Name: biobank for translational medicine: standard operating procedures for optimal sample management
Uploaded: 2022-11-30T12:40:00
Duration: 8 min 1 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Biobank for Translational Medicine: Standard Operating Procedures for Optimal Sample Management at JoVE.com

המחברים רוצים להודות לכל החולים שהשתתפו באופן פעיל במהלך העשור האחרון בתוכניות המחקר שלנו באמצעות תרומה של biospecimens שלהם. בלעדיהם, מחקר זה לא היה אפשרי. אנו מודים גם לכל אנשי הצוות העובדים ב- IEO, לאחיות, לטכנאים, לביולוגים, לרופאים ולמנהלי כל היחידות הקליניות והמחקריות. המחברים מודים לפרופ' פייר פאולו די פיורה ולפרופ' ג'יאנקרלו פרונרי על ההנחייתם. לבסוף, אנו מקדישים עבודה זו לפרופ' אומברטו ורונסי, מייסד IEO, וגישתו החלוצית לשילוב חקר הסרטן והטיפול בחולים.

<ol>
	<li>Pagni, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+immune-related+biological+processes+in+solid+tumors:+We+do+need+biomarkers.">Targeting immune-related biological processes in solid tumors: We do need biomarkers.</a> International Journal of Molecular Sciences. 20 (21), 5452 (2019).</li><li>Braun, K. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cancer+patient+perceptions+about+biobanking+and+preferred+timing+of+consent.">Cancer patient perceptions about biobanking and preferred timing of consent.</a> Biopreservation and Biobanking. 12 (2), 106-112 (2014).</li><li>Bycroft, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+UK+Biobank+resource+with+deep+phenotyping+and+genomic+data.">The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data.</a> Nature. 562 (7726), 203-209 (2018).</li><li>Saifuddin, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=King's+Health+Partners'+Prostate+Cancer+Biobank+(KHP+PCaBB).">King's Health Partners' Prostate Cancer Biobank (KHP PCaBB).</a> BMC Cancer. 17 (1), 784 (2017).</li><li>Lopez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+insights+into+the+classification+of+luminal+breast+cancers:+The+genomic+heterogeneity+of+progesterone-negative+tumors.">Molecular insights into the classification of luminal breast cancers: The genomic heterogeneity of progesterone-negative tumors.</a> International Journal of Molecular Sciences. 20 (3), 510 (2019).</li><li>Kinkorov&#225;, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biobanks+in+the+era+of+personalized+medicine:+Objectives,+challenges,+and+innovation:+Overview.">Biobanks in the era of personalized medicine: Objectives, challenges, and innovation: Overview.</a> The EPMA Journal. 7 (1), 4 (2015).</li><li>Luo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intravital+biobank+and+personalized+cancer+therapy:+The+correlation+with+omics.">Intravital biobank and personalized cancer therapy: The correlation with omics.</a> International Journal of Cancer. 135 (7), 1511-1516 (2014).</li><li>Invernizzi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quality+of+life+interventions+in+breast+cancer+survivors:+State+of+the+art+in+targeted+rehabilitation+strategies.">Quality of life interventions in breast cancer survivors: State of the art in targeted rehabilitation strategies.</a> Anticancer Agents in Medicinal Chemistry. 22 (4), 801-810 (2021).</li><li>Roux, J., Zeghidi, M., Villar, S., Kozlakidis, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biosafety+and+biobanking:+Current+understanding+and+knowledge+gaps.">Biosafety and biobanking: Current understanding and knowledge gaps.</a> Biosafety and Health. 3 (5), 244-248 (2021).</li><li>Sanchini, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+trust-based+pact+in+research+biobanks.+From+theory+to+practice.">A trust-based pact in research biobanks. From theory to practice.</a> Bioethics. 30 (4), 260-271 (2016).</li><li>Vaught, J., Kelly, A., Hewitt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+international+biobanks+and+networks:+Success+factors+and+key+benchmarks.">A review of international biobanks and networks: Success factors and key benchmarks.</a> Biopreservation and Biobanking. 7 (3), 143-150 (2009).</li><li>Ferrin, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation,+culture,+and+expansion+of+mesenchymal+stem+cells.">Isolation, culture, and expansion of mesenchymal stem cells.</a> Methods in Molecular Biology. 1590, 177-190 (2017).</li><li>Hermansen, J. U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Norwegian+childhood+cancer+biobank.">The Norwegian childhood cancer biobank.</a> Cancer Reports. , 1555 (2021).</li><li>Schmelz, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+plan+for+emergency+shutdown+and+reopening+for+a+consortium+of+biobanks.">A plan for emergency shutdown and reopening for a consortium of biobanks.</a> Biopreservation and Biobanking. 19 (5), 394-398 (2021).</li><li>Salvaterra, E., Corfield, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Advances in Biobanking Practice Through Public and Private Collaborations. , (2017).</li><li>Snapes, E., Simeon-Dubach, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ISBER+best+practices+for+repositories,+moving+toward+the+fifth+edition.">ISBER best practices for repositories, moving toward the fifth edition.</a> Biopreservation and Biobanking. 20 (1), 107-108 (2022).</li><li>Fischer, A. H., Jacobson, K. A., Rose, J., Zeller, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryosectioning+tissues.">Cryosectioning tissues.</a> Cold Spring Harbour Protocols. (8), 4991 (2008).