Name: application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance
Uploaded: 2023-07-21T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Dit werk werd ondersteund door het National Key Research and Development Project (2019YFA0904003); Modern agrarisch industrieel systeem in de provincie Shandong (SDAIT-011-09); Optimalisatieproject voor het platform voor internationale samenwerking (CXGC2023G15); Belangrijke innovatietaken van landbouwwetenschaps- en technologie-innovatieproject van de Academie voor Landbouwwetenschappen Shandong, China (CXGC2023G03).

De Salmonella-stammen die in deze studie werden gebruikt, werden verzameld bij pluimvee in Shandong, China, na goedkeuring van het Bioveiligheidscomité van het Institute of Animal Sciences and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences, China.
1. Toepassing van het intelligente AST-systeem met hoge doorvoer8
<ol><li>Entmateriaal bereiding<ol><li>Incubeer het kwaliteitscontrole-organisme Escherichia coli en 93 <em...

<ol>
	<li>Ramanan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+resistance-the+need+for+global+solutions.">Antimicrobial resistance-the need for global solutions.</a> The Lancet Infectious Diseases. 13 (12), 1057-1098 (2013).</li><li>Xiaonan, Z., Qing, Z., Thomas, S. P., Yuqing, L., Martha, R. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=inPhocus:+Perspectives+of+the+application+of+bacteriophages+in+poultry+and+aquaculture+industries+based+on+Varms+in+China.">inPhocus: Perspectives of the application of bacteriophages in poultry and aquaculture industries based on Varms in China.</a> PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2 (2), 69-74 (2021).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests. CLSI document M100. , (2022).</li><li>Yuqing, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antimicrobial Sensitivity Testing Standard of EUCAST. , (2017).</li><li>Barnini, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+rapid+method+for+direct+antimicrobial+susceptibility+testing+of+bacteria+from+positive+blood+cultures.">A new rapid method for direct antimicrobial susceptibility testing of bacteria from positive blood cultures.</a> BMC Microbiology. 16 (1), 185-192 (2016).</li><li>H&#246;ring, S., Massarani, A. S., L&#246;ffler, B., R&#246;del, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+antimicrobial+susceptibility+testing+in+blood+culture+diagnostics+performed+by+direct+inoculation+using+the+VITEK&#174;-2+and+BD+PhoenixTM+platforms.">Rapid antimicrobial susceptibility testing in blood culture diagnostics performed by direct inoculation using the VITEK&#174;-2 and BD PhoenixTM platforms.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (3), 471-478 (2019).</li><li>Dupuis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cobasbact+automated+antimicrobial+susceptibility+testing+system.">Evaluation of the Cobasbact automated antimicrobial susceptibility testing system.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 4 (2), 119-122 (1985).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+of+bacterial+antimicrobial+resistance+detection+and+its+operation+method.">A system of bacterial antimicrobial resistance detection and its operation method.</a> China Patent. , (2019).</li><li>Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high+throughput+test+plate+for+screening+bacteriophage+of+zoonotic+pathogens+and+its+application.">A high throughput test plate for screening bacteriophage of zoonotic pathogens and its application.</a> China Patent. , (2022).</li><li>Adams, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bacteriophages. , (1959).</li><li>Nair, A., Ghugare, G. S., Khairnar, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+appraisal+of+bacteriophage+isolation+techniques+from+environment.">An appraisal of bacteriophage isolation techniques from environment.</a> Microbial Ecology. 83 (3), 519-535 (2022).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Shandong veterinary antibiotic resistance system. , (2023).</li><li>Ming, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+results+of+96-dot+agar+dilution+method+and+broth+microdilution+method.">Comparison of the results of 96-dot agar dilution method and broth microdilution method.</a> Chinese Journal of Antibiotics. 43 (6), 729-733 (2018).</li><li>Laxminarayan, R., Klugman, K. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communicating+trends+in+resistance+using+a+drug+resistance+index.">Communicating trends in resistance using a drug resistance index.</a> BMJ Open. 1 (2), e000135 (2011).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+antibiotic+therapy+effectiveness+against+the+major+bacterial+pathogens+in+a+hospital+using+an+integrated+index.">Assessing antibiotic therapy effectiveness against the major bacterial pathogens in a hospital using an integrated index.</a> Future Microbiology. 12, 853-866 (2017).</li><li>Ciccolini, M., Spoorenberg, V., Geerlings, S. E., Prins, J. M., Grundmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+an+index-based+approach+to+assess+the+population-level+appropriateness+of+empirical+antibiotic+therapy.">Using an index-based approach to assess the population-level appropriateness of empirical antibiotic therapy.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 70 (1), 286-293 (2015).</li><li>Yanbo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+application+of+inoculation+system+for+high-throughput+drug+susceptibility+test.">Preliminary application of inoculation system for high-throughput drug susceptibility test.</a> China Poultry. 42 (6), 52-57 (2020).</li></ol>

