Name: cryo-electron tomography remote data collection and subtomogram averaging
Uploaded: 2022-07-12T14:00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cryo-Electron Tomography Remote Data Collection and Subtomogram Averaging at JoVE.com

Wellcome Trust, MRC ve BBRSC tarafından finanse edilen İngiltere'nin ulusal Elektron Biyo-Görüntüleme Merkezi'ndeki (eBIC) kriyo-EM tesislerine erişim ve destek için Elmas Işık Kaynağı'na teşekkür ederiz. Ayrıca Apoferritin tomogramının (Film 1) satın alınması için Andrew Howe'a, nöron tomogramının hazırlanması ve satın alınması için Ishika Kumar'a (Film 2) ve Siyanobakteri lamel-tomogramı için Craig MacGregor-Chatwin'e (Film 3) teşekkür ederiz.

<ol>
	<li>Bai, X. -. C., Fernandez, I. S., McMullan, G., Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribosome+structures+to+near-atomic+resolution+from+thirty+thousand+cryo-EM+particles.">Ribosome structures to near-atomic resolution from thirty thousand cryo-EM particles.</a> eLife. 2, 00461 (2013).</li><li>Li, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electron+counting+and+beam-induced+motion+correction+enable+near-atomic-resolution+single-particle+cryo-EM.">Electron counting and beam-induced motion correction enable near-atomic-resolution single-particle cryo-EM.</a> Nature Methods. 10 (6), 584-590 (2013).</li><li>Nakane, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-particle+cryo-EM+at+atomic+resolution.">Single-particle cryo-EM at atomic resolution.</a> Nature. 587 (7832), 152-156 (2020).</li><li>Kato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CryoTEM+with+a+cold+field+emission+gun+that+moves+structural+biology+into+a+new+stage.">CryoTEM with a cold field emission gun that moves structural biology into a new stage.</a> Microscopy and Microanalysis. 25, 998-999 (2019).</li><li>Yip, K. M., Fischer, N., Paknia, E., Chari, A., Stark, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Atomic-resolution+protein+structure+determination+by+cryo-EM.">Atomic-resolution protein structure determination by cryo-EM.</a> Nature. 587 (7832), 157-161 (2020).</li><li>Mastronarde, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SerialEM:+A+program+for+automated+tilt+series+acquisition+on+Tecnai+microscopes+using+prediction+of+specimen+position.">SerialEM: A program for automated tilt series acquisition on Tecnai microscopes using prediction of specimen position.</a> Microscopy and Microanalysis. 9, 1182-1183 (2003).</li><li>Schorb, M., Haberbosch, I., Hagen, W. J. H., Schwab, Y., Mastronarde, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Software+tools+for+automated+transmission+electron+microscopy.">Software tools for automated transmission electron microscopy.</a> Nature Methods. 16 (6), 471-477 (2019).</li><li>Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Smart+EPU:+SPA+getting+intelligent.">Smart EPU: SPA getting intelligent.</a> Microscopy and Microanalysis. 27 (1), 454-455 (2021).</li><li>Carragher, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Leginon:+An+automated+system+for+acquisition+of+images+from+vitreous+ice+specimens.">Leginon: An automated system for acquisition of images from vitreous ice specimens.</a> Journal of Structural Biology. 132 (1), 33-45 (2000).</li><li>Bell, J. M., Chen, M., Baldwin, P. R., Ludtke, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+resolution+single+particle+refinement+in+EMAN2.1.">High resolution single particle refinement in EMAN2.1.</a> Methods. 100, 25-34 (2016).</li><li>Punjani, A., Rubinstein, J. L., Fleet, D. J., Brubaker, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cryoSPARC:+Algorithms+for+rapid+unsupervised+cryo-EM+structure+determination.">cryoSPARC: Algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination.</a> Nature Methods. 14 (3), 290-296 (2017).</li><li>Grant, T., Rohou, A., Grigorieff, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cisTEM,+user-friendly+software+for+single-particle+image+processing.">cisTEM, user-friendly software for single-particle image processing.</a> eLife. 7, 35383 (2018).</li><li>Zivanov, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+tools+for+automated+high-resolution+cryo-EM+structure+determination+in+RELION-3.">New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3.</a> eLife. 7, 42166 (2018).</li><li>Kimanius, D., Dong, L., Sharov, G., Nakane, T., Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=New+tools+for+automated+cryo-EM+single-particle+analysis+in+RELION-4.0.">New tools for automated cryo-EM single-particle analysis in RELION-4.0.</a> Biochemical Journal. 478 (24), 4169-4185 (2021).</li><li>Galaz-Montoya, J. G., Flanagan, J., Schmid, M. F., Ludtke, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+particle+tomography+in+EMAN2.">Single particle tomography in EMAN2.</a> Journal of Structural Biology. 190 (3), 279-290 (2015).</li><li>Bharat, T. A. M., Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+macromolecular+structures+from+electron+cryo-tomography+data+using+subtomogram+averaging+in+RELION.">Resolving macromolecular structures from electron cryo-tomography data using subtomogram averaging in RELION.</a> Nature protocols. 11 (11), 2054-2065 (2016).</li><li>Himes, B. A., Zhang, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=emClarity:+Software+for+high-resolution+cryo-electron+tomography+and+subtomogram+averaging.">emClarity: Software for high-resolution cryo-electron tomography and subtomogram averaging.</a> Nature Methods. 15 (11), 955-961 (2018).</li><li>Weissenberger, G., Henderikx, R. J. M., Peters, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+invisible+hands+of+sample+preparation+for+cryo-EM.">Understanding the invisible hands of sample preparation for cryo-EM.</a> Nature Methods. 18 (5), 463-471 (2021).</li><li>White, J. B. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+particle+cryo-electron+microscopy:+From+sample+to+structure.">Single particle cryo-electron microscopy: From sample to structure.</a> Journal of Visualized Experiments. (171), e62415 (2021).</li><li>Orlova, E. V., Saibil, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+analysis+of+macromolecular+assemblies+by+electron+microscopy.">Structural analysis of macromolecular assemblies by electron microscopy.</a> Chemical Reviews. 111 (12), 7710-7748 (2011).</li><li>Turk, M., Baumeister, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+promise+and+the+challenges+of+cryo-electron+tomography.">The promise and the challenges of cryo-electron tomography.</a> FEBS Letters. 594 (20), 3243-3261 (2020).</li><li>Liu, Y. -. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isotropic+reconstruction+of+electron+tomograms+with+deep+learning.">Isotropic reconstruction of electron tomograms with deep learning.</a> bioRxiv. , (2021).</li><li>Briggs, J. A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+biology+in+situ-The+potential+of+subtomogram+averaging.">Structural biology in situ-The potential of subtomogram averaging.</a> Current Opinion in Structural Biology. 23 (2), 261-267 (2013).</li><li>Gr&#252;newald, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+structure+of+herpes+simplex+virus+from+cryo-electron+tomography.">Three-dimensional structure of herpes simplex virus from cryo-electron tomography.</a> Science. 302 (5649), 1396-1398 (2003).</li><li>Allegretti, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In-cell+architecture+of+the+nuclear+pore+and+snapshots+of+its+turnover.">In-cell architecture of the nuclear pore and snapshots of its turnover.</a> Nature. 586 (7831), 796-800 (2020).</li><li>Wang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+basis+for+sarcomere+organization+in+vertebrate+skeletal+muscle.">The molecular basis for sarcomere organization in vertebrate skeletal muscle.</a> Cell. 184 (8), 2135-2150 (2021).</li><li>Winey, M., Meehl, J. B., O'Toole, E. T., Giddings, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conventional+transmission+electron+microscopy.">Conventional transmission electron microscopy.</a> Molecular Biology of the Cell. 25 (3), 319-323 (2014).</li><li>Davies, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Macromolecular+organization+of+ATP+synthase+and+complex+I+in+whole+mitochondria.">Macromolecular organization of ATP synthase and complex I in whole mitochondria.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 108 (34), 14121 (2011).</li><li>Wagner, J., Schaffer, M., Fern&#225;ndez-Busnadiego, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryo-electron+tomography-The+cell+biology+that+came+in+from+the+cold.">Cryo-electron tomography-The cell biology that came in from the cold.</a> FEBS Letters. 591 (17), 2520-2533 (2017).</li><li>Mahamid, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+the+molecular+sociology+at+the+HeLa+cell+nuclear+periphery.">Visualizing the molecular sociology at the HeLa cell nuclear periphery.</a> Science. 351 (6276), 969-972 (2016).</li><li>Erdmann, P. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+cryo-electron+tomography+reveals+gradient+organization+of+ribosome+biogenesis+in+intact+nucleoli.">In situ cryo-electron tomography reveals gradient organization of ribosome biogenesis in intact nucleoli.</a> Nature Communications. 12 (1), 5364 (2021).</li><li>Tegunov, D., Xue, L., Dienemann, C., Cramer, P., Mahamid, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multi-particle+cryo-EM+refinement+with+M+visualizes+ribosome-antibiotic+complex+at+3.5+&#197;+in+cells.">Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.5 &#197; in cells.</a> Nature Methods. 18 (2), 186-193 (2021).</li><li>Mastronarde, D. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+electron+microscope+tomography+using+robust+prediction+of+specimen+movements.">Automated electron microscope tomography using robust prediction of specimen movements.</a> Journal of Structural Biology. 152 (1), 36-51 (2005).</li><li>Kremer, J. R., Mastronarde, D. N., McIntosh, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer+visualization+of+three-dimensional+image+data+using+IMOD.">Computer visualization of three-dimensional image data using IMOD.</a> Journal of Structural Biology. 116 (1), 71-76 (1996).</li><li>Heymann, J. B., Belnap, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bsoft:+Image+processing+and+molecular+modeling+for+electron+microscopy.">Bsoft: Image processing and molecular modeling for electron microscopy.</a> Journal of Structural Biology. 157 (1), 3-18 (2007).</li><li>Tang, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMAN2:+An+extensible+image+processing+suite+for+electron+microscopy.">EMAN2: An extensible image processing suite for electron microscopy.</a> Journal of Structural Biology. 157 (1), 38-46 (2007).</li><li>Casta&#241;o-D&#237;ez, D., Kudryashev, M., Arheit, M., Stahlberg, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamo:+A+flexible,+user-friendly+development+tool+for+subtomogram+averaging+of+cryo-EM+data+in+high-performance+computing+environments.">Dynamo: A flexible, user-friendly development tool for subtomogram averaging of cryo-EM data in high-performance computing environments.</a> Journal of Structural Biology. 178 (2), 139-151 (2012).</li><li>Hrabe, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PyTom:+A+python-based+toolbox+for+localization+of+macromolecules+in+cryo-electron+tomograms+and+subtomogram+analysis.">PyTom: A python-based toolbox for localization of macromolecules in cryo-electron tomograms and subtomogram analysis.</a> Journal of Structural Biology. 178 (2), 177-188 (2012).</li><li>Himes, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=emClarity.">emClarity.</a> GitHub. , (2021).</li><li>. The IMOD Home Page Available from: <a target="_blank" href="https://bio3d.colorado.edu/imod/">https://bio3d.colorado.edu/imod/</a> (2020)</li><li>. GitHub: emClarity-tutorial Available from: <a target="_blank" href="https://github.com/ffyr2w/emClarity-tutorial">https://github.com/ffyr2w/emClarity-tutorial</a> (2021)</li><li>Ni, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+in+situ+structure+determination+by+cryo-electron+tomography+and+subtomogram+averaging+using+emClarity.">High-resolution in situ structure determination by cryo-electron tomography and subtomogram averaging using emClarity.</a> Nature Protocols. 17 (2), 421-444 (2022).</li><li>. MotionCor2 Available from: <a target="_blank" href="https://emcore.ucsf.edu/ucsf-software">https://emcore.ucsf.edu/ucsf-software</a> (2016)</li><li>. Apoferritin from mouse at 1.84 angstrom resolution Available from: <a target="_blank" href="https://www.emdataresource.org/EMD-10101">https://www.emdataresource.org/EMD-10101</a> (2022)</li><li>Nedozralova, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+cryo-electron+tomography+reveals+local+cellular+machineries+for+axon+branch+development.">In situ cryo-electron tomography reveals local cellular machineries for axon branch development.</a> Journal of Cell Biology. 221 (4), 202106086 (2022).</li><li>Mendon&#231;a, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Correlative+multi-scale+cryo-imaging+unveils+SARS-CoV-2+assembly+and+egress.">Correlative multi-scale cryo-imaging unveils SARS-CoV-2 assembly and egress.</a> Nature Communications. 12 (1), 4629 (2021).</li><li>. Apoferritin from mouse at 1.84 angstrom resolution Available from: <a target="_blank" href="https://www.rcsb.org/structure/6s61">https://www.rcsb.org/structure/6s61</a> (2019)</li><li>Nicastro, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+molecular+architecture+of+axonemes+revealed+by+cryoelectron+tomography.">The molecular architecture of axonemes revealed by cryoelectron tomography.</a> Science. 313 (5789), 944-948 (2006).</li></ol>

