Name: rapid optical clearing for semi-high-throughput analysis of tumor spheroids
Uploaded: 2022-08-23T13:00:00
Duration: 8 min 12 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Optical Clearing for Semi-High-Throughput Analysis of Tumor Spheroids at JoVE.com

מחקר זה בוצע במכון המחקר התרגומי (TRI), וולונגאבה, QLD. TRI נתמך על ידי מענק מממשלת אוסטרליה. אנו מודים לצוות במתקן הליבה של המיקרוסקופיה ב- TRI על התמיכה הטכנית יוצאת הדופן שלהם. אנו מודים לפרופ' אטושי מיוואקי, RIKEN, וואקו-סיטי, יפן, על שסיפקו את מבני FUCCI, לפרופ' מנהרד הרלין ולגב' פטרישיה ברפורד, מכון Wistar, פילדלפיה, פנסילבניה, על אספקת קווי התאים. אנו מודים לד"ר לורדנה ספוררי על שסיפקה תמונות קריו-אקטציה C8161.
עבודה זו נתמכה על ידי מענקי פרויקט ל- N.K.H.: מועצת המחקר האוסטרלית (DP200100177) ומענק פרויקט מיהאן (021174 2017002565).

הפרוטוקול מתאר את ההכנה של כמות מספקת של כדוריות גידול כדי להרכיב צלחת אחת של 24 בארות (כ-240-360 ספרואידים או 10-15 ספרואידים/באר) ב-200 μL של ג'ל אגרוז לבאר ו-500 μL של תמיסת ניקוי לכל באר. ההליך המלא מודגם באיור 1.
1. 2% הכנת ג'ל אגרוז-PBS
<ol><li>שוקלים 0.5 גרם של אגרוז נמס נמוך (ראו טבלת חומרים) בבקבוק זכוכית ומוסיפים 25 מ"ל של מי מלח עם מאגר פוספט (PBS).</li>
	<li>ממיסים את האגרוס על ידי הרתחת התמיסה במיקרוגל במשך 30-60 שניות עם המכסה סגור אך לא אטום ועם מערבולת מתמדת. ודא שאגרוז מומס במלואו והתמיסה אינה רותחת. הערה: ניתן לאחסן ג'ל בטמפרטורת החדר; בדוק את אמצעי האחסון לפני השימוש כדי להסביר את האידוי. מביאים למצב הנוזלי (מיקרוגל; 20-60 שניות עם מערבולת) לפני השימוש.</li>
</ol>2. הכנת פתרון הסליקה
<ol><li>שקלו 9 גרם של N,N,N′,N′-Tetrakis(2-Hydroxypropyl) אתילנדיאמין, 22 גרם של אוריאה, 44 גרם סוכרוז, 0.1 גרם של טריטון X-100 ו-24.9 גרם של מים שעברו דה-יוניזציה (ראו טבלת חומרים). הערה: קל יותר לשקול את הכמות המשוערת של N,N,N′,N′-Tetrakis(2-Hydroxypropyl)ethylenediamine ולהתאים את המשקל של רכיבים אחרים כדי להשיג את הריכוז הרצוי.</li>
	<li>מחממים את התמיסה באמבט מים של 56 מעלות צלזיוס עם ערבוב מתמיד וממשיכים עד שכל הגבישים מתמוססים.</li>
	<li>הנח את התמיסה בטמפרטורת החדר כדי לאפשר לבועות שנוצרו במהלך הערבוב לעלות אל פני השטח. הפתרון יציב בטמפרטורת החדר עד חודשיים.</li>
</ol>3. הכנת ספרואידים
<ol><li>צור כדוריות בשיטת שכבת העל של אגרוז כפי שתואר קודם לכן 1,3,14. הערה: ספרואידים הנוצרים בשיטות אחרות תואמים גם הם לפרוטוקול הדמיה זה.</li>
	<li>חותכים את קצה קצה הפיפטה של 1 מ"ל באמצעות אזמל להגדלת הפתח. הערה: כל הספרואידים טופלו באמצעות פיפטות של 1 מ"ל או 200 μL עם קצוות חתוכים.</li>
	<li>באמצעות הפיפטה, שאפו את הספרואידים מהבארות והעבירו אותם לצינור חרוטי שקוף של 1.5 מ"ל. ניתן לשלב מספר כדוריות מאותם תנאים באותו צינור. הערה: תמיד אפשרו לספרואידים להתיישב בתחתית הצינור כדי לשאוף למדיום.</li>
	<li>שטפו את הספרואידים ב-1 מ"ל PBS פעמיים, הוסיפו תמיסת פרפורמלדהיד (PFA) ניטרלית של 4% שחוממה מראש, והדגירו את הספרואידים בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס למשך 20 דקות.</li>
	<li>הסר את תמיסת ה- PFA ושטף את הספרואידים פעמיים עם 1 מ"ל של PBS.</li>
</ol>4. צביעה כדורית
<ol><li>באמצעות פיפטה, מעבירים עד 15 ספרואידים לצינור PCR של 200 μL. הערה: עבור ספרואידים שבירים, הרכיבו את הספרואידים בג'ל (שלבים 5.1-5.4) לפני שתמשיכו.</li>
	<li>חלחל את התאים באמצעות 200 μL של 0.5% Triton X-100 ב- PBS. הניחו צינורות PCR בתוך צינורות עם מכסה בורג של 50 מ"ל ודגרו את הספרואידים למשך 2 שעות בטמפרטורת החדר עם תסיסה קלה. הערה: כל הדגירות נעשות תוך תסיסה על רוטור, רולר או שייקר (ראה טבלת חומרים) אלא אם כן צוין אחרת. זה חשוב כדי להשיג צביעה אחידה. כדוריות קבועות ב- PBS יכולות לפעמים להיצמד לדפנות קצה הפיפטה. שטיפת הקצה ב-0.5% טריטון X-100 ממזערת את הספרואידים מלהיצמד לקצוות.</li>
	<li>החלף את התמיסה (שלב 4.2) ב- 200 μL של מאגר דילול נוגדנים (ABDIL)15 ודגירה לילה בטמפרטורת החדר.</li>
	<li>הסר את ABDIL, הוסף 75 μL של נוגדן ראשוני ב- ABDIL, ודגירה בטמפרטורה של 4 °C (7 °F) למשך 2.5 ימים.</li>
	<li>הסר את ה-supernatant ושטוף עם 200 μL של PBS עם 0.1% Tween ו-0.1% Triton X-100 (PBS-TT) פעמיים ודגרו עם 200 μL של PBS-TT למשך 4 שעות בטמפרטורת החדר.</li>
	<li>הסר PBS-TT, הוסף 100 μL של נוגדן משני ב- ABDIL, ודגירה בטמפרטורה של 4 °C (74 °F) למשך 2.5 ימים. הערה: ניתן להוסיף DAPI או צבע גרעיני אחר בשלב זה. רוב הצבעים דורשים פחות זמן דגירה מאשר נוגדנים.</li>
	<li>הסר את ה-supernatant ושטף עם 200 μL של PBS-TT פעמיים ודגירה עם 200 μL של PBS-TT למשך 4 שעות. הספרואידים מוכנים להרכבה.</li>
</ol>5. הרכבה
<ol><li>באמצעות פיפטה של 200 μL, מעבירים כדוריות קבועות ומוכתמות לצינורות PCR של 500 μL בצינור אחד לכל מצב (כ-10-15 ספרואידים).</li>
	<li>החלף את התמיסה ב-200 μL של 2% (w/v) ג'ל וצנטריפוגה נוזלית בספין המהיר (במהירות המרבית הקבועה, ראה טבלת חומרים) בטמפרטורת החדר במשך 30 שניות. הערה: אלא אם כן הרכבה מיידית, הניחו בלוק חימום בטמפרטורה של 50 מעלות צלזיוס כדי למנוע התקשות ג'ל.</li>
	<li>שאפו את הספרואידים בג'ל אגרוז נוזלי של כ-50 μL והוציאו פנימה היטב צלחת תחתית זכוכית בעלת 24 בארות.</li>
	<li>לפני שהג'ל מתקשה, מפרידים את הספרואידים באמצעות קצה פיפטה בג'ל שמסביב, ומוודאים שהספרואידים מכוסים בג'ל. לחלופין, הניחו את הצלחת על הקרח כדי להגדיר במהירות את הג'ל. הערה: מספר הספרואידים לכל באר תלוי בגודל הספרואידים. ספרואידים ממוקמים רחוק זה מזה, כך שרק ספרואיד אחד נכנס לשדה הראייה בזמן ההדמיה. זה חשוב לעיבוד תמונה אוטומטי.</li>
	<li>מוסיפים 500 μL של תמיסת סליקה (שלב 2) לבאר, ומבטיחים שהג'ל שקוע. דגירה ב- RT למשך 24 שעות לפחות ותמונה את הספרואידים בתמיסת הסליקה. כדוריות יציבות בתמיסה זו עד חודש בטמפרטורת החדר וכאשר הן מוגנות מפני אידוי.</li>
</ol>6. הדמיה
<ol><li>בחר מטרה עם מרחק עבודה ארוך מספיק כדי להקיף את כל הספרואיד, כולל גובה ההרכבה של הספרואיד בכלי. הערה: מטרות עם מרחק עבודה של 3 מ"מ או יותר נדרשות כדי לדמות את המישור המשווני של הספרואידים. יעדי הגדלה גבוהים יותר עם NA גבוה יותר יכולים לאפשר רזולוציה טובה יותר, אך יגבילו את העומק המרבי שבו ניתן לצלם את הספרואידים.</li>
	<li>כדי לזהות את מישור קו המשווה, התאם את המיקוד עד שיגיע לשטח הפנים הגדול ביותר במישור XY ותמונה עם אחוז כוח הלייזר הנדרש, מתח הגלאי, הרווח והגדרות ההיסט הנדרשות. הערה: אחוז כוח הלייזר, מתח הגלאי, הרווח וההיסט ישתנו מאוד בהתאם לפלואורופור, עוצמת הכתם, עוצמת הלייזר, רגישות הגלאי וכו '.</li>
	<li>עבור תמונות תלת-ממדיות, הגדר את ההתחלה והסוף של הספרואידים, ובחר את עוצמת האות המתאימה בעומק z שונים באמצעות הגדרות תיקון עוצמת z לפני ההדמיה. הערה: לקבלת רזולוציית התמונה הטובה ביותר, השתמש בקצב הדגימה של Nyquist עבור x, y ו-z (לפרטים, ראה הפניה16).</li>
</ol>

