Name: expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples
Uploaded: 2022-06-29T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Forfatterne anerkender Don Norwood fra Editing Services, Research Medical Library på MD Anderson for at redigere denne artikel og Multiplex Immunofluorescence and Image Analysis Laboratory ved Institut for Translationel Molekylær Patologi ved MD Anderson. Denne publikation resulterede delvist fra forskning lettet af den videnskabelige og økonomiske støtte til Cancer Immune Monitoring and Analysis Centers-Cancer Immunologic Data Commons Network (CIMAC-CIDC), der blev leveret gennem National Cancer Institute (NCI) Cooperative Agreement (U24CA224285) til University of Texas MD Anderson Cancer Center Cancer Immune Monitoring and Analysis Center (CIMAC).

Vævsprøver blev opnået til forskningsformål i overensstemmelse med Institutional Review Board ved University of Texas MD Anderson Cancer Center, og prøver blev yderligere afidentificeret.
1. Valg af antistof
<ol><li>Definer forskningsspørgsmålene for at vælge de bedste tilgængelige antistofkloner. Brug Human Protein Atlas, offentliggjort forskning og antistofproducentwebsteder som forskningsressourcer. BEMÆRK: Valget af passende humane vævskontroller og de samm...

<ol>
	<li>Laplane, L., Duluc, D., Bikfalvi, A., Larmonier, N., Pradeu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+the+tumour+microenvironment.">Beyond the tumour microenvironment.</a> International Journal of Cancer. 145 (10), 2611-2618 (2019).</li><li>Galli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relevance+of+immune+cell+and+tumor+microenvironment+imaging+in+the+new+era+of+immunotherapy.">Relevance of immune cell and tumor microenvironment imaging in the new era of immunotherapy.</a> Journal of Experimental &amp; Clinical Cancer Research. 39 (1), 89 (2020).</li><li>Liu, C. C., Steen, C. B., Newman, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+approaches+for+characterizing+the+tumor+immune+microenvironment.">Computational approaches for characterizing the tumor immune microenvironment.</a> Immunology. 158 (2), 70-84 (2019).</li><li>Eisenstein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+sorting:+Divide+and+conquer.">Cell sorting: Divide and conquer.</a> Nature. 441 (7097), 1179-1185 (2006).</li><li>Scognamiglio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+immunohistochemistry+assay+to+evaluate+the+melanoma+tumor+microenvironment.">Multiplex immunohistochemistry assay to evaluate the melanoma tumor microenvironment.</a> Methods in Enzymology. 635, 21-31 (2020).</li><li>Guo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+34-marker+panel+for+imaging+mass+cytometric+analysis+of+human+snap-frozen+tissue.">A 34-marker panel for imaging mass cytometric analysis of human snap-frozen tissue.</a> Frontiers in Immunology. 11, 1466 (2020).</li><li>Fu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+architecture+of+the+immune+microenvironment+orchestrates+tumor+immunity+and+therapeutic+response.">Spatial architecture of the immune microenvironment orchestrates tumor immunity and therapeutic response.</a> Journal of Hematology &amp; Oncology. 14 (1), 98 (2021).</li><li>Rost, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+analysis+for+quantitation+of+protein+expresssion+in+cancer+tissue+sections.">Multiplexed ion beam imaging analysis for quantitation of protein expresssion in cancer tissue sections.</a> Laboratory Investigation. 97 (8), 992-1003 (2017).</li><li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+structured+tumor-immune+microenvironment+in+triple+negative+breast+cancer+revealed+by+multiplexed+ion+beam+imaging.">A structured tumor-immune microenvironment in triple negative breast cancer revealed by multiplexed ion beam imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373-1387 (2018).</li><li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+formalin-fixed,+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine:+An+evidence-based+review+and+conclusion.">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li><li>Baghban, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+microenvironment+complexity+and+therapeutic+implications+at+a+glance.">Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance.</a> Cell Communication and Signaling. 18 (1), 59 (2020).</li><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design.">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends in Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li><li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics.">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11 (2020).</li><li>Rad, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pandora's+box+of+novel+technologies+that+may+revolutionize+lung+cancer.">The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer.</a> Lung Cancer. 159, 34-41 (2021).</li><li>Tan, W. C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+multiplex+immunohistochemistry/immunofluorescence+techniques+in+the+era+of+cancer+immunotherapy.">Overview of multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence techniques in the era of cancer immunotherapy.</a> Cancer Commununications. 40 (4), 135-153 (2020).</li><li>Ptacek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+(MIBI)+for+characterization+of+the+tumor+microenvironment+across+tumor+types.">Multiplexed ion beam imaging (MIBI) for characterization of the tumor microenvironment across tumor types.</a> Laboratory Investigation. 100 (8), 1111-1123 (2020).</li></ol>