Yazarların çıkar çatışması yoktur.

Tomo5 · Tomografi yazılımının iş akışı açıklaması, (uzak) toplu tomografi oturumu kurulumu için potansiyel ve en akıcı yolu vurgulamaktadır. Yazılım yeni başlayanlar için kolay olsa da, bazı ilk kriyo-EM deneyimi ve temel tomografi anlayışı kuruluma yardımcı olabilir. Kritik adımlar protokolde vurgulanır ve farklı bir kurulum yaklaşımı kullanılmış olsa bile sorun gidermeye yardımcı olmalıdır. Yazılımın ilerlemesi (uzak) veri toplamayı kolaylaştıracak ve cryo-ET'yi geniş bir kullanıcı tabanı için daha erişilebilir hale getirecektir. Sık karşılaşılan sorunların giderilmesine yardımcı olabilecek birkaç ipucu ve püf noktası aşağıda açıklanmıştır.
Tartışılması gereken önemli bir nokta, ızgaraların seçimidir, çünkü numuneyi ±60°'ye yatırırken, yüksek eğimli ızgara çubukları görünümü gizleyebilir (Şekil 8). Bir TEM ızgarasında, ağ boyutu, ızgaranın birim uzunluğu başına ızgara karelerinin sayısını ifade eder. Daha büyük örgü numaraları, birim uzunluk başına daha fazla ızgara karesine, daha yüksek bir ızgara karesi yoğunluğuna ve daha küçük ızgara karelerine sahiptir, yani 400 örgülü bir ızgara, 200 örgülü bir ızgaradan daha küçük karelere sahiptir. Tomografi için iyi bir ızgara seçimi 200 mesh veya 300 mesh ızgaralardır. Şekil 8'de gösterildiği gibi, ızgara eğildikçe toplanacak kullanılabilir alan azalır. ±60° eğimde, 300 meşallik bir ızgara, üzerinde tam bir tomogramın elde edilebileceği küçük bir görüş alanına sahip olacaktır. 200 örgülü ızgaraların avantajları, daha büyük ızgara karelerinin moleküler tomografi kurulumunu daha hızlı hale getirmesi ve artan ızgara-kare alanı ile bir gecede toplama için bir karenin yeterli olacağıdır. Dezavantajı, 200 örgülü ızgaraların daha kırılgan olmasıdır, bu nedenle kullanım ve kırpma daha fazla incelik gerektirir.
Ayrıca, EM ızgaralarında delikli destek filmi kullanılıyorsa ( bakınız Malzeme Tablosu), pozlama bölgesi ile ilgili olarak odak ve izleme bölgesinin kurulumu için delik aralığı dikkate alınmalıdır. İdeal olarak, istenen büyütmedeki ışın çapı, optimum ve hızlı kurulum için eğim ekseni boyunca pozlama alanına bitişik karbon alanını kaplayacak kadar küçük olmalıdır. Bu şekilde, her delikteki potansiyel ilgi alanları elde edilebilir.
Yazılımın ösentrik yükseklik rutini şu anda serialEM rutini gibi sağlam olmadığından, aşağıdaki ipuçları bu sorunu çözebilir. Ösentrik yükseklik belirleme ösentrik yükseklik ön ayarı kullanılarak başarısız olursa, bunun yerine genel bakış ön ayarı kullanılabilir ve "Sahne eğimine göre otomatik ösentrik" yeniden çalıştırılabilir; bu, ösentrik yükseklik 0'dan uzaksa sorunları çözebilir. Bu başarılı olursa, hassasiyeti artırmak için "Sahne eğimine göre otomatik ösentrik" i "Ösantrik Yükseklik" ön ayarlarıyla yeniden çalıştırabilirsiniz. Başarısız olursa, ösentrik yükseklik ön ayarıyla "Işın eğimi ile otomatik-Ösentrik" çalıştırılabilir ve ardından "Sahne alanı eğimiyle otomatik-Ösantrik" i yeniden çalıştırabilir veya "Sahne Alanı" ayarları altında TEM Kullanıcı Arayüzünde "Işın eğimi ile otomatik-Ömerkezli" ile konsolide edilen z yüksekliğini manuel olarak ayarlayabilir. Tekrarlanan bir delik desenine sahip ızgaraların kullanılması durumunda, tek bir çapraz korelasyon zirvesinin tanımlanmasını engelleyebilirler. Ösentrik yükseklik ön ayarını, delik desenlerinden çapraz korelasyonu azaltmak için -25 μm ve / veya daha kısa bir pozlama süresi gibi daha düşük bir bulanıklaştırma ofsetine değiştirmeyi deneyebilirsiniz. Öte yandan, dantel ızgaraları / lamel kullanmak, güçlü bir çapraz korelasyon zirvesi için yeterli sinyal sağlamayabilir. Ösentrik yükseklik ön ayarını, çapraz korelasyon zirvesini geliştirmek için -75 μm ve / veya uzatılmış pozlama süresi gibi daha büyük bir bulanıklaştırma ofsetine değiştirmeyi deneyebilirsiniz. Başka bir seçenek de görüntü filtresi ayarlarını yapmaktır; "Hazırlık" sekmesinde bulunabilirler. Filtre ayarlarını yapma seçenekleri, her bir ön ayar için en uygun çapraz korelasyon zirvesini bulmak üzere düşük (Genel Bakış/Izgara Karesi), orta (Ösantrik Yükseklik) ve yüksek büyütme (İzleme/Odak) olarak ayarlanabilir. Gerekli giriş, bir görüntüdür, yani 0° ve 5°'de bir görüntüdür ve ardından her iki görüntüyü de karşılaştırmak için Karşılaştır'ı tıklayın. En uzun dalga boyu için önerilen başlangıç değeri, görüntüdeki ölçek çubuğunun dörtte biridir ve en kısa dalga boyu için ölçek çubuğunun kırkta biridir. Tepe noktası sağlam bir şekilde tanımlanmazsa, ikna edici bir tepe noktası bulunana kadar ayarları optimize edebilirsiniz. Her seferinde görüntüleri yeniden elde etmeye gerek yoktur; sadece "Karşılaştır" düğmesine basmak yeterlidir. TOMO hala ösentrik yüksekliği otomatik olarak bulamazsa, manuel ösentrik yükseklik kalibrasyonu kullanılabilir. "Hazırlık" sekmesindeki genel bakış büyütmesinde oldukça büyük bir buz kristalinin üzerine ortalanmalı, ardından TEM Kullanıcı Arabirimi'nin "Sahne Kontrolü" ne gitmeli, alfayı -30 ° 'ye ayarlamalı ve floresan ekran görüntüsünü kullanarak kristali yeniden ortalamak için sahne z-değerini ayarlamalıdır. TEM Kullanıcı Arayüzü'nde "Yüksek Çözünürlük" ve "Yüksek Kontrast" ayarlarını seçmek bunu kolaylaştıracaktır (floresan ekran penceresinin altındaki düğmeler). İsteğe bağlı olarak, canlı moda sahip bir kameraya erişim varsa, ösentrik yüksekliği belirlemek için bu kullanılabilir; floresan ekrandan daha kolay olacaktır.
5.8'den önceki Tomo5 versiyonlarındaki en büyük sınırlamalar, eksik orta büyütme montajları, eksik doz simetrik şeması ve ösentrik yükseklik bulgusu ile ilgili problemlerdir. Bunlar, hızlı geliştirme ve topluluk desteğine sahip ücretsiz bir yazılım, sağlam bir ösentrik yükseklik rutini ve komut dosyası oluşturma seçeneği, yani özel olarak oluşturulmuş bir doz simetrik şeması olan serialEM'de bulunur. Tomo5'te sürüm 5.8'den itibaren, ösentrik yüksekliği bulmak için en sık karşılaşılan sorun, yani hedef z-değeri etrafında başarısız bir döngü, ösentrik yükseklik kabul kriteri belirleme seçeneği uygulanarak çözülmüştür. Bununla birlikte, farklı ızgara ve numune tiplerinde, görüntü filtresi ayarlarının bireysel oturumların benzersiz görüntüleme koşullarını yansıtacak şekilde ayarlanması ve ösentrik yüksekliği bulmak ve tomogram alımı sırasında odak ve izleme bölgesinin güvenilir bir şekilde çalışması için mümkün olan en iyi çapraz korelasyon zirvesini vermesi şiddetle tavsiye edilir.

