Name: small-scale extraction of caenorhabditis elegans genomic dna
Uploaded: 2022-06-07T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Small-Scale Extraction of Caenorhabditis elegans Genomic DNA at JoVE.com

N2-stammen och E. coli OP50-bakterierna erhölls från Caenorhabditis Genetics Center (CGC), som finansieras av NIH Office of Research Infrastructure Programs (P40 OD010440). Stammen blmp-1(tm548) erhölls från National Bioresource Project, Japan. Författarna tackar WormBase. Detta arbete stöddes av NIH R01GM097591 till T.L.G., intern finansiering från Texas Woman's University till T.L.G och TWU: s Center for Student Research till M.F.L.

1. C. elegans underhåll
OBS: N2 (vild typ) och blmp-1 (tm548) C. elegans stammar bibehölls på standardplattor för nematodtillväxtmedier (NGM) vid 20 °C.
<ol><li>Förbered NGM-plattorna genom att lösa upp 23 005 g NGM-pulver i 973 ml vatten i en 2-liters kolv. Täck kolvöppningen med aluminiumfolie (eller autoklaverbart lock som möjliggör avluftning) och säkra beläggningen med autoklavtejp. Autoklav för att lösa upp pulvret och sterilisera inne...

<ol>
	<li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+transparent+window+into+biology:+A+on+Caenorhabditis+elegans.">A transparent window into biology: A on Caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li><li>Page, A. P., Johnstone, I. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cuticle.">The cuticle.</a> WormBook. , (2007).</li><li>Williams, B. D., Schrank, B., Huynh, C., Shownkeen, R., Waterston, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+mapping+system+in+Caenorhabditis+elegans+based+on+polymorphic+sequence-tagged+sites.">A genetic mapping system in Caenorhabditis elegans based on polymorphic sequence-tagged sites.</a> Genetics. 131, 609-624 (1992).</li><li>Lissemore, J. L., Lackner, L. L., Fedoriw, G. D., De Stasio, E. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+Caenorhabditis+elegans+genomic+DNA+and+detection+of+deletions+in+the+unc-93+gene+using+PCR.">Isolation of Caenorhabditis elegans genomic DNA and detection of deletions in the unc-93 gene using PCR.</a> Biochemistry and Molecular Biology Education. 33, 219-226 (2005).</li><li>Fay, D., Bender, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SNPs:+introduction+and+two-point+mapping.">SNPs: introduction and two-point mapping.</a> WormBook. , 1-10 (2008).</li><li>Biron, D., Haspel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> C. elegans: Methods and Applications. , (2015).</li><li>. Extract-N-Amp Tissue PCR Kit technical bulletin Available from: <a target="_blank" href="https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/249/244/xnat2bul.pdf">https://www.sigmaaldrich.com/deepweb/assets/sigmaaldrich/product/documents/249/244/xnat2bul.pdf</a> (2013)</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , (2006).</li><li>Sutphin, G. L., Kaeberlein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Measuring+Caenorhabditis+elegans+life+span+on+solid+media.">Measuring Caenorhabditis elegans life span on solid media.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (27), e1152 (2009).</li><li>Chaudhuri, J., Parihar, M., Pires-daSilva, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+worm+lab:+from+culturing+worms+to+mutagenesis.">An introduction to worm lab: from culturing worms to mutagenesis.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (47), e2293 (2011).</li><li>Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Agarose+gel+electrophoresis+for+the+separation+of+DNA+fragments.">Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (62), e3923 (2012).</li><li>Gumienny, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+SMA-10/LRIG+is+a+conserved+transmembrane+protein+that+enhances+bone+morphogenetic+protein+signaling.">Caenorhabditis elegans SMA-10/LRIG is a conserved transmembrane protein that enhances bone morphogenetic protein signaling.</a> PLoS Genetics. 6, 1000963 (2010).</li><li>Nelson, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bow-tie+genetic+architecture+for+morphogenesis+suggested+by+a+genome-wide+RNAi+screen+in+Caenorhabditis+elegans.">A bow-tie genetic architecture for morphogenesis suggested by a genome-wide RNAi screen in Caenorhabditis elegans.</a> PLoS Genetics. 7, 1002010 (2011).</li><li>Zhang, L., Zhou, D., Li, S., Jin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BLMP-1+contributes+to+collagen-related+morphogenesis+in+C.+elegans.">BLMP-1 contributes to collagen-related morphogenesis in C. elegans.</a> Life Science Journal. 9, 1080-1088 (2012).</li><li>Horn, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DRE-1/FBXO11-dependent+degradation+of+BLMP-1/BLIMP-1+governs+C.+elegans+developmental+timing+and+maturation.">DRE-1/FBXO11-dependent degradation of BLMP-1/BLIMP-1 governs C. elegans developmental timing and maturation.</a> Developmental Cell. 28, 697-710 (2014).</li><li>Huang, T. -. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BLMP-1/Blimp-1+regulates+the+spatiotemporal+cell+migration+pattern+in+C.+elegans.">BLMP-1/Blimp-1 regulates the spatiotemporal cell migration pattern in C. elegans.</a> PLoS Genetics. 10, 1004428 (2014).</li><li>Lakdawala, M. F., Madhu, B., Faure, L., Vora, M., Padgett, R. W., Gumienny, T. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+interactions+between+the+DBL-1/BMP-like+pathway+and+dpy+body+size-associated+genes+in+Caenorhabditis+elegans.">Genetic interactions between the DBL-1/BMP-like pathway and dpy body size-associated genes in Caenorhabditis elegans.</a> Molecular Biology of the Cell. 30, 3151-3160 (2019).</li><li>Madeira, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+EMBL-EBI+search+and+sequence+analysis+tools+APIs+in+2019.">The EMBL-EBI search and sequence analysis tools APIs in 2019.</a> Nucleic Acids Research. 47, 636-641 (2019).</li></ol>

