Name: analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method
Uploaded: 2022-05-02T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

We waarderen de hulp van het Argonne National Laboratory en onze samenwerkende bio-informatici. Dit werk wordt ondersteund door verschillende NIH en interne subsidies.

De Cx3cr1gfp/gfp locus van B6.129P2(Cg)-Cx3cr1tm1Litt/J muizen werd gedurende 10 generaties teruggekruist naar MRL/MpJ-Fas lpr/J (MRL/lpr) om MRL/lpr-CX3CR1gfp/gfp muizen te genereren. Genoomscreening met behulp van single nucleotide polymorphism (SNP) panels bevestigde dat de genetische achtergrond van nieuw gegenereerde muizen meer dan 97% identiek was aan die van MRL / lpr. Daarna werden muizen gefokt en onderhouden in een specifieke pathogeenvri...

<ol>
	<li>Lee, Y. K., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Has+the+microbiota+played+a+critical+role+in+the+evolution+of+the+adaptive+immune+system.">Has the microbiota played a critical role in the evolution of the adaptive immune system.</a> Science. 330 (6012), 1768-1773 (2010).</li><li>Lee, Y. K., Menezes, J. S., Umesaki, Y., Mazmanian, S. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proinflammatory+T-cell+responses+to+gut+microbiota+promote+experimental+autoimmune+encephalomyelitis.">Proinflammatory T-cell responses to gut microbiota promote experimental autoimmune encephalomyelitis.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108, 4615-4622 (2011).</li><li>Yeoh, N., Burton, J. P., Suppiah, P., Reid, G., Stebbings, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+the+microbiome+in+rheumatic+diseases.">The role of the microbiome in rheumatic diseases.</a> Current Rheumatology Reports. 15 (3), 314 (2013).</li><li>Larsen, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microbiota+in+human+adults+with+type+2+diabetes+differs+from+non-diabetic+adults.">Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults.</a> PLoS One. 5 (2), 9085 (2010).</li><li>Alam, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+imbalance+in+inflammatory+bowel+disease+patients+at+different+taxonomic+levels.">Microbial imbalance in inflammatory bowel disease patients at different taxonomic levels.</a> Gut Pathogens. 12 (1), (2020).</li><li>Vieira, S. M., Pagovich, O. E., Kriegel, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet,+microbiota+and+autoimmune+diseases.">Diet, microbiota and autoimmune diseases.</a> Lupus. 23 (6), 518-526 (2014).</li><li>Mu, Q., Zhang, H., Luo, X. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SLE:+another+autoimmune+disorder+influenced+by+microbes+and+diet.">SLE: another autoimmune disorder influenced by microbes and diet.</a> Frontiers of Immunology. 6, 608 (2015).</li><li>Tektonidou, M. G., Wang, Z., Dasgupta, A., Ward, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Burden+of+serious+infections+in+adults+with+systemic+lupus+erythematosus:+a+national+population-based+study.">Burden of serious infections in adults with systemic lupus erythematosus: a national population-based study.</a> Arthritis Care &amp; Research. 67 (8), 1078-1085 (2015).</li><li>Mu, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+lupus+nephritis+by+changes+of+gut+microbiota.">Control of lupus nephritis by changes of gut microbiota.</a> Microbiome. 5 (1), 73 (2017).</li><li>Panek, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methodology+challenges+in+studying+human+gut+microbiota+-+effects+of+collection,+storage,+DNA+extraction+and+next+generation+sequencing+technologies.">Methodology challenges in studying human gut microbiota - effects of collection, storage, DNA extraction and next generation sequencing technologies.</a> Scientific Reports. 8 (1), 5143 (2018).</li><li>Fiedorov&#225;, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+impact+of+dna+extraction+methods+on+stool+bacterial+and+fungal+microbiota+community+recovery.">The impact of dna extraction methods on stool bacterial and fungal microbiota community recovery.</a> Frontiers in Microbiology. 10, 821 (2019).</li><li>Gerasimidis, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+DNA+extraction+methodology+on+gut+microbiota+research+applications.">The effect of DNA extraction methodology on gut microbiota research applications.</a> BMC Research Notes. 9, 365 (2016).</li><li>Bukin, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+effect+of+16S+rRNA+region+choice+on+bacterial+community+metabarcoding+results.">The effect of 16S rRNA region choice on bacterial community metabarcoding results.</a> Scientific Data. 6 (1), 190007 (2019).</li><li>Galloway-Pe&#241;a, J., Hanson, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tools+for+analysis+of+the+microbiome.">Tools for analysis of the microbiome.</a> Digestive Diseases and Sciences. 65 (3), 674-685 (2020).</li><li>Sharpton, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+the+analysis+of+shotgun+metagenomic+data.">An introduction to the analysis of shotgun metagenomic data.</a> Frontiers in Plant Science. 5, 209 (2014).</li></ol>