Den omfattende belysning af de komplekse, indviklede interaktioner mellem de mange komponenter i en TME forbliver et centralt mål for kræftforskning. Producenter har introduceret adskillige multipleksede assays som en del af denne indsats, især i løbet af de sidste 5 år. Multiplekset rumlig analyse er et alsidigt og kraftfuldt værktøj, der letter samtidig kategorisering af flere mål, samtidig med at strukturel morfologi bevares i tumorprøver. Rumlige analyseteknikker kan udføres ved hjælp af fluorescensbilledd...

Betydningen af de mange celletyper omkring klonale tumorpopulationer er et afgørende element i kategoriseringen af carcinogenese. Interessen for at belyse denne tumormikromiljø (TME) sammensætning og interaktioner er steget kontinuerligt efter etableringen af immunbaseret terapi som en del af kræftbehandlingsarsenalet. Derfor er behandlingsstrategier skiftet fra en tumorcentreret tilgang til en TME-centreret1.
Indsatsen for at belyse immuncellernes rolle i tumorovervågning og kræftudvikling er steget markant i de senere år 2,3. I medicinsk forskning opstod en overflod af metoder, herunder cytometribaserede metoder og singleplex- og multiplexbilleddannelsesteknologier, som en del af dette forsøg på at dechiffrere de unikke interaktioner mellem flere elementer af TME'er.
Banebrydende metoder såsom flowcytometri (opfundet i 1960'erne), fluorescensaktiveret cellesortering og massecytometri er primært fokuseret på at identificere og kvantificere TME-komponenter4. Selvom cytometribaserede kvantitative teknikker giver mulighed for immunlandskabsfænotypning, er det umuligt at bestemme den cellulære rumlige fordeling. Omvendt bevarer metoder som standard singleplex immunohistokemi vævsarkitekturen og gør det muligt for forskere at analysere cellulær fordeling, selvom et reduceret antal mål i et enkelt vævsafsnit er en begrænsning af disse metoder 5,6. I løbet af de sidste mange år er multipleksede billeddannelsesteknologier til enkeltcelleopløsning såsom multiplex immunfluorescens, stregkodning af fluorescensbilleddannelse og billeddannelsesmassespektrometri opstået som omfattende strategier til erhvervelse af information om samtidig markørfarvning ved hjælp af det samme vævsafsnit7.
Her præsenterer vi en teknologi, der kobler metalmærkede antistoffer og sekundær ionmassespektrometri og muliggør kvantificering af enkeltcelleopløsning, markør co-ekspression (fænotypning) og rumlig analyse ved hjælp af formalinfikseret, paraffinindlejret (FFPE) og friske frosne (FF) vævsprøver 8,9. FFPE-prøver er de mest anvendte materialer til vævsarkiveringsprøver og repræsenterer en lettere tilgængelig ressource til multipleksede billeddannelsesteknologier end friske frosne prøver10. Derudover giver denne teknologi mulighed for at generhverve billeder måneder efter. Heri diskuterer vi vores farvnings- og billedbehandlingsprotokoller ved hjælp af FFPE-vævsprøver.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R8382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>70% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R315</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20X TBS-T</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Low-Barium PBS pH 7.4</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Tris pH 8.5&#160;</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4&#176;C Refrigerator</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>REVCO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P10</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P20</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P200</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P1000</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifugal Filter Ultrafree-MC</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized H2O</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey serum</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D9663</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Green</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Yellow</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-Y</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Kit (Jar+Rack), White</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Stainless Steel Holder</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde 70% EM Grade</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>16360</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat Induced Epitope Retrieval (HIER) buffer: 10X Tris with EDTA, pH 9</td>
			<td>Dako</td>
			<td>S2367</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat resistant slide chamber</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>62705-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophobic barrier pen</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>50-550-221</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBI/O software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIcontrol software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIslide</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIscope</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microtome</td>
			<td>Leica</td>
			<td>RM2135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Moisture Chamber (Humid Chamber)</td>
			<td>Simport</td>
			<td>M922-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS) Tablets</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP2944100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PT Module</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>A80400012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rapid-Flow Sterile Disposable Filter Units</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>097403A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker</td>
			<td>BioRocker</td>
			<td>S2025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spin column (Ultrafree-MC Spin Filter, 0.5mL 0.1&#956;m )</td>
			<td>MillQ</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slide oven</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>6901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum Cabinet Desiccator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>30621-076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Task-whipe</td>
			<td>Kimberly Clark</td>
			<td>34155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>534056-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples

Fremskridt inden for immunbaserede terapier har revolutioneret kræftbehandling og forskning. Dette har udløst stigende efterspørgsel efter karakterisering af tumorimmunlandskabet. Selvom standard immunhistokemi er egnet til at studere vævsarkitektur, er den begrænset til analysen af et lille antal markører. Omvendt kan teknikker som flowcytometri evaluere flere markører samtidigt, selvom information om vævsmorfologi går tabt. I de senere år er multiplexede strategier, der integrerer fænotypisk og rumlig analyse, opstået som omfattende tilgange til karakterisering af tumorimmunlandskabet. Heri diskuterer vi en innovativ teknologi, der kombinerer metalmærkede antistoffer og sekundær ionmassespektrometri med fokus på de tekniske trin i analyseudvikling og optimering, vævsforberedelse og billedoptagelse og -behandling. Før farvning skal et metalmærket antistofpanel udvikles og optimeres. Dette hi-plex billedsystem understøtter op til 40 metalmærkede antistoffer i en enkelt vævssektion. Bemærk, at risikoen for signalinterferens øges med antallet af markører, der er inkluderet i panelet. Efter paneldesign skal der lægges særlig vægt på metalisotoptildelingen til antistoffet for at minimere denne interferens. Indledende paneltest udføres ved hjælp af en lille delmængde af antistoffer og efterfølgende test af hele panelet i kontrolvæv. Formalinfikserede, paraffinindlejrede vævssektioner opnås og monteres på guldbelagte dias og farves yderligere. Farvningen tager 2 dage og ligner meget standard immunohistokemisk farvning. Når prøverne er farvet, placeres de i billedoptagelsesinstrumentet. Synsfelter vælges, og billeder hentes, uploades og gemmes. Det sidste trin er billedforberedelse til filtrering og fjernelse af interferens ved hjælp af systemets billedbehandlingssoftware. En ulempe ved denne platform er manglen på analytisk software. De genererede billeder understøttes dog af forskellige beregningspatologisoftware.

Tonsil og lungeadenocarcinom TMA vævssektioner (5 mm tykke) blev opnået og anbragt på midten af guldbelagte dias efter specifikationerne vedrørende vævsstørrelse og sikre margener af diasene. Frie glasmargener på henholdsvis 5 mm og 10 mm mellem kanten af vævet og glasglasglassets laterale og ringere grænser er nødvendige for optimal farvning. Vævssektionerne blev bagt natten over i en ovn inden farvning for at sikre korrekt overholdelse af sektionen til diaset. Antistofpanelet bestod af 23 markører. I samme ...

Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

I en tid med kræftimmunterapi er interessen for at belyse tumormikromiljødynamikken steget markant. Denne protokol beskriver en massespektrometribilleddannelsesteknik med hensyn til dens farvnings- og billeddannelsestrin, som giver mulighed for stærkt multiplekset rumlig analyse.

