Name: thermochemical studies of ni(ii) and zn(ii) ternary complexes using ion mobility-mass spectrometry
Uploaded: 2022-06-08T13:50:00
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이 자료는 1764436, NSF REU 프로그램 (CHE-1659852), NSF 계측기 지원 (MRI-0821247), 성공을위한 물리학 및 천문학 장학금 (PASS) NSF 프로젝트 (1643567), 웰치 재단 (T-0014) 및 에너지부 (TX-W-20090427-0004-50) 및 L3 통신의 컴퓨팅 자원에 따라 국립 과학 재단이 지원하는 작업을 기반으로합니다. 저자들은 CRUNCH 프로그램을 공유하고 PBA의 피팅에 대한 조언을 해준 Kent M. Ervin (University of Nevada - Reno)과 Peter B. Armentrout (University of Utah)에게 감사드립니다. 저자들은 시그마 프로그램을 공유해 준 캘리포니아 대학교 산타바바라의 마이클 T. 보워(Michael T. Bower) 그룹에게 감사를 표한다.

참고: 그림 1 에서는 프로토콜의 개요를 보여 줍니다.
1. 시약의 제조
<ol><li>동결건조된 amb 펩티드(>98% 순도)를 구입하여 -80°C 냉동고에 보관한다.</li>
	<li>>99% 순도의 아연(II) 질산염 육수화물과 니켈(II) 질산염 육수화물을 구입합니다. 주의: 니켈(II) 질산염 육수화물은 환경 및 건강에 위험을 초래합니다.</li>
	<li>니트릴로트리아세트산, 폴...

중요한 단계 ES-IM-MS 역치 충돌 유도 해리(TCID) 분석. TCID는 아르곤의 존재하에 전달 T-파 셀을 충돌 셀로 사용했다. 해리 전에, 전구체 이온은 이온 이동성 (IM) 셀을 통과 할 때 질소 가스와의 저에너지 충돌에 의해 열화됩니다. 이는 트랩을 충돌 셀(6,40)로서 사용함으로써 달성되는 것보다 더 재현가능한 에너지 분해능 TCID를 초?...