Att bestämma genotyperna av C. elegans är ett viktigt steg när man utför genetiska korsningar för att skapa nya C. elegans-stammar . Genomisk DNA-extraktion med hjälp av en enda eller få C. elegans är ett avgörande steg för att genotypa C. elegans. Detta protokoll beskriver genomisk DNA-extraktion från C. elegans med hjälp av ett kommersiellt kit. Denna metod är snabb och fungerar robust. Det genomiska DNA som extraheras med denna metod kan användas för nedströ...

Här presenteras två relaterade protokoll för lysning av Caenorhabditis elegans för att göra DNA tillgängligt för PCR-baserade applikationer. PCR är en vanlig molekylär teknik som används för många applikationer, inklusive genotypning och förstärkning av DNA-fragment för kloning och sekvensering, bland andra. Den lilla (1 mm), frilevande rundmasken C. elegans är ett populärt djursystem för biologisk forskning. Att erhålla lämpligt genomiskt DNA från ett enda djur eller några djur är tillräckligt för att förstärka sekvensen med PCR. Sena L4-larver och vuxna innehåller endast ~ 1 000 somatiska celler (inklusive vissa multinukleära, polyploida celler), bakterieceller och (om djuret är en gravid hermafrodit) avkomma i utero1. Dessa djur skyddas dock av en nagelband som måste störas för att extrahera det genomiska DNA2. Standardmetoder för att förbereda nematodgenomisk DNA-mall för PCR involverar flera steg och tar flera timmar. Djuren fryses först i masklysbuffert som innehåller proteinas K (−70 °C eller lägre) i minst 15–45 minuter (längre rekommenderas enligt vissa protokoll)3,4,5,6. Detta steg sprickor öppnar djuren.
Efter frysning inkuberas djuren i 1 timme vid 60-65 °C för att proteinaset K ska fungera, sedan inaktiveras enzymet i 15-30 minuter vid 95 °C. Proteinaset K förstör nukleaserna som bryter ner DNA. Inaktiveringen av proteinas K före PCR är viktig för att förhindra att proteinaset K bryter ner DNA-polymeraset. De två kitbaserade protokollen som beskrivs här är snabba, pålitliga och kostnadseffektiva metoder för att extrahera genomiskt DNA från antingen ett enda djur eller några nematoder för daglig forskning och undervisning i laboratorieapplikationer. Satsen som användes optimerades ursprungligen av tillverkaren för att extrahera DNA från djurvävnad, saliv och hår7. Den använder en proprietär vävnadsberedningslösning och extraktionslösning för att lysera celler och göra genomiskt DNA tillgängligt. En proprietär neutraliseringslösning neutraliserar sedan de komponenter som kan hämma PCR (t.ex. salter, joner och Mg2+-bindande molekyler).
Vid genotypning kan ett enda djur testas. Vid bestämning av om en stam är homozygot ger testning av sex eller fler avkommor från ett enda djur högt förtroende för att en linje är homozygot eller inte (det finns en 0,02% chans att slumpmässigt välja sex homozygota mutanta avkommor från en heterozygot förälder [(1/4)6 × 100% = 0,02%]). Denna metod 1) är enkel, med färre steg än proteinas K-metoden, och 2) minskar mallberedningstiden till 15 min. Resultaten i detta arbete visar att det utvecklade protokollet fungerar robust för att extrahera genomiskt DNA från enstaka eller några maskar, vilket på ett tillförlitligt sätt kan användas för nedströmsapplikationer som inte kräver högrenat DNA, inklusive PCR.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>autoclave tape</td>
