Name: pre-implantation genetic testing for aneuploidy on a semiconductor based next-generation sequencing platform
Uploaded: 2022-08-17T12:50:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Pre-Implantation Genetic Testing for Aneuploidy on a Semiconductor Based Next-Generation Sequencing Platform at JoVE.com

झांगयोंग मिंग और श्री रोंगजी होउ को एलआईएमएस विस्तारित एप्लिकेशन पर उनकी सलाह के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं। यह अध्ययन परिवार नियोजन के लिए पीएलए विशेष अनुसंधान परियोजनाओं (17जेएस008, 20जेएसजेड08), चयापचय रोग अनुसंधान की गुआंग्शी कुंजी प्रयोगशाला के फंड (संख्या 20-065-76), और गुआंगज़ौ नागरिक स्वास्थ्य विज्ञान और प्रौद्योगिकी अनुसंधान परियोजना (201803010034) द्वारा समर्थित है।

इस अध्ययन में लागू सभी प्रोटोकॉल और ट्रॉफेक्टोडर्म (टीई) बायोप्सी (1.1.1.1 अनुभाग) की समीक्षा की गई और 18 सितंबर, 2017 को नंबर 924 अस्पताल की मानव अनुसंधान नैतिकता समिति द्वारा अनुमोदित किया गया (नहीं: पीएलए 924-2017-59)। ?...

