Name: in vitro selection of aptamers to differentiate infectious from non-infectious viruses
Uploaded: 2022-09-07T12:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about In Vitro Selection of Aptamers to Differentiate Infectious from Non-Infectious Viruses at JoVE.com

Vi vill tacka Laura M. Cooper och Dr. Lijun Rong från University of Illinois i Chicago för att ha tillhandahållit de pseudovirusprover som används i detta protokoll (SARS-CoV-2, SARS-CoV-1, H5N1), samt Dr. Alvaro Hernandez och Dr. Chris Wright från DNA Services-anläggningen vid Roy J. Carver Biotechnology Center vid University of Illinois i Urbana-Champaign för deras hjälp med sekvensering med hög genomströmning, och många medlemmar i Lu-gruppen som har hjälpt oss med in vitro-selektion och aptamerkarakteriseringstekniker. Detta arbete stöddes av ett RAPID-bidrag från National Science Foundation (CBET 20-29215) och ett såddbidrag från Institute for Sustainability, Energy and Environment vid University of Illinois i Urbana-Champaign och Illinois-JITRI Institute (JITRI 23965). A.S.P. tackar PEW Latin American Fellowship för ekonomiskt stöd. Vi tackar också Robert A. Welch Foundation (Grant F-0020) för stöd till Lu-gruppens forskningsprogram vid University of Texas i Austin.

1. Beredning av reagens och buffertar
<ol><li>Förbered 10x Tris-borat EDTA (10x TBE) genom att tillsätta 0,9 M Tris-bas, 0,9 M borsyra, 20 mM EDTA (dinatriumsalt) och avjoniserat vatten till en slutlig volym på 1 liter. Blanda tills alla komponenter är upplösta.</li>
	<li>Bered en 10-procentig denaturerande polyakrylamidstamlösning enligt följande. Tillsätt 120 g urea (8 M), 25 ml 10x TBE, 62,5 ml 40% akrylamid / bisakrylamid (29: 1) lösning i en 250 ml glasflaska, och tillräckligt med destil...

SELEX möjliggör inte bara identifiering av aptamerer med hög affinitet, i pM-nM-intervallet 22,43,44,45, utan också med hög och avstämbar selektivitet. Genom att dra nytta av räknarval kan aptamerer med utmanande selektivitet erhållas. Till exempel har Li-gruppen visat förmågan att erhålla sekvenser som kan skilja patogena bakteriestammar från icke-patogena stammar<sup class="xref"...

