Name: organic solvent-based protein precipitation for robust proteome purification ahead of mass spectrometry
Uploaded: 2022-02-07T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Organic Solvent-Based Protein Precipitation for Robust Proteome Purification Ahead of Mass Spectrometry at JoVE.com

Dette arbejde blev finansieret af Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada. Forfatterne takker Bioinformatics Solutions Inc. (Waterloo, Canada) og SPARC BioCentre (Molecular Analysis) på Hospital for Sick Children (Toronto, Canada) for deres bidrag til erhvervelsen af MS-data.

1. Materielle overvejelser og prøveforberedelse
<ol><li>Brug kun opløsningsmidler med høj renhed (acetone, chloroform, methanol) (>99,5%) og kemikalier, fri for overskydende fugt.</li>
	<li>Forbered natriumchlorid- og zinksulfatopløsninger (1 M) i vand. BEMÆRK: Saltopløsninger kan opbevares på ubestemt tid ved stuetemperatur, så længe de er fri for forurenende eller mikrobiel vækst.</li>
	<li>Brug det mindste hætteglas med polypropylen (PP) mikrocentrifuge, der er tilstrækkeligt til at b...

Optimal MS-karakterisering opnås, når resterende SDS er udtømt under 10 ppm. Mens alternative tilgange, såsom FASP og fordøjelse på perler, tilbyder kvantitativ SDS-udtømning med variabel genopretning 31,32,33, er det primære mål med nedbør at maksimere renhed og udbytte samtidigt. Dette afhænger af effektiv isolering af supernatanten (indeholdende SDS) uden at forstyrre proteinpillen. Med hætteglasbaseret nedbør, n...