Genel olarak, birçok tesis pandemi sırasında uzaktan çalışmaya hızla adapte oldu. Tomo5 yazılımı, uzaktan çalışma için çok uygun olan tomografiye kolay erişim ve kullanıcı dostu bir yol sağlar. Yazılımda yapılan ilerlemeler şüphesiz uzaktan veri toplamayı ve tomografi toplamayı genel olarak toplumda daha yaygın hale getirmeye devam edecektir.
emNetlik emClarity şablon tabanlı bir parçacık toplama yöntemi kullandığından, ilgilenilen nesne için bir şablona ihtiyacı vardır. Parçacık toplama (adım 2.6) çok hassastır ve nihai yapının anahtarıdır. Ortalama alma ve hizalamadan önce (adım 2.9), yanlış pozitifleri dikkatlice kontrol ettiğinizden ve manuel olarak kaldırdığınızdan emin olunmalıdır. Bir şablon mevcut olmadığında, emClarity'nin kullanımı kolay olmayabilir, ancak ilk modeli oluşturmak için Dynamo37 ve PEET48 gibi başka yazılımlar kullanmak mümkündür.
Heterojen numuneler için emClarity, kullanıcıların farklı ölçeklere sahip belirli özelliklere odaklanmalarını sağlayan bir sınıflandırma yöntemiyle donatılmıştır. Sınıflandırmadan önce birkaç hizalama döngüsü çalıştırmak ve daha yüksek bir bağlamada (bin 4 veya bin 3 gibi) çalıştırmak yararlıdır.
Yazılımın güncel sürümü (V1.5.3.11), ilk sürüme (V1.0)17 kıyasla önemli güncelleştirmelere sahiptir. Bunlar, CTF tahmini sırasında bir el kontrolü (adım 2.3); hizalamalar için simetri (CX, I, I2, O); parçacık başına 3D örnekleme fonksiyonlarının hesaplanması (3DSF); uyumluluk ve kararlılık için MATLAB 2019a'ya geçiş; ve ham projeksiyon görüntüleri (cisTEM) kullanılarak yeniden yapılandırma. Yazılım çeşitli örnekler için gelişmeye devam edecek ve en yeni duyurular çevrimiçi olarak bulunabilir ( bkz.

