Name: in vitro selection of aptamers to differentiate infectious from non-infectious viruses
Uploaded: 2022-09-07T12:45:00
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Gostaríamos de agradecer à Sra. Laura M. Cooper e ao Dr. Lijun Rong da Universidade de Illinois em Chicago por fornecerem as amostras de pseudovírus usadas neste protocolo (SARS-CoV-2, SARS-CoV-1, H5N1), bem como ao Dr. Alvaro Hernandez e ao Dr. Chris Wright da instalação de Serviços de DNA do Centro de Biotecnologia Roy J. Carver da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign por sua assistência com o sequenciamento de alto rendimento, e muitos membros do grupo Lu que nos ajudaram com técnicas de seleção in vitro e caracterização de aptâmeros. Este trabalho foi apoiado por uma bolsa RAPID da National Science Foundation (CBET 20-29215) e uma bolsa semente do Instituto de Sustentabilidade, Energia e Meio Ambiente da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign e Illinois-JITRI Institute (JITRI 23965). A A.S.P. agradece à PEW Latin American Fellowship pelo apoio financeiro. Agradecemos também à Fundação Robert A. Welch (Grant F-0020) pelo apoio ao programa de pesquisa do grupo Lu na Universidade do Texas em Austin.

1. Preparação de reagentes e tampões
<ol><li>Preparar 10x Tris-borato EDTA (10x TBE) adicionando 0,9 M Tris-base, 0,9 M ácido bórico, 20 mM EDTA (sal dissódico) e água deionizada a um volume final de 1 L. Misture até que todos os componentes estejam dissolvidos.</li>
	<li>Prepare uma solução-mãe de poliacrilamida desnaturante a 10% da seguinte forma. Em um frasco de vidro de 250 mL, adicionar 120 g de ureia (8 M), 25 mL de TBE 10x, 62,5 mL de solução de acrilamida/bisacrilamida a 40% (29:1...

O SELEX permite não só a identificação de aptâmeros com alta afinidade, na faixa de pM-nM22,43,44,45, mas também com alta seletividade e sintonizável. Aproveitando a contra-seleção, aptâmeros com seletividade desafiadora podem ser obtidos. Por exemplo, o grupo Li demonstrou a capacidade de obter sequências capazes de diferenciar cepas bacterianas patogênicas de cepas não patogênic...