Evenwichtige darmmicrobiota kunnen het menselijk lichaam beschermen tegen ziekten. Zodra dit evenwicht wordt verstoord door externe of interne triggers, kunnen de gevolgen verwoestend zijn. Deze methode presenteert een manier om de dynamiek van darmmicrobiota in muizenmodellen te analyseren. De methode is niet alleen geschikt voor vergelijkingen tussen groepen, maar ook voor het volgen van de darmmicrobiota in de loop van de tijd om tijdsafhankelijke factoren die de darmmicrobiota verstoren beter te identificeren.
<p...

Mens en bacterie bestaan al heel lang naast elkaar. Ze hebben een codependente relatie opgebouwd met wederzijdse gunstige effecten die de immuunrespons van de gastheer op kwantitatieve en kwalitatieve manieren beïnvloedt1. Recente studies suggereren een verband tussen de samenstelling van de darmmicrobiota en de pathogenese van auto-immuunziekten, waaronder multiple sclerose2, reumatoïde artritis3, type 2 diabetes4, inflammatoire darmziekte5 en systemische lupus erythematosus (SLE)6. Of de darmmicrobiota de hoofdoorzaak of een secundair effect van deze auto-immuunziekten is, is echter nog onduidelijk7. Mogelijk kan de darmmicrobiota de ziekte verergeren tijdens de effectorfase van auto-immuunziekten of een rol spelen bij het reguleren van de inductie van deze ziekten8.
Intestinale dysbiose is gemeld bij vrouwelijke lupus-gevoelige MRL / Mp-Faslpr (MRL / lpr) muizen, en darmmicrobiota veranderingen met een significante uitputting van Lactobacillen werden waargenomen9. Wanneer een mengsel van vijf Lactobacillus-stammen oraal werd toegediend, werden lupus-achtige symptomen bij deze muizen grotendeels verzwakt, wat wijst op een essentiële rol van microbiota bij het reguleren van SLE-pathogenese.
De volgende techniek van DNA-extractie maakt het mogelijk om microbiotafluctuaties te volgen en deze kwalitatief en kwantitatief te analyseren in de loop van murine SLE-achtige ziekte bij lupusgevoelige muizen. Of het nu gaat om het onderzoeken van de gezonde darmmicrobiota of het definiëren van dysbiose, het is belangrijk om kritisch te onderzoeken hoe gegevens worden verzameld en of deze nauwkeurig en reproduceerbaar zijn10. Elke stap is cruciaal in dit proces. Er moet een geschikte methodologie worden gebruikt om microbieel DNA te extraheren, omdat elk mogelijk probleem dat vooroordelen introduceert tijdens het DNA-extractieproces kan leiden tot onnauwkeurige microbiële representatie. Hoewel de fenol-chloroformmethode hier wordt beschreven, zijn er in de handel verkrijgbare kits om DNA te extraheren uit bacteriën die in bepaalde gevallen goed werken11. Hun bruikbaarheid wordt echter beperkt door de kosten en de vereiste monsterhoeveelheid.
Het hier gepresenteerde protocol is kosteneffectief en vereist slechts een kleine hoeveelheid monster. Het werkt prima met elk soort ontlastingsmonster en is nuttig bij het bestuderen van de dynamiek van de darmmicrobiota in de loop van de tijd en vergelijkingen tussen groepen. DNA wordt geïsoleerd met een methode van alcoholzuivering, waarbij fenol, chloroform en isoamylalcohol worden gebruikt. Extractie op basis van alcohol helpt bij het reinigen en verwijderen van het monster van eiwitten en lipiden, waarbij DNA in de laatste stap wordt neergeslagen. De voorgestelde methode heeft een aanzienlijk hoge efficiëntie en kwaliteit en is bewezen nauwkeurig te zijn bij het identificeren van bacteriepopulaties. Een kritische noot tijdens de procedure is dat DNA-besmetting kan optreden, en dus is een passende monsterbehandeling vereist12.
Het DNA wordt vervolgens geanalyseerd door de Next Generation Sequencing-platforms voor het 16S-rRNA-gen, zoals de Illumina MiSeq. In het bijzonder wordt het hypervariabele V4-gebied geanalyseerd om een betere kwantificering te bieden voor taxa13 met een hoge rang. De daaropvolgende bioinformatica-analyse wordt uitbesteed, gevolgd door interne analyse met behulp van standaard statistische methoden. Er zijn tal van open-source bioinformatica softwareprogramma's beschikbaar voor downstream sequencing, en het type analyses dat wordt uitgevoerd, hangt sterk af van de specifieke biologische vraag van belang14. Dit protocol richt zich specifiek op de experimentele stappen voorafgaand aan sequencing en biedt een meer veelzijdige, kosteneffectieve, vergelijkbare en efficiënte methode om DNA uit fecale monsters te verkrijgen.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.1 mm glass beads</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>11079101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2 mL screw cap tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>3488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20% SDS</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1311-1</td>
