Name: application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance
Uploaded: 2023-07-21T14:45:00
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Questo lavoro è stato sostenuto dal National Key Research and Development Project (2019YFA0904003); Moderno sistema industriale agricolo nella provincia di Shandong (SDAIT-011-09); Progetto di Ottimizzazione della Piattaforma di Cooperazione Internazionale (CXGC2023G15); Principali compiti di innovazione del progetto di innovazione tecnologica e scientifica agricola dell'Accademia delle scienze agrarie dello Shandong, Cina (CXGC2023G03).

I ceppi di Salmonella utilizzati in questo studio sono stati raccolti da pollame nello Shandong, in Cina, dopo aver ottenuto l'approvazione del Comitato per la biosicurezza dell'Istituto di scienze animali e medicina veterinaria, Accademia di scienze agricole dello Shandong, Cina.
1. Applicazione del sistema AST intelligente ad alto rendimento8
<ol><li>Preparazione dell'inoculo<ol><li>Incubare l'organismo di controllo qualità Escherichia...

<ol>
	<li>Ramanan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+resistance-the+need+for+global+solutions.">Antimicrobial resistance-the need for global solutions.</a> The Lancet Infectious Diseases. 13 (12), 1057-1098 (2013).</li><li>Xiaonan, Z., Qing, Z., Thomas, S. P., Yuqing, L., Martha, R. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=inPhocus:+Perspectives+of+the+application+of+bacteriophages+in+poultry+and+aquaculture+industries+based+on+Varms+in+China.">inPhocus: Perspectives of the application of bacteriophages in poultry and aquaculture industries based on Varms in China.</a> PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2 (2), 69-74 (2021).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests. CLSI document M100. , (2022).</li><li>Yuqing, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antimicrobial Sensitivity Testing Standard of EUCAST. , (2017).</li><li>Barnini, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+rapid+method+for+direct+antimicrobial+susceptibility+testing+of+bacteria+from+positive+blood+cultures.">A new rapid method for direct antimicrobial susceptibility testing of bacteria from positive blood cultures.</a> BMC Microbiology. 16 (1), 185-192 (2016).</li><li>H&#246;ring, S., Massarani, A. S., L&#246;ffler, B., R&#246;del, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+antimicrobial+susceptibility+testing+in+blood+culture+diagnostics+performed+by+direct+inoculation+using+the+VITEK&#174;-2+and+BD+PhoenixTM+platforms.">Rapid antimicrobial susceptibility testing in blood culture diagnostics performed by direct inoculation using the VITEK&#174;-2 and BD PhoenixTM platforms.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (3), 471-478 (2019).</li><li>Dupuis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cobasbact+automated+antimicrobial+susceptibility+testing+system.">Evaluation of the Cobasbact automated antimicrobial susceptibility testing system.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 4 (2), 119-122 (1985).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+of+bacterial+antimicrobial+resistance+detection+and+its+operation+method.">A system of bacterial antimicrobial resistance detection and its operation method.</a> China Patent. , (2019).</li><li>Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high+throughput+test+plate+for+screening+bacteriophage+of+zoonotic+pathogens+and+its+application.">A high throughput test plate for screening bacteriophage of zoonotic pathogens and its application.</a> China Patent. , (2022).</li><li>Adams, M. 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P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communicating+trends+in+resistance+using+a+drug+resistance+index.">Communicating trends in resistance using a drug resistance index.</a> BMJ Open. 1 (2), e000135 (2011).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+antibiotic+therapy+effectiveness+against+the+major+bacterial+pathogens+in+a+hospital+using+an+integrated+index.">Assessing antibiotic therapy effectiveness against the major bacterial pathogens in a hospital using an integrated index.</a> Future Microbiology. 12, 853-866 (2017).</li><li>Ciccolini, M., Spoorenberg, V., Geerlings, S. E., Prins, J. M., Grundmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+an+index-based+approach+to+assess+the+population-level+appropriateness+of+empirical+antibiotic+therapy.">Using an index-based approach to assess the population-level appropriateness of empirical antibiotic therapy.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 70 (1), 286-293 (2015).</li><li>Yanbo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+application+of+inoculation+system+for+high-throughput+drug+susceptibility+test.">Preliminary application of inoculation system for high-throughput drug susceptibility test.</a> China Poultry. 42 (6), 52-57 (2020).</li></ol>

Il metodo di diluizione dell'agar è stato ben consolidato e ampiamente utilizzato. Il principio del sistema AST ad alto rendimento era quello del metodo di diluizione dell'agar. Uno dei passaggi critici all'interno del protocollo è stato il trasferimento accurato ad alto rendimento di 96 inoculi contemporaneamente, che è stato eseguito più volte di seguito. Per completare questo passaggio critico, i perni dell'inoculatore a matrice di 96 punti erano uniformi e molto lisci. La deposizione naturale di ciascun perno era...