이 연구는 대체 금속 결합 (amb) 삼원 금속 착물 [amb + M (II) + NTA]의 해리에 대한 상대 열화학의 결정을 허용하는 상업적으로 이용 가능한 이온 이동성 질량 분광계를 사용하는 새로운 기술을 설명합니다 (여기서 M = Zn 또는 Ni 및 NTA = 니트릴로 트리아세트산 (그림 1). 이들 반응은 고정화된 금속 친화성 크로마토그래피(IMAC)1,2 동안 NTA 고정화된 금속에 부착된 amb-태깅된 재조합 단백질의 해리를 모델링한다. 예로서, 이 방법은 amb A 및 H의 amb 헵타펩티드 태그를 사용하여 기술된다 (도 2) (이전 연구로부터 선택된 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 )는 Zn(II) 및 Ni(II) 결합 특성을 나타내므로, 정제 태그로서 잠재적인 응용을 갖는다. 그러나, 기술된 공정은 임의의 유기금속 시스템에서 열화학적 에너지를 평가하는데 사용될 수 있다. 이들 amb 펩티드는 NTA의 카르복실레이트 및 아민 부위와 경쟁하는 Aa1-Aa2 및 Aa6-Aa7 위치에 금속 결합 부위를 갖는다. 3개의 중앙 amb 아미노산은 스페이서(Gly3), 두 팔에 대한 힌지(Pro4), 및 장거리 π-금속 양이온 상호작용(Tyr5)을 제공한다.
복합체의 전체 1-전하 상태는 [amb+M(II)+NTA]-복합체의 잠재적 결합 부위의 양성자화 상태에 의해 결정된다. 2+ 산화 상태를 갖는 Ni(II) 또는 Zn(II)이 존재하기 때문에, 세 개의 탈양성자화된 음전하를 띤 부위의 그물이 있어야 한다. [amb+M(II)+NTA]- 복합체의 분자 모델링은 이들이 NTA로부터의 두 양성자와 amb로부터의 하나의 양성자(즉, [amb-H+M(II)+NTA-2H]-)임을 예측한다. 생성물 채널은 이온성 종 및 중성 종(즉, [NTA-3H+M(II)]- + amb 또는 [amb-3H+M(II)]- + NTA)를 함유한다. 원고에서 "-3H"는 복합체의 이름에서 제외되지만 독자는 -3H가 암시되어 있음을 알아야합니다. 이 기기는 두 개의 이온성 질량 대 전하 (m / z) 종의 상대적 강도를 측정합니다. ES-IM-MS 분석의 주요 특성은 여기와 이전 amb 연구 3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 에서 활용 된 특정 M / Z 종의 반응성을 검사 할 수 있다는 것입니다.
충돌-유도된 해리를 사용하여 대규모 복합체에 대한 열화학적 데이터를 획득하는 것은 상당한 관심의 대상이다(13,14). 운동 방법을 포함한 방법론은 에너지 범위에 걸쳐 데이터를 피팅하는 데 도움이되지 않으며 다중 충돌 환경15,16,17,18을 설명하지도 않습니다. 여기서, Armentrout, Ervin, Rodgers에 의해 유도 이온 빔 탠덤 질량 분광법을 사용하여 개발된 임계 CID(TCID) 방법은 이동파 이온 가이드를 활용한 새로운 ES-IM-MS 계측기 플랫폼에19를 적용한다. TCID 방법은 삼원 복합체를 두 제품 채널로 해리시키는 상대적 열화학적 분석을 허용하며, 반응물의 번역 에너지 (이 연구에서 삼원 복합체)와 불활성 표적 가스 (이 경우 아르곤) 사이의 충돌 에너지 전달을 설명하는 임계 법칙을 포함합니다. 이 방법은 반응물의 내부 에너지 분포(20), 반응물과 표적 가스(21) 사이의 번역 에너지 분포, 및 총 각운동량 분포(22,23)를 통한 통합을 포함한다. 제품의 관찰을 위한 제한된 시간 윈도우로부터 기인하는 운동 이동의 해리 확률 및 통계적 라이스-람스퍼거-카셀-마커스(RRKM) 보정이 포함된다(24). 두 개의 독립적인 제품 채널의 경우, 경쟁력 있는 TCID 방식을 통해 두 개의 경쟁 제품 채널을 동시에 장착할 수 있습니다. 복합체의 해리는 궤도 전이 상태를 통해 이루어지며, 이는 생성물의 특성을 갖지만 잠긴 쌍극자(25)에 의해 함께 유지된다. TCID 방법은 CRUNCH 프로그램(26)에 통합되고, 사용자 인터페이스의 동작은 삼원(amb+M(II)+NTA]-복합체의 두 해리 채널의 열화학을 평가하기 위해 여기에서 설명된다. CRUNCH 프로그램은 개발자26의 요청에 따라 사용할 수 있습니다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile HPLC-grade</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A998SK-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alternative metal binding (amb) peptides</td>
			<td>PepmicCo (www.pepmic.com)</td>
			<td></td>
			<td>designed peptides were synthized by order</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate (ultrapure)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97061-014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium hydroxide (trace metal grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A512-P500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Driftscope 2.1 software program</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gaussian 09</td>
			<td>Gaussian</td>
			<td></td>
			<td>Electronic Structure Modeling Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GaussView</td>
			<td>Gaussian</td>
			<td></td>
			<td>Graphical Interface to Visualize Computations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glacial acetic acid (Optima grade)</td>
			<td>Fisher Scientific (www.Fishersci.com)</td>
			<td>A465-250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ion-scaled Lennard-Jones (LJ) method</td>
			<td>Sigma</td>
			<td></td>
			<td>Michael T. Bowers&#8217; group of University of California at Santa Barbara</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MassLynx 4.1</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>software analysis program</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>87003-294</td>
			<td>1.7 mL, polypropylene</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>87003-298</td>
			<td>2.0 mL, polypropylene</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ni(II) nitrate hexahydrate (99% purity)</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>A15540</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Poly-DL-alanine</td>
			<td>Sigma-Aldrich (www.sigmaaldrich.com)</td>
			<td>P9003-25MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Waters Synapt G1 HDMS</td>
			<td>Waters (www.waters.com)</td>
			<td></td>
			<td>&#160;quadrupole - ion mobility- time-of-flight mass spectrometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zn(II) nitrate hexahydrate (99%+ purity)</td>
			<td>Alfa Aesar (www.alfa.com)</td>
			<td>12313</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

thermochemical studies of ni(ii) and zn(ii) ternary complexes using ion mobility-mass spectrometry