Kriyojenik elektron mikroskobunun (kriyo-EM) bir rönesans dönemi yaşadığı ve yapısal biyolojide temel ve merkezi olarak yararlı bir araç haline gelmesini hızlandırdığı yaygın olarak bilinmektedir. Doğrudan elektron dedektörlerinin geliştirilmesi ve kullanımı 1,2,3, geliştirilmiş mikroskoplar ve elektron kaynakları 3,4,5, otomasyon/verim 6,7,8,9 ve tek parçacık analizinde hesaplamalı ilerlemeler 10,11,12,13 ,14 ve tomografi15,16,17, kısmen, tekniğin son başarısından sorumludur. Bu teknolojik sürücüler, kriyo-EM'nin biyolojik makromoleküler yapıları kriyojenik ve doğal koşullar altında çözme yeteneğini geliştirmiştir. Kolayca elde edilebilen çözünürlükler, atomik olarak doğru modelleme için yeterlidir ve tekniği yapısal biyoloji arenasında ön plana çıkarmıştır. İlgilenilen biyolojik bir hedefi ifade etmek ve arındırmak için indirgemeci bir yaklaşım, temel biyolojik araştırmalar, ilaç keşfi ve translasyonel bilim için makromoleküler kristalografide (MX) uzun zamandır başarılı olduğunu kanıtlamıştır. Aynı yaklaşımda, kriyo-EM artık yüksek çözünürlüklü MX çalışmalarına paralel sonuçlar verebilir. Yapısal biyolojinin kriyo-EM dalındaki mevcut büyük başarı, biyolojik bir makromolekülün binlerce görünümünü elde etmek için tipik olarak saflaştırılmış bir protein örneği18'in 2D projeksiyon görüntülerini elde eden tek parçacık analizi (SPA) olarak adlandırılır19. Bu görüntüler (1) hedefin 3B uzaydaki yönelimlerini tam olarak temsil eden bir dizi görünümden bilgi içerir ve (2) daha sonra ayrılabilen ve araştırılabilen nesne konformasyonel heterojenliğini yakalar.
Biyolojik örneklerin bu 2D projeksiyon görüntülerini, yerinde ve saflaştırma olmadan bile elde etmek için alternatif bir yaklaşım, kriyo-elektron tomografisidir (kriyo-ET). Cryo-ET, numuneyi mekanik olarak döndürerek aynı nesnenin bir dizi görüntüsünü eğik açılarda çeker. Böylece, SPA'da toplanan ve ilgili molekülün açısal pozlarını temsil eden 2D projeksiyonlar, doğal olarak kriyo-ET görüntüleme deneyi20'nin bir parçası olarak toplanır. Tomografik eğim serileri daha sonra görüntülenen makromoleküler komplekslerin 3D gösterimlerini içeren bir tomograma yeniden yapılandırılır. Tomografik veri toplamanın doğası, bir dereceye kadar, bir molekülün 2D görüntü koleksiyonundan tam bir 3D temsilini elde etmek için ortalamaya olan bağımlılığı azaltır. Bununla birlikte, mevcut aşama tasarımları nedeniyle, numune tipik olarak -60 ° ila +60 ° arasında eğilir ve tomografi 3D rekonstrüksiyonunda eksik bir kama21 bilgi bırakır.
Tek bir tomogramdaki 3D rekonstrüksiyonlar daha sonra eksik bir bilgi dilimine ve gürültüye düşük sinyale sahiptir. Bireysel makromoleküller subtomogramlar olarak ekstrakte edilebilir ve bununla başa çıkmak için birlikte ortalamaları alınabilir. Bir subtomogramdaki her makromolekülün farklı bir yönde bulunduğu yerde, eksik kama hedef nesnenin her bir subtomogramında farklı şekilde yönlendirilir, bu nedenle birçok kopyanın ortalaması eksik kama nedeniyle bilgileri doldurur. Görüntü işlemedeki son gelişmeler, yapay zeka sinir ağlarını eksik takozu anlamlı verilerle doldurmak için eğitmeye çalıştı22. Bu ortalama alma işlemi, tek parçacık analizinde ortalama alma hedefine benzer şekilde, sinyali gürültüye yükseltir, böylece rekonstrüksiyonun kalitesi ve çözünürlüğü artar. Eğer ilgilenilen molekül simetriye sahipse, bu da ortalama alma sırasında tanımlanabilir ve kullanılabilir, böylece rekonstrüksiyon çözünürlüğü daha da iyileştirilebilir. Bir makromolekülün 3D hacimlerinin bir tomogramdan bir dizi subtomograma çıkarılması ve daha sonraki işlemleri subtomogram ortalaması (STA) 23 olarak bilinir. Her subtomogramın incelenen molekülün benzersiz bir kopyasını temsil ettiği durumlarda, STA iş akışı kullanılarak herhangi bir yapısal heterojenlik sorgulanabilir. SPA iş akışında yaygın olarak kullanıldığı gibi, STA sırasında ilgili kompleksin konformasyonel durumlarını incelemek için sınıflandırma teknikleri kullanılabilir. Kriyo-ET'de yüksek çözünürlüklü rekonstrüksiyonu sağlayan STA'nın yanı sıra, bu yaklaşım tekniği makromoleküllerin doğal hücresel ortamlarındaki veya genellikle SPA24,25,26'ya uygun olmayan hedeflerin yapısal mekanizmalarını sorgulamak için güçlü bir araç haline getirmektedir.
Elektron tomografisi, oda sıcaklığında hücresel örneklerin 3D ultrayapısını belirleme konusunda uzun bir geçmişe sahiptir27. Numunenin fiziksel olarak eğilmesiyle görünümlerin elde edilmesi, hücresel uzunluktaki ölçeklerde bir nesnenin 3B rekonstrüksiyonu için yeterli bilgi sağlar ve hücresel yapılar ortalama için düzenlilikten yoksun olduğunda özellikle önemlidir. Hücreler ayrıca, numunenin elektron saydam olacak kadar ince olduğu hücre kenarlarında kriyo-ET görüntüleme için substratlar üzerinde dondurulabilir. Bu koşullar altında, STA, numune elektron saydam28 olacak kadar ince olsa da, hücresel bir ortamda makromoleküler yapıları belirlemek için kullanılabilir. Bununla birlikte, kriyo-korelasyonel ışık ve elektron mikroskobu (kriyo-CLEM) ve odaklanmış iyon ışını frezeleme (kriyo-FIB) dahil olmak üzere ek hazırlık teknikleriyle birleştirildiğinde, kriyo-ET, kriyojenik koşullar altında tüm hücrelerin içini görüntülemek için kullanılabilir29. Bu, hücresel ultrayapıyı incelemek için kriyo-ET'nin gücünü, makromoleküler komplekslerin yapılarını in situ olarak belirlemek için STA'nın gücüyle bir araya getirirken, hücresel konumlarını belirlerken30 ve dinamik süreçlerle uğraşan komplekslerin anlık görüntülerini sağlar31. Tekniğin hücresel örnekleri görüntüleme ve çeşitli çalışmalarda STA'yı kullanma yeteneği, tekniğin SPA32 ile karşılaştırılabilir çözünürlüklerde bile makromoleküler yapıları yerinde çözme gücünü vurgulamıştır. Tomogram30'daki son sınıflandırılmış 3D rekonstrüksiyonu ile temsil edilen makromolekülün orijinal konumunun bilinmesinde başka bir fayda da bulunur. Bu nedenle, makromoleküler yapı hücresel ultrayapı ile ilişkilendirilebilir. Uzunluk ölçekleri arasındaki bu gözlemler muhtemelen yapısal mekanizmaların fonksiyonel çalışmalar bağlamında hücresel değişikliklerle ilişkili olabileceği önemli bulgulara yol açacaktır.
Cryo-ET ve STA üç ana iş akışında veri toplamaya izin verir: moleküler, hücresel ve lamel tomografisi. Saflaştırılmış makromoleküler komplekslerin yapıları moleküler tomografi ile kriyo-ET ile belirlenebilir. Hücrenin yeterince ince olduğu hücresel ortamlarında protein yapılarının belirlenmesi hücresel tomografi olarak tanımlanabilir. Daha yakın zamanlarda, kriyojenik hedefleme ve öğütmenin gelişmesiyle birlikte, aynı teknikler, doğal ortamlarında hücrenin derinliklerindeki protein yapılarını belirlemek ve bu proteinlerin gözlemlendiği hücresel bağlamı ortaya çıkarmak için lamel tomografisi iş akışlarında uygulanabilir. Mevcut yazılım paketlerine ve en önemlisi numunenin ihtiyacına bağlı olarak farklı veri toplama stratejileri kullanılabilir. Saflaştırılmış bir proteinin bakır TEM ızgarasındaki moleküler veya yapışkan olmayan numuneler tipik olarak daha az işlem gerektirir ve bu nedenle ideal durumlarda düz ve hasarsız kalır. Elektron tomogramları, sistematik bir şekilde onlarca ila yüzlerce tomogramı hızlı bir şekilde elde etmek için delikli karbon ızgarası boyunca seri olarak kolayca kurulabilir. Kullanıcıların ızgarada proteinlerin bol miktarda bulunduğu moleküler tomografi örneklerini kurmalarının en basit yolu, Tomo5'i kullanmak olacaktır (bu çalışmada kullanılan 3D elektron tomografisi için yazılım, bkz. Leginon9 ve seriEM6 gibi diğer tomografi yazılımları da mevcuttur; veri toplama için daha kişiselleştirilmiş yaklaşımlar için daha fazla kurulum seçeneği sunarlar, ancak daha karmaşıktırlar ve sonuç olarak, özellikle tomografiye yeni başlayan kullanıcılar ve oturumlarına uzaktan erişen kullanıcılar için gezinmek daha zor olabilir. Geniş ve çeşitli kullanıcı tabanına sahip bir tesis için, Tomo5'in uzak bir ortamda çalıştırılması ve