Name: expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples
Uploaded: 2022-06-29T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Forfatterne anerkjenner Don Norwood fra Editing Services, Research Medical Library ved MD Anderson for redigering av denne artikkelen og Multiplex Immunofluorescence and Image Analysis Laboratory ved Department of Translational Molecular Pathology ved MD Anderson. Denne publikasjonen resulterte delvis fra forskning tilrettelagt av den vitenskapelige og økonomiske støtten til Cancer Immune Monitoring and Analysis Centers-Cancer Immunologic Data Commons Network (CIMAC-CIDC) gitt gjennom National Cancer Institute (NCI) Cooperative Agreement (U24CA224285) til University of Texas MD Anderson Cancer Center Cancer Immune Monitoring and Analysis Center (CIMAC).

Vevsprøver ble innhentet for forskningsformål i samsvar med Institutional Review Board ved University of Texas MD Anderson Cancer Center, og prøver ble ytterligere avidentifisert.
1. Valg av antistoff
<ol><li>Definer forskningsspørsmålene for å velge de beste tilgjengelige antistoffklonene. Bruk Human Protein Atlas, publisert forskning og antistoff produsent nettsteder som forskningsressurser. MERK: Valget av tilstrekkelige humane vevskontroller og de samme menneske...

<ol>
	<li>Laplane, L., Duluc, D., Bikfalvi, A., Larmonier, N., Pradeu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+the+tumour+microenvironment.">Beyond the tumour microenvironment.</a> International Journal of Cancer. 145 (10), 2611-2618 (2019).</li><li>Galli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relevance+of+immune+cell+and+tumor+microenvironment+imaging+in+the+new+era+of+immunotherapy.">Relevance of immune cell and tumor microenvironment imaging in the new era of immunotherapy.</a> Journal of Experimental &amp; Clinical Cancer Research. 39 (1), 89 (2020).</li><li>Liu, C. C., Steen, C. B., Newman, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+approaches+for+characterizing+the+tumor+immune+microenvironment.">Computational approaches for characterizing the tumor immune microenvironment.</a> Immunology. 158 (2), 70-84 (2019).</li><li>Eisenstein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+sorting:+Divide+and+conquer.">Cell sorting: Divide and conquer.</a> Nature. 441 (7097), 1179-1185 (2006).</li><li>Scognamiglio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+immunohistochemistry+assay+to+evaluate+the+melanoma+tumor+microenvironment.">Multiplex immunohistochemistry assay to evaluate the melanoma tumor microenvironment.</a> Methods in Enzymology. 635, 21-31 (2020).</li><li>Guo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+34-marker+panel+for+imaging+mass+cytometric+analysis+of+human+snap-frozen+tissue.">A 34-marker panel for imaging mass cytometric analysis of human snap-frozen tissue.</a> Frontiers in Immunology. 11, 1466 (2020).</li><li>Fu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+architecture+of+the+immune+microenvironment+orchestrates+tumor+immunity+and+therapeutic+response.">Spatial architecture of the immune microenvironment orchestrates tumor immunity and therapeutic response.</a> Journal of Hematology &amp; Oncology. 14 (1), 98 (2021).</li><li>Rost, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+analysis+for+quantitation+of+protein+expresssion+in+cancer+tissue+sections.">Multiplexed ion beam imaging analysis for quantitation of protein expresssion in cancer tissue sections.</a> Laboratory Investigation. 97 (8), 992-1003 (2017).</li><li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+structured+tumor-immune+microenvironment+in+triple+negative+breast+cancer+revealed+by+multiplexed+ion+beam+imaging.">A structured tumor-immune microenvironment in triple negative breast cancer revealed by multiplexed ion beam imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373-1387 (2018).</li><li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+formalin-fixed,+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine:+An+evidence-based+review+and+conclusion.">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li><li>Baghban, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+microenvironment+complexity+and+therapeutic+implications+at+a+glance.">Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance.</a> Cell Communication and Signaling. 18 (1), 59 (2020).</li><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design.">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends in Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li><li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics.">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11 (2020).</li><li>Rad, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pandora's+box+of+novel+technologies+that+may+revolutionize+lung+cancer.">The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer.</a> Lung Cancer. 159, 34-41 (2021).</li><li>Tan, W. C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+multiplex+immunohistochemistry/immunofluorescence+techniques+in+the+era+of+cancer+immunotherapy.">Overview of multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence techniques in the era of cancer immunotherapy.</a> Cancer Commununications. 40 (4), 135-153 (2020).</li><li>Ptacek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+(MIBI)+for+characterization+of+the+tumor+microenvironment+across+tumor+types.">Multiplexed ion beam imaging (MIBI) for characterization of the tumor microenvironment across tumor types.</a> Laboratory Investigation. 100 (8), 1111-1123 (2020).</li></ol>