As infecções por vírus têm enormes impactos econômicos e sociais em todo o mundo, como se tornou cada vez mais evidente a partir da recente pandemia de COVID-19. O diagnóstico oportuno e preciso é fundamental no tratamento de infecções virais, evitando a disseminação de vírus para pessoas saudáveis. Embora muitos métodos de detecção do vírus tenham sido desenvolvidos, como os testes de PCR1,2 e inmunoassays3, a maioria dos métodos atualmente utilizados não é capaz de determinar se o vírus detectado é realmente infeccioso ou não. Isso ocorre porque a presença isolada de componentes do vírus, como ácido nucleico ou proteínas virais, não indica a presença do vírus infeccioso intacto, e os níveis desses biomarcadores têm mostrado fraca correlação com a infectividade 4,5,6. Por exemplo, o RNA viral, comumente usado para os testes COVID-19 baseados em PCR atuais, tem níveis muito baixos nos estágios iniciais da infecção quando o paciente é contagioso, enquanto o nível de RNA geralmente ainda é muito alto quando os pacientes se recuperaram da infecção e não são mais contagiosos 7,8. Os biomarcadores de proteína ou antígeno viral seguem tendência semelhante, mas tipicamente aparecem ainda mais tarde que o RNA viral e, portanto, são ainda menos preditivos de infectabilidade 6,9. Para suprir essa limitação, alguns métodos que podem informar sobre o estado de infectividade do vírus têm sido desenvolvidos, mas são baseados em técnicas de microbiologia em cultura celular que requerem um longo tempo (dias ou semanas) para a obtenção dosresultados4,10. Assim, o desenvolvimento de novos sensores que possam informar sobre a infectabilidade de amostras clínicas ou ambientais pode evitar atrasos no tratamento e maior disseminação do vírus. No entanto, muito poucos métodos podem obter moléculas de detecção que possam reconhecer um vírion infeccioso intacto e diferenciá-lo do mesmo vírus que se tornou não infeccioso.
Nesse contexto, os aptâmeros são particularmente adequados como uma ferramenta biomolecular única11,12,13,14. Os aptâmeros são moléculas curtas de DNA ou RNA de fita simples com uma sequência específica de nucleotídeos que lhes permite formar uma conformação 3D específica para reconhecer um alvo com alta afinidade e seletividade15,16. São obtidos por um processo de seleção combinatória denominado evolução sistemática de ligantes por enriquecimento exponencial (SELEX), também conhecido como seleção in vitro, que é realizado em tubos de ensaio com uma grande biblioteca aleatória de amostragem de DNA de 10 14-1015 sequências17,18,19. Em cada rodada desse processo iterativo, o pool de DNA é primeiramente submetido a uma pressão de seleção através da incubação com o alvo nas condições desejadas. Quaisquer sequências que não estão ligadas ao alvo são então removidas, deixando para trás apenas as poucas sequências que são capazes de se ligar sob as condições dadas. Finalmente, as sequências selecionadas na etapa anterior são amplificadas por PCR, enriquecendo a população do pool com as sequências funcionais desejadas para a próxima rodada de seleção, e o processo é repetido. Quando a atividade do pool de seleção atinge um platô (normalmente após 8-15 rodadas), a biblioteca é analisada por sequenciamento de DNA para identificar as sequências vencedoras que exibem a maior afinidade.
O SELEX apresenta vantagens únicas que podem ser exploradas para aumentar a seletividade contra outros alvossemelhantes20,21, como o estado de infectividade do vírus 22. Primeiro, uma grande variedade de diferentes tipos de alvos pode ser usada para a seleção, desde pequenas moléculas e proteínas até patógenos inteiros e células16. Assim, para obter um aptâmero que se liga a um vírus infeccioso, pode-se utilizar como alvo um vírus intacto, em vez de uma proteína de superfície viral19. O vírus inteiro SELEX permite a seleção de aptâmeros que se ligam especificamente ao estado nativo do vírus, sem a necessidade de interrupção do vírus. Em segundo lugar, o SELEX pode ser feito sob medida para remover alvos concorrentes 21,23, como outros vírus similares ou vírus inativados não infecciosos, usando etapas de contra-seleção em cada rodada de seleção22. Durante as etapas de seleção do contador, o pool de DNA é exposto a alvos para os quais a ligação não é desejada, e quaisquer sequências que se ligam são descartadas.
Neste trabalho, nós fornecemos um protocolo que pode ser geralmente aplicado para selecionar aptâmeros que se ligam a um vírus infeccioso, mas não ao mesmo vírus que foi tornado não-infeccioso por um método de desinfecção particular ou a outro vírus relacionado. Este método permite a obtenção de agentes de reconhecimento com base em diferenças funcionais da superfície do vírus, que não precisam ser conhecidas com antecedência, e assim oferece uma vantagem adicional para a detecção de patógenos recém-emergidos ou para doenças pouco estudadas.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>10% Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100% Ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1x PBS without calcium &#38; magnesium</td>
			<td>Corning</td>
			<td>21-040-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>40% acrylamide/bisacrylamide (29:1) solution</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610146</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencourt AMPure XP Beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63880</td>
			<td>DNA clean-up beads - Section 7.2.2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Merck</td>
			<td>UFC501024</td>
			<td>cut-off 10 kDa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Merck</td>
			<td>UFC510024</td>
			<td>cut-off 100 kDa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric Acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>100165</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C1000 Touch Thermal Cycler with Dual 48/48 Fast Reaction Module</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1851148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium Chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C4901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CFX Connect Real-Time PCR Detection System</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1855201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital Dry Baths/Block Heaters</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88870001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>65001</td>
			<td>streptavidin-modified magnetic beads - Section 4.9</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA disodium salt</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>324503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Safe-Lock microcentrifuge tubes</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T9661</td>
			<td>1.5 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lenti-X p24 Rapid Titer Kit</td>
			<td>Takara Bio USA, Inc.</td>
			<td>632200</td>
			<td>Lentivirus quantification kit - Section 3.3.2.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MagJET Separation Rack, 12 x 1.5 mL tube</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>MR02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microseal &#39;B&#39; PCR Plate Sealing Film, adhesive, optical</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>MSB1001</td>
			<td>non-UV absorbing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Tetra Cell for Ready Gel Precast Gels</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1658004EDU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Short Plates</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1653308</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Spacer Plates with 0.75 mm Integrated Spacers</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1653310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Biology Grade Water</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>51200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multiplate 96-Well PCR Plates, high profile, unskirted, clear</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>MLP9611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop One</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-ONE-W</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OneTaq DNA Polymerase</td>
			<td>New England BioLab</td>
			<td>M0480S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ovation Ultralow v2 + UDI</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>0344NB-A01</td>
			<td>High-troughput sequencing library preparation kit - Section 7.2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PIPETMAN G (100-1000 &#181;L, 20-200 &#181;L, 2-20 &#181;L and 0.2-2 &#181;L)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F144059M, F144058M, F144056M, F144054M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Purifier Logic+ Class II, Type A2 Biosafety Cabinets</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>4261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA BR Assay Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32850</td>
			<td>fluorescence-based&#160; dsDNA quantification&#160; kit - Section 7.2.3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SHARP Classic Low Retention Pipet Tips (10 uL, 200 uL, 1000 uL)</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1158U43, 1159M44, 1158U40</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S2889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend Micro 17R Microcentrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75002440</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SsoFast EvaGreen Supermix</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1725201</td>
			<td>qPCR mastermix - Section 6.2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubes and Ultra Clear Caps, strips of 8</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>AB1183</td>
			<td>PCR tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U5128</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