이 기사에서는 전기 분무 이온 이동성 - 질량 분광법 (ES-IM-MS) 및 에너지 분해 임계 충돌 유도 해리 (TCID)를 사용하여 음전하를 띤 [amb + M (II) + NTA]- 삼원 복합체를 두 개의 제품 채널로 해리시키는 열화학을 측정하는 실험 프로토콜을 설명합니다 : [amb + M (II)] + NTA 또는 [NTA + M (II)]-  + amb, 여기서 M=Zn 또는 Ni이고 NTA는 니트릴로트리아세트산이다. 상기 복합체는 1차 구조를 갖는 대체 금속 결합(amb) 헵타펩타이드 중 하나를 함유하며, 여기서 아미노산은 아세틸-His 1-Cys 2-Gly 3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys 7 또는 아세틸-Asp1-Cys 2-Gly3-Pro 4-Tyr 5-His 6-Cys7이며, 여기서 아미노산' Aa 1,2,6,7 위치는 잠재적인 금속 결합 부위이다. 삼항 복합체와 그 제품의 기하학적으로 최적화된 고정 상태는 양자 화학 계산(현재 PM6 반경험적 해밀턴)에서 전자 에너지와 충돌 단면(CCS)을 ES-IM-MS에 의해 측정된 것과 비교하여 선택되었다. PM6 주파수 계산에서, 삼원 복합체 및 그 생성물의 분자 파라미터는 경쟁적인 TCID 방법을 사용하여 두 제품 채널의 에너지 의존적 강도를 모델링하여 해리의 0K 엔탈피(ΔH0)와 관련된 반응의 임계 에너지를 결정한다. PM6 회전 및 진동 주파수를 사용하는 통계 역학 열 및 엔트로피 보정은 해리의 298K 엔탈피를 제공합니다 (ΔH298). 이들 방법은 삼항 금속 이온 착물의 범위에 대한 열화학 및 평형 상수를 결정할 수 있는 EI-IM-MS 루틴을 기술한다.

A 및 H의 삼항 복합체를 [amb+M(II)]- + NTA 또는 [NTA+M(II)]- + amb로 [amb+M(II)+NTA]- + amb로 경쟁적 충돌-유도된 해리가 도 3에 도시되어 있다. amb는 A 또는 H로 표시되고 M=Zn 또는 Ni로 표시된다. [A+Zn(II)+NTA]- 삼원 복합체(도 3A)는 [A+Zn(II)]를 생성하기 위해 약 0.7eV 충돌 에너지(CE)의 겉?...

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Thermochemical Studies of NiII and ZnII Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry

이 기사에서는 전기 분무 이온 이동성 - 질량 분광법, 반 경험적 양자 계산 및 에너지 해결 임계 충돌 유도 해리를 사용하여 관련 삼원 금속 착물의 해리의 상대적 열화학을 측정하는 실험 프로토콜을 설명합니다.

이온 이동성-질량 분광법을 이용한 Ni(II) 및 Zn(II) 삼항 복합체의 열화학적 연구

This article describes an experimental protocol using electrospray-ion mobility-mass spectrometry (ES-IM-MS) and energy-resolved threshold ...

