Name: expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples
Uploaded: 2022-06-29T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Författarna erkänner Don Norwood från Editing Services, Research Medical Library vid MD Anderson för redigering av denna artikel och Multiplex Immunofluorescence and Image Analysis Laboratory vid Institutionen för translationell molekylär patologi vid MD Anderson. Denna publikation resulterade delvis från forskning som underlättades av det vetenskapliga och ekonomiska stödet till Cancer Immune Monitoring and Analysis Centers-Cancer Immunologic Data Commons Network (CIMAC-CIDC) som tillhandahålls genom National Cancer Institute (NCI) Cooperative Agreement (U24CA224285) till University of Texas MD Anderson Cancer Center Cancer Immune Monitoring and Analysis Center (CIMAC).

Vävnadsprover erhölls för forskningsändamål i enlighet med Institutional Review Board vid University of Texas MD Anderson Cancer Center, och prover avidentifierades ytterligare.
1. Antikroppsval
<ol><li>Definiera forskningsfrågorna för att välja de bästa tillgängliga antikroppsklonerna. Använd Human Protein Atlas, publicerad forskning och antikroppstillverkares webbplatser som forskningsresurser. OBS: Valet av adekvata mänskliga vävnadskontroller och samma m?...

<ol>
	<li>Laplane, L., Duluc, D., Bikfalvi, A., Larmonier, N., Pradeu, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+the+tumour+microenvironment.">Beyond the tumour microenvironment.</a> International Journal of Cancer. 145 (10), 2611-2618 (2019).</li><li>Galli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Relevance+of+immune+cell+and+tumor+microenvironment+imaging+in+the+new+era+of+immunotherapy.">Relevance of immune cell and tumor microenvironment imaging in the new era of immunotherapy.</a> Journal of Experimental &amp; Clinical Cancer Research. 39 (1), 89 (2020).</li><li>Liu, C. C., Steen, C. B., Newman, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+approaches+for+characterizing+the+tumor+immune+microenvironment.">Computational approaches for characterizing the tumor immune microenvironment.</a> Immunology. 158 (2), 70-84 (2019).</li><li>Eisenstein, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell+sorting:+Divide+and+conquer.">Cell sorting: Divide and conquer.</a> Nature. 441 (7097), 1179-1185 (2006).</li><li>Scognamiglio, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+immunohistochemistry+assay+to+evaluate+the+melanoma+tumor+microenvironment.">Multiplex immunohistochemistry assay to evaluate the melanoma tumor microenvironment.</a> Methods in Enzymology. 635, 21-31 (2020).</li><li>Guo, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+34-marker+panel+for+imaging+mass+cytometric+analysis+of+human+snap-frozen+tissue.">A 34-marker panel for imaging mass cytometric analysis of human snap-frozen tissue.</a> Frontiers in Immunology. 11, 1466 (2020).</li><li>Fu, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+architecture+of+the+immune+microenvironment+orchestrates+tumor+immunity+and+therapeutic+response.">Spatial architecture of the immune microenvironment orchestrates tumor immunity and therapeutic response.</a> Journal of Hematology &amp; Oncology. 14 (1), 98 (2021).</li><li>Rost, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+analysis+for+quantitation+of+protein+expresssion+in+cancer+tissue+sections.">Multiplexed ion beam imaging analysis for quantitation of protein expresssion in cancer tissue sections.</a> Laboratory Investigation. 97 (8), 992-1003 (2017).</li><li>Keren, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+structured+tumor-immune+microenvironment+in+triple+negative+breast+cancer+revealed+by+multiplexed+ion+beam+imaging.">A structured tumor-immune microenvironment in triple negative breast cancer revealed by multiplexed ion beam imaging.</a> Cell. 174 (6), 1373-1387 (2018).</li><li>Mathieson, W., Thomas, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+formalin-fixed,+paraffin-embedded+biospecimens+must+be+used+in+genomic+medicine:+An+evidence-based+review+and+conclusion.">Why formalin-fixed, paraffin-embedded biospecimens must be used in genomic medicine: An evidence-based review and conclusion.</a> The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. 68 (8), 543-552 (2020).</li><li>Baghban, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tumor+microenvironment+complexity+and+therapeutic+implications+at+a+glance.">Tumor microenvironment complexity and therapeutic implications at a glance.</a> Cell Communication and Signaling. 18 (1), 59 (2020).</li><li>Cai, S., Allam, M., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+spatial+bioimaging+for+combination+therapy+design.">Multiplex spatial bioimaging for combination therapy design.</a> Trends in Cancer. 6 (10), 813-818 (2020).</li><li>Allam, M., Cai, S., Coskun, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+bioimaging+of+single-cell+spatial+profiles+for+precision+cancer+diagnostics+and+therapeutics.">Multiplex bioimaging of single-cell spatial profiles for precision cancer diagnostics and therapeutics.</a> NPJ Precision Oncology. 4, 11 (2020).</li><li>Rad, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Pandora's+box+of+novel+technologies+that+may+revolutionize+lung+cancer.">The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer.</a> Lung Cancer. 159, 34-41 (2021).</li><li>Tan, W. C. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Overview+of+multiplex+immunohistochemistry/immunofluorescence+techniques+in+the+era+of+cancer+immunotherapy.">Overview of multiplex immunohistochemistry/immunofluorescence techniques in the era of cancer immunotherapy.</a> Cancer Commununications. 40 (4), 135-153 (2020).</li><li>Ptacek, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+ion+beam+imaging+(MIBI)+for+characterization+of+the+tumor+microenvironment+across+tumor+types.">Multiplexed ion beam imaging (MIBI) for characterization of the tumor microenvironment across tumor types.</a> Laboratory Investigation. 100 (8), 1111-1123 (2020).</li></ol>

