la perte d’un chromosome X (syndrome de Turner), des copies supplémentaires d’autosomes, comme les trisomies de l’autosome 21 (syndrome de Down), 13 (syndrome de Patau) et 18 (syndrome d’Edwards), ou des chromosomes sexuels supplémentaires tels que 47, XXY (syndrome de Klinefelter) et 47, XXX (syndrome Triple X), peuvent survivre à terme avec des malformations congénitales1. L’aneuploïdie est la principale cause des fausses couches du premier trimestre et de l’échec de la fécondation in vitro (FIV)2. Il est rapporté que le taux d’aneuploïdie pourrait varier de 25,4% à 84,5% à travers les différentes couches d’âge du cycle naturel et du groupe témoin médicamenteux dans la pratique de FIV3.
La technologie de séquençage de nouvelle génération est de plus en plus largement appliquée dans la détermination clinique de l’information génétique; Il fournit un accès pratique à la séquence du génome avec efficacité et un débit élevé. En particulier, le séquençage de nouvelle génération a également révolutionné le diagnostic des troubles avec des facteurs génétiques et les tests d’anomalie dans le génome4. Utilisant la technologie de séquençage des semi-conducteurs pour transférer directement les signaux chimiques dans le séquençage de la bioréaction en données numériques, le système de séquençage à base de semi-conducteurs fournit une détection directe et en temps réel pour séquencer les données en 3-7 h 5,6.
Dans une procédure de FIV, le test génétique préimplantatoire (PGT) étudie le profil génétique de l’embryon avant d’être transféré dans l’utérus afin d’améliorer les résultats de la FIV et de réduire le risque de troubles génétiques chez les nouveau-nés 1,7. Dans le PGT combiné avec les techniques NGS, le matériel génétique extrait de moins de 10 cellules est amplifié avec des kits d’amplification du génome entier ou un réactif d’amplification du génome entier développé indépendamment. Cela ne nécessite qu’une seule étape dans la phase d’amplification et ne nécessite pas de pré-amplification, pour obtenir des produits d’amplification du génome entier. Des amorces ou des panneaux pour la variante du nombre de copies et le séquençage spécial des loci géniques sont conçus et appliqués dans la bibliothèque construite.
Un flux de travail typique de tests génétiques préimplantatoires aneuploïdie (PGT-A) dans NGS implique des procédures en série et nécessite une charge de travail intense de personnel de laboratoire8. Une mauvaise opération a entraîné l’annulation de la procédure peut entraîner une perte indésirable de temps et de ressources du laboratoire. Une procédure opérationnelle normalisée (PON) concise et claire pour le flux de travail PGS-NGS est utile; Toutefois, les protocoles au format Word ne peuvent pas présenter d’informations plus détaillées sur le traitement des échantillons, la manipulation des périphériques et les paramètres des instruments, qui peuvent être visualisées dans un protocole vidéo. Dans cet article, un flux de travail validé combiné à une démonstration visualisée des détails de fonctionnement pourrait offrir des protocoles de référence plus directs et intuitifs dans la pratique du PGT sur une plate-forme de séquençage de semi-conducteurs.
Le protocole décrit ici une méthode qui prend en charge le dosage de jusqu’à 16 biopsies embryonnaires en parallèle. Pour les lots plus importants, il est recommandé d’utiliser un protocole commercial basé sur un kit pour le séquençage des semi-conducteurs, tel que Reproes-PGS.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.45 &#956;m Syringe Filter Unit</td>
			<td>Merkmillipore</td>
			<td>Millex-HV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 mL DNA LoBind Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 mL tubes</td>
			<td>Greiner Bio-One</td>
			<td>188261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 mLDNA LoBind Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108078</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL tubes</td>
			<td>Greiner Bio-One</td>
			<td>227261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5x Anstart Taq Buffer (Mg2+ Plus)</td>
			<td>FAPON</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Anstart Tap DNA Polymerase</td>
			<td>FAPON</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP reagent (magnetic beads for dna binding)</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>A63881</td>
			<td>https://www.beckman.com/reagents/genomic/cleanup-and-size-selection/pcr/a63881</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Lysis buffer</td>
			<td>Southern Medical University</td>
			<td></td>
			<td>Cell lysis buffer containing 40 mM Tris (pH 8), 100 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1 mM ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA), 1% (v/v) Triton X-100, 5 mM sodium pyrophosphate, 2 mM &#946;-glycerophosphate, 0.1% SDS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ClinVar</td>
			<td>NCBI</td>
			<td></td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA elution buffer</td>
			<td>NEB</td>
			<td>T1016L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP</td>
			<td>Vazyme</td>
			<td>P031-AA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag-2 Magnet</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl alcohol</td>
			<td>Guangzhou Chemical Reagent Factory Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>http://www.chemicalreagent.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Independently developed whole genome amplification reagents</td>
			<td>Southern Medical University</td>
			<td></td>
			<td>The reagents consist of the following components: 
			1. Cell Lysis 
			2. Amplification Pre-mixed solution 
			&#160;&#160;&#160; 1) Primer WGA-P2 (10 &#956;M) 
			&#160;&#160;&#160; 2) dNTP (10 mM) 
			&#160;&#160;&#160; 3) 5x Anstart Taq Buffer (Mg2+ Plus) 
			3. Amplification Enzyme 
			&#160;&#160;&#160; 1) Anstart Tap DNA Polymerase (5 U/&#956;L)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q OT2 200 Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A26434</td>
			<td>Kit mentioned in step 4.2.8</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q Sequencing 200 Kit&#160;&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A26433</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Proton System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4476610</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Reporter Server System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4487118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>isopropanol</td>
			<td>Guangzhou Chemical Reagent Factory</td>
			<td></td>
			<td>http://www.chemicalreagent.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Preparation Kit</td>
			<td>Daan Gene Co., Ltd</td>
			<td>114</td>
			<td>https://www.daangene.com/pt/certificate.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5881-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free Water</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>AM9932</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligo WGA-P2</td>
			<td>Sangon Biotech</td>
			<td></td>
			<td>5&#39;-ATGGTAGTCCGACTCGAGNNNN 
			NNNNATGTGG-3&#39;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OneTouch 2 System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4474779</td>
			<td>&#160;Template amplification and enrichment system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Kit</td>
			<td>Takara Bio USA</td>
			<td>R300671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips</td>
			<td>Quality Scientific Products</td>
			<td></td>
			<td>https://www.qsptips.com/products/standard_pipette_tips.aspx</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Portable Mini Centrifuge LX-300</td>
			<td>Qilinbeier</td>
			<td>E0122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 3.0 Fluorometer</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q33216</td>
			<td>Fluorometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Assay Tubes</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q32856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q32851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencer server system</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Torrent Suite Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing Reactions Universal Kit</td>
			<td>Daan Gene Co., Ltd</td>
			<td>113</td>
			<td>https://www.daangene.com/pt/certificate.html 
			This kit contains the following components: 
			1. Template Preparation Kit Set 
			 