이 새로운 기술은 이온 이동성-질량 분석법과 분자 모델링 및 반응 역학 이론을 결합하여 삼원 복합체의 두 경쟁 해리 반응의 상대 열화학을 결정합니다. 이러한 기술의 조합은 반응물 및 생성물 반응 경로, 구조적 구조 및 금속 이온과 삼원 복합체를 형성하는 리간드의 친화력을 특성화합니다. 이 연구는 재조합 단백질 정제를 위한 두 개의 잠재적인 펩타이드 태그의 반응성을 모델링하며, 여기서 태그는 고정화된 금속 친화성 컬럼에서 니트릴로트리아세트산에 의해 킬레이트화된 금속과 반응합니다.2 밀리리터 샘플을 2.5 밀리리터 무딘 코 주사기에 넣고 분당 10 마이크로 리터의 유속으로 기기의 주사기 펌프를 사용하여 기기의 전기 분무에 샘플을 주입하는 것으로 시작합니다. 기기를 음이온 이동도-질량 분석법 또는 IM-MS 모드로 설정합니다. 질량 분석 프로그램을 열고 스펙트럼을 선택하여 음전하를 띤 대체 금속 결합 삼원 복합체 또는 amb-metal-NTA 복합체의 질량-전하 동위원소 패턴을 식별합니다.그런 다음 도구를 선택한 다음 동위원소 모델을 선택합니다. 팝업 창에서 복합체의 분자식을 나열하고 전하를 띤 이온 표시 확인란을 선택하고 음의 전하로 1을 입력하고 복합체의 표시된 동위 원소 패턴을 OK.In 클릭하고 가장 낮은 질량 피크를 확인합니다. 계측기 소프트웨어에서 설정을 선택한 다음 쿼드 프로파일을 선택합니다.그런 다음 수동 고정(Manual Fixed)을 선택하고 가장 낮은 동위원소 패턴 피크의 질량을 입력합니다. 업데이트를 클릭하고 창을 닫습니다. 다시 설정을 선택한 다음 쿼드 해결을 클릭합니다.5분의 실행 지속 시간 및 2초의 스캔 시간을 이용하여 첫 번째 전달 충돌 에너지부터 시작하는 음이온 IM-MS 스펙트럼을 수집한다. 반복하여 각각의 다른 충돌 에너지에 대한 IM-MS 스펙트럼을 수집합니다. 삼원 amb-metal-NTA 복합체와 NTA-금속 복합체 및 amb-금속 복합체의 두 제품에 대해 통합 도착 시간 분포 또는 ATD 영역을 활용하여 상대적 백분율 척도로 정규화합니다.반복 임계값 충돌 유도 해리 또는 TCID 측정에서 각 데이터 포인트의 평균 및 표준 편차를 찾습니다. 그런 다음 실험실 프레임 전달 충돌 에너지를 질량 중심 충돌 에너지로 변환합니다. 충돌 단면을 측정하려면 기기 작동 조건을 사용하여 10분 동안 10ppm 폴리-DL-알라닌 또는 PA 샘플의 음이온 IM-MS 스펙트럼을 수집합니다.이어서, 5분 동안 각 삼원 복합체의 IM-MS 스펙트럼을 수집한다. 각 PA 및 삼원 복합체의 ATD를 추출하고 드리프트 시간 유지 옵션을 사용하여 파일을 질량 분석 소프트웨어로 내보냅니다. 해당 ATD 곡선의 최대값에서 평균 도착 시간을 구합니다.횡단면 보정 방법을 사용하여 평균 도착 시간을 삼항 복합체의 충돌 단면으로 변환합니다. CRUNCH 기본 메뉴에서 질량 중심의 에너지 또는 제품의 ECM 종속 상대 강도가 포함된 GB5 텍스트 파일을 엽니다. 아니요라고 응답하여 매개 변수를 읽습니다.그런 다음 모델링을 선택한 다음 모든 매개 변수 설정을 선택합니다. 반응 모델 옵션에서 기본 임계값 CID 옵션을 선택한 다음 삼항 복합체의 에너지 전달 분포에 대한 적분을 사용하여 RRKM을 선택합니다. 모델링된 독립 제품 채널에 대해 2를 입력하고 횡단면 계산을 선택합니다.비컨볼루션 모델 유형의 경우 충돌 셀에서 비행 시간 검출기까지의 50마이크로초 시간 창으로 인한 운동 이동의 통계적 RRKM 보정을 포함하는 0 켈빈 횡단면을 선택합니다. 컨벌루션 옵션의 경우, 삼항 복합 이온과 아르곤 충돌 기체 사이의 변환 에너지 분포에 대한 컨벌루션을 포함하는 Tiernan의 이중 적분을 선택합니다. 