in vitro selection of aptamers to differentiate infectious from non-infectious viruses

As infecções por vírus têm um grande impacto na sociedade; A maioria dos métodos de detecção tem dificuldades em determinar se um vírus detectado é infeccioso, causando atrasos no tratamento e maior disseminação do vírus. O desenvolvimento de novos sensores que possam informar sobre a infectabilidade de amostras clínicas ou ambientais atenderá a esse desafio não atendido. No entanto, muito poucos métodos podem obter moléculas de detecção que possam reconhecer um vírus infeccioso intacto e diferenciá-lo do mesmo vírus que foi tornado não infeccioso por métodos de desinfecção. Aqui, descrevemos um protocolo para selecionar aptâmeros que podem distinguir vírus infecciosos versus vírus não infecciosos usando evolução sistemática de ligantes por enriquecimento exponencial (SELEX). Aproveitamos dois recursos do SELEX. Primeiro, o SELEX pode ser feito sob medida para remover alvos concorrentes, como vírus não infecciosos ou outros vírus semelhantes, usando contra-seleção. Além disso, todo o vírus pode ser usado como alvo para SELEX, em vez de, por exemplo, uma proteína de superfície viral. O vírus inteiro SELEX permite a seleção de aptâmeros que se ligam especificamente ao estado nativo do vírus, sem a necessidade de interromper o vírus. Este método permite, assim, obter agentes de reconhecimento com base em diferenças funcionais na superfície dos patógenos, que não precisam ser conhecidas com antecedência.

Uma vez que aptâmeros de DNA podem ser obtidos usando SELEX em um tubo de ensaio15, essa estratégia SELEX foi cuidadosamente projetada para incluir etapas de seleção positiva em direção ao vírus infeccioso inteiro intacto (ou seja, reter as moléculas de DNA que se ligam ao vírus infeccioso), bem como etapas de contra-seleção para o mesmo vírus que foi tornado não infeccioso por um método de desinfecção particular, especificamente o tratamento UV, descartando as sequências de DNA ...