De agarverdunningsmethode is goed ingeburgerd en wordt op grote schaal gebruikt. Het principe van het AST-systeem met hoge doorvoer was dat van de agarverdunningsmethode. Een van de cruciale stappen binnen het protocol was de nauwkeurige overdracht met hoge doorvoer van 96 inocula tegelijk, die meerdere keren achter elkaar werd uitgevoerd. Om deze kritieke stap te voltooien, waren de pinnen van de 96-dot matrix-inoculator uniform en zeer glad. De natuurlijke afzetting van elke pin was een volume van ongeveer 2 μL, dat z...

Aangezien antimicrobiële middelen op grote schaal worden gebruikt om bacteriële infectieziekten te voorkomen, is antimicrobiële resistentie (AMR) een wereldwijd probleem voor de volksgezondheidgeworden1. De bestrijding van AMR is momenteel de belangrijkste taak van het monitoren van AMR van epidemiologische pathogenen en synergetische therapie van gevoelige antimicrobiële stoffen en lytische bacteriofagen2.
In vitro antimicrobiële gevoeligheidstesten (AST) zijn de steunpilaar voor het monitoren van de therapie en het detecteren van het niveau van AMR. Het is een belangrijk onderdeel van de antimicrobiële farmacologie en de cruciale basis voor klinische medicatie. Het Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) van de Verenigde Staten en het Europees Comité voor antimicrobiële gevoeligheidstests (EUCAST) hebben internationale criteria voor ASAT geformuleerd en herzien en de AST-methoden en de breekpunten om de MIC van een bepaalde combinatie van "organisme-antimicrobieel middel" te bepalen als gevoelig (S), resistent (R) of intermediair (I)3 voortdurend gewijzigd en aangevuld; 4. okt.
Van de jaren 1980 tot de jaren 1990 werden automatische instrumenten voor het verdunnen van microbouillon snel ontwikkeld en toegepast in de klinische praktijk, met voorbeelden als Alfred 60AST, VITEK System, PHOENIXTM en Cobasbact 5,6,7. Deze instrumenten waren echter duur, vereisten dure verbruiksartikelen en hun detectiebereik was ontworpen voor klinische medicatie voor patiënten 5,6,7. Om deze redenen zijn ze niet geschikt voor veterinair klinisch onderzoek en detectie van grote hoeveelheden zeer resistente stammen. In deze studie werd een intelligent AST/faag-screeningsysteem met hoge doorvoer, inclusief een matrixinoculator met 96 dots (Figuur 1), beeldacquisitieconverter (Afbeelding 2) en bijbehorende software8, ontwikkeld om ASAT uit te voeren voor een batch bacteriestammen tegen meerdere antimicrobiële middelen tegelijk door middel van de agarverdunningsmethode. Bovendien werd het systeem ook gebruikt om de lysispatronen van fagen tegen antimicrobieel resistente bacteriën te detecteren ente analyseren 9, en werden lytische fagen efficiënt geselecteerd uit de faagbibliotheek. Dit systeem bleek efficiënt, betaalbaar en eenvoudig te bedienen te zijn.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig01.jpg"> Figuur 1: Structureel diagram van de 96-dot matrix inoculator. 1: Inoculatie pin plaat; 2: Mobiele provider; 3: Zaadblok; 4: Geïncubeerde plaat; 5: Basis; 6: Bedieningshendel; 7: Limietpin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig01large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig02.jpg"> Figuur 2: Constructieschema van de beeldacquisitieconverter. 1: Schelp; 2: Het scherm van de vertoning; 3: Beeldacquisitie ruimte; 4: De basis van de opsporingsraad; 5: Opsporingsraad in en uit pakhuis; 6: Besturingskaart; 7: Het omzettingsapparaat van de beeldverwerving; 8: Lichtbron; 9: Beeldscanner. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig02large.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well&#160; culture plate</td>
			<td>Beijing lanjieke Technology Co., Ltd</td>
			<td>11510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix AST image acquisition system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix inoculator&#160;</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB8274-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amikacin&#160;</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A857053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A822839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A830931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA224S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated calculation software for Lar index of AMR</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria Salmonella strains</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Animal origin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial resistance Lar index certification management system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ceftiofur</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C873619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ciprofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clavulanic acid</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean worktable</td>