</li><li>Staining methods in frozen section: Best lab practices. Laboratory Best Practice Blog. UC Davis Health Available from: <a target="_blank" href="https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03">https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03</a> (2020)</li><li>Craciun, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+banks:+A+quality+control+scheme+proposal.">Tumor banks: A quality control scheme proposal.</a> Frontiers in Medicine. 6, 225 (2019).</li><li>Ma, X., Yu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+burden+of+cancer.">Global burden of cancer.</a> The Yale Journal of Biology and Medicine. 79 (3-4), 85-94 (2006).</li><li>Angerilli, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+the+pathologist+in+the+next-generation+era+of+tumor+molecular+characterization.">The role of the pathologist in the next-generation era of tumor molecular characterization.</a> Diagnostics. 11 (2), 339 (2021).</li><li>Correa-Aguila, R., Alonso-Pupo, N., Hern&#225;ndez-Rodr&#237;guez, E. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multi-omics+data+integration+approaches+for+precision+oncology.">Multi-omics data integration approaches for precision oncology.</a> Molecular Omics. , (2022).</li><li>Salati, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ctDNA+analysis+in+the+personalized+clinical+management+of+gastroesophageal+adenocarcinoma:+Turning+hope+into+reality.">ctDNA analysis in the personalized clinical management of gastroesophageal adenocarcinoma: Turning hope into reality.</a> Future Oncology. 17 (33), 4607-4618 (2021).</li><li>Mirzayi, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reporting+guidelines+for+human+microbiome+research:+The+STORMS+checklist.">Reporting guidelines for human microbiome research: The STORMS checklist.</a> Nature Medicine. 27 (11), 1885-1892 (2021).</li><li>Cortvrindt, C., Speeckaert, R., Delanghe, J. R., Speeckaert, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urinary+epidermal+growth+factor:+A+promising+&amp;#34;next+generation&amp;#34;+biomarker+in+kidney+disease.">Urinary epidermal growth factor: A promising &amp;#34;next generation&amp;#34; biomarker in kidney disease.</a> American Journal of Nephrology. , (2022).</li><li>Fusco, N., Fumagalli, C., Guerini-Rocco, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Looking+for+sputum+biomarkers+in+lung+cancer+secondary+prevention:+Where+are+we+now.">Looking for sputum biomarkers in lung cancer secondary prevention: Where are we now.</a> Journal of Thoracic Disease. 9 (11), 4277-4279 (2017).</li><li>Im, K., Gui, D., Yong, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+introduction+to+hardware,+software,+and+other+information+technology+needs+of+biomedical+biobanks.">An introduction to hardware, software, and other information technology needs of biomedical biobanks.</a> Methods in Molecular Biology. 1897, 17-29 (2019).</li><li>Paul, S., Gade, A., Mallipeddi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+state+of+cloud-based+biospecimen+and+biobank+data+management+tools.">The state of cloud-based biospecimen and biobank data management tools.</a> Biopreservation and Biobanking. 15 (2), 169-172 (2017).</li><li>Fthenou, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=implementation,+and+integration+of+heterogenous+information+technology+infrastructures+in+the+Qatar+biobank.">implementation, and integration of heterogenous information technology infrastructures in the Qatar biobank.</a> Biopreservation and Biobanking. 17 (6), 494-505 (2019).</li><li>Tukacs, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Model+requirements+for+Biobank+Software+Systems.">Model requirements for Biobank Software Systems.</a> Bioinformation. 8 (6), 290-292 (2012).</li><li>Willers, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+versatile,+secure,+and+sustainable+all-in-one+biobank-registry+data+solution:+The+A3BC+REDCap+model.">A versatile, secure, and sustainable all-in-one biobank-registry data solution: The A3BC REDCap model.</a> Biopreservation and Biobanking. , (2021).</li><li>D'Abramo, F., Schildmann, J., Vollmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Research+participants'+perceptions+and+views+on+consent+for+biobank+research:+A+review+of+empirical+data+and+ethical+analysis.">Research participants' perceptions and views on consent for biobank research: A review of empirical data and ethical analysis.</a> BMC Medical Ethics. 16, 60 (2015).</li><li>Policiuc, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+foundation+of+personalized+medicine+is+the+establishment+of+biobanks+and+their+standardization.">The foundation of personalized medicine is the establishment of biobanks and their standardization.</a> Journal of BUON. 23 (3), 550-560 (2018).</li><li>Lygirou, V., Makridakis, M., Vlahou, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+sample+collection+for+clinical+proteomics:+Existing+SOPs.">Biological sample collection for clinical proteomics: Existing SOPs.</a> Methods in Molecular Biology. 1243, 3-27 (2015).</li><li>Pisapia, P., Malapelle, U., Troncone, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+biopsy+and+lung+cancer.">Liquid biopsy and lung cancer.</a> Acta Cytologica. 63 (6), 489-496 (2019).</li><li>Spruessel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+ischemia+time+affects+gene+and+protein+expression+patterns+within+minutes+following+surgical+tumor+excision.">Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision.</a> Biotechniques. 36 (6), 1030-1037 (2004).</li></ol>