kullanıcıları eğitmesi kolaydır. Yapışkan hücreler için, ızgaralar tipik olarak daha fazla taşıma adımı gerektirir ve kırılgan altın ızgaraların kullanılması gerekliliği, işleme ve veri toplama stratejilerinde daha iyi bakım ihtiyacını artırır. İlgilenilen hücresel bir bölgeyi bulmayı kolaylaştırmak ve yüksek eğim açılarında ızgaranın kendisinden tıkanmayı önlemek için, daha büyük ağ boyutları kullanmak da faydalıdır, ancak doğal olarak daha kırılgan olmaları pahasına. Lamel örnekleri için, numunenin kırılganlığı, değişken olabilen lamelin kalitesi ile belirlenir. Bu faktörler kurulum süresini ve dikkat edilmesi gereken noktaları artırır, ancak artan uyarlanabilirlik ve sağlamlık Tomo5'i bu tür veri toplama için uygun hale getirir. Ancak, her iş akışı için özelleştirilmiş veri toplama senaryoları vardır. BISECT ve PACE-tomo (her ikisi de SerialEM'de çalışır), özellikle moleküler tomografide tomogram toplama hızını28 artırmak için tomografi alımı sırasında senaryolu ışın görüntüsü kaydırma olasılığını ortaya koymaktadır. SerialEM 6,7,33'teki orta büyütme montajları (MMM), tüm iş akışlarındaki moleküler özellikleri daha iyi tanımlayabilir ve hassas bir şekilde hedefleyebilir, ancak yazma sırasında bu özellikler Tomo5'te uygulanmaya başlanmıştır.
SPA gibi, cryo-ET ve STA da satın alma yazılımında yapılan iyileştirmeler ve subtomogram için ortalama 16,17,32,34,35,36,37,38 olan çok sayıda mevcut paket sayesinde giderek daha erişilebilir hale geliyor. Buna ek olarak, pandemi sırasında, kriyo-EM enstrümantasyonuna uzaktan erişimin sağlanması, İngiltere'deki Diamond Light Source (DLS) adresindeki elektron Biyo-Görüntüleme Merkezi (eBIC) gibi ulusal tesislerin çalışmaya devam etmesi için gerekli hale geldi. Bu gelişmeler, tekniği kullanmak isteyen araştırmacılar için kriyo-ET'yi daha erişilebilir ve sağlam hale getirmiştir. Veriler elde edildikten sonra, STA, maksimum çözünürlük rekonstrüksiyonu elde etmek ve makromoleküler heterojenliğin sınıflandırılmasına izin vermek için tekrarlayan nesneleri analiz etmek için gerekli bir araçtır. Mevcut protokol, kriyo-ET veri toplama için bir kriyo-TEM mikroskobu hazırlama ve örnek olarak apoferritinin moleküler tomografi veri setinde emClarity kullanarak subtomogram ortalamasının nasıl gerçekleştirileceği hakkında ayrıntılı bir yol izlemeyi amaçlamaktadır. emClarity kullanımı (yüksek çözünürlüklü kriyo-elektron tomografisi ve subtomogram ortalaması için yazılım, bkz. Malzeme Tablosu) komut satırından komut dosyalarının çalıştırılmasını gerektirir, bu nedenle Linux / UNIX sistemlerine bir aşinalık düzeyi varsayılır.
Uzak bağlantı, her enstitüdeki/tesisteki ağ ortamına bağlıdır. eBIC'de uzak sistem, Diamond'da kullanılan belirli ağ yapılandırmasında uzaktan veri toplanmasına izin veren programlar kullanır. Mikroskopa uzaktan bağlantı iki platform tarafından kolaylaştırılmıştır: NoMachine ve TeamViewer (bkz. NoMachine programını kullanarak, kullanıcı uzak bir Windows masaüstünde oturum açabilir. NoMachine tarafından sağlanan uzak Windows masaüstü, mikroskopla aynı ağda bulunur ve bu nedenle mikroskop için sanal bir destek bilgisayarı görevi görür. Sanal destek bilgisayarından kullanıcı, TUI ve Tomo çalıştıran mikroskop PC'ye doğrudan erişim ve kontrol sağlayan TeamViewer aracılığıyla mikroskopa bağlanır.
Mevcut protokol iki bölümden oluşmaktadır (adım 1 ve adım 2). Adım 1, Tomo5 (3D elektron tomografisi için yazılım) kullanılarak uzaktan kriyo-ET veri toplamaya odaklanmaktadır. (Uzak) bir oturumun izlenecek yolu, kullanıcının tomografi yazılımını tomografi verilerini toplamak için numune alanlarını hedeflemeye yönlendirmesine izin vermek için görüntüleri giderek daha yüksek büyütmelerde yakalar. Şekil 1 bu süreci özetlemektedir. Adım 2, emClarity (yüksek çözünürlüklü kriyo-elektron tomografisi ve subtomogram ortalaması için yazılım) kullanılarak kriyo-ET STA veri işlemeyi detaylandırır. Şekil 9 bu süreci özetlemektedir.
Protokol uzak bir kitleye yöneliktir. Kişinin fiziksel olarak mikroskopta olduğunu ve numunelerin yüklenmesinin doğrudan hizalamaları yaptığını ve kamera ayarlaması ile ilgilendiğini ve referans edinimi sağladığını varsayar. Bu protokol için, otomatik yükleyicili üç kondansatörlü bir lens sistemi varsayılmaktadır. Tomografi yazılımı hakkında daha ayrıntılı yönergeler için, yazılımın yüklendiği Windows Başlat düğmesinde üretici tarafından ayrıntılı bir el kitabı mevcuttur.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tomography</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>5.9.0</td>
			<td>Internal terminology: Tomo5 in document</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TEM server</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>7.10.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TIA</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>5.10.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DigitalMicrograph</td>
			<td>Gatan</td>
			<td>3.44</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>emClarity</td>
			<td>Open-Source software</td>
			<td>1.5.3.11</td>
			<td>Software for high-resolution cryo-electron tomography and subtomogram averaging</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IMOD</td>
			<td>Open-Source software</td>
			<td>4.11</td>
			<td>Modeling, display and image processing programs used for 3D reconstruction and modeling of microscopy images with a special emphasis on electron microscopy data</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MotionCor2</td>
			<td>Free for academic use</td>
			<td>1.1.0</td>
			<td>A multi-GPU program that corrects beam-induced sample motion recorded 
			on dose fractionated movie stacks</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ETomo</td>
			<td>Open-Source software</td>
			<td>4.11</td>
			<td>ETomo is an interface for running a subset of IMOD and PEET commands.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NoMachine</td>
			<td>NoMachine, freeware</td>
			<td>7.9.2</td>
			<td>Remote desktop software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TeamViewer</td>
			<td>TeamViewer AG</td>
			<td>-</td>
			<td>Remote access and remote control computer software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quantifoil (holey support film) EM grids</td>
			<td>Quantifoil</td>
			<td>-</td>
			<td>A flat film of carbon with pre-defined hole size, shape and arrangement</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Instrumentation</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Titan Krios microscope</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Titan Krios G2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>K3 camera and GIB energy filter</td>
			<td>Gatan</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 4 camera and Selectris X energy filter</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website 1: https://github.com/bHimes/emClarity/</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Link to download the emClarity software package</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website 2: https://bio3d.colorado.edu/imod/</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Link to download IMOD</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website 3: https://github.com/ffyr2w/emClarity-tutorial</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Link to the emClarity online tutorial</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website 4: https://emcore.ucsf.edu/ucsf-software</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Link to download MotionCor2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Website 5: https://github-wiki-see.page/m/bHimes/emClarity/wiki</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
			<td>Link to the newest announcements including updates and bug fixs for emClarity</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