Udvidelse af forståelsen af tumormikromiljøet ved hjælp af massespektrometribilleddannelse af formalinfaste og paraffinindlejrede vævsprøver

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...

Disse protokoller muliggør kvantificering af enkeltcelleopløsning, markørco-ekspression og en særlig analyse ved hjælp af en formalinfast og paraffinindlejret og frisk frossen vævsprøver for at belyse immuncellernes rolle i kræft. Denne teknik er et kraftfuldt værktøj, der letter samtidig karakterisering af en 40 markør på en enkelt vævssektion, bevarer i vid udstrækning vævets struktur i prøverne. Det kritiske trin er antistofoptimering og validering.Manglende gennemførelse af trinnet kan resultere i billeder af lav kvalitet, der kan kompromittere en fastholdelse af reproducerbare data og resultater af høj kvalitet. Begynd med at spinde ned alle antistofholdige rør ved 10.000 x G i fem minutter, tilsæt individuelle antistoffer til blokeringsbufferen og bland godt. Forstyr ikke bunden af antistofrøret, når det pipetteres.Antistofpanelet filtreres ved at forvæde en 0,1 mikrometer centrifugalfilteranordning med 100 mikroliter blokerende buffer. Drej filteret ved 10.000 x G i to minutter, og fjern den blokerende buffergennemstrømning med en pipette. Overfør derefter antistofpanelet til en centrifugeringskolonne og drej filteret ved 10.000 x G i to minutter.Kassér spinkolonnen, og brug gennemstrømningen som det filtrerede antistofpanel. For antistoffarvningen skal du fjerne blokeringsbufferen fra diasene ved at vippe hvert dias på siden og forsigtigt banke kanterne mod en opgavevisker. Placer diasene i et fugtkammer og tilsæt 100 til 200 mikroliter antistofmasterblanding til vævet.Tilføj positive og negative kontroldias til farvningsbatchen, og inkuber diasene ved 4 grader Celsius natten over. For at konfigurere instrumentet skal du logge ind på kontrolsoftwaren og klikke på Vågn op, hvis instrumentet er i dvaletilstand. Klik på Exchange Sample for at indlæse et dias, og klik derefter på Fortsæt for at åbne døren.Sæt diaset i indlæsningsåbningen med en prøve opad og etiketten til højre, klik på Fortsæt for at lukke døren. Vælg projektet, og vælg derefter slidenavnet for det indlæste eksempel. Visualiser panoramabilledet i den optiske billedrude til diasbilledet for synsfeltet eller FOV-valget, klik på menuen Tilstand, vælg Sekundær elektrondetektor, klik derefter på menuen Billedbehandlingstilstand og vælg QC 300 mikrometer.Klik på Jog Stage for at styre FOV-placeringen, og klik derefter på pilene for at navigere og vælge FOV'ens position. Klik på tilføj FOV, indstil 400 mikrometer x 400 mikrometer som feltstørrelse, og vælg Fin som billeddannelsestilstand og 1 millisekund af Dwell Time, klik på Bekræft. Når du har oprettet en FOV-liste, skal du fortsætte til billedfokus og justere stigmatiseringen ved at flytte strålen til et vævsområde, der ikke vil blive afbildet.Juster parametrene, indtil der opnås et klart centralt billede, klik på Start kørsel. De erhvervede billeder uploades automatisk og gemmes i det webbaserede billedstyringsprogram. Matrixen vist her beskriver den procentvise krydstale, der stammer fra sondens renhed og oxider.Her angiver blå bokse større end eller lig med 0,5% krydstale, og klare bokse angiver mindre end 0,5% krydstale. For massetags vises sonder, der bidrog med mindst 0.5% krydstale til ingen kanaler, en eller to kanaler eller mere end to kanaler, her. Massekanaler, der modtager mindst 0,5% krydstale fra ingen sonder, en eller to sonder eller mere end to sonder, vises også.De repræsentative farvningsbilleder i forskellige væv som lungeadenocarcinom, ikke-neoplastisk nyre og tonsil er afbildet her. Et billede af en tonsilvævssektion farvet ved hjælp af denne teknik og visualiseret ved hjælp af et tredjeparts digitalt billedanalysesoftwareprogram før filtrering og korrektion præsenteres her. Billedet af det samme afsnit under de samme betingelser efter filtrerings- og korrektionstrin vises her.Denne metode genererer billeder, der kan uploades til en tredjeparts digital billedanalysesoftware, hvilket muliggør omfattende analyse såsom vævsrumsopdeling, cellesegmentering, markør-co-ekspression samt naboanalyse og fjernanalyse. Meget multiplex billeddannelsesmetoder er tilgængelige gennem forskning. Ved at konstruere forskellige paneler kan forskere undersøge kræft, normale, paraneoplastiske, inflammatoriske og infektiøse prøver.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Four-color Fluorescence Immunohistochemistry of T-cell Subpopulations in Archival Formalin-fixed, Paraffin-embedded Human Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma Samples