<ol>
	<li>Driscoll, D. A., Gross, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+practice.+Prenatal+screening+for+aneuploidy.">Clinical practice. Prenatal screening for aneuploidy.</a> The New England Journal of Medicine. 360 (24), 2556-2562 (2009).</li><li>Hassold, T., Hunt, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=To+err+(meiotically)+is+human:+the+genesis+of+human+aneuploidy.">To err (meiotically) is human: the genesis of human aneuploidy.</a> Nature Reviews Genetics. 2 (4), 280-291 (2001).</li><li>Hong, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Embryonic+aneuploidy+rates+are+equivalent+in+natural+cycles+and+gonadotropin-stimulated+cycles.">Embryonic aneuploidy rates are equivalent in natural cycles and gonadotropin-stimulated cycles.</a> Fertility and Sterility. 112 (4), 670-676 (2019).</li><li>Adams, D. R., Eng, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequencing+to+diagnose+suspected+genetic+disorders.">Next-generation sequencing to diagnose suspected genetic disorders.</a> The New England Journal of Medicine. 379 (14), 1353-1362 (2018).</li><li>Merriman, B., Team, I. T., Rothberg, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progress+in+ion+torrent+semiconductor+chip+based+sequencing.">Progress in ion torrent semiconductor chip based sequencing.</a> Electrophoresis. 33 (23), 3397-3417 (2012).</li><li>Quail, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tale+of+three+next+generation+sequencing+platforms:+comparison+of+Ion+Torrent,+Pacific+Biosciences+and+Illumina+MiSeq+sequencers.">A tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers.</a> BMC Genomics. 13 (1), 341 (2012).</li><li>Kane, S. C., Willats, E., Bezerra Maia, E. H. M. S., Hyett, J., da Silva Costa, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-implantation+genetic+screening+techniques:+Implications+for+clinical+prenatal+diagnosis.">Pre-implantation genetic screening techniques: Implications for clinical prenatal diagnosis.</a> Fetal Diagnosis and Therapy. 40 (4), 241-254 (2016).</li><li>Dilliott, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeted+next-generation+sequencing+and+bioinformatics+pipeline+to+evaluate+genetic+determinants+of+constitutional+disease.">Targeted next-generation sequencing and bioinformatics pipeline to evaluate genetic determinants of constitutional disease.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (134), e57266 (2018).</li><li>Ion ReproSeq&#8482; PGS View Kits User Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0016158_IonReproSeqPGSView_UG.pdf">https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0016158_IonReproSeqPGSView_UG.pdf</a> (2017)</li><li>PicoPLEX&#174; Single Cell WGA Kit User Manual. Takara Bio USA Available from: <a target="_blank" href="https://www.takarabio.com/documents/User%20Manual/PicoPLEX%20Single%20Cell%20WGA%20Kit%20User%20Manual/PicoPLEX%20Single%20Cell%20WGA%20Kit%20User%20Manual_112219.pdf">https://www.takarabio.com/documents/User%20Manual/PicoPLEX%20Single%20Cell%20WGA%20Kit%20User%20Manual/PicoPLEX%20Single%20Cell%20WGA%20Kit%20User%20Manual_112219.pdf</a> (2019)</li><li>. Qubit&#174; 3.0 Fluorometer User Guide, Invitrogen by Life Technologies Available from: <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/qubit_3_fluorometer_man.pdf">https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/qubit_3_fluorometer_man.pdf</a> (2014)</li><li>Ion AmpliSeq&#8482; DNA and RNA Library Preparation User Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0006735_AmpliSeq_DNA_RNA_LibPrep_UG.pdf">https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0006735_AmpliSeq_DNA_RNA_LibPrep_UG.pdf</a> (2019)</li><li>Ion OneTouch 2 System User Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0014388_IonOneTouch2Sys_UG.pdf">https://tools.thermofisher.com/contents/sfs/manuals/MAN0014388_IonOneTouch2Sys_UG.pdf</a> (2015)</li><li>Ion Pl Hi-Q OT2 200 Kit User Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0010857_Ion_Pl_HiQ_OT2_200_Kit_UG.pdf">https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/MAN0010857_Ion_Pl_HiQ_OT2_200_Kit_UG.pdf</a> (2017)</li><li>Ion Pl Hi-Q Sequencing 200 Kit User Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/MAN0010947_Ion_Pl_HiQ_Seq_200_Kit_UG.pdf">https://tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/MAN0010947_Ion_Pl_HiQ_Seq_200_Kit_UG.pdf</a> (2017)</li><li>Torrent Suite Software 5.6. Help Guide. Thermo Fisher Scientific Available from: <a target="_blank" href="https://www.thermofisher.com/in/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html">https://www.thermofisher.com/in/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-data-analysis-workflow/ion-torrent-suite-software.html</a> (2017)</li><li>Wiedenhoeft, J., Brugel, E., Schliep, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+Bayesian+inference+of+copy+number+variants+using+Hidden+Markov+models+with+wavelet+compression.">Fast Bayesian inference of copy number variants using Hidden Markov models with wavelet compression.</a> PLoS Computational Biology. 12 (5), 1004871 (2016).</li><li>Rubio, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-implantation+genetic+screening+using+fluorescence+in+situ+hybridization+in+patients+with+repetitive+implantation+failure+and+advanced+maternal+age:+two+randomized+trials.">Pre-implantation genetic screening using fluorescence in situ hybridization in patients with repetitive implantation failure and advanced maternal age: two randomized trials.</a> Fertility and Sterility. 99 (5), 1400-1407 (2013).