수치 적분 방법의 경우 미리 저장된 단면이 있는 가우스 구적법을 선택합니다.분자 파라미터를 입력하는 옵션에서 G를 입력하여 삼항 복합체의 PM6 진동 및 회전 주파수로 구조 모델링 파일을 읽습니다. 질문에 예라고 대답하십시오:반응물 중 하나가 원자입니까? 모델링 파일의 위치와 이름을 씁니다.이온 전하의 경우 1을 입력하고 아르곤 가스의 분극성에 대해 1.664를 입력합니다. 이온의 질량과 표적의 질량은 각각 삼항 복합체와 아르곤에 대한 것이며 GB5 텍스트 파일에서 자동으로 읽습니다. 고조파 진동의 경우 0을 입력합니다.Enter 키를 눌러 구조 모델링 파일에서 1차원 및 2차원 회전 상수를 읽습니다. 힌더드 로터 처리의 경우 기본값 0을 선택하고 분자 대칭의 경우 1을 선택합니다. 반응물 온도에 대해 기본 300켈빈을 선택합니다.상태 배열의 밀도를 줄이는 방법에 대해 통합을 선택합니다. 예를 선택하여 에너지 분포를 자릅니다. 분배를 위한 최대 에너지의 경우 40000 파수, 빈 크기의 경우 2개의 파수, 에너지 분포의 포인트 수에는 32를 입력합니다.TCID/RRKM 모델에 대한 파라미터의 경우 변경에 대해 예를 선택하고 고정 시간에 0을 입력하고 탐지 창의 상한에 0.000050초를 입력합니다. 제품 채널 1의 경우 해리 채널 옵션에서 단일 전환 상태에 대해 1을 선택하고 순차 해리가 없는 경우 0을 선택합니다. 전환 상태 유형의 경우 궤도에 대해 1을 선택합니다.G를 선택하여 amb-metal 컴플렉스와 NTA 제품에 대한 PM6 회전 및 진동 매개변수가 포함된 모델링 프로그램 파일을 읽습니다. 아니오를 입력하십시오 : 위상 공간 제한 전이 상태 또는 PSL TS 중 하나가 원자 종입니까? amb-metal 컴플렉스 파일의 위치와 이름을 입력합니다.스케일 주파수에 1.062를 사용하고, 원자 수에 대해 Enter 키를 누르고, 아니오를 입력합니다:분자가 선형입니까? NTA 제품의 진동 및 회전 주파수가 포함된 모델링 파일에 대해 동일한 작업을 반복합니다. 궤도 TS에 대한 설명을 입력합니다. amb-metal 이온의 전하에 대해 1.0을 입력한 다음 NTA의 분극성과 쌍극자 모멘트를 입력합니다.회전 온도의 경우 0 켈빈을 선택하고 궤도 전이 상태의 처리를 위해 잠긴 쌍극자를 선택합니다. amb-metal 이온과 NTA의 평균 질량을 입력합니다. Enter 키를 눌러 모델링 파일에서 1차원 및 2차원 회전 상수를 읽습니다.방해 로터의 경우 0, 분자 대칭의 경우 1, 반응 축퇴의 경우 1을 선택합니다. 변경 없음 옵션을 입력합니다. 제품 채널 2의 경우 단일 전환 상태에 대해 1을 선택하고, 순차 해리에 대해 없음에 대해 0을 선택하고, 전이 상태 유형에 대해 궤도에 대해 1을 선택합니다.NTA-금속 복합체 및 amb 제품에 대한 PM6 회전 및 진동 매개변수가 포함된 모델링 파일을 읽으려면 G를 선택합니다. 그런 다음 궤도 TS에 대한 설명을 입력합니다. NTA- 금속 착물 이온의 전하에 대해 1.0을 입력하고 amb의 분극성과 쌍극자 모멘트를 입력하십시오. 회전 온도로 0 켈빈을 선택하고 궤도 전이 상태를 처리하려면 잠긴 쌍극자를 선택합니다.NTA- 금속 복합체 및 amb 제품의 평균 질량을 입력하십시오. Enter 키를 눌러 모델링 파일에서 1차원 및 2차원 회전 상수를 읽습니다. 방해 로터의 경우 0, 분자 대칭의 경우 1, 반응 축퇴의 경우 1을 선택합니다.그런 다음 변경 사항 없음을 입력합니다. 비활성 2차원 회전을 처리하려면 통계적 각운동량 분포에 대한 기본 옵션을 선택하고 P-E, G over J 분포를 적분하십시오. 