<ol>
	<li>Beaumont, K. A., Anfosso, A., Ahmed, F., Weninger, W., Haass, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging-+and+flow+cytometry-based+analysis+of+cell+position+and+the+cell+cycle+in+3D+melanoma+spheroids.">Imaging- and flow cytometry-based analysis of cell position and the cell cycle in 3D melanoma spheroids.</a> Journal of Visualized Experiments. (106), e53486 (2015).</li><li>Hirschhaeuser, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicellular+tumor+spheroids:+an+underestimated+tool+is+catching+up+again.">Multicellular tumor spheroids: an underestimated tool is catching up again.</a> Journal of Biotechnology. 148 (1), 3-15 (2010).</li><li>Smalley, K. S., Lioni, M., Noma, K., Haass, N. K., Herlyn, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+three-dimensional+tumor+microenvironment+models+for+anticancer+drug+discovery.">In vitro three-dimensional tumor microenvironment models for anticancer drug discovery.</a> Expert Opinion on Drug Discovery. 3 (1), 1-10 (2008).</li><li>Spoerri, L., Gunasingh, G., Haass, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence-based+quantitative+and+spatial+analysis+of+tumour+spheroids:+A+proposed+tool+to+predict+patient-specific+therapy+response.">Fluorescence-based quantitative and spatial analysis of tumour spheroids: A proposed tool to predict patient-specific therapy response.</a> Frontiers in Digital Health. 3, 668390 (2021).</li><li>N&#252;rnberg, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Routine+optical+clearing+of+3D-cell+cultures:+Simplicity+forward.">Routine optical clearing of 3D-cell cultures: Simplicity forward.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 20 (2020).</li><li>Kabadi, P. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Into+the+depths:+Techniques+for+in+vitro+three-dimensional+microtissue+visualization.">Into the depths: Techniques for in vitro three-dimensional microtissue visualization.</a> BioTechniques. 59 (5), 279-286 (2015).</li><li>Ivanov, D. P., Grabowska, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spheroid+arrays+for+high-throughput+single-cell+analysis+of+spatial+patterns+and+biomarker+expression+in+3D.">Spheroid arrays for high-throughput single-cell analysis of spatial patterns and biomarker expression in 3D.</a> Scientific Reports. 7, 41160 (2017).</li><li>Spoerri, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+melanoma+heterogeneity+is+regulated+through+cell-matrix+interaction-dependent+changes+in+tumor+microarchitecture.">Phenotypic melanoma heterogeneity is regulated through cell-matrix interaction-dependent changes in tumor microarchitecture.</a> bioRxiv. , (2021).</li><li>Haass, N. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+cell+cycle+imaging+during+melanoma+growth,+invasion,+and+drug+response.">Real-time cell cycle imaging during melanoma growth, invasion, and drug response.</a> Pigment Cell &amp; Melanoma Research. 27 (5), 764-776 (2014).</li><li>Ahmad, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clearing+spheroids+for+3D+fluorescent+microscopy:+combining+safe+and+soft+chemicals+with+deep+convolutional+neural+network.">Clearing spheroids for 3D fluorescent microscopy: combining safe and soft chemicals with deep convolutional neural network.</a> bioRxiv. , 428996 (2021).</li><li>Villani, T., Rossi, A. E., Sherman, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image-based+characterization+of+3-D+cell+culture+models+grown+in+spheroid+microplates.">Image-based characterization of 3-D cell culture models grown in spheroid microplates.</a> American Laboratory. 50 (6), 12 (2018).</li><li>Lloyd-Lewis, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+the+mammary+gland+and+mammary+tumours+in+3D:+optical+tissue+clearing+and+immunofluorescence+methods.">Imaging the mammary gland and mammary tumours in 3D: optical tissue clearing and immunofluorescence methods.</a> Breast Cancer Research. 18 (1), 127 (2016).</li><li>Tainaka, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-body+imaging+with+single-cell+resolution+by+tissue+decolorization.">Whole-body imaging with single-cell resolution by tissue decolorization.</a> Cell. 159 (4), 911-924 (2014).</li><li>Spoerri, L., Beaumont, K. A., Anfosso, A., Haass, N. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+cell+cycle+imaging+in+a+3D+cell+culture+model+of+melanoma.">Real-time cell cycle imaging in a 3D cell culture model of melanoma.</a> Methods in Molecular Biology. 1612, 401-416 (2017).</li><li>Cold Spring Harbor. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibody+Dilution+Buffer+(Abdil).">Antibody Dilution Buffer (Abdil).</a> Cold Spring Harbor Protocols. , (2018).</li><li>Pawley, J. B., Pawley, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook Of Biological Confocal Microscopy. , 20-42 (2006).</li><li>Sakaue-Sawano, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+spatiotemporal+dynamics+of+multicellular+cell-cycle+progression.">Visualizing spatiotemporal dynamics of multicellular cell-cycle progression.</a> Cell. 132 (3), 487-498 (2008).</li><li>Tian, T., Yang, Z., Li, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+clearing+technique:+Recent+progress+and+biomedical+applications.">Tissue clearing technique: Recent progress and biomedical applications.</a> Journal of Anatomy. 238 (2), 489-507 (2021).</li><li>Browning, A. P., Murphy, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Zenodo. , (2021).</li><li>Browning, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+analysis+of+tumour+spheroid+structure.">Quantitative analysis of tumour spheroid structure.</a> eLife. 10, 73020 (2021).</li><li>Klowss, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+stochastic+mathematical+model+of+4D+tumour+spheroids+with+real-time+fluorescent+cell+cycle+labelling.">A stochastic mathematical model of 4D tumour spheroids with real-time fluorescent cell cycle labelling.</a> Journal of The Royal Society Interface. 19 (189), 20210903 (2022).</li><li>Murphy, R. J., Browning, A. P., Gunasingh, G., Haass, N. K., Simpson, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Designing+and+interpreting+4D+tumour+spheroid+experiments.">Designing and interpreting 4D tumour spheroid experiments.</a> Communications Biology. 5 (1), 91 (2022).</li></ol>

