Name: thermochemical studies of ni(ii) and zn(ii) ternary complexes using ion mobility-mass spectrometry
Uploaded: 2022-06-08T13:50:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Thermochemical Studies of NiII and ZnII Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry at JoVE.com

Dit materiaal is gebaseerd op werk dat wordt ondersteund door de National Science Foundation onder 1764436, NSF REU-programma (CHE-1659852), NSF-instrumentondersteuning (MRI-0821247), Physics and Astronomy Scholarship for Success (PASS) NSF-project (1643567), Welch Foundation (T-0014) en computerbronnen van het Department of Energy (TX-W-20090427-0004-50) en L3 Communications. De auteurs bedanken Kent M. Ervin (University of Nevada - Reno) en Peter B. Armentrout (University of Utah) voor het delen van het CRUNCH-programma en voor advies over het passen van PBA. De auteurs bedanken de groep van Michael T. Bower aan de Universiteit van Californië - Santa Barbara voor het delen van het Sigma-programma.

OPMERKING: Figuur 1 toont een overzicht van het protocol.
1. Bereiding van reagentia
<ol><li>Koop gevriesdroogde ambpeptiden (>98% zuiverheid) en bewaar ze in een -80 °C vriezer.</li>
	<li>Koop >99% zuiverheid zink (II) nitraathexahydraat en nikkel (II) nitraathexahydraat. LET OP: Nikkel(II)nitraathexahydraat vormt een gevaar voor het milieu en de gezondheid.</li>
	<li>Koop het nitrilotriacetinezuur, poly-DL-alaninepolymeren, ultrapuur / tra...

Kritieke stappen ES-IM-MS threshold collision-induced dissociation (TCID) analyses. De TCID gebruikte de transfer T-golfcel in aanwezigheid van argon als botsingscel. Voorafgaand aan dissociatie worden de voorloperionen gethermiseerd door laagenergetische botsingen met stikstofgas terwijl ze door de ionenmobiliteitscel (IM) gaan. Dit resulteert in een meer reproduceerbare energie-opgeloste TCID dan wordt bereikt door de val te gebruiken als de botsingscel ...