Proteomanalyse ved massespektrometri er blevet stadig strengere på grund af den forbedrede følsomhed, opløsning, scanningshastighed og alsidighed af moderne MS-instrumenter. Ms-fremskridt bidrager til større proteinidentifikationseffektivitet og mere præcis kvantificering 1,2,3,4,5. Med forbedret MS-instrumentering kræver forskere en tilsvarende konsistent front-end-prøveforberedelsesstrategi, der er i stand til kvantitativ genopretning af proteiner med høj renhed på minimal tid på tværs af alle faser af arbejdsgangen 6,7,8,9,10,11 . For nøjagtigt at afspejle et biologisk systems proteomstatus skal proteiner isoleres fra den oprindelige prøvematrix på en effektiv og upartisk måde. Til dette formål sikrer herunder et denaturerende overfladeaktivt stof, såsom natriumdodecylsulfat (SDS), effektiv proteinekstraktion og opløseliggørelse12. SDS forstyrrer imidlertid kraftigt elektrosprayionisering, hvilket forårsager alvorlig MS-signalundertrykkelse, hvis den ikke elimineres korrekt13.
Forskellige SDS-udtømningsstrategier er tilgængelige til efterfølgende proteomanalyse, såsom retention af proteiner over et molekylærvægtafskæringsfilter indeholdt i engangsspinpatroner 14,15,16. Den filterstøttede prøveforberedelsesmetode (FASP) foretrækkes, da den effektivt udtømmer SDS under 10 ppm, hvilket letter optimal MS. Proteingenvinding med FASP er imidlertid variabel, hvilket førte til udforskning af andre teknikker. Kromatografiske tilgange, der selektivt fanger protein (eller overfladeaktivt stof), har udviklet sig til forskellige praktiske patroner eller perlebaserede formater 17,18,19,20,21. I betragtning af disse enkle og (ideelt set) konsistente strategier til proteinrensning overses den klassiske tilgang til proteinudfældning med organiske opløsningsmidler ofte som en lovende tilgang til proteinisolering. Mens udfældning af opløsningsmidler har vist sig at nedbryde SDS under kritiske niveauer med succes, har proteingenvinding længe været en bekymring for denne tilgang. Flere grupper har observeret en proteingendannelsesbias med uacceptabelt lave nedbørsudbytter som funktion af proteinkoncentration, molekylvægt og hydrofobicitet22,23. På grund af mangfoldigheden af nedbørsprotokoller, der er rapporteret i litteraturen, blev der udviklet standardiserede nedbørsforhold. I 2013 rapporterede Crowell et al. først afhængigheden af ionstyrke på udfældningseffektiviteten af proteiner i 80% acetone24. For alle undersøgte proteiner viste tilsætning af op til 30 mM natriumchlorid sig at være afgørende for at maksimere udbyttet (op til 100% genopretning). For nylig viste Nickerson et al., at kombinationen af endnu højere ionstyrke (op til 100 mM) med forhøjet temperatur (20 ° C) under acetoneudfældning gav næsten kvantitativ genopretning i 2-5 min25. Et lille fald i genopretningen af proteiner med lav molekylvægt (LMW) blev observeret. Derfor demonstrerede en efterfølgende rapport fra Baghalabadi et al. den vellykkede genopretning af LMW-proteiner og peptider (≤5 kDa) ved at kombinere specifikke salte, især zinksulfat, med et højere niveau af organisk opløsningsmiddel (97% acetone)26.
Mens raffinering af udfældningsprotokollen giver en mere pålidelig proteinrensningsstrategi for MS-baseret proteomics, afhænger succesen med konventionel nedbør stærkt af brugerteknik. Et primært mål med dette arbejde er at præsentere en robust nedbørsstrategi, der letter isoleringen af proteinpellet fra den forurenende supernatant. En engangsfiltreringspatron blev udviklet til at eliminere pipettering ved at isolere aggregeret protein over et porøst PTFE-membranfilter27. MS-interfererende komponenter i supernatanten fjernes effektivt i et kort centrifugeringstrin med lav hastighed. Engangsfilterpatronen tilbyder også en udskiftelig SPE-patron, som letter efterfølgende prøveoprydning efter resolubilisering og valgfri proteinfordøjelse forud for massespektrometri.
En række anbefalede proteomudfældningsarbejdsgange præsenteres her, herunder modificeret acetone og chloroform / methanol / vand28 protokoller, i et konventionelt (hætteglasbaseret) og et halvautomatisk format i en engangs to-tilstandsfiltrerings- og ekstraktionspatron. De resulterende proteingenvindinger og SDS-udtømningseffektivitet fremhæves sammen med bottom-up LC-MS / MS proteomdækning for at demonstrere det forventede resultat fra hver protokol. De praktiske fordele og ulemper forbundet med hver tilgang diskuteres.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Acetone</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >AC177170010</td>
			<td >&#8804;0.002 % aldehyde</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Acetonitrile</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >A998-4</td>
			<td >HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Ammonium Bicarbonate</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td>A6141-1KG</td>
			<td >solid</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Beta mercaptoethanol</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td>M3148-25ML</td>
			<td >Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Bromophenol blue</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td>B8026-5G</td>
			<td >Bromophenol blue sodium salt</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Chloroform</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >C298-400</td>
			<td >Chloroform</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Formic Acid</td>
			<td >Honeywell</td>
			<td >56302</td>
			<td >Eluent additive for LC-MS</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fusion Lumos Mass Spectrometer</td>
			<td >ThermoFisher Scientific</td>
			<td ></td>
			<td >for analysis of standard protein mixture</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glycerol</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td >356352-1L-M</td>
			<td >For molecular biology, &#62; 99%</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Isopropanol</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >A4641</td>
			<td >HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Methanol</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >A452SK-4</td>
			<td >HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microcentrifuge</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >75-400-102</td>
			<td >up to 21,000 xg</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microcentrifuge Tube (1.5 mL)</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >05-408-130</td>
			<td >tapered bottom</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Microcentrifuge Tube&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; (2 mL)</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >02-681-321</td>
			<td >rounded bottom</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micropipette Tips&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; (0.1-10 &#956;L)</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >21-197-28</td>
			<td >Universal pipet tip, non-sterile</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micropipette Tips&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; (1-200 &#956;L)</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >07-200-302</td>
			<td >Universal pipet tip, non-sterile</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micropipette Tips&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; (200-1000 &#956;L)</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >07-200-303</td>
			<td >Universal pipet tip, non-sterile</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Micropipettes</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >13-710-903</td>
			<td >Micropipet Trio pack</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Pepsin</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td>P0525000</td>
			<td >Lyophilized powder,&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; &#62;3200 units/ mg</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ProTrap XG</td>
			<td >Proteoform Scientific</td>
			<td >PXG-0002</td>
			<td >50 complete units per box</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium Chloride</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td >S9888-1KG</td>
			<td >ACS reagent, &#62;99 %</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium Dodecyl Sulfate</td>
			<td >ThermoFisher Scientific</td>
			<td >28312</td>
			<td >powdered solid</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >timsTOF Pro Mass Spectrometer</td>
			<td >Bruker</td>
			<td ></td>
			<td >for analysis of liver proteome extract</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trifluoroacetic Acid</td>
			<td >ThermoFisher Scientific</td>
			<td >L06374.AP</td>
			<td >99%</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tris</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >BP152-500</td>
			<td >Molecular biology grade</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trypsin</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td >9002-07-7</td>
			<td >From bovine pancreas, TPCK-treated</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Urea</td>
			<td >Bio-Rad</td>
			<td >1610731</td>
			<td >solid</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Water (deionized)</td>
			<td>Sartorius Arium Mini Water Purification System</td>
			<td>76307-662</td>
			<td >Type 1 ultrapure (18.2 M&#937; cm)</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Zinc Sulfate</td>
			<td >Millipore Sigma</td>
			<td>307491-100G</td>
			<td >solid</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