Den omfattende belysningen av de komplekse, intrikate interaksjonene mellom de mange komponentene i en TME er fortsatt et sentralt mål for kreftforskning. Produsenter har introdusert mange multipleksede analyser som en del av denne innsatsen, spesielt de siste 5 årene. Multiplexed romlig analyse er et allsidig og kraftig verktøy som letter samtidig kategorisering av flere mål samtidig som strukturell morfologi i tumorprøver bevares. Romlige analyseteknikker kan utføres ved hjelp av fluorescensavbildning eller masse...

Betydningen av de mange celletypene som omgir klonale tumorpopulasjoner er et avgjørende element i kategoriseringen av karsinogenese. Interessen for å belyse denne tumormikromiljøet (TME) sammensetning og interaksjoner har økt kontinuerlig etter etableringen av immunbasert terapi som en del av kreftbehandlingsarsenalet. Derfor har behandlingsstrategier skiftet fra en tumor-sentrisk tilnærming til en TME-sentrisk en1.
Arbeidet med å belyse immuncellenes roller i tumorovervåking og kreftutvikling har økt påfallende de siste årene 2,3. I medisinsk forskning oppsto en mengde metoder, inkludert cytometribaserte metoder og singleplex- og multiplex-bildebehandlingsteknologier, som en del av dette forsøket på å dechiffrere de unike interaksjonene mellom flere elementer i TME.
Banebrytende metoder som flowcytometri (oppfunnet på 1960-tallet), fluorescensaktivert cellesortering og massecytometri er hovedsakelig fokusert på å identifisere og kvantifisere TME-komponenter4. Selv om cytometribaserte kvantitative teknikker tillater fenotyping av immunlandskap, er det umulig å bestemme den cellulære romlige fordelingen. Omvendt bevarer metoder som standard singleplex immunhistokjemi vevsarkitekturen og gjør det mulig for forskere å analysere cellulær distribusjon, selv om et redusert antall mål i en enkelt vevsseksjon er en begrensning av disse metodene 5,6. I løpet av de siste årene har multipleksede bildebehandlingsteknologier for enkeltcelleoppløsning som multipleksimmunfluorescens, strekkoding av fluorescensbilder og avbildning av massespektrometri dukket opp som omfattende strategier for å skaffe informasjon om samtidig markørfarging ved bruk av samme vevsseksjon7.
Her presenterer vi en teknologi som kobler metallmerkede antistoffer og sekundær ionmassespektrometri og muliggjør kvantifisering av enkeltcelleoppløsning, markør-kopresjon (fenotyping) og romlig analyse ved hjelp av formalinfiksert, parafin-innebygd (FFPE) og ferske frosne (FF) vevsprøver 8,9. FFPE-prøver er de mest brukte materialene for vevsarkiveringsprøver og representerer en lettere tilgjengelig ressurs for multipleksede bildebehandlingsteknologier enn ferske frosne prøver10. I tillegg gir denne teknologien muligheten til å anskaffe bilder på nytt måneder etter. Her diskuterer vi våre farge- og bildebehandlingsprotokoller ved hjelp av FFPE-vevsprøver.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R8382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>70% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R315</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20X TBS-T</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Low-Barium PBS pH 7.4</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Tris pH 8.5&#160;</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4&#176;C Refrigerator</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>REVCO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P10</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P20</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P200</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P1000</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifugal Filter Ultrafree-MC</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized H2O</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey serum</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D9663</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Green</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Yellow</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-Y</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Kit (Jar+Rack), White</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Stainless Steel Holder</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde 70% EM Grade</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>16360</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat Induced Epitope Retrieval (HIER) buffer: 10X Tris with EDTA, pH 9</td>
			<td>Dako</td>
			<td>S2367</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat resistant slide chamber</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>62705-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophobic barrier pen</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>50-550-221</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBI/O software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIcontrol software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIslide</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIscope</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microtome</td>
			<td>Leica</td>
			<td>RM2135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Moisture Chamber (Humid Chamber)</td>
			<td>Simport</td>
			<td>M922-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS) Tablets</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP2944100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PT Module</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>A80400012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rapid-Flow Sterile Disposable Filter Units</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>097403A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker</td>
			<td>BioRocker</td>
			<td>S2025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spin column (Ultrafree-MC Spin Filter, 0.5mL 0.1&#956;m )</td>
			<td>MillQ</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slide oven</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>6901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum Cabinet Desiccator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>30621-076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Task-whipe</td>
			<td>Kimberly Clark</td>
			<td>34155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>534056-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples

Fremskritt innen immunbaserte terapier har revolusjonert kreftbehandling og forskning. Dette har utløst økende etterspørsel etter karakterisering av tumorimmunlandskapet. Selv om standard immunhistokjemi er egnet for å studere vevsarkitektur, er den begrenset til analyse av et lite antall markører. Omvendt kan teknikker som flowcytometri evaluere flere markører samtidig, selv om informasjon om vevsmorfologi går tapt. I de senere år har multipleksede strategier som integrerer fenotypisk og romlig analyse dukket opp som omfattende tilnærminger til karakterisering av tumorimmunlandskapet. Her diskuterer vi en innovativ teknologi som kombinerer metallmerkede antistoffer og sekundær ionmassespektrometri med fokus på de tekniske trinnene i analyseutvikling og optimalisering, vevsforberedelse og bildeoppkjøp og prosessering. Før farging må et metallmerket antistoffpanel utvikles og optimaliseres. Dette hi-plex-bildesystemet støtter opptil 40 metallmerkede antistoffer i en enkelt vevsseksjon. Merk at risikoen for signalforstyrrelser øker med antall markører som er inkludert i panelet. Etter paneldesign bør spesiell oppmerksomhet rettes mot metallisotoptilordningen til antistoffet for å minimere denne forstyrrelsen. Foreløpig paneltesting utføres ved hjelp av en liten delmengde av antistoffer og påfølgende testing av hele panelet i kontrollvev. Formalinfikserte, parafininnstøpte vevsseksjoner oppnås og monteres på gullbelagte lysbilder og ytterligere farget. Fargingen tar 2 dager og ligner på standard immunhistokjemisk farging. Når prøvene er farget, plasseres de i bildeopptaksinstrumentet. Synsfelt velges, og bilder hentes, lastes opp og lagres. Den siste fasen er bildeforberedelse for filtrering og fjerning av forstyrrelser ved hjelp av systemets bildebehandlingsprogramvare. En ulempe med denne plattformen er mangelen på analytisk programvare. Bildene som genereres støttes imidlertid av forskjellig beregningspatologiprogramvare.

Tonsil- og lungeadenokarsinom TMA-vevsseksjoner (5 mm tykke) ble oppnådd og plassert på midten av gullbelagte lysbilder etter spesifikasjonene for vevsstørrelse og sikre marginer av lysbildene. Frie glassmarginer på 5 mm og 10 mm mellom kanten av vevet og henholdsvis laterale og nedre grenser av glassglassene er nødvendige for optimal farging. Vevseksjonene ble bakt over natten i en ovn før farging for å sikre riktig festing av seksjonen til lysbildet. Antistoffpanelet var sammensatt av 23 markører. I samme farge...

Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

I en tid med kreftimmunterapi har interessen for å belyse tumormikromiljødynamikken økt påfallende. Denne protokollen beskriver en massespektrometri-avbildningsteknikk med hensyn til dens fargings- og avbildningstrinn, noe som muliggjør svært multiplekset romlig analyse.