למחברים אין ניגודי עניינים לחשוף.

למרות שהאונקולוגיה התקדמה מאוד, סרטן נותר גורם מוביל לתחלואה ותמותה ברחבי העולם20. הבנת ההטרוגניות של הגידול, התפתחותו הזמנית לאורך זמן ותוצאות הטיפול הממוקד תלויות אך ורק באיסוף נתונים מדויק בהקשר של טיפול קליני שגרתי21. מבחינה זו, גישת "הרב-אומיקה" צוברת תאוצה בפתולוגיה אונקולוגית מנבאת22. הערכת הסמנים הביולוגיים המסורתית מבוססת הרקמות משולבת באמצעות מספר ביואנליטים חדשים, כגון דם, פלזמה, שתן, רוק וצואה23,24,25,26. לכן, ביובנקים מוכרים כיום כתשתיות מרכזיות לשיפור הפרקטיקה הקלינית. במבט לאחור על ההיסטוריה של חקר הסרטן, אנו מבינים שהתגליות המרשימות ופורצות הדרך ביותר לעולם לא היו מתאפשרות ללא בדיקה ישירה של רקמת סרטן או ביופסיות נוזליות. עם הזמן, מקור רקמת הסרטן וסוג הביופסיה הנוזלית שיש לבחון התפתחו מניתוחים גסים, "מפגשים מקריים" אקראיים, ובמקרים מסוימים, סחר לא חוקי לאוספי סרטן מאורגנים ולבנקים אונקולוגיים מודרניים אסטרטגיים. ההתייחסות לסוגיות אתיות רבות השתנתה במידה ניכרת הן בפועל והן בגורמים העיקריים המבדילים בין בנקים אונקולוגיים מודרניים לבין אוספי האונקולוגיה של העבר.
בשל ההתקדמות בחקר הסרטן והכמות העצומה של מידע מולקולרי המסופק כיום על ידי טכנולוגיות מודרניות, זה הופך להיות ברור יותר ויותר כי ביובנקים, במיוחד אלה במרכזי סרטן, עשויים להתמודד עם כמה סוגים של בעיות מתודולוגיות. בין אלה, הטכנולוגיה הפכה לאתגר אוניברסלי שעדיין מונע סטנדרטיזציה והרמוניזציה של SOP. היבט קריטי נוסף לשמירה על פעילות הליבה הביו-בנקאית הוא להחזיק בתוכנת LIMS משולבת המסוגלת לקבל ולתחזק באופן אוטומטי את כל מזהי בית החולים ואת כל הנתונים הקליניים הקודיפיקטיביים המגיעים מתוכנת בית החולים. ראוי לציין כי תוכנות יקרות ערך אחרות המשמשות לניהול ביובנקים וכמה תוכנות חופשיות ניתן להשיג עבור biobank ניהול 27,28,29,30,31. צעד קריטי נוסף בביו-בנקים הוא יישום הסכם ההשתתפות לכל המטופלים וההסכמה המשפטית והאתית הדרושה לאחסון נתונים קליניים וביו-פסימנים10,32.
בהקשר זה, לפרוטוקול זה יש הנחיות מוגדרות היטב שאינן מתירות איסוף ואחסון של biospecimens בהעדר הסכמה. זהו גם נושא קריטי שכן מטופלים יכולים לבטל את השתתפותם גם לאחר שהדגימות שלהם אוחסנו; לפיכך, שיטות לקחת במהירות דגימות כאלה מתוך מערכת biobanking יושמו. ביופסימנים המגיעים מחולים שגויסו על ידי הביובנק שלנו פועלים לפי פרוטוקולים קפדניים לאיסוף ואחסון. בהקשר זה, כמה היבטים חשובים הוערכו כדי לפקח על תהליך זה והם משתפרים ללא הרף. בפרט, הסמכת ISO9001 דורשת מספר אינדיקטורים לביצועים, כגון זמן איסכמי חם, אשר צריך להישמר במשך פחות מ -30 דקות או 60 דקות בהתאם למקור הרקמה. בנוסף, ביופסיות נוזליות ונוזלים ביולוגיים נאספים באמצעות פרוטוקולים סטנדרטיים לאחר נהלי זמן קפדניים 15,33,34,35,36.
תכונות ספציפיות הן בעלות חשיבות רבה בתהליכי העבודה של ביו-בנקים. אלה כוללים נוכחות של פתולוג מוסמך, אשר מבטיח את הדגימה של הרקמה מסיבות אבחון, ואת איסוף של רקמות עבור biobanking במסגרת זמן תואם איכות גבוהה של דגימות (זמן איסכמי הוא אינדיקציה חשובה עבור סוגים מסוימים של מחקר, כגון בדיקות תלויות RNA, אשר דורשים פחות זמן איסכמי חם). יתר על כן, ניהול השטח הנדרש לאחסון דגימות הוא בעל חשיבות רבה בביו-בנקים. מספר הביופסיות הנוזליות שנאספו יכול להיות מונע על ידי תכנון המחקר. לעתים קרובות ניתן לאסוף ביופסיות נוזליות הן במהלך התקופה שלפני הניתוח והן בתקופת המעקב, כפי שהוגדרו על ידי כל תכנון מחקר.
הודות לקמפיינים של בדיקות סקר למניעת סרטן ואבחון מוקדם של גידולים, כלומר גידולי שד קטנים בשלבים מוקדמים של התפתחות, כמו גם הזמינות של טכניקות כירורגיות זעיר פולשניות, הפחיתו את מספר דגימות הרקמות הזמינות למחקר (מכיוון שרוב דגימות הרקמות משמשות תמיד למטרות אבחון). היכולת לאסוף ולאחסן דגימות ביולוגיות השתפרה משמעותית בשנים האחרונות. ניתן לראות זאת עבור נוזלים ביולוגיים, המשקפים את היכולת המוגברת של ביובנק זה לתמוך בקבוצות המחקר של מכון זה בביקוש הגובר לחומר מבואר שמקורו בחולה. למרות שיפורים אלה, חווינו כמה מגבלות למחקרים רב-מרכזיים הדורשים תיאום בין ביו-בנקים ממקומות שונים בעולם, שניתן לשלב רק על ידי יישום נהלים דומים.
לאחר ששללה את רוב הסוגיות האתיות והטכניות הנוגעות לביובנקאות, כולל איסוף כל המידע הקליני והדמוגרפי, המטרה הבאה היא ליישם את הדיגיטליזציה של כל התכשירים והכתמים ההיסטולוגיים המשמשים למטרות אבחון ומחקר. יש לכך חשיבות בסיסית לדור הבא של מחקרים שייהנו מאוד מהפתולוגיה הדיגיטלית והביו-בנק המשולבים במלואם, שהולכים להפוך לסטנדרט לעתיד. רק סדרה גדולה של חולים עם נתונים משולבים ותמונות דיגיטליות עשויה לתדלק מחקרי בינה מלאכותית (AI) רב-מרכזיים וגדולים לשיפור הטיפול בחולי סרטן. לסיכום, אנו מאמינים כי בריאות טובה אינה מסתיימת באבחון וטיפול. שיטות עבודה מומלצות כוללות מציאת דרכים לאבחון מתמיד ולשיפור הטיפול בכל מחלה, בפרט אלה המשפיעות קשות על תוחלת החיים או על איכותה.