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In Vitro Selection of Aptamers to Differentiate Infectious from Non-Infectious Viruses

Fornecemos um protocolo que pode ser geralmente aplicado a aptâmeros selecionados que se ligam apenas a vírus infecciosos e não a vírus que foram tornados não infecciosos por um método de desinfecção ou a quaisquer outros vírus semelhantes. Isso abre a possibilidade de determinar o estado de infectividade em testes portáteis e rápidos.

Seleção In Vitro de Aptamers para Diferenciar Vírus Infecciosos de Não-Infecciosos

Virus infections have a major impact on society; most methods of detection have difficulties in determining whether a detected virus is infectious, ...

Este protocolo descreve como selecionar aptâmeros de DNA que possam distinguir vírus infecciosos versus vírus não infecciosos, a fim de obter moléculas sensoriais capazes de informar a infectabilidade de amostras clínicas ou ambientais. Esta técnica pode ser aplicada para obter aptâmeros seletivos para muitos outros vírus, incluindo vírus emergentes, porque não requer conhecimento prévio das estruturas ou sequências do vírus. Esta técnica permite o desenvolvimento de sensores aptâmeros para diagnóstico clínico e monitoramento ambiental de vírus infecciosos para detectar se alguém é contagioso ou se um método de desinfecção ambiental funciona como pretendido.A seleção pode ser um processo difícil, principalmente para quem é novo nela. É importante otimizar as condições de PCR e monitorar o progresso da seleção com qPCR. Quem demonstrará o procedimento será Marcos Gramajo, aluno de pós-graduação do meu laboratório.Para começar, projete a biblioteca e os primers iniciais de fita simples ou SS-DNA. Obter o DNA oligos de fontes comerciais com purificação padrão de dessalinização. Purificar a biblioteca e os primers de SS-DNA em eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 10% seguida de precipitação com etanol.Em seguida, obter uma solução estoque de vírus infecciosos e não infecciosos ou prepará-los conforme descrito no manuscrito do texto. Para a desnaturação da biblioteca de SS-DNA, misturar 10 microlitros de 100 micromolares da biblioteca SS-DNA com 240 microlitros de tampão SELEX. Aqueça a mistura a 95 graus Celsius por 15 minutos em um banho seco e, em seguida, coloque o tubo no gelo por 15 minutos.Misturar 250 microlitros da biblioteca SS-DNA em tampão SELEX com 50 microlitros de vírus infeccioso para seleção positiva. Incubar durante duas horas à temperatura ambiente. Em seguida, adicione 400 microlitros de uma sequência milimolar T20 a um filtro de 0,5 mililitro para bloquear os locais não específicos.Incubar os filtros por 30 minutos. Centrifugar o filtro a 14.000 G durante 10 minutos para remover a solução T20. Em seguida, lave o filtro três vezes com tampão SELEX para remover o excesso de sequências T20.Em seguida, adicione a mistura de vírus infecciosos da biblioteca SS-DNA ao filtro bloqueado de 100 quilodalton e centrífuga para lavar as sequências não ligadas. Lave o filtro três vezes adicionando 400 microlitros de tampão SELEX e centrifugação. Mantenha a fração no filtro e descarte o fluxo.Para eluir as sequências ligadas, troque o tubo de coleta do filtro centrífugo e adicione 300 microlitros de tampão SELEX contendo ureia de oito molares ao filtro. Aqueça o filtro a 95 graus Celsius por 15 minutos e, em seguida, centrifugue para coletar o fluxo contendo as sequências eluídas. Uma vez feito, lave os materiais com 10% de água sanitária.Em seguida, adicione a solução de vírus infeccioso SS-DNA coletada na etapa anterior a um filtro bloqueado de 10 quilodaltons, centrifuga a 14.000 G por 15 minutos e descarte o fluxo. Lave o filtro três vezes com 300 microlitros de tampão SELEX para remover a ureia por centrifugação e descartar o fluxo. Recupere a solução no filtro virando-a de cabeça para baixo em um tubo de coleta limpo e centrifugando por cinco minutos.Meça o volume final da solução recuperada usando uma pipeta e rotule-a como uma amostra Round 1A. Pegue 90% da amostra da Rodada 1A como um modelo na primeira rodada e execute o PCR usando condições otimizadas. Para recuperar o SS-DNA usando esferas magnéticas modificadas com estreptavidina ou MB, divida o produto em alíquotas de 50 microlitros e adicione-as a tubos de microcentrífuga contendo 50 microlitros MB. Incubar o tubo durante 30 minutos com agitação ligeira à temperatura ambiente.Em seguida, coloque o tubo no rack magnético para isolar o MB e remover o sobrenadante por pipetagem. Lave o MB duas vezes adicionando 200 microlitros de ligação e tampão de lavagem ao tubo. Em seguida, remova o tubo do rack magnético e toque-o