Name: a mass spectrometry-based approach to identify phosphoprotein phosphatases and their interactors
Uploaded: 2022-04-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A Mass Spectrometry-Based Approach to Identify Phosphoprotein Phosphatases and their Interactors at JoVE.com

एएनके एनआईएच आर 33 सीए 225458 और आर 35 जीएम 11 9 455 से समर्थन स्वीकार करता है। हम उनकी उपयोगी चर्चा के लिए केटेनबैक और गेरबर प्रयोगशालाओं को धन्यवाद देते हैं।

नोट: पीआईबी की पीढ़ी मूरहेड एट अल द्वारा वर्णित के रूप में की जाती है, जहां 1 मिलीग्राम माइक्रोसिस्टिन और लगभग 6 मिलीलीटर सेफरोज को 5 मिलीग्राम / एमएल17 तक की बाध्यकारी क्षमता के साथ पीआईबी उत्पन्?...

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	<li>Nilsson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+phosphatases+in+the+regulation+of+mitosis.">Protein phosphatases in the regulation of mitosis.</a> Journal of Cell Biology. 218 (2), 395-409 (2019).</li><li>Brautigan, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+Ser/Thr+phosphatases--the+ugly+ducklings+of+cell+signalling.">Protein Ser/Thr phosphatases--the ugly ducklings of cell signalling.</a> The FEBS Journal. 280 (2), 324-345 (2013).</li><li>Brautigan, D. L., Shenolikar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+serine/threonine+phosphatases:+keys+to+unlocking+regulators+and+substrates.">Protein serine/threonine phosphatases: keys to unlocking regulators and substrates.</a> Annual Review of Biochemistry. 87, 921-964 (2018).</li><li>Janssens, V., Goris, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+phosphatase+2A:+A+highly+regulated+family+of+serine/threonine+phosphatases+implicated+in+cell+growth+and+signalling.">Protein phosphatase 2A: A highly regulated family of serine/threonine phosphatases implicated in cell growth and signalling.</a> Biochemical Journal. 353, 417-439 (2001).</li><li>Virshup, D. M., Shenolikar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+promiscuity+to+precision:+protein+phosphatases+get+a+makeover.">From promiscuity to precision: protein phosphatases get a makeover.</a> Molecular Cell. 33 (5), 537-545 (2009).</li><li>Bollen, M., Peti, W., Ragusa, M. 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J., Creyghton, M. P., Bernards, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+phosphatase+2A+regulatory+subunits+and+cancer.">Protein phosphatase 2A regulatory subunits and cancer.</a> Biochimica et Biophysica Acta. 1795 (1), 1-15 (2009).</li><li>Bantscheff, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+chemical+proteomics+reveals+mechanisms+of+action+of+clinical+ABL+kinase+inhibitors.">Quantitative chemical proteomics reveals mechanisms of action of clinical ABL kinase inhibitors.</a> Nature Biotechnology. 25 (9), 1035-1044 (2007).</li><li>Klaeger, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+proteomics+reveals+ferrochelatase+as+a+common+off-target+of+kinase+inhibitors.">Chemical proteomics reveals ferrochelatase as a common off-target of kinase inhibitors.</a> ACS Chemical Biology. 11 (5), 1245-1254 (2016).</li><li>Duncan, J. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+reprogramming+of+the+kinome+in+response+to+targeted+MEK+inhibition+in+triple-negative+breast+cancer.">Dynamic reprogramming of the kinome in response to targeted MEK inhibition in triple-negative breast cancer.</a> Cell. 149 (2), 307-321 (2012).</li><li>Cooper, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+multiplexed+kinase+inhibitor+beads+to+study+kinome+adaptations+in+drug-resistant+leukemia.">Application of multiplexed kinase inhibitor beads to study kinome adaptations in drug-resistant leukemia.</a> PLoS ONE. 8 (6), 66755 (2013).</li><li>Lyons, S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+quantitative+chemical+proteomic+strategy+for+profiling+phosphoprotein+phosphatases+from+yeast+to+humans.">A quantitative chemical proteomic strategy for profiling phosphoprotein phosphatases from yeast to humans.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 17 (12), 2448-2461 (2018).</li><li>Nasa, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+kinase+and+phosphatase+profiling+reveal+that+CDK1+phosphorylates+PP2Ac+to+promote+mitotic+entry.">Quantitative kinase and phosphatase profiling reveal that CDK1 phosphorylates PP2Ac to promote mitotic entry.</a> Science Signaling. 13 (648), (2020).</li><li>Swingle, M., Ni, L., Honkanen, R. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small-molecule+inhibitors+of+ser/thr+protein+phosphatases:+specificity,+use+and+common+forms+of+abuse.">Small-molecule inhibitors of ser/thr protein phosphatases: specificity, use and common forms of abuse.</a> Methods in Molecular Biology. 365, 23-38 (2007).</li><li>Moorhead, G. B. G., Haystead, T. A. J., MacKintosh, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Synthesis+and+use+of+the+protein+phosphatase+affinity+matrices+microcystin-sepharose+and+microcystin-biotin-sepharose.">Synthesis and use of the protein phosphatase affinity matrices microcystin-sepharose and microcystin-biotin-sepharose.</a> Methods in Molecular Biology. 365, 39-45 (2007).</li><li>Brauer, B. L., Wiredu, K., Mitchell, S., Moorhead, G. B., Gerber, S. A., Kettenbach, A. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Affinity-based+profiling+of+endogenous+phosphoprotein+phosphatases+by+mass+spectrometry.">Affinity-based profiling of endogenous phosphoprotein phosphatases by mass spectrometry.</a> Nature Protocols. 16 (10), 4919-4943 (2021).</li><li>Hughes, C. S., Moggridge, S., M&#252;ller, T., Sorensen, P. H., Morin, G. B., Krijgsveld, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-pot,+solid-phase-enhanced+sample+preparation+for+proteomics+experiments.">Single-pot, solid-phase-enhanced sample preparation for proteomics experiments.</a> Nature Protocols. 14 (1), 68-85 (2019).</li><li>Rappsilber, J., Mann, M., Ishihama, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protocol+for+micro-purification,+enrichment,+pre-fractionation+and+storage+of+peptides+for+proteomics+using+StageTips.">Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using StageTips.</a> Nature Protocols. 2 (8), 1896-1906 (2007).</li><li>Zecha, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TMT+labeling+for+the+masses:+A+robust+and+cost-efficient,+in-solution+labeling+approach.">TMT labeling for the masses: A robust and cost-efficient, in-solution labeling approach.</a> Molecular and Cellular Proteomics. 18 (7), 1468-1478 (2019).</li><li>Elias, J. E., Gygi, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Target-decoy+search+strategy+for+increased+confidence+in+large-scale+protein+identifications+by+mass+spectrometry.">Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry.</a> Nature Methods. 4 (3), 207-214 (2007).</li><li>Eng, J. K., Jahan, T. A., Hoopmann, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comet:+an+open-source+MS/MS+sequence+database+search+tool.">Comet: an open-source MS/MS sequence database search tool.</a> Proteomics. 13 (1), 22-24 (2013).</li><li>Tyanova, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Perseus+computational+platform+for+comprehensive+analysis+of+(prote)omics+data.">The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data.</a> Nature Methods. 13 (9), 731-740 (2016).</li><li>Yu, S. H., Ferretti, D., Schessner, J. P., Rudolph, J. D., Borner, G. H. H., Cox, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expanding+the+Perseus+software+for+omics+data+analysis+With+custom+plugins.">Expanding the Perseus software for omics data analysis With custom plugins.</a> Current Protocols in Bioinformatics. 71 (1), 1-29 (2020).</li></ol>