Deze studie beschrijft een nieuwe techniek met behulp van een in de handel verkrijgbare ionenmobiliteit-massaspectrometer die het mogelijk maakt de relatieve thermochemie te bepalen voor de dissociatie van een alternatief metaalbinding (amb) ternair metaalcomplex [amb +M(II)+NTA], waarbij M = Zn of Ni en NTA = salpeterriacetisch zuur (figuur 1). Deze reacties modelleren de dissociatie van het amb-tagged recombinante eiwit dat aan het NTA-geïmmobiliseerde metaal is bevestigd tijdens geïmmobiliseerde metaalaffiniteitschromatografie (IMAC)1,2. Als voorbeeld wordt deze methode beschreven met behulp van de amb heptapeptide tags van amb A en H (Figuur 2) (gekozen uit devorige studies 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 ) die Zn(II) en Ni(II)-bindende eigenschappen vertonen en dus potentiële toepassingen hebben als zuiveringslabels. Het beschreven proces kan echter worden gebruikt om thermochemische energieën in elk organometaalsysteem te evalueren. Deze ambpeptiden hebben metaalbindingsplaatsen in de Aa1-Aa 2 en Aa6-Aa 7 posities die concurreren met de carboxylaat- en amineplaatsen van de NTA. De drie centrale amb aminozuren zorgen voor een afstandsmeter (Gly3), het scharnier voor de twee armen (Pro4) en een lange afstand π-metaal kation interactie (Tyr5).
De totale 1− ladingstoestand van de [amb+M(II)+NTA]- complexen wordt bepaald door de protonatietoestand van hun potentiële bindingsplaatsen. Aangezien er Ni(II) of Zn(II) is met de 2+ oxidatietoestand, moet er een netto van drie gedeprotoneerde negatief geladen locaties zijn. De moleculaire modellering van de [amb+M(II)+NTA]- complexen voorspelt dat dit twee protonen van de NTA en één proton van de amb zijn (d.w.z. [amb-H+M(II)+NTA-2H]-). De productkanalen bevatten een ionische soort en een neutrale soort (d.w.z. [NTA-3H + M (II)]- + amb of [amb-3H + M(II)]- + NTA). In het manuscript is "-3H" uitgesloten in de namen van de complexen, maar de lezer moet weten dat de -3H wordt geïmpliceerd. Het instrument meet de relatieve intensiteiten van de twee ionische massa-tot-lading (m/z) soorten. Een belangrijk kenmerk van ES-IM-MS-analyses is dat het het onderzoek van de reactiviteit van een specifieke m/z-soort mogelijk maakt, zoals hier en in eerdere ambstudiesgebruikt 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12.
Het verkrijgen van thermochemische gegevens voor grote complexen met behulp van botsing-geïnduceerde dissociatie is een onderwerp van aanzienlijk belang13,14. Methodologieën, waaronder de kinetische methode, zijn niet bevorderlijk voor het aanpassen van gegevens over een reeks energieën, noch houden ze rekening met omgevingen met meerdere botsingen 15,16,17,18. Hier wordt de drempel CID (TCID) methode, ontwikkeld met behulp van geleide ionenbundel tandem massaspectrometrie door Armentrout, Ervin en Rodgers, toegepast 19 op een nieuw ES-IM-MS instrumentplatform met behulp van reizende golf ionengeleiders. De TCID-methode maakt een relatieve thermochemische analyse mogelijk van de dissociatie van de ternaire complexen in hun twee productkanalen en omvat een drempelwet die de overdracht van botsingsenergie beschrijft tussen de translatie-energie van de reactant (ternair complex in dit onderzoek) en een inert doelgas (argon in dit geval). De methode omvat integratie over de interne energieverdeling van de reactant20, de translationele energieverdelingen tussen de reactant en het doelgas21 en de totale impulsmomentverdelingen22,23. Een dissociatiekans en statistische Rice-Ramsperger-Kassel-Marcus (RRKM) correctie van de kinetische verschuivingen als gevolg van het beperkte tijdvenster voor observatie van de producten zijn opgenomen24. Voor twee onafhankelijke productkanalen maakt de concurrerende TCID-methode het gelijktijdig aanbrengen van de twee concurrerende productkanalen mogelijk. Dissociatie van het complex vindt plaats door middel van een baanovergangstoestand, die de eigenschappen van de producten heeft, maar bij elkaar wordt gehouden door een locked-dipool25. De TCID-methode is opgenomen in het CRUNCH-programma26 en de werking van de gebruikersinterface wordt hier beschreven om de thermochemie van de twee dissociatiekanalen van de ternaire [amb+M(II)+NTA]- complexen te evalueren. Het CRUNCH-programma is beschikbaar op aanvraag bij de ontwikkelaars26.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile HPLC-grade</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A998SK-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alternative metal binding (amb) peptides</td>
			<td>PepmicCo (www.pepmic.com)</td>
			<td></td>
			<td>designed peptides were synthized by order</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate (ultrapure)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97061-014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (trace metal grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A512-P500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Driftscope 2.1 software program</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gaussian 09</td>
			<td>Gaussian</td>
			<td></td>
			<td>Electronic Structure Modeling Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GaussView</td>
			<td>Gaussian</td>
			<td></td>
			<td>Graphical Interface to Visualize Computations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glacial acetic acid (Optima grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A465-250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion-scaled Lennard-Jones (LJ) method</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td>Michael T. Bowers&#8217; group of University of California at Santa Barbara</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassLynx 4.1</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>87003-294</td>
			<td>1.7 mL, polypropylene</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>87003-298</td>
			<td>2.0 mL, polypropylene</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ni(II) nitrate hexahydrate (99% purity)</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>A15540</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Poly-DL-alanine</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>P9003-25MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Synapt G1 HDMS</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>&#160;quadrupole - ion mobility- time-of-flight mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zn(II) nitrate hexahydrate (99%+ purity)</td>
			<td>Alfa Aesar (www.alfa.com)</td>
			<td>12313</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

thermochemical studies of ni(ii) and zn(ii) ternary complexes using ion mobility-mass spectrometry