통합의 포인트 수에서 기본값 32를 사용합니다.모형 메뉴에서 데이터에 맞게 모수 최적화를 선택하고 데이터 피팅을 시작하고 종료할 최소 에너지와 최대 에너지를 각각 입력합니다. 가중치 모델의 실험 표준 편차에 대해 1을 선택합니다. 데이터를 기반으로 일반적으로 0.01에서 0.001 사이의 최소 허용 표준 편차를 선택합니다.E0 수렴 한계에 기본값을 사용하고 현재 값으로 매개변수를 유지하려면 아니요를 선택하고, 하한 및 상한에 대해 0.5 및 2.0 전자 볼트를, 파생 평가 방법에 대해 2를 선택합니다. 최적화 메뉴에서 최적화 시작을 선택합니다. CRUNCH 프로그램은 선택한 TCID 모델을 실험 데이터에 최적화합니다.마지막으로 모델 메뉴에서 두 해리 채널의 열화학적 평가를 위해 T에서 delta-H 및 S를 선택합니다. 대표적인 이미지는 대체 금속 결합 A 및 H 펩티드의 1 차 구조를 보여줍니다. 색상은 잠재적인 금속 결합 부위를 강조 표시합니다.amb-metal 및 NTA-metal 생성물 이온을 형성하기 위한 에너지 의존성이 여기에 나와 있습니다. 질량 중심 충돌 에너지, 여기서 amb-metal-NTA 삼원 복합체의 50% 해리가 그래프에 포함됩니다. 대표 이미지는 에너지 분해 TCID 방법의 동역학 모델을 보여줍니다.ambH-아연-NTA 복합체와 아르곤 사이의 충돌은 ambH-아연 복합체와 유리 NTA 또는 NTA-아연 복합체와 유리 ambH 생성물로의 해리를 초래합니다. 임계 에너지 E1 및 E2는 ambH-아연-NTA 복합체에서 ambH-아연 복합체 및 유리 NTA 또는 ambH-아연-NTA 복합체에서 NTA-아연 복합체 및 유리 ambH로의 반응에 대한 해리의 0 켈빈 엔탈피와 같습니다. A와 H의 PM6 지오메트리 최적화 삼원 amb-metal-NTA 복합체가 여기에 나와 있습니다.이러한 컨포머는 실험 데이터의 TCID 모델링에 사용되었으며 PM6 전자 에너지 및 IM-MS가 측정한 충돌 단면과 비교하여 계산된 충돌 단면을 비교하여 다른 후보 구조에서 선택되었습니다. 4개의 amb-metal-NTA 복합체의 에너지 분해 TCID가 이 이미지에 묘사되어 있습니다. 종 A 및 H의 경우, 복잡한 CRUNCH 임계 피팅을 갖는 amb-metal 및 NTA- 금속의 생성물 이온이 여기에 표시됩니다.에너지 값은 amb-metal-NTA에서 amb-metal 및 free NTA 또는 amb-metaL-NTA에서 NTA-metal 및 free amb로의 반응에 대한 0 켈빈에서의 해리 엔탈피입니다. 몰당 킬로줄 단위의 Gibbs 자유 에너지 및 해리 엔탈피에서 파생된 형성 상수, 순 제로 켈빈을 PM6 매개변수를 사용한 정적 역학 계산과 비교한 것이 여기에 나와 있습니다. ambA-니켈-NTA 복합체를 형성하기 위한 NTA-니켈과 유리 ambA의 반응은 가장 높은 형성 상수를 나타내며 ambA-태그된 단백질이 친화성 컬럼 내부의 NTA-니켈에 의해 고정화되는 반응을 나타냅니다.크런치 피팅은 정확한 임계 에너지를 얻기 위해 반응물과 생성물을 신중하게 스크리닝해야 합니다. 구조와 신뢰할 수 있는 분자 파라미터를 얻기 위한 분자 모델링에 대한 전문 지식이 필요합니다. 여기에 설명된 전체 방법은 효소 기능을 차단하기 위해 금속 보조인자 및 단백질의 활성 부위에 결합하도록 설계된 분자의 효과를 스크리닝하기 위해 개발될 수 있습니다.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Thermochemical Studies of Ni(II) and Zn(II) Ternary Complexes Using Ion Mobility-Mass Spectrometry