organic solvent-based protein precipitation for robust proteome purification ahead of mass spectrometry

Mens flere fremskridt inden for massespektrometri (MS) instrumenter har forbedret kvalitativ og kvantitativ proteomanalyse, er mere pålidelige front-end-tilgange til at isolere, berige og behandle proteiner foran MS afgørende for en vellykket proteomkarakterisering. Lav, inkonsekvent proteingenvinding og resterende urenheder såsom overfladeaktive stoffer er skadelige for MS-analyse. Proteinudfældning betragtes ofte som upålidelig, tidskrævende og teknisk udfordrende at udføre sammenlignet med andre prøveforberedelsesstrategier. Disse bekymringer overvindes ved at anvende optimale proteinudfældningsprotokoller. For acetoneudfældning er kombinationen af specifikke salte, temperaturregulering, opløsningsmiddelsammensætning og udfældningstid kritisk, mens effektiviteten af chloroform / methanol / vandudfældning afhænger af korrekt pipettering og hætteglasmanipulation. Alternativt er disse nedbørsprotokoller strømlinede og halvautomatiske i en engangsspinpatron. De forventede resultater af opløsningsmiddelbaseret proteinudfældning i det konventionelle format og ved hjælp af en engangsfiltrerings- og ekstraktionspatron i to trin er illustreret i dette arbejde. Dette omfatter den detaljerede karakterisering af proteomiske blandinger ved bottom-up LC-MS/MS-analyse. Den overlegne ydeevne af SDS-baserede arbejdsgange demonstreres også i forhold til ikke-forurenet protein.

Figur 4 opsummerer den forventede SDS-udtømning efter hætteglasbaseret eller patron-faciliteret udfældning af proteiner i en engangsfilterpatron ved anvendelse af acetone. Konventionel inkubation natten over (-20 °C) i acetone sammenlignes med den hurtige acetoneudfældningsprotokol ved stuetemperatur (trin 2) samt CMW-udfældning (trin 4). Resterende SDS blev kvantificeret ved methylenblåt aktive stof (MBAS) assay29. Kort fortalt blev 100 μL prøve kombineret m...

Watch this Scientific Journal Video about Organic Solvent-Based Protein Precipitation for Robust Proteome Purification Ahead of Mass Spectrometry at JoVE.com

Organic Solvent-Based Protein Precipitation for Robust Proteome Purification Ahead of Mass Spectrometry

Denne protokol beskriver opløsningsmiddelbaseret proteinudfældning under kontrollerede forhold for robust og hurtig genvinding og oprensning af proteomprøver inden massespektrometri.