Four-Color Fluorescence Immunohistochemistry af T-Cell Subpopulations i Archival Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Human Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma Samples

The four-color fluorescence immunohistochemistry (IHC) technique is a method to quantify cell populations of interest while taking into account their ...

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

To-dimensionelle gelelektroforese kombineret med massespektrometri metoder til analyse af menneskelige hypofyseadenom væv proteom

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

Phosphopeptide berigelse kombineret med etiket-fri kvantitativ massespektrometri til at undersøge Phosphoproteome i Prostata Cancer

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Elastic Staining on Paraffin-embedded Slides of pT3N0M0 Gastric Cancer Tissue

Elastisk farvning på paraffin-indlejrede slides af pT3N0M0 gastrisk Cancer væv

The elastic lamina, which is usually located in the sub-mesothelial layer, adjacent to the peritoneum mesothelial cells, is amphiphilic on hematoxylin and ...

Automated Multiplex Immunofluorescence Panel for Immuno-oncology Studies on Formalin-fixed Carcinoma Tissue Specimens

Automatiseret Multiplex immunofluorescens Panel for Immuno-onkologi undersøgelser af Formalin-fast karcinom væv prøver

Continued developments in immuno-oncology require an increased understanding of the mechanisms of cancer immunology. The immunoprofiling analysis of ...

Measuring Bone Remodeling and Recreating the Tumor-Bone Microenvironment Using Calvaria Co-culture and Histomorphometry

Måling Bone Remodeling og genskabe Tumor-Bone Microenvironment Brug Calvaria Co-kultur og Histomorphometry

Bone is a connective tissue constituted of osteoblasts, osteocytes, and osteoclasts and a mineralized extracellular matrix, which gives it its strength ...

Capturing Small Molecule Communication Between Tissues and Cells Using Imaging Mass Spectrometry

Indfange små molekyle kommunikation mellem væv og celler ved hjælp af Imaging massespektrometri

Imaging mass spectrometry (IMS) has routinely been applied to three types of samples: tissue sections, spheroids, and microbial colonies. These sample ...

Assessing Tumor Microenvironment of Metastasis Doorway-Mediated Vascular Permeability Associated with Cancer Cell Dissemination using Intravital Imaging and Fixed Tissue Analysis

Vurdering tumor mikromiljø af metastase døråbning-medieret vaskulær permeabilitet forbundet med kræft celle udbredelse ved hjælp af Intravital Imaging og fast vævsanalyse

The most common cause of cancer related mortality is metastasis, a process that requires dissemination of cancer cells from the primary tumor to secondary ...

Pathological Analysis of Lung Metastasis Following Lateral Tail-Vein Injection of Tumor Cells

Patologisk analyse af lungemetasase Efter Lateral Hale-Vene Injektion af tumorceller

Metastasis, the primary cause of morbidity and mortality for most cancer patients, can be challenging to model preclinically in mice. Few spontaneous ...

Isolation of Proximal Fluids to Investigate the Tumor Microenvironment of Pancreatic Adenocarcinoma

Isolering af proksimale væsker for at undersøge tumormikromiljøet af pancreas adenocarcinom

Pancreatic adenocarcinoma (PDAC) is the fourth leading cause of cancer-related death, and soon to become the second. There is an urgent need of variables ...