			<td>SDS 20%</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96% Ethanol, Molecular Biology Grade</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>T032021000CS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium Acetate (5 M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9071</td>
			<td>NH4AC 5M</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B6.129P2(Cg)-Cx3cr1tm1Litt/J</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>005582</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bullet Blender storm 24</td>
			<td>Next Advance</td>
			<td>4116-BBY24M</td>
			<td>Homogenizer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>C298-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DEPC-Treated Water</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9916</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediamine Tetraacetic Acid</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP118-500</td>
			<td>EDTA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foil plate seal</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>NC0302491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kimwipes-Kimtech 34256</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>06-666C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MRL/MpJ-Faslpr/J (MRL/lpr) mice</td>
			<td>Jackson Laboratory</td>
			<td>000485</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop 2000 spectrophotomer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>ND2000CLAPTOP</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenol: chloroform: isoamylalchohol (25:24:1)</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1752I-400</td>
			<td>PCI</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scale with 4 decimals</td>
			<td>Mettler Toledo</td>
			<td>MS205DU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Skirted 96-well plates</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AB-0800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>15528154</td>
			<td>NaCl</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Hydrochloride</td>
			<td>FisherScientific</td>
			<td>BP1757-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of fecal microbiota dynamics in lupus-prone mice using a simple, cost-effective dna isolation method

Darmmicrobiota heeft een belangrijke rol bij het opleiden van het immuunsysteem. Deze relatie is uiterst belangrijk voor het begrijpen van auto-immuunziekten die niet alleen worden aangedreven door genetische factoren, maar ook omgevingsfactoren die het begin kunnen veroorzaken en / of het ziekteverloop kunnen verergeren. Een eerder gepubliceerde studie over de dynamiek van de darmmicrobiota bij lupus-gevoelige MRL / lpr vrouwelijke muizen toonde aan hoe veranderingen van de darmmicrobiota de progressie van de ziekte kunnen veranderen. Hier wordt een protocol beschreven voor het extraheren van representatieve monsters uit de darmmicrobiota voor studies van auto-immuniteit. Microbiotamonsters worden verzameld uit de anus en verwerkt, waaruit het DNA wordt geëxtraheerd met behulp van een fenol-chloroform-methode en gezuiverd door alcoholprecipitatie. Nadat PCR is uitgevoerd, worden gezuiverde amplicons gesequenced met behulp van een Next Generation Sequencing-platform in het Argonne National Laboratory. Ten slotte worden de 16S ribosomale RNA-gensequencinggegevens geanalyseerd. Als voorbeeld worden gegevens getoond die zijn verkregen uit darmmicrobiotavergelijkingen van MRL/lpr-muizen met of zonder CX3CR1. De resultaten toonden significante verschillen in geslachten die pathogene bacteriën bevatten, zoals die in het phylum Proteobacteria, evenals het geslacht Bifidobacterium, dat wordt beschouwd als onderdeel van de gezonde commensale microbiota. Kortom, deze eenvoudige, kosteneffectieve DNA-isolatiemethode is betrouwbaar en kan helpen bij het onderzoek naar veranderingen in de darmmicrobiota geassocieerd met auto-immuunziekten.

