Name: determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry
Uploaded: 2022-08-23T13:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Bu araştırma, Aptagen LLC'nin Araştırma ve Geliştirme Fonu tarafından desteklenmiştir.

NOT: Şekil 2 , bir DNA aptamer ve tetrasiklinin termodinamik ve kinetik ilişkisini belirlemek için ITC deneyinin ana adımlarını göstermektedir.
1. Numunelerin hazırlanması
NOT: ITC numunelerinin, numune hücresinden ve şırıngadan farklı tamponların karıştırılmasından kaynaklanan ısı salınımını önlemek için hem aptamer hem de ligand için aynı tamponda hazırlanması gerekir. Bu tipik olarak tü...

<ol>
	<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands.">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346 (6287), 818-822 (1990).</li><li>Tuerk, C., Gold, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evolution+of+ligands+by+exponential+enrichment:+RNA+ligands+to+bacteriophage+T4+DNA+polymerase.">Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase.</a> Science. 249 (4968), 505-510 (1990).</li><li>Kim, S. H., Thoa, T. T. T., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aptasensors+for+environmental+monitoring+of+contaminants+in+water+and+soil.">Aptasensors for environmental monitoring of contaminants in water and soil.</a> Current Opinion in Environmental Science &amp; Health. 10, 9-21 (2019).</li><li>Dunn, M. R., Jimenez, R. M., Chaput, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+aptamer+discovery+and+technology.">Analysis of aptamer discovery and technology.</a> Nature Reviews Chemistry. 1, 0076 (2017).</li><li>Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SELEX--A+(r)evolutionary+method+to+generate+high-affinity+nucleic+acid+ligands.">SELEX--A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands.</a> Biomolecular Engineering. 24 (4), 381-403 (2007).</li><li>Wang, Y., Wang, G., Moitessier, N., Mittermaier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enzyme+kinetics+by+isothermal+titration+calorimetry:+Allostery,+inhibition,+and+dynamics.">Enzyme kinetics by isothermal titration calorimetry: Allostery, inhibition, and dynamics.</a> Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 583826 (2020).</li><li>Velazquez-Campoy, A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+to+determine+association+constants+for+high-affinity+ligands.">Isothermal titration calorimetry to determine association constants for high-affinity ligands.</a> Nature Protocols. 1 (1), 186-191 (2006).</li><li>Niazi, J. H., Lee, S. J., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-stranded+DNA+aptamers+specific+for+antibiotics+tetracyclines.">Single-stranded DNA aptamers specific for antibiotics tetracyclines.</a> Bioorganic and Medicinal Chemistry. 16 (15), 7245-7253 (2008).</li><li>Kim, Y. J., Kim, Y. S., Niazi, J. H., Gu, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Electrochemical+aptasensor+for+tetracycline+detection.">Electrochemical aptasensor for tetracycline detection.</a> Bioprocess and Biosystems Engineering. 33 (1), 31-37 (2010).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+indirect+competitive+assay-based+aptasensor+for+highly+sensitive+detection+of+tetracycline+residue+in+honey.">Development of an indirect competitive assay-based aptasensor for highly sensitive detection of tetracycline residue in honey.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 57, 192-198 (2014).</li><li>Kim, Y. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+colorimetric+aptasensor+using+gold+nanoparticle+for+a+highly+sensitive+and+specific+detection+of+oxytetracycline.">A novel colorimetric aptasensor using gold nanoparticle for a highly sensitive and specific detection of oxytetracycline.</a> Biosensors &amp; Bioelectronics. 26 (4), 1644-1649 (2010).</li><li>Thoa, T. T., Minagawa, N., Aigaki, T., Ito, Y., Uzawa, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+photosensitisation+processes+by+an+RNA+aptamer.">Regulation of photosensitisation processes by an RNA aptamer.</a> Scientific Reports. 7, 43272 (2017).</li><li>Horowitz, E. D., Lilavivat, S., Holladay, B. W., Germann, M. W., Hud, N. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solution+structure+and+thermodynamics+of+2',5'+RNA+intercalation.">Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation.</a> Journal of the American Chemical Society. 131 (16), 5831-5838 (2009).</li><li>Sigurskjold, B. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exact+analysis+of+competition+ligand+binding+by+displacement+isothermal+titration+calorimetry.">Exact analysis of competition ligand binding by displacement isothermal titration calorimetry.</a> Analytical Biochemistry. 277 (2), 260-266 (2000).</li><li>Neves, M. A. D., Slavkovic, S., Churcher, Z. R., Johnson, P. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Salt-mediated+two-site+ligand+binding+by+the+cocaine-binding+aptamer.">Salt-mediated two-site ligand binding by the cocaine-binding aptamer.</a> Nucleic Acids Research. 45 (3), 1041-1048 (2017).</li><li>Turnbull, W. B., Daranas, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+value+of+c:+Can+low+affinity+systems+be+studied+by+isothermal+titration+calorimetry.">On the value of c: Can low affinity systems be studied by isothermal titration calorimetry.</a> Journal of the American Chemical Society. 125 (48), 14859-14866 (2003).</li><li>Van Ness, J., Van Ness, L. K., Galas, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+reactions+for+the+amplification+of+oligonucleotides.">Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (8), 4504-4509 (2003).</li></ol>