</li><li>Gleicher, N., Kushnir, V. A., Barad, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preimplantation+genetic+screening+(PGS)+still+in+search+of+a+clinical+application:+a+systematic+review.">Preimplantation genetic screening (PGS) still in search of a clinical application: a systematic review.</a> Reproductive Biology and Endocrinology. 12, 22 (2014).</li><li>Bono, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+a+semiconductor+next-generation+sequencing-based+protocol+for+pre-implantation+genetic+diagnosis+of+reciprocal+translocations.">Validation of a semiconductor next-generation sequencing-based protocol for pre-implantation genetic diagnosis of reciprocal translocations.</a> Prenatal Diagnosis. 35 (10), 938-944 (2015).</li><li>Handyside, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=24-chromosome+copy+number+analysis:+a+comparison+of+available+technologies.">24-chromosome copy number analysis: a comparison of available technologies.</a> Fertility and Sterility. 100 (3), 595-602 (2013).</li><li>Wells, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+utilisation+of+a+rapid+low-pass+whole+genome+sequencing+technique+for+the+diagnosis+of+aneuploidy+in+human+embryos+prior+to+implantation.">Clinical utilisation of a rapid low-pass whole genome sequencing technique for the diagnosis of aneuploidy in human embryos prior to implantation.</a> Journal of Medical Genetics. 51 (8), 553-562 (2014).</li><li>El-Metwally, S., Hamza, T., Zakaria, M., Helmy, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Next-generation+sequence+assembly:+Four+stages+of+data+processing+and+computational+challenges.">Next-generation sequence assembly: Four stages of data processing and computational challenges.</a> PLoS Computational Biology. 9 (12), 1003345 (2013).</li><li>Jennings, L. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+validation+of+next-generation+sequencing-based+oncology+panels:+A+joint+consensus+recommendation+of+the+Association+for+Molecular+Pathology+and+College+of+American+Pathologists.">Guidelines for validation of next-generation sequencing-based oncology panels: A joint consensus recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists.</a> The Journal of Molecular Diagnostics: JMD. 19 (3), 341-365 (2017).</li><li>de Bourcy, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+quantitative+comparison+of+single-cell+whole+genome+amplification+methods.">A quantitative comparison of single-cell whole genome amplification methods.</a> PLoS One. 9 (8), 105585 (2014).</li><li>Fiorentino, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+next-generation+sequencing+technology+for+comprehensive+aneuploidy+screening+of+blastocysts+in+clinical+pre-implantation+genetic+screening+cycles.">Application of next-generation sequencing technology for comprehensive aneuploidy screening of blastocysts in clinical pre-implantation genetic screening cycles.</a> Human Reproduction. 29 (12), 2802-2813 (2014).</li><li>Damerla, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ion+Torrent+sequencing+for+conducting+genome-wide+scans+for+mutation+mapping+analysis.">Ion Torrent sequencing for conducting genome-wide scans for mutation mapping analysis.</a> Mammalian Genome. 25 (3-4), 120-128 (2014).</li><li>Brezina, P. R., Anchan, R., Kearns, W. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preimplantation+genetic+testing+for+aneuploidy:+what+technology+should+you+use+and+what+are+the+differences.">Preimplantation genetic testing for aneuploidy: what technology should you use and what are the differences.</a> Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 33 (7), 823-832 (2016).</li><li>Landrum, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ClinVar:+improving+access+to+variant+interpretations+and+supporting+evidence.">ClinVar: improving access to variant interpretations and supporting evidence.</a> Nucleic Acids Research. 46, 1062-1067 (2018).</li><li>Genomes Project, C, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+global+reference+for+human+genetic+variation.">A global reference for human genetic variation.</a> Nature. 526 (7571), 68-74 (2015).</li><li>McKusick, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mendelian+inheritance+in+man+and+its+online+version,+OMIM.">Mendelian inheritance in man and its online version, OMIM.</a> American Journal of Human Genetics. 80 (4), 588-604 (2007).</li><li>Wang, K., Li, M., Hakonarson, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ANNOVAR:+functional+annotation+of+genetic+variants+from+high-throughput+sequencing+data.">ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data.</a> Nucleic Acids Research. 38 (16), 164 (2010).</li><li>Zhao, M., Zhao, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CNVannotator:+A+comprehensive+annotation+server+for+copy+number+variation+in+the+human+genome.">CNVannotator: A comprehensive annotation server for copy number variation in the human genome.</a> PLoS One. 8 (11), 80170 (2013).</li><li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clinical+application+of+next-generation+sequencing+in+pre-implantation+genetic+diagnosis+cycles+for+Robertsonian+and+reciprocal+translocations.">Clinical application of next-generation sequencing in pre-implantation genetic diagnosis cycles for Robertsonian and reciprocal translocations.</a> Journal of Assisted Reproduction and Genetics. 33 (7), 899-906 (2016).</li><li>Xu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+allele+with+resolved+carrier+status+of+Robertsonian+and+reciprocal+translocation+in+human+pre-implantation+embryos.">Mapping allele with resolved carrier status of Robertsonian and reciprocal translocation in human pre-implantation embryos.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114 (41), 8695-8702 (2017).</li></ol>