Dit artikel beschrijft een experimenteel protocol met behulp van elektrospray-ion mobiliteit-massaspectrometrie (ES-IM-MS) en energie-opgeloste drempelbotsing-geïnduceerde dissociatie (TCID) om de thermochemie van de dissociatie van negatief geladen [amb + M (II) + NTA] - ternaire complexen in twee productkanalen te meten: [amb + M (II)] + NTA of [NTA + M (II)]-  + amb, waarbij M = Zn of Ni en NTA nitrilotriacetinezuur is. De complexen bevatten een van de alternatieve metaalbindende (amb) heptapeptiden met de primaire structuren acetyl-His1-Cys 2-Gly 3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys 7 of acetyl-Asp1-Cys 2-Gly 3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys 7, waar de aminozuren ' Aa1,2,6,7 posities zijn de potentiële metaalbindplaatsen. Geometrie-geoptimaliseerde stationaire toestanden van de ternaire complexen en hun producten werden geselecteerd uit kwantumchemieberekeningen (momenteel de PM6 semi-empirische Hamiltoniaan) door hun elektronische energieën en hun botsingsdoorsneden (CCS) te vergelijken met die gemeten door ES-IM-MS. Op basis van de PM6-frequentieberekeningen modelleren de moleculaire parameters van het ternaire complex en zijn producten de energieafhankelijke intensiteiten van de twee productkanalen met behulp van een concurrerende TCID-methode om de drempelenergieën te bepalen van de reacties die betrekking hebben op de 0 K-enthalpies van dissociatie (ΔH0). Statistische mechanica thermische en entropiecorrecties met behulp van de PM6 rotatie- en trillingsfrequenties leveren de 298 K-enthalpies van dissociatie (ΔH298). Deze methoden beschrijven een EI-IM-MS-routine die thermochemische en evenwichtsconstanten kan bepalen voor een reeks ternaire metaalionencomplexen.

De door competitieve botsingen geïnduceerde dissociatie van de [amb+M(II)+NTA]- ternaire complexen van A en H in [amb+M(II)]- + NTA of [NTA+M(II)]- + amb, wordt weergegeven in figuur 3. De amb wordt weergegeven als A of H en de M = Zn of Ni. Het [A+Zn(II)+NTA]- ternair complex (figuur 3A) vertoont schijnbare drempels van ongeveer 0,7 eV botsingsenergi...

Watch this Scientific Journal Video about Thermochemical Studies of NiII and ZnII Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry at JoVE.com

Thermochemical Studies of NiII and ZnII Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry

Dit artikel beschrijft een experimenteel protocol met behulp van elektrospray-ion mobiliteit-massaspectrometrie, semi-empirische kwantumberekeningen en energie-opgeloste drempelbotsing-geïnduceerde dissociatie om de relatieve thermochemie van de dissociatie van gerelateerde ternaire metaalcomplexen te meten.

Thermochemische studies van Ni (II) en Zn (II) Ternaire complexen met behulp van ionenmobiliteit-massaspectrometrie

This article describes an experimental protocol using electrospray-ion mobility-mass spectrometry (ES-IM-MS) and energy-resolved threshold ...