De resultaten van argonne national laboratory worden geanalyseerd door een gekwalificeerde bio-informaticus, gevolgd door een interne analyse van de gegevens met behulp van standaard statistische methoden. Typische microbioomanalyses omvatten clustering van vergelijkbare sequenties in operationele taxonomische eenheden (OTA's) of ampliconsequentievarianten (ASV's) als een proxy voor verschillende micro-organismen in een monster. Tellingen van OTA's of ASV's in steekproeven kunnen vervolgens worden gebruikt om te testen o...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method at JoVE.com

Analysis of Fecal Microbiota Dynamics in Lupus-Prone Mice Using a Simple, Cost-Effective DNA Isolation Method

Dit protocol biedt een eenvoudige, kosteneffectieve DNA-isolatiemethode voor de analyse van veranderingen in de microbiota van de muizendarm tijdens de ontwikkeling van auto-immuunziekten.

Analyse van fecale microbiotadynamiek bij lupusgevoelige muizen met behulp van een eenvoudige, kosteneffectieve DNA-isolatiemethode

Gut microbiota has an important role in educating the immune system. This relationship is extremely important for understanding autoimmune diseases that ...

De voorgestelde DNA-isolatiemethode kan dienen om de darmmicrobiotadynamiek in muismodellen voor auto-immuunziekten te bestuderen. Een meer veelzijdige, kosteneffectieve en efficiënte methode wordt voorgesteld om DNA te verkrijgen uit fecale monsters die vergelijkbaar zijn met commercieel verkrijgbare kits. Om te beginnen, neem elke muis afzonderlijk uit zijn kooi, verzamel een fecale pellet rechtstreeks uit de anus en bewaar deze bij min 80 graden Celsius totdat deze wordt verwerkt.Verwerk de monsters met steriele en schone tangen, buizen en handschoenen. Voeg een bevroren pellet toe aan een vooraf gewogen, twee milliliter schroefdopbuis en noteer het fecale gewicht in grammen, dat tussen 0,02 en 0,05 gram per fecale pellet moet zijn. Voeg aan de pellet een dunne laag glasparels van 0,1 millimeter, 500 microliter lysisbuffer en 200 microliter 20% natriumdodecylsulfaat toe.Bead klop de buis vier minuten in een homogenisator, gevolgd door drie tot vijf minuten vortexing. Centrifugeer de buizen voor een korte tijd om de bubbels en het schuim te elimineren. Om DNA uit de microbiotamonsters te extraheren, brengt u 350 microliter monstersupernatant over naar een nieuwe, 1,5 milliliter snapdopbuis, zonder vuil.Voeg 500 microliter fenol:chloroform:isoamylalcohol toe, in een verhouding van 25:24:1, en vortex gedurende één minuut. Breng na centrifugatie 180 microliter van de bovenste waterige fase over in een nieuwe, 1,5 milliliter snap dopbuis. Voeg 180 microliter chloroform toe, keer om en meng.Breng hieruit 180 microliter van de waterige fase over in een nieuwe snap-dopbuis. Voeg in een bioveiligheidskast 180 microliter koude isopropanol en 36 microliter vijf molaire ammoniumacetaat toe. Keer het een paar keer om om te mengen en plaats de buis gedurende 20 minuten op ijs.Gooi het supernatant weg, gevolgd door de pellets meerdere keren te wassen met 500 microliter koude 70% ethanol. Gooi het supernatant weg en droog de buis ondersteboven op tissuepapier gedurende 20 minuten aan de lucht, totdat de pellet helder wordt. Suspensie de pellet in 50 microliter water van moleculaire kwaliteit en verwarm de vloeistof gedurende 10 minuten op 37 graden Celsius om grote DNA-pellets volledig op te lossen.Na verhitting centrifugeer je deze buizen gedurende één minuut op 3.400 maal G om de condensdruppels uit het deksel terug te winnen. Meet de concentratie en verkrijg de 260/280-verhouding met behulp van een spectrofotometer. Een verhouding voor DNA van goede kwaliteit ligt over het algemeen tussen de 1,8 en twee.Centrifugeer de bereide monsters op 600 maal G gedurende één minuut bij kamertemperatuur, voordat u gedurende 24 uur bij min 80 graden Celsius bevriest. Stuur vervolgens 20 microliter monsters met concentraties variërend van één tot 50 nanogram per microliter naar het Argonne National Laboratory voor sequencing. De muizenstam zonder de receptor CX3CR1 heeft een andere samenstelling van de darmmicrobiota in vergelijking met wild-type MRL/lpr, MRL/lpr-CX3CR1 GFP/GFP-muizen, vertoont significante verschillen in bepaalde geslachten, relevant voor potentieel pathogene bacteriën zoals die in het phylum Proteobacteria.Wees voorzichtig met het besmetten van het monster. Het moet steriel zijn. Ook is het belangrijk om nauwkeurig te pipetteren bij het overbrengen van het supernatant in een nieuwe buis.Deze methode is geschikt voor moleculaire analyse zoals PCR, restrictie-enzymvertering of genomische bibliotheekconstructie. Bij lupus bewezen we een sterke relatie tussen de darmmicrobiota en lupusprogressie.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Uitgebreide &amp; Rendabele laboratorium controle van HIV / AIDS: een Afrikaanse Role Model