भ्रूण का क्रोमोसोमल एन्यूप्लोइडी गर्भावस्था के नुकसान के एक बड़े अनुपात का कारण है, चाहे स्वाभाविक रूप से या इन विट्रो निषेचन (आईवीएफ) में कल्पना की गई हो। आईवीएफ के नैदानिक अभ्यास में, यह प्रस्ताव?...

एन्यूप्लोइडी एक या एक से अधिक अतिरिक्त गुणसूत्रों की उपस्थिति या एक या एक से अधिक गुणसूत्रों की अनुपस्थिति से गुणसूत्रों की संख्या में असामान्यता है। भ्रूण जो कुछ प्रकार के एन्यूप्लोइडी ले जाते हैं, जैसे कि एक एक्स गुणसूत्र (टर्नर सिंड्रोम), ऑटोसोम की अतिरिक्त प्रतियां, जैसे ऑटोसोम 21 (डाउन सिंड्रोम), 13 (पटाऊ सिंड्रोम), और 18 (एडवर्ड्स सिंड्रोम), या अतिरिक्त सेक्स गुणसूत्र जैसे 47, एक्सएक्सवाई (क्लाइनफेल्टर सिंड्रोम) और 47, एक्सएक्सएक्स (ट्रिपल एक्स सिंड्रोम), जन्म दोषके साथ जीवित रह सकते हैं। एन्यूप्लोइडी पहली तिमाही के गर्भपात और इन विट्रो निषेचन (आईवीएफ) विफलता का प्राथमिक कारणहै 2. यह बताया गया है कि आईवीएफ अभ्यास3 में प्राकृतिक चक्र और औषधीय नियंत्रण समूह की विभिन्न आयु परतों के माध्यम से एन्यूप्लोइडी दर 25.4% -84.5% तक हो सकती है।
अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक नैदानिक रूप से आनुवंशिक जानकारी के निर्धारण में बेतहाशा लागू हो रही है; यह दक्षता और उच्च थ्रूपुट के साथ जीनोम अनुक्रम तक व्यावहारिक पहुंच प्रदान करता है। विशेष रूप से, अगली पीढ़ी के अनुक्रमण ने जीनोम 4 में असामान्यता के लिए आनुवंशिक कारकों और परीक्षणों के साथ विकारों के निदान में भी क्रांतिला दी। डिजिटल डेटा में जैव-प्रतिक्रिया अनुक्रमण में रासायनिक संकेतों को सीधे स्थानांतरित करने के लिए अर्धचालक अनुक्रमण तकनीक का उपयोग करते हुए, अर्धचालक-आधारित अनुक्रम प्रणाली 3-7 घंटे 5,6 में अनुक्रम डेटा के लिए एक प्रत्यक्ष, वास्तविक समय का पता लगाने प्रदान करती है।
आईवीएफ प्रक्रिया में, पूर्व-आरोपण आनुवंशिक परीक्षण (पीजीटी) आईवीएफ परिणाम में सुधार करने और नवजात शिशुओं में आनुवंशिक विकारों के जोखिम को कम करने के लिए गर्भाशय में स्थानांतरित होने से पहले भ्रूण की आनुवंशिक प्रोफ़ाइल की जांच करता है। एनजीएस तकनीकों के साथ संयुक्त पीजीटी में, 10 से कम कोशिकाओं से निकाली गई आनुवंशिक सामग्री को पूरे जीनोम प्रवर्धन किट या स्वतंत्र रूप से विकसित पूरे जीनोम प्रवर्धन अभिकर्मक के साथ प्रवर्धित किया जाता है। इसके लिए प्रवर्धन चरण में केवल एक चरण की आवश्यकता होती है और पूरे जीनोम प्रवर्धन उत्पादों को प्राप्त करने के लिए पूर्व-प्रवर्धन की आवश्यकता नहीं होती है। कॉपी नंबर संस्करण और विशेष जीन लोकी अनुक्रमण के लिए प्राइमर या पैनल बनाए गए पुस्तकालय में डिज़ाइन और लागू किए जाते हैं।
एनजीएस में प्री-इम्प्लांटेशन जेनेटिक टेस्टिंग-एन्यूप्लोइडी (पीजीटी-ए) के एक विशिष्ट वर्कफ़्लो में धारावाहिक प्रक्रियाएं शामिल हैं, और प्रयोगशाला कर्मियों के गहन कार्यभार की आवश्यकता होतीहै 8. प्रक्रिया रोल-बैक के कारण कुछ गलत संचालन से प्रयोगशाला के समय और संसाधनों दोनों का अवांछित नुकसान हो सकता है। पीजीएस-एनजीएस वर्कफ़्लो के लिए एक संक्षिप्त और स्पष्ट मानक संचालन प्रक्रिया (एसओपी) सहायक है; हालाँकि, शब्द-प्रारूप प्रोटोकॉल नमूना प्रसंस्करण, डिवाइस हेरफेर और उपकरणों की सेटिंग्स पर अधिक विस्तृत जानकारी प्रस्तुत नहीं कर सकते हैं, जिसे वीडियो प्रोटोकॉल में देखा जा सकता है। इस लेख में, ऑपरेटिंग विवरण के एक विज़ुअलाइज्ड प्रदर्शन के साथ संयुक्त एक मान्य वर्कफ़्लो अर्धचालक अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म पर पीजीटी अभ्यास में अधिक प्रत्यक्ष और सहज ज्ञान युक्त संदर्भ प्रोटोकॉल प्रदान कर सकता है।
यहां प्रोटोकॉल एक विधि का वर्णन करता है जो समानांतर में 16 भ्रूण बायोप्सी तक बैचिंग का समर्थन करता है। बड़े बैचों के लिए, अर्धचालक अनुक्रमण के लिए एक वाणिज्यिक किट-आधारित प्रोटोकॉल का उपयोग करने की सिफारिश की जाती है, जैसे कि रिप्रोस-पीजीएस।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.45 &#956;m Syringe Filter Unit</td>
			<td>Merkmillipore</td>
			<td>Millex-HV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.5 mL DNA LoBind Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 mL tubes</td>
			<td>Greiner Bio-One</td>
			<td>188261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 mLDNA LoBind Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108078</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL tubes</td>
			<td>Greiner Bio-One</td>
			<td>227261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5x Anstart Taq Buffer (Mg2+ Plus)</td>
			<td>FAPON</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Anstart Tap DNA Polymerase</td>
			<td>FAPON</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMPure XP reagent (magnetic beads for dna binding)</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>A63881</td>
			<td>https://www.beckman.com/reagents/genomic/cleanup-and-size-selection/pcr/a63881</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Lysis buffer</td>
			<td>Southern Medical University</td>
			<td></td>
			<td>Cell lysis buffer containing 40 mM Tris (pH 8), 100 mM NaCl, 2 mM EDTA, 1 mM ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA), 1% (v/v) Triton X-100, 5 mM sodium pyrophosphate, 2 mM &#946;-glycerophosphate, 0.1% SDS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ClinVar</td>
			<td>NCBI</td>
			<td></td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DNA elution buffer</td>
			<td>NEB</td>
			<td>T1016L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP</td>
			<td>Vazyme</td>
			<td>P031-AA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DynaMag-2 Magnet</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>12321D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethyl alcohol</td>
			<td>Guangzhou Chemical Reagent Factory Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>http://www.chemicalreagent.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Independently developed whole genome amplification reagents</td>
			<td>Southern Medical University</td>
			<td></td>
			<td>The reagents consist of the following components: 
			1. Cell Lysis 
			2. Amplification Pre-mixed solution 
			&#160;&#160;&#160; 1) Primer WGA-P2 (10 &#956;M) 
			&#160;&#160;&#160; 2) dNTP (10 mM) 
			&#160;&#160;&#160; 3) 5x Anstart Taq Buffer (Mg2+ Plus) 
			3. Amplification Enzyme 
			&#160;&#160;&#160; 1) Anstart Tap DNA Polymerase (5 U/&#956;L)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q OT2 200 Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A26434</td>
			<td>Kit mentioned in step 4.2.8</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion PI Hi-Q Sequencing 200 Kit&#160;&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A26433</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Proton System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4476610</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion Reporter Server System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4487118</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>isopropanol</td>
			<td>Guangzhou Chemical Reagent Factory</td>
			<td></td>
			<td>http://www.chemicalreagent.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Library Preparation Kit</td>
			<td>Daan Gene Co., Ltd</td>
			<td>114</td>
			<td>https://www.daangene.com/pt/certificate.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5881-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-Free Water</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>AM9932</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oligo WGA-P2</td>
			<td>Sangon Biotech</td>
			<td></td>
			<td>5&#39;-ATGGTAGTCCGACTCGAGNNNN 
			NNNNATGTGG-3&#39;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OneTouch 2 System</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4474779</td>
			<td>&#160;Template amplification and enrichment system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>Axygen</td>
			<td>PCR-02D-C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PicoPLEX WGA Kit</td>
			<td>Takara Bio USA</td>
			<td>R300671</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips</td>
			<td>Quality Scientific Products</td>
			<td></td>
			<td>https://www.qsptips.com/products/standard_pipette_tips.aspx</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Portable Mini Centrifuge LX-300</td>
			<td>Qilinbeier</td>
			<td>E0122</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 3.0 Fluorometer</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q33216</td>
			<td>Fluorometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit Assay Tubes</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q32856</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>Q32851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencer server system</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td>Torrent Suite Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing Reactions Universal Kit</td>
			<td>Daan Gene Co., Ltd</td>
			<td>113</td>
			<td>https://www.daangene.com/pt/certificate.html 
			This kit contains the following components: 
			1. Template Preparation Kit Set 
			 