			<td>Defend</td>
			<td>43237-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>aluminium foil, heavy duty</td>
			<td>Reynolds Wrap</td>
			<td>2182934</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>calcium chloride</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>102382 (CAS 10035-04-8)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Extract-N-Amp kit (includes Tissue Preparation Solution, Extraction Solution, and Neutralization Solution)</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC</td>
			<td>XNAT2-1KT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isotemp hotplate/stirrer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>11-100-495H</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB media, Lennox, capsules</td>
			<td>MP Biomedicals, LLC</td>
			<td>3002-131</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>magnesium sulfate, 97% pure, anhydrous</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>AC413485000 (CAS 7487-88-9)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microcentrifuge</td>
			<td>Labnet International, Inc.</td>
			<td>PrismR, C2500-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEB Q5U Hot Start High-Fidelity DNA polymerase</td>
			<td>New England Biolabs, Inc.</td>
			<td>M0515S</td>
			<td>&#34;Pol E&#34; used in Supplemental Figure S1, a high-speed, high-fidelity polymerase (20&#8211;30 s/kb)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NGM media powder</td>
			<td>US Biological Life Sciences</td>
			<td>N1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity PCR Master Mix with HF Buffer</td>
			<td>New England Biolabs, Inc.</td>
			<td>M0531S</td>
			<td>&#34;Pol D&#34; in Figure 1B, a high-speed, high-fidelity polymerase (15&#8211;30 s/kb)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>primers</td>
			<td>Integrated DNA Technologies</td>
			<td>custom DNA oligos</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PrimeSTAR GXL polymerase</td>
			<td>Takara Bio Inc.</td>
			<td>R050B</td>
			<td>&#34;Pol C&#34; in Figure 1B, a high-fidelity polymerase (1 min/kb) for GC-rich templates and templates up to 30 kb</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quick-Load Purple 2-log DNA Ladder (0.1&#8211;10.0 kb)</td>
			<td>New England Biolabs, Inc.</td>
			<td>N0550S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SapphireAmp Fast PCR Master Mix</td>
			<td>Takara Bio Inc.</td>
			<td>RR350A</td>
			<td>&#34;Pol A&#34; in Figure 1B, polymerase used in Figure 1A, C, D, a high-speed polymerase (10 s/kb) for targets up to 5 kb</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sigma ReadyMix Taq PCR reaction mix</td>
			<td>Sigma-Aldrich Co. LLC</td>
			<td>P4600</td>
			<td>&#34;Pol B&#34; in Figure 1B, a polymerase (1 min/kb) for targets up to 7 kb</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SimpliAmp thermal cycler</td>
			<td>Applied Biosystems</td>
			<td>A24812</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>stir bar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-512-126</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>vortex mixer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>worm pick</td>
			<td>Genesee Scientific Corporation</td>
			<td>59-AWP</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