Den omfattande belysningen av de komplexa, invecklade interaktionerna mellan de många komponenterna i en TME är fortfarande ett centralt mål för cancerforskning. Tillverkare har introducerat många multiplexerade analyser som en del av denna ansträngning, särskilt under de senaste 5 åren. Multiplexerad rumslig analys är ett mångsidigt och kraftfullt verktyg som underlättar samtidig kategorisering av flera mål samtidigt som strukturell morfologi i tumörprover bevaras. Rumsliga analystekniker kan utföras med h...

Betydelsen av de många celltyper som omger klonala tumörpopulationer är ett avgörande element i kategoriseringen av cancerframkallande. Intresset för att belysa denna tumörmikromiljö (TME) sammansättning och interaktioner har ökat kontinuerligt efter etableringen av immunbaserad terapi som en del av cancerbehandlingsarsenalen. Därför har behandlingsstrategier skiftat från ett tumörcentrerat tillvägagångssätt till ett TME-centrerat1.
Arbetet med att belysa immuncellernas roll i tumörövervakning och cancerutveckling har ökat påfallande de senaste åren 2,3. Inom medicinsk forskning uppstod en uppsjö av metoder, inklusive cytometribaserade metoder och singleplex- och multiplexavbildningsteknik, som en del av detta försök att dechiffrera de unika interaktionerna mellan flera element i TME.
Banbrytande metoder som flödescytometri (uppfunnen på 1960-talet), fluorescensaktiverad cellsortering och masscytometri fokuserar främst på att identifiera och kvantifiera TME-komponenter4. Även om cytometribaserade kvantitativa tekniker möjliggör fenotypning av immunlandskap, är det omöjligt att bestämma den cellulära rumsliga fördelningen. Omvänt bevarar metoder som standard singleplex immunohistokemi vävnadsarkitekturen och gör det möjligt för forskare att analysera cellulär fördelning, även om ett minskat antal mål i en enda vävnadssektion är en begränsning av dessa metoder 5,6. Under de senaste åren har multiplexerad bildteknik för encellsupplösning såsom multiplex immunofluorescens, streckkodning av fluorescensavbildning och avbildning av masspektrometri framkommit som omfattande strategier för att få information om samtidig markörfärgning med samma vävnadssektion7.
Här presenterar vi en teknik som kopplar ihop metallmärkta antikroppar och sekundär jonmasspektrometri och möjliggör kvantifiering av encellsupplösning, markörsamuttryck (fenotypning) och rumslig analys med hjälp av formalinfixerade, paraffinbäddade (FFPE) och färskfrysta (FF) vävnadsprover 8,9. FFPE-prover är de mest använda materialen för vävnadsarkivering av prover och utgör en mer lättillgänglig resurs för multiplexerad bildteknik än färska frysta prover10. Dessutom erbjuder denna teknik möjligheten att återta bilder månader efter. Häri diskuterar vi våra färgnings- och bildbehandlingsprotokoll med hjälp av FFPE-vävnadsprover.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>100% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R8382</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>95% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>80% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R3279</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>70% Reagent Alcohol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R315</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>20X TBS-T</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Low-Barium PBS pH 7.4</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X Tris pH 8.5&#160;</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4&#176;C Refrigerator</td>
			<td>ThermoScientific</td>
			<td>REVCO</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P10</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P20</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-404</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P200</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-412</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aerosol Barrier Pipette Tips P1000</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>24-430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifugal Filter Ultrafree-MC</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized H2O</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey serum</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D9663</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Green</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Jar, Yellow</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71385-Y</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Slide Staining Kit (Jar+Rack), White</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyDip Stainless Steel Holder</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>71388-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glutaraldehyde 70% EM Grade</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>16360</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat Induced Epitope Retrieval (HIER) buffer: 10X Tris with EDTA, pH 9</td>
			<td>Dako</td>
			<td>S2367</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heat resistant slide chamber</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>62705-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophobic barrier pen</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>50-550-221</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBI/O software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIcontrol software</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIslide</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>567001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MIBIscope</td>
			<td>Ionpath</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microtome</td>
			<td>Leica</td>
			<td>RM2135</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Moisture Chamber (Humid Chamber)</td>
			<td>Simport</td>
			<td>M922-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS) Tablets</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP2944100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PT Module</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>A80400012</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rapid-Flow Sterile Disposable Filter Units</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>097403A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker</td>
			<td>BioRocker</td>
			<td>S2025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spin column (Ultrafree-MC Spin Filter, 0.5mL 0.1&#956;m )</td>
			<td>MillQ</td>
			<td>UFC30VV00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slide oven</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>6901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vaccum Cabinet Desiccator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>30621-076</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Task-whipe</td>
			<td>Kimberly Clark</td>
			<td>34155</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>534056-4L</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