			1.1 Template Preparation Kit: 
			Emulsion PCR buffer 
			Emulsion PCR enzyme mix 
			Template carrier solution 
			 
			1.2 Template Preparation solutions: 
			Template preparation reaction oil I 
			emulsifier breaking solution II 
			Template Preparation Reaction Oil II 
			Nuclease-free water 
			Tween solution 
			Demulsification solution I 
			Template washing solution 
			C1 bead washing solution 
			C1 bead resuspension solution 
			Template resuspension solution 
			 
			1.3 Template Preparation Materials: 
			Reagent tube I 
			connector 
			Collection tube 
			Reagent tube pipette I 
			Amplification plate 
			8 wells strip 
			Dedicated tips 
			Template preparation washing adapter 
			Template preparation filter 
			 
			2. Sequencing Kit Set 
			 
			2.1 Sequencing Kit: 
			dGTP 
			dCTP 
			dATP 
			dTTP 
			Sequencing enzyme solution 
			Sequencing primers 
			Quality control templates 
			 
			2.2&#160; Sequencing Solutions: 
			Sequencing solution II 
			Sequencing solution IIII 
			Annealing buffer 
			Loading buffer 
			Foaming agent 
			Chlorine tablets 
			C1 bead 
			 
			2.3 Sequencing Materials: 
			Reagent Tube II 
			Reagent tube cap 
			Reagent tube sipper&#160; II 
			Reagent bottle sipper 
			Reagent bottles 
			 
			3. Chip</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>72068-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermal Cycler</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>4375786</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

pre-implantation genetic testing for aneuploidy on a semiconductor based next-generation sequencing platform

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण ने आनुवंशिक वेरिएंट के निर्धारण में नैदानिक अनुप्रयोग में बढ़ते महत्व को प्राप्त किया है। प्री-इम्प्लांटेशन जेनेटिक टेस्ट में, इस तकनीक के स्केलेबिलिटी, थ्रूपुट और लागत में इसके अनूठे फायदे हैं। एन्यूप्लोइडी विश्लेषण के लिए पूर्व-आरोपण आनुवंशिक परीक्षण के लिए, यहां प्रस्तुत अर्धचालक-आधारित अगली पीढ़ी अनुक्रमण (एनजीएस) प्रणाली 8 एमबी के न्यूनतम रिज़ॉल्यूशन पर संरचनात्मक आनुवंशिक वेरिएंट निर्धारित करने के लिए एक व्यापक दृष्टिकोण प्रदान करती है। नमूना अधिग्रहण से लेकर अंतिम रिपोर्ट तक, कार्य प्रक्रिया को प्रोटोकॉल के करीब पालन के साथ कई चरणों की आवश्यकता होती है। चूंकि विभिन्न महत्वपूर्ण कदम प्रवर्धन के परिणाम, पुस्तकालय की गुणवत्ता, पढ़ने के कवरेज और डेटा के आउटपुट को निर्धारित कर सकते हैं, शब्दों के अलावा दृश्य प्रदर्शन के साथ वर्णनात्मक जानकारी ऑपरेशन और हेरफेर के लिए अधिक विवरण प्रदान कर सकती है, जिसका सभी महत्वपूर्ण चरणों के परिणामों पर बहुत प्रभाव पड़ सकता है। यहां प्रस्तुत विधियां बायोप्सीड ट्रोफेक्टोडर्म (टीई) कोशिकाओं, जीनोमिक लाइब्रेरी निर्माण, सीक्वेंसर प्रबंधन और अंत में, कॉपी नंबर वेरिएंट की रिपोर्ट उत्पन्न करने के पूरे जीनोम प्रवर्धन (डब्ल्यूजीए) में शामिल प्रक्रियाओं को प्रदर्शित करेंगी।

जैसा कि मशीन में चल रही प्रक्रिया के बाद अनुक्रम योजना समाप्त हो जाती है, अनुक्रम सर्वर सिस्टम उत्पन्न डेटा, चिप स्थिति, आईएसपी लोडिंग दर और पुस्तकालय की गुणवत्ता की वर्णनात्मक जानकारी के साथ सारांश क?...

Watch this Scientific Journal Video about Pre-Implantation Genetic Testing for Aneuploidy on a Semiconductor Based Next-Generation Sequencing Platform at JoVE.com

Pre-Implantation Genetic Testing for Aneuploidy on a Semiconductor Based Next-Generation Sequencing Platform

प्रोटोकॉल अर्धचालक-आधारित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण मंच पर एन्यूप्लोइडी के लिए पूर्व-आरोपण आनुवंशिक परीक्षण में आवश्यक समग्र इन-लैब प्रक्रियाओं को प्रस्तुत करता है। यहां हम प्रतिनिधि परिणामों के साथ पूरे जीनोम प्रवर्धन, डीएनए टुकड़ा चयन, पुस्तकालय निर्माण, टेम्पलेट तैयारी और अनुक्रमण कार्य प्रवाह के विस्तृत चरण प्रस्तुत करते हैं।

सेमीकंडक्टर आधारित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण मंच पर एन्यूप्लोइडी के लिए प्री-इम्प्लांटेशन जेनेटिक टेस्टिंग

Next-generation sequencing has gained increasing importance in the clinical application in the determination of genetic variants. In the pre-implantation ...