Virusinfektioner har enorma ekonomiska och samhälleliga effekter runt om i världen, vilket blev alltmer uppenbart från den senaste COVID-19-pandemin. Snabb och korrekt diagnos är avgörande för att behandla virusinfektioner samtidigt som man förhindrar spridning av virus till friska människor. Medan många virusdetekteringsmetoder har utvecklats, såsom PCR-tester1,2 och inmunoassays3, kan de flesta av de för närvarande använda metoderna inte avgöra om det upptäckta viruset faktiskt är infektiöst eller inte. Detta beror på att närvaron av komponenter av viruset ensamt, såsom viral nukleinsyra eller proteiner, inte indikerar att det intakta, infektiösa viruset är närvarande, och nivåer av dessa biomarkörer har visat dålig korrelation med infektivitet 4,5,6. Till exempel har viralt RNA, som vanligtvis används för de nuvarande PCR-baserade COVID-19-testerna, mycket låga nivåer i de tidiga stadierna av infektion när patienten är smittsam, medan RNA-nivån ofta fortfarande är mycket hög när patienter har återhämtat sig från infektionen och inte längre är smittsamma 7,8. De virala protein- eller antigenbiomarkörerna följer en liknande trend, men uppträder vanligtvis ännu senare än viralt RNA och är därför ännu mindre prediktiva för infektionsförmåga 6,9. För att hantera denna begränsning har vissa metoder som kan informera om virusets infektionsstatus utvecklats, men är baserade på cellodlingsmikrobiologiska tekniker som kräver lång tid (dagar eller veckor) för att få resultat 4,10. Genom att utveckla nya sensorer som kan informera om smittbarheten hos kliniska prover eller miljöprover kan man undvika förseningar i behandlingen och ytterligare spridning av viruset. Men mycket få metoder kan få avkänningsmolekyler som kan känna igen en intakt infektiös virion och skilja den från samma virus som har gjorts icke-infektiös.
I detta sammanhang är aptamerer särskilt väl lämpade som ett unikt biomolekylärt verktyg11,12,13,14. Aptamerer är korta, enkelsträngade DNA- eller RNA-molekyler med en specifik nukleotidsekvens som gör att de kan bilda en specifik 3D-konformation för att känna igen ett mål med hög affinitet och selektivitet15,16. De erhålls genom en kombinatorisk urvalsprocess som kallas systematisk evolution av ligander genom exponentiell anrikning (SELEX), även känd som in vitro-selektion, som utförs i provrör med ett stort slumpmässigt DNA-provtagningsbibliotek med 10 14-10 15 sekvenser17,18,19. I varje omgång av denna iterativa process utsätts DNA-poolen först för ett selektionstryck genom inkubation med målet under önskade förhållanden. Alla sekvenser som inte är bundna till målet tas sedan bort och lämnar bara de få sekvenser som kan binda under de givna förhållandena. Slutligen förstärks sekvenserna som har valts i föregående steg med PCR, vilket berikar poolens population med önskade funktionella sekvenser för nästa urvalsomgång och processen upprepas. När urvalspoolens aktivitet når en platå (vanligtvis efter 8-15 omgångar) analyseras biblioteket genom DNA-sekvensering för att identifiera de vinnande sekvenserna som uppvisar den högsta affiniteten.
SELEX har unika fördelar som kan utnyttjas för att få ökad selektivitet mot andra liknande mål20,21, t.ex. för virusets infektionsstatus 22. För det första kan en mängd olika typer av mål användas för urvalet, från små molekyler och proteiner till hela patogener och celler16. Således, för att erhålla en aptamer som binder till ett infektiöst virus, kan ett intakt virus användas som mål, istället för ett viralt ytprotein19. Hela viruset SELEX möjliggör val av aptamerer som binder specifikt till virusets ursprungliga tillstånd, utan behov av störning av viruset. För det andra kan SELEX skräddarsys för att avlägsna konkurrerande mål 21,23, såsom andra liknande virus eller icke-infektiösa inaktiverade virus, med hjälp av räknarurvalssteg i varje urvalsomgång22. Under räknarvalsstegen exponeras DNA-poolen för mål för vilka bindning inte önskas, och alla sekvenser som binder kasseras.
I detta arbete tillhandahåller vi ett protokoll som generellt kan tillämpas för att välja aptamerer som binder till ett infektiöst virus men inte till samma virus som har gjorts icke-infektiöst av en viss desinfektionsmetod eller till ett annat relaterat virus. Denna metod gör det möjligt att erhålla igenkänningsmedel baserat på funktionella skillnader i virusytan, som inte behöver vara kända i förväg, och erbjuder därför en ytterligare fördel för detektion av nyligen uppkomna patogener eller för understuderade sjukdomar.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>10% Ammonium persulfate (APS)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100% Ethanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E7023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1x PBS without calcium &#38; magnesium</td>
			<td>Corning</td>
			<td>21-040-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>40% acrylamide/bisacrylamide (29:1) solution</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610146</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agencourt AMPure XP Beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63880</td>
			<td>DNA clean-up beads - Section 7.2.2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Merck</td>
			<td>UFC501024</td>
			<td>cut-off 10 kDa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit</td>
			<td>Merck</td>
			<td>UFC510024</td>
			<td>cut-off 100 kDa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric Acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>100165</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C1000 Touch Thermal Cycler with Dual 48/48 Fast Reaction Module</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1851148</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium Chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C4901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CFX Connect Real-Time PCR Detection System</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1855201</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital Dry Baths/Block Heaters</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>88870001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads MyOne Streptavidin C1</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>65001</td>
			<td>streptavidin-modified magnetic beads - Section 4.9</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA disodium salt</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>324503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf Safe-Lock microcentrifuge tubes</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T9661</td>
			<td>1.5 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lenti-X p24 Rapid Titer Kit</td>
			<td>Takara Bio USA, Inc.</td>
			<td>632200</td>
			<td>Lentivirus quantification kit - Section 3.3.2.1</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MagJET Separation Rack, 12 x 1.5 mL tube</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>MR02</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8266</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microseal &#39;B&#39; PCR Plate Sealing Film, adhesive, optical</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>MSB1001</td>
			<td>non-UV absorbing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Tetra Cell for Ready Gel Precast Gels</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1658004EDU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Short Plates</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1653308</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini-PROTEAN Spacer Plates with 0.75 mm Integrated Spacers</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1653310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Biology Grade Water</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>51200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Multiplate 96-Well PCR Plates, high profile, unskirted, clear</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>MLP9611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop One</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND-ONE-W</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OneTaq DNA Polymerase</td>
			<td>New England BioLab</td>
			<td>M0480S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ovation Ultralow v2 + UDI</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>0344NB-A01</td>
			<td>High-troughput sequencing library preparation kit - Section 7.2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PIPETMAN G (100-1000 &#181;L, 20-200 &#181;L, 2-20 &#181;L and 0.2-2 &#181;L)</td>
			<td>Gilson</td>
			<td>F144059M, F144058M, F144056M, F144054M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Purifier Logic+ Class II, Type A2 Biosafety Cabinets</td>
			<td>Labconco</td>
			<td>4261</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA BR Assay Kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32850</td>
			<td>fluorescence-based&#160; dsDNA quantification&#160; kit - Section 7.2.3</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SHARP Classic Low Retention Pipet Tips (10 uL, 200 uL, 1000 uL)</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1158U43, 1159M44, 1158U40</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S2889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorvall Legend Micro 17R Microcentrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75002440</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SsoFast EvaGreen Supermix</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1725201</td>
			<td>qPCR mastermix - Section 6.2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(hydroxymethyl)aminomethane</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T1503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubes and Ultra Clear Caps, strips of 8</td>
			<td>USA scientific</td>
			<td>AB1183</td>
			<td>PCR tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U5128</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