Deze nieuwe techniek combineert ionenmobiliteit-massaspectrometrie met moleculaire modellering en reactiedynamicatheorie om de relatieve thermochemie van twee concurrerende dissociatiereacties van een ternair complex te bepalen. De combinatie van deze technieken karakteriseert de reactieroutes van reactanten en producten, conformatiestructuren en de affiniteit van het ligand om een ternair complex met het metaalion te vormen. Dit onderzoek modelleert de reactiviteit van twee potentiële peptidetags voor recombinante eiwitzuivering, waarbij de tag reageert met het metaal gecheleerd door nitrilotriacetinezuur in een geïmmobiliseerde metaalaffiniteitskolom.Begin met het laden van het monster van 2 milliliter in een stompe neusspuit van 2,5 milliliter en injecteer het monster in de elektrospray van het instrument met behulp van de spuitpomp van het instrument met een stroomsnelheid van 10 microliter per minuut. Plaats het instrument in negatieve ionenmobiliteit-massaspectrometrie of IM-MS-modus. Identificeer het massa-tot-lading isotooppatroon van het negatief geladen alternatieve metaalbindende ternaire complex, of amb-metaal-NTA-complex, door het massaspectrometrieprogramma te openen en Spectrum te selecteren.Selecteer vervolgens Gereedschappen gevolgd door Isotope Model. Maak in het pop-upvenster een lijst met de molecuulformule van het complex, vink het vakje aan voor Toon geladen ion, voer 1 in voor de lading van negatieve en klik op OK.In het weergegeven isotooppatroon van het complex, noteer de laagste massapiek. Selecteer in de instrumentsoftware Setup gevolgd door Quad Profile.Selecteer vervolgens Handmatig vast en voer de massa van de laagste isotopische patroonpiek in. Klik op Bijwerken en sluit het venster. Selecteer opnieuw Setup en klik vervolgens op Quad oplossen.Verzamel de negatieve ion IM-MS spectra te beginnen met de eerste overdracht botsing energie met behulp van een 5-minuten looptijd en 2-seconden scantijd. Herhaal dit om de IM-MS-spectra voor elk van de andere botsingsenergieën te verzamelen. Gebruik de geïntegreerde aankomsttijdverdelingen, of ATD-gebieden, voor het ternaire amb-metaal-NTA-complex en twee producten, NTA-metaalcomplex en amb-metaalcomplex, om te normaliseren tot een relatieve procentuele schaal.Zoek uit de replicaatdrempelbotsing-geïnduceerde dissociatie, of TCID-metingen, de gemiddelde en standaardafwijkingen van elk gegevenspunt. Zet vervolgens de botsingsenergie van de lab-frame-overdracht om in de botsingsenergie van het midden van de massa. Om botsingsdoorsneden te meten, verzamelt u gedurende 10 minuten de negatieve ionEN-IM-MS-spectra van het 10 ppm poly-DL-alanine- of PA-monster met behulp van de instrumentele bedrijfsomstandigheden.Verzamel vervolgens de IM-MS-spectra van elk ternair complex gedurende 5 minuten. Pak de ATD van elk van de PA- en ternaire complexen uit en exporteer hun bestanden naar de massaspectrometriesoftware met behulp van de optie Drifttijd behouden. Zoek de gemiddelde aankomsttijden uit de maxima van de overeenkomstige ATD-curven.Gebruik een transversale kalibratiemethode om de gemiddelde aankomsttijden om te zetten in botsingdoorsneden van het ternaire complex. Open in het hoofdmenu van CRUNCH het GB5-tekstbestand met de energie van het massamiddelpunt of ECM-afhankelijke relatieve intensiteiten van de producten. Antwoord Nee om parameters te lezen.Selecteer vervolgens Modellering gevolgd door Alle parameters instellen. Kies in de opties van het reactiemodel de standaard threshold CID-optie gevolgd door RRKM met integratie over de energieoverdrachtsverdeling van het ternaire complex. Voer 2 in voor onafhankelijke productkanalen die zijn gemodelleerd en selecteer Doorsneden berekenen.Kies voor het type onconvoluted model 0 Kelvin-doorsnede, inclusief de statistische RRKM-correctie van de kinetische verschuivingen als gevolg van het tijdvenster van 50 microseconden