Organisk opløsningsmiddelbaseret proteinudfældning til robust proteomrensning forud for massespektrometri

While multiple advances in mass spectrometry (MS) instruments have improved qualitative and quantitative proteome analysis, more reliable front-end ...

Disse protokoller er designet til at maksimere genopretningen såvel som renheden af proteiner gennem opløsningsmiddelbaseret nedbør. Vi vil vise dig et par tricks til at udføre nedbør i hætteglas samt en halvautomatisk tilgang i et centrifugeringspatronformat. Vi har også optimeret nedbørsprotokollen til at være ensartet og hurtig.Hele protokollen tager kun et par minutter. Disse protokoller viser, at opløsningsmiddeludfældning af proteiner er ideel til prøveforberedelse forud for massespektrometri. Protokollerne passer problemfrit ind i bottom up såvel som top down pro arbejdsgange.Ziheng Dang og Victoria Miller, seniorforsker ved Proteoform Scientific i Halifax, Nova Scotia Pipette 90 mikroliter partikelfri proteinopløsning i et polypropylenmikrocentrifugerør, demonstrerer for os i dag. Tilsæt derefter 10 mikroliter vandigt natriumchlorid og 400 mikroliter acetone i prøveopløsningen, hætten og tryk forsigtigt på hætteglasset for at kombinere opløsningsmidlerne. Lad hætteglasset inkubere det.Rumtemperatur uforstyrret i mindst to minutter efter inkubation, centrifugerer prøverne med angivelse af hætteglassets orientering og centrifugerer i mindst to minutter ved 10.000 RCF eller højere ved stuetemperatur. Efter centrifugeringen observeres en synlig hvid pellet i bunden af røret. På dette tidspunkt skal du løsne røret og dekantere supernaten i en affaldsbeholder ved at vende røret om.Brug et papirhåndklæde til at trække eventuelt resterende opløsningsmiddel ud af hætteglasset. Til SDS, der indeholder prøver. Dispenser forsigtigt 400 mikroliter frisk acetone uden at forstyrre pelleten.Straks centrafuse prøven i et minut ved 10.000 gange G eller højere ved stuetemperatur ved at placere hætteglasset i rotoren i samme retning som det indledende spin. Tæl vaskeopløsningsmidlet som beskrevet tidligere. Tør prøven med hætten åben i ca. et minut.I en røghætte, før en pelletopløsning. Dispenser 100 mikroliter af proteinopløsningen i et polypropylenhætteglas. I røghætten tilsættes 400 mikroliter methanol efterfulgt af 100 mikroliter chloroform.Hætteglasset og hvirvelen kort for at blande. Dispenser hurtigt 300 mikroliter vand direkte ind i midten af hætteglasset. Hætteglasset skal dækkes, og lad det sidde uforstyrret på bordpladen i et minut, efter at hætteglasset med polypropylen er anbragt i en centrifuge, og centrifugeret drejes i fem minutter ved 10.000 gange G eller højere ved stuetemperatur.Hætteglasset observeres at have to opløsningslaglag og en synlig hvid pellet til hætteglasset ved ca. 45 grader. Fjern ca. 700 mikroliter af opløsningsmidlet fra det øverste lag med ensartet hastighed ved hjælp af en stor en milliliter mikropipettespids først og senere med en 200 mikroliter pipettespids, indtil den danner en perle i hætteglasset. Der tilsættes 400 mikroliter frisk methanol til hætteglasset med prøven uden at forstyrre pelleten ved at dispensere solvensen ned langs siden af hætteglasset.Hætteglasset lukkes, og kombiner opløsningslagene ved forsigtigt at vippe hætteglasset for at hvirvle opløsningsmidlerne sammen. At observere den hvide proteinpille, der noterer orienteringen af hætteglasset i rotorcentrifugen i mindst 10 minutter ved 10.000 gange G eller højere ved stuetemperatur. Vinkel hætteglasset med pelleten nedad.Placer en pipettespids langs hætteglassets øverste kant, og fjern supernatanten med en mikropipettespids på en milliliter med en langsom, men ensartet hastighed. Beholder ca. 20 mikroliter opløsningsmiddel. Lad det resterende opløsningsmiddel tørre i røghætten.At udfælde proteinet. Brug en engangsfiltreringspatron til at fastgøre stikket til den øverste filtreringspatron. Kombiner 90 mikroliter proteinopløsning 10 mikroliter en mol aquas, natriumchlorid og 400 mikroliter acetone.Inkuberes i mindst to minutter på bordpladen, centrifugeres den tilberedte proteinprøve med stikket stadig fastgjort til filtreringspatronen i to minutter ved 2.500 gange G.At stuetemperatur, vend patronen og skru af og fjern stikket fra