पीआईबी-एमएस एक रासायनिक प्रोटिओमिक्स दृष्टिकोण है जिसका उपयोग एक ही विश्लेषण में विभिन्न नमूना स्रोतों से पीपीपीओम को मात्रात्मक रूप से प्रोफाइल करने के लिए किया जाता है। किनोम का अध्ययन करने के लिए...

प्रोटीन फॉस्फोराइलेशन अधिकांश सेलुलर प्रक्रियाओं को नियंत्रित करता है, जिसमें डीएनए क्षति, विकास कारक सिग्नलिंग और माइटोसिस 1,2,3 के माध्यम से पारित होने की प्रतिक्रिया तक सीमित नहीं है। स्तनधारी कोशिकाओं में, अधिकांश प्रोटीन किसी समय एक या एक से अधिक सेरीन, थ्रेओनिन या टायरोसिन अवशेषों पर फॉस्फोराइलेटेड होते हैं, फॉस्फोसेरिन और फॉस्फोथ्रोनिन में सभी फॉस्फोराइलेशन साइटों का लगभग 98%शामिल होता है 2,3। जबकि सेलुलर सिग्नलिंग में किनेसेस का बड़े पैमाने पर अध्ययन किया गया है, गतिशील सेलुलर प्रक्रियाओं के विनियमन में पीपीपी की भूमिका अभी भी उभर रही है।
फॉस्फोराइलेशन गतिशीलता को किनेसेस और फॉस्फेटेस के बीच गतिशील परस्पर क्रिया द्वारा नियंत्रित किया जाता है। स्तनधारी कोशिकाओं में, 400 से अधिक प्रोटीन किनेसेस होते हैं जो सेरीन / थ्रेओनिन फॉस्फोराइलेशन को उत्प्रेरित करते हैं। इनमें से 90% से अधिक साइटें फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेटेस (पीपीपी) द्वारा डिफॉस्फोराइलेटेड हैं, एंजाइमों का एक छोटा सा परिवार जिसमें पीपी 1, पीपी 2 ए, पीपी 2 बी, पीपी 4-7, पीपीटी और पीपीजेड 2,3 शामिल हैं। पीपी 1 और पीपी 2 ए सेल 2,3,4 के भीतर फॉस्फोसेरिन और फॉस्फोथ्रोनिन डिफॉस्फोराइलेशन के बहुमत के लिए जिम्मेदार हैं। किनेसेस और फॉस्फेटेस के बीच संख्या में उल्लेखनीय अंतर और इन विट्रो में पीपीपी उत्प्रेरक सबयूनिट्स की विशिष्टता की कमी ने इस विश्वास को जन्म दिया कि किनेसेस फॉस्फोराइलेशन 2,3 के मुख्य निर्धारक हैं। हालांकि, कई अध्ययनों ने मल्टीमेरिक होलोनजाइम्स 5,6,7,8,9 के गठन के माध्यम से सब्सट्रेट विशिष्टता स्थापित करने के लिए फॉस्फेटेस दिखाए हैं। उदाहरण के लिए, पीपी 1 एक हेटेरोडिमर है जिसमें एक उत्प्रेरक सबयूनिट होता है और, एक निश्चित समय पर, 150 से अधिक नियामक सबयूनिट्स में से एक 6,7,8 होता है। इसके विपरीत, पीपी 2 ए एक हेटरोट्रिमर है जो एक मचान (ए), एक नियामक (बी), और एक उत्प्रेरक (सी) सबयूनिट 2,3,9 से बना है। पीपी 2 ए नियामक सबयूनिट्स (बी 55, बी 56, पीआर 72, और स्ट्रेटिन) के चार अलग-अलग परिवार हैं, जिनमें से प्रत्येक में कई जीन, स्प्लिस वेरिएंट और स्थानीयकरण पैटर्न 2,3,9 हैं। पीपीपी की बहुआयामी प्रकृति किनेसेस और पीपीपी उत्प्रेरक सबयूनिट्स की संख्या में अंतर को भरती है। हालांकि, यह पीपीपी सिग्नलिंग का अध्ययन करने के लिए विश्लेषणात्मक चुनौतियां पैदा करता है। पीपीपी सिग्नलिंग का व्यापक रूप से विश्लेषण करने के लिए, एक सेल या ऊतक के भीतर विभिन्न होलोएंजाइम की जांच करना महत्वपूर्ण है। किनेज अवरोधक मोतियों के उपयोग के माध्यम से मानव किनोम का अध्ययन करने में महान प्रगति हुई है, जिसे मल्टीप्लेक्स अवरोधक मोती या किनोबीड्स कहा जाता है, एक रासायनिक प्रोटिओमिक रणनीति जहां किनेज अवरोधकों को मोतियों पर स्थिर किया जाता है और मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग समृद्ध किनेसेस और उनके इंटरैक्टर्स 10,11,12,13 की पहचान करने के लिए किया जाता है।
हमने पीपीपी जीव विज्ञान का अध्ययन करने के लिए एक समान दृष्टिकोण स्थापित किया है। इस तकनीक में माइक्रोसिस्टिन-एलआर (एमसीएलआर) नामक एक स्थिर, गैर-चयनात्मक पीपीपी अवरोधक के साथ मोतियों का उपयोग करके पीपीपी उत्प्रेरक सबयूनिट्स का आत्मीयता कैप्चर शामिल है जिसे फॉस्फेट इनहिबिटर मोती (पीआईबी) 14,15 कहा जाता है। अन्य तरीकों के विपरीत जिनके लिए अंतर्जात टैगिंग या बहिर्जात पीपीपी सबयूनिट्स की अभिव्यक्ति की आवश्यकता होती है जो प्रोटीन गतिविधि या स्थानीयकरण को बदल सकते हैं, पीआईबी-एमएस अंतर्जात पीपीपी उत्प्रेरक सबयूनिट्स, उनके संबंधित नियामक और मचान सबयूनिट्स, और किसी दिए गए समय बिंदु पर या विशिष्ट उपचार स्थितियों के तहत कोशिकाओं और ऊतकों से इंटरैक्टिंग प्रोटीन (जिसे पीपीपीओम कहा जाता है) के संवर्धन की अनुमति देता है। एमसीएलआर नैनोमोलर सांद्रता में पीपी 1, पीपी 2 ए, पीपी 4-6, पीपीटी और पीपीजेड को रोकता है, जिससे पीपीपीओएम16 के लिए समृद्ध करने में पीआईबी अत्यधिक प्रभावी हो जाता है। इस विधि को कोशिकाओं से नैदानिक नमूनों तक किसी भी प्रारंभिक सामग्री पर उपयोग के लिए स्केल किया जा सकता है। यहां, हम अंतर्जात पीपीपीओम और इसके संशोधन राज्यों को कुशलतापूर्वक पकड़ने, पहचानने और मात्रा निर्धारित करने के लिए पीआईबी और मास स्पेक्ट्रोमेट्री (पीआईबी-एमएस) के उपयोग का विस्तार से वर्णन करते हैं।
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63805/63805fig1v2.jpg"> चित्रा 1: पीआईबी-एमएस प्रोटोकॉल का दृश्य सारांश। पीआईबी-एमएस प्रयोग में, नमूने कोशिकाओं से ट्यूमर तक विभिन्न रूपों में प्राप्त किए जा सकते हैं। नमूना पीपीपी संवर्धन से पहले एकत्र, लाइज्ड और होमोजेनाइज्ड है। पीपीपी के लिए समृद्ध करने के लिए, लाइसेट को पीपीपी-अवरोधक के साथ या बिना पीआईबी के साथ ऊष्मायन किया जाता है, जैसे कि एमसीएलआर। पीआईबी को तब धोया जाता है, और पीपीपी को विकृत करने की स्थिति में एल्यूट किया जाता है। नमूने एसपी 3 प्रोटीन संवर्धन, ट्रिप्टिक पाचन और डीसाल्टिंग के माध्यम से डिटर्जेंट को हटाकर मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए तैयार किए जाते हैं। नमूने तब मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण से पहले वैकल्पिक रूप से टीएमटी-लेबल किए जा सकते हैं। <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63805/63805fig1v2large.jpg" target="_blank">कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें।</a>