यह प्रोटोकॉल एक अर्धचालक आधारित अगली पीढ़ी अनुक्रमण मंच पर एन्यूप्लोइडी के लिए पूर्व-प्रत्यारोपण आनुवंशिक परीक्षण में एकल सेल प्रवर्धन से अंतिम रिपोर्टिंग डेटा तक की प्रक्रिया प्रस्तुत करता है। यह प्रक्रिया दर्शकों को पीजीटी-ए अनुक्रमण के प्रयोगात्मक वर्कफ़्लो की अच्छी समझ रखने में मदद कर सकती है और अर्धचालक आधारित एनजीएस प्लेटफॉर्म के साथ नैदानिक प्रयोगशाला में इस तकनीक को दोहरा सकती है। पूरे जीनोम प्रवर्धन उत्पादों के 25 माइक्रोलीटर पाइपिंग करके शुरू करें और उन्हें न्यूक्लियस मुक्त पानी के 25 माइक्रोलीटर के साथ प्रीलोडेड 1.5 मिलीलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब में स्थानांतरित करें।भंवर और डीएनए शुद्धि मोती मिश्रण। प्रत्येक नमूना ट्यूब में इस समाधान के 50 माइक्रोलीटर विभाज्य। भंवर और अपकेंद्रित्र पांच सेकंड के लिए संक्षेप में।डीएनए बाध्यकारी प्रक्रिया के लिए कमरे के तापमान पर पांच मिनट के लिए ट्यूब सेट करें। एक चुंबकीय रैक में 1.5 मिलीलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब डालें। फिर, तब तक प्रतीक्षा करें जब तक कि सभी चुंबकीय मोती ट्यूब की साइड की दीवार की ओर आकर्षित न हों।ध्यान से सतह पर तैरनेवाला एक नए 1.5 मिलीलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब में स्थानांतरण। मोतियों को बाहर निकालने से बचें। मूल नमूना मात्रा के अनुसार।पांच सेकंड के लिए संक्षेप में चुंबकीय मोती, भंवर और अपकेंद्रित्र के पिपेट 30 माइक्रोलीटर। डीएनए बाध्यकारी प्रक्रिया के लिए कमरे के तापमान पर पांच मिनट के लिए ट्यूब सेट करें। चुंबकीय रैक में 1.5 मिलीमीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब डालें।फिर, तब तक प्रतीक्षा करें जब तक कि सभी चुंबकीय मोती ट्यूब की साइड की दीवार की ओर आकर्षित न हों। ध्यान से सतह पर तैरनेवाला निकालें और त्यागें। मोतियों को बाहर निकालने से बचें।पिपेट 1.5 मिलीलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब में 70% इथेनॉल के 300 माइक्रोलीटर। फिर धीरे-धीरे ट्यूब को 180 डिग्री के कोण पर दो बार घुमाएं और मोतियों को पूरी तरह से धोने के लिए ट्यूब की दीवार के साथ ले जाएं। पिपेट और सतह पर तैरनेवाला त्यागें।मोतियों को बाहर निकालने से बचें। धोने की प्रक्रिया को एक बार दोहराएं। स्वच्छ कार्यक्रम पूरा होने के बाद सिस्टम में एक नई प्रवर्धन प्लेट रखें।संग्रह ट्यूब डालें, प्रत्येक रोटर में समाधान दो तोड़ने वाले 150 माइक्रोलीटर के साथ प्रीफिल्ड, फिर पुल को संग्रह ट्यूबों पर रखें। ट्यूब के आधे हिस्से में प्रतिक्रिया तेल और ट्यूब के एक तिहाई हिस्से में पायसीकारी तोड़ने वाले समाधान को जोड़ें। ऊपर की ओर स्थित नमूना पोर्टल के साथ एक ट्यूब रैक पर टेम्पलेट तैयारी के लिए एक नया फिल्टर रखें।पांच सेकंड के लिए समाधान भंवर और पांच सेकंड के लिए संक्षेप में अपकेंद्रित्र। फिर तीन बार 800 माइक्रोलीटर पाइप करने के बाद समाधान को फिल्टर के नमूना पोर्टल में स्थानांतरित करें। पिछले इंजेक्शन से पहले बुलबुले को कम करने के लिए ट्यूब अपकेंद्रित्र।फिल्टर में हवा इंजेक्ट करने से बचें। मिश्रित समाधान के बाद प्रतिक्रिया तेल दो के 200 माइक्रोलीटर इंजेक्ट करें। फ़िल्टर के नमूना पोर्टल को नीचे की ओर घुमाएं और धोने के अनुकूलन को फ़िल्टर के साथ बदलें।रोटर ढक्कन के केंद्र छेद में नमूना सुई डालें और फिर सुई को नीचे दबाएं। स्क्रीन पर रन बटन पर क्लिक करें और संबंधित किट के अनुसार प्रोग्राम चुनें। फिर सभी चरणों की जांच करने के लिए सहायता का चयन करें।रन शुरू होने तक नेक्स्ट पर क्लिक करें। इस दौड़ को पूरा होने में लगभग 4.5 घंटे लगेंगे। प्रोग्राम समाप्त होने पर अगला चुनें।सिस्टम 10 मिनट की सेंट्रीफ्यूजेशन प्रक्रिया शुरू करेगा। सेंट्रीफ्यूजेशन के बाद, ओपन लिड बटन पर क्लिक करें और संग्रह ट्यूबों को रैक में ले जाएं। यदि प्रक्रिया 15 मिनट में अगले चरण में नहीं जाती है, तो पुन: अपकेंद्रित्र के लिए अंतिम स्पिन पर दबाएं।ट्यूब में समाधान के 100 माइक्रोलीटर छोड़कर, संग्रह ट्यूब में सतह पर तैरनेवाला निकालें। पाइपिंग द्वारा शेष नमूने को मिलाएं और नमूने को नए 1.5 मिलीलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब चिह्नित ओटी में स्थानांतरित करें। सतह पर तैरनेवाला पाइप करते समय, पक्षों के साथ ट्यूब के नीचे छूने से बचें। पिपेट प्रत्येक संग्रह ट्यूब में न्यूक्लियस मुक्त पानी के 100 माइक्रोलीटर और दोहराया विंदुक द्वारा धोया ओटी ट्यूब के लिए समाधान हस्तांतरण।