Name: determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry
Uploaded: 2022-08-23T13:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Denne forskningen ble støttet av forsknings- og utviklingsfinansiering fra Aptagen LLC.

MERK: Figur 2 viser hovedtrinnene i ITC-eksperimentet for å bestemme den termodynamiske og kinetiske assosiasjonen til en DNA-aptamer og tetracyklin.
1. Klargjøring av prøver
MERK: Prøver for ITC må fremstilles i samme buffer for både aptamer og ligand for å unngå varmeutslipp forårsaket av blanding av forskjellige buffere fra prøvecellen og sprøyten. Dette oppnås vanligvis gjennom dialyse av alle materialer i...

<ol>
	<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands.">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346 (6287), 818-822 (1990).</li><li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment:+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249 (4968), 505-510 (1990).</li><li>Kim, S. H., Thoa, T. T. T., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aptasensors+for+environmental+monitoring+of+contaminants+in+water+and+soil.">Aptasensors for environmental monitoring of contaminants in water and soil.</a> Current Opinion in Environmental Science &amp; Health. 10, 9-21 (2019).</li><li>Dunn, M. R., Jimenez, R. M., Chaput, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+aptamer+discovery+and+technology.">Analysis of aptamer discovery and technology.</a> Nature Reviews Chemistry. 1, 0076 (2017).</li><li>Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SELEX--A+(r)evolutionary+method+to+generate+high-affinity+nucleic+acid+ligands.">SELEX--A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands.</a> Biomolecular Engineering. 24 (4), 381-403 (2007).</li><li>Wang, Y., Wang, G., Moitessier, N., Mittermaier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzyme+kinetics+by+isothermal+titration+calorimetry:+Allostery,+inhibition,+and+dynamics.">Enzyme kinetics by isothermal titration calorimetry: Allostery, inhibition, and dynamics.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 583826 (2020).</li><li>Velazquez-Campoy, A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+to+determine+association+constants+for+high-affinity+ligands.">Isothermal titration calorimetry to determine association constants for high-affinity ligands.</a> Nature Protocols. 1 (1), 186-191 (2006).</li><li>Niazi, J. H., Lee, S. J., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+aptamers+specific+for+antibiotics+tetracyclines.">Single-stranded DNA aptamers specific for antibiotics tetracyclines.</a> Bioorganic and Medicinal Chemistry. 16 (15), 7245-7253 (2008).</li><li>Kim, Y. J., Kim, Y. S., Niazi, J. H., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrochemical+aptasensor+for+tetracycline+detection.">Electrochemical aptasensor for tetracycline detection.</a> Bioprocess and Biosystems Engineering. 33 (1), 31-37 (2010).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+indirect+competitive+assay-based+aptasensor+for+highly+sensitive+detection+of+tetracycline+residue+in+honey.">Development of an indirect competitive assay-based aptasensor for highly sensitive detection of tetracycline residue in honey.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 57, 192-198 (2014).</li><li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+colorimetric+aptasensor+using+gold+nanoparticle+for+a+highly+sensitive+and+specific+detection+of+oxytetracycline.">A novel colorimetric aptasensor using gold nanoparticle for a highly sensitive and specific detection of oxytetracycline.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 26 (4), 1644-1649 (2010).</li><li>Thoa, T. T., Minagawa, N., Aigaki, T., Ito, Y., Uzawa, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+photosensitisation+processes+by+an+RNA+aptamer.">Regulation of photosensitisation processes by an RNA aptamer.</a> Scientific Reports. 7, 43272 (2017).</li><li>Horowitz, E. D., Lilavivat, S., Holladay, B. W., Germann, M. W., Hud, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solution+structure+and+thermodynamics+of+2',5'+RNA+intercalation.">Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation.</a> Journal of the American Chemical Society. 131 (16), 5831-5838 (2009).</li><li>Sigurskjold, B. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exact+analysis+of+competition+ligand+binding+by+displacement+isothermal+titration+calorimetry.">Exact analysis of competition ligand binding by displacement isothermal titration calorimetry.</a> Analytical Biochemistry. 277 (2), 260-266 (2000).</li><li>Neves, M. A. D., Slavkovic, S., Churcher, Z. R., Johnson, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salt-mediated+two-site+ligand+binding+by+the+cocaine-binding+aptamer.">Salt-mediated two-site ligand binding by the cocaine-binding aptamer.</a> Nucleic Acids Research. 45 (3), 1041-1048 (2017).</li><li>Turnbull, W. B., Daranas, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+value+of+c:+Can+low+affinity+systems+be+studied+by+isothermal+titration+calorimetry.">On the value of c: Can low affinity systems be studied by isothermal titration calorimetry.</a> Journal of the American Chemical Society. 125 (48), 14859-14866 (2003).</li><li>Van Ness, J., Van Ness, L. K., Galas, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+reactions+for+the+amplification+of+oligonucleotides.">Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (8), 4504-4509 (2003).</li></ol>