पीआईबी-एमएस में पश्चिमी सोख्ता या मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित दृष्टिकोण (चित्रा 1) के माध्यम से पीआईबी, क्षालन और एल्यूएट के विश्लेषण के साथ लाइसेट के इनक्यूबेशन कोशिकाओं या ऊतकों का लिसिस और स्पष्टीकरण शामिल है। मुफ्त एमसीएलआर के अलावा गैर-विशिष्ट इंटरएक्टर्स से विशिष्ट पीआईबी बाइंडर्स को अलग करने के लिए एक नियंत्रण के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है। अधिकांश अनुप्रयोगों के लिए, एक लेबल मुक्त दृष्टिकोण का उपयोग सीधे एलुएट्स में प्रोटीन की पहचान करने के लिए किया जा सकता है। ऐसे मामलों में जहां परिमाणीकरण में अधिक परिशुद्धता या कम बहुतायत वाली प्रजातियों की पहचान की आवश्यकता होती है, अग्रानुक्रम द्रव्यमान-टैग (टीएमटी) लेबलिंग के साथ आगे की प्रक्रिया का उपयोग कवरेज बढ़ाने और इनपुट को कम करने के लिए किया जा सकता है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile (ACN)</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>AH015-4</td>
			<td>CAUTION: ACN is flammable and toxic; wear gloves, and work in a chemical fume hood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anhydrous Acetonitrile</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>271004-100ML</td>
			<td>CAUTION: ACN is flammable and toxic; wear gloves, and work in a chemical fume hood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benchtop centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>model no. 5424</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beta-glycerophosphoric acid, disodium salt pentahydrate</td>
			<td>Acros Organics</td>
			<td>410991000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>model no. 5810 R 15 amp version</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Distilled water</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP231-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dounce tissue grinder</td>
			<td>Fisherbrand Pellet Pestles</td>
			<td>12-141-363</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Empore solid phase extraction disk, C18</td>
			<td>CDS Analytical</td>
			<td>76333-132</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf tubes, 1.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22363204</td>
			<td>CRITICAL: Other tubes may leach polymer into sample, contaminating the analysis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf tubes, 2 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22363352</td>
			<td>CRITICAL: Other tubes may leach polymer into sample, contaminating the analysis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Extraction plate manifold</td>
			<td>Waters</td>
			<td>WAT097944</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon tubes, 50 mL</td>
			<td>VWR</td>
			<td>21008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Generic blunt end needle and plunger</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Generic magnetic separation rack</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H3375</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen chloride (HCl)</td>
			<td>VWR Chemicals BDH</td>
			<td>BDH3028</td>
			<td>CAUTION: HCl is corrosive; wear gloves and work in a chemical fume hood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydroxylamine solution 50% (wt/vol)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>467804</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator, 65 &#176;C</td>
			<td>VWR</td>
			<td>model no. 1380FM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Koptec Pure Ethanol, 200 Proof</td>
			<td>Decon Labs</td>
			<td>V1001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol for HPLC (MeOH)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34860-4L-R</td>
			<td>CAUTION: MeOH is flammable and toxic; wear gloves, and work in a chemical fume hood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcystin LR (MCLR)</td>
			<td>Cayman Chemical</td>
			<td>10007188</td>
			<td>CAUTION: MCLR is toxic; wear gloves when handling and avoid skin contact.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS, 1&#215; without calcium and magnesium, pH 7.4 &#177; 0.1</td>