antes de ressuspender o MB para uma solução homogênea por pipetagem.Coloque o tubo novamente no rack magnético e retire o sobrenadante. Após a segunda lavagem, ressuspenda o MB em 100 microlitros de tampão SELEX e aqueça a solução a 95 graus Celsius por 10 minutos. Coloque imediatamente o tubo no rack magnético e colete o sobrenadante contendo o pool de SS-DNA.Repita esta etapa de recuperação adicionando 50 microlitros de buffer SELEX. Meça o volume final da fração recuperada e rotule-a como Round 1X. Para a desnaturação do pool de SS-DNA, pegue 60% da amostra Round 1X e misture-a com 50 microlitros de tampão SELEX.Aqueça a amostra em banho seco e, em seguida, coloque o tubo sobre gelo por 15 minutos. Em seguida, misturar o pool de SS-DNA desnaturado em tampão SELEX com 50 microlitros de cada vírus como etapa de contra-seleção e incubar por uma hora à temperatura ambiente. Depois de bloquear os locais não específicos em filtros de centrífuga, adicione o pool de SS-DNA desnaturado da mistura incubado com uma solução de vírus a um filtro bloqueado de 100 quilodaltons.Centrifugar o filtro a 14.000 G durante 10 minutos e recolher o fluxo. Pegue 300 microlitros de fração e misture com 50 microlitros de vírus infeccioso contendo 100 milhões de cópias por mililitro. Incubar durante duas horas à temperatura ambiente.Prepare uma mistura mestre de qPCR padrão e diluições da biblioteca de SS-DNA purificada conforme descrito no texto. Execute o qPCR para determinar o ciclo de limite. Após a corrida, use uma curva padrão para quantificar a quantidade de SS-DNA em Round 1A e Round 1X.Em seguida, calcule o rendimento de eluição como a quantidade de DNA ligado dividida pela quantidade inicial de DNA e plote o rendimento de eluição versus o número redondo. Finalmente, plote as curvas de fusão para diferentes rodadas. Para sequenciamento de alto rendimento, selecione um kit apropriado disponível comercialmente.Prepare vários pools de rodadas de seleção representando alto, médio e baixo enriquecimento, bem como o pool final usando um par diferente de índices nos adaptadores para cada pool. Em seguida, envie a biblioteca final preparada para a instalação de sequenciamento. Para a análise de sequenciamento, as sequências foram desmultixadas pela facilidade de sequenciamento.Remova os adaptadores de sequenciamento e primers de seleção usando o programa de linha de comando Cutadapt. Em seguida, use o programa FASTX-Toolkit para remover sequências de baixa qualidade. Em seguida, mescle os arquivos de sequência na direção inversa com aqueles na direção direta usando o FASTX-Toolkit FASTX_reverse_ função complementar nos arquivos de direção inversa.Em seguida, use o programa CAT interno para mesclar os arquivos em um único arquivo. Use o kit de ferramentas de análise FASTAptamer para analisar o enriquecimento de sequências em diferentes pools de seleção. Primeiro, para usar a contagem FASTAptamer e as funções de cluster FASTAptamer para agrupar sequências semelhantes em clusters.Em seguida, use a função de enriquecimento FASTAptamer para obter informações sobre o enriquecimento de sequências e clusters. Identificar as sequências aptâmeras candidatas a partir das informações de enriquecimento obtidas através da análise de sequências. Selecione várias sequências de aptâmeros e realize a triagem inicial usando um ensaio de ligação.Nesta análise, qPCR foi usado para monitorar o progresso do SELEX de aptâmeros específicos SARS-CoV-2 infecciosos. O rendimento de eluição aumentou inicialmente a cada rodada de SELEX e nivelou nas rodadas oito e nove. Comparando as curvas de fusão, observou-se uma mudança do pico a uma alta temperatura de fusão de 77 para 79 graus Celsius.Além disso, nas duas últimas rodadas, um pico a uma baixa temperatura de fusão foi observado. A abundância relativa em leituras por milhão para o SARS2 AR10 sequenciado obtido ao longo de rodadas de seleção consecutivas é mostrada. A estrutura prevista de SARS2 AR10 mostrou uma estrutura secundária estruturada contendo uma região de loop do tronco que pode estar envolvida no reconhecimento do vírus.Uma vez que os aptâmeros são obtidos, eles podem ser incorporados em ópticas elétricas, outro tipo de sensores, para desenvolver testes portais e rápidos de detecção de vírus que podem informar a infectividade do vírus. Vislumbramos que aptâmeros específicos para diferentes variantes ou estereótipos de vírus possam ser obtidos, possibilitando o monitoramento rápido de variantes que são a maior ameaça à sociedade.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Visualizing Proteins and Macromolecular Complexes by Negative Stain EM: from Grid Preparation to Image Acquisition