Burada sunulan yöntem TA Instruments'ın talimatına göre modifiye edilmiştir ve merkezimizde seçilen birçok aptamer ve hedefin bağlanma afinitesini ve termodinamiğini belirlemek için yeterlidir. Bu yordamın önemli adımları, arabelleğin ligandla eşleşen bir hedefe sahip olacak şekilde değiştirilmesini, numunelerin uygun parametrelerle çalıştırılmasını ve verileri analiz etmek için uygun bağlama uydurma modelinin bulunmasını içerir. Isı salınımının sürekli kaydedilmesi, tamponun uyumsuz...

Aptamerler, gelişmiş tanıma elementleri veya kimyasal antikorlar 3,4,5 olarak çalışabilen, istenen hedeflere 1,2 yüksek bağlanma afinitesi ve özgüllüğü olan bir evrim süreci ile seçilen ssDNA veya RNA fragmanlarıdır. Bu nedenle, aptamerlerin hedeflerine bağlanma afinitesi ve özgüllüğü, bir aptamer seçiminde ve uygulanmasında çok önemli bir rol oynamaktadır ve İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC) bu karakterizasyon amaçları için yaygın olarak kullanılmaktadır. Apatimerlerin afinitesini belirlemek için ITC, yüzey plazmon rezonansı (SPR), kolorimetrik titrasyon, mikro ölçekli termoforez (MST) ve Biyo-Katman İnterferometrisi (BLI) dahil olmak üzere birçok yaklaşım kullanılmıştır. Bunlar arasında ITC, çözelti fazındaki iki molekülün termodinamik ve kinetik ilişkisini belirlemek için en son tekniklerden biridir. Bu yaklaşım, etiketsiz moleküller kullanarak sürekli titrasyon gerçekleştirir ve her bir titrasyon 6,7 tarafından üretilen bağlanma olaylarına zaman içinde salınan ısıyı kaydeder. Diğer yöntemlerden farklı olarak, ITC bağlanma afinitesi, çeşitli bağlanma bölgeleri ve termodinamik ve kinetik ilişki sunabilir (Şekil 1A). Bu başlangıç parametrelerinden, Gibbs serbest enerji değişimleri ve entropi değişimleri aşağıdaki ilişki kullanılarak belirlenir:
ΔG = ΔH-TΔS
Bu, ITC'nin bağlanma mekanizmalarını aydınlatmak için moleküler etkileşimin tam bir termodinamik profilini sunduğu anlamına gelir (Şekil 1B). Bir aptamer ile küçük moleküller için bağlanma afinitesini belirlemek, aptamer ve hedef arasındaki büyük ölçüde farklı boyutlar nedeniyle zordur. Bu arada, ITC, molekülleri etiketlemeden ve hareketsiz hale getirmeden hassas ölçüm sağlayabilir, bu da ölçüm sırasında aptamer ve hedefin doğal yapısını korumanın bir yolunu sağlar. Bahsedilen özelliklerle ITC, bir aptamer ve küçük hedefler arasındaki bağlanmanın karakterizasyonu için standart yöntem olarak kullanılabilir.
Gu grubu tarafından seçildikten sonra, bu aptamer elektrokimyasal aptamer bazlı biyosensörler, rekabetçi bir enzime bağlı aptamer testi ve tetrasiklin 8,9,10'un yüksek verimli tespitini sağlayabilen bir mikrotitre plakası dahil olmak üzere farklı platformlarla entegre edildi. Bununla birlikte, bağlayıcı özellikleri, uygun platform8'i seçmek için yeterince iyi aydınlatılmamıştır; aptamerin ITC kullanarak tetrasiklin ile bağlanmasını karakterize etmeye değer.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>5&#39;-CGTACGGAATTCG CTAGCCCCCCGGCAGGCCACGG 
			C TTGGGTTGGTCCCACTGCGCG 
			TGGATCCGAGCTCCAC GTG-3&#39;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies, Inc</td>
			<td></td>
			<td>The sequence is adopted from Gu&#39;s research, which has not identified Kd using ITC (refer references 8 and 9)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Affinity ITC Auto Low Volume (190 &#181;L) System Complete&#8211;Gold Cells</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>61000.901</td>
			<td>Isothermal titration calorimetry system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2</td>
			<td>Avantor (VWR)</td>
			<td>E506-100ML</td>
			<td>Calcium chloride 1 M in aqueous solution, Biotechnology Grade, sterile</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5417R</td>
			<td>The Eppendorf 5417R is unsurpassed in safety, reliability and ease-of-use. Very easy to maintain with a brushless motor that spins up to 16,400 RPM with maximum RCF up to 25,000 x g.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Complete Degassing Station (110/230V)</td>
			<td>TA Instruments</td>
			<td>6326</td>
			<td>This degasser provides a self-contained stirring platform, vacuum chamber, vacuum port, temperature control and electronic timer for proper sample preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>TekNova</td>
			<td>E0375</td>
			<td>EDTA 500 mM, pH 7.5</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NanoDrop One Microvolume UV-Vis Spectrophotometer</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>ND-ONE-W</td>
			<td>UV-Vis Spectrophotometer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanosep, Nanosep MF and NAB Centrifugal Devices</td>
			<td>Pall Laboratory</td>
			<td>OD030C34</td>
			<td>3 kDa molecular weight cutoff concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS pH 7.4</td>
			<td>IBI Scientific</td>
			<td>IB70165</td>
			<td>Buffer containing Sodium phosphate, Sodium chloride, Potassium phosphate, and Potassium chloride Ultra-Pure Grade Sterile filtered using 0.2 &#181;m filter. Autoclaved at 121 &#176;C for greater than 20 min.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Posi-Click 1.7 mL Large Cap Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>labForce (a Thomas Scientific Brand)</td>
			<td>1149K01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetracycline, Hydrochoride</td>
			<td>EMD Millipore Corperation</td>
			<td>CAS64-75-5</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determining the thermodynamic and kinetic association of a dna aptamer and tetracycline using isothermal titration calorimetry