Preparation and Use of Samarium Diiodide (SmI2) in Organic Synthesis: The Mechanistic Role of HMPA and Ni(II) Salts in the Samarium Barbier Reaction

Preparation and Use of Samarium Diiodide SmI2 in Organic Synthesis: The Mechanistic Role of HMPA and NiII Salts in the Samarium Barbier Reaction

준비와 사마륨 Diiodide 이용 (SMI<sub&gt; 2</sub&gt;) 유기 합성의 : 사마륨 Barbier 반응에 HMPA과 니켈 (II) 소금의 기계론의 역할

Although initially considered an esoteric reagent, SmI2 has become a common tool for synthetic organic chemists. SmI2 is generated through the addition of ...

연구

화학

Production of Disulfide-stabilized Transmembrane Peptide Complexes for Structural Studies

구조 연구 생산 이황화 - 안정화 Transmembrane의 펩타이드 단지

Physical  interactions among the lipid-embedded alpha-helical domains of membrane  proteins play a crucial role in folding and assembly of membrane ...

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Structure and Coordination Determination of Peptide-metal Complexes Using 1D and 2D 1H NMR

Copper (I) binding by metallochaperone transport proteins prevents copper oxidation and release of the toxic ions that may participate in harmful redox ...

Construction and Systematical Symmetric Studies of a Series of Supramolecular Clusters with Binary or Ternary Ammonium Triphenylacetates

건설 및 바이너리 또는 삼항 암모늄 Triphenylacetates와 초분자 클러스터의 시리즈의 체계적 대칭 연구

Functions of clusters in nano or sub-nano scale significantly depend on not only kinds of their components but also arrangements, or symmetry, of their ...

Site Directed Spin Labeling and EPR Spectroscopic Studies of Pentameric Ligand-Gated Ion Channels

사이트 감독 스핀 라벨 및 펜타 머 리간드 - 게이 티드 이온 채널의 EPR 분광 연구

Ion channel gating is a stimulus-driven orchestration of protein motions that leads to transitions between closed, open, and desensitized states. ...

Analyzing the Photo-oxidation of 2-propanol at Indoor Air Level Concentrations Using Field Asymmetric Ion Mobility Spectrometry

2-프로 판 올 필드 비대칭 이온 기동성 분 광 분석을 사용 하 여 실내 공기 수준 농도에서 사진 산화 분석

We demonstrate a versatile protocol to be used for determining the effectiveness of photocatalysts in degrading indoor air concentration (ppb) volatile ...

Analyzing Protein Architectures and Protein-Ligand Complexes by Integrative Structural Mass Spectrometry

단백질 구조와 통합 구조 질량 분석, 단백질-리간드 단지 분석

Proteins are an important class of biological macromolecules that play many key roles in cellular functions including gene expression, catalyzing ...

Imaging Corrosion at the Metal-Paint Interface Using Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry

비행 시간 보조 이온 질량 분석기를 사용 하 여 금속 페인트 인터페이스의 이미징 부식

Corrosion developed at the paint and aluminum (Al) metal-paint interface of an aluminum alloy is analyzed using time-of-flight secondary ion mass ...

Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides

금속 결합 올리고펩타이드의 금속 이온 인식 및 Redox 활성의 구조 및 메커니즘을 결정하기 위한 이온 이동성 질량 분광법 기술

Electrospray ionization (ESI) can transfer an aqueous-phase peptide or peptide complex to the gas-phase while conserving its mass, overall charge, ...

Preparation of Binary and Ternary Deep Eutectic Systems

이진 및 삼차 심층 공융 시스템의 준비

The preparation of deep eutectic systems (DES) is a priori a simple procedure. By definition, two or more components are mixed together at a given molar ...