Poiché gli agenti antimicrobici sono stati ampiamente utilizzati per prevenire le malattie infettive batteriche, la resistenza antimicrobica (AMR) è diventata un problema di salute pubblica globale1. La lotta alla resistenza antimicrobica è attualmente la missione principale del monitoraggio della resistenza antimicrobica dei patogeni epidemiologici e della terapia sinergica di agenti antimicrobici sensibili e batteriofagi litici2.
I test di sensibilità antimicrobica (AST) in vitro sono il cardine per il monitoraggio della terapia e la rilevazione del livello di resistenza antimicrobica. È una parte importante della farmacologia antimicrobica e la base critica per la medicina clinica. Il Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) degli Stati Uniti e l'European Committee on Antimicrobial Suscceptibility Testing (EUCAST) hanno formulato e rivisto i criteri internazionali dell'AST e i metodi AST continuamente modificati e integrati e i breakpoint per determinare la MIC di una determinata combinazione "organismo-agente antimicrobico" come sensibile (S), resistente (R) o intermedia (I)3, 4. Introduzione
Dagli anni '80 agli anni '90, gli strumenti automatici per la diluizione del microbrodo sono stati rapidamente sviluppati e applicati alla pratica clinica, con esempi tra cui Alfred 60AST, VITEK System, PHOENIXTM e Cobasbact 5,6,7. Tuttavia, questi strumenti erano costosi, richiedevano materiali di consumo ad alto costo e i loro intervalli di rilevamento erano progettati per i farmaci clinici dei pazienti 5,6,7. Per questi motivi, non sono adatti per l'esame clinico veterinario e la rilevazione di grandi quantità di ceppi altamente resistenti. In questo studio, è stato sviluppato un sistema intelligente di screening AST/fagico ad alto rendimento, che include un inoculatore a matrice di 96 punti (Figura 1), un convertitore di acquisizione di immagini (Figura 2) e il software corrispondente8, per condurre l'AST per un lotto di ceppi batterici contro più agenti antimicrobici contemporaneamente mediante il metodo di diluizione dell'agar. Inoltre, il sistema è stato utilizzato anche per rilevare e analizzare i modelli di lisi dei fagi contro batteri resistenti agli antimicrobici9 e i fagi litici sono stati selezionati in modo efficiente dalla libreria dei fagi. Questo sistema si è rivelato efficiente, conveniente e facile da usare.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig01.jpg"> Figura 1: Schema strutturale dell'inoculatore a matrice di 96 punti. 1: Piastra del perno di inoculazione; 2: Operatore di telefonia mobile; 3: Blocco del seme; 4: Piastra incubata; 5: Base; 6: Maniglia di comando; 7: Perno limite. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig01large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig02.jpg"> Figura 2: Schema strutturale del convertitore di acquisizione delle immagini. 1: Conchiglia; 2: Schermo di visualizzazione; 3: Sala acquisizione immagini; 4: Base della scheda di rilevamento; 5: Scheda di rilevamento dentro e fuori dal magazzino; 6: Scheda di controllo; 7: Dispositivo di conversione dell'acquisizione delle immagini; 8: Sorgente luminosa; 9: Scanner di immagini. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig02large.jpg" target="_blank">Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well&#160; culture plate</td>
			<td>Beijing lanjieke Technology Co., Ltd</td>
			<td>11510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix AST image acquisition system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix inoculator&#160;</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB8274-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amikacin&#160;</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A857053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A822839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A830931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA224S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated calculation software for Lar index of AMR</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria Salmonella strains</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Animal origin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial resistance Lar index certification management system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ceftiofur</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C873619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ciprofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clavulanic acid</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean worktable</td>
			<td>Suzhou purification equipment Co., Ltd</td>
			<td>SW-CJ-2D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Colistin sulfate</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C805491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture plate</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>D832390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>E809130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.22 &#956;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGP033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Florfenicol</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>F809685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>G810322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottle 50 mL</td>
			<td>Xuzhou Qianxing Glass Technology Co., Ltd</td>
			<td>QX-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-throughput resistance detection system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image acquisition converter</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Meropenem</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>M861173</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mueller-Hinton agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB6232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16021-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 90 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16001-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella phages</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Shanghai Minquan Instrument Co., Ltd</td>
			<td>MQD-S2R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turbidimeter</td>
			<td>Shanghai XingBai Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>F-TC2015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varms base type library system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical high-pressure steam sterilizer</td>
			<td>Shanghai Shen&#39;an medical instrument factory</td>
			<td>LDZX-75L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary pathogen resistance testing management system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary resistance cloud monitoring and phage control platform V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance

Per migliorare l'efficienza dei test di sensibilità antimicrobica (AST) e dello screening fagico ad alto rendimento per i batteri resistenti e per ridurre i costi di rilevamento, è stato sviluppato un sistema intelligente di screening AST/fagico ad alto rendimento, che include un inoculatore a matrice di 96 punti, un convertitore di acquisizione immagini e un software corrispondente, secondo i criteri AST e i punti di rottura della resistenza (R) formulati dal Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). L'AST e le statistiche delle distribuzioni della concentrazione minima inibitoria (MIC) (da R/8 a 8R) di 1.500 ceppi di Salmonella isolati dal pollame nello Shandong, in Cina, rispetto a 10 agenti antimicrobici sono state effettuate dal sistema intelligente di screening AST/fago ad alto rendimento. L'indice di Lar, che significa "meno antibiosi, meno resistenza e residuo fino a poco antibiosi", è stato ottenuto calcolando la media ponderata di ogni MIC e dividendo per R. Questo approccio migliora l'accuratezza rispetto all'utilizzo della prevalenza della resistenza per caratterizzare il grado di resistenza antimicrobica (AMR) di ceppi altamente resistenti. Per i ceppi di Salmonella con AMR elevato, i fagi litici sono stati schermati in modo efficiente dalla libreria dei fagi da questo sistema e lo spettro di lisi è stato calcolato e analizzato. I risultati hanno mostrato che il sistema intelligente di screening AST/fago ad alto rendimento era operativo, accurato, altamente efficiente, economico e di facile manutenzione. In combinazione con il sistema di monitoraggio della resistenza antimicrobica veterinaria dello Shandong, il sistema è risultato adatto per la ricerca scientifica e il rilevamento clinico relativo alla resistenza antimicrobica.

Seguendo il protocollo del sistema intelligente AST ad alto rendimento, la sua applicazione è stata illustrata dalla Salmonella del pollame nello Shandong, in Cina, come esempio.
La crescita di ceppi di Salmonella su piastre di agar con ampicillina (R di 32 μg/mL) a concentrazioni comprese tra 2 e 256 μg/mL determinate dal convertitore di acquisizione immagini è mostrata nella Figura 3. Il 1° pozzetto orizzontale A1 è stato il co...

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Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance

Qui introduciamo il principio, la struttura e le istruzioni del sistema intelligente di test di sensibilità antimicrobica/screening fagico ad alto rendimento. La sua applicazione è illustrata utilizzando come esempio la Salmonella isolata dal pollame nello Shandong, in Cina. Viene calcolato l'indice di Lar e viene discusso in modo esaustivo la sua importanza nella valutazione della resistenza antimicrobica.

Applicazione del sistema intelligente di test di sensibilità antimicrobica/screening fagico ad alto rendimento e dell'indice Lar di resistenza antimicrobica

To improve the efficiency of antimicrobial susceptibility testing (AST) and phage high-throughput screening for resistant bacteria and to reduce the ...