			<td>Corning</td>
			<td>&#160;21-040-CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH test strips, such as MilliporeSigma MColorpHast pH test strips and indicator papers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>M1095310001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PIBs</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>For protocol for the generation of PIBs, see Moorhead et al., 2007.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce BCA Protein Assay Kit</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>23225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips, 10 &#956;L</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22491504</td>
			<td>CRITICAL: Other tips may leach polymer into samples, contaminating the analysis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips, 1000 &#956;L</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22491555</td>
			<td>CRITICAL: Other tips may leach polymer into samples, contaminating the analysis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette tips, 200 &#956;L</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22491539</td>
			<td>CRITICAL: Other tips may leach polymer into samples, contaminating the analysis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>plastic syringe, 10 mL</td>
			<td>BD</td>
			<td>309604</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail III</td>
			<td>Research Products International</td>
			<td>P50700-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q Exactive Plus Hybrid Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer, Oribtrap Fusion, Orbitrap Fusion Lumos, or Orbitrap Eclipse Tribrid Mass Spectrometer&#160;</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Refrigerated benchtop centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>model no. 5424 R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotator (Labquake Shaker Rotisserie)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>13-687-12Q</td>
			<td>8 rpm rotation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sample collection plate, 96- well, 1 mL</td>
			<td>Waters</td>
			<td>WAT058957</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1311-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sequencing grade modified trypsin</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V511C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium azide</td>
			<td>EMD Chemicals</td>
			<td>SX0299-1</td>
			<td>CAUTION: Sodium azide is explosive and toxic; wear gloves, work in a chemical fume hood and avoid contact with metals.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride (NaCl)</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>S27110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator (Branson digital sonifier)</td>
			<td></td>
			<td>model no. SFX 250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SPE C18 desalting plate</td>
			<td>Waters</td>
			<td>186001828BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SpeedBeads magnetic carboxylate modified particles (SP3 beads)</td>
			<td>Cytiva</td>
			<td>6.51521E+13</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>model no. 5350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TMT10plex Isobaric Label Reagent Set plus TMT11-131C Label Reagent, 3 &#215; 0.8 mg per tag</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>A37725</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid (TFA)</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>T6508-25ML</td>
			<td>CAUTION: TFA is corrosive and will irritate skin on contact. Wear gloves and eye protection, and work in a chemical fume hood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Research Products International</td>
			<td>T60040</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T9284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum centrifuge and vapor trap</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>model nos. SpeedVac SPD120 and RVT5105</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortexer (Vortex-Genie 2)</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water LC-MS</td>
			<td>Honeywell</td>
			<td>LC365-4</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a mass spectrometry-based approach to identify phosphoprotein phosphatases and their interactors

