Name: engineering antiviral agents via surface plasmon resonance
Uploaded: 2022-06-14T13:00:00
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लेखक ने टीयू वीन में जैव प्रौद्योगिकी और माइक्रोबायोलॉजी विभाग और चिकित्सा विभाग III, वियना मेडिकल यूनिवर्सिटी में नेफ्रोलॉजी और डायलिसिस विभाग से डॉ क्रिश्चियन डर्नटल को स्वीकार किया, विशेष रूप से तकनीकी और वैज्ञानिक सहायता के लिए डॉ मार्कस वाहरमैन। स्तनधारी कोशिकाओं में प्रोटीन अभिव्यक्ति को प्राकृतिक संसाधन और जीवन विज्ञान विश्वविद्यालय (बीओकेयू) वियना में जैव प्रौद्योगिकी विभाग द्वारा समर्थित किया गया था। लेखक एसपीआर बाध्यकारी परख करने पर सहायक वैज्ञानिक चर्चाओं के लिए जर्मनी के ड्यूसेलडोर्फ में ज़ैनटेक बायोएनालिटिक्स के डॉ निको डैंकबार को अपनी गहरी स्वीकृति व्यक्त करना चाहता है।

वर्तमान अध्ययन के लिए, सीवी-एन के बजाय एंजाइम-लिंक्ड इम्यूनोसॉर्बेंट परख में सीवीएन-छोटे यूबिकिटिन जैसे संशोधक (सूमो) संलयन प्रोटीन का उपयोग किया गया है और यह सेल-आधारित परख के लिए उपयुक्त है। पुनः संय?...

सीवी-एन की बाध्यकारी आत्मीयता कार्यात्मक बाइंडिंग साइटों की संख्या के साथ सहसंबद्ध है [डोमेन बी पर 2 एच, और डोमेन (एस) ए पर 2 एल जब डोमेन-स्वैप्ड डिमर के रूप में इंजीनियर किया जाता है]। परिवर्तित बाइंडिंग ए...

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	<tbody>
		<tr>
			<td>&#196;kta primeplus</td>
			<td>Cytiva</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon tubes</td>
			<td>Merck</td>
			<td>C7715</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampillicin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A5354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckmann Coulter Cooler Allegra X-30R centrifuge</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>B06320</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell spreader</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>HS86655</td>
			<td>silver stainless steel, bar L 33&#160;mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Custom DNA Oligos</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>OLIGO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Custom Gensynthesis</td>
			<td>GenScript</td>
			<td>#1390661&#160;</td>
			<td>cloning vector: pET27b(+)&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytiva&#160;HBS-EP+ Buffer 10, 4x50mL</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>50-105-5354</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dionex UlitMate 3000</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>IQLAAAGABHFAPBMBFB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dpn I restriction enzyme (10 U/&#956;L)&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ER1701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DTT</td>
			<td>Merck</td>
			<td>DTT-RO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDC</td>
			<td>Merck</td>
			<td>39391</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Merck</td>
			<td>E9884</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Safe-Lock Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30120086</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Safe-Lock Tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30120094</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf&#160;Minispin&#160;and MiniSpin Plus personal microcentrifuge</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z606235</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>Merck</td>
			<td>51976</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanolamine HCl</td>
			<td>Merck</td>
			<td>E6133</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 50mL Conical Centrifuge Tubes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-432-22</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 14 mL Round Bottom Polystyrene Test Tube, with Snap Cap, Sterile, 25/Pack</td>
			<td>Corning</td>
			<td>352057</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Merck</td>
			<td>G8270</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine HCl</td>
			<td>Merck</td>
			<td>55097</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HA H3 protein</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab69751</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Merck</td>
			<td>H3375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>His-select Ni2+</td>
			<td>Merck</td>
			<td>H0537</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imidazole</td>
			<td>Merck</td>
			<td>I2399</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IPTG</td>
			<td>Merck</td>
			<td>I6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin A</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>K1377</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kromasil 300-5-C4</td>
			<td>Nouryon</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB agar</td>
			<td>Merck</td>
			<td>52062</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB agar</td>
			<td>Merck</td>
			<td>19344</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Lennox</td>
			<td>Merck</td>
			<td>L3022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Merck</td>
			<td>10837059001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Merck</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate</td>
			<td>Merck</td>
			<td>M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaH2P04</td>
			<td>Merck</td>
			<td>S0751</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop UV-Vis2000c spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND2000CLAPTOP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Merck</td>
			<td>S5881</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NHS</td>
			<td>Merck</td>
			<td>130672</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NZ amine (casein hydrolysate)</td>
			<td>Merck</td>
			<td>C0626</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS</td>
			<td>Merck</td>
			<td>806552</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PD MidiTrap G-10</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>GE28-9180-11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Peptone</td>
			<td>Merck</td>
			<td>70171</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pET11a</td>
			<td>Merck Millipore (Novagen)</td>
			<td>69436&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PMSF</td>
			<td>Merck</td>
			<td>PMSF-RO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAprep Spin Miniprep Kit (1000)</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>27106X4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reichert Software Package Autolink1-1-9</td>
			<td>Reichert</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Reichert SPR SR7500DC Dual Channel System</td>
			<td>Reichert</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scrubber2-2012-09-04 for data analysis</td>
			<td>Reichert</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS</td>
			<td>Merck</td>
			<td>11667289001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Site-directed mutagenesis kit incl pUC18 control plasmid</td>
			<td>Stratagene</td>
			<td>#200518</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodim chloride</td>
			<td>Merck</td>
			<td>S9888</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium acetate.Trihydrate</td>
			<td>Merck</td>
			<td>236500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPR sensor chip C19RBDHC30M</td>
			<td>XanTec bioanalytics</td>
			<td>SCR C19RBDHC30M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPR sensor chip CMD500D</td>
			<td>XanTec bioanalytics</td>
			<td>SCR CMD500D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterilin Standard 90mm Petri Dishes</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>101R20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TBS</td>
			<td>Merck</td>
			<td>T5912</td>
			<td>10x, solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton-X100</td>
			<td>Merck</td>
			<td>T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Merck</td>
			<td>93657</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween20</td>
			<td>Merck</td>
			<td>P1379</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex-Genie 2 Mixer</td>
			<td>Merck</td>
			<td>Z258423</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>X-gal</td>
			<td>Merck</td>
			<td>XGAL-RO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XL1-Blue Supercompetent Cells</td>
			<td>Stratagene</td>
			<td>#200236</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Merck</td>
			<td>Y1625</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