Questo protocollo presenta un metodo multilivello, sia per la rilevazione dell'EST che per la figura del fago. Ha inoltre introdotto un grande indice per i salvataggi per confrontare i livelli EMR di diverse tecnologie di controllo. Questa tecnica economica è intelligente, ad alta produttività e multifunzionale.Ha permesso la creazione di VAMS, una rete di monitoraggio veterinario che ha raccolto 20.000 geni epidemici e fagi analitici. Questo metodo può essere utilizzato anche per il monitoraggio e il controllo dei batteri patogeni in medicina, agricoltura, batterie cardiache animali e pesca. Questo protocollo e questo documento aziendale dovrebbero prevedere di essere un.Noi con guida di formazione tecnica. Seguirlo aiuterebbe chiunque a padroneggiare la tecnica in un breve lasso di tempo. Iniziare incubando l'organismo di controllo qualità E.coli e 93 ceppi di salmonella testati su piastre di agar Mueller-Hinton.Successivamente, diluire l'inoculo preparato di ciascun ceppo 10 volte. Trasferire 200 microlitri di soluzione fisiologica normale sterile nel pozzetto a-1 di una piastra a 96 pozzetti come controllo negativo. Quindi pipettare due sospensioni di E.coli nei pozzetti a-2 e a-3 rispettivamente come controlli positivi e di qualità.Ai restanti 93 pozzetti, aggiungere 200 microlitri del ceppo di prova diluito. Per la preparazione delle piastre di agar antimicrobico. Innanzitutto, impostare gli intervalli di concentrazione per i diversi agenti antibatterici testati, in base all'indice LAR.Eseguire uno schema di diluizione di raddoppio log-due per la soluzione antibiotica seguendo il metodo di diluizione dell'agar standard CLSI. Ora aggiungi due millilitri di soluzione antimicrobica a un flacone di vetro sterilizzato contenente 18 millilitri di terreno di agar fuso Mueller-Hinton. Dopo aver mescolato accuratamente, versare in piastre all'interno di un armadio di sicurezza biologica.Lasciare solidificare l'agar a temperatura ambiente. Assicurati di lasciare uno spazio sotto il coperchio delle piastre per consentire l'asciugatura della superficie dell'agar. Etichettare i tipi di agenti antimicrobici e le rispettive concentrazioni sul lato inferiore delle piastre incubate.Disporre le piastre incubate multiple per ciascun agente antimicrobico in una pila disposta in ordine di diluizione di raddoppio del log due. Infine, preparare due piastre di agar prive di farmaci che fungano da controlli per ciascun agente. Installare una piastra di inoculazione sterilizzata sul supporto di un inoculatore a matrice di 96 punti all'interno di un armadio di sicurezza biologica.Successivamente, disporre il blocco di semi preparato con i ceppi testati e una piastra incubata in agar sul supporto mobile. Spingere il supporto mobile fino a quando il blocco di semina non si trova sotto la piastra del perno di inoculazione. Ora premere la maniglia di comando e abbassare la piastra del perno di inoculazione, guidando i 96 perni verso l'inoculo nei 96 pozzetti del blocco di semina.Rilasciare la maniglia di funzionamento in modo controllato e ripristinare automaticamente la piastra del perno di inoculazione per mescolare bene ogni inoculo e immergere, spingere la maniglia di funzionamento due o tre volte. Successivamente, spostare e posizionare la piastra di supporto in modo che la piastra di incubazione si trovi sotto la piastra del perno di inoculazione. Premere verso il basso la maniglia di comando, abbassando la piastra del perno di inoculazione e lasciandola per uno o due secondi per garantire il pieno contatto con la superficie della piastra incubata.Rilasciare la maniglia di comando per completare un ciclo di inoculazione. Sostituire la piastra incubata e ripetere il processo fino al completamento del lotto di piastre agar antimicrobiche. Passa a una nuova piastra di inoculazione e a un nuovo blocco di semi per inoculare un altro gruppo di ceppi testati.Incubare le piastre di agar antimicrobico inoculate a temperatura ambiente fino a quando l'umidità dei punti di inoculo non viene completamente assorbita dall'agar. Dopo l'incubazione, capovolgere le piastre e continuare l'incubazione per consentire ai batteri disinibiti di formare colonie. Per eseguire l'acquisizione di immagini e statistiche dei dati, iniziare facendo clic sul sistema di acquisizione di immagini AST a matrice di 96 punti per avviare il programma.Dalla barra delle applicazioni, seleziona informazioni sul test. Fare clic su Nuovo per creare una nuova attività di test e immettere i dettagli richiesti. Quindi premere raccolta dati seguita da fotografia e elemento di prova per selezionare l'attività appena creata.Scegliere antibiotici per selezionare il nome dell'antibiotico e gradiente per selezionare la concentrazione iniziale dell'antibiotico. Infine, fare clic su Connetti per stabilire una connessione con il convertitore di acquisizione immagini. Quindi, posizionare le piastre incubate sulla base della piastra di rilevamento e inserirle nel convertitore di acquisizione delle immagini.Clicca sulla collezione per catturare le immagini delle tavole. Premere gli antibiotici e selezionare il set di piastre successivo. Scegli la sfumatura per identificare la sfumatura iniziale, quindi procedi al prossimo round di raccolta di immagini.Finalizzare la procedura facendo clic su invia per determinare la formazione della colonia e convertire le immagini in concentrazioni minime inibitorie, ovvero valori MIC. Fare clic sulla query per accedere a tutti i risultati del MIC. Inizia utilizzando il metodo dell'agar a doppio strato per produrre fagi diversi.Diluire i fagi a un'adeguata concentrazione parallela e aggiungere 200 microlitri di inoculo fagico nel blocco di semi a 96 pozzetti. Successivamente, preparare una piastra incubata a doppio strato per ogni ceppo da esaminare. Lasciare uno spazio sotto il coperchio della piastra a doppio strato per consentire l'asciugatura.Posizionare il blocco di semi di fago preparato e la piastra a doppio strato sul supporto mobile dell'inoculatore a matrice di punti 96. Trasferire tutto l'inoculare fagico sulla superficie semi agar. Lasciare che le piastre rimangano a temperatura ambiente fino a quando tutta l'umidità inoculare non è stata assorbita nel semi agar.Ora incubate le piastre a 37 gradi Celsius per i ceppi testati per quattro-sei ore. Utilizzare il convertitore di acquisizione immagini per ottenere e salvare l'immagine del risultato sperimentale di ciascuna lastra a doppio strato. Registra il numero e le morfologie delle diverse forme di spot in un foglio di calcolo basato sulle immagini ottenute e calcola le rispettive proporzioni dei diversi tipi di fagi.Lo studio morfologico della crescita di salmonella su piastre con ampicillina ha mostrato che il controllo negativo in a-1 non ha mostrato alcuna crescita. La MIC del ceppo di salmonella in a-4 era di 64 microgrammi per millilitro, mentre quella di a-5 era di 16 microgrammi per millilitro. I valori percentuali di resistenza di ampicillina, ciprofloxacina e amoxicillina-acido clavulanico erano superiori al 50%, mentre quelli di doxiciclina, florfenicolo, cefotaxima ed enrofloxacina erano dal 30% al 50%Gentamicina, amikacina e meropenem hanno mostrato valori percentuali di resistenza inferiori al 30%Gli indici LAR di ciprofloxacina e amoxicillina-acido clavulanico differivano in modo significativo.Le analisi morfologiche della crescita di salmonella su piastre a doppio strato hanno mostrato che sono state osservate quattro morfologie principali dei fagi. La macchia litica rotonda e chiara proveniva da un fago che poteva uccidere in modo affidabile l'ospite sulla piastra, ma che poteva o meno replicarsi con successo a spese di quell'ospite. La collezione di targhe era formata da vere e proprie placche.La macchia litica torbida è il risultato di un fago che non ha ucciso in modo affidabile l'ospite sulla piastra e che può o non può replicarsi con successo a spese di quell'ospite. La macchia non litica indicava una natura non litica. Questa tecnica trasferisce facilmente in modo efficiente 96 lenti di agar in una sola volta e gli strumenti riconoscono automaticamente le immagini e quindi calcolano i dadi a linea.Questa tecnologia dovrebbe promuovere la ricerca e l'industrializzazione dei fagi e l'applicazione dei fagi è uno dei modi sorprendenti per ridurre e risolvere il problema della resistenza antimicrobica.