अधिकांश सेलुलर प्रक्रियाओं को गतिशील प्रोटीन फॉस्फोराइलेशन द्वारा विनियमित किया जाता है। तीन-चौथाई से अधिक प्रोटीन फॉस्फोराइलेटेड होते हैं, और फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेट (पीपीपी) सभी सेलुलर सेरीन / थ्रेओनीन डिफॉस्फोराइलेशन के 90% से अधिक समन्वय करते हैं। प्रोटीन फॉस्फोराइलेशन के विनियमन को कैंसर और न्यूरोडीजेनेरेशन सहित विभिन्न बीमारियों के पैथोफिजियोलॉजी में फंसाया गया है। उनकी व्यापक गतिविधि के बावजूद, पीपीपी को नियंत्रित करने वाले आणविक तंत्र और पीपीपी द्वारा नियंत्रित लोगों की खराब विशेषता है। यहां, फॉस्फेट इनहिबिटर मोती और मास स्पेक्ट्रोमेट्री (पीआईबी-एमएस) नामक एक प्रोटिओमिक दृष्टिकोण को पीपीपी, उनके पोस्टट्रांसलेशनल संशोधनों और उनके इंटरैक्टर्स को किसी भी सेल लाइन या ऊतक का उपयोग करके 12 घंटे तक कम से कम पहचानने और मापने के लिए वर्णित किया गया है। पीआईबी-एमएस एक गैर-चयनात्मक पीपीपी अवरोधक, माइक्रोसिस्टिन-एलआर (एमसीएलआर) का उपयोग करता है, जो अंतर्जात पीपीपी और उनके संबंधित प्रोटीन (जिसे पीपीपीओम कहा जाता है) को पकड़ने और समृद्ध करने के लिए सेफरोज मोतियों पर स्थिर किया जाता है। इस विधि को पीपीपी के टैग किए गए संस्करणों की बहिर्जात अभिव्यक्ति या विशिष्ट एंटीबॉडी के उपयोग की आवश्यकता नहीं है। पीआईबी-एमएस विकासवादी रूप से संरक्षित पीपीपी का अध्ययन करने और डिफॉस्फोराइलेशन सिग्नलिंग की हमारी वर्तमान समझ का विस्तार करने का एक अभिनव तरीका प्रदान करता है।