एक मिलीलीटर की कुल मात्रा बनाने के लिए ओटी ट्यूब में न्यूक्लियस मुक्त पानी के 600 माइक्रोलीटर जोड़ें। आठ मिनट के लिए 15, 500 गुना जी पर अपकेंद्रित्र में 30 सेकंड के लिए भंवर। धीरे ओटी ट्यूब में समाधान के 100 माइक्रोलीटर छोड़ सतह पर तैरनेवाला हटा दें।तेल की परत को पूरी तरह से त्यागने के लिए टिप का उपयोग करें। न्यूक्लियस मुक्त पानी के 900 माइक्रोलीटर जोड़ें, 30 सेकंड के लिए भंवर और आठ मिनट के लिए 15, 500 गुना जी पर अपकेंद्रित्र जोड़ें। समाधान के 20 माइक्रोलीटर रहने तक सतह पर तैरनेवाला निकालें और 100 माइक्रोलीटर की मात्रा बनाने के लिए टेम्पलेट पुन: निलंबित समाधान जोड़ें।फिर 30 सेकंड के लिए भंवर और दो सेकंड के लिए संक्षेप में अपकेंद्रित्र। नमूना प्रसंस्करण के 12 घंटे के भीतर अगले चरण के लिए आगे बढ़ें पतला पुस्तकालय के 100 माइक्रोलीटर लोड करें, सी 1 मोतियों के 130 माइक्रोलीटर, तीन एक्स टेम्पलेट धोने के समाधान के 300 माइक्रोलीटर, और आठ अच्छी तरह से स्ट्रिप्स के समाधान के 300 माइक्रोलीटर। संवर्धन मॉड्यूल पर आठ अच्छी तरह से स्ट्रिप्स स्थापित करें, पाइपिंग टिप लोड करें, और संग्रह की स्थिति में 200 माइक्रोलीटर अपकेंद्रित्र ट्यूब सेट करें।प्रोग्राम चलाने के लिए स्टार्ट पर क्लिक करें। नमूना समाधान के पिपेट 55 माइक्रोलीटर और चिप के नमूना छेद में इसे इंजेक्ट करें। अपकेंद्रित्र पर चिप सेट करें।पायदान को बाहर की ओर और नमूना पोर्टल को अंदर रखें। फिर, इसे 10 मिनट के लिए एक और उपयोग की गई चिप और अपकेंद्रित्र के साथ संतुलित करें। पाठ पांडुलिपि में वर्णित के रूप में लोडिंग समाधान तैयार करें।फोमिंग समाधान में हवा के 100 माइक्रोलीटर उड़ाएं। विंदुक समाधान बार-बार जब तक बुलबुले एक घने, फोमिंग अवस्था में हैं और फोम मात्रा लगभग 250 माइक्रोलीटर रखने के लिए। अपकेंद्रित्र के बाद बेंच पर चिप रखें।नमूना छेद में फोम के 100 माइक्रोलीटर इंजेक्ट करें और बाहर पोर्टल में एक्सट्रूडेड समाधान को हटा दें। फिर, चिप को 30 सेकंड के लिए संक्षेप में अपकेंद्रित्र करें। इस प्रक्रिया को एक बार दोहराएं।50% धोने के बफर पर 100 माइक्रोलीटर को दो बार इंजेक्ट करें और प्रत्येक इंजेक्शन के बाद आउट पोर्टल में एक्सट्रूडेड समाधान को हटा दें। फिर 50% एनीलिंग बफर पर 100 माइक्रोलीटर को तीन बार इंजेक्ट करें और प्रत्येक इंजेक्शन के बाद आउट पोर्टल में एक्सट्रूडेड समाधान को हटा दें। 50% एंजाइम प्रतिक्रिया बफर पर 65 माइक्रोलीटर इंजेक्ट करें, बुलबुले से बचें और आउट पोर्टल में एक्सट्रूडेड समाधान को हटा दें।पांच मिनट के लिए कमरे के तापमान पर लोड चिप को स्थिर करें और सीक्वेंसर चिप पोर्टल पर चिप स्थापित करें। नियोजित प्रोग्राम चुनें जानकारी की जाँच करें और रन शुरू करें। प्रतिनिधि रन ने कुल 17.6 गीगाबाइट डेटा प्राप्त किया और चिप के कुल कुओं में आयन क्षेत्र कण की समग्र लोडिंग दर 88% थी।गर्मी के नक्शे ने कुल चिप क्षेत्र पर भी नमूना लोडिंग की पुष्टि की। कुल पढ़ने का 77% प्रयोग करने योग्य था। आईएसपी से भरे सभी कुओं ने 100% टेम्पलेट्स संवर्धन दिखाया जिसमें 78% क्लोनल थे।सभी क्लोनल टेम्पलेट्स में से 97% अंतिम पुस्तकालय के रूप में योग्य थे। पढ़ने की औसत लंबाई 177 बेस जोड़े थी, जबकि माध्यिका और मोड क्रमशः 176 और 174 बेस जोड़े थे। टेम्पलेट्स में थाइमिन, साइटोसिन और एडेनिन की पीक गिनती 50 की योग्य कटऑफ लाइन पर लगभग 76 थी।लाइव आईएसपी के साथ सभी एड्रेसेबल कुओं में 99.5% निर्मित पुस्तकालय के रूप में योग्य थे और 20% पॉलीक्लोनल और निम्न गुणवत्ता वाले पुस्तकालयों को फ़िल्टर किया गया था, जबकि 76.6% आईएसपी आगे के विश्लेषण के लिए योग्य थे। एक एकल नमूने से कॉपी संख्या विचरण के परिणाम ने गुणसूत्र चार पर पी 16.3 से क्यू 35.2 के 182.16 मेगाबेस जोड़े मोज़ेक ट्राइसॉमी और गुणसूत्र 22 पर क्यू 11.1 से क्यू 13.33 के 33 बिंदु 13 मेगाबेस जोड़े मोनोसोमी सेगमेंट को दर्शाया। टुकड़ा चयन करते समय, चरणों के बीच समय अंतराल को एक ही बैच में नमूनों के आकार के अनुसार संशोधित किया जाना चाहिए ताकि सामने और पीछे के अंत के नमूनों के लिए जोखिम की कमी को रोका जा सके।