Metoden som presenteres her ble modifisert i henhold til instruksjon fra TA Instruments og er tilstrekkelig til å bestemme bindingsaffiniteten og termodynamikken til mange utvalgte aptamerer og mål ved vårt senter. Viktige trinn fra denne prosedyren inkluderer utveksling av bufferen for å ha et mål som samsvarer med liganden, kjøre prøver med riktige parametere og finne riktig bindingstilpasningsmodell for å analysere dataene. Kontinuerlig registrering av varmeutslipp krever eliminering av all støyvarme, for eks...

Aptamerer er ssDNA- eller RNA-fragmenter valgt gjennom en evolusjonsprosess med høy bindingsaffinitet og spesifisitet til de ønskede målene 1,2, som kan fungere som avanserte gjenkjenningselementer eller kjemiske antistoffer 3,4,5. Dermed spiller aptamerenes bindingsaffinitet og spesifisitet til deres mål en avgjørende rolle i valg og anvendelse av en aptamer, og isotermisk titreringskalorimetri (ITC) har blitt mye brukt til disse karakteriseringsformålene. Mange tilnærminger har blitt brukt til å bestemme affiniteten til aptamerer, inkludert ITC, overflateplasmonresonans (SPR), kolorimetrisk titrering, mikroskala termoforese (MST) og Bio-Layer Interferometry (BLI). Blant dem er ITC en av de nyeste teknikkene for å bestemme den termodynamiske og kinetiske assosiasjonen til to molekyler i løsningsfasen. Denne tilnærmingen utfører kontinuerlig titrering ved hjelp av etikettfrie molekyler og registrerer frigjort varme over tid på bindingshendelsene produsert ved hver titrering 6,7. I motsetning til andre metoder kan ITC tilby bindingsaffinitet, flere bindingssteder og termodynamisk og kinetisk assosiasjon (figur 1A). Fra disse innledende parametrene bestemmes Gibbs frie energiendringer og entropiendringer ved hjelp av følgende forhold:
ΔG = ΔH-TΔS
Det betyr at ITC tilbyr en komplett termodynamisk profil av den molekylære interaksjonen for å belyse bindingsmekanismene (figur 1B). Det er vanskelig å bestemme bindingsaffiniteten for små molekyler med aptamer på grunn av de drastisk forskjellige størrelsene mellom aptamer og mål. I mellomtiden kan ITC gi sensitiv måling uten merking og immobilisering av molekyler, noe som gir et middel til å holde den naturlige strukturen til aptameren og målet under målingen. Med de nevnte attributtene kan ITC brukes som standardmetode for karakterisering av binding mellom en aptamer og små mål.
Etter valg av Gu-gruppen ble denne aptameren integrert med forskjellige plattformer, inkludert elektrokjemiske aptamerbaserte biosensorer, en konkurransedyktig enzymbundet aptameranalyse og en mikrotiterplate som kan oppnå høy gjennomstrømningsdeteksjon av tetracyklin 8,9,10. Dens bindende egenskaper er imidlertid ikke belyst godt nok til å velge riktig plattform8; det er verdt å karakterisere bindingen av aptameren til tetracyklinen ved hjelp av ITC.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>5&#39;-CGTACGGAATTCG CTAGCCCCCCGGCAGGCCACGG 
			C TTGGGTTGGTCCCACTGCGCG 
			TGGATCCGAGCTCCAC GTG-3&#39;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies, Inc</td>
			<td></td>
			<td>The sequence is adopted from Gu&#39;s research, which has not identified Kd using ITC (refer references 8 and 9)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Affinity ITC Auto Low Volume (190 &#181;L) System Complete&#8211;Gold Cells</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>61000.901</td>