engineering antiviral agents via surface plasmon resonance

सरफेस प्लास्मोन रेजोनेंस (एसपीआर) का उपयोग हेमग्लूटिनिन (एचए) को डोमेन-स्वैप्ड साइनोविरिन-एन (सीवी-एन) डिमर से बांधने और मैनोसिलेटेड पेप्टाइड्स और सीवी-एन के उच्च-आत्मीयता बाइंडिंग साइट के बीच बातचीत की निगरानी करने के लिए किया जाता है। वायरस लिफाफा स्पाइक्स जीपी 120, एचए, और इबोला ग्लाइकोप्रोटीन (जीपी) 1,2 को डिमेरिक सीवीएन 2 पर उच्च और निम्न-आत्मीयता बाध्यकारी साइटों दोनों को बांधने के लिए रिपोर्ट किया गया है। डिमनोसिलेटेड एचए पेप्टाइड दो कम-आत्मीयता बाध्यकारी साइटों पर सीवीएन 2 के एक इंजीनियर अणु से भी बंधा हुआ है, जो संबंधित लिगैंड के लिए एक उच्च-आत्मीयता साइट को सहन कर रहा है और कार्बोहाइड्रेट-बाध्यकारी जेब में एक स्थिर डाइसल्फ़ाइड बॉन्ड को बदलने के लिए उत्परिवर्तित होता है, इस प्रकार मल्टीवेलेंट बाइंडिंग की पुष्टि करता है। एचए बाइंडिंग को 275 एनएम के पृथक्करण स्थिरांक (केडी) पर छद्म-एंटीबॉडी सीवीएन 2 की एक उच्च-आत्मीयता बाध्यकारी साइट पर दिखाया गया है जो ओलिगोमेराइजेशन के माध्यम से मानव इम्यूनोडेफिशिएंसी वायरस टाइप 1 (एचआईवी -1) को बेअसर करता है। डोमेन-स्वैप किए गए सीवीएन 2 में डाइसल्फ़ाइड पुलों की संख्या को सहसंबंधित करने से, जो ग्लूटामिक एसिड और आर्जिनिन के ध्रुवीय अवशेष जोड़े में सिस्टीन को प्रतिस्थापित करके 4 से 2 तक कम हो जाते हैं, के परिणामस्वरूप एचए के लिए बाध्यकारी संबंध कम हो जाता है। सबसे मजबूत इंटरैक्शन में से, इबोला जीपी 1,2 सीवीएन 2 से जुड़ा हुआ है, जिसमें ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन के बिना लिफाफा ग्लाइकन का उपयोग करके निचले नैनोमोलर रेंज में दो उच्च-आत्मीयता बाध्यकारी साइटें हैं। वर्तमान अध्ययन में, मल्टीस्पेसिफिक मोनोमेरिक सीवी-एन को गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम कोरोनावायरस 2 (सार्स-सीओवी-2) स्पाइक (एस) ग्लाइकोप्रोटीन से जोड़ने को नैनोमोलर केडी की तुलना मेंकेडी = 18.6 μM पर मापा जाता है, और मध्य-μ-मोलर रेंज में इसके रिसेप्टर-बाइंडिंगडोमेन के माध्यम से मापा जाता है।

तीन अलग-अलग एसपीआर प्रयोगों में एचए शीर्ष क्षेत्र में बंधन के लिए एक डिमेरिक डोमेन-स्वैप्ड सीवीएन 2 एल 0 अणु का परीक्षण किया जाता है और बाध्यकारी आत्मीयता को केडी मानों में प्रस्तुत किया जाता है। डो?...