אולימפוס תרם לעלויות הפרסום.

פרוטוקול לקבלת תמונות דו ותלת מימדיות באיכות גבוהה של כדוריות גידול מוצג כאן. שיטות קיימות, כגון CLARITY, See Deep Brain (SeeDB) ו-ScaleS, גורמות לעיתים קרובות לעיוות גודל בשיעור של עד 30%, בעוד שטכניקות כגון בנזיל אלכוהול/בנזיל בנזואט (BABB) והדמיה תלת-ממדית של איברים המנוקים מממסים (3DISCO) יכולות להרוות חלבון פלואורסצנטי18. רבות משיטות אלה מיועדות לניקוי רקמות עם שלמות מבנית ומעוותות את הגודל והמבנה כאשר הן מיושמות על ספרואידים18. בניגוד לפרוטוקולים אחרים המשתמשים בפתרונות סליקה יקרים הזמינים מסחרית, פרוטוקול זה משתמש בחומרים מתכלים זמינים בקלות תוך שמירה על בהירות אופטית ופלואורסצנציה אנדוגנית ומזעור עיוותי גודל. הטמעת כדוריות בג'ל אגרוז-PBS מספקת תמיכה מבנית לספרואידים וממזערת הלם אוסמוטי כאשר מוסיפים את פתרון הניקוי. זה חיוני כאשר הדמיה של כדוריות שבריריות לאחר טיפול תרופתי. ההנחה היא ששיטת סליקה אופטית זו מתאימה לספרואידים הנוצרים בכל שיטה שכן פרוטוקול זה מותאם מניקוי רקמות שלמות. ההנחה מבוססת על הדמיון בספרואידים המתקבלים על ידי שיטות שונות להיווצרות ספרואידים. הבחירה בקיבוע יכולה להשפיע על גודל הכדורית כמו גם על פלואורסצנציה אנדוגנית. שיטת סליקה זו מתאימה לספרואידים הקבועים בתמיסת PFA ניטרלית של 4%. בדיקה נוספת נדרשת כדי לבדוק את תאימותו עם מקבעים אחרים.
בהתחשב בכך שטכניקה זו מאפשרת להרכיב מספר כדוריות בו זמנית בלוח מרובה בארות, היא מתאימה היטב לצינורות אנליזה כמותיים הדורשים מידע מבנה ספרואידי מעד 360 ספרואידים לכל צלחת של 24 בארות. מיקרוסקופים עם פונקציות אוטומטיות של מיפוי שלבים ולוחות יכולים להפוך את ההדמיה לפחות ידנית. למרות ששיטה זו מהירה וקלה יותר מחתך, היא כרגע אינה מתאימה לאוטומציה מלאה. עם זאת, תמונות המתקבלות בשיטה זו מתאימות לעיבוד תמונה אוטומטי 4,19, והקצב שבו ניתן להרכיב ספרואידים באמצעות פרוטוקול זה מתאים לניתוח כמותי של מבנה פנימי ספרואידי 20,21,22.
כדי להכתים ספרואידים שלמים, יש להתאים את ריכוז הנוגדנים, נפחם וזמן הדגירה לכל נוגדן. כמדריך, השתמש פי 2.5 מריכוז הנוגדנים הדו-ממדיים המומלץ של נוגדנים אימונופלואורסצנטיים ו-100-200 μL של נוגדנים, בהתאם למספר הספרואידים לכל צינור. ודא שכל הספרואידים מכוסים בתמיסת צביעה כאשר הם על הרוטור. זמן הדגירה תלוי בגורמים רבים, כולל גודל וצפיפות הספרואידים והנוגדן, ויכול לנוע בין 16-72 שעות. למרות השיטה המאפשרת זיהוי אותות עמוק יותר בתוך הספרואיד, פלואורופורים המתלהבים מ-UV גורמים לפיזור אור משמעותי, מה שמוביל ליחס אות לרעש נמוך. יש לנקוט בזהירות בעת בחירת פלואורופורים כדי לדמיין את חלבון המטרה. לדוגמה, צביעת חלבונים פחות שופעים ומבניים עם פלואורופורים באורך גל ארוך יותר וכתמי חלבון או גרעין שופעים יותר עם פלואורופורים באורך גל קצר יותר תשיג את התוצאה הטובה ביותר. לבסוף, ספרואידים מנוקים עדיין מראים אובדן אור עקב פיזור בליבה הנמקית, הניכר בממד y/z של תמונות המתקבלות של 600 מיקרומטר כדוריות (איור 2C).
הדמיית הגדלה גבוהה יותר עם מטרות NA גבוהות יותר אפשרית עם ספרואידים המותקנים ומנוקים באמצעות פרוטוקול זה, אך מרחק העבודה של המטרה מגביל את עומק ההדמיה. עבור עדשת טבילת שמן, חשוב להשתמש בשמן בעל RI של 1.51 לקבלת התוצאה הטובה ביותר.
לסיכום, שיטת הסליקה המוטבעת של ג'ל agarose-PBS מאפשרת הדמיה של תאים עמוק בתוך הספרואידים באמצעות חומרים מתכלים נפוצים הזמינים. ספרואידים המותקנים ומנוקים בשיטה זו עוברים עיוות גודל מינימלי ושומרים על שלמותם המבנית, ומאפשרים איסוף של נתונים באיכות גבוהה הנוגעים למבנה הספרואידי הפנימי ולכימות אוטומטי לאחר מכן.

תרביות תאים תלת-ממדיות (3D), כגון ספרואידים, מספקות מודלים מציאותיים מבחינה ביולוגית וניתנים לשחזור של צמיחת תאים מצטברת 1,2. מודלים אלה הופכים במהרה לדבר שבשגרה הן במחקר בסיסי והן בפיתוח תרופות, שם נבחנים הבדלים בגודל ובמבנה הספרואידים בין הטיפולים כדי לוודא את יעילות התרופה 3,4. בהקשרים אלה, היכולת לאסוף מידע מפורט ממספר רב של כדוריים היא בעלת יתרון רב, הן מנקודת מבט של כוח סטטיסטי והן כדי לאפשר הערכה מהירה של התנהגות התאים על פני מספר טיפולים.
טכניקות נפוצות לקבלת תמונות מיקרוסקופיה מפורטות של מבנה ספרואידי גוזלות זמן רב, יקרות, או מפיקות תמונות באיכות ירודה שאינן שומרות על תכונות כמותיות מרכזיות כגון גודל ספרואיד 4,5. לדוגמה, טכניקות היסטולוגיות המבוססות על cryosectioning יכולות לספק תמונות באיכות גבוהה אך לעתים קרובות הן גוזלות זמן רב, דורשות עבודה מיומנת, ולעתים קרובות יוצרות חפצי חתך 6,7, בעוד שטכנולוגיות אלגנטיות, כגון מיקרוסקופ תאורה במישור יחיד (SPIM)8 ומיקרוסקופיה מרובת פוטון9 דורשות מיקרוסקופים מיוחדים שאינם זמינים בקלות. טכנולוגיות מיקרוסקופיה מודרניות אפשרו לאחרונה את מה שמכונה חתך אופטי, שבו הספרואידים ממוקמים בתוך תמיסת סליקה מותאמת למקדם שבירה ותמונות מתקבלות באמצעות מיקרוסקופיה קונפוקלית 4,5. בעוד שלטכניקות אלה יש פוטנציאל לייצר תפוקה גבוהה, בעיות נפוצות כוללות תנועה כדורית תוך כדי הדמיה, עיוות גודל בזמן ניקוי, וההוצאה הגבוהה של פתרונות סליקה קנייניים. יתר על כן, פרוטוקולים קיימים רבים חלים רק על ספרואידים קטנים יחסית בקוטר או בעומק של פחות מ-300 מיקרומטר עד 100 מיקרומטר, ומגבילים את הטכנולוגיה לשלבים המוקדמים של צמיחת הגידול 5,10,11.