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

Kosteneffectieve methode voor Microbiële Source Tracking Met behulp van specifieke menselijke en dierlijke virussen

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

A Method for Labeling Vasculature in Embryonic Mice

Een methode voor het labelen van bloedvaten in Embryonic Muizen

The establishment of a functional blood vessel network is an essential part of organogenesis, and is required for optimal organ function. For example, in ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

Een eenvoudige Chelex protocol voor DNA-extractie van<em&gt; Anopheles</em&gt; Spp.

Endemic countries are increasingly adopting molecular tools for  efficient typing, identification and surveillance against malaria parasites and  vector ...

Isolation and Genome Analysis of Single Virions using 'Single Virus Genomics'

Isolatie en Genoomanalyse van Single Virionen gebruik &#39;Single Virus Genomics&#39;

Whole genome amplification and sequencing of single microbial cells enables genomic characterization without the need of cultivation 1-3. Viruses, which ...

An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota

Een in vitro batch cultuur model om de effecten van Interventionele regimes op menselijke fecale microbiota te schatten

The emerging role of the gut microbiome in several human diseases demands a breakthrough of new tools, techniques and technologies. Such improvements are ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

Analyse van interacties tussen Endobiotica en humane gut microbiota met behulp van in-vitro Bad fermentatiesystemen

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

A DNA/Ki67-Based Flow Cytometry Assay for Cell Cycle Analysis of Antigen-Specific CD8 T Cells in Vaccinated Mice

Een DNA/Ki67-gebaseerde flowcytometrietest voor celcyclusanalyse van antigeenspecifieke CD8 T-cellen bij gevaccineerde muizen

The cell cycle of antigen-specific T cells in vivo has been examined by using a few methods, all of which possess some limitations. Bromodeoxyuridine ...

Fecal (micro) RNA Isolation

Fecal micro RNA Isolation

Fecale (micro) RNA-isolatie

It is becoming clear that RNA exists in the gut lumen and feces in animals and humans. The protocol described below isolates total RNA including microRNAs ...

Therapeutic Evaluation of Fecal Microbiota Transplantation in an Interleukin 10-Deficient Mouse Model

Therapeutische evaluatie van fecale microbiotatransplantatie in een interleukine 10-deficiënt muismodel

With the development of microecology in recent years, the relationship between intestinal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has attracted ...