ביו-בנקים הם ביו-רפוזיטורים שמטרתם איסוף, אחסון, עיבוד ושיתוף של דגימות ביולוגיות אנושיות ונתונים נלווים למחקר ואבחון. תפקידם חיוני לא רק לגילוי ואימות סמנים ביולוגיים אלא גם לפיתוח תרופות חדשות1. לפיכך, הרוב המכריע של תוכניות המחקר התרגומי והקליני מסתמכות על גישה לביו-פסימנים באיכות גבוהה. מבחינה זו, ביובנקים נחשבים לגשר בין המחקר האקדמי לבין תעשיית התרופות/ביוטכנולוגיה 2,3,4,5. בשל ההזדמנויות חסרות התקדים שמספקים איסוף ביג דאטה ובינה מלאכותית, תפקידם של הביו-בנקים בחקר הסרטן מתפתח ללא הרף6.
הספקטרום הרחב של ביו-חומרים המטופלים על ידי ביו-בנקים משולב עם מידע קליניקופתולוגי, כולל נתונים דמוגרפיים וסביבתיים, סוג הגידול, דרגה היסטולוגית, שלב, נוכחות של פלישה לימפווסקולרית וסטטוס סמנים ביולוגיים 7,8. ככל שיהיו יותר דגימות ונתונים באיכות גבוהה יותר, כך המחקר יקדם וישפיע על אספקת שירותי בריאות9 מהר יותר. קיימת מסגרת רגולטורית קפדנית המבוססת על עקרונות אתיים ומשפטיים שצריכים לעקוב אחר SOPs, בקרות איכות והנחיות שאומצו באופן נרחב (למשל, המכון הלאומי לסרטן של ארה"ב, הקונפדרציה הבריטית של ביו-בנקים לסרטן, והאגודה הבינלאומית של האיחוד האירופי למאגרים ביולוגיים וסביבתיים)10,11.
הפיתוח של SOPs עבור כל ההיבטים העיקריים של ביובנקים מביא מספר יתרונות במונחים של איכות, עקיבות, עקביות, יכולת שכפול, וזמני תפנית12,13. היבט חשוב נוסף של יישום SOP מיוצג על ידי אופטימיזציה של ניהול ביובנק, המאפשר פתרון בעיות טוב יותר נהלים חלופיים עבור עובדי ביובנקוחוקרים 14. כל ההיבטים האלה הם חלק מזרימת העבודה של ביו-בנק (איור 1).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig01v2.jpg"> איור 1: גורמים שונים התורמים לאופטימיזציה של ביו-בנקאות. קיצור: LIMS = מערכת ניהול מידע מעבדתית. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
נתונים ספציפיים ורגישים אלה דורשים נהלים סטנדרטיים ניהוליים מחמירים בביו-בנקאות. טופס פרויקט מפורט ומאומת צריך להיות זמין לכל החוקרים שצריכים לקבל גישה לדגימות ולנתונים של ביובנק. המידע המובא בבקשה צריך לכלול את מתודולוגיית המחקר ועיצובו, מטרותיו, יעדיו ותקציבו. יש להקים ועדה מדעית טכנית של ביובנק עם תפקיד ההון של הערכת יישומים לפרויקטים מחקריים. גוף זה צריך לכלול חברים מהיחידה הביו-בנקאית, חטיבות קליניות, קבוצות מחקר, הגנה על נתונים, לשכה משפטית ומשרד העברת טכנולוגיה.
יחידת ביובנק לרפואה תרגומית ודיגיטלית של המכון האירופי לאונקולוגיה (IEO) היא התייחסות עולמית לביובנקים מבחינת איכות וכמות השירותים הניתנים, כמו גם חדשנות. מתקן מוסמך מלא זה (UNI EN ISO 9001:2015-Certiquality) הוא חלק בלתי נפרד מהצומת האיטלקי BBMRI-ERIC (כלומר, תשתית מחקר ביו-בנקאית ומשאבים ביומולקולריים) ומקיים אינטראקציה הן עם יחידות קליניות והן עם תשתית מחקר.
יש הטרוגניות רבה בסוגי הביו-פסימנים המאוחסנים על ידי ביו-בנקים. אלה כוללים דגימות רקמה - טריות-קפואות או משומרות פרפין - ביופלואידים (למשל, פלזמה, סרום, דם, שתן, צואה), תרביות תאים ותאי דם חד-גרעיניים היקפיים (PBMCs). הביובנק שלנו פועל בסינרגיה עם תשתית המחקר האירופית לביו-בנקאות (BBMRI-ERIC), שהיא אחת מרשתות הביו-בנקים הגדולות באירופה ומספקת פורטל לגישה לביו-בנקים ולמשאבים ביומולקולריים המתואמים על ידי צמתים לאומיים15. בנוסף ל- BBMRI-ERIC, האגודה הבינלאומית למאגרים ביולוגיים וסביבתיים (ISBER) מילאה גם תפקיד חשוב בסטנדרטיזציה של נהלי הפעלה עבור ביו-בנקאות16.
יחידת ביובנק, המהווה חלק מהאגף לפתולוגיה, מחויבת למרכזיותו של המטופל, תמיכה בפיתוח מחקר קליני, שיפור מתמיד, שיפור המשאב האנושי, שיתוף פעולה בינלאומי, תמיכה באירועי הדרכה, בטיחות במקום העבודה וצמיחה מדעית וטכנולוגית. החזון המשותף הוא להקים את ציוני הדרך הלאומיים והאירופיים עבור ביובנקים במונחים של איכות וכמות השירותים והחדשנות. הדגימות הביולוגיות שנאספו משמשות לזיהוי סמנים ביולוגיים חדשים ותרופות חדשות (למשל, לפיתוח טיפולים מותאמים אישית יותר ויותר) ולהבטחת הטיפול הזמין הטוב ביותר לחולים באמצעות מצוינות במחקר.
כל דגימה ביולוגית נאספת ומטופלת לאחר אימות מוקדם לקיומו של הסכם ההשתתפות במחקר המדעי שהביע המטופל15. דגימות ביולוגיות שנאספו משמשות לביצוע פרויקטים מחקריים או ניסויים קליניים וכוללות עודף (כלומר, לא נחוץ למטרות אבחון) דגימות כירורגיות פתולוגיות ולא פתולוגיות, ביופסיות נוזליות (למשל, דם, סרום, פלזמה ושתן) ודגימות ביולוגיות אחרות. ביו-חומרים אלה מאוחסנים על פי פרוטוקולים ייעודיים לשימור בהקפאה. מאמר זה מספק את הפרוטוקולים הביו-בנקאיים של מרכז סרטן גדול.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Blue Max Con Tubes 15 mL</td>
			<td>Falcon B.D</td>
			<td>352096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blue Max Con Tubes 50 mL</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>FLC352070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Box with 81 position for tissue storage</td>
			<td>Ettore Pasquali Srl.</td>
			<td>06.0945.00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes</td>
			<td>Norgen Biotek</td>
			<td>63950</td>
			<td>Preservation and isolation of both cf-DNA and cf-RNA from a single tube and in particular preserve cf-DNA/ct-DNA for 30 days at ambient temperature and for up to 8 days at 37 &#176;C</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cryomold Standard (25 X 20 X 5 mm)</td>
			<td>Olympus Italia S.r.l.</td>
			<td>4557</td>
			<td>Disposable plastic Cryomold molds create a uniformly shaped, flat-surface specimen block when used with O.C.T</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dimethyl Sulfoxide Plastic Bottle - 1 L</td>
			<td>Vwr International S.R.L.</td>
			<td>MFCD00002089</td>
			<td>It acts to preserve the reconstitution of the medium for the storage of frozen cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dpbs 1x W/o Ca And Mg - 500 mL</td>
			<td>Microtech Srl</td>
			<td>TL1006-500ML</td>