			1.1 Template Preparation Kit: 
			Emulsion PCR buffer 
			Emulsion PCR enzyme mix 
			Template carrier solution 
			 
			1.2 Template Preparation solutions: 
			Template preparation reaction oil I 
			emulsifier breaking solution II 
			Template Preparation Reaction Oil II 
			Nuclease-free water 
			Tween solution 
			Demulsification solution I 
			Template washing solution 
			C1 bead washing solution 
			C1 bead resuspension solution 
			Template resuspension solution 
			 
			1.3 Template Preparation Materials: 
			Reagent tube I 
			connector 
			Collection tube 
			Reagent tube pipette I 
			Amplification plate 
			8 wells strip 
			Dedicated tips 
			Template preparation washing adapter 
			Template preparation filter 
			 
			2. Sequencing Kit Set 
			 
			2.1 Sequencing Kit: 
			dGTP 
			dCTP 
			dATP 
			dTTP 
			Sequencing enzyme solution 
			Sequencing primers 
			Quality control templates 
			 
			2.2&#160; Sequencing Solutions: 
			Sequencing solution II 
			Sequencing solution IIII 
			Annealing buffer 
			Loading buffer 
			Foaming agent 
			Chlorine tablets 
			C1 bead 
			 
			2.3 Sequencing Materials: 
			Reagent Tube II 
			Reagent tube cap 
			Reagent tube sipper&#160; II 
			Reagent bottle sipper 
			Reagent bottles 
			 
			3. Chip</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>72068-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

pre-implantation genetic testing for aneuploidy on a semiconductor based next-generation sequencing platform