small-scale extraction of caenorhabditis elegans genomic dna

Genomisk DNA-extraktion från enstaka eller några Caenorhabditis elegans har många nedströmsapplikationer, inklusive PCR för genotypningslinjer, kloning och sekvensering. De traditionella proteinas K-baserade metoderna för genomisk DNA-extraktion från C. elegans tar flera timmar. Kommersiella extraktionssatser som effektivt bryter upp C. elegans-nagelbandet och extraherar genomiskt DNA är begränsade. En enkel, snabbare (~ 15 min) och kostnadseffektiv metod för att extrahera C. elegans genomiskt DNA som fungerar bra för klassrums- och forskningsapplikationer rapporteras här. Denna DNA-extraktionsmetod är optimerad för att använda enstaka eller några få sena larver (L4) eller vuxna nematoder som utgångsmaterial för att få en pålitlig mall för att utföra PCR. Resultaten indikerar att DNA-kvaliteten är lämplig för att förstärka genmål av olika storlekar med PCR, vilket möjliggör genotypning av enstaka eller några djur även vid utspädningar till en femtiondel av det genomiska DNA från en enda vuxen per reaktion. De rapporterade protokollen kan på ett tillförlitligt sätt användas för att snabbt producera DNA-mall från ett enda eller ett litet prov av C. elegans för PCR-baserade applikationer.

Genomiskt DNA från en enda eller några vuxna av vild typ extraherades med hjälp av det kommersiella kitet eller det traditionella lysprotokollet för att jämföra effekten av dessa två metoder. Dessa lysater användes sedan som mallar för PCR för att förstärka antingen ett större mål på ~ 2 100 bp (kodning av blmp-1) eller ett mindre mål på ~ 500 bp (kodning av en del av sma-10). Båda metoderna gav framgångsrikt lämpliga PCR-produkter (figur 1A).
<p cla...

Watch this Scientific Journal Video about Small-Scale Extraction of Caenorhabditis elegans Genomic DNA at JoVE.com

Small-Scale Extraction of Caenorhabditis elegans Genomic DNA

Här presenteras en beskrivning av den enkla och relativt snabba isoleringen av Caenorhabditis elegans genomiskt DNA från ett eller ett fåtal djur med hjälp av ett kommersiellt tillgängligt vävnadskit. Den resulterande gDNA-beredningen är en lämplig mall för PCR.

Småskalig extraktion av Caenorhabditis elegans Genomiskt DNA

Genomic DNA extraction from single or a few Caenorhabditis elegans has many downstream applications, including PCR for genotyping lines, cloning, and ...