			<td>Washing Buffer cell</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dualfilter T.I.P.S 1,000 &#181;L</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>4809</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dualfilter T.I.P.S 200 &#181;L</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>4823</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Easytrack Barcode Reader for single tube datamatrix&#160;</td>
			<td>Twin Helix Srl</td>
			<td>TH-ETR4400</td>
			<td>2D barcode tubes reader with USB connection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine Serum Origin Brazileu S/fil</td>
			<td>Microtech S.R.L</td>
			<td>RM10532-500ML</td>
			<td>Defrost at +4 &#176;C, usually for two days, and once melted, start decomplementation at 56 &#176;C for 45 min 
			Let it cool down to room temperature, and aliquot it. Refroze them to -20 &#176;C, and remember to defrost them every time the aliquots are needed</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ficoll Paque Plus (ge) 6 x 500 mL</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>GEH17144003</td>
			<td>Ficoll is a medium for density gradient, It is sterile and ready for use. It alloes to get peripheral blood mononuclear cells, bone marrow and umbilical cord blood</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fixing solution Killik of 100 mL (OCT)</td>
			<td>Bio-optica Milano S.p.a.</td>
			<td>05-9801</td>
			<td>Gel inclusion medium that solidifies at cold the water-soluble tissue (e.g., biopsies, frustules)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FLASH-FREEZE&#160;</td>
			<td>Milestone</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>Freezing appliance</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Forma 8600 Series Chest Freezers (Temperature Range: -50 &#176;C to -86 &#176;C) 85 liters</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>803CV</td>
			<td>Orizzontal freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopentane&#160; 500 mL</td>
			<td>Vwr International S.R.L.</td>
			<td>24872260</td>
			<td>Liquid included in theFLASH-FREEZE&#160; camera for freezing&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nautilus Lims Software</td>
			<td>Thermo Scientific&#8482;</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>The software implementation&#160; is able to&#160; track all patients&#8217; biological samples. Receives Personal and Clinical information automatically during registration due to the integration with IEO operating systems. Nautilus is integrated with the web service through three IEO operative systems: BAC - IEO central registry with personal information, wHospital - medical record&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pasteur pipette 10 mL</td>
			<td>&#160;Euroclone Spa&#160;</td>
			<td>CC4488</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pasteur pipette 3 mL</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>APT1502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PATHOX</td>
			<td>Dedalus ItaliTesi Elettronica e Sistemi Informativi S.p.A.a S.p.A.</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>&#160;PATHOX - management system for the Pathology unit where several factors are registered for the Biobank, such as the histological samples, the related diagnoses, and biomarkers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dishes, polystyrene - size 100 mm x 20 mm, slippable</td>
			<td>Euroclone Spa</td>
			<td>FLC353003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Set of 4 adapters 19 x 5/7 mL vac</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>75003680</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Set of 4 adapters 4 x 50 conical</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>75003683</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Set of 4 adapters 9 x 15 mL conical</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>75003682</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Single-use slide for counting cell</td>
			<td>Biosigma S.P.A.</td>
			<td>347143/001</td>
			<td>Specifically used for individual cell count</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Stamps Freezerbondz for tissue boxes, nitrogen-liquid proof , H 9,53 mm x L 25,40 mm</td>
			<td>Twin Helix Srl</td>
			<td>THT-152-492-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific&#160; TSX Series Ultra-Low Freezers (-50 &#176;C to -86 &#176;C) 949 liters</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>TSX70086V</td>
			<td>Vertical freezer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Refrigerated Centrifuge SL16R</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>75004030</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue box labels in Permanent</td>
			<td>Twin Helix Srl</td>
			<td>THT-199-482-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tuerks Solution</td>
			<td>Merck Life Science S.R.L.</td>
			<td>1092770100</td>
			<td>In light microscopy, it is specifically used as stain for leukocyte</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TX-400 Rotor TX-400 swinging bucket hol</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific Srl</td>
			<td>75003181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>White box for storage</td>
			<td>Bio Optica</td>
			<td>07-7300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>wHospital Software</td>
			<td>wHealth Lutech Group</td>
			<td>n.a.</td>
			<td>wHospital - medical record management system with personal information, administrative cases, and the informed consent of the patients</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