<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63805/63805fig02.jpg"> चित्रा 2: विशिष्ट पीआईबी बाइंडर्स की पहचान (ए) पीआईबी-एमएस के माध्यम से विभिन्न प्रकार के ऊतक प्रकार या कोशिकाओं का विश्?...

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A Mass Spectrometry-Based Approach to Identify Phosphoprotein Phosphatases and their Interactors

यहां, हम अंतर्जात फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेटेस के संवर्धन और कोशिकाओं और ऊतकों से उनके इंटरैक्टिंग प्रोटीन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित प्रोटिओमिक्स द्वारा उनकी पहचान और मात्रा का ठहराव के लिए एक प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं।

फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेटेस और उनके इंटरैक्टर्स की पहचान करने के लिए एक मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित दृष्टिकोण

Most cellular processes are regulated by dynamic protein phosphorylation. More than three-quarters of proteins are phosphorylated, and phosphoprotein ...

पीआईबी-एमएस अंतर्जात फॉस्फोरप्रोटीन फॉस्फेटेस के लिए समृद्ध करने के लिए उपयोग की जाने वाली एक उपन्यास तकनीक है और वे कोशिकाओं और ऊतकों से प्रोटीन बातचीत कर रहे हैं। इसमें मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित प्रोटिओमिक्स का उपयोग करके इन प्रोटीनों की पहचान और मात्रा का ठहराव शामिल है। इस तकनीक को फॉस्फोरप्रोटीन फॉस्फेटेस के टैग किए गए संस्करणों की बहिर्जात अभिव्यक्ति की आवश्यकता नहीं होती है जो प्रोटीन गतिविधि या स्थानीयकरण को बदल सकते हैं।इसके अलावा, यह एंटीबॉडी का उपयोग नहीं करता है जो गैर-विशिष्ट हो सकते हैं या विशिष्ट आइसोफॉर्म के बीच अंतर करने में असमर्थ हो सकते हैं। पीपीपीएम की जांच के लिए इस विधि को कोशिकाओं से नैदानिक नमूनों तक सब कुछ पर उपयोग के लिए स्केल किया जा सकता है। शुरू करने के लिए, कमरे के तापमान पर दो मिनट के लिए 277 गुना जी पर सेंट्रीफ्यूजेशन द्वारा सेल गोली इकट्ठा करें।मीडिया निकालें और पीबीएस के पांच मिलीलीटर के साथ कोशिकाओं को धो लें। पाठ प्रोटोकॉल में वर्णित के रूप में लाइसिस बफर तैयार करें और बर्फ पर रखें। नमूनों में ठंडा लाइसिस बफर का एक मिलीलीटर जोड़ें, फिर सोनिफिकेशन द्वारा नमूनों को समरूप करें और दालों के बीच बर्फ पर कोशिकाओं को रखें।लाइसेट्स को ताजा 1.5-मिलीलीटर ट्यूबों में स्थानांतरित करें। 4 डिग्री सेल्सियस पर 15 मिनट के लिए 21, 130 बार जी पर सोनिकेटेड नमूने को अपकेंद्रित्र करें। एक बाइकिनकोनिनिक एसिड परख का उपयोग करके कुल प्रोटीन एकाग्रता को मापने के लिए लाइसेट के विभाज्य का उपयोग करें।यह कदम प्रत्येक नमूने में समान प्रोटीन एकाग्रता सुनिश्चित करने के लिए आवश्यक है। फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेट अवरोधक नियंत्रण के लिए, प्रत्येक नमूने के लिए समान प्रोटीन एकाग्रता के दो विभाज्य तैयार करें। लाइसिस बफर का उपयोग नमूनों को पतला करने के लिए किया जा सकता है ताकि प्रत्येक ट्यूब में समान प्रोटीन एकाग्रता हो।मुक्त माइक्रोसिस्टिन-एलआर के एक माइक्रोमोलर को एक विभाज्य में जोड़ें और दूसरे में डीएमएसओ की समान मात्रा जोड़ें। नमूनों भंवर और 15 मिनट के लिए बर्फ पर उन्हें सेते हैं। फॉस्फेट अवरोधक मोतियों की तैयारी समय से पहले या नमूना तैयारी अनुभाग में वर्णित इनक्यूबेशन चरणों के दौरान की जानी चाहिए।एक मिलीग्राम प्रोटीन के लिए ठोस फॉस्फेट अवरोधक मोती, या पीआईबी राल के 10 माइक्रोलीटर का उपयोग करें और उन्हें 1.5 मिलीलीटर ट्यूब में जोड़ें। कमरे के तापमान पर 30 सेकंड के लिए 376 गुना ग्राम पर सेंट्रीफ्यूजेशन के बाद भंवर द्वारा 0.5 मिलीलीटर लाइसिस बफर के साथ पीआईबी को तीन बार धोएं। वॉल्यूम पीआईबी बफर समाधान द्वारा 50% बनाने के लिए धोए गए पीआईबी में लाइसिस बफर की उचित मात्रा जोड़ें।धीरे पाइपिंग द्वारा मिश्रण और पिपेट टिप और घोल घुमाने के लिए पीआईबी को फिर से निलंबित करें। घोल के 20 माइक्रोलीटर को 1.5-मिलीलीटर ट्यूब में स्थानांतरित करें जिसमें 0.5 मिलीलीटर लाइसिस बफर होता है। 30 सेकंड के लिए 376 बार जी पर ट्यूबों स्पिन।प्रत्येक ट्यूब में पीआईबी की समान मात्रा होती है। प्रत्येक ट्यूब में केवल ठोस राल और लाइसिस बफर के 50 माइक्रोलीटर तक छोड़ते समय सतह पर तैरनेवाला त्यागें। लाइसेट्स को पीआईबी युक्त उचित रूप से लेबल वाली ट्यूबों में स्थानांतरित करें।8 आरपीएम पर रोटेशन के साथ 4 डिग्री सेल्सियस पर एक घंटे के लिए पीआईबी के साथ लाइसेट सेते हैं। लाइसेट के साथ इनक्यूबेशन के बाद, 4 डिग्री सेल्सियस पर 30 सेकंड के लिए 376 गुना जी पर पीआईबी अपकेंद्रित्र करें और सतह पर तैरनेवाला हटा दें। लाइसिस बफर के 0.5 मिलीलीटर जोड़कर और ट्यूबों को उलटकर मोती धो लें सेंट्रीफ्यूजेशन द्वारा मोती इकट्ठा करें और सतह पर तैरनेवाला हटा दें।