in vitro selection of aptamers to differentiate infectious from non-infectious viruses

Virusinfektioner har stor inverkan på samhället; De flesta detektionsmetoder har svårt att avgöra om ett upptäckt virus är smittsamt, vilket orsakar förseningar i behandlingen och ytterligare spridning av viruset. Att utveckla nya sensorer som kan informera om smittbarheten hos kliniska eller miljömässiga prover kommer att möta denna ouppfyllda utmaning. Men mycket få metoder kan få avkänningsmolekyler som kan känna igen ett intakt infektiöst virus och skilja det från samma virus som har gjorts icke-infektiöst genom desinfektionsmetoder. Här beskriver vi ett protokoll för att välja aptamerer som kan skilja infektiösa virus mot icke-infektiösa virus med hjälp av systematisk utveckling av ligander genom exponentiell anrikning (SELEX). Vi drar nytta av två funktioner i SELEX. För det första kan SELEX skräddarsys för att ta bort konkurrerande mål, såsom icke-infektiösa virus eller andra liknande virus, med hjälp av räknarval. Dessutom kan hela viruset användas som mål för SELEX, istället för till exempel ett viralt ytprotein. Hela viruset SELEX möjliggör val av aptamerer som binder specifikt till virusets ursprungliga tillstånd, utan att viruset behöver störas. Denna metod gör det således möjligt att erhålla igenkänningsmedel baserat på funktionella skillnader i patogenernas yta, som inte behöver vara kända i förväg.

Eftersom DNA-aptamerer kan erhållas med hjälp av SELEX i ett provrör15, utformades denna SELEX-strategi noggrant för att inkludera både positiva selektionssteg mot det intakta, hela infektiösa viruset (dvs. behålla DNA-molekylerna som binder till det infektiösa viruset), samt motselektionssteg för samma virus som har gjorts icke-infektiöst med en viss desinfektionsmetod, specifikt UV-behandling, genom att kassera de DNA-sekvenser som kan binda till det icke-infektiösa viruset. En schem...

Watch this Scientific Journal Video about In Vitro Selection of Aptamers to Differentiate Infectious from Non-Infectious Viruses at JoVE.com

In Vitro Selection of Aptamers to Differentiate Infectious from Non-Infectious Viruses

Vi tillhandahåller ett protokoll som generellt kan tillämpas på utvalda aptamerer som endast binder till infektiösa virus och inte till virus som har gjorts icke-infektiösa genom en desinfektionsmetod eller till andra liknande virus. Detta gör det möjligt att fastställa smittsamhetsstatus i bärbara tester och snabbtester.