הפרוטוקול הנוכחי מאפשר איסוף בתפוקה גבוהה למחצה ובעלת תפוקה גבוהה של תמונות ספרואידיות מפורטות באמצעות תמיסת סליקה תואמת מקדם שבירה בעלות נמוכה הנגזרת מהליכי ניקוי איברים שלמים12,13. כדי למנוע תנועה כדורית במהלך ההדמיה ולספק תמיכה מבנית להפחתת עיוותי גודל, הספרואידים מותקנים בג'ל agarose-PBS בצלחת תחתונה מזכוכית #1.5 בעלת 24 בארות. מכיוון שטכניקה זו מאפשרת להרכיב מספר כדוריות בכל באר בצלחת של 24 בארות, ניתן להרכיב במהירות עד 360 ספרואידים (15 ספרואידים/באר) ולדמות אותם בתנאי ניסוי שונים. תמיסת סליקה תואמת-מדד שבירה הבנויה מחומרים מתכלים זמינים בקלות משמשת לפינוי כדוריות המותקנות ועל הג'ל שמסביב באופן אופטי. לאחר תקופת התיישבות של 24 שעות, פרוטוקול זה מספק תמונות דו-ממדיות ותלת-ממדיות באיכות גבוהה של מבנה ספרואידי, אפילו עבור ספרואידים גדולים יחסית (בקוטר של כ-700 מיקרומטר), עם עיוות בגודל של פחות מ-2%.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>#1.5 glass bottom 24-well plate</td>
			<td>Celvis</td>
			<td>P24-1.5H-N</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 &#181;L clear PCR tubes</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>HS4422</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 647 AffiniPure Donkey Anti-Mouse IgG (H+L)</td>
			<td>Jackson Immuno research</td>
			<td>715-605-151</td>
			<td>Dilution used 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A7906</td>
			<td>Final concentration 2% w/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>D9542-10MG</td>
			<td>Final concentration 5 &#181;g/mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized water</td>
			<td>MILLI Q</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 647</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>A-31573</td>
			<td>Dilution used 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DRAQ7</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>D15106</td>
			<td>Dilution used 1:250</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating block</td>
			<td>Ratek</td>
			<td>DBH10</td>
			<td>or similar equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hypoxyprobe Kits</td>
			<td>Hypoxyprobe</td>
			<td>HP1-1000Kit</td>
			<td>Antibody dilution used 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low-melting agarose powder</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9414</td>
			<td>Final concentration 2% w/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microwave</td>
			<td>Sharp</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N,N&#8242;,N&#8242;-Tetrakis(2-Hydroxypropyl)ethylenediamine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>122262</td>
			<td>Final concentration 9% w/w</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S9888</td>
			<td>Final concentration 150 mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaN3</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S2002</td>
			<td>Final concentration 0.10% w/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>p27 Kip1 (D69C12) XP</td>
			<td>Cell Signalling technology</td>
			<td>3686S</td>
			<td>Dilution used 1:500</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehyde solution</td>
			<td>Proscitech</td>
			<td>C004</td>
			<td>Final concentration 4% w/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>18912014</td>
			<td>Final concentration 1x</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipette</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quickspin minifuge</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>or similar equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Roller</td>
			<td>Ratek</td>
			<td>BTR10-12V</td>
			<td>or similar equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rotor</td>
			<td>Ratek</td>
			<td>RSM7DC</td>
			<td>or similar equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker</td>
			<td>Ratek</td>
			<td>EOM5</td>
			<td>or similar equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sucrose</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S9378</td>
			<td>Final concentration 44% w/w</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl pH 7.4</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T5941</td>
			<td>Final concentration 20 mM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>X100</td>
			<td>Final concentration 0.10% v/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>X100</td>
			<td>Final concentration 0.1% v/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween 20</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P1379</td>
			<td>Final concentration 0.1% v/v</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U5379</td>
			<td>Final concentration 22% w/w</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rapid optical clearing for semi-high-throughput analysis of tumor spheroids