biobank for translational medicine: standard operating procedures for optimal sample management

ביובנקים הם תשתיות מחקר מרכזיות שמטרתן איסוף, אחסון, עיבוד ושיתוף של דגימות ביולוגיות אנושיות באיכות גבוהה ונתונים נלווים למחקר, אבחון ורפואה מותאמת אישית. היחידה לרפואה תרגומית ודיגיטלית במכון האירופי לאונקולוגיה (IEO) היא נקודת ציון בתחום זה. ביובנקים משתפים פעולה עם חטיבות קליניות, קבוצות מחקר פנימיות וחיצוניות ותעשייה, ותומכים בטיפול בחולים ובהתקדמות המדעית, כולל אבחון חדשני, גילוי סמנים ביולוגיים ותכנון ניסויים קליניים. בהתחשב בתפקיד המרכזי של ביו-בנקים במחקר המודרני, נהלי הפעלה סטנדרטיים של ביו-בנקאות (SOPs) צריכים להיות מדויקים ביותר. SOPs ובקרות על ידי מומחים מוסמכים מבטיחים את האיכות הגבוהה ביותר של דגימות ליישום אסטרטגיות מותאמות אישית מבוססות מדע, אבחון, פרוגנוסטיות וטיפוליות. עם זאת, למרות מאמצים רבים ליצור סטנדרטיזציה והרמוניה של ביו-בנקים, פרוטוקולים אלה, הפועלים על פי מערכת קפדנית של כללים, בקרות איכות והנחיות המבוססות על עקרונות אתיים ומשפטיים, אינם נגישים בקלות. מאמר זה מציג את נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של ביובנק של מרכז סרטן גדול.

בעקבות ה-SOPs שתוארו לעיל, אספנו בסך הכל 38,446 ביופסיות נוזליות ביולוגיות מבוארות ובסך הכל 10,205 דגימות רקמה מאפריל 2012 עד דצמבר 2021 (איור 6A). בנוסף, ניתחנו בפירוט את הדגימות שנאספו מחטיבות אורולוגיה, גינקולוגיה, סנולוגיה, כמו גם את חטיבות הראש והצוואר, הבטן-אגן וניתוחי בית החזה. המספר הגבוה ביותר של דגימות רקמה שאספנו היו מגידולי שד (איור 6B,C). מאז 2019, התחלנו לאסוף גם דגימות ביולוגיות אחרות, כגון שתן, צואה ומטושים בוקליים, בעקבות העלייה המשמעותית בביקוש לאורך השנים (איור 6D).
כפי שניתן לראות באיור 6A, כמות הדגימות שנאספו, במיוחד רקמות, בשנים 2020-2021 סבלה עקב מגפת COVID-19 והירידה הקשורה בהליכים אונקולוגיים. חשוב לציין שהעבודה המדעית לא פחתה בתקופה זו בשל השימוש בדגימות ביו-בנק מאוחסנות כראוי ומבוארות שנאספו בשנים הקודמות. איסוף נכון של דגימות ביולוגיות ונתונים קליניים-פתולוגיים נלווים אפשרו לנו להיות בעלי ביו-בנק רטרוספקטיבי ופרוספקטיבי מובנה היטב ותחרותי. לשם כך, הבחירה של הדגימה כירורגית חייבת להתבצע על ידי הפתולוג, הן כדי להבטיח אבחנה נכונה יש את ההזדמנות לערוך מחקר עם דגימות רקמות מתאימות. בביובנק שלנו, נהלי עבודה ספציפיים מבוססים היטב ועוקבים אחריהם, כך שאנו מיישמים נהלים סטנדרטיים העומדים בהסמכה ISO 9001 בהקשר של ביובנקים למחקר.
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/63950/63950fig06.jpg"> איור 6: איסוף מצטבר של ביו-דגימות במכון האירופי לאונקולוגיה, בין השנים 2012 ל-2021. איסוף מצטבר של (A) דגימות רקמה (עקומה כתומה) ודם עם דגימות סרום (עקומה כחולה); איסוף מצטבר של (B) דגימות רקמת שד (עקומה אדומה); איסוף מצטבר של (C) דגימות רקמת שחלה (עקומה ירוקה), ערמונית (עקומה אפורה), ריאה (עקומה כחולה בהירה) ורקמות המעי הגס (עקומה צהובה). בין השנים 2019 ל-2021, איסוף מצטבר של (D) דגימות ביולוגיות נוספות: צואה (קו כחול), ספוגית בוקאל (קו ורוד), פלזמה (קו ירוק בהיר) ושתן (קו סגול). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/63950/63950fig06large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Biobank for Translational Medicine: Standard Operating Procedures for Optimal Sample Management at JoVE.com

Biobank for Translational Medicine: Standard Operating Procedures for Optimal Sample Management

ביובנקים הם משאבים חיוניים למחקר ביו-רפואי והיחידה לרפואה תרגומית ודיגיטלית במכון האירופי לאונקולוגיה היא מודל בתחום זה. כאן אנו מספקים תיאור מפורט של נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של ביו-בנקים לניהול סוגים שונים של דגימות ביולוגיות אנושיות.

ביובנק לרפואה תרגומית: נהלי הפעלה סטנדרטיים לניהול דגימות אופטימלי

Biobanks are key research infrastructures aimed at the collection, storage, processing, and sharing of high-quality human biological samples and ...