In vitro-val av aptamerer för att skilja infektiösa från icke-infektiösa virus

Virus infections have a major impact on society; most methods of detection have difficulties in determining whether a detected virus is infectious, ...

Detta protokoll beskriver hur man väljer DNA-aptamerer som kan skilja infektiösa virus kontra icke-infektiösa virus för att erhålla avkänningsmolekyl som kan informera smittbarheten hos kliniska eller miljömässiga prover. Denna teknik kan tillämpas för att erhålla selektiva aptamerer för många andra virus, inklusive nya virus, eftersom det inte kräver förkunskaper om virusets strukturer eller sekvenser. Denna teknik möjliggör utveckling av aptamersensorer för klinisk diagnostik och miljöövervakning av infektiösa virus för att upptäcka om någon är smittsam eller om en miljödesinfektionsmetod fungerar som avsett.Urval kan vara en svår process, särskilt för dem som är nya på det. Det är viktigt att optimera PCR-förhållandena och övervaka förloppet för urvalet med qPCR. Demonstrerar proceduren kommer att vara Marcos Gramajo, en doktorand från mitt labb.Börja med att designa det ursprungliga enkelsträngade eller SS-DNA-biblioteket och primers. Skaffa DNA-oligoerna från kommersiella källor med standard avsaltningsrening. Rena SS-DNA-bibliotek och primers på 10% denaturerande polyakrylamidgelelektrofores följt av etanolutfällning.Därefter erhåller du en stamlösning av infektiösa och icke-infektiösa virus eller förbereder dem enligt beskrivningen i textmanuskriptet. För denaturering av SS-DNA-bibliotek, blanda 10 mikroliter 100 mikromolar SS-DNA-bibliotek med 240 mikroliter SELEX-buffert. Värm blandningen vid 95 grader Celsius i 15 minuter i ett torrt bad och lägg sedan röret på is i 15 minuter.Blanda 250 mikroliter SS-DNA-bibliotek i SELEX-buffert med 50 mikroliter infektiöst virus för positivt urval. Inkubera i två timmar vid rumstemperatur. Tillsätt sedan 400 mikroliter av en millimolär T20-sekvens till ett 0,5 milliliterfilter för att blockera de icke-specifika platserna.Inkubera filtren i 30 minuter. Centrifugera filtret vid 14 000 G i 10 minuter för att avlägsna T20-lösningen. Tvätta sedan filtret tre gånger med SELEX-buffert för att ta bort överflödiga T20-sekvenser.Tillsätt sedan SS-DNA-bibliotekets infektiösa virusblandning till det blockerade 100 kilodaltonfiltret och centrifugera för att tvätta obundna sekvenser. Tvätta filtret tre gånger genom att tillsätta 400 mikroliter SELEX-buffert och centrifugering. Håll fraktionen i filtret och kasta genomflödet.För att eluera bundna sekvenser, byt centrifugfiltrets uppsamlingsrör och tillsätt 300 mikroliter SELEX-buffert innehållande åtta molar urea till filtret. Värm filtret vid 95 grader Celsius i 15 minuter och centrifugera sedan för att samla upp genomströmningen som innehåller de eluerade sekvenserna. När du är klar, tvätta materialen med 10% blekmedel.Lägg sedan till SS-DNA-infektiös viruslösning som samlats in i det tidigare steget till ett blockerat 10 kilodaltonfilter, centrifugera vid 14 000 G i 15 minuter och kassera genomströmningen. Tvätta filtret tre gånger med 300 mikroliter SELEX-buffert för att avlägsna urean genom centrifugering och kassera genomströmningen. Återvinn lösningen i filtret genom att vända den upp och ner i ett rent uppsamlingsrör och centrifugera i fem minuter.Mät den slutliga volymen av den återvunna lösningen med en pipett och märk den som ett runt 1A-prov. Ta 90% av Round 1A-provet som mall i första omgången och kör PCR med optimerade förhållanden. För att återvinna SS-DNA med hjälp av streptavidinmodifierade magnetiska pärlor eller MB, dela produkten i 50 mikroliter alikvoter och tillsätt dem till mikrocentrifugrör innehållande 50 mikroliter MB. Inkubera röret i 30 minuter med mild omrörning vid rumstemperatur.Placera sedan röret på magnetstället för att isolera MB och ta bort supernatanten genom pipettering. Tvätta MB två gånger genom att tillsätta 200 mikroliter bindnings- och tvättbuffert till röret. Ta sedan bort röret från magnetstället och knacka på det innan MB återsuspenderas till en homogen lösning genom pipettering.Placera röret igen på magnetstället och ta bort supernatanten. Efter den andra tvätten, återsuspendera