			<td>Suzhou purification equipment Co., Ltd</td>
			<td>SW-CJ-2D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Colistin sulfate</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C805491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture plate</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>D832390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>E809130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.22 &#956;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGP033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Florfenicol</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>F809685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>G810322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottle 50 mL</td>
			<td>Xuzhou Qianxing Glass Technology Co., Ltd</td>
			<td>QX-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-throughput resistance detection system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image acquisition converter</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Meropenem</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>M861173</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mueller-Hinton agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB6232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16021-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 90 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16001-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella phages</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Shanghai Minquan Instrument Co., Ltd</td>
			<td>MQD-S2R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turbidimeter</td>
			<td>Shanghai XingBai Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>F-TC2015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varms base type library system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical high-pressure steam sterilizer</td>
			<td>Shanghai Shen&#39;an medical instrument factory</td>
			<td>LDZX-75L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary pathogen resistance testing management system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary resistance cloud monitoring and phage control platform V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance

Om de efficiëntie van antimicrobiële gevoeligheidstesten (AST) en faagscreening op resistente bacteriën te verbeteren en de detectiekosten te verlagen, werd een intelligent AST/faagscreeningsysteem met hoge doorvoer, inclusief een 96-dot matrix-inoculator, beeldacquisitieconverter en bijbehorende software, ontwikkeld volgens de AST-criteria en de breekpunten van resistentie (R) geformuleerd door het Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). AST en statistieken van minimale remmende concentratie (MIC)-verdelingen (van R/8 tot 8R) van 1.500 Salmonella-stammen geïsoleerd uit pluimvee in Shandong, China, tegen 10 antimicrobiële middelen werden uitgevoerd door het intelligente high-throughput AST/faagscreeningsysteem. De Lar-index, wat betekent "minder antibiose, minder resistentie en residu tot weinig antibiose", werd verkregen door het gewogen gemiddelde van elke MIC te berekenen en te delen door R. Deze benadering verbetert de nauwkeurigheid in vergelijking met het gebruik van de prevalentie van resistentie om de mate van antimicrobiële resistentie (AMR) van zeer resistente stammen te karakteriseren. Voor de stammen van Salmonella met een hoge AMR werden lytische fagen door dit systeem efficiënt gescreend uit de fagenbibliotheek en werd het lysisspectrum berekend en geanalyseerd. De resultaten toonden aan dat het intelligente AST/faagscreeningsysteem met hoge doorvoer bedienbaar, nauwkeurig, zeer efficiënt, goedkoop en gemakkelijk te onderhouden was. In combinatie met het veterinaire antimicrobiële resistentiemonitoringsysteem van Shandong was het systeem geschikt voor wetenschappelijk onderzoek en klinische detectie met betrekking tot AMR.