van de botsingscel naar de vluchtdetector. Kies voor de convolutie-opties de dubbele integraal van Tiernan, die de convolutie omvat over translationele energieverdelingen tussen het ternaire complexe ion en het argonbotsingsgas. Kies voor de numerieke integratiemethode Gaussiaanse kwadratuur met vooraf opgeslagen doorsneden.Uit de opties voor het invoeren van de moleculaire parameters, voert u G in om het structurele modelleringsbestand met de PM6-trillings- en rotatiefrequenties van het ternaire complex te lezen. Antwoord Ja op de vraag:Is een van de reactanten atomair? Schrijf de locatie en naam van het modelleringsbestand.Voer 1 in voor de lading op ion en 1,664 voor de polariseerbaarheid van het argongas. De massa van ion en massa van het doel zijn respectievelijk voor het ternaire complex en argon en worden automatisch gelezen uit het GB5-tekstbestand. Voer 0 in voor harmonische trillingen.Druk op Enter om de 1D- en 2D-rotatieconstanten uit het structurele modelleringsbestand te lezen. Selecteer standaardwaarden van 0 voor de gehinderde rotorbehandelingen en 1 voor molecuulsymmetrie. Kies de standaard 300 Kelvin voor de reactanttemperatuur.Selecteer Integratie voor de methode voor het verminderen van de dichtheid van de array states. Selecteer Ja om de energieverdeling af te breken. Voer 40000 golfnummer in voor maximale energie voor distributie, 2 golfnummer voor bakgrootte en 32 voor aantal punten in energiedistributie.Kies voor parameters voor het TCID/RRKM-model Ja voor Wijzigen, voer 0 in voor Vaste tijd en 0,000050 seconden voor de bovengrens van het detectievenster. Selecteer voor productkanaal 1 1 voor een enkele overgangsstatus van de opties voor het dissociatiekanaal en 0 voor geen van de sequentiële dissociatie. Kies voor het type overgangsstatus 1 voor een baan om de aarde.Selecteer G om de modelleringsprogrammabestanden te lezen die de PM6-rotatie- en trillingsparameters voor het amb-metaalcomplex plus NTA-producten bevatten. Voer Nee voor:Is een van de overgangstoestand van de faseruimtelimiet, of PSL TS, atomair? Voer de locatie en naam van het amb-metal complex bestand in.Gebruik 1,062 voor schaalfrequenties, druk op Enter voor het aantal atomen en voer Nee in voor: Is het molecuul lineair? Herhaal hetzelfde voor het modelleringsbestand dat de trillings- en rotatiefrequenties van het NTA-product bevat. Voer de beschrijving van de omloop van de TS in een baan om de aarde in. Voer 1.0 in voor lading van amb-metaalion en voer vervolgens de polariseerbaarheid en het dipoolmoment van NTA in.Selecteer 0 Kelvin voor rotatietemperatuur en locked-dipool voor de behandeling van de baanovergangstoestand. Voer de gemiddelde massa's van het amb-metaalion en NTA in. Druk op Enter om de 1D- en 2D-rotatieconstanten uit de modelleringsbestanden te lezen.Selecteer 0 voor gehinderde rotoren, 1 voor molecuulsymmetrie en 1 voor reactiedegeneratie. Voer de optie Geen wijzigingen in. Selecteer voor productkanaal 2 1 voor enkele overgangsstatus, 0 voor geen voor de sequentiële dissociatie en 1 voor baan voor het overgangsstatustype.Selecteer G om modelleringsbestanden in te lezen die de PM6-rotatie- en trillingsparameters voor het NTA-metaalcomplex en amb-producten bevatten. Voer vervolgens de beschrijving van de omcirkelende TS in. Voer 1.0 in voor lading van NTA-metaalcomplex ion en voer de polariseerbaarheid en het dipoolmoment van de amb in. Selecteer 0 Kelvin voor de rotatietemperatuur en locked-dipool voor de behandeling van de overgangstoestand in een baan om de aarde.Voer de gemiddelde massa's van het NTA-metaalcomplex en amb-producten in. Druk op Enter om de 1D- en 2D-rotatieconstanten uit de modelleringsbestanden te lezen. Selecteer 0 voor gehinderde rotoren, 1 voor molecuulsymmetrie en 1 voor reactiedegeneratie.Voer vervolgens Geen wijzigingen in. Als u inactieve 2D-rotaties wilt verwerken, selecteert u de standaardopties