MB i 100 mikroliter SELEX-buffert och värm lösningen vid 95 grader Celsius i 10 minuter. Placera omedelbart röret i magnetstället och samla upp supernatanten som innehåller SS-DNA-poolen.Upprepa detta återställningssteg och tillsätt 50 mikroliter SELEX-buffert. Mät den slutliga volymen av den återvunna fraktionen och märk den som Round 1X. För denaturering av SS-DNA-poolen, ta 60% av Round 1X-provet och blanda det med 50 mikroliter SELEX-buffert.Värm provet i ett torrt bad och lägg sedan röret på is i 15 minuter. Blanda sedan den denaturerade SS-DNA-poolen i SELEX-buffert med 50 mikroliter av varje virus som motvalssteg och inkubera i en timme vid rumstemperatur. Efter blockering av de icke-specifika platserna i centrifugfilter, tillsätt blandningen denaturerad SS-DNA-pool inkuberad med en viruslösning till ett blockerat 100 kilodaltonfilter.Centrifugera filtret vid 14 000 G i 10 minuter och samla genomströmningen. Ta 300 mikroliter fraktion och blanda med 50 mikroliter infektiöst virus innehållande 100 miljoner kopior per milliliter. Inkubera i två timmar vid rumstemperatur.Bered en standard qPCR-masterblandning och utspädningar av renat SS-DNA-bibliotek enligt beskrivningen i texten. Kör qPCR för att fastställa tröskelvärdet. Efter körningen, använd en standardkurva för att kvantifiera mängden SS-DNA i omgång 1A och omgång 1X.Beräkna sedan elueringsutbytet som den bundna DNA-mängden dividerat med den ursprungliga DNA-mängden och plotta elueringsutbytet mot det runda talet. Slutligen plotta smältkurvorna för olika omgångar. För sekvensering med högt dataflöde väljer du ett lämpligt kommersiellt tillgängligt kit.Förbered flera pooler med urvalsrundor som representerar hög, medel och låg berikning, samt den slutliga poolen med olika indexpar i adaptrarna för varje pool. Skicka sedan det förberedda slutliga biblioteket till sekvenseringsanläggningen. För sekvenseringsanalys har sekvenser demultiplexerats av sekvenseringsanläggningen.Ta bort sekvenseringsadaptrarna och urvalsprimrarna med kommandoradsprogrammet Cutadapt. Använd sedan FASTX-Toolkit-programmet för att ta bort sekvenser av låg kvalitet. Slå sedan samman sekvensfilerna i omvänd riktning med dem i framåtriktningen med hjälp av FASTX-Toolkit FASTX_reverse_ komplementfunktion på omvända riktningsfiler.Använd sedan det inbyggda CAT-programmet för att slå samman filerna till en enda fil. Använd analysverktyget FASTAptamer för att analysera berikningen av sekvenser över olika urvalspooler. Först att använda FASTAptamer-antals- och FASTAptamer-klusterfunktionerna för att gruppera liknande sekvenser i kluster.Använd sedan funktionen FASTAptamer enrich för att få information om anrikning av sekvenser och kluster. Identifiera kandidataptamersekvenserna från anrikningsinformationen som erhållits genom sekvensanalys. Välj flera aptamersekvenser och utför initial screening med hjälp av en bindningsanalys.I denna analys användes qPCR för att övervaka utvecklingen av SELEX av infektiösa SARS-CoV-2-specifika aptamerer. Elutionsutbytet ökade initialt med varje omgång av SELEX och utjämnades vid omgång åtta och nio. Genom att jämföra smältkurvorna observerades en förskjutning från toppen vid en hög smälttemperatur från 77 till 79 grader Celsius.Dessutom observerades under de två senaste omgångarna en topp vid låg smälttemperatur. Den relativa förekomsten i läsningar per miljon för den sekvenserade SARS2 AR10 som erhållits under på varandra följande urvalsomgångar visas. Den förutsagda strukturen för SARS2 AR10 visade en strukturerad sekundär struktur innehållande en stamslingregion som kan vara involverad i att känna igen viruset.När aptamerer har erhållits kan de införlivas i elektriska optiker, en annan typ av sensorer, för att utveckla portal och snabbt virusdetekteringstest som kan informera virusinfektivitet. Vi ser framför oss att aptamer som är specifika för olika varianter eller stereotyper av virus kan erhållas, vilket gör det möjligt för snabb övervakning av varianter som är det största hotet mot samhället.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Visualizing Proteins and Macromolecular Complexes by Negative Stain EM: from Grid Preparation to Image Acquisition