cryo-electron tomography remote data collection and subtomogram averaging

Kriyo-elektron tomografisi (kriyo-ET), özellikle doğrudan elektron dedektörlerinin piyasaya sürülmesinden, geliştirilmiş otomatik edinme stratejilerinden, elektron mikroskobunun kriyo-ET ve yeni subtomogram ortalama yazılımı kullanarak yüksek çözünürlükte görüntüleyebileceği olasılıkları genişleten hazırlık tekniklerinden bu yana son yıllarda ivme kazanmaktadır. Ek olarak, veri toplama giderek daha akıcı hale geldi ve birçok kullanıcı için daha erişilebilir hale geldi. SARS-CoV-2 pandemisi, özellikle tek parçacıklı kriyo-EM için küresel olarak birçok tesiste uzaktan kriyo-elektron mikroskobu (kriyo-EM) veri toplamayı daha da hızlandırdı ve pandemi sırasında son teknoloji cihazlara kesintisiz kullanıcı erişimi sağladı. Tomo5'teki (3D elektron tomografisi yazılımı) son gelişmelerle birlikte, uzaktan kriyo-ET veri toplama sağlam ve dünyanın her yerinden kullanımı kolay hale gelmiştir. Bu makale, tomografi yazılımındaki veri toplama kurulumundan başlayarak, ayrıntılı sorun giderme ile (uzak) bir kriyo-ET veri toplama oturumunun işlenmesi için ayrıntılı bir yol izlemeyi amaçlamaktadır. (Uzak) veri toplama protokolü, örnek olarak apoferritin kullanılarak, emClarity ile ortalama subtomogram ile atoma yakın çözünürlükte yapı belirleme iş akışı ile tamamlanmaktadır.