ספרואידים של גידולים הופכים במהירות לדבר שבשגרה בחקר הסרטן הבסיסי ובפיתוח תרופות. קבלת נתונים לגבי ביטוי חלבונים בתוך הספרואיד ברמה התאית חשובה לניתוח, אך הטכניקות הקיימות הן לעתים קרובות יקרות, מייגעות, משתמשות בציוד לא סטנדרטי, גורמות לעיוות גודל משמעותי, או מוגבלות לספרואידים קטנים יחסית. פרוטוקול זה מציג שיטה חדשה להרכבה וניקוי של כדוריות המטפלות בבעיות אלה תוך מתן אפשרות לניתוח קונפוקלי של המבנה הפנימי של הספרואידים. בניגוד לגישות הקיימות, פרוטוקול זה מספק הרכבה מהירה וניקוי של מספר רב של ספרואידים באמצעות ציוד סטנדרטי ואספקת מעבדה. הרכבה של כדוריות בתמיסת ג'ל agarose-PBS ניטרלית pH לפני הצגת תמיסת סליקה המותאמת למקדם שבירה, ממזערת עיוות גודל המשותף לטכניקות דומות אחרות. זה מאפשר ניתוח כמותי וסטטיסטי מפורט שבו הדיוק של מדידות גודל הוא בעל חשיבות עליונה. יתר על כן, בהשוואה לתמיסות ניקוי נוזלי, טכניקת הג'ל האגרוז שומרת על כדוריות קבועות במקומן, ומאפשרת איסוף של תמונות קונפוקליות תלת-ממדיות (תלת-ממדיות). המאמר הנוכחי מפרט כיצד השיטה מניבה תמונות דו-ממדיות ותלת-ממדיות באיכות גבוהה המספקות מידע על השתנות בין תאים ומבנה ספרואידי פנימי.

כדי להדגים את יכולתה של שיטת סליקה זו לספק תמונות דו-ממדיות ותלת-ממדיות באיכות גבוהה, גדלו כדוריות בקטרים של 300-600 מיקרומטר מ-Fluorescent Ubiquitination מבוסס-ביקוויטינציה Cell Cycle Indicator (FUCCI) שהתמרו קווי תאי מלנומה FUCCI-WM164 ו-FUCCI-WM983b 9,17 אשר מבטאים את החלבון המונומרי Kusabira Orange2 (mKO2) וחלבון עזאמי גרין (mAG) במונומרי כאשר הם נמצאים ב-Gap1, ואת השלב המוקדם של S-phase/Gap2/mitosis במחזור התא, בהתאמה על פי נהלים שסופקו בשלב 3 1,3,14., לאחר מכן, הספרואידים תוקנו בתמיסת פורמלדהיד של 4% בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס, חלחלו והוכתמו באנטי-p27kip1/אנטי-ארנב Alexa Fluor 647 אנטי-פימונידזול/אנטי-עכבר אלקסה פלואור 647, DAPI או DRAQ7 (ראו טבלת חומרים) (איור 2). כל קבצי המיקרוסקופיה מועלים למאגר GitHub (https://github.com/ap-browning/SpheroidMounting). בהשוואה לספרואידים המותקנים על-ידי PBS, פתרון הניקוי מספק תמונות בבהירות גבוהה עם עיוות גודל מינימלי (איור 2A). הפרוטוקול מאפשר הדמיה ברזולוציה גבוהה של פרטים ברמת התא עמוק יותר לתוך הספרואידים ללא חתך היסטולוגי, ותמונת החתך התקבלה ממטרת אוויר של פי 20 (0.7 NA) ברזולוציה של 4096 x 4096 x 4096 פיקסלים ללא תפירה (איור 2B). באמצעות הגדלה נמוכה יותר ומטרת צמצם מספרית נמוכה יותר עם מרחק עבודה ארוך יותר, ניתן לקבל תמונות קונפוקליות תלת-ממדיות המספקות פירוט ברמת התא בעומק של לפחות 200 מיקרומטר (איור 2C). הספרואידים גם הוכתמו על פי הפרוטוקול על ידי Spoerri et al.4 והושוו לכתם ספרואידי שלם (איור 2D,E). איור 2D מראה את האזור ההיפוקסי של הספרואיד המוכתם על ידי פימונידזולה, ואיור 2E מראה צביעה p27kip1 המסמנת את עצירת מחזור התא (צהוב) ואת הכתם הגרעיני DAPI (אפור). לוקליזציה של חלבונים ותבנית הכתמים דומות בין קריו-קטציה לפינוי ולכן אינן מושפעות משיטת ניקוי זו.
תיקון עוצמת האות ב-z מאפשר הדמיה של הספרואיד כולו. עם זאת, פיזור אור עקב הליבה הנמקית מגביל את היכולת לדמות את הצד הרחוק של הספרואיד. חדירה עמוקה יותר ופיזור פחות של פלואורופור אדום-רחוק, כגון כתם גרעיני DRAQ7, מאפשרים ייצוג משופר עוד יותר של מבנה ספרואידי תלת-ממדי (איור 3). סרט 1 מציג את העיבוד התלת-ממדי של הספרואידים של FUCCI המוכתמים ב-DRAQ7. פרוסת z דקה יותר עשויה לאפשר רזולוציית z טובה יותר, אך הדבר מגדיל באופן משמעותי את זמן ההדמיה ואת ההלבנה הפוטו-אקונומיקה של הפלואורופורים.
כדי לקבוע אם תמיסת הסליקה גורמת לעיוות גודל, צולמו 12 ספרואידים בג'ל 2% agarose-PBS ב-6 שעות, 12 שעות, 24 שעות, 72 שעות ו-168 שעות לאחר הצגת תמיסת הסליקה. התמונות סוכמו על ידי קביעת קוטר הספרואיד, המוגדר על סמך כדור בעל שטח חתך זהה לזה של הספרואיד (איור 4A). בעוד שהספרואידים נצפים גדלים מעט בגודלם במהלך 6 השעות הראשונות, מה שמצוין על ידי שינוי קיפול בקוטר של בין 2% ל-6% (איור 4B), לאחר 24 שעות עד 72 שעות, הספרואידים חוזרים לגודל השווה בערך לגודל המתאים בקיבוע PBS לאחר קיבוע PFA (איור 4C).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64103/64103fig01.jpg"> איור 1: המחשה של פרוטוקול ההרכבה והניקוי של הספרואידים. ספרואידים קבועים ומוכתמים מועברים לצינור 500 μL; נוזל עודף מוחלף על ידי 200 μL ג'ל אגרוז-PBS וצנטריפוגה. לאחר מכן, הספרואידים מועברים לבאר בעלת תחתית זכוכית בצלחת של 24 בארות. לאחר שהג'ל מותר להתמצק, מוסיפים תמיסת סליקה של 500 μL, וכדורים מורשים להתמצק. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64103/64103fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64103/64103fig02.jpg"> איור 2: השוואה בין כדוריות מלנומה אנושיות של FUCCI מנוקות ולא ברורות. צביעה מציינת גרעיני תאים חיוביים עבור mKO2 (אדום), המציין תאים ברווח 1; וגרעיני תאים חיוביים ל-mAG (ירוק), המציין תאים בפער 2. (A) כדוריים שגדלו מ-5000 תאי FUCCI-WM983b, נקטפו ביום ה-10 והודגמו בג'ל אגרוז-PBS ו-24 שעות לאחר הוספת תמיסת ניקוי. השוואת תמונות שדה בהיר וקונפוקל לפני ואחרי פתרון הניקוי מראה עיוות גודל מינימלי ועלייה גדולה בבהירות. התמונות מתקבלות באמצעות מטרה של פי 10. (B) ספרואידים הגדלים מתאי FUCCI-WM164 חודרים באמצעות Triton X-100 ומוכתמים ב-DRAQ7, ומכתימים את כל גרעיני התאים. התמונה מתקבלת באמצעות מטרה של פי 20 (0.75 NA), המדגימה כי תמיסת הסליקה מאפשרת הדמיה ברזולוציה גבוהה של פרטים ברמת התא. (C) התקבלו תמונות תלת-ממדיות (10x, 0.4 NA) של כדוריות FUCCI-WM164 ב-PBS, ו-24 שעות לאחר הוספת תמיסת הסליקה. התאמת כוח הלייזר, המתח וההיסט במישור z שונה מאפשרת הדמיה עמוקה יותר בתוך הספרואיד. (ד,ה) השוואה בין קריוזקציה לבין ספרואיד שלם שנוקה מוכתם עבור פימונידזולה ועמ' 27קיפ1. (D) צביעת פימונידזולה במג'נטה מראה את האזור ההיפוקסי בספרואידים. אדום וירוק מציינים FUCCI. (E) קריוזקטיות וספרואידים מנוקים המציגים DAPI (אפור) ועמ' 27kip1 (צהוב). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64103/64103fig02large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64103/64103fig03.jpg"> איור 3: ניקוי מאפשר הדמיה עמוקה יותר לתוך הספרואיד עם אובדן אור מינימלי. תמונות מיקרוסקופיה קונפוקלית של ספרואיד מלנומה אנושית של FUCCI בהגדלה של פי 10 ו-NA נמוך יותר (0.4), המאפשר הדמיה בעומק z גבוה יותר עם אובדן אות מינימלי. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64103/64103fig03large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64103/64103fig04.jpg"> איור 4: לתמיסת ניקוי יש השפעה מינימלית על גודל הספרואידים. (A) התפלגות גודל הספרואידים ההתחלתי (קוטר שווה ערך) בג'ל PBS (n = 12 ספרואידים). (B) שינוי קיפול בקוטר לאורך זמן מאז הוספת תמיסת הסליקה. ב-0 שעות, הספרואידים נמצאים בג'ל PBS בלבד. (C) התפלגות שינויי הקפל בקוטר ב-12 שעות, 24 שעות ו-72 שעות. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64103/64103fig04large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
סרט 1: עיבוד תלת-ממדי של ספרואיד FUCCI מוכתם ב-DRAQ7. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64103/Movie%20S1.zip" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד את הסרט הזה.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Optical Clearing for Semi-High-Throughput Analysis of Tumor Spheroids at JoVE.com

Rapid Optical Clearing for Semi-High-Throughput Analysis of Tumor Spheroids

ספרואידים של גידולים הופכים להיות מנוצלים יותר ויותר כדי להעריך אינטראקציות בין תאים למיקרו-סביבה של הגידול ואת התגובה לטיפול. הפרוטוקול הנוכחי מתאר שיטה חזקה אך פשוטה להדמיה בתפוקה גבוהה למחצה של כדוריות גידול תלת-ממדיות באמצעות ניקוי אופטי מהיר.

ניקוי אופטי מהיר לניתוח בתפוקה גבוהה למחצה של כדוריות גידול

Tumor spheroids are fast becoming commonplace in basic cancer research and drug development. Obtaining data regarding protein expression within the ...

המעבדה שלי מתמחה במידול גידולים תלת ותלת מימדיים. מודלים ספרואידים סרטניים נמצאים בשימוש נרחב לאורך ביולוגיה וגילוי תרופות. עם זאת, הפרוטוקולים הקיימים לאיסוף נתונים מניסויים אלה הם יקרים, קשים ומוגבלים.פרוטוקול זה דורש כימיקלים וציוד נגישים בקלות, ואינו עתיר עבודה רבה בהשוואה לשיטות הנוכחיות המספקות תוצאות דומות. פרוטוקול זה פותח כדי להיות קל יחסית ליישום למתחילים וחזק עד טעויות קטנות, שכן רבים מהצעדים הפיכים. התחילו במשקל של 0.5 גרם של אגרוז שנמס נמוך בבקבוק זכוכית.ולהוסיף 25 מיליליטר של PBS. ממיסים את האגרוז על ידי הרתחת התמיסה במיקרוגל למשך 30 עד 60 שניות כשהמכסה סגור, ומערבולת מתמדת. שוקלים תשעה גרם של N, N, N'N'Tetrakis (2-הידרוקסיפרופיל) אתילנדיאמין, 22 גרם אוריאה, 44 גרם סוכרוז, 0.1 גרם של טריטון X-100, ו 24.9 גרם של מים deionized.מחממים את התמיסה באמבט מים של 56 מעלות צלזיוס עם ערבוב קבוע. לאחר שהגבישים מומסים, הניחו את התמיסה בטמפרטורת החדר כדי לאפשר לבועות הנוצרות במהלך הערבוב, לעלות אל פני השטח. צור ספרואידים באמצעות שיטת שכבת-העל של אגרוז המתוארת בכתב היד של הטקסט.חותכים את הקצה של קצה פיפטה של מיליליטר אחד באמצעות אזמל כדי להגדיל את הפתח. באמצעות הפיפטה, לשאוף את spheroids מן הבארות ולהעביר אותם צינור חרוטי שקוף 1.5 מיליליטר. ניתן לשלב מספר ספרואידים מאותם תנאים באותה צינור.שטפו את הספרואידים פעמיים במיליליטר אחד של PBS, ולאחר מכן הוסיפו תמיסת פרפורמלדהיד ניטרלית של 4% שחוממה מראש והדגירה של הספרואידים בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס. לאחר 20 דקות, להסיר את הפתרון paraformaldehyde ולשטוף את spheroids פעמיים עם מיליליטר אחד של PBS. לאחר מכן עבור מכתים, להעביר עד 15 spheroids לתוך צינור PCR 200 microliter, באמצעות פיפטה.חלחלו לתאים באמצעות 200 מיקרוליטרים של 0.5% טריטון X-100 ב-PBS. מניחים את צינורות ה-PCR בתוך 50 מיליליטר, מברגים את צינורות המכסה ומכסים את הצינור ברדיד אלומיניום ודוגרים את הספרואידים בטמפרטורת החדר בתסיסה קלה. לאחר שעתיים, החלף את התמיסה ב-200 מיקרוליטרים של חיץ דילול נוגדנים ודגירה למשך הלילה בטמפרטורת החדר.למחרת, הסר את חיץ דילול הנוגדנים לפני הוספת 75 מיקרוליטרים של נוגדן ראשוני ודגירה בארבע מעלות צלזיוס במשך יומיים וחצי. לאחר הדגירה, הסר את הסופרנטנט ושטוף את הספרואידים פעמיים עם 200 מיקרוליטרים של PBS, המכילים 0.1% טווין ו-0.1% טריטון X-100 או PBS-TT. לאחר מכן דגרו עם 200 מיקרוליטרים של PBS-TT במשך ארבע שעות בטמפרטורת החדר.לאחר מכן, להסיר PBS-TT לפני הוספת 100 microliters של הנוגדן המשני דגירה בארבע מעלות צלזיוס במשך יומיים וחצי. לאחר הדגירה, הסר את supernatant ולשטוף פעמיים עם PBS-TT, לפני דגירה עם 200 microliters של PBS-TT במשך ארבע שעות. להרכבה, השתמש בפיפטה של 200 מיקרוליטר, העבר ספרואידים קבועים ומוכתמים לצינורות PCR של 500 מיקרוליטר, בצינור אחד לכל מצב.החלף את התמיסה ב-200 מיקרוליטרים של 2% ג'ל אגרוז נוזלי, וצנטריפוגה בסיבוב המהיר, במהירות המרבית הקבועה, בטמפרטורת החדר, למשך 30 שניות. שאפו את הספרואידים ב-50 מיקרוליטרים של ג'ל אגרוז נוזלי ופזרו בבאר של צלחת תחתית מזכוכית בת 24 בארות. לפני שהג'ל מתקשה, הפרידו את הספרואידים באמצעות קצה פיפטה בג'ל שמסביב, וודאו שהספרואידים מכוסים בג'ל.לאחר מכן, טבלו את הג'ל על ידי הוספת 500 מיקרוליטרים של תמיסת ניקוי לכל באר, ודגרה בטמפרטורת החדר, בחושך, במשך 24 שעות לפני ההדמיה. לצורך הדמיה, בחר מטרה עם מרחק עבודה ארוך מספיק כדי להקיף את כל הספרואיד, כולל גובה ההרכבה של הספרואיד בכלי השיט. כדי לזהות את מישור קו המשווה, כוונן את המיקוד עד שתגיע לשטח הפנים הגדול ביותר במישור XY, ותמונה עם אחוז עוצמת הלייזר הנדרש, מתח הגלאי, הרווח והגדרות ההיסט.עבור תמונות תלת-ממדיות, הגדר את ההתחלה והסוף של הספרואידים ובחר את עוצמת האות המתאימה בעומקי Z שונים, באמצעות הגדרות תיקון עוצמת Z. מחקר זה מראה השוואה של ספרואידים מלנומה אנושית של FUCCI מנוקים ולא ברורים, בהשוואה לספרואידים רכובים על PBS. פתרון הסליקה מספק תמונות בהירות גבוהות עם עיוות גודל מינימלי.פתרון הניקוי מאפשר גם הדמיה ברזולוציה גבוהה של פרטים ברמת התא עמוק יותר לתוך הספרואידים ללא חתך היסטולוגי. בעזרת תמונות קונפוקליות תלת-ממדיות, ניתן לקבל פרטים ברמת התא בעומק של 200 מיקרון. יתר על כן, מוצגת השוואה בין ספרואיד חור מוכתם ומנוקה, מוכתם עבור pimonidazole ו p27kip1, מוצג.צביעת Pimonidazole מראה את האזור ההיפוקסי של הספרואיד, וכתם p27kip1, מסמן מעצר מחזור תא וכתם גרעיני DAPI. חדירה עמוקה יותר ופחות פיזור, מאפשרים ייצוג משופר של מבנה ספרואידי תלת-ממדי עם אובדן אור מינימלי. העיבוד התלת-ממדי של הספרואידים של FUCCI, המוכתמים ב-DRAQ7, מוצג.לפתרון ניקוי יש השפעה מינימלית על גודל הספרואידים. קוטר הספרואיד הוגדר על סמך כדור בעל שטח חתך זהה לזה של הספרואיד. הספרואידים נצפו גדלים מעט בגודלם במהלך שש השעות הראשונות, כפי שצוין על ידי שינוי קיפול בקוטר של בין 2% ל -6% לעומת זאת, לאחר 24 עד 72 שעות, הספרואידים חזרו לגודל השווה בערך לגודל המתאים בקיבוע PBS לאחר פרפורמלדהיד.חשוב להמתין לפחות 24 שעות לפני ההדמיה, כדי לתת לתמיסת הניקוי שיווי משקל עם הספרואידים והג'ל. פרוטוקול זה מאפשר למתרגלים לאסוף במהירות נתונים ממספר רב של ספרואידים, ומאפשר ניתוח מתמטי וסטטיסטי כמותי מפורט המספק תובנות מפורטות על הביולוגיה.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Simple and Rapid Method to Obtain High-quality Tumor DNA from Clinical-pathological Specimens Using Touch Imprint Cytology