Visualisera proteiner och Makromolekylär av negativa Stain EM: från Grid förberedelse till Image Acquisition

Single particle electron microscopy (EM), of both negative stained or frozen hydrated biological samples, has become a versatile tool in structural ...

Design of a Cyclic Pressure Bioreactor for the Ex Vivo Study of Aortic Heart Valves

Design of a Cyclic Pressure Bioreactor for the Ex Vivo Study of Aortic Heart Valves

Design av en cyklisk tryck Bioreaktor för Ex vivo Studie av Aorta hjärtklaffar

The aortic valve, located between the left ventricle and the aorta, allows for unidirectional blood flow, preventing backflow into the ventricle. Aortic ...

Utilization of Microscale Silicon Cantilevers to Assess Cellular Contractile Function In Vitro

Utilization of Microscale Silicon Cantilevers to Assess Cellular Contractile Function In Vitro

Utnyttjande av Microscale Silicon Konsoler att bedöma Cellular kontraktila funktion<em&gt; In Vitro</em

The development of more predictive and biologically relevant in vitro assays is predicated on the advancement of versatile cell culture systems which ...

Eye Irritation Test (EIT) for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial (RhCE) Tissue Model

Eye Irritation Test EIT for Hazard Identification of Eye Irritating Chemicals using Reconstructed Human Cornea-like Epithelial RhCE Tissue Model

Ögonirritationstest (EIT) för Hazard Identifiering av Eye irriterande kemikalier med hjälp av rekonstruerad Human Cornea liknande Epithelial (RHCE) Tissue Modell

To comply with the Seventh Amendment to the EU Cosmetics Directive and EU REACH legislation, validated non-animal alternative methods for reliable and ...

Development of an In Vitro Ocular Platform to Test Contact Lenses

Development of an In Vitro Ocular Platform to Test Contact Lenses

Utveckling av en<em&gt; In Vitro</em&gt; Ögon plattformen Testa Kontaktlinser

Currently, in vitro evaluations of contact lenses (CLs) for drug delivery are typically performed in large volume vials,1-6 which fail to mimic ...

An In Vitro Organ Culture Model of the Murine Intervertebral Disc

An In Vitro Organ Culture Model of the Murine Intervertebral Disc

En<em&gt; In Vitro</em&gt; Organ Kultur Modell av murina mellankotskivan

Intervertebral disc (IVD) degeneration is a significant contributor to low back pain. The IVD is a fibrocartilaginous joint that serves to transmit and ...

Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System

Synthesis of Infectious Bacteriophages in an E. coli-based Cell-free Expression System

Syntesen av infektiös bakteriofager i en E. coli -baserade Cell-free uttryck systemet

A new generation of cell-free transcription-translation (TXTL) systems, engineered to have a greater versatility and modularity, provide novel ...

Advanced 3D Liver Models for In vitro Genotoxicity Testing Following Long-Term Nanomaterial Exposure

Avancerade 3D-levermodeller för in vitro-genotoxicitytestning efter långvarig nanomaterialexponering

Due to the rapid development and implementation of a diverse array of engineered nanomaterials (ENM), exposure to ENM is inevitable and the development of ...

Single-Cell Optical Action Potential Measurement in Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes

Encellig optisk åtgärd potentiell mätning hos mänskliga inducerade pluripotenta stamcellsbaserade kardiomyocyter

Conventional intracellular microelectrode techniques to quantify cardiomyocyte electrophysiology are extremely complex, labor intensive, and typically ...