Utvide forståelsen av tumormikromiljøet ved hjelp av massespektrometriavbildning av formalinfikserte og parafin-innebygde vevsprøver

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...

Disse protokollene muliggjør kvantifisering av enkeltcelleoppløsning, markøruttrykk og en spesiell analyse ved hjelp av en formalinfast og parafininnstøpt og fersk frosset vevsprøver for å belyse rollene til immunceller i kreft. Denne teknikken er et kraftig verktøy som letter samtidig karakterisering av en 40-markør på en enkelt vevsseksjon, og bevarer vevets struktur i prøvene mye. Det kritiske trinnet er antistoffoptimalisering og validering.Hvis du ikke fullfører trinnet, kan det føre til bilder av lav kvalitet som kan kompromittere en beholding av reproduserbare data og resultater av høy kvalitet. Begynn med å spinne ned alle antistoffholdige rør ved 10.000 x G i fem minutter, tilsett individuelle antistoffer til blokkeringsbufferen og bland godt. Ikke forstyrr bunnen av antistoffrøret når du pipetterer det.Filtrer antistoffpanelet ved å forhåndsfukte en 0,1 mikrometer sentrifugalfilterenhet med 100 mikroliter blokkeringsbuffer. Spinn filteret ved 10 000 x G i to minutter og fjern den blokkerende buffergjennomstrømningen med en pipette. Overfør deretter antistoffpanelet til en spinnkolonne og spinn filteret ved 10.000 x G i to minutter.Kast spinnsøylen og bruk gjennomstrømningen som det filtrerte antistoffpanelet. For antistofffarging, fjern blokkeringsbufferen fra lysbildene ved å tippe hvert lysbilde på siden og forsiktig trykke kantene mot en oppgavevisker. Plasser lysbildene i et fuktkammer og tilsett 100 til 200 mikroliter antistoffmasterblanding til vevet.Legg til positive og negative kontrolllysbilder til fargepartiet og inkuber lysbildene ved 4 grader Celsius over natten. For å sette opp instrumentet, logg inn på kontrollprogramvaren og klikk på Wake Up, hvis instrumentet er i hvilemodus. Klikk på Exchange Sample for å laste inn et lysbilde, og klikk deretter på Fortsett for å åpne døren.Sett lysbildet i lastesporet med en prøve vendt opp og etiketten til høyre, klikk på Fortsett for å lukke døren. Velg prosjektet, og velg deretter lysbildenavnet for det lastede eksemplet. Visualiser panoramabildet på lysbildet optisk bilderute for synsfeltet eller FOV-valget, klikk på Mode-menyen og velg Secondary Electron Detector, klikk deretter på Imaging Mode-menyen og velg QC 300 mikrometer.Klikk på Jog Stage for å kontrollere FOV-plasseringen, og klikk deretter på pilene for å navigere og velge posisjonen til FOV. Klikk på legg til FOV, sett 400 mikrometer med 400 mikrometer som feltstørrelse og velg Fint som bildemodus og 1 millisekund oppholdstid, klikk på Bekreft. Etter å ha opprettet en FOV-liste, fortsett til bildefokuset og juster stigmasjonen ved å flytte strålen til et vevsområde som ikke vil bli avbildet.Juster parametrene til et klart sentralt bilde er oppnådd, klikk på Start Kjør. De anskaffede bildene blir automatisk lastet opp og lagret i det nettbaserte bildebehandlingsprogrammet. Matrisen vist her beskriver prosentvis krysstale avledet fra sondens renhet og oksider.Her indikerer blå bokser større enn eller lik 0,5% crosstalk og klare bokser indikerer mindre enn 0,5% crosstalk. For massekodene vises sonder som bidro med minst 0,5 % krysstale i ingen kanaler, én eller to kanaler eller mer enn to kanaler her. Massekanaler som mottar minst 0,5% crosstalk fra ingen sonder, en eller to sonder eller mer enn to sonder vises også.De representative fargebildene i forskjellige vev som lungeadenokarsinom, ikke-neoplastisk nyre og mandel er avbildet her. Et bilde av en mandelvevseksjon farget ved hjelp av denne teknikken og visualisert ved hjelp av et tredjeparts digitalt bildeanalyseprogram før filtrering og korreksjon presenteres her. Bildet av den samme delen under de samme forholdene etter filtrerings- og korrigeringstrinn vises her.Denne metoden genererer bilder som kan lastes opp til en tredjeparts digital bildeanalyseprogramvare, slik at omfattende analyse som vevscompartmentalization, cellesegmentering, markør co-uttrykk, samt nabo analyse og fjern analyse. Svært multiplex imaging metoder er tilgjengelige gjennom forskning. Ved å konstruere forskjellige paneler kan forskere undersøke kreft, normale, paraneoplastiske, inflammatoriske og smittsomme prøver.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Four-color Fluorescence Immunohistochemistry of T-cell Subpopulations in Archival Formalin-fixed, Paraffin-embedded Human Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma Samples