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Engineering Antiviral Agents via Surface Plasmon Resonance

वर्तमान प्रोटोकॉल एचए, एस ग्लाइकोप्रोटीन, संबंधित हाइब्रिड-टाइप ग्लाइकेन्स और उच्च-मैनोस ऑलिगोसैकराइड्स के लिए सीवी-एन बाइंडिंग की जांच करने के लिए एसपीआर बाइंडिंग परख के लिए नए उपकरणों का वर्णन करता है। एसपीआर का उपयोग इन ग्लाइकेन्स के लिए डिमेरिक या मोनोमेरिक सीवी-एन को बांधने के लिएकेडी को निर्धारित करने के लिए किया जाता है।

सरफेस प्लास्मोन रेजोनेंस के माध्यम से इंजीनियरिंग एंटीवायरल एजेंट

Surface plasmon resonance (SPR) is used to measure hemagglutinin (HA) binding to domain-swapped Cyanovirin-N (CV-N) dimer and to monitor interactions ...

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Engineering Antiviral Agents via Surface Plasmon Resonance

Procedure for Lung Engineering

फेफड़े इंजीनियरिंग के लिए प्रक्रिया

Lung tissue, including lung cancer and chronic lung diseases such as chronic obstructive pulmonary disease, cumulatively account for some 280,000 deaths ...

Plasma Lithography Surface Patterning for Creation of Cell Networks

सेल नेटवर्क के निर्माण के लिए प्लाज्मा लिथोग्राफी भूतल patterning

Systematic manipulation of a cell microenvironment with micro- and nanoscale resolution is often required for deciphering various cellular and molecular ...

Magnetic Resonance Elastography Methodology for the Evaluation of Tissue Engineered Construct Growth

ऊतक के मूल्यांकन के लिए चुंबकीय अनुनाद Elastography पद्धति इंजीनियर निर्माण विकास

Traditional mechanical testing often results in the destruction of the sample, and in the case of long term tissue engineered construct studies, the use ...

Attaching Biological Probes to Silica Optical Biosensors Using Silane Coupling Agents

सिलिका ऑप्टिकल Biosensors silane युग्मन एजेंटों का उपयोग करने के लिए जैविक जांच संलग्न

In order to interface with biological environments, biosensor platforms, such as the popular Biacore system (based on the Surface Plasmon Resonance (SPR) ...

Quantitative FRET (F&#246;rster Resonance Energy Transfer) Analysis for SENP1 Protease Kinetics Determination

Quantitative FRET FÃƒÆ’Ã‚Â¶rster Resonance Energy Transfer Analysis for SENP1 Protease Kinetics Determination

SENP1 Protease कैनेटीक्स निर्धारण के लिए मात्रात्मक झल्लाहट विश्लेषण (Forster प्रतिध्वनि ऊर्जा हस्तांतरण)

Reversible posttranslational modifications of proteins with ubiquitin or ubiquitin-like proteins (Ubls) are widely used to dynamically regulate protein ...

Capillary Force Lithography for Cardiac Tissue Engineering

हृदय ऊतक इंजीनियरिंग के लिए केशिका बल लिथोग्राफी

Cardiovascular disease remains the leading cause of death worldwide1. Cardiac tissue engineering holds much promise to deliver groundbreaking medical ...

Self-reporting Scaffolds for 3-Dimensional Cell Culture

3 आयामी सेल संस्कृति के लिए स्वयं रिपोर्टिंग Scaffolds

Culturing cells in 3D on appropriate scaffolds is thought to better mimic the in vivo microenvironment and increase cell-cell interactions. The resulting ...

ECM Protein Nanofibers and Nanostructures Engineered Using Surface-initiated Assembly

ECM प्रोटीन Nanofibers और nanostructures इंजीनियर का उपयोग कर सतह द्वारा आरंभ विधानसभा

The extracellular matrix (ECM) in tissues is synthesized and assembled by cells to form a 3D fibrillar, protein network with tightly regulated fiber ...

Surface Potential Measurement of Bacteria Using Kelvin Probe Force Microscopy

केल्विन जांच बल माइक्रोस्कोपी का उपयोग बैक्टीरिया की सतह संभावित मापन

Surface potential is a commonly overlooked physical characteristic that plays a dominant role in the adhesion of microorganisms to substrate surfaces. ...

Tissue Engineering by Intrinsic Vascularization in an In Vivo Tissue Engineering Chamber

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एक में आंतरिक vascularization से ऊतक इंजीनियरिंग<em&gt; Vivo</em&gt; टिशू इंजीनियरिंग चैंबर

In reconstructive surgery, there is a clinical need for an alternative to the current methods of autologous reconstruction which are complex, costly and ...