Bir aptamer ile hedefi arasındaki bağlanma afinitesinin ve davranışının belirlenmesi, uygulama için bir aptamer seçilmesinde ve kullanılmasında en önemli adımdır. Aptamer ve küçük moleküller arasındaki ciddi farklılıklar nedeniyle, bilim adamlarının bağlanma özelliklerini karakterize etmek için çok çaba sarf etmeleri gerekir. İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC) bu amaç için güçlü bir yaklaşımdır. ITC, ayrışma sabitlerini (Kd) belirlemenin ötesine geçer ve çözelti fazındaki iki molekül arasındaki etkileşimin entalpi değişikliklerini ve bağlanma stokiyometrisini sağlayabilir. Bu yaklaşım, etiketsiz moleküller kullanarak sürekli titrasyon gerçekleştirir ve her bir titrasyonun ürettiği bağlanma olaylarına zaman içinde salınan ısıyı kaydeder, böylece süreç makromoleküller ile küçük hedefleri arasındaki bağlanmayı hassas bir şekilde ölçebilir. Bu makalede, küçük bir hedef olan tetrasiklin ile seçilen bir aptamerin ITC ölçümünün adım adım prosedürü tanıtılmaktadır. Bu örnek, tekniğin çok yönlülüğünü ve diğer uygulamalar için potansiyelini kanıtlamaktadır.

ITC, doğru bir ayrışma sabiti (Kd), bağlanma stokiyometrisi ve iki moleküllü etkileşimlerin termodinamik parametrelerinisağlar 6. Bu örnekte, Kim ve ark.9,11 tarafından seçilen aptamer, tetrasiklin ile K d 1 = 13 μM, Kd 2 = 53 nm bağlanma afiniteleri ile bağlanır. İlginç bir şekilde, bu bağlanma, denge filtrasyon yöntemi ve uygun bağlanma bölgesinden (site 2)...

Watch this Scientific Journal Video about Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry at JoVE.com

Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry

Bu protokol, numune hazırlama, çalışma standartları ve numuneler dahil olmak üzere bir DNA aptamer ve tetrasiklin arasındaki bağlanmanın ilişkisini ve ayrışma kinetiğini analiz etmek için İzotermal Titrasyon Kalorimetrisinin (ITC) kullanımını açıklamaktadır.

İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi Kullanılarak DNA Aptamer ve Tetrasiklinin Termodinamik ve Kinetik İlişkisinin Belirlenmesi

The determination of binding affinity and behavior between an aptamer and its target is the most crucial step in selecting and using an aptamer for ...

Bu protokol, araştırmacıların aptamers'ın çözelti içinde serbest hedeflere karşı bağlanma afinitelerini belirlemelerini sağlarken, bağlanma mekanizması hakkında fikir verir. ITC, bağlanma nedeniyle ısıdaki değişiklikleri ölçtüğü için, SPR gibi tekniklerde olduğu gibi, ne aptamer ne de ligandın etiketlenmesi veya işlevselleştirilmesi gerekmez. Yeni kullanıcılar, tüm bağlayıcı bileşenler arasında eşleşen arabelleklere çok dikkat etmelidir.Ek olarak, tekniğin proteinler gibi daha büyük ligandlar için karşılanması zor olabilecek yüksek numune gereksinimlerine sahip olduğunu unutmayın. Başlamak için, diyaliz kolonunun zarını aktive edin, PBS tamponu ile doldurun, oda sıcaklığında 10 dakika dengeleyin ve 15 dakika boyunca 5.000 kez G'de santrifüj yapın. Arabelleği çıkarın ve kolona 500 mikrolitre aptamer numunesi yükleyin.5.000 kez G'de santrifüj yapın ve orijinal tamponu PBS ile değiştirmek için dört kez tekrarlayın. Diyalizli DNA aptamerini bir pipet kullanarak toplayın ve yeni 1,5 mililitrelik tüpe aktarın. Tetrasiklin'i çözmek için son akış tamponunu toplayın.Şırıngadaki deney tamponunun referans hücresindeki tamponla eşleştiğinden emin olun. UV-görünür bir spektrometre kullanarak aptamer konsantrasyonunu tekrar belirleyin. Konsantrasyonu 40 mikromolar tetrasiklin ve iki mikromolar aptamer olarak ayarlamak için son değişim tamponunu kullanın.DNA aptamerini 10 dakika boyunca 90 santigrat derecede ısıtarak, 10 dakika boyunca dört santigrat derecede soğutarak ve ardından 20 dakika boyunca oda sıcaklığına geri döndürerek katlayın. Çözünmüş gazları ortadan kaldırmak için katlanmış aptamer ve diyalize tetrasiklin gazını bir gaz giderme istasyonu veya vakum pompası kullanarak 25 dakika boyunca boşaltın. Makinenin temizliğini temizledikten ve onayladıktan sonra, varsayılan programı kullanarak ve üreticinin talimatlarını izleyerek EDTA ve kalsiyum klorür içeren standart bir kit ile makinenin doğruluğunu test edin.Çalışan parametreleri ayarlayın. Çalışan bir program hesaplayıcısı kullanarak gerekli birimleri kontrol edin. Bu çalışan parametre ile, ITC şırıngasında 230 mikrolitre 40 mikromolar tetrasiklin ve ITC örnek hücresinde 485 mikrolitre iki mikromolar aptamer ile ITC ölçümü yapın.Diyalize tetrasiklin şırınga plakalarını ve katlanmış aptamer'i bir pipet kullanarak kabarcıklardan kaçınarak numune hücresine yükleyin. Yazılımdaki Başlat düğmesine tıklayarak ITC cihazını çalıştırmaya başlayın. Verileri analiz etmeye başlamak için çift tıklayarak veri analizi yazılımını açın.Bağlama eğilimini bilmek için kaydedilen ham verilerin yolunu açın. Modelleme sekmesini açın ve veri eğrisine en uygun olanı bulmak için farklı bağlama modelleri kullanın. Daha sonra, yazılım ITC termogramını ve entalpi, entropi, serbest enerji, denge bağlama sabiti ve stokiyometri dahil olmak üzere çeşitli termodinamik parametreleri otomatik olarak hesaplar.Verilerden belirlenen termodinamik parametreleri ve montaj modeli bilgilerini toplar. ITC termogramının resimlerini ve çeşitli termodinamik parametreleri içeren bir rapor oluşturun. Kim ve arkadaşları tarafından seçilen aptamer, tetrasiklin ile ayrışma sabitinin bağlanma afiniteleri ile bağlanır ve ayrışma sabiti iki eşittir 53 nanomolar.ITC'nin montaj modeli ve stokiyometrisi, aptamerin tetrasiklin ile sıralı bağlama modeli ile 2: 1 bağlama oranı ile bağlandığını yansıtır. İkinci bölge için ITC ölçümü ile belirlenen termodinamik parametreler, nispeten önemli entropik kaybın üstesinden gelen entalpinin güçlü bağlanmayı yönlendirdiğini göstermiştir. Entropi kaybı ile entalpi güdümlü bağlanma, RNA ve küçük bir molekül arasında bağlanma davranışları olarak bildirilen nükleik asit konformasyonel değişiklikleri ile ilgilidir.Aptamer ve ligand aynı tamponda olmalıdır. Aptamer, yeniden katlanarak geliştirilirse yeniden katlanmalı ve numuneler gazdan arındırılmalıdır. Bu hususları ele almak, ölçülen sinyale yalnızca aptamer-ligand etkileşimlerinin katkıda bulunmasını sağlayacaktır.aptamer hedefinin büyüklüğü nedeniyle, uygun bir takip yöntemi, çözeltide ölçülen bağlanma afinitesini serbest olarak doğrulamak için mikro ölçekli termoforez olabilir.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Mapping the Binding Site of an Aptamer on ATP Using MicroScale Thermophoresis