expanding the comprehension of the tumor microenvironment using mass spectrometry imaging of formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples

Framsteg inom immunbaserade terapier har revolutionerat cancerbehandling och forskning. Detta har utlöst en växande efterfrågan på karakterisering av tumörimmunlandskapet. Även om standardimmunhistokemi är lämplig för att studera vävnadsarkitektur, är den begränsad till analys av ett litet antal markörer. Omvänt kan tekniker som flödescytometri utvärdera flera markörer samtidigt, även om information om vävnadsmorfologi går förlorad. Under de senaste åren har multiplexerade strategier som integrerar fenotypisk och rumslig analys framkommit som omfattande tillvägagångssätt för karakterisering av tumörimmunlandskapet. Häri diskuterar vi en innovativ teknik som kombinerar metallmärkta antikroppar och sekundär jonmasspektrometri med fokus på de tekniska stegen i analysutveckling och optimering, vävnadsberedning och bildförvärv och bearbetning. Före färgning måste en metallmärkt antikroppspanel utvecklas och optimeras. Detta hi-plex-bildsystem stöder upp till 40 metallmärkta antikroppar i en enda vävnadssektion. Observera att risken för signalstörningar ökar med antalet markörer som ingår i panelen. Efter paneldesign bör särskild uppmärksamhet ägnas åt metallisotoptilldelningen till antikroppen för att minimera denna interferens. Preliminär paneltestning utförs med hjälp av en liten delmängd av antikroppar och efterföljande testning av hela panelen i kontrollvävnader. Formalinfixerade, paraffinbäddade vävnadssektioner erhålls och monteras på guldbelagda glidbanor och färgas ytterligare. Färgningen tar 2 dagar och liknar standard immunohistokemisk färgning. När proverna är färgade placeras de i bildförvärvsinstrumentet. Vyfält väljs och bilder hämtas, laddas upp och lagras. Det sista steget är bildförberedelser för filtrering och borttagning av störningar med hjälp av systemets bildbehandlingsprogram. En nackdel med denna plattform är bristen på analytisk programvara. De genererade bilderna stöds dock av olika beräkningspatologiprogram.

Tonsill- och lungadenokarcinom TMA-vävnadssektioner (5 mm tjocka) erhölls och placerades på mitten av guldbelagda objektglas enligt specifikationerna för vävnadsstorlek och säkra marginaler på objektglasen. Fria glasmarginaler på 5 mm och 10 mm mellan vävnadens kant respektive glasskivornas laterala och underlägsna gränser är nödvändiga för optimal färgning. Vävnadssektionerna bakades över natten i en ugn före färgning för att säkerställa korrekt vidhäftning av sektionen till bilden. Antikroppspan...