In navolging van het protocol van het intelligente high-throughput AST-systeem, werd de toepassing ervan geïllustreerd door Salmonella van pluimvee in Shandong, China, als voorbeeld.
De groei van Salmonella-stammen op agarplaten met ampicilline (R van 32 μg/ml) in concentraties van 2 tot 256 μg/ml, bepaald door de beeldacquisitieconverter, wordt weergegeven in figuur 3. De horizontale 1e put A1 was de negatieve controle en vertoonde...

Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance

Hier introduceren we het principe, de structuur en de instructie van het intelligente high-throughput antimicrobiële gevoeligheidstest-/faagscreeningsysteem. De toepassing ervan wordt geïllustreerd aan de hand van Salmonella geïsoleerd uit pluimvee in Shandong, China, als voorbeeld. De Lar-index wordt berekend en de betekenis ervan bij het evalueren van antimicrobiële resistentie wordt uitgebreid besproken.

Toepassing van het intelligente high-throughput antimicrobiële gevoeligheidstest-/faagscreeningsysteem en Lar Index van antimicrobiële resistentie

To improve the efficiency of antimicrobial susceptibility testing (AST) and phage high-throughput screening for resistant bacteria and to reduce the ...

Dit protocol presenteert een methode op meerdere niveaus, zowel voor EST-detectie als voor de faagfiguur. Het introduceerde ook een grote index voor reddingen om EMR-niveaus van verschillende besturingstechnologie te vergelijken. Deze kosteneffectieve techniek is intelligent, high-throughput en multifunctioneel.Het heeft de oprichting van VAMS mogelijk gemaakt, een veterinair monitoringnetwerk dat 20.000 epidemische genen en analytische fagen heeft verzameld. Deze methode kan ook worden gebruikt voor het monitoren en beheersen van pathogene bacteriën in de geneeskunde, de landbouw, de hartbatterij van dieren en de visserij. Dit protocol en dit bedrijfsdocument moeten voorzien in een.Wij met technische training gids. Door het te volgen, zou iedereen de techniek in korte tijd onder de knie krijgen. Begin met het incuberen van het kwaliteitscontrole-organisme E.coli en 93 salmonellastammen op Mueller-Hinton-agarplaten.Verdun vervolgens het voorbereide inoculum van elke stam 10 keer. Breng 200 microliter steriele normale zoutoplossing over in het a-1 putje van een plaat met 96 putjes als negatieve controle. Vervolgens pipetteer twee suspensies van E.coli in de a-2 en a-3 putjes als respectievelijk positieve en kwaliteitscontroles.Voeg aan de resterende 93 putjes 200 microliter van de verdunde teststam toe. Voor de bereiding van de antimicrobiële agarplaten. Stel eerst het concentratiebereik in voor de verschillende antibacteriële middelen die worden getest, volgens de LAR-index.Voer een log-twee verdubbelingsverdunningsschema uit voor de antibiotische oplossing volgens de CLSI-standaard agarverdunningsmethode. Voeg nu twee milliliter van de antimicrobiële oplossing toe aan een gesteriliseerde glazen fles met 18 milliliter gesmolten Mueller-Hinton-agarmedia. Na grondig mengen, giet in borden in een bioveiligheidskast.Laat de agar stollen bij kamertemperatuur. Zorg ervoor dat er een opening onder het deksel van de platen blijft om het agaroppervlak te laten drogen. Etiketteer de soorten antimicrobiële middelen en hun respectieve concentraties aan de onderkant van de geïncubeerde platen.Schik de meerdere geïncubeerde platen voor elk antimicrobieel middel in een stapel die is gerangschikt in log twee, verdubbelingsvolgorde. Bereid ten slotte twee medicijnvrije agarplaten voor om als controles voor elk middel te fungeren. Installeer een gesteriliseerde inoculatiepenplaat op de steun van een 96-punts matrix-inoculator in een bioveiligheidskast.Schik vervolgens het voorbereide zaadblok met geteste stammen en een met agar geïncubeerde plaat op de mobiele drager. Duw de mobiele drager totdat het zaadblok zich onder de inoculatiepenplaat bevindt. Druk nu op de bedieningshendel en laat de entpenplaat zakken, waarbij u de 96 pennen naar het entmateriaal in de 96 putjes van het zaadblok leidt.Laat de bedieningshendel op een gecontroleerde manier los en reset automatisch de inoculatiepenplaat om elk entmateriaal goed te roeren en onder te dompelen, druk twee tot drie keer op de bedieningshendel. Verschuif en positioneer daarna de draagplaat zodat de incubatieplaat zich onder de inoculatiepenplaat bevindt. Druk de bedieningshendel naar beneden, laat de inoculatiepenplaat zakken en laat deze één tot twee seconden staan om volledig contact met het oppervlak van de geïncubeerde plaat