Research

JoVE Journal

Genetics

Assessment of DNA Contamination in RNA Samples Based on Ribosomal DNA

राइबोसोमल डीएनए के आधार पर आरएनए नमूनों में डीएनए संदूषण का आकलन

One method extensively used for the quantification of gene expression changes and transcript abundances is reverse-transcription quantitative real-time ...

Optimization and Comparative Analysis of Plant Organellar DNA Enrichment Methods Suitable for Next-generation Sequencing

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए उपयुक्त प्लांट ऑगेलरल डीएनए संवर्धन के तरीके का अनुकूलन और तुलनात्मक विश्लेषण

Plant organellar genomes contain large, repetitive elements that may undergo pairing or recombination to form complex structures and/or sub-genomic ...

G2-seq: A High Throughput Sequencing-based Technique for Identifying Late Replicating Regions of the Genome

G2-seq: जीनोम के देर से नकल क्षेत्रों की पहचान करने के लिए एक उच्च प्रवाह अनुक्रमण आधारित तकनीक

Numerous techniques have been developed to follow the progress of DNA replication through the S phase of the cell cycle. Most of these techniques have ...

Targeted Next-generation Sequencing and Bioinformatics Pipeline to Evaluate Genetic Determinants of Constitutional Disease

संवैधानिक रोग के आनुवंशिक निर्धारकों का मूल्यांकन करने के लिए लक्षित अगली पीढ़ी के अनुक्रमण और Bioinformatics पाइपलाइन

Next-generation sequencing (NGS) is quickly revolutionizing how research into the genetic determinants of constitutional disease is performed. The ...

Amplification of Near Full-length HIV-1 Proviruses for Next-Generation Sequencing

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए निकट पूर्ण लंबाई एचआईवी-1 वायरस के प्रवर्धन

The Full-Length Individual Proviral Sequencing (FLIPS) assay is an efficient and high-throughput method designed to amplify and sequence single, near ...

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture (4C-seq)

High-throughput Identification of Gene Regulatory Sequences Using Next-generation Sequencing of Circular Chromosome Conformation Capture 4C-seq

परिपत्र गुणसूत्र अनुरूप कब्जा की अगली पीढ़ी के अनुक्रमण का उपयोग जीन विनियामक अनुक्रम का उच्च प्रवाह पहचान (4c-seq)

The identification of regulatory elements for a given target gene poses a significant technical challenge owing to the variability in the positioning and ...

Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria

Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria

बैक्टीरिया पर चयन और विकास के आधार पर Dictyostelium discoideum कोशिकाओं की जेनेटिक इंजीनियरिंग

Dictyostelium discoideum is an intriguing model organism for the study of cell differentiation processes during development, cell signaling, and other ...

Semiconductor Sequencing for Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy

एनेउप्लॉयडी के लिए प्रीमेंप्लांटेशन जेनेटिक टेस्टिंग के लिए सेमीकंडक्टर अनुक्रमण

Chromosomal aneuploidy, one of the main causes leading to embryonic development arrest, implantation failure, or pregnancy loss, has been well documented ...

Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames

मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित Proteomics विश्लेषण OpenProt डेटाबेस का उपयोग कर उपन्यास प्रोटीन गैर-विहित ओपन रीडिंग फ्रेम्स से अनुवादित

Genome annotation is central to today's proteomic research as it draws the outlines of the proteomic landscape. Traditional models of open reading frame ...

RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

आरएनए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण और एक Bioसूचनातंत्र पाइप लाइन व्यक्त की पहचान करने के लिए-Locus-विशिष्ट स्तर पर 1s

Long INterspersed Elements-1 (LINEs/L1s) are repetitive elements that can copy and randomly insert in the genome resulting in genomic instability and ...