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Determinazione del microbica extracellulare Enzyme Activity in Acque, Suoli e sedimenti utilizzando High Throughput micropiastre saggi

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Ricerca

Ambiente

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

High-throughput fluorometrica misura del potenziale di suolo extracellulari enzimi Attività

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Ottimizzato colorazione negativa: un protocollo ad alta velocità per l&#39;esame di piccole e asimmetrica Protein Structure da microscopia elettronica

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Applicazione di due-macchiato Spider Mite<em&gt; Tetranychus urticae</em&gt; Per gli Studi Plant-parassita di interazione

The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae, is a ubiquitous polyphagous arthropod herbivore that feeds on a remarkably broad array of species, with ...

Modifying the Bank Erosion Hazard Index (BEHI) Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifying the Bank Erosion Hazard Index BEHI Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifica della Banca Erosione Hazard Index (Behi) Protocollo per la rapida valutazione dei corsi d&#39;acqua Erosion in Northeastern Ohio

Understanding the source of pollution in a stream is vital to preserving, restoring, and maintaining the stream&#8217;s function and habitat it provides. ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Screening Semi-High Throughput per potenziale siccità-tolleranza Lattuga (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) germoplasma Collezioni

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

High-throughput screening delle Variazioni riluttanza a lignocellulosica Biomassa: Total lignina, lignina monomeri, e enzimatica Zucchero di uscita

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

L'effetto dell'applicazione dell'olio essenziale di timo sulla carica microbica durante l'essiccazione della carne

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

La prova di infezione di pianta: Spray e ferita-mediata di inoculazione con la pianta patogeno Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

Alto-rendimento, Microscale protocollo per l'analisi dei parametri di elaborazione e qualità nutrizionali in mais (Zea mays L.)

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...