patronbasen. Filtreringspatronen anbringes i et rent hætteglas og centrifugerer proteinprøven i tre minutter ved 500 gange G ved stuetemperatur. Kassér strømmen gennem opløsningsmiddel fra det nederste hætteglas.Proteinpelleten vaskes ved at tilsætte 400 mikroliter acetone til filtreringspatronen, centrifuge i tre minutter ved 500 gange G ved stuetemperatur, eller indtil der ikke er noget opløsningsmiddel tilbage i den øverste patron. Efter de tidligere demonstrerede proteinudfældningsprotokoller. Opløselig proteinet ved at fugte membranen i bunden af filtreringspatronen ved at dispensere to til fem mikroliter ISO-propanol direkte til membranen umiddelbart før fortsættelse til genopløselighedsprotokollen for genopløselighed af proteinpelleten forberede 80% volumenprocent opløsning af myresyre i vand.Forkøl denne syreopløsning ved minus 20 grader Celsius og filtreringspatronen indeholdende udfældet protein. Dispenser 50 mikroliter kold fortyndet myresyre i den kølede patronhætte og hvirvel i 30 sekunder. Filtreringspatronen returneres til fryseren ved minus 20 grader Celsius i 10 minutter.Gentag de tidligere hvirvel- og inkubationstrin. Tilsæt 450 mikroliter vand til et slutvolumen på 500 mikroliter. Fortynding af myresyren til 8%Vend patronen af, og tag stikket ud af patronbasen, og fastgør SPE-patronen til hætteglasset.Drej proteinet gennem SPE-patronen i en centrifuge ved stuetemperatur i fem minutter ved 800 gange G.Hvis opløsningsmidlet forbliver i den øverste patron, skal du returnere patronen til centrifugen og gentage centrifugen. Skyl ved at tilsætte 300 mikroliter 5% acetonitril med 0,1% TFA i vand til SPE-patronen, flow gennem SPE-patronen i to minutter ved 2000 gange G.For proteiner med lav molekylvægt eller fordøjede peptider elueres prøven ved at strømme 300 mikroliter. En 50% acetonitril med 0,1% TFA i fem minutter ved 2.500 gange G.For intakte proteiner.Følg op med et ekstra undvigelsestrin ved hjælp af 300 mikroliter 75% acetonitril med 0,1% Trifluor asketisk syre. Kombiner de to resulterende ekstrakter. Figuren sammenligner SDS-udtømningen efter hætteglasbaseret eller udfældning af proteiner i en engangsfilterpatron.Brug af acetone med de konventionelle hurtige og CMW-protokoller. Alle tilgange reducerer SDS for at muliggøre optimal massespektrometrianalyse. Denne figur viser kvantitativ proteingenvinding ved at følge hurtig acetoneudfældning og CMW-udfældning gennem SDS-sideanalyse af et forarbejdet gærtotal cellelysat.Konsekvent genopretning blev opnået med alle nedbørsprotokoller. Nedbør i en engangsfiltreringspatron eliminerer behovet for omhyggeligt at pipettere SDS indeholdende supernatant, samtidig med at de aggregerede proteiner over et membranfilter bevares. Der blev således ikke påvist synlige bånd i supernatantfraktionerne på tværs af tre uafhængige replikater.Den patronbaserede proteinudfældning viser overlegen genvinding af en Pepsinfordøjet prøve af kvægplasma i forhold til hætteglasbaseret udfældning. Mere signifikante forskelle i udbytte bemærkes i patronen, når anvendelse af natriumchlorid, mens anvendelse af zinkopløsningsmiddel resulterede i det højeste udbytte. Dette tal kvantificerer peptidtopintensiteten fra hver peptidprøve med et forhold over et, der afspejler en højere peptidmængde for prøver, der behandles i engangsfilterpatronerne.Figuren sammenligner antallet af identificerede peptider pr. protein på tværs af de tre replikatprøvepræparater. Korrelationskoefficienterne på 0,94 til 0,95 i disse grafer viser den høje konsistens af prøveforberedelsesmetoden til bund-op massespektrometrianalyse. Så når den pille er dannet, vil du virkelig undgå at forstyrre den.Hvis du holder det som en intakt pille, får du et højere udbytte. Så sørg for ikke at glemme at vaske den pille med ekstra acetone. Dette sikrer, at vi slipper af med SDS, der holder vores prøve så ren som muligt, og det giver os den bedste massespektrometrianalyse.Så vi fandt ud af, at fjernelse af det overskydende opløsningsmiddel ved at invertere det er meget enklere end at forsøge at pipette prøven. Du får mere ensartede udbytter på denne måde. Udførelse af acetoneudfældning ved stuetemperatur resulterede i mere konsekvent og hurtigere genopretning end traditionel nedbør i fryseren.