voor statistische impulsmomentverdeling en integreert u P-E, G over J-verdeling. Gebruik de standaardwaarde 32 in het aantal punten in de integratie.Selecteer in het menu Model de optie Parameters optimaliseren om gegevens te passen en voer respectievelijk de minimale energie en maximale energie in om de gegevensaanpassing te beginnen en te beëindigen. Selecteer 1 voor de experimentele standaardafwijkingen van de wegingsmodellen. Selecteer op basis van de gegevens een minimaal aanvaardbare standaarddeviatie van doorgaans 0,01 tot 0,001.Gebruik de standaardwaarde voor de E0-convergentiegrens en selecteer Nee om een parameter op de huidige waarde te houden, 0,5 en 2,0 elektronvolt voor de onder- en bovengrens en 2 voor de afgeleide evaluatiemethode. Selecteer in het menu Optimalisatie de optie Optimalisatie starten. Het CRUNCH-programma optimaliseert het geselecteerde TCID-model voor de experimentele gegevens.Selecteer ten slotte in het menu Model delta-H en S bij T voor de thermochemische evaluatie van de twee dissociatiekanalen. De representatieve afbeelding toont de primaire structuren van alternatieve metaalbindende A- en H-peptiden. De kleur benadrukt de potentiële metalen bindingsplaatsen.De energieafhankelijkheid voor het vormen van de amb-metaal en NTA-metaal productionen wordt hier weergegeven. De botsingsenergie van het massamiddelpunt, waarbij er 50% dissociatie is van het amb-metaal-NTA ternaire complex, is opgenomen in de grafieken. De representatieve beelden tonen het dynamiekmodel voor de energie-opgeloste TCID-methode.De botsingen tussen het ambH-zink-NTA-complex plus argon resulteren in de dissociatie naar het ambH-zinkcomplex en vrije NTA, of NTA-zinkcomplex en vrije ambH-producten. De drempelenergieën E1 en E2 komen overeen met de 0 Kelvin-enthalpies van dissociatie voor de reacties ambH-zink-NTA-complex tot ambH-zinkcomplex en vrij NTA, of ambH-zink-NTA-complex tot NTA-zinkcomplex en vrije ambH, respectievelijk. De pm6 geometrie-geoptimaliseerde ternaire amb-metaal-NTA complexen van A en H worden hier getoond.Deze conformers werden gebruikt in de TCID-modellering van de experimentele gegevens en werden geselecteerd uit andere kandidaat-structuren door hun PM6 elektronische energieën te vergelijken met hoe hun berekende botsingsdoorsneden in vergelijking met de IM-MS botsingsdoorsneden maten. De energie-opgeloste TCID van de vier amb-metaal-NTA-complexen is afgebeeld in deze afbeeldingen. Voor soorten A en H worden hier de productionen van amb-metaal en NTA-metaal met de ingewikkelde CRUNCH-drempelfittingen weergegeven.De energiewaarden zijn de enthalpies van dissociatie bij 0 Kelvin voor de reacties amb-metaal-NTA op amb-metaal en vrije NTA, of amb-metaL-NTA op NTA-metaal en vrije amb. Een vergelijking van de Gibbs vrije energieën van associatie in kilojoule per mol en vormingsconstanten afgeleid van de enthalpies van dissociatie, netto nul Kelvin, met statische mechanica berekeningen met behulp van de PM6-parameters worden hier getoond. De reactie van NTA-nikkel en vrije ambA om het ambA-nikkel-NTA-complex te vormen vertoont de hoogste formatieconstante en vertegenwoordigt de reactie waarbij het ambA-gelabelde eiwit wordt geïmmobiliseerd door het NTA-nikkel in de affiniteitskolom.CRUNCH-fitting vereist een zorgvuldige screening van reactanten en producten om nauwkeurige drempelenergieën te verkrijgen. Expertise in moleculaire modellering om de structuren en betrouwbare moleculaire parameters te verkrijgen is vereist. De hier beschreven algemene methoden kunnen worden ontwikkeld voor het screenen van de effectiviteit van moleculen die zijn ontworpen om metaalcofactoren en actieve plaatsen van eiwitten te binden om de enzymatische functies te blokkeren.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Thermochemical Studies of Ni(II) and Zn(II) Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry

Preparation and Use of Samarium Diiodide (SmI2) in Organic Synthesis: The Mechanistic Role of HMPA and Ni(II) Salts in the Samarium Barbier Reaction

Preparation and Use of Samarium Diiodide SmI2 in Organic Synthesis: The Mechanistic Role of HMPA and NiII Salts in the Samarium Barbier Reaction

Voorbereiding en gebruik van samariumdijodide (SMI<sub&gt; 2</sub&gt;) In Organic Synthesis: The mechanische rol van HMPA en Ni (II) zouten in de Samarium Barbier Reaction

Although initially considered an esoteric reagent, SmI2 has become a common tool for synthetic organic chemists. SmI2 is generated through the addition of ...

Production of Disulfide-stabilized Transmembrane Peptide Complexes for Structural Studies

Productie van Disulfide gestabiliseerde Transmembrane peptidecomplexen voor structurele studies

Physical  interactions among the lipid-embedded alpha-helical domains of membrane  proteins play a crucial role in folding and assembly of membrane ...

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Copper (I) binding by metallochaperone transport proteins prevents copper oxidation and release of the toxic ions that may participate in harmful redox ...

Construction and Systematical Symmetric Studies of a Series of Supramolecular Clusters with Binary or Ternary Ammonium Triphenylacetates

Bouw en Systematische Symmetric Studies van een serie van Supramoleculaire Clusters met binaire of ternaire ammonium Triphenylacetates

Functions of clusters in nano or sub-nano scale significantly depend on not only kinds of their components but also arrangements, or symmetry, of their ...

Site Directed Spin Labeling and EPR Spectroscopic Studies of Pentameric Ligand-Gated Ion Channels

Site Gericht spin labeling en EPR spectroscopische Studies van pentamere Ligand-ionkanalen

Ion channel gating is a stimulus-driven orchestration of protein motions that leads to transitions between closed, open, and desensitized states. ...

Analyzing the Photo-oxidation of 2-propanol at Indoor Air Level Concentrations Using Field Asymmetric Ion Mobility Spectrometry

Analyseren van de foto-oxidatie van 2-propanol bij binnenlucht niveau concentraties met behulp van spectrometrie van de mobiliteit van veld asymmetrische Ion

We demonstrate a versatile protocol to be used for determining the effectiveness of photocatalysts in degrading indoor air concentration (ppb) volatile ...

Analyzing Protein Architectures and Protein-Ligand Complexes by Integrative Structural Mass Spectrometry

Analyseren van platforms voor eiwit en eiwit-Ligand complexen door integratieve structurele massaspectrometrie

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing ...

Imaging Corrosion at the Metal-Paint Interface Using Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry

Imaging corrosie bij de metaal verf-interface met behulp van tijd-of-Flight secundaire Ionenmassa spectrometrie

Corrosion developed at the paint and aluminum (Al) metal-paint interface of an aluminum alloy is analyzed using time-of-flight secondary ion mass ...

Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides

Ion Mobility-massaspectrometrie technieken voor het bepalen van de structuur en de mechanismen van metaalionen herkenning en redox activiteit van metaal bindende Oligopeptides

Electrospray ionization (ESI) can transfer an aqueous-phase peptide or peptide complex to the gas-phase while conserving its mass, overall charge, ...

Preparation of Binary and Ternary Deep Eutectic Systems

Voorbereiding van binaire en Ternary diepe eutectische systemen

The preparation of deep eutectic systems (DES) is a priori a simple procedure. By definition, two or more components are mixed together at a given molar ...