			<td>Isothermal titration calorimetry system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Avantor (VWR)</td>
			<td>E506-100ML</td>
			<td>Calcium chloride 1 M in aqueous solution, Biotechnology Grade, sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5417R</td>
			<td>The Eppendorf 5417R is unsurpassed in safety, reliability and ease-of-use. Very easy to maintain with a brushless motor that spins up to 16,400 RPM with maximum RCF up to 25,000 x g.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Complete Degassing Station (110/230V)</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>6326</td>
			<td>This degasser provides a self-contained stirring platform, vacuum chamber, vacuum port, temperature control and electronic timer for proper sample preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>TekNova</td>
			<td>E0375</td>
			<td>EDTA 500 mM, pH 7.5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop One Microvolume UV-Vis Spectrophotometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>ND-ONE-W</td>
			<td>UV-Vis Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanosep, Nanosep MF and NAB Centrifugal Devices</td>
			<td>Pall Laboratory</td>
			<td>OD030C34</td>
			<td>3 kDa molecular weight cutoff concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS pH 7.4</td>
			<td>IBI Scientific</td>
			<td>IB70165</td>
			<td>Buffer containing Sodium phosphate, Sodium chloride, Potassium phosphate, and Potassium chloride Ultra-Pure Grade Sterile filtered using 0.2 &#181;m filter. Autoclaved at 121 &#176;C for greater than 20 min.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Posi-Click 1.7 mL Large Cap Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>labForce (a Thomas Scientific Brand)</td>
			<td>1149K01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetracycline, Hydrochoride</td>
			<td>EMD Millipore Corperation</td>
			<td>CAS64-75-5</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry

Bestemmelsen av bindende affinitet og oppførsel mellom en aptamer og dens mål er det mest avgjørende trinnet i å velge og bruke en aptamer for anvendelse. På grunn av de drastiske forskjellene mellom aptamer og små molekyler, må forskere legge mye arbeid i å karakterisere deres bindingsegenskaper. Isotermisk titreringskalorimetri (ITC) er en kraftig tilnærming til dette formålet. ITC går utover å bestemme disassosiasjonskonstanter (Kd) og kan gi entalpiendringer og bindende støkiometri av samspillet mellom to molekyler i løsningsfasen. Denne tilnærmingen utfører kontinuerlig titrering ved hjelp av etikettfrie molekyler og registrerer frigjort varme over tid på bindingshendelsene produsert av hver titrering, slik at prosessen følsomt kan måle bindingen mellom makromolekyler og deres små mål. Her introduserer artikkelen en trinnvis prosedyre for ITC-måling av en valgt aptamer med et lite mål, tetracyklin. Dette eksemplet viser allsidigheten til teknikken og dens potensial for andre applikasjoner.

ITC gir en nøyaktig disassosiasjonskonstant (Kd), bindingsstøkiometrien og de termodynamiske parametrene for tomolekylære interaksjoner6. I dette eksemplet binder aptameren valgt av Kim et al.9,11 til tetracyklin med bindingsaffiniteter av K d 1 = 13 μM, Kd 2 = 53 nM. Interessant nok ble denne bindingen bestemt ved bruk av likevektsfiltreringsmetoden og en rapportert K<sub...

Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry

Denne protokollen beskriver bruken av isotermisk titreringskalorimetri (ITC) for å analysere assosiasjons- og dissosiasjonskinetikken til bindingen mellom en DNA-aptamer og tetracyklin, inkludert prøvepreparering, løpende standarder og prøver, og tolkning av de resulterende dataene.

Bestemme den termodynamiske og kinetiske assosiasjonen til en DNA-aptamer og tetracyklin ved bruk av isotermisk titreringskalorimetri

The determination of binding affinity and behavior between an aptamer and its target is the most crucial step in selecting and using an aptamer for ...

Denne protokollen gjør det mulig for forskere å bestemme bindingsaffinitetene til aptamerer mot mål som er fri i løsning, samtidig som de gir innsikt i bindingsmekanismen. Fordi ITC måler endringer i varme på grunn av binding, trenger verken aptamer eller ligand å merkes eller funksjonaliseres, slik tilfellet ville være for teknikker som SPR. Nye brukere bør være nøye med å matche buffere på tvers av alle bindingskomponenter.I tillegg må du være oppmerksom på at teknikken har høye prøvekrav som kan være vanskelig å oppfylle for større ligander som proteiner. For å begynne, aktiver membranen i dialysekolonnen, fyll med PBS-buffer, likevekt i 10 minutter ved romtemperatur og sentrifuge ved 5.000 ganger G i 15 minutter. Fjern bufferen og legg 500 mikroliter aptamerprøver i kolonnen.Sentrifuge ved 5.000 ganger G og gjenta den fire ganger for å bytte ut den opprinnelige bufferen for PBS. Samle dialysert DNA-aptamer ved hjelp av en pipette og overfør den til det nye 1,5 milliliter røret. Samle den siste gjennomstrømningsbufferen for å oppløse tetracyklin.Kontroller at bufferen for eksperimentet i sprøyten samsvarer med bufferen i referansecellen. Bestem aptamerkonsentrasjonen igjen ved hjelp av et UV-synlig spektrometer. Bruk den siste utvekslingsbufferen til å justere konsentrasjonen til 40-mikromolar tetracyklin og to-mikromolar aptamer.Brett DNA-aptameren ved oppvarming ved 90 grader Celsius i 10 minutter, avkjøling ved fire grader Celsius i 10 minutter, og deretter tilbake til romtemperatur i 20 minutter. Degas den brettede aptameren og dialysert tetracyklin ved hjelp av en avgassingsstasjon eller vakuumpumpe i 25 minutter for å eliminere oppløste gasser. Etter å ha ryddet opp og bekreftet maskinens renslighet, test maskinens nøyaktighet med et standardsett som inneholder EDTA og kalsiumklorid ved hjelp av standardprogrammet og følg instruksjonene fra produsenten.Sett opp de løpende parametrene. Kontroller de nødvendige volumene ved hjelp av en løpende programkalkulator. Med denne løpende parameteren, utfør ITC-måling med 230 mikroliter 40-mikromolar tetracyklin i ITC-sprøyten og 485 mikroliter to-mikromolar aptamer i ITC-prøvecellen ved hjelp av ITC.Legg de dialyserte tetracyklinsprøyteplatene og den brettede aptameren inn i prøvecellen, unngå bobler, ved hjelp av en pipette. Begynn å kjøre ITC-instrumentet ved å klikke på Start-knappen på programvaren. Åpne dataanalyseprogramvaren ved å dobbeltklikke for å begynne å analysere dataene.Åpne banen til de lagrede rådataene for å vite tendensen til binding. Åpne kategorien Modellering, og bruk forskjellige bindingsmodeller for å finne den beste tilpasningen for datakurven. Deretter beregner programvaren automatisk ITC-termogrammet og forskjellige termodynamiske parametere, inkludert entalpi, entropi, fri energi, likevektsbindingskonstant og støkiometri.Samle de termodynamiske parametrene bestemt fra dataene og tilpasningsmodellinformasjonen. Opprett en rapport med bilder av ITC-termogrammet og ulike termodynamiske parametere. Aptameren valgt av Kim, et al binder seg til tetracyklin med bindingsaffiniteter av disassosiasjonskonstant en lik 13 mikromolar og disassosiasjonskonstant to er lik 53 nanomolar.Tilpasningsmodellen og støkiometrien fra ITC gjenspeiler at aptameren binder seg til tetracyklin gjennom et 2:1-bindingsforhold med sekvensiell bindingsmodell. De termodynamiske parametrene bestemt av ITC-måling for sted to indikerte at entalpi som overvinner relativt betydelig entropisk tap, driver den sterke bindingen. Den entalpidrevne bindingen med entropitap relaterer seg til nukleinsyrekonformasjonsendringer, som har blitt rapportert som bindingsadferd mellom RNA og et lite molekyl.Aptameren og liganden må være i samme buffer. Aptameren skal foldes på nytt hvis den utvikles med refolding, og prøver må avgasses. Å adressere disse hensynene vil sikre at bare aptamer-ligand-interaksjoner bidrar til det målte signalet.På grunn av størrelsen på aptamermålet kan en egnet oppfølgingsmetode være mikroskala termoforese for å bekrefte den målte bindingsaffiniteten som er fri i oppløsningen.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Mapping the Binding Site of an Aptamer on ATP Using MicroScale Thermophoresis