te garanderen.Laat de bedieningshendel los om een inoculatieronde te voltooien. Plaats de geïncubeerde plaat terug en herhaal het proces totdat de batch antimicrobiële agarplaten is voltooid. Schakel over op een nieuwe inoculatiepenplaat en zaadblok om een andere groep geteste stammen te inoculeren.Incubeer de geïnoculeerde antimicrobiële agarplaten bij kamertemperatuur totdat het vocht van de inoculumplekken volledig in de agar is opgenomen. Keer na de incubatie de platen om en ga door met incuberen om ongeremde bacteriën kolonies te laten vormen. Om beeldacquisitie en gegevensstatistieken uit te voeren, klikt u eerst op het 96 dot matrix AST-beeldacquisitiesysteem om het programma te starten.Selecteer testgegevens op de taakbalk. Klik op nieuw om een nieuwe testtaak aan te maken en vul de vereiste gegevens in. Druk vervolgens op gegevensverzameling, gevolgd door foto en testitem om de nieuw aangemaakte taak te selecteren.Kies antibiotica om de naam van het antibioticum te selecteren en gradiënt om de beginconcentratie van het antibioticum te selecteren. Klik ten slotte op verbinden om een verbinding tot stand te brengen met de beeldacquisitieconverter. Plaats vervolgens de geïncubeerde platen op de basis van de detectieplaat en plaats ze in de beeldacquisitieconverter.Klik op collectie om foto's van de platen vast te leggen. Druk op antibiotica en selecteer de volgende set platen. Kies verloop om het beginverloop te identificeren en ga vervolgens verder met de volgende ronde van het verzamelen van afbeeldingen.Voltooi de procedure door op verzenden te klikken om de kolonievorming te bepalen en afbeeldingen om te zetten in minimale remmende concentraties, dat wil zeggen MIC-waarden. Klik op query om toegang te krijgen tot alle MIC-resultaten. Begin met het gebruik van de dubbellaagse agarmethode om verschillende fagen te produceren.Verdun de fagen tot een geschikte parallelle concentratie en voeg 200 microliter van het faaginoculum toe aan het zaadblok met 96 putjes. Maak vervolgens een dubbellaagse geïncubeerde plaat voor elke te onderzoeken stam. Laat een opening onder het deksel van de dubbellaagse plaat om te kunnen drogen.Plaats het voorbereide faagzaadblok en de dubbellaagse plaat op de mobiele drager van de 96 dot matrix-inoculator. Breng alle faaginoculair over naar het semi-agaroppervlak. Laat de platen op kamertemperatuur blijven totdat al het inoculair vocht in de semi-agar is opgenomen.Incubeer nu de platen bij 37 graden Celsius voor de geteste stammen gedurende vier tot zes uur. Gebruik de beeldacquisitieconverter om de afbeelding van het experimentele resultaat van elke dubbellaagse plaat te verkrijgen en op te slaan. Noteer het aantal en de morfologieën van de verschillende puntvormen in een spreadsheet op basis van de verkregen afbeeldingen en bereken de respectievelijke verhoudingen van de verschillende soorten fagen.Morfologisch onderzoek van salmonellagroei op platen met ampicilline toonde aan dat de negatieve controle in a-1 geen groei vertoonde. De MIC van de salmonellastam in a-4 was 64 microgram per milliliter, terwijl die van a-5 16 microgram per milliliter was. De procentuele resistentiewaarden van ampicilline, ciprofloxacine en amoxicilline-clavulaanzuur waren hoger dan 50%, terwijl die van doxycycline, florfenicol, cefotaxime en enrofloxacine 30% tot 50% waren, vertoonden gentamaïcine, amikacine en meropenem procentuele resistentiewaarden van minder dan 30%De LAR-indices van ciprofloxacine en amoxicilline-clavulaanzuur werden aanzienlijk uitgesteld.Morfologische analyses van salmonellagroei op dubbellaagse platen toonden aan dat vier belangrijke vlekmorfologie van fagen werden waargenomen. De ronde heldere lytische vlek was afkomstig van een faag die de gastheer op de plaat betrouwbaar kon doden, maar die al dan niet met succes repliceerde ten koste van die gastheer. De verzameling plaquettes werd gevormd door echte plaquettes.De troebele lytische vlek was het gevolg van een faag die de gastheer op de plaat niet betrouwbaar doodde en die al dan niet met succes repliceerde ten koste van die gastheer. De geen lytische vlek duidde op een niet-lytische aard. Deze techniek brengt gemakkelijk 96 agar-lenzen in één keer over en de instrumenten herkennen automatisch beelden en berekenen vervolgens de lijndobbelstenen.Deze technologie zal naar verwachting het onderzoek en de industrialisatie van fagen bevorderen en de toepassing van fagen is een van de verbazingwekkende manieren om het probleem van AMR te verminderen en op te lossen.