Le séquençage de nouvelle génération a acquis une importance croissante dans l’application clinique dans la détermination des variantes génétiques. Dans le test génétique préimplantatoire, cette technique présente des avantages uniques en termes d’évolutivité, de débit et de coût. Pour le test génétique préimplantatoire pour l’analyse aneuploïdique, le système de séquençage de nouvelle génération (NGS) à base de semi-conducteurs présenté ici fournit une approche globale pour déterminer les variantes génétiques structurelles à une résolution minimale de 8 Mb. De l’acquisition de l’échantillon au rapport final, le processus de travail nécessite plusieurs étapes dans le respect strict des protocoles. Étant donné que diverses étapes critiques pourraient déterminer le résultat de l’amplification, la qualité de la bibliothèque, la couverture des lectures et la sortie des données, des informations descriptives avec une démonstration visuelle autre que des mots pourraient offrir plus de détails sur l’opération et la manipulation, ce qui peut avoir un impact important sur les résultats de toutes les étapes critiques. Les méthodes présentées ici présenteront les procédures impliquées dans l’amplification du génome entier (WGA) des cellules trophectodermiques biopsiées (TE), la construction de la bibliothèque génomique, la gestion du séquenceur et, enfin, la génération de rapports de variantes de nombre de copies.

Lorsque le plan de séquences se termine après le processus d’exécution dans la machine, le système de serveur de séquences affiche le résumé avec des informations descriptives sur les données générées, l’état de la puce, le taux de chargement du FAI et la qualité de la bibliothèque, comme illustré à la figure 2. Dans cette démonstration des résultats, 17,6 G de données dans la base totale ont été obtenues, et le taux de charge global de l’ISP était de 88% dans le ...

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Pre-Implantation Genetic Testing for Aneuploidy on a Semiconductor Based Next-Generation Sequencing Platform

Le protocole présente l’ensemble des procédures en laboratoire requises pour les tests génétiques préimplantatoires pour l’aneuploïdie sur une plate-forme de séquençage de nouvelle génération à base de semi-conducteurs. Nous présentons ici les étapes détaillées de l’amplification du génome entier, de la sélection des fragments d’ADN, de la construction de la bibliothèque, de la préparation du modèle et du flux de travail de séquençage avec des résultats représentatifs.

Test génétique préimplantatoire pour l’aneuploïdie sur une plateforme de séquençage de nouvelle génération à base de semi-conducteurs

Next-generation sequencing has gained increasing importance in the clinical application in the determination of genetic variants. In the pre-implantation ...