ביובנקים הם משאבים חיוניים למחקר תרגומי וקליני בסיסי, אך הם משמשים גם כשחקני מפתח המקשרים בין המחקר האקדמי לתעשיית הפארמה-ביוטק. פרוטוקול זה מציג את נהלי ההפעלה הסטנדרטיים של הביו-בנק ב-IAO, ביו-בנק מוסמך לחלוטין העובד בהתאם לתקן החדש ביותר לביוטכנולוגיה, ביו-בנקאות ודרישות כלליות לביו-בנקים. הזמינות של ביו-פסימנים איכותיים מחולי סרטן היא קריטית לפיתוח כלי אבחון מהדור הבא ומטפלים מתאימים אותם למטופלים בודדים.Biobanking של חומר ביולוגי מחולה סרטן דורש כוח אדם מיוחד הסמכה רבים. כוח האדם חייב להיות מאומן ומעודכן כל הזמן. פרוטוקול זה חייב, אם כן, להיות נקודת המוצא עבור אלה המעוניינים להקים ביובנק.כדי להתחיל, לשדר סרטון קריקטורה חינוכית בחדרי המתנה כדי ליידע את המטופלים על החשיבות של ההשפעה של RPA. ספק סימניות גאדג'טים לכל המטופלים. השתמש בתוכנת LIMS כדי לעקוב אחר כל הדגימות הביולוגיות.זהה מטופלים באמצעות קודים. הקצה קוד ייחודי לכל אדם התואם למספר הרשומה הרפואית. בדוק אם המטופל נרשם לניסוי קליני או לפרויקט מחקר מאושר שצוין על-ידי השלמה נכונה של שדה פרויקט המחקר בכל פרופיל מטופל.הודע לטכנאים אם הסיכון לזיהום אינו ידוע. השליכו דגימות עם תוצאות חיוביות או סיכונים לא ידועים. לקבלת דגימות טריות, רשום את דגימות הדם בתוכנת הביובנק.תייג את ה- vacutainers עם קוד מזהה הביו-בנק ומסור אותם למשתמשים המורשים. עבור דגימות קפואות המאוחסנות בביובנק, הכינו שתי שפופרות מצופות קריובנק דו-ממדיות שכל אחת מהן מכילה 900 מיקרוליטרים של דם. רשום את aliquots בתוכנת biobank.מניחים אותם על צלחת ברקוד מוגדרת ומאחסנים אותם במינוס 80 מעלות צלזיוס כדי להבטיח טמפרטורה קבועה. שופכים את הדם מצינורות האיסוף של EDTA לתוך הצינור החרוטי הסטרילי הריק של 50 מיליליטר ומדללים אותו באמצעות PBS סטרילי 1X. השתמש PBS כדי לשטוף את צינור הדם.צנטריפוגה של הצינורות ב 400 RCF במשך 30 דקות ב 20 מעלות צלזיוס ולעבד את הצינורות תחת מכסה מנוע biohazard. לשחזר את השכבה הלבנה האמצעית המכילה PBMCs באמצעות פיפטה פסטר ולהניח אותו בצינור חרוטי סטרילי חדש 50 מיליליטר. הוסף עד 45 מיליליטר של PBS כדי לשטוף את PBMCs.מערבבים וצנטריפוגות ב-400 RCF למשך 10 דקות בטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס. לשחזר את הכדור ולהשהות אותו ב- PBS. לאחר מכן ספרו את התאים באמצעות תאי בורקר חד פעמיים.חזור על שטיפת PBS עבור PBMCs כמתואר בכתב היד של הטקסט. דלל את ה- PBMCs בתווך המקפיא והכן צינורות מצופים קריובנק דו-ממדיים על ידי העברת מיליליטר אחד של תאים שעברו החייאה לכל צינור קריו. מניחים את הדוגמאות בקופסת קריו ספציפית ומאחסנים אותן במינוס 80 מעלות צלזיוס בהקדם האפשרי.צנטריפוגה vacutainer המכיל את כל דגימות הדם ב 2, 000 G במשך 10 דקות בארבע מעלות צלזיוס. הסר את השכבה העליונה של הפלזמה באמצעות פיפטה פסטר שלושה מיליליטר ולהעביר אותו צינור חרוטי סטרילי 15 מיליליטר. ואז צנטריפוגה ב 16, 000 RCF במשך 10 דקות בארבע מעלות צלזיוס כדי לחסל תאי דם מזהמים.העבר את הפלזמה לתוך מיליליטר אחד cryobank צינורות מצופים 2D. רשום את aliquots בתוכנת biobank. מניחים אותם על צלחת ברקוד ספציפית ומאחסנים אותם במינוס 80 מעלות כדי להבטיח טמפרטורה קבועה.יש דגימות רקמה נבדקות על ידי פתולוג כדי לקבוע אם החומר שאינו נחוץ להליכי אבחון מספיק למטרות מחקר. במידת האפשר, לאסוף אפילו את המקבילה הלא פתולוגית של הרקמה הפתולוגית. הניחו את הדגימות בתרבית תאים סטרילית צלחות פטרי המסומנות כ-P ו-NP. שמרו את הרקמה על הקרח בארבע מעלות צלזיוס וחלקו אותה לשלושה חלקים כל אחד.A, B ו-C אם יש מספיק חומר זמין. עבור דגימות רקמה טריות המסומנות כ-A, הניחו את האליקוטים הטריים של רקמת P ו-NP בצינורות עם מדיום התרבית המתאים המוגדר בכל פרוטוקול ספציפי ושלחו אותם ליחידות מחקר חיצוניות. עבור דגימות רקמת OCT המסומנות כ-B, מלאו אותן בשרף OCT והניחו אותן מיד במנגנון הקפאת הבזק בטמפרטורה של מינוס 80 מעלות צלזיוס.עבור דגימות רקמה המסומנות כ- C, הנח את דגימות הרקמה הנותרות בצינורות מצופים קריובנק דו-ממדיים במנגנון הקפאת ההבזק. אחסנו את הצלחות במינוס 80 מעלות צלזיוס. בסך הכל נאספו 38, 446 ביופסיות נוזליות ביולוגיות מבוארות ו-10, 205 דגימות רקמה מאפריל 2012 עד דצמבר 2021.מספר הדגימות שנאספו, במיוחד רקמות בין השנים 2020 ל-2021, פחת עקב מגפת הקורונה והירידה בהליכים אונקולוגיים. הדגימות שנאספו שהתקבלו ממחלקות האורולוגיה, הגינקולוגיה, הסונולוגיה וחלוקות הראש והצוואר, הבטן, האגן וניתוחי החזה נותחו בפירוט. המספר הגבוה ביותר של דגימות רקמה נאספו מגידולי שד.אוסף הדגימות הביולוגיות האחרות, כגון שתן, צואה ומטושים בוקאליים, גדל משמעותית בעקבות הביקוש לאורך השנים. אפשרות זו מספקת פלטפורמה בסיסית לאחסון דגימות ביולוגיות ומשפרת את יכולת ההתרבות של תוכניות לחקר הסרטן. דגימות אלה יכולות לשמש ליישומי מחקר שונים כגון ריצוף הדור הבא או ספקטרומטריית מסות.הפלטפורמה שלנו מסוגלת להטמיע אלגוריתמים חדשים של בינה מלאכותית במחקר תרגומי עם פוטנציאל לשנות את אופן הטיפול בחולי סרטן.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Operating Procedures of the Electrochemotherapy for Treatment of Tumor in Dogs and Cats