कुल तीन वॉश के लिए इस चरण को दोहराएं। अंतिम धोने के बाद, पीआईबी को पाइप किए बिना जितना संभव हो सके लाइसिस बफर को हटा दें। 2% एसडीएस युक्त क्षालन बफर तैयार करें और क्षालन बफर को पीआईबी की मात्रा से चार से पांच गुना जोड़ें।मोतियों से फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फेट को निकालने के लिए एक घंटे के लिए 65 डिग्री सेल्सियस पर सेते हैं। कमरे के तापमान पर 30 सेकंड के लिए 376 बार जी पर ट्यूबों को अपकेंद्रित्र करें। एक अलग ट्यूब में एलुएट ले लीजिए और मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण या पश्चिमी सोख्ता के लिए आगे बढ़ें।पीआईबी को पुनर्जीवित करने के लिए, उन्हें कमरे के तापमान पर एक घंटे के लिए 8 आरपीएम पर रोटेशन के साथ 2% एसडीएस समाधान में सेते हैं। मोतियों को 25 मिलीमोलर ट्रिस-एचसीएल पीएच 7.5 में तीन से पांच बार धोएं, प्रति धोने के लिए 30 मिनट के लिए रोटेशन के साथ। सोडियम एजाइड के साथ 25 मिलीमोलर ट्रिस एचसीएल पीएच 7.5 में पीआईबी स्टोर करें।मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए, डेटा फ़िल्टरिंग और विश्लेषण के तरीके अलग-अलग होते हैं और शोधकर्ता या कोर सुविधा द्वारा किया जा सकता है। प्रजाति-विशिष्ट प्रोटिओम डेटाबेस के खिलाफ कच्चे डेटा को खोजने के बाद, खोज परिणामों को फ़िल्टर करें और इसे माइक्रोसॉफ्ट एक्सेल वर्कशीट के रूप में निर्यात करें। ट्रिप्लिकेट्स में डेटा का विश्लेषण करें।लेबल मुक्त मात्रा का ठहराव के लिए, डेटा की मात्रा निर्धारित करने के लिए MS1 शिखर क्षेत्र माप का उपयोग करें। पीपीपी सबयूनिट्स और उनके इंटरएक्टर्स डी नोवो की पहचान करने के लिए, माइक्रोसिस्टिन-एलआर-बाधित और डीएमएसओ-उपचारित नमूनों के जैविक ट्रिप्लिकेट्स की तुलना करें। डेटा को फ़िल्टर करें ताकि तीन डीएमएसओ नियंत्रण-उपचारित नमूनों में से कम से कम दो में से एक से अधिक की कुल पेप्टाइड गिनती वाले केवल प्रोटीन मौजूद हों।प्रोटीन को फ़िल्टर करने के लिए जो गैर-विशेष रूप से राल से बंधते हैं, प्रोटीन को हटा दें जिसमें माइक्रोसिस्टिन-एलआर-उपचारित स्थिति में कुल पेप्टाइड गिनती किसी भी पीपीपी उत्प्रेरक सबयूनिट की तुलना में अधिक है। विश्लेषण से केराटिन, कोलेजन, राइबोसोमल प्रोटीन और विषम परमाणु राइबोन्यूक्लियोप्रोटीन जैसे सामान्य दूषित पदार्थों को बाहर करें। पर्सियस में डेटा आयात करने के लिए सीएसवी फ़ाइल आवश्यक है।लोड अनुभाग में जेनेरिक मैट्रिक्स अपलोड पर क्लिक करके फ़िल्टर किए गए डेटा को पर्सियस में आयात करें। बेसिक ट्रांसफ़ॉर्म पर जाकर डेटा को बदलें, डेटा का चयन करें और एक्स के लॉग बेस 2 के रूप में ट्रांसफ़ॉर्मेशन फ़ंक्शन निर्दिष्ट करें। इम्प्यूटेशन पर जाकर सामान्य वितरण से लापता मानों को आरोपित करें, सामान्य वितरण से लापता मानों को बदलें, डेटा का चयन करें और गणना के लिए चौड़ाई और डाउनशिफ्ट निर्दिष्ट करें।सामान्य, क्वांटाइल सामान्यीकरण पर जाकर क्वांटाइल सामान्यीकरण करें। एनोट पंक्तियों, श्रेणीबद्ध एनोटेशन पंक्तियों पर जाकर डेटा को एनोटेट करें। टेस्ट, टू-सैंपल टेस्ट, ग्रुप्स का चयन करके, परफॉर्म करने के लिए टेस्ट और ट्रंकेशन के लिए उपयोग किए जाने वाले कई परिकल्पना परीक्षण सुधार की विधि पर जाकर छात्र का टी टेस्ट करें।यह फ़ंक्शन लॉग 2 अनुपात की भी गणना करता है। पीआईबी पुल-डाउन प्रयोग का उपयोग करके हेला कोशिकाओं में फॉस्फोप्रोटीन फॉस्फोटेट्स और उनके इंटरएक्टर्स की पहचान की गई थी, इसके बाद डीएमएसओ-इलाज और माइक्रोसिस्टिन-एलआर-उपचारित नमूनों में प्रोटीन बहुतायत का लेबल-मुक्त परिमाणीकरण किया गया था। मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के ज्वालामुखी भूखंड ने लाल, नीले रंग में उत्प्रेरक सबयूनिट्स, और सफेद रंग में नए उम्मीदवार पीपीपी सबयूनिट्स, या इंटरैक्टिंग प्रोटीन में दिखाए गए विशिष्ट पीआईबी बाइंडर्स की पहचान की।गैर-विशिष्ट बाइंडर्स को ग्रे में दिखाया गया था। डीएमएसओ-उपचारित हेला सेल लाइसेट से लॉग 2 क्षेत्र के स्कैटर प्लॉट से पता चला है कि बहुतायत अत्यधिक सहसंबद्ध थी, जो डेटा की प्रजनन क्षमता का संकेत देती है। सभी फॉस्फोरप्रोटीन फॉस्फेट सबयूनिट्स और इंटरैक्टिंग प्रोटीन के नेटवर्क विश्लेषण से पता चला है कि ये प्रोटीन पीआईबी पुल-डाउन में विशिष्ट इंटरएक्टर थे।वैश्विक प्रोटिओमिक्स विश्लेषण किया जा सकता है और पीआईबी विश्लेषण के साथ तुलना में परिणाम यह निर्धारित करने के लिए कि क्या पीपीपीओम संरचना पीपीपी बहुतायत द्वारा संचालित है या पोस्ट ट्रांसलेशनल तंत्र द्वारा विनियमित है। पीआईबी-एमएस एक व्यापक रूप से लागू उपकरण है जिसने हमें विभिन्न स्थितियों जैसे इंटरफेज़ बनाम माइटोटिक नमूनों या कैंसर सेल लाइनों के बीच अंतर के तहत पीपीपी अभिव्यक्ति पैटर्न में अंतर की पहचान करने की अनुमति दी है।