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Analytical Chemistry

Chemistry

Unit 1

Complexometric Titration, Precipitation Titration, and Gravimetry

SCIENTISTS IN ACTION

Analyzing Protein Dynamics Using Hydrogen Exchange Mass Spectrometry

Analyserer Protein Dynamics hjælp af brint Exchange massespektrometri

All cellular processes depend on the functionality of proteins. Although the functionality of a given protein is the direct consequence of its unique ...

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

Analyse af flygtige og oxidationsfølsomme Forbindelser med kold indsugningssystem og Electron Impact massespektrometri

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

Visualization of Ambient Mass Spectrometry with the Use of Schlieren Photography

Visualisering af Ambient massespektrometri med brug af Schlieren Photography

This manuscript outlines how to visualize mass spectrometry ambient ionization sources using schlieren photography. In order to properly optimize the mass ...

An HS-MRM Assay for the Quantification of Host-cell Proteins in Protein Biopharmaceuticals by Liquid Chromatography Ion Mobility QTOF Mass Spectrometry

En HS-MRM analyse til kvantificering af værts-celle proteiner i Protein Biopharmaceuticals af væskekromatografi Ion mobilitet QTOF massespektrometri

The analysis of low-level (1-100 ppm) protein impurities (e.g., host-cell proteins (HCPs)) in protein biotherapeutics is a challenging assay requiring ...

Fizzy Extraction of Volatile Organic Compounds Combined with Atmospheric Pressure Chemical Ionization Quadrupole Mass Spectrometry

Fizzy Ekstraktion af flygtige organiske forbindelser kombineret med atmosfærisk tryk kemisk ionisering Quadrupole massespektrometri

Chemical analysis of volatile and semivolatile compounds dissolved in liquid samples can be challenging. The dissolved components need to be brought to ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

Real-time ånde analyse ved hjælp af sekundære Nanoelectrospray ionisering koblet til høj opløsning massespektrometri

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Syntese og massespektrometri analyse af Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

Analyzing Protein Architectures and Protein-Ligand Complexes by Integrative Structural Mass Spectrometry

Analysere Protein arkitekturer og Protein-Ligand komplekser af Integrativ strukturelle massespektrometri

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing ...

Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products

Massespektrometri-guidet genom minedrift som et redskab til at afdække nye naturlige produkter

The chemical space covered by natural products is immense and widely unrecognized. Therefore, convenient methodologies to perform wide-ranging evaluation ...

Capillary Electrophoresis Mass Spectrometry Approaches for Characterization of the Protein and Metabolite Corona Acquired by Nanomaterials

Kapillær elektroforese massespektrometri tilgange til karakterisering af protein og metabolit Corona erhvervet af nanomaterialer

The adsorption of biomolecules from surrounding biological matrices to the surface of nanomaterials (NMs) to form the corona has been of interest for the ...