Ce protocole présente la procédure allant de l’amplification d’une cellule unique aux données de déclaration finale dans le test génétique préimplantatoire pour l’aneuploïdie sur une plate-forme de séquençage de nouvelle génération basée sur des semi-conducteurs. Cette procédure peut aider les téléspectateurs à bien comprendre le flux de travail expérimental du séquençage PGT-A et à reproduire cette technique dans un laboratoire de diagnostic avec une plate-forme NGS à base de semi-conducteurs. Commencez par pipeter 25 microlitres des produits d’amplification du génome entier et transférez-les dans un tube centrifuge de 1,5 millilitre préchargé de 25 microlitres d’eau sans nucléase.Vortex et mélanger les perles de purification de l’ADN. Aliquote 50 microlitres de cette solution dans chaque tube d’échantillonnage. Vortex et centrifugation brièvement pendant cinq secondes.Réglez le tube pendant cinq minutes à température ambiante pour le processus de liaison à l’ADN. Insérez le tube centrifuge de 1,5 millilitre dans un rack magnétique. Ensuite, attendez que toutes les billes magnétiques soient attirées par la paroi latérale du tube.Transférez délicatement le surnageant dans un nouveau tube centrifuge de 1,5 millilitre. Évitez de pipeter les perles. Selon le volume d’échantillon original.Pipette 30 microlitres de billes magnétiques, vortex et centrifugeuse brièvement pendant cinq secondes. Réglez le tube pendant cinq minutes à température ambiante pour le processus de liaison à l’ADN. Insérez les tubes centrifuges de 1,5 millimètre dans le rack magnétique.Ensuite, attendez que toutes les billes magnétiques soient attirées par la paroi latérale du tube. Retirez et jetez soigneusement le surnageant. Évitez de pipeter les perles.Pipeter 300 microlitres d’éthanol à 70% dans le tube à centrifuger de 1,5 millilitre. Ensuite, tournez doucement le tube deux fois à un angle de 180 degrés et déplacez les billes le long de la paroi du tube pour un lavage complet. Pipeter et jeter le surnageant.Évitez de pipeter les perles. Répétez la procédure de lavage une fois. Placez une nouvelle plaque d’amplification dans le système une fois le programme de nettoyage terminé.Insérez les tubes de collecte, chacun prérempli de 150 microlitres brisant la solution deux dans le rotor, puis placez le pont sur les tubes de collecte. Ajouter l’huile de réaction à la moitié du tube et la solution de rupture de l’émulsifiant à un tiers du tube. Placez un nouveau filtre pour la préparation du gabarit sur un support tubulaire avec le portail d’échantillon positionné vers le haut.Vortex la solution pendant cinq secondes et centrifuger brièvement pendant cinq secondes. Transférez ensuite la solution dans le portail d’échantillon du filtre après avoir pipeté 800 microlitres trois fois. Centrifuger le tube pour diminuer les bulles avant la dernière injection.Évitez d’injecter de l’air dans le filtre. Injecter 200 microlitres d’huile de réaction deux, en suivant la solution mélangée. Tournez le portail d’échantillon du filtre vers le bas et remplacez l’adaptation au lavage par le filtre.Insérez l’aiguille de l’échantillon dans le trou central du couvercle du rotor, puis appuyez sur l’aiguille vers le bas. Cliquez sur le bouton Exécuter à l’écran et choisissez le programme en fonction du kit correspondant. Sélectionnez ensuite Assisté pour cocher toutes les étapes.Cliquez sur Suivant jusqu’à ce que l’exécution soit lancée. La course durera environ 4,5 heures. Sélectionnez Suivant à la fin du programme.Le système lancera un processus de centrifugation de 10 minutes. Après la centrifugation, cliquez sur le bouton Ouvrir le couvercle et déplacez les tubes de collecte vers des racks. Si la procédure ne passe pas à l’étape suivante dans 15 minutes, appuyez sur le spin final pour recentrifuger.Retirez le surnageant dans le tube de collecte, en laissant 100 microlitres de solution dans le tube. Mélanger l’échantillon restant par pipetage et transférer l’échantillon dans le nouveau tube à centrifuger de 1,5 millilitre marqué OT. Lorsque vous pipetez le surnageant, évitez de toucher le fond du tube le long des côtés. Pipeter 100 microlitres d’eau sans nucléase dans chaque tube de collecte et transférer la solution dans le tube OT lavé par pipetage répété.Ajoutez 600 microlitres d’eau sans nucléase au tube OT pour constituer le volume total d’un millilitre. Vortex pendant 30 secondes dans la centrifugeuse à 15 500 fois G pendant huit minutes. Retirer délicatement le surnageant en laissant 100 microlitres de solution dans le tube OT.Utilisez l’embout pour éliminer complètement la couche d’huile. Ajouter 900 microlitres d’eau sans nucléase, vortex pendant 30 secondes et centrifuger à 15 500 fois G pendant huit minutes. Retirez le surnageant jusqu’à ce qu’il reste 20 microlitres de la solution et ajoutez la solution de remise en suspension du gabarit pour constituer le volume de 100 microlitres.Puis vortex pendant 30 secondes et centrifuger brièvement pendant deux secondes. Passez à l’étape suivante dans les 12 heures suivant le traitement de l’échantillon Chargez 100 microlitres de la bibliothèque diluée, 130 microlitres de billes C1, 300 microlitres de trois x solution de lavage à gabarit et 300 microlitres de la solution fondue dans les huit bandes de puits. Installez les huit bandes de puits sur le module d’enrichissement, chargez la pointe de pipetage et placez le tube centrifuge de 200 microlitres en position de collecte.Cliquez sur Démarrer pour exécuter le programme. Pipeter 55 microlitres de la solution échantillon et l’injecter dans le trou d’échantillon de la puce. Placez la puce sur la centrifugeuse.Gardez l’encoche vers l’extérieur et le portail d’échantillon vers l’intérieur. Ensuite, équilibrez-le avec une autre puce usagée et centrifugez pendant 10 minutes. Préparez la solution de chargement comme décrit dans le manuscrit du texte.Soufflez 100 microlitres d’air dans la solution moussante. Pipeter la solution à plusieurs reprises jusqu’à ce que les bulles soient dans un état dense et moussant et maintenir le volume de mousse à environ 250 microlitres. Placez la puce sur le banc après la centrifugeuse.Injectez 100 microlitres de mousse dans le trou de l’échantillon et retirez la solution extrudée dans le portail de sortie. Ensuite, centrifugez brièvement la puce pendant 30 secondes. Répétez ce processus une fois.Injectez 100 microlitres à 50% de tampon de lavage deux fois et retirez la solution extrudée dans le portail de sortie après chaque injection. Injectez ensuite trois fois 100 microlitres à 50% de tampon de recuit et retirez la solution extrudée dans le portail de sortie après chaque injection. Injectez 65 microlitres à 50% de tampon de réaction enzymatique, en évitant les bulles et retirez la solution extrudée dans le portail de sortie.Stabilisez la puce chargée à température ambiante pendant cinq minutes et installez la puce sur le portail de puce du séquenceur. Choisissez le programme planifié, vérifiez les informations et démarrez l’exécution. L’exécution représentative a obtenu un total de données de 17,6 gigaoctets et le taux de charge global de la particule de sphère ionique était de 88% dans le total des puits de la puce.La carte thermique a confirmé la charge uniforme de l’échantillon sur la surface totale de la puce. 77 % du total des lectures étaient utilisables. Tous les puits chargés d’ISP ont montré un enrichissement de modèles de 100% dans lequel 78% étaient clonaux.Sur l’ensemble des modèles clonaux, 97 % ont été qualifiés de bibliothèque finale. La durée moyenne de la lecture était de 177 paires de bases, tandis que la médiane et le mode étaient respectivement de 176 et 174 paires de bases. Les nombres maximaux de thymine, de cytosine et d’adénine dans les gabarits étaient d’environ 76 au-dessus de la ligne de coupure admissible de 50.Dans tous les puits adressables avec des FAI actifs, 99,5 % ont été qualifiés de bibliothèque construite et 20 % des bibliothèques polyclonales et de faible qualité ont été filtrées, tandis que 76,6 % des FAI ont été qualifiés pour une analyse plus approfondie. Le résultat de la variance du nombre de copies d’un seul échantillon a représenté une trisomie mosaïque de 182,16 paires de mégabases de P 16,3 à Q 35,2 sur le chromosome quatre et un segment de monosomie de 33 points de 13 paires de mégabases de Q 11,1 à Q 13,33 sur le chromosome 22. Lors de la sélection des fragments, les intervalles de temps entre les étapes doivent être modifiés en fonction de la taille des échantillons du même lot afin d’éviter le surrisque et le manque d’exposition des échantillons avant et arrière.