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Principles of Mass Spectrometry

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Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

प्रोटीन संरचना और गतिशीलता के अध्ययन के लिए समय का समाधान electrospray ionization हाइड्रोजन-ड्यूटेरियम एक्सचेंज मास स्पेक्ट्रोमेट्री

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

ब्लू मूल निवासी पृष्ठ और प्रोटीन सहसंबंध रूपरेखा द्वारा समानता शुद्ध प्रोटीन परिसरों का समाधान करना

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

की Metabolite विश्लेषण के लिए एक अग्रानुक्रम तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री आधारित दृष्टिकोण<em&gt; स्ताफ्य्लोकोच्चुस</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

आरएनए-बाइंडिंग क्षेत्रों की सामूहिक स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित पहचान के लिए नमूना तैयारी

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure

एक चूहा मिथाइल-Seq मंच तनाव जोखिम से जुड़े Epigenetic परिवर्तन की पहचान करने के लिए

As genomes of a wider variety of animals become available, there is an increasing need for tools that can capture dynamic epigenetic changes in these ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

पेप्टाइड संवर्धन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन सर्वव्यापकता साइटों का पता लगाना

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Studying RNA Interactors of Protein Kinase RNA-Activated during the Mammalian Cell Cycle

स्तनधारी कोशिका चक्र के दौरान सक्रिय प्रोटीन काइनेज आरएनए के आरएनए इंटरएक्टर्स का अध्ययन

Protein kinase RNA-activated (PKR) is a member of the innate immune response proteins and recognizes the double-stranded secondary structure of viral ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

गेहूं के अनाज का अलक्षित तरल क्रोमेटोग्राफी-मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित मेटापोलोमिक्स विश्लेषण

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

तरल क्रोमैटोग्राफी मास स्पेक्ट्रोमेट्री और जैव सूचना विज्ञान द्वारा पेप्टिडोग्लाइकन का अर्ध-मात्रात्मक विश्लेषण

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Utilization of Grafix for the Detection of Transient Interactors of Saccharomyces cerevisiae Spliceosome Subcomplexes

Utilization of Grafix for the Detection of Transient Interactors of Saccharomyces cerevisiae Spliceosome Subcomplexes

सैकरोमाइसेस सेर्विसियाई स्पलिसिओसोम सबकॉम्प्लेक्स के क्षणिक इंटरप् इंटरेक्टर्स का पता लगाने के लिए ग्रेफिक्स का उपयोग

Pre-mRNA splicing is a very dynamic process that involves many molecular rearrangements of the spliceosome subcomplexes during assembly, RNA processing, ...