Hücresel ve lamel örnekleri için, veri toplama stratejisi büyük ölçüde örneklem ve görüntüleme çalışmasının amacına bağlıdır (Şekil 1). Hedefleme yaklaşımı, moleküler hedefin in situ mu yoksa moleküler hedefler içeren yüksek çözünürlüklü rekonstrüksiyon örnekleri için saflaştırılmış makromoleküler kompleksten mi hazırlandığına bağlıdır. Delikli (karbon) ızgaralara vitrifiye edilmiş saflaştırılmış kompleksler için, hedefleme basitçe (karbon) destek filminin deliklerindeki görüntülemeye dayanabilir. In situ çalışma için, hedefleme yaklaşımı, bağıntılı verilere veya bilinen düşük büyütmeli hücresel yer işaretlerine dayanarak moleküler varlığın yeri hakkında bilgi gerektirir. Hücresel yer işaretleri, genel bakış görüntüleri alınırken ideal olarak tanımlanabilir ve ilgi çekici bölgeleri kabaca yerelleştirmek için yeterliyse, hedef kimliği bir arama görüntüsüyle doğrulamanın hızlı bir yolunu sağlayabilir. Bununla birlikte, gözlemlenebilir olaylar nadirse, hedefin doğru olduğunu nitelemek için orta büyütmeli arama görüntülerine ihtiyaç duyulabilir. Arama haritaları, arama görüntülerinin orta büyütme montajlarıdır ve bu nedenle, hedef bulmayı çok daha kolay hale getirebilir, burada ilgi çekici özelliğin görünür olduğu bir büyütmede elde edilebilirler. Arama haritaları daha sonra hedef toplu iş konumlarını bulmak ve ayarlamak için taranabilir. Ultrayapısal rekonstrüksiyon için hücresel özellikler içeren örnekler için, hedefleme yaklaşımı benzerdir, ancak hücresel olayın çeşitli büyütmelerde görünürlüğüne ve numunedeki prevalansına eşit derecede bağlıdır.
Veri toplama stratejisi de dikkate alınmalıdır; Her durumda, çalışmanın amacı büyük ölçüde verilerin nasıl toplandığını belirler. Hücresel ultrayapının rekonstrüksiyonu için, düşük bir büyütme (20-5 ş/ px) ve geniş görüş alanı uygun olabilir, ancak moleküler veya yüksek çözünürlüklü ayrıntıyı (5-1 ş/ px) yeniden yapılandırmak için yüksek büyütmeler gereklidir. İdeal koşullar altında 1,5 Å/px'te toplanan bir veri kümesi yalnızca fiziksel olarak 3,0 Å/px Nyquist frekansında bir rekonstrüksiyon üretebilir; Bununla birlikte, gerçekte, numune kalınlığı, boyutu ve heterojenliği dahil ancak bunlarla sınırlı olmamak üzere birçok faktör, elde edilen rekonstrüksiyon kalitesini etkiler. Kesin görüntüleme parametreleri ayrıca, çalışmanın amacına dayalı büyütmeyi, yeterli bilgi içerecek görüş alanıyla dengeler. Bu makalede, 2.86 Å'ya ulaşan bir subtomogram ortalamasına sahip bir olgu sunulmaktadır, ancak 17,42,43,44,45 numaralı ek çalışmalar, 17,42,45,46 farklı sonuçları hedefleyen çalışmalarla ilişkili toplama parametrelerini göstermek için Tablo 1'de sunulmuştur.
Kriyo-ET için bir hedefleme iş akışı ve veri toplama rejimi oluşturulduktan sonra, birçok farklı numune türünün veri toplanması mümkündür. Çeşitli örneklerin temsili tomogramları burada sunulmaktadır: apoferritin (Film 1), ince hücresel süreçler (Film 2) ve kalın hücresel numunenin FIB öğütülmüş lamelleri (Film 3) gibi moleküler örnekler.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig01.jpg"> Şekil 1: Tomografi iş akışı kurulumuna genel bakış. Protokolde açıklanan kriyo-ET görüntüleme iş akışı bir akış şeması olarak gösterilir. Elde edilmesi beklenen görüntüler hücresel ve moleküler iş akışı için gösterilir. Sunulan adlandırma Tomo5 kuralını takip eder, ancak çoğu tomografi edinme yazılımı bu görüntüleri toplamak için ortak ilkeleri paylaşır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig01large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig02.jpg"> Şekil 2: Hazırlık sekmesi ve arama ön ayar koşulları . (A) Tüm sekmenin genel bakış görüntüsü. Görüntüleme koşulu hazır ayarları bu sekmede ayarlanır ve "Görüntü Kaydırmayı Kalibre Et" ve "Görüntü Filtresi Ayarları" "Görevler" açılır menüsünde bulunabilir. (B) Her bir ön ayarın bireysel görüntüleme koşulları kurulumu için seçilebildiği "Ön Ayarlar" açılır menüsünün yakınlaştırılması. (C) Hem pozlamayı hem de "Odak ve İzleme" alanını görüş alanına sığdırmak için yeterli bir büyütmeyi gösteren resim. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig02large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig03.jpg"> Şekil 3: Doz hesaplamaları. Doz hızının vakum üzerinden ölçüldüğü olası tomogram edinme şemaları için örnek doz hesaplamaları. İki hesaplama, eğim başına en uygun dozu veya tam eğim serisi için en uygun toplam dozu hedefleyip hedeflemediği, her eğim için maruz kalma sürelerini belirler. Subtomogram ortalamasında, eğilmiş görüntü başına 3.0-3.5 e-/Å2 aralığında optimal bir doz hedeflemek yaygın bir uygulamadır. Her iki durumda da, hareket düzeltmesi yapmak için yeterli sinyal için eğimin film karesi başına ~ 0,5 e-/Å2 doz elde etmek için "Kesirler (Nr.)" 6 olarak ayarlanır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig03large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig04.jpg"> Şekil 4: Atlas sekmesi. "Atlas" sekmesine genel bakış görüntüsü. Görüntü, boş ızgara konum boşluklarını önlemek için kırpılmıştır. "Görevler" menüsü, envantere kaydedilen tüm ızgaraların ayrı ayrı seçilmesi için oturum kurulum tercihlerini ve ızgara seçim alanlarını ve kaset otomatik yükleyiciden çıkarıldıktan sonra tek bir atlas alma seçeneğini içerir. Seçilen bir kılavuz sıfırlanabilir ve ardından yeniden edinilebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig04large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig05.jpg"> Şekil 5: Kalibre edilmiş görüntü kaymaları. Resim, bir pozlama ve arama resmini gösterir. Arama görüntüsündeki kırmızı çarpı işareti, pozlama ve arama arasındaki dengeyi düzeltmek için kaydırılan işaretleyicidir. Oturum başlangıcında veya görüntüleme koşulu ön ayarlarını değiştirdikten sonra görüntü kaydırma kalibrasyonları yeniden yapılmalıdır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig05large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig06.jpg"> Şekil 6: Otomatik fonksiyonlar ve diyafram açıklıkları . (A) "Otomatik İşlevler" sekmesi, "Ön Ayarlar" açılır menüsünü ve "Görev" seçimini gösterir. Mavi renkle altı çizili, "Autostigmate" (ayrıca mavi ile altı çizili) ve "Autocoma" için gerekli olan "Thon Ring" ön ayarıdır. Her görev için ilgili hazır ayarlar seçilmeli ve ardından Başlat düğmesine basılmalıdır. (B) Açıklıklar TEM Kullanıcı Arayüzünde bulunur. Otomatik işlevler gerçekleştirildikten sonra istediğiniz "Objektif diyafram" ı seçin ve diyafram açıklığı ile "Autostigmate" i çalıştırın <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig06large.jpg" target="_blank">.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig07..jpg"> Şekil 7: Tomografi sekmesine genel bakış. Görüntüler Tomo 5.8 kullanıcı arayüzünü göstermektedir. (A) Toplu iş pozisyonları. Resimde gösterilen en son işlevler: "Arama Haritasını Al" seçeneği; tomogram konumları atlas görünümünde yakınlaştırma seçeneğiyle gösterilir; sağ üstte vurgulanan "Pozisyon Seç"; "Bulanıklaştırmayı Güncelle" parametreleri için dört konumun tümü seçilmiştir. (B) Arama haritasında 1, 2 ve 3 etiketli üç konum seçilir. Konum 1, "Tümünü İyileştir" çalıştırıldığında bir sorun teşkil etmeyecektir. Bununla birlikte, konum 2 ve konum 3 için gösterildiği gibi, lamel konumları seçildiğinde olduğu gibi yüksek bir hedef yoğunluğu ayarındaysa, "Tümünü İyileştir", konum 2'nin "Pozlama" bölgesinde "İzleme" ve "Odak" rutinini çalıştıracak ve tomogram alınmadan önce hedefi açığa çıkaracaktır. Izgara türü R1.2/1.3'tür. Ölçek çubuğu = 1,2 μm. (C) Veri toplama. "Toplu Pozisyonlar"da ayarlanan seçili pozisyonlar artık ayrı ayrı alınabilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig07large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 8" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig8v2.jpg"> Şekil 8: Maksimum eğim açısının tanımlanması. Şekil, tomogram alımları için maksimum eğim aralığını belirlemeye yönelik adım adım bir yaklaşımı göstermektedir. (A) 0° genel bakış ve ızgara karesinin ortasında bir arama haritası. Eğim aralığını test etmek için tomografi yazılımında "Set Tilt (°)" ile istenilen değer yazıp Set tuşuna basılarak açı ayarlanabilir. (B) Sahne alanı -60°'ye eğilmiştir, bu da arama haritasının bir köşesinin -60°'de tam olarak elde edilmeyeceğini gösterir. (C) Sahne 60°'ye kadar eğilmiştir. ±60 ° 'de kaybolan delikleri sayarak, bir ızgara karesinin eğim aralığı hakkında bir fikir edinilebilir. Ölçek çubukları = 2,5 μm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig08v2large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 9" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig09.jpg"> Şekil 9: emClarity akış şeması. Akış şeması, kriyo alt-tomogram ortalaması için çeşitli adımları açıkladı. Ölçek çubukları = 50 nm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig09large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 10" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig10.jpg"> Şekil 10: emClarity kullanarak şablon eşleştirme . (A) Grafen kaplı bir ızgara üzerinde tipik bir apoferritin mikrografı. Bulanıklaştırma: -3,430 μm. (B) Şablon aramasından sonra model noktalarıyla kaplanmış tomogramın bir dilimi. (C) Bir üst kısım ve (D) monodispers apoferritin parçacıklarının tek bir düz tabakasını gösteren model noktalarının bir yan projeksiyon görünümü. Ölçek çubukları = 50 nm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig10large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 11" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63923/63923fig11.jpg"> Şekil 11: Apoferritinin Cryo-ET STA'sı . (A) 21 döngü sub-tomogram hizalamasından sonraki son harita. (B) Son haritanın Fourier kabuk korelasyonu (FSC) grafiği, 38 koni FSC içeren, bildirilen 2.86 şçözünürlüğe sahip. (C) Temsili yoğunluk haritaları (PDB model 6s6147 ile donatılmıştır). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923fig11large.jpg" target="_blank">Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<table border="1" fo:font-size="8px" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Örnek</td>
			<td>Cryo-ET tipi</td>
			<td>Å/px</td>
			<td>Eğme aralığı (+/-)</td>
			<td>Eğme adımı (°)</td>
			<td>Bulanıklaştırma aralığı (μm)</td>
			<td>Toplam doz (e-/Å2)</td>
			<td>Çözünürlük</td>
			<td>Ham veri</td>
			<td>Referans</td>
		</tr><tr><td>Apoferritin</td>
			<td>Saflaştırılmış/Moleküler (STA)</td>
			<td>1.34</td>
			<td>60</td>
			<td>3</td>
			<td>1.5 – 3.5</td>
			<td>102</td>
			<td>2.86</td>
			<td>EMPIAR-10787</td>
			<td>17 & bu kağıt</td>
		</tr><tr><td>HIV-1 Gag</td>
			<td>Saflaştırılmış/Moleküler (STA)</td>
			<td>1.35</td>
			<td>60</td>
			<td>3</td>
			<td>1.5 – 3.96</td>
			<td>120</td>
			<td>3.1</td>
			<td>EMPIAR-10164</td>
			<td>17</td>
		</tr><tr><td>Ribozom</td>
			<td>Saflaştırılmış/Moleküler (STA)</td>
			<td>2.1</td>
			<td>60</td>
			<td>3</td>
			<td>2.2 – 4.3</td>
			<td>120</td>
			<td>7</td>
			<td>EMPIAR-10304</td>
			<td>42</td>
		</tr><tr><td>SARS-CoV-2 ani artışı</td>
			<td>Lamel/Moleküler (STA)</td>
			<td>2.13</td>
			<td>54</td>
			<td>3</td>
			<td>2 – 7</td>
			<td>120</td>
			<td>16</td>
			<td>EMPIAR-10753</td>
			<td>45</td>
		</tr><tr><td>Nöron akson yapısı</td>
			<td>Hücresel (ultrayapısal)</td>
			<td>5.46</td>
			<td>60</td>
			<td>2</td>
			<td>3.5 – 5</td>
			<td>90</td>
			<td>N.D.</td>
			<td>EMPIAR-10922</td>
			<td>47</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 1: Birkaç kriyo-ET çalışması için toplama parametreleri. Saflaştırılmış veya in situ proteinlerden moleküler detayın rekonstrüksiyonunu hedefleyen çalışmalar, ultrayapısal hücresel özellikleri çözmeyi ve segmentlere ayırmayı amaçlayan bir çalışmaya kıyasla.
Film 1: Normal bir EM ızgarası üzerinde apoferritin örneklerinin bir tomogramı ve daha sonra uyumlu bir filtreye sahip ultra yüksek çözünürlüklü bir kamera ile donatılmış bir kriyo-TEM ile görüntülendi. Tilt serisi, elektron tomografi yazılımında 54° eğim açıklığı ve toplam 134 e-/A2 dozu ile doz-simetrik şema ile elde edildi. Ölçek çubuğu = 50 nm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/movie1_ApoF_50nmscale.mp4" target="_blank">Bu Filmi indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Film 2: Bir EM ızgarasında yetiştirilen ve daha sonra uyumlu bir filtreye sahip ultra yüksek çözünürlüklü bir kamera ile donatılmış bir kriyo-TEM ile doğrudan görüntülenen birincil nöronun bir tomogramı. Eğim serisi, elektron tomografi yazılımında 60 ° 'lik bir eğim açıklığı ve toplam 120 e-/A2 dozu ile doz-simetrik bir şema ile elde edildi. Ölçek çubuğu = 100 nm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/Movie2_neuron_100nm.mp4" target="_blank">Bu Filmi indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Film 3: Bir EM ızgarası üzerindeki bir Siyanobakterilerin bir tomogramı, FIB frezelemeye tabi tutulur ve daha sonra yüksek hızlı bir kamera ve uyumlu bir filtre ile donatılmış bir kriyo-TEM ile görüntülenir. Eğim serisi, elektron tomografi yazılımında 50 ° 'lik bir eğim açıklığı ve toplam 120 e-/A2 dozu ile doz-simetrik bir şema ile elde edildi. Ölçek çubuğu = 87,2 nm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/Movie3_lamella_100pxScale.mp4" target="_blank">Bu Filmi indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Ek Dosya 1: Bulanıklaştırmayı tahmin etmek için kullanılan parametre dosyası şablonu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923_Supplementary%20File%201.docx" target="_blank">Bu Dosyayı indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Ek Tablo 1: Veri toplama ve mikroskop kurulum ayrıntıları. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923_Supplementary%20Table%201.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>
Ek Tablo 2: Komutların yürütme sırasına göre listesi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63923/63923_Supplementary%20Table%202.xlsx" target="_blank">Bu tabloyu indirmek için lütfen tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Cryo-Electron Tomography Remote Data Collection and Subtomogram Averaging at JoVE.com