Kartlegging av bindingssetet på en Aptamer på ATP Bruke mikro termodiffusjon

Characterization of molecular interactions in terms of basic binding parameters such as binding affinity, stoichiometry, and thermodynamics is an ...

Differential Scanning Calorimetry &#8212; A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Differential Scanning Calorimetry ÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Differential Scanning Calorimetry - En metode for å vurdere termisk stabilitet og konformasjon av Protein Antigen

Differential scanning calorimetry (DSC) is an analytical technique that measures the molar heat capacity of samples as a function of temperature. In the ...

Detection and Visualization of DNA Damage-induced Protein Complexes in Suspension Cell Cultures Using the Proximity Ligation Assay

Deteksjon og visualisering av DNA-skadeinducerte proteinkomplekser i suspensjoncellekulturer ved bruk av næringslysanalysen

The DNA damage response orchestrates the repair of DNA lesions that occur spontaneously, are caused by genotoxic stress, or appear in the context of ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

Multiplex isotermiske forsterkning basert diagnostiske plattform for å oppdage Zika Chikungunya og Dengue 1

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

Determining if DNA Stained with a Cyanine Dye Can Be Digested with Restriction Enzymes

Å avgjøre hvis DNA farget med en Cyanine Dye kan bli fordøyd med begrensning enzymer

Visualization of DNA for fluorescence microscopy utilizes a variety of dyes such as cyanine dyes. These dyes are utilized due to their high affinity and ...

Titration ELISA as a Method to Determine the Dissociation Constant of Receptor Ligand Interaction

Titrering ELISA som metode for å bestemme dissosiasjon konstant reseptor Ligand interaksjon

The dissociation constant describes the interaction between two partners in the binding equilibrium and is a measure of their affinity. It is a crucial ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Korrekturlesing og DNA reparasjon analysen Single nukleotid forlengelse og MALDI-TOF massespektrometri analyse

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Anaerobic Protein Purification and Kinetic Analysis via Oxygen Electrode for Studying DesB Dioxygenase Activity and Inhibition

Anaerob Protein rensing og kinetisk analyse via oksygen elektrode for å studere DesB Dioxygenase aktivitet og hemming

Oxygen-sensitive proteins, including those enzymes which utilize oxygen as a substrate, can have reduced stability when purified using traditional aerobic ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Høy følsomhet måling av transkripsjon faktor-DNA Binding slektskap av konkurransedyktige titrering bruker fluorescens mikroskopi

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...