Research

JoVE Journal

Genetics

Assessment of DNA Contamination in RNA Samples Based on Ribosomal DNA

Évaluation de la Contamination d’ADN dans les échantillons d’ARN issu de l’ADN ribosomique

One method extensively used for the quantification of gene expression changes and transcript abundances is reverse-transcription quantitative real-time ...

Recherche

Génétique

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

Optimisation et analyse comparative des méthodes d&#39;enrichissement de l&#39;ADN des plantes organiques Convient pour le séquençage de la prochaine génération

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq : Une haut débit basée sur le séquençage Technique d’identification tard reproduisant des régions du génome

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

Ciblé le séquençage Next-generation et bioinformatique Pipeline afin d’évaluer les déterminants génétiques de la maladie constitutionnelle

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing

Amplification de près de provirus pleine longueur de VIH-1 pour l’ordonnancement de prochaine génération

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

High-throughput Identification des séquences régulatrices du gène à l’aide de prochaine génération séquençage du Chromosome circulaire Conformation Capture (4C-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria

Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria

Génie génétique de Dictyostelium discoideum basés sur la sélection et la croissance sur les bactéries

Dictyostelium discoideum is an intriguing model organism for the study of cell differentiation processes during development, cell signaling, and other ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

Séquençage des semi-conducteurs pour les tests génétiques préimplantatoires pour l'anéuploidy

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames

Basé sur la spectrométrie de masse protéomique des Analyses à l’aide de la base de données OpenProt de dévoiler de nouvelles protéines traduit de cadres ouverts de lecture Non canoniques

Genome annotation is central to today's proteomic research as it draws the outlines of the proteomic landscape. Traditional models of open reading frame ...

RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

Séquençage de nouvelle génération d’ARN et pipeline de bioinformatique pour identifier les lignes exprimées au niveau spécifique au locus

Long INterspersed Elements-1 (LINEs/L1s) are repetitive elements that can copy and randomly insert in the genome resulting in genomic instability and ...