Cryo-Electron Tomography Remote Data Collection and Subtomogram Averaging

Mevcut protokol, Tomo5 kullanılarak yüksek çözünürlüklü kriyo-elektron tomografisi uzaktan veri toplama ve emClarity kullanılarak sonraki veri işleme ve subtomogram ortalamasını açıklamaktadır. Apoferritin, 2.86 şçözünürlükte bir kriyo-ET yapısı elde etmek için ayrıntılı adım adım süreçleri göstermek için bir örnek olarak kullanılır.

Kriyo-elektron Tomografisi Uzaktan Veri Toplama ve Subtomogram Ortalaması

Cryo-electron tomography (cryo-ET) has been gaining momentum in recent years, especially since the introduction of direct electron detectors, improved ...

Bu protokol, kriyo elektron tomografisinin giderek daha popüler ancak karmaşık dünyasına kolay bir erişim yolu sağlar. Altı hücresel örnek görüntülenebilir. Yerli devlete yakın bir enstitü.Mikromoleküller daha sonra CROW, ET ve alt atom ortalaması kullanılarak doğal hücresel ortamlarında yüksek çözünürlükte çözülebilir. Tomo five yazılımını TEM sunucu bilgisayarından başlatarak başlayın. Ön ayarların altındaki hazırlık sekmesinde görüntü alma parametrelerini ayarlayarak oturum kurulumunu başlatın.Görüntü alma parametrelerini diğer tüm yüksek büyütme ön ayarlarına kopyalayın. Mikroskopa pozlamayı ayarlamak için "Ayarla" ve tek tek seçtikten sonra pozlama ayarlarını diğer tüm yüksek büyütmelere almak için "Al" a basın. Bir atlas toplamak için, "Atlas" sekmesindeki "Yeni Oturum" a tıklayın.Oturum tercihlerini ayarlayın. Depolama yolunu ve çıktı biçimini girin ve uygula'ya basın. Gösterim'i seçin ve edinilecek tüm atlasları işaretleyin.Çağrı Vanalarını Kapat'ı Seç "Mikroskop denetimsizse, bu kolon valflerini kapatacaktır. Ardından gösterimi başlatmak için başlat düğmesine basın. Oturum Kurulumu" altındaki sol paneldeki ızgaraya tıklayarak hedefler için tek veya birden fazla atlası inceleyin, ardından hareket etmek için fareyi sol tıklayın ve sürükleyin ve yakınlaştırmak ve uzaklaştırmak için orta kaydırmayı yapın.Hedef kurulum için ızgarayı seçin. Seçin ve yazılımın içinden "Yük Örneği" ne tıklayın. Görüntü kaydırma kalibrasyonunu gerçekleştirmek için, Otomatik İşlevler" sekmesinde ön ayarı Ösantrik Yükseklik"Otomatik Ösantrik Yüksekliğe Git"Sahne eğimine göre ayarlayın ve başlat düğmesine basın.Hedefleme sırasında özellik ortalanmış olarak kalırsa, görüntü kaydırma kalibrasyonlarını atlayın. Aksi takdirde, görüntü kaydırmayı kalibre etmek için "Hazırlık" sekmesine gidin ve Görüntü Kaydırmayı Kalibre Et" i seçin ve başlat'a basın. Bu, daha düşük büyütmeleri, pozlama büyütmesinde ortalanan özelliğe hizalar.Tomografi kurulumu için, biyolojik örnekler için "Oturum Kurulumu"nda yeni bir oturum başlatın. Örnek türü olarak "Levha" yı seçin ve Toplu ve Düşük Doz'u seçin"Ardından Çıktı formatı ve depolama" klasörünü seçin. İsteğe bağlı olarak, bir e-posta alıcısı ekleyin ve Uygula'ya basın"Hedefleri ayarlamak için atlas okuna gidin, ilgilendiğiniz bir bölge bulun ve sağ fare tıklamasıyla açılan seçenekleri belirleyerek hareket edin.Ösentrik yükseklik ayarı için iyi bir pozisyonu onaylamak üzere bir genel bakış görüntüsü alın. Ardından, ösentrik eğim rutinine göre ösentrik çalıştırmak için "otoesantrik" tuşuna basın, ösentrik yüksekliği güncellemek için yeni bir genel bakış görüntüsü elde edin. Kareye genel bakışı veya edinilen arama haritasını inceleyin.İlgilendiğiniz bir bölgeye gidin ve arama elde et'e basın. Ardından, ilgilenilen bölge ortalanmamışsa arama görüntüsünü inceleyin, istediğiniz konuma sağ tıklayın ve Aşamayı buraya taşı "ve görüntü elde edin. Odak ve izleme alanlarını ayarlayın.İzleme ve odak alanlarını sürüklemek için sol tıklayın. Tüm parametreler ayarlandıktan sonra Konum Ekle'ye basın"Otomatik işlevleri gerçekleştirmek için, atlası bir karbon alanına yönlendirerek Otomatik İşlevler" sekmesi aracılığıyla hizalamaları gerçekleştirmek için ayarları kontrol edin. Bu alanı ösentrik yüksekliğe getirin ve metin el yazmasında açıklandığı gibi hizalama sırasını izleyin.Ardından, tomografi sekmesinin otomatik olarak edinilmesini başlatın. Veri Toplama" levhasını seçin ve istediğiniz parametreleri ayarlayın. Veri toplama parametrelerini ayarlayın: eğim adımı, maksimum pozitif açı, maksimum negatif açı, izleme şeması.Ardından, ösentrik yükseklik şeması için "Sütun Vanalarını Kapat" ı seçin. Giriş dosyalarını ve dizinleri hazırlayarak başlayın. Proje"klasörü altında bir proje klasörü oluşturun.Başka bir yeni klasör sabit yığınları oluşturun ve giriş dosyalarını hazırlayın. Eğim serisi bir sabit eğim serisi 1. XF ve tilt serisi 1.tlt.Bulanıklaştırmayı hesaplamak için, parametre dosyasını mikroskop ve görüntüleme parametreleriyle güncelleyin. Bir parametre dosyasını proje klasörüne kopyalayın. Adını param_CTF olarak değiştirin.M'yi çalıştırın ve belirtilen komutu çalıştırın. Ardından, CTF tahmin sonuçlarını kontrol edin. Her yığın için, 3D modunu kullanarak hizalanmış yığınları kontrol edin ve referans boncuklarının doğru şekilde silindiğinden emin olun.Belirtilen komutu çalıştırarak elinizin doğru olduğundan emin olun. Ardından bulanıklaştırma değerini kontrol edin ve teorik CTF tahminiyle eşleştiğinden emin olun. Alt bölgeleri tanımlamak için bir büküm tomogramı oluşturun.Proje klasöründe, belirtilen komutu çalıştırın. Altı nokta seçerek sınırları belirleyin Xmin Xmax Ymin, Ymax, Zmin ve Zmax, bin10 klasörü altında bir alt bölge oluşturmak için belirtilen komutu çalıştırın. Ardından, her alt bölge için parçacık toplamayı çalıştırın.Apoferritin veri kümesi için bin altıda bir şablon araması yapın. Şablon alt çizgi açısını değiştirin. Düzlem içi veya düzlem dışı aramanın açısını, aralığını ve aralıklarını derece cinsinden belirlemek için arama parametreleri.Proje klasöründe belirtilen komutu çalıştırın. Klasörün altındaki 3D modunu kullanarak yanlış parçacıkları çıkarın. Convmap_wedge_Type2_bin6. Belirtilen komutu çalıştırın.Ardından, projeyi başlatın. Proje klasöründe, EM netliği için AppoF.mat için bir veritabanı oluşturmak üzere belirtilen komutu çalıştırın. Bin4'te CTF düzeltilmiş alt bölge tomogramları oluşturmak için alt tomo ortalaması ve hizalamasından önce tomogram rekonstrüksiyonu gerçekleştirin, belirtilen komutu çalıştırın.Daha sonra, alt tomo ortalamasını ve hizalamasını gerçekleştirmek için, bin4'ten başlayan CTF düzeltilmiş alt telgrafları kullanarak ortalamayı gerçekleştirin. Proje klasöründe, belirtilen komutu çalıştırın. Hizalamalar yapmaya devam edin ve komutu çalıştırın.Belirtilen komutu çalıştırarak üst üste binen parçacıkları temizleyin. İki yarım veri kümesini birleştirerek son yeniden yapılandırmayı gerçekleştirin. Proje klasöründe belirtilen komutları çalıştırın.Hücresel ve moleküler tomografi için tomografi iş akışına genel bakış, hücresel ve lamel örnekleri için burada gösterilmiştir, veri toplama stratejisi büyük ölçüde örneğe ve görüntüleme çalışmasının amacına bağlıdır. Birkaç kriyo ET çalışması için toplama parametreleri burada gösterilmiştir. Apoferritin, ince hücresel süreçler ve kalın hücresel numunenin odaklanmış iyon ışını öğütülmüş lamelleri gibi moleküler örneklerin temsili tomogramları burada gösterilmiştir.Yüksek çözünürlüklü yapısal analiz, ilaç hedefleri için bağlanma bölgelerinin ortaya çıkarılmasına yardımcı olabilir ve tomografi ve sub-tomogral ortalama, SARS-CoV-2'ye karşı aşı geliştirmeye de yardımcı olmaktadır.

Research

JoVE Journal

Biology

Seawater Sampling and Collection

Deniz suyu Örnekleme ve Tahsilat

This video documents methods for collecting coastal marine water samples and processing them for various downstream applications including biomass ...

Cryo-electron Microscopy Specimen Preparation By Means Of a Focused Ion Beam

Odaklanmış iyon demeti Of Cryo-elektron Mikroskopi Numune Hazırlama By Means

Here we present a protocol used to prepare cryo-TEM samples of Aspergillus niger spores, but which can easily be adapted for any number of microorganisms ...

Do's and Don'ts of Cryo-electron Microscopy: A Primer on Sample Preparation and High Quality Data Collection for Macromolecular 3D Reconstruction

Makromoleküler 3D İmar için bir örnek Hazırlanması Astar ve Yüksek Kalite Veri Toplama: Cryo-elektron mikroskobu Yapılması ve Yapılmaması Gerekenler

Cryo-electron microscopy (cryoEM) entails flash-freezing a thin layer of sample on a support, and then visualizing the sample in its frozen hydrated state ...

Visualization of DNA Compaction in Cyanobacteria by High-voltage Cryo-electron Tomography

Siyanobakteriler yüksek gerilim Cryo-elektron tomografi tarafından DNA sıkıştırma görselleştirme

This protocol describes how to visualize the transient DNA compaction in cyanobacteria. DNA compaction is a dramatic cytoplasmic event recently found to ...

Collection and Identification of Pollen from Honey Bee Colonies

Bal Arısı Kolonilerinden Polenlerin Toplanması ve Tanımlanması

Researchers often collect and analyze corbicular pollen from honey bees to identify the plant sources on which they forage for pollen or to estimate ...

Cryo-Electron Microscopic Grid Preparation for Time-Resolved Studies using a Novel Robotic System, Spotiton

Yeni Bir Robotik Sistem Kullanarak Zaman Çözümlenen Çalışmalar için Kriyo-Elektron Mikroskobik Izgara Hazırlığı, Spotiton

The capture of short-lived molecular states triggered by the early encounter of two or more interacting particles continues to be an experimental ...

Cryo-Structured Illumination Microscopic Data Collection from Cryogenically Preserved Cells

Kriyojenik Olarak Korunmuş Hücrelerden Kriyo-Yapılandırılmış Aydınlatma Mikroskobik Veri Toplama

Three-dimensional (3D) structured illumination microscopy (SIM) allows imaging of fluorescently labelled cellular structures at higher resolution than ...

Construction of a Realistic, Whole-Body, Three-Dimensional Equine Skeletal Model using Computed Tomography Data

Bilgisayarlı Tomografi Verileri Kullanılarak Gerçekçi, Tüm Vücut, Üç Boyutlu At İskelet Modelinin Yapımı

Therapies based upon whole-body biomechanical assessments are successful for injury prevention and rehabilitation in human athletes. Similar approaches ...

Strategies for Optimization of Cryogenic Electron Tomography Data Acquisition

Kriyojenik Elektron Tomografi Veri Kazanımının Optimizasyonu stratejileri

Cryogenic electron tomography (cryoET) is a powerful method to study the 3D structure of biological samples in a close-to-native state. Current ...

Sample Preparation by 3D-Correlative Focused Ion Beam Milling for High-Resolution Cryo-Electron Tomography

Yüksek Çözünürlüklü Kriyo-Elektron Tomografisi için 3D Korbağıntılı Odaklanmış İyon Işını Frezeleme ile Numune Hazırlama

Cryo-electron tomography (cryo-ET) has become the method of choice for investigating cellular ultrastructure and molecular complexes in their native, ...