Mikro Termoforesis kullanarak ATP bir aptamer Bağlama Sitesi Haritalama

Characterization of molecular interactions in terms of basic binding parameters such as binding affinity, stoichiometry, and thermodynamics is an ...

Differential Scanning Calorimetry &#8212; A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Differential Scanning Calorimetry ÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã‚Â A Method for Assessing the Thermal Stability and Conformation of Protein Antigen

Diferansiyel Taramalı Kalorimetre - Protein Antigen Termal İstikrar ve Yapısının Değerlendirilmesi Bir Yöntem

Differential scanning calorimetry (DSC) is an analytical technique that measures the molar heat capacity of samples as a function of temperature. In the ...

Detection and Visualization of DNA Damage-induced Protein Complexes in Suspension Cell Cultures Using the Proximity Ligation Assay

Proximity Ligation Testi ile Süspansiyon Hücre Kültürlerinde DNA Hasarına Bağlı Protein Komplekslerinin Saptanması ve Görselleştirilmesi

The DNA damage response orchestrates the repair of DNA lesions that occur spontaneously, are caused by genotoxic stress, or appear in the context of ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

Çoğaltılmış izotermal amplifikasyon Zika, Chikungunya ve dang 1 tespit etmek için teşhis platformu dayalı

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

Determining if DNA Stained with a Cyanine Dye Can Be Digested with Restriction Enzymes

DNA ile bir siyanür boya olabilir olmak sindirilmiş enzimleri ile lekeli belirleme

Visualization of DNA for fluorescence microscopy utilizes a variety of dyes such as cyanine dyes. These dyes are utilized due to their high affinity and ...

Titration ELISA as a Method to Determine the Dissociation Constant of Receptor Ligand Interaction

Titrasyon ELISA reseptör Ligand etkileşim ayrışma sabiti belirlemek için bir yöntem olarak

The dissociation constant describes the interaction between two partners in the binding equilibrium and is a measure of their affinity. It is a crucial ...

Proofreading and DNA Repair Assay Using Single Nucleotide Extension and MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis

Proofreading ve DNA onarım tahlil tek nükleotid uzama ve MALDI-TOF Kütle spektrometresi analizi ile

The maintenance of the genome and its faithful replication is paramount for conserving genetic information. To assess high fidelity replication, we have ...

Anaerobic Protein Purification and Kinetic Analysis via Oxygen Electrode for Studying DesB Dioxygenase Activity and Inhibition

Anaerobik Protein Saflaştırma ve DesB Dioxygenase etkinliği ve inhibisyon çalışmak için oksijen elektrodu ile kinetik Analizi

Oxygen-sensitive proteins, including those enzymes which utilize oxygen as a substrate, can have reduced stability when purified using traditional aerobic ...

High Sensitivity Measurement of Transcription Factor-DNA Binding Affinities by Competitive Titration Using Fluorescence Microscopy

Transkripsiyon faktörü-DNA bağlayıcı Affinities floresans mikroskobu kullanarak rekabet titrasyon tarafından yüksek hassasiyet ölçümü

Accurate quantification of transcription factor (TF)-DNA interactions is essential for understanding the regulation of gene expression. Since existing ...