Visualizando Proteínas e Complexos Macromoleculares por Negative EM Stain: Preparação de Grid para Aquisição de Imagem

Single particle electron microscopy (EM), of both negative stained or frozen hydrated biological samples, has become a versatile tool in structural ...

Bioengenharia

Design of a Cyclic Pressure Bioreactor for the Ex Vivo Study of Aortic Heart Valves

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Projeto de um biorreator de pressão cíclica para o Ex Vivo Estudo de válvulas cardíacas Aórtica

The aortic valve, located between the left ventricle and the aorta, allows for unidirectional blood flow, preventing backflow into the ventricle. Aortic ...

Utilization of Microscale Silicon Cantilevers to Assess Cellular Contractile Function In Vitro

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Utilização de microscópicos de silício Cantilevers para avaliar a função celular contrátil<em&gt; In Vitro</em

The development of more predictive and biologically relevant in vitro assays is predicated on the advancement of versatile cell culture systems which ...

Eye Irritation Test (EIT) for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial (RhCE) Tissue Model

Eye Irritation Test EIT for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial RhCE Tissue Model

Irritação dos olhos Test (EIT) para identificação de perigos de olho irritantes químicos usando reconstruída Humano Córnea-like epitelial (RHCE) Modelo Tissue

To comply with the Seventh Amendment to the EU Cosmetics Directive and EU REACH legislation, validated non-animal alternative methods for reliable and ...

Development of an In Vitro Ocular Platform to Test Contact Lenses

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Desenvolvimento de um<em&gt; In Vitro</em&gt; Ocular Platform para testar as lentes de contato

Currently, in vitro evaluations of contact lenses (CLs) for drug delivery are typically performed in large volume vials,1-6 which fail to mimic ...

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A<em&gt; In Vitro</em&gt; Modelo Cultura Órgão da Murino Intervertebral Disc

Intervertebral disc (IVD) degeneration is a significant contributor to low back pain. The IVD is a fibrocartilaginous joint that serves to transmit and ...

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A new generation of cell-free transcription-translation (TXTL) systems, engineered to have a greater versatility and modularity, provide novel ...

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Due to the rapid development and implementation of a diverse array of engineered nanomaterials (ENM), exposure to ENM is inevitable and the development of ...

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Medição potencial de ação óptica unicelular em cardiomiócitos derivados de células-tronco pluripotentes induzidos por humanos

Conventional intracellular microelectrode techniques to quantify cardiomyocyte electrophysiology are extremely complex, labor intensive, and typically ...

An In vitro System to Gauge the Thrombolytic Efficacy of Histotripsy and a Lytic Drug

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Deep vein thrombosis (DVT) is a global health concern. The primary approach to achieve vessel recanalization for critical obstructions is ...