Name: determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry
Uploaded: 2022-08-23T13:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Denna forskning stöddes av forsknings- och utvecklingsfinansieringen från Aptagen LLC.

OBS: Figur 2 visar huvudstegen i ITC-experimentet för att bestämma den termodynamiska och kinetiska föreningen av en DNA-aptamer och tetracyklin.
1. Beredning av prover
OBS: Prover för ITC måste beredas i samma buffert för både aptamer och ligand för att undvika värmeavgivning orsakad av blandning av olika buffertar från provcellen och sprutan. Detta uppnås vanligtvis genom dialys av alla material i samma buffe...

<ol>
	<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands.">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346 (6287), 818-822 (1990).</li><li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment:+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249 (4968), 505-510 (1990).</li><li>Kim, S. H., Thoa, T. T. T., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aptasensors+for+environmental+monitoring+of+contaminants+in+water+and+soil.">Aptasensors for environmental monitoring of contaminants in water and soil.</a> Current Opinion in Environmental Science &amp; Health. 10, 9-21 (2019).</li><li>Dunn, M. R., Jimenez, R. M., Chaput, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+aptamer+discovery+and+technology.">Analysis of aptamer discovery and technology.</a> Nature Reviews Chemistry. 1, 0076 (2017).</li><li>Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SELEX--A+(r)evolutionary+method+to+generate+high-affinity+nucleic+acid+ligands.">SELEX--A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands.</a> Biomolecular Engineering. 24 (4), 381-403 (2007).</li><li>Wang, Y., Wang, G., Moitessier, N., Mittermaier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzyme+kinetics+by+isothermal+titration+calorimetry:+Allostery,+inhibition,+and+dynamics.">Enzyme kinetics by isothermal titration calorimetry: Allostery, inhibition, and dynamics.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 583826 (2020).</li><li>Velazquez-Campoy, A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+to+determine+association+constants+for+high-affinity+ligands.">Isothermal titration calorimetry to determine association constants for high-affinity ligands.</a> Nature Protocols. 1 (1), 186-191 (2006).</li><li>Niazi, J. H., Lee, S. J., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+aptamers+specific+for+antibiotics+tetracyclines.">Single-stranded DNA aptamers specific for antibiotics tetracyclines.</a> Bioorganic and Medicinal Chemistry. 16 (15), 7245-7253 (2008).</li><li>Kim, Y. J., Kim, Y. S., Niazi, J. H., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrochemical+aptasensor+for+tetracycline+detection.">Electrochemical aptasensor for tetracycline detection.</a> Bioprocess and Biosystems Engineering. 33 (1), 31-37 (2010).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+indirect+competitive+assay-based+aptasensor+for+highly+sensitive+detection+of+tetracycline+residue+in+honey.">Development of an indirect competitive assay-based aptasensor for highly sensitive detection of tetracycline residue in honey.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 57, 192-198 (2014).</li><li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+colorimetric+aptasensor+using+gold+nanoparticle+for+a+highly+sensitive+and+specific+detection+of+oxytetracycline.">A novel colorimetric aptasensor using gold nanoparticle for a highly sensitive and specific detection of oxytetracycline.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 26 (4), 1644-1649 (2010).</li><li>Thoa, T. T., Minagawa, N., Aigaki, T., Ito, Y., Uzawa, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+photosensitisation+processes+by+an+RNA+aptamer.">Regulation of photosensitisation processes by an RNA aptamer.</a> Scientific Reports. 7, 43272 (2017).</li><li>Horowitz, E. D., Lilavivat, S., Holladay, B. W., Germann, M. W., Hud, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solution+structure+and+thermodynamics+of+2',5'+RNA+intercalation.">Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation.</a> Journal of the American Chemical Society. 131 (16), 5831-5838 (2009).</li><li>Sigurskjold, B. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exact+analysis+of+competition+ligand+binding+by+displacement+isothermal+titration+calorimetry.">Exact analysis of competition ligand binding by displacement isothermal titration calorimetry.</a> Analytical Biochemistry. 277 (2), 260-266 (2000).</li><li>Neves, M. A. D., Slavkovic, S., Churcher, Z. R., Johnson, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salt-mediated+two-site+ligand+binding+by+the+cocaine-binding+aptamer.">Salt-mediated two-site ligand binding by the cocaine-binding aptamer.</a> Nucleic Acids Research. 45 (3), 1041-1048 (2017).</li><li>Turnbull, W. B., Daranas, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+value+of+c:+Can+low+affinity+systems+be+studied+by+isothermal+titration+calorimetry.">On the value of c: Can low affinity systems be studied by isothermal titration calorimetry.</a> Journal of the American Chemical Society. 125 (48), 14859-14866 (2003).</li><li>Van Ness, J., Van Ness, L. K., Galas, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+reactions+for+the+amplification+of+oligonucleotides.">Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (8), 4504-4509 (2003).</li></ol>

Metoden som presenteras här modifierades enligt instruktioner från TA Instruments och är tillräcklig för att bestämma bindningsaffiniteten och termodynamiken hos många utvalda aptamerer och mål i vårt centrum. Viktiga steg från denna procedur inkluderar att utbyta bufferten för att ha ett mål som matchar liganden, köra prover med rätt parametrar och hitta lämplig bindningspassningsmodell för att analysera data. Kontinuerlig registrering av värmeavgivning kräver att all bullervärme elimineras, till exem...

Aptamers är ssDNA- eller RNA-fragment utvalda genom en evolutionsprocess med hög bindningsaffinitet och specificitet till de önskade målen 1,2, som kan fungera som avancerade igenkänningselement eller kemiska antikroppar 3,4,5. Således spelar aptamers bindande affinitet och specificitet till sina mål en avgörande roll vid valet och tillämpningen av en aptamer, och isotermisk titreringskalorimetri (ITC) har använts i stor utsträckning för dessa karakteriseringsändamål. Många metoder har använts för att bestämma affiniteten hos aptamerer, inklusive ITC, ytplasmonresonans (SPR), kolorimetrisk titrering, termofores i mikroskala (MST) och bioskiktsinterferometri (BLI). Bland dem är ITC en av de senaste teknikerna för att bestämma den termodynamiska och kinetiska föreningen av två molekyler i lösningsfasen. Detta tillvägagångssätt utför kontinuerlig titrering med hjälp av etikettfria molekyler och registrerar frigjord värme över tiden vid de bindningshändelser som produceras av varje titrering 6,7. Till skillnad från andra metoder kan ITC erbjuda bindningsaffinitet, flera bindningsställen och termodynamisk och kinetisk association (figur 1A). Från dessa initiala parametrar bestäms Gibbs fria energiförändringar och entropiförändringar med hjälp av följande förhållande:
ΔG = ΔH-TΔS
Det betyder att ITC erbjuder en komplett termodynamisk profil för den molekylära interaktionen för att belysa bindningsmekanismerna (figur 1B). Att bestämma bindningsaffiniteten för små molekyler med en aptamer är svårt på grund av de drastiskt olika storlekarna mellan aptamer och mål. Under tiden kan ITC tillhandahålla känslig mätning utan märkning och immobiliserande molekyler, vilket ger ett sätt att hålla den naturliga strukturen hos aptameren och målet under mätningen. Med de nämnda attributen kan ITC användas som standardmetod för karakterisering av bindning mellan en aptamer och små mål.
Efter selektion av Gu-gruppen integrerades denna aptamer med olika plattformar, inklusive elektrokemiska aptamerbaserade biosensorer, en konkurrenskraftig enzymbunden aptameranalys och en mikrotiterplatta, som kan uppnå högkapacitetsdetektering av tetracyklin 8,9,10. Dess bindande egenskaper har dock inte belysts tillräckligt bra för att välja rätt plattform8; det är värt att karakterisera bindningen av aptameren till tetracyklin med hjälp av ITC.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>5&#39;-CGTACGGAATTCG CTAGCCCCCCGGCAGGCCACGG 
			C TTGGGTTGGTCCCACTGCGCG 
			TGGATCCGAGCTCCAC GTG-3&#39;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies, Inc</td>
			<td></td>
			<td>The sequence is adopted from Gu&#39;s research, which has not identified Kd using ITC (refer references 8 and 9)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Affinity ITC Auto Low Volume (190 &#181;L) System Complete&#8211;Gold Cells</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>61000.901</td>
			<td>Isothermal titration calorimetry system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Avantor (VWR)</td>
			<td>E506-100ML</td>
			<td>Calcium chloride 1 M in aqueous solution, Biotechnology Grade, sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5417R</td>
			<td>The Eppendorf 5417R is unsurpassed in safety, reliability and ease-of-use. Very easy to maintain with a brushless motor that spins up to 16,400 RPM with maximum RCF up to 25,000 x g.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Complete Degassing Station (110/230V)</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>6326</td>
			<td>This degasser provides a self-contained stirring platform, vacuum chamber, vacuum port, temperature control and electronic timer for proper sample preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>TekNova</td>
			<td>E0375</td>
			<td>EDTA 500 mM, pH 7.5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop One Microvolume UV-Vis Spectrophotometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>ND-ONE-W</td>
			<td>UV-Vis Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanosep, Nanosep MF and NAB Centrifugal Devices</td>
			<td>Pall Laboratory</td>
			<td>OD030C34</td>
			<td>3 kDa molecular weight cutoff concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS pH 7.4</td>
			<td>IBI Scientific</td>
			<td>IB70165</td>
			<td>Buffer containing Sodium phosphate, Sodium chloride, Potassium phosphate, and Potassium chloride Ultra-Pure Grade Sterile filtered using 0.2 &#181;m filter. Autoclaved at 121 &#176;C for greater than 20 min.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Posi-Click 1.7 mL Large Cap Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>labForce (a Thomas Scientific Brand)</td>
			<td>1149K01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetracycline, Hydrochoride</td>
			<td>EMD Millipore Corperation</td>
			<td>CAS64-75-5</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry

Bestämningen av bindande affinitet och beteende mellan en aptamer och dess mål är det viktigaste steget i att välja och använda en aptamer för applikation. På grund av de drastiska skillnaderna mellan aptameren och små molekyler måste forskare lägga mycket ansträngning på att karakterisera deras bindande egenskaper. Isotermisk titreringskalorimetri (ITC) är ett kraftfullt tillvägagångssätt för detta ändamål. ITC går utöver att bestämma disassociationskonstanter (Kd) och kan ge entalpiförändringar och bindande stökiometri av interaktionen mellan två molekyler i lösningsfasen. Detta tillvägagångssätt utför kontinuerlig titrering med hjälp av etikettfria molekyler och registrerar frigjord värme över tiden vid bindningshändelserna som produceras av varje titrering, så att processen känsligt kan mäta bindningen mellan makromolekyler och deras små mål. Häri introducerar artikeln en steg-för-steg-procedur för ITC-mätning av en vald aptamer med ett litet mål, tetracyklin. Detta exempel bevisar teknikens mångsidighet och dess potential för andra applikationer.

ITC ger en exakt disassociationskonstant (Kd), bindningsstökiometrin och de termodynamiska parametrarna för tvåmolekylsinteraktioner6. I detta exempel binder aptameren vald av Kim et al.9,11 till tetracyklin med bindningsaffiniteter av K d 1 = 13 μM, Kd 2 = 53 nM. Intressant nog bestämdes denna bindning med användning av jämviktsfiltreringsmetoden och en rapporterad K<s...

Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry

Detta protokoll beskriver användningen av isotermisk titreringskalorimetri (ITC) för att analysera associerings- och dissociationskinetiken för bindningen mellan en DNA-aptamer och tetracyklin, inklusive provberedning, körstandarder och prover och tolkning av resulterande data.

Bestämning av den termodynamiska och kinetiska föreningen av en DNA-aptamer och tetracyklin med användning av isotermisk titreringskalorimetri

The determination of binding affinity and behavior between an aptamer and its target is the most crucial step in selecting and using an aptamer for ...

Detta protokoll gör det möjligt för forskare att bestämma bindningsaffiniteterna hos aptamerer mot mål som är fria i lösning, samtidigt som de ger insikt i bindningsmekanismen. Eftersom ITC mäter värmeförändringar på grund av bindning behöver varken aptamer eller ligand märkas eller funktionaliseras, vilket skulle vara fallet för tekniker som SPR. Nya användare bör ägna stor uppmärksamhet åt matchande buffertar för alla bindningskomponenter.Var dessutom medveten om att tekniken har höga provkrav som kan vara svåra att uppfylla för större ligander som proteiner. För att börja, aktivera membranet i dialyskolonnen, fyll med PBS-buffert, balansera i 10 minuter vid rumstemperatur och centrifugera vid 5 000 gånger G i 15 minuter. Ta bort bufferten och ladda 500 mikroliter aptamerprover i kolonnen.Centrifugera vid 5 000 gånger G och upprepa det fyra gånger för att byta ut den ursprungliga bufferten mot PBS. Samla den dialyserade DNA-aptameren med en pipett och överför den till det nya 1,5-milliliterröret. Samla den sista genomströmningsbufferten för att lösa upp tetracyklin.Se till att bufferten för experimentet i sprutan matchar bufferten i referenscellen. Bestäm aptamerkoncentrationen igen med hjälp av en UV-synlig spektrometer. Använd den sista utbytesbufferten för att justera koncentrationen till 40-mikromolärt tetracyklin och två-mikromolär aptamer.Vik DNA-aptameren genom att värma vid 90 grader Celsius i 10 minuter, kyla vid fyra grader Celsius i 10 minuter och återgå sedan till rumstemperatur i 20 minuter. Avgasa den vikta aptameren och dialyserat tetracyklin med hjälp av en avgasningsstation eller vakuumpump i 25 minuter för att eliminera upplösta gaser. Efter rengöring och bekräftelse av maskinens renhet, testa maskinens noggrannhet med ett standardpaket som innehåller EDTA och kalciumklorid med standardprogrammet och följ instruktionerna från tillverkaren.Ställ in körparametrarna. Kontrollera de önskade volymerna med hjälp av en löpande programkalkylator. Med denna löpande parameter, utför ITC-mätning med 230 mikroliter 40-mikromolärt tetracyklin i ITC-sprutan och 485 mikroliter två-mikromolär aptamer i ITC-provcellen med hjälp av ITC.Ladda de dialyserade tetracyklinsprutplattorna och den vikta aptameren i provcellen och undvik bubblor med hjälp av en pipett. Börja köra ITC-instrumentet genom att klicka på Start-knappen på programvaran. Öppna dataanalysprogramvaran genom att dubbelklicka för att börja analysera data.Öppna sökvägen till sparade rådata för att känna till tendensen att binda. Öppna fliken Modellering och använd olika bindningsmodeller för att hitta den bästa passformen för datakurvan. Därefter beräknar programvaran automatiskt ITC-termogrammet och olika termodynamiska parametrar, inklusive entalpi, entropi, fri energi, jämviktsbindningskonstant och stökiometri.Samla in de termodynamiska parametrarna som bestäms utifrån data och anpassningsmodellinformation. Skapa en rapport med bilder av ITC-termogrammet och olika termodynamiska parametrar. Aptameren vald av Kim, et al binder till tetracyklin med bindande affiniteter av disassociationskonstant en är lika med 13 mikromolar och disassociationskonstant två är lika med 53 nanomolar.Monteringsmodellen och stökiometrin från ITC återspeglar att aptameren binder till tetracyklin genom ett 2: 1-bindningsförhållande med den sekventiella bindningsmodellen. De termodynamiska parametrarna som bestämdes genom ITC-mätning för plats två indikerade att entalpi som övervinner relativt signifikant entropisk förlust driver den starka bindningen. Den entalpidrivna bindningen med entropiförlust avser nukleinsyrakonformationsförändringar, som har rapporterats som bindningsbeteenden mellan RNA och en liten molekyl.Aptamer och ligand måste vara i samma buffert. Aptameren ska vikas om den utvecklas med omveckning, och proverna måste avgasas. Genom att ta itu med dessa överväganden säkerställs att endast interaktioner mellan aptamer och ligand bidrar till den uppmätta signalen.På grund av aptamermålets storlek kan en lämplig uppföljningsmetod vara termofores i mikroskala för att bekräfta den uppmätta bindningsaffiniteten fri i lösningen.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Mapping the Binding Site of an Aptamer on ATP Using MicroScale Thermophoresis

Kartläggning av bindningsstället för en aptamer på ATP Använda Micro Thermophoresis

Characterization of molecular interactions in terms of basic binding parameters such as binding affinity, stoichiometry, and thermodynamics is an ...

Differential Scanning Calorimetry &#8212; A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Differential Scanning Calorimetry ÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Differential Scanning Calorimetry - en metod för bedömning av termisk stabilitet och konformationen av proteinantigen

Differential scanning calorimetry (DSC) is an analytical technique that measures the molar heat capacity of samples as a function of temperature. In the ...

Detection and Visualization of DNA Damage-induced Protein Complexes in Suspension Cell Cultures Using the Proximity Ligation Assay

Detektion och visualisering av DNA-skada-inducerad proteinkomplex i suspensionscellkulturer med användning av Proximity Ligation Assay

The DNA damage response orchestrates the repair of DNA lesions that occur spontaneously, are caused by genotoxic stress, or appear in the context of ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

Multiplexade isotermiska förstärkning baserat diagnostiska plattform för att upptäcka Zika, Chikungunya och Dengue 1

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

Determining if DNA Stained with a Cyanine Dye Can Be Digested with Restriction Enzymes

Att avgöra om DNA färgas med en cyanin färgämne kan smältas med restriktionsenzym

Visualization of DNA for fluorescence microscopy utilizes a variety of dyes such as cyanine dyes. These dyes are utilized due to their high affinity and ...

Titration ELISA as a Method to Determine the Dissociation Constant of Receptor Ligand Interaction

Titrering ELISA som en metod för att bestämma konstanten Dissociation av Receptor Ligand interaktion

The dissociation constant describes the interaction between two partners in the binding equilibrium and is a measure of their affinity. It is a crucial ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Korrekturläsning och DNA reparation Assay använder Single Nucleotide förlängning och MALDI-TOF-masspektrometri.

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Anaerobic Protein Purification and Kinetic Analysis via Oxygen Electrode for Studying DesB Dioxygenase Activity and Inhibition

Anaerob Protein rening och kinetiska analys via syre elektrod för att studera DesB dioxygenas aktivitet och hämning

Oxygen-sensitive proteins, including those enzymes which utilize oxygen as a substrate, can have reduced stability when purified using traditional aerobic ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Hög känslighet mätning av transkription faktorn-DNA bindande samhörighet genom konkurrenskraftiga titrering med fluorescensmikroskopi

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...