Vi har utvecklat en enkel, snabb och kostnadseffektiv metod för att extrahera C.elegans genomiskt DNA som fungerar bra för klassrums- och forskningsapplikationer. Dessa protokoll kan användas på ett tillförlitligt sätt för att snabbt producera DNA-mallar från ett enda eller ett litet urval av C.elegance för PCR-baserade applikationer. Användare som inte har erfarenhet av att plocka maskar eller använda en mikropipetter kan kämpa med steg som kräver dessa färdigheter.Att titta på en skicklig utövare och öva kan hjälpa. Att demonstrera proceduren kommer att vara Farhan Lakdawala, en senior doktorand från mitt laboratorium. För att extrahera DNA från en enda Caenorhabditis elegans-mask, ställ först in lysprogrammet som består av en cykel vid 55 grader Celsius i 10 minuter följt av 95 grader Celsius i tre minuter i en termocykler.För att förbereda lyslösningen, tillsätt först 0,8 mikroliter extraktionslösning från satsen till innerväggen i ett 0,2 ml PCR-rör på is. Tillsätt sedan 0,2 mikroliter vävnadsberedningslösning från satsen till droppen av extraktionslösning och blanda genom att klappa. Med valet av en mask för DNA-extraktion identifierar du först ett L4 eller ett vuxendjur under ett dissekerande mikroskop.En L4-hermafrodit kan identifieras med en karakteristisk vulva som är synlig som en blek halvcirkel i mitten av djuret. För att identifiera en vuxen hermafrodit, välj ett av de största djuren på plattan som kan ha ovala embryon synliga i livmodern. Därefter överför du det valda djuret till lösningen med en platinatrådsplockning.För att samla upp innehållet i botten av röret, centrifugera röret i två till tre sekunder vid 2000 x g vid rumstemperatur. Placera sedan röret i termocyklern och kör lysprogrammet som ställts in tidigare. När detta lysprogram är över, centrifugera röret kort och lägg det på is.Tillsätt sedan 0,8 mikroliter neutraliseringslösning från satsen och blanda genom pipettering. Centrifugera röret igen i två till tre sekunder vid 2000 x g vid rumstemperatur. Om lysaten inte används omedelbart, förvara röret vid fyra grader Celsius för framtida bruk.För att extrahera DNA från en enskild mask, ställ först in lysprogrammet för en cykel vid 55 grader Celsius i 10 minuter följt av 95 grader Celsius i tre minuter i en termocykler. Förbered sedan lyslösningen genom att först tillsätta två mikroliter av extraktionslösningen från satsen på insidan av ett 0,2 ml PCR-rör på is, följt av tillsats av 0,5 mikroliter av vävnadsberedningslösningen från satsen till droppen av extraktionslösning, blanda sedan innehållet genom pipettering. Efter att ha identifierat L4 eller vuxna djur, använd en platinatråd för att överföra ett tillräckligt antal djur till lösningen.Därefter centrifugera röret i två till tre sekunder vid 2000 x g vid rumstemperatur, placera sedan röret i termocyklern och kör det tidigare inställda lysprogrammet. Efter avslutat program, centrifugera röret kort och placera det på is. Tillsätt sedan två mikroliter av neutraliseringslösningen från satsen till röret och blandas genom pipettering.Centrifugera röret igen i två till tre sekunder vid 2000 x g vid rumstemperatur. Om den inte används omedelbart, förvara lysaten vid fyra grader Celsius för framtida bruk. Det genomiska DNA som extraheras av protokollet kan framgångsrikt användas som en PCR-mall, både det kommersiella kitet och den traditionella proteinas K-metoden producerade DNA med liknande nivåer av PCR-förstärkning av en 2100 basparprodukt och en 500 basparprodukt.Kitmetoden för DNA-lys gav också PCR-mallar som är effektiva för en mängd olika DNA-polymerasenzymer. Även vid olika utspädningar stödde DNA som extraherades från ett enda djur av det kommersiella kitet PCR-förstärkningen av ett 2100 baspar DNA-fragment med ekvivalent effektivitet. Förstärkningen av ett DNA-fragment med 500 baspar varierade emellertid med mallkoncentrationen.Lämpligheten hos DNA extraherat antingen från ett enda djur eller från flera djur som en PCR-mall för bestämning av genotyp demonstrerades ytterligare genom den framgångsrika förstärkningen av en gen och dess muterade variant. Eftersom detta protokoll involverar pipettering av liten volym reagens, för att säkerställa konsistens, använd en huvudblandning för flera reaktioner, bra rörteknik och välkalibrerade pipetter. Att snurra ner innehållet i röret säkerställer också korrekt lys.Denna metod skulle kunna skalas upp, anpassas för att extrahera C.elegans genomiskt DNA för andra nedströmsapplikationer, och kan användas för att extrahera DNA från andra nematodarter. Med tanke på protokollets enkelhet, snabbhet, robusthet och låga kostnad är det väl lämpat för både forskning och klassrumsapplikationer där tid och resurser är begränsade.

Research

JoVE Journal

Biology

Small-Scale Extraction of Caenorhabditis elegans Genomic DNA

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Isolering av genomisk DNA från mus Tails

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

Utvinning av hög molekylvikt Genomiskt DNA från mark och sediment

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

Isolering och In vitro Aktivering av Caenorhabditis elegans Spermier

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and ...

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Genomic MR - en allmän resurs för att studera Sequence Patterns inom Genomiskt DNA

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampyriska Isolering av extracellulär vätska från<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Basisk<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Metoder: Synkronisering och miljöövervakning

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

Selektiv fångst av 5-hydroxymethylcytosine från genomisk DNA

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Prostaglandin Extraktion och analys i<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Förstärkning, Nästa generations sekvensering, och Genomic DNA Kartläggning av retroviral integration webbplatser

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

Mätning av syre förbrukning i intakt Caenorhabditis elegans

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous ...