Name: aptamer-based target detection facilitated by a 3-stage g-quadruplex isothermal exponential amplification reaction
Uploaded: 2022-10-06T13:40:00
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この研究は、Aptagen LLCの研究開発資金によって支援されました。

反応成分の比容積および濃度を含むチューブ調製については、 補足表1 (反応セットアップ表)を参照してください。ここで示すプロトコルは、 材料の表で説明されているように、組み立て済みの検出プラットフォームキットを使用します。特に明記されていない限り、すべてのコンポーネントは氷上に保管する必要があります。
1.リボザイ?...

<ol>
	<li>Ellington, A. D., Szostak, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+selection+of+RNA+molecules+that+bind+specific+ligands.">In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands.</a> Nature. 346 (6287), 818-822 (1990).</li><li>Tang, J., Breaker, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rational+design+of+allosteric+ribozymes.">Rational design of allosteric ribozymes.</a> Chemical Biology. 4 (6), 453-459 (1997).</li><li>Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SELEX--A+(r)evolutionary+method+to+generate+high-affinity+nucleic+acid+ligands.">SELEX--A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands.</a> Biomolecular Engineering. 24 (4), 381-403 (2007).</li><li>Liao, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+colorimetric+system+for+detecting+target+antigens+by+a+three-stage+signal+transformation-amplification+strategy.">A simple colorimetric system for detecting target antigens by a three-stage signal transformation-amplification strategy.</a> Biochemistry. 57 (34), 5117-5126 (2018).</li><li>Soukup, G. A., Emilsson, G. A., Breaker, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Altering+molecular+recognition+of+RNA+aptamers+by+allosteric+selection.">Altering molecular recognition of RNA aptamers by allosteric selection.</a> Journal of Molecular Biology. 298 (4), 623-632 (2000).</li><li>Van Ness, J., Van Ness, L. K., Galas, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+reactions+for+the+amplification+of+oligonucleotides.">Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (8), 4504-4509 (2003).</li><li>Cheng, X., Liu, X., Bing, T., Cao, Z., Shangguan, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=General+peroxidase+activity+of+G-quadruplex-hemin+complexes+and+its+application+in+ligand+screening.">General peroxidase activity of G-quadruplex-hemin complexes and its application in ligand screening.</a> Biochemistry. 48 (33), 7817-7823 (2009).</li><li>Nie, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reporter-triggered+isothermal+exponential+amplification+strategy+in+ultrasensitive+homogeneous+label-free+electrochemical+nucleic+acid+biosensing.">Reporter-triggered isothermal exponential amplification strategy in ultrasensitive homogeneous label-free electrochemical nucleic acid biosensing.</a> Chemical Communications. 50 (47), 6211-6213 (2014).</li><li>Tabuchi, T., Yokobayashi, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell-free+riboswitches.">Cell-free riboswitches.</a> RSC Chemical Biology. 2 (5), 1430-1440 (2021).</li><li>Ao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+of+an+expression+platform+in+the+SELEX+cycle+to+select+DNA+aptamer+binding+to+a+disease+biomarker.">Integration of an expression platform in the SELEX cycle to select DNA aptamer binding to a disease biomarker.</a> ACS Omega. 7 (12), 10804-10811 (2022).</li></ol>

ここで提示する方法は、アロステリックリボザイムにおける最初に無秩序な二次構造との間の遷移と、シス切断ハンマーヘッドリボザイムを活性化するためにアプタメアドメインへの標的の結合によって与えられる追加の安定性を利用する。リボザイムの安定性は、標的の非存在下での触媒活性を最小化しながら、標的結合が活性構造を回復できるように調整した。さらに、EXPARと発色を促?...

アプタマーは、典型的には、所望の標的に対する高い結合親和性および特異性を有する進化過程を通じて選択された一本鎖DNAまたはRNAである1。結合能に加えて、アプタマーは、シグナル出力機能2,3を有するモチーフに連結および制御することができ、該シグナルを増幅し、システムの感度を向上させることができる。G-quadruplex等温指数増幅反応(GQ-EXPAR)システムは、連続する成分が1つの反応容器に追加されて視覚出力を生成するときに視覚信号を現像する3つの部分からなるシステム(図1)です4。このシステムは、合理化されたワークフローを使用して、所与のサンプル中の特定の標的、ここではテオフィリンを15分以内に検出することを可能にし、目的の標的の迅速で特異的な検出を可能にする。この方法は、標的濃度の特異的定量が短時間での応答の高い特異性よりも低い懸念事項であるサンプルに対して考慮する必要があります。
自己切断を受ける構造切り替えRNA分子(リボザイム)であるアロステリックリボスイッチが初期シグナルを生成します。この構築物はハンマーヘッドリボザイムに基づいており、切断活性の調節因子としてStem IIに導入されたアプタメアドメインがあります。その自己切断機能は、そのアプタメアドメインがその標的への結合で安定化されると活性化される5。それ以外の場合、スイッチはネイティブ状態で非アクティブです。
後続の指数増幅反応(EXPAR)は、第1段階からの自己切断されたRNA鎖の放出を使用して、等温増幅反応6をプライミングします。EXPARの増幅産物はペルオキシダーゼ活性7を有し、システムの最終段階の基礎として作用する。一部の基質が過酸化物分解と連動して酸化されると、さまざまな機器で測定できる蛍光出力が生成されます。他の一般的な基質を代用して、視覚的検出用の着色生成物を製造することができる。EXPARとその増幅産物のペルオキシダーゼ活性は、2段階のシグナルエンハンサーとして作用し、従来の戦略と比較してより高いレベルへの感度を高めます7,8。
テオフィリンとカフェインの検出は、メチル基が1つしかないため、この検出プラットフォームの特異性の例として使用されています(図2)。このシステムのデモンストレーションは、少なくとも500nMのテオフィリンを視覚的に検出するための比色出力を生成します。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>3,3&#39;,5,5&#39;-Tetramethylbenzidine dihydrochloride (TMB) solution with H2O2, &#34;MaxSignal TMB Microwell Substrate Solution&#34;</td>
			<td>PerkinElmer</td>
			<td>FOOD-1806-1000</td>
			<td>Color development reagent. Minimize exposure to light and atmosphere. Previously BIOO Scientific catalog number 1806. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 3-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5&#8217;- TCC CTC CCT CCC TCC CAG TCC AGA CTC TTC CCT CCC TCC CTC CCA GA-Biotin-3&#8217;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (IDT)</td>
			<td>Custom</td>
			<td>Optimized QtQ47 DNA template for EXPAR to produce G-quadruplex, primed by G-quadruplex. This is used for the &#34;exponential&#34; part of EXPAR, to rapidly increase the amount of DNAzyme used for Step 3 color development. Template includes a 3&#39;-biotin to prevent unintended extension by Bst 2.0 DNA polymerase during EXPAR. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5&#8217;-GGG AAC UAU ACA ACC UAG GGC GAC CCU GAU GAG CCU UAU ACC AGC CGA AAG GCC CUU GGC AGA CGU UGA AAC GGU GAA AGC CGU AGG UUG CCC UAG GUU GUA UAG UU-3&#8217;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (IDT)</td>
			<td>Custom</td>
			<td>Theophylline-recognizing allosteric ribozyme sequence (self-cleaving ribozyme regulated by RNA aptamer domain for theophylline) modified from Soukup et al. 
			Soukup, G. A., Emilsson, G. A., and Breaker, R. R. (2000) Altering molecular recognition of RNA aptamers by allosteric selection, Journal of molecular biology 298, 623-632. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 1-3.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5&#8217;-TCC CTC CCT CCC TCC CAG TCC AGA CTC TAC GGC TTT CAC CGT TTC AAC G-Biotin-3&#8217;</td>
			<td>Integrated DNA Technologies (IDT)</td>
			<td>Custom</td>
			<td>Optimized P3tQ49 DNA template for EXPAR to produce G-quadruplex, primed by P3 cleavage product. This is used in Step 2 to translate the cleavage product into DNAzyme used for Step 3 color development. Template includes a 3&#39;-biotin to prevent unintended extension by Bst 2.0 DNA polymerase during EXPAR. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5x Ribozyme Buffer</td>
			<td>Aptagen, LLC</td>
			<td>N/A</td>
			<td>5x composition: 600 mM Tris-HCl (pH 7.5), 150 mM MgCl2, 25 mM DTT. Used in Step 1. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 1-4.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Apta-beaconTM (GQ-EXPAR, TMB) Demonstration Kit</td>
			<td>Aptagen, LLC</td>
			<td>GQ-EXPAR-TMB</td>
			<td>The demo kit showcases the specificity of the colorimetric assay by detecting difficult small molecule targets, theophylline versus caffeine, which only differ by a single methyl group.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bst 2.0 DNA polymerase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0537S</td>
			<td>Isothermal amplification polymerase with strand-displacement activity. Part of the Nickase-Polymerase Mix, prepared at 9.375 U/uL. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Buffer 3.1</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>B6003SVIAL</td>
			<td>Combined with 2 uL of 10X Isothermal Amplification Buffer and 27.5 uL of nuclease-free water to produce 1.11X EXPAR Buffer in EXPAR Mix. This product replaces the previously-used B7203SVIAL that was part of the initial system development (same composition except non-recombinant BSA). 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Caffeine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C0750-100G</td>
			<td>Aptamer counter-target (control), prepared with nuclease-free water. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 1-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTPs</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>N0447S</td>
			<td>Part of the EXPAR reaction mixture. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EXPAR reaction mixture</td>
			<td>Aptagen, LLC</td>
			<td>N/A</td>
			<td>0.44 mM dNTPs, 0.38 &#956;M P3tQ49, 0.38 &#956;M QtQ47, 44.44 mM Tris-HCl (pH 8.4), 63.5 mM NaCl, 31.5 mM KCl, 6.35 mM MgCl2, 1.27 mM MgSO4, 6.35 mM (NH4)2SO4, 63.5 &#956;g/ml BSA, 0.0635 % Tween 20. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H9039</td>
			<td>Resuspended in DMF to a final concentration of 25 uM. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 3-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isothermal Amplification Buffer</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>B0537SVIAL</td>
			<td>Combined with 2 uL of 10x Buffer 3.1 and 27.5 &#181;L of nuclease-free water to produce 1.11x EXPAR Buffer in EXPAR Mix. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Amresco (VWR)</td>
			<td>E525-500ML</td>
			<td>Hammerhead ribozyme cofactor, necessary for self-cleavage. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 1-3.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MJ PTC-100 Thermocycler</td>
			<td>MJ Research, Inc.</td>
			<td>PTC-100</td>
			<td>Thermocycler to control incubation temperatures. Any thermocycler or hot block can be used.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N, N-Dimethylformamide (DMF)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>227056-100ML</td>
			<td>Used to resuspend hemin and maximize shelf life in freezer. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 3-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nickase-polymerase Mix</td>
			<td>Aptagen, LLC</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Nt.BstNBI (9.375 units/&#956;L) and Bst 2.0 DNA polymerase (0.5 units/&#956;L). 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 2-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nt.BstNBI</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R0607S</td>
			<td>Nicking enzyme to allow continued isothermal amplification. Part of the Nickase-Polymerase Mix, prepared at 0.5 U/uL. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 2-1.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 Kinase Buffer</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>B0201SVIAL</td>
			<td>Buffer for enzyme necessary to remove cyclic phosphate. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 1-4.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 polynucleotide kinase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0201S</td>
			<td>Removes cyclic phosphate post-cleavage to allow cleavage product to prime isothermal amplification reaction. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as PCR Tubes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tecan GENios FL</td>
			<td>Tecan</td>
			<td>Genios-FL TWT</td>
			<td>Plate reader to measure absorbance signal from Step 3 results.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Theophylline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T1633-50G</td>
			<td>Aptamer target, prepared with nuclease-free water. 
			Supplied in Apta-beacon Demonstration Kit as Tube 1-2.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>American Bioanalytical</td>
			<td>AB14043-01000</td>
			<td>Aptamer binding buffer. 
			Part of Apta-beacon Demonstration Kit Tube 1-4.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

aptamer-based target detection facilitated by a 3-stage g-quadruplex isothermal exponential amplification reaction

アプタマーは、高い親和性と特異性で結合する標的認識分子です。これらの特性を利用して、シグナル生成能力を持つ他の分子を制御することができます。本明細書に記載のシステムの場合、アプタメアドメインを介した標的認識は、修飾ハンマーヘッドリボザイムのステムIIが、最初は非構造化構築物を安定化させることによって自己切断リボザイムを活性化する。シス切断RNAは、ステムIIIとステムIの接合部で作用し、2つの切断産物を生成します。より長い切断生成物は、2つの類似した触媒活性G四重鎖の等温指数増幅反応(EXPAR)をプライミングします。得られた増幅産物は、ペルオキシダーゼ還元を触媒し、これは肉眼で検出できる出力を有する比色基質の還元に共役される。本研究で説明した3部構成のシステムは、わずか15分で0.5μMのテオフィリンの存在を示す視覚的に検出可能なシグナルを生成することにより、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)などの検出モダリティを改善します。

図 1 に示す検出プラットフォームは、アプタメアターゲット認識をサンプル調製物間の視覚的に明確な違い(ターゲットと非ターゲット、 図2)に短時間で変換します。Soukupら5 によって同定されたアロステリックリボザイムは、対照および陰性サンプルに対する標的への応答を伴うノイズの少ない配列を作成するための出発点とし?...

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Aptamer-Based Target Detection Facilitated by a 3-Stage G-Quadruplex Isothermal Exponential Amplification Reaction

本プロトコルは、標的を検出するための高速3段階のアプタマーベースの指数増幅アッセイの使用を実証する。サンプル調製、シグナル増幅、および発色をカバーして、カフェインよりもテオフィリンの存在を認識するこのシステムを実装します。

3段階G四重鎖等温指数増幅反応によるアプタマーベースのターゲット検出(英語)

Aptamers are target-recognition molecules that bind with high affinity and specificity. These characteristics can be leveraged to control other molecules ...

この方法は、結合イベントからのシグナルを、低資源使用のために視覚的に検出可能な形態に増幅する方法、または吸光度ベースの機器を使用して定量化する方法を提供します。これは、目的のサンプル中のアプタマーのターゲットの存在を判断するための比較的迅速なワンポットプロトコルです。定量が必要な場合は、結果を標準検量線と比較できます。不十分な混合は否定的な結果につながるので、溶液を移して混合するとき、個人は非常に正確でなければなりません。また、バックグラウンドシグナルを最小限に抑えるために、試薬と溶液が使用するまで冷やされていることを確認してください。まず、PCRチューブに5ユニットのT4ポリヌクレオチドキナーゼを加えて、リボザイム切断産物を活性化します。次に、予め調製した5Xリボザイムバッファー1マイクロリットルを各サンプルチューブに加える。特異性を視覚的に示すには、試験サンプルとして各サンプルチューブに1.5マイクロリットルの2ミリモルテオフィリンまたは2ミリモルカフェインを加え、5〜10回ピペッティングして各サンプルを完全に混合します。次に、標的特異的アプタメアドメインを含む600ナノモルRNAを2マイクロリットルずつ各サンプルチューブに加え、ピペッティングで成分を素早く混合します。次に、チューブをコールドブロックに配置して、バックグラウンド信号を最小限に抑えます。すべての反応チューブを準備した後、各サンプルを室温で正確に3分間インキュベートします。インキュベーションが終了したら、すぐにサンプルチューブを氷に戻します。3.5マイクロリットルのニカーゼポリメラーゼ酵素混合物を各サンプルチューブに加え、よく混合します。次いで、鋳型ヌクレオチドと反応緩衝液を含むEXPAR反応混合物31.5マイクロリットルを各サンプル管に加え、ピペッティングにより混合する。すべてのサンプルが準備されたら、タイマーを使用して準備したサンプルを摂氏55度で5分間インキュベートします。インキュベーション後すぐにサンプルチューブを氷に戻します。発色のために各サンプルチューブに2マイクロリットルのヘミン溶液を加え、よく混ぜます。次に、市販のTMB溶液を各サンプルチューブに58マイクロリットル加え、よく混合し、インキュベートして発色させます。原稿に記載されているように、目でサンプルを定性的に読み取るか、吸光プレートリーダーを使用して結果を定量化します。最適化された構築物は、30分でわずか500ナノモルのテオフィリンを認識することができました。ターゲットに曝露されたサンプル調製物は青色を生成しますが、ターゲットを含まないサンプルは無色のままです。30分間の発色後にA450で測定したシグナルから標準曲線を作成した。最適化されたRNAでさえ低いバックグラウンド活性レベルを示すため、インキュベーションを行わないときはサンプルを氷上に保つことが重要です。

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