נוהלי עבודה של Electrochemotherapy לטיפול גידול בכלבים וחתולים

Electrochemotherapy (ECT) is a local approach which is used for treating solid tumors of different histologies. Its mechanism is based on cell membrane ...

Surgical Procedures and Methodology for a Preclinical Murine Model of De Novo Mammary Cancer Metastasis

Surgical Procedures and Methodology for a Preclinical Murine Model of De Novo Mammary Cancer Metastasis

כירורגית נהלים ומתודולוגיה עבור מודל Murlin פרה קלינית של<em&gt; דה נובו</em&gt; גרורות סרטן החלב

A rate-limiting aspect of transgenic mouse models of mammary adenocarcinoma is that primary tumor burden in mammary tissue typically defines study ...

Determining the Optimal Inhibitory Frequency for Cancerous Cells Using Tumor Treating Fields (TTFields)

Determining the Optimal Inhibitory Frequency for Cancerous Cells Using Tumor Treating Fields TTFields

קביעת תדירות המעכבות האופטימלית עבור תאים סרטניים באמצעות גידול טיפול פילדס (TTFields)

Tumor Treating Fields (TTFields) are an effective treatment modality delivered via the continuous, noninvasive application of low-intensity (1-3 V/cm), ...

Using 22C3 Anti-PD-L1 Antibody Concentrate on Biopsy and Cytology Samples from Non-small Cell Lung Cancer Patients

באמצעות 22C 3 נוגדן Anti-PD-L1 להתרכז ביופסיה ודוגמאות ציטולוגיה של חולי סרטן ריאות שאינם קטנים התא

Pembrolizumab monotherapy has been approved for the first- and second-line treatment of patients with PD-L1-expressing advanced non-small cell lung cancer ...

Patient-derived Orthotopic Xenograft Models for Human Urothelial Cell Carcinoma and Colorectal Cancer Tumor Growth and Spontaneous Metastasis

מטופל-נגזר אורתוטופית מודלים של תאים האדם Urothelial קרצינומה של סרטן המעי הגס ואת הגידול גרורות ספונטנית

Cancer patients have poor prognoses when lymph node (LN) involvement is present in both high-grade urothelial cell carcinoma (HG-UCC) of the bladder and ...

Management of Respiratory Motion Artefacts in 18F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography using an Amplitude-Based Optimal Respiratory Gating Algorithm

Management of Respiratory Motion Artefacts in 18F-fluorodeoxyglucose Positron Emission Tomography using an Amplitude-Based Optimal Respiratory Gating Algorithm

ניהול חפצי תנועה נשימתית ב-18 טומוגרפיהשל פליטת פוזיטרונים F-fluorodeoxyglucose באמצעות אלגוריתם גת נשימתי אופטימלי המבוסס על משרעת

Positron emission tomography (PET) combined with X-ray computed tomography (CT) is an important molecular imaging platform that is required for accurate ...

Creation and Maintenance of a Living Biobank - How We Do It

יצירה ותחזוקה של ביובנק חי - איך אנחנו עושים את זה

In light of the growing knowledge about the inter-individual properties and heterogeneity of cancers, the emerging field of personalized medicine requires ...

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research

קווי תאים סרטניים במחזור: כלי חדשני למחקר יסודי ותרגום

Metastasis is a leading cause of cancer death. Despite improvements in treatment strategies, metastatic cancer has a poor prognosis. We thus face an ...

Preparation of Human Tissues Embedded in Optimal Cutting Temperature Compound for Mass Spectrometry Analysis

הכנת רקמות אנושיות משובצות בתרכובת טמפרטורת חיתוך אופטימלית לניתוח ספקטרומטריית מסה

Sphingolipids are cellular components that have well-established roles in human metabolism and disease. Mass spectrometry can be used to determine whether ...

In Vivo Immunogenicity Screening of Tumor-Derived Extracellular Vesicles by Flow Cytometry of Splenic T Cells

In Vivo Immunogenicity Screening of Tumor-Derived Extracellular Vesicles by Flow Cytometry of Splenic T Cells

ב-Vivo הקרנה אימונוגנית של שלפוחיות חוץ-תאיות שמקורן בגידול על ידי ציטומטריית זרימה של תאי T טחול

Immunogenic cell death of tumors, caused by chemotherapy or irradiation, can trigger tumor-specific T cell responses by releasing danger-associated ...