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Bepaling van Microbiële extracellulaire enzymactiviteit in Waters, bodem en sedimenten behulp High Throughput Microplaat Testen

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

High-throughput Fluorometrische Meting van Potentiële Soil Extracellular Enzyme Activiteiten

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Geoptimaliseerd Negatieve kleuring: een High-throughput protocol voor de behandeling Kleine en Asymmetric Protein Structure door Electron Microscopy

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Toepassing van twee-gespot spintmijt<em&gt; Tetranychus urticae</em&gt; Voor Plant-pest Interaction Studies

The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae, is a ubiquitous polyphagous arthropod herbivore that feeds on a remarkably broad array of species, with ...

Modifying the Bank Erosion Hazard Index (BEHI) Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifying the Bank Erosion Hazard Index BEHI Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

De Bank Erosie Hazard Index (BEHI) Protocol tot wijziging van Rapid Assessment van Streambank Erosie in het noordoosten van Ohio

Understanding the source of pollution in a stream is vital to preserving, restoring, and maintaining the stream&#8217;s function and habitat it provides. ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Semi-high throughput screening voor Potentiële Droogte-tolerantie in Sla (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) Kiemplasmacollecties

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

High-throughput screening van weerspannigheid Variaties in lignocellulose: Total Lignine, Lignine monomeren, en enzymatische Sugar release

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Het Effect van de toepassing van essentiële tijmolie op microbiële laden tijdens het drogen van vlees

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

De Plant infectie Test: Spray en wond-gemedieerde inoculatie met de Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

High-throughput, Microscale Protocol voor de analyse van verwerking Parameters en voedingswaarde in maïs (Zea mays L.)

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...