Fargelysfluorescensimmunohistokjemi av T-celle-subpopulasjoner i Archival Formalin-fikserte, paraffin-innebygde humane Orofaryngeale Squamous Cell Karsinomeksempler

The four-color fluorescence immunohistochemistry (IHC) technique is a method to quantify cell populations of interest while taking into account their ...

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

Todimensjonal Gel geleelektroforese kombinert med massespektrometri metoder for en analyse av menneskelige hypofysen adenom vev proteom

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

Phosphopeptide berikelse kombinert med etikett-fri kvantitative massespektrometri å undersøke Phosphoproteome i prostatakreft

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Elastic Staining on Paraffin-embedded Slides of pT3N0M0 Gastric Cancer Tissue

Elastisk farging på parafin-embedded lysbilder av pT3N0M0 magekreft vev

The elastic lamina, which is usually located in the sub-mesothelial layer, adjacent to the peritoneum mesothelial cells, is amphiphilic on hematoxylin and ...

Automated Multiplex Immunofluorescence Panel for Immuno-oncology Studies on Formalin-fixed Carcinoma Tissue Specimens

Automatisert Multiplex Immunofluorescence Panel Immuno-onkologi studier på Formalin-fast Carcinoma vevsprøver

Continued developments in immuno-oncology require an increased understanding of the mechanisms of cancer immunology. The immunoprofiling analysis of ...

Measuring Bone Remodeling and Recreating the Tumor-Bone Microenvironment Using Calvaria Co-culture and Histomorphometry

Måle beinremodellering og gjenskape tumor-bone mikromiljøet ved hjelp av Calvaria co-kultur og histomorfometry

Bone is a connective tissue constituted of osteoblasts, osteocytes, and osteoclasts and a mineralized extracellular matrix, which gives it its strength ...

Capturing Small Molecule Communication Between Tissues and Cells Using Imaging Mass Spectrometry

Fange små molekyl kommunikasjon mellom vev og celler ved hjelp av Imaging massespektrometri

Imaging mass spectrometry (IMS) has routinely been applied to three types of samples: tissue sections, spheroids, and microbial colonies. These sample ...

Assessing Tumor Microenvironment of Metastasis Doorway-Mediated Vascular Permeability Associated with Cancer Cell Dissemination using Intravital Imaging and Fixed Tissue Analysis

Vurdere tumor Mikromiljøet av metastasering døråpning-mediert vaskulær permeabilitet forbundet med kreft Cell formidling bruker Intravital Imaging og fast vev analyse

The most common cause of cancer related mortality is metastasis, a process that requires dissemination of cancer cells from the primary tumor to secondary ...

Pathological Analysis of Lung Metastasis Following Lateral Tail-Vein Injection of Tumor Cells

Patologisk analyse av lungemetastase etter lateral hale-vene injeksjon av tumorceller

Metastasis, the primary cause of morbidity and mortality for most cancer patients, can be challenging to model preclinically in mice. Few spontaneous ...

Isolation of Proximal Fluids to Investigate the Tumor Microenvironment of Pancreatic Adenocarcinoma

Isolering av proksimale væsker for å undersøke tumormikromiljøet i bukspyttkjerteladenokarsinom

Pancreatic adenocarcinoma (PDAC) is the fourth leading cause of cancer-related death, and soon to become the second. There is an urgent need of variables ...