Watch this Scientific Journal Video about Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples at JoVE.com

Expanding the Comprehension of the Tumor Microenvironment using Mass Spectrometry Imaging of Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissue Samples

I en tid av cancerimmunterapi har intresset för att belysa tumörmikromiljödynamiken ökat slående. Detta protokoll beskriver en masspektrometriavbildningsteknik med avseende på dess färgnings- och avbildningssteg, vilket möjliggör mycket multiplexerad rumslig analys.

Utöka förståelsen av tumörmikromiljön med hjälp av masspektrometriavbildning av formalinfixerade och paraffininbäddade vävnadsprover

Advances in immune-based therapies have revolutionized cancer treatment and research. This has triggered growing demand for the characterization of the ...

Dessa protokoll möjliggör kvantifiering av encellsupplösning, markörsamuttryck och en speciell analys med hjälp av ett formalinfixerat och paraffininbäddat och färskt fryst vävnadsprov för att belysa immuncellernas roller vid cancer. Denna teknik är ett kraftfullt verktyg som underlättar samtidig karakterisering av en 40-markör på en enda vävnadssektion, bevarar i stor utsträckning vävnadens struktur i proverna. Det kritiska steget är antikroppsoptimering och validering.Om steget inte slutförs kan det leda till bilder av låg kvalitet som kan äventyra en kvarhållande av högkvalitativa reproducerbara data och resultat. Börja med att snurra ner alla antikroppsinnehållande rör vid 10 000 x G i fem minuter, tillsätt enskilda antikroppar till blockeringsbufferten och blanda väl. Stör inte botten av antikroppsröret när du pipetterar det.Filtrera antikroppspanelen genom att förväta en 0,1 mikrometer centrifugalfilteranordning med 100 mikroliter blockerande buffert. Snurra filtret vid 10 000 x G i två minuter och ta bort den blockerande buffertgenomströmningen med en pipett. Överför sedan antikroppspanelen till en spinnkolonn och snurra filtret vid 10 000 x G i två minuter.Kasta spinnkolonnen och använd genomströmningen som filtrerad antikroppspanel. För antikroppsfärgningen, ta bort blockeringsbufferten från bilderna genom att tippa varje bild på sidan och försiktigt knacka på kanterna mot en uppgiftstorkare. Placera bilderna i en fuktkammare och tillsätt 100 till 200 mikroliter antikroppsblandning till vävnaden.Lägg till positiva och negativa kontrollglas i färgningssatsen och inkubera bilderna vid 4 grader Celsius över natten. För att ställa in instrumentet, logga in på kontrollprogramvaran och klicka på Vakna, om instrumentet är i viloläge. Klicka på Exchange Sample för att ladda en bild och klicka sedan på Fortsätt för att öppna dörren.Sätt bilden i lastspåret med ett prov uppåt och etiketten till höger, klicka på Fortsätt för att stänga dörren. Markera projektet och välj sedan bildnamnet för det inlästa exemplet. Visualisera panoramabilden i den optiska bildrutan för synfältet eller synfältet, klicka på menyn Läge och välj Sekundär elektrondetektor, klicka sedan på menyn Bildläge och välj QC 300 mikrometer.Klicka på Jog Stage för att styra synfältets plats och klicka sedan på pilarna för att navigera och välja positionen för synfältet. Klicka på lägg till FOV, ställ in 400 mikrometer med 400 mikrometer som fältstorlek och välj Fin som bildläge och 1 millisekund av Dwell Time, klicka på Bekräfta. När du har skapat en FOV-lista, fortsätt till bildfokus och justera stigmationen genom att flytta strålen till ett vävnadsområde som inte kommer att avbildas.Justera parametrarna tills en tydlig central bild erhålls, klicka på Starta körning. De förvärvade bilderna laddas automatiskt upp och lagras i det webbaserade bildhanteringsprogrammet. Matrisen som visas här beskriver den procentuella överhörning som härrör från sondens renhet och oxider.Här indikerar blå rutor större än eller lika med 0,5% överhörning och tydliga rutor indikerar mindre än 0,5% överhörning. För masstaggarna visas här sonder som bidrog med minst 0,5 % överhörning till inga kanaler, en eller två kanaler eller fler än två kanaler. Masskanaler som tar emot minst 0,5% överhörning från inga sonder, en eller två sonder eller mer än två sonder visas också.De representativa färgningsbilderna i olika vävnader som lungadenokarcinom, icke-neoplastisk njure och tonsill visas här. En bild av en tonsillvävnadssektion färgad med denna teknik och visualiserad med hjälp av ett tredjepartsprogram för digital bildanalys innan filtrering och korrigering presenteras här. Bilden av samma avsnitt under samma förhållanden efter filtrerings- och korrigeringssteg visas här.Denna metod genererar bilder som kan laddas upp till en tredje parts programvara för digital bildanalys, vilket möjliggör omfattande analys som vävnadsuppdelning, cellsegmentering, markörsamuttryck, samt grannanalys och avlägsen analys. Mycket multiplexa avbildningsmetoder är tillgängliga genom forskning. Genom att konstruera olika paneler kan forskare undersöka cancer, normala, paraneoplastiska, inflammatoriska och infektiösa prover.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Four-color Fluorescence Immunohistochemistry of T-cell Subpopulations in Archival Formalin-fixed, Paraffin-embedded Human Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma Samples