שיטה פשוטה ומהירה להשיג גידול איכותיים הדנ א של דגימות קליני-פתולוגיים באמצעות מגע ההטבעה ציטולוגיה

It is critical to determine the mutational status in cancer before administration and treatment of specific molecular targeted drugs for cancer patients. ...

Generation of High-Throughput Three-Dimensional Tumor Spheroids for Drug Screening

מהדור בתפוקה גבוהה תלת מימדי הגידול Spheroids להקרנה סמים

Cancer cells have routinely been cultured in two dimensions (2D) on a plastic surface. This technique, however, lacks the true environment a tumor mass is ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

פולימראז דיגיטלי Assay תגובת שרשרת עבור הווריאציה גנטי לחולה סדיר פוליפוזיס באמצעות התבנית שבב-ב--שפופרת

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Longitudinal Morphological and Physiological Monitoring of Three-dimensional Tumor Spheroids Using Optical Coherence Tomography

האורך פיזיולוגיים מורפולוגיים ניטור של Spheroids תלת מימדי הגידול באמצעות טומוגרפיה אופטית קוהרנטית

Tumor spheroids have been developed as a three-dimensional (3D) cell culture model in cancer research and anti-cancer drug discovery. However, currently, ...

Micromanipulation of Circulating Tumor Cells for Downstream Molecular Analysis and Metastatic Potential Assessment

מיקרומניפולציה של במחזור תאים סרטניים לניתוח מולקולרי במורד הזרם והערכה פוטנציאלית גרורתית

Blood-borne metastasis accounts for&#160;most cancer-related deaths and involves circulating tumor cells (CTCs) that are successful in establishing new ...

Establishment and Characterization of Small Bowel Neuroendocrine Tumor Spheroids

הקמה ואפיון של המעי הקטן נוירואנדוקרינים הגידול האנדוקרינית

Small bowel neuroendocrine tumors (SBNETs) are rare cancers originating from enterochromaffin cells of the gut. Research in this field has been limited ...

Analysis of Side Population in Solid Tumor Cell Lines

ניתוח אוכלוסיית הצד בקווי תאים סרטניים מלאים

Cancer stem cells (CSCs) are an important cause of tumor growth, metastasis, and recurrence. Isolation and identification of CSCs are of great ...

Evaluating Cell Death Using Cell-Free Supernatant of Probiotics in Three-Dimensional Spheroid Cultures of Colorectal Cancer Cells

הערכת מוות תאים באמצעות Supernatant ללא תאים של פרוביוטיקה בתרביות כדוריות תלת מימדיות של תאים סרטניים המעי הגס

This manuscript describes a protocol to evaluate cancer cell deaths in three dimensional (3D) spheroids of multicellular types of cancer cells using ...

Generation of Zebrafish Larval Xenografts and Tumor Behavior Analysis

דור של זברה דג זחל קסנוגרפטים וניתוח התנהגות הגידול

Zebrafish larval xenografts are being widely used for cancer research to perform in vivo and real-time studies of human cancer. The possibility of rapidly ...

Exploring Mitochondrial Energy Metabolism of Single 3D Microtissue Spheroids Using Extracellular Flux Analysis

חקר חילוף החומרים של אנרגיה מיטוכונדריאלית של כדוריות מיקרוטיסו תלת-ממדיות בודדות באמצעות ניתוח שטף חוץ-תאי

Three-dimensional (3D) cellular aggregates, termed spheroids, have become the forefront of in vitro cell culture in recent years. In contrast to culturing ...