Fyra färgfluorescensimmunohistokemi av T-cell-subpopuleringar i Archival Formalin-fixade, paraffin-inbäddade humana orofaryngeala Squamous Cell Carcinomprover

The four-color fluorescence immunohistochemistry (IHC) technique is a method to quantify cell populations of interest while taking into account their ...

Two-dimensional Gel Electrophoresis Coupled with Mass Spectrometry Methods for an Analysis of Human Pituitary Adenoma Tissue Proteome

Tvådimensionell gelelektrofores tillsammans med masspektrometri metoder för en analys av mänskliga hypofysen adenom vävnad proteomet

Human pituitary adenoma (PA) is a common tumor that occurs in the human pituitary gland in the hypothalamus-pituitary-targeted organ axis systems, and may ...

Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer

Phosphopeptide anrikning tillsammans med etikett-fri kvantitativa masspektrometri att undersöka Phosphoproteome vid prostatacancer

Phosphoproteomics involves the large-scale study of phosphorylated proteins. Protein phosphorylation is a critical step in many signal transduction ...

Elastic Staining on Paraffin-embedded Slides of pT3N0M0 Gastric Cancer Tissue

Elastisk färgning på paraffin-inbäddade diabilder av pT3N0M0 mag cancer vävnad

The elastic lamina, which is usually located in the sub-mesothelial layer, adjacent to the peritoneum mesothelial cells, is amphiphilic on hematoxylin and ...

Automated Multiplex Immunofluorescence Panel for Immuno-oncology Studies on Formalin-fixed Carcinoma Tissue Specimens

Automatiserad Multiplex immunofluorescens Panel för immunonkologiska studier på Formalin-fasta Carcinoma vävnadsprover

Continued developments in immuno-oncology require an increased understanding of the mechanisms of cancer immunology. The immunoprofiling analysis of ...

Measuring Bone Remodeling and Recreating the Tumor-Bone Microenvironment Using Calvaria Co-culture and Histomorphometry

Mätning av benremodeling och återskapa tumör-ben mikromiljö med Calvaria Co-kultur och Histomorphometry

Bone is a connective tissue constituted of osteoblasts, osteocytes, and osteoclasts and a mineralized extracellular matrix, which gives it its strength ...

Capturing Small Molecule Communication Between Tissues and Cells Using Imaging Mass Spectrometry

Fånga småmolekylära kommunikation mellan vävnader och celler som använder Imaging masspektrometri

Imaging mass spectrometry (IMS) has routinely been applied to three types of samples: tissue sections, spheroids, and microbial colonies. These sample ...

Assessing Tumor Microenvironment of Metastasis Doorway-Mediated Vascular Permeability Associated with Cancer Cell Dissemination using Intravital Imaging and Fixed Tissue Analysis

Bedömning tumör mikromiljö av metastaser Doorway-medierad vaskulär permeabilitet i samband med Cancer Cell spridning med Intravital avbildning och fast vävnads analys

The most common cause of cancer related mortality is metastasis, a process that requires dissemination of cancer cells from the primary tumor to secondary ...

Pathological Analysis of Lung Metastasis Following Lateral Tail-Vein Injection of Tumor Cells

Patologisk analys av lungmetastasering efter lateral svansveninjektion av tumörceller

Metastasis, the primary cause of morbidity and mortality for most cancer patients, can be challenging to model preclinically in mice. Few spontaneous ...

Isolation of Proximal Fluids to Investigate the Tumor Microenvironment of Pancreatic Adenocarcinoma

Isolering av proximala vätskor för att undersöka tumörmikromiljön i bukspottskörtelns adenokarcinom

Pancreatic adenocarcinoma (PDAC) is the fourth leading cause of cancer-related death, and soon to become the second. There is an urgent need of variables ...