Name: application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance
Uploaded: 2023-07-21T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av National Key Research and Development Project (2019YFA0904003); Moderne landbruksindustrisystem i Shandong-provinsen (SDAIT-011-09); Internasjonalt samarbeidsprosjekt for plattformoptimalisering (CXGC2023G15); Store innovasjonsoppgaver for landbruksvitenskap og teknologisk innovasjonsprosjekt ved Academy of Agricultural Sciences Shandong, Kina (CXGC2023G03).

Salmonella-stammene som ble brukt i denne studien ble samlet inn fra fjærfe i Shandong, Kina, etter å ha fått godkjenning fra Biosafety Committee ved Institutt for dyrevitenskap og veterinærmedisin, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Kina.
1. Anvendelse av det intelligente AST-systemet med høy gjennomstrømning8
<ol><li>Inokulum forberedelse<ol><li>Inkubere kvalitetskontrollorganismen Escherichia coli og 93 Salmonell...

<ol>
	<li>Ramanan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+resistance-the+need+for+global+solutions.">Antimicrobial resistance-the need for global solutions.</a> The Lancet Infectious Diseases. 13 (12), 1057-1098 (2013).</li><li>Xiaonan, Z., Qing, Z., Thomas, S. P., Yuqing, L., Martha, R. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=inPhocus:+Perspectives+of+the+application+of+bacteriophages+in+poultry+and+aquaculture+industries+based+on+Varms+in+China.">inPhocus: Perspectives of the application of bacteriophages in poultry and aquaculture industries based on Varms in China.</a> PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2 (2), 69-74 (2021).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests. CLSI document M100. , (2022).</li><li>Yuqing, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antimicrobial Sensitivity Testing Standard of EUCAST. , (2017).</li><li>Barnini, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+rapid+method+for+direct+antimicrobial+susceptibility+testing+of+bacteria+from+positive+blood+cultures.">A new rapid method for direct antimicrobial susceptibility testing of bacteria from positive blood cultures.</a> BMC Microbiology. 16 (1), 185-192 (2016).</li><li>H&#246;ring, S., Massarani, A. S., L&#246;ffler, B., R&#246;del, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+antimicrobial+susceptibility+testing+in+blood+culture+diagnostics+performed+by+direct+inoculation+using+the+VITEK&#174;-2+and+BD+PhoenixTM+platforms.">Rapid antimicrobial susceptibility testing in blood culture diagnostics performed by direct inoculation using the VITEK&#174;-2 and BD PhoenixTM platforms.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (3), 471-478 (2019).</li><li>Dupuis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cobasbact+automated+antimicrobial+susceptibility+testing+system.">Evaluation of the Cobasbact automated antimicrobial susceptibility testing system.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 4 (2), 119-122 (1985).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+of+bacterial+antimicrobial+resistance+detection+and+its+operation+method.">A system of bacterial antimicrobial resistance detection and its operation method.</a> China Patent. , (2019).</li><li>Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high+throughput+test+plate+for+screening+bacteriophage+of+zoonotic+pathogens+and+its+application.">A high throughput test plate for screening bacteriophage of zoonotic pathogens and its application.</a> China Patent. , (2022).</li><li>Adams, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bacteriophages. , (1959).</li><li>Nair, A., Ghugare, G. S., Khairnar, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+appraisal+of+bacteriophage+isolation+techniques+from+environment.">An appraisal of bacteriophage isolation techniques from environment.</a> Microbial Ecology. 83 (3), 519-535 (2022).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Shandong veterinary antibiotic resistance system. , (2023).</li><li>Ming, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+results+of+96-dot+agar+dilution+method+and+broth+microdilution+method.">Comparison of the results of 96-dot agar dilution method and broth microdilution method.</a> Chinese Journal of Antibiotics. 43 (6), 729-733 (2018).</li><li>Laxminarayan, R., Klugman, K. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communicating+trends+in+resistance+using+a+drug+resistance+index.">Communicating trends in resistance using a drug resistance index.</a> BMJ Open. 1 (2), e000135 (2011).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+antibiotic+therapy+effectiveness+against+the+major+bacterial+pathogens+in+a+hospital+using+an+integrated+index.">Assessing antibiotic therapy effectiveness against the major bacterial pathogens in a hospital using an integrated index.</a> Future Microbiology. 12, 853-866 (2017).</li><li>Ciccolini, M., Spoorenberg, V., Geerlings, S. E., Prins, J. M., Grundmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+an+index-based+approach+to+assess+the+population-level+appropriateness+of+empirical+antibiotic+therapy.">Using an index-based approach to assess the population-level appropriateness of empirical antibiotic therapy.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 70 (1), 286-293 (2015).</li><li>Yanbo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+application+of+inoculation+system+for+high-throughput+drug+susceptibility+test.">Preliminary application of inoculation system for high-throughput drug susceptibility test.</a> China Poultry. 42 (6), 52-57 (2020).</li></ol>

Agarfortynningsmetoden er veletablert og mye brukt. Prinsippet for AST-systemet med høy gjennomstrømning var agarfortynningsmetoden. Et av de kritiske trinnene i protokollen var den nøyaktige overføringen av høy gjennomstrømning av 96 inokula på en gang, som ble utført flere ganger på rad. For å fullføre dette kritiske trinnet var pinnene til 96-punkts matriseinokulatoren ensartede og veldig glatte. Den naturlige avsetningen av hver pinne var et volum på ca. 2 μL, som samlet seg i små dråper på overflaten...

Siden antimikrobielle midler har vært mye brukt for å forebygge bakterielle infeksjonssykdommer, har antimikrobiell resistens (AMR) blitt et globalt folkehelseproblem1. Bekjempelse av AMR er den nåværende hovedoppgaven med å overvåke AMR av epidemiologiske patogener og synergistisk terapi av sensitive antimikrobielle midler og lytiske bakteriofager2.
In vitro testing av antimikrobiell følsomhet (ASAT) er bærebjelken for å overvåke behandling og oppdage AMR-nivå. Det er en viktig del av antimikrobiell farmakologi og det kritiske grunnlaget for klinisk medisinering. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) i USA og European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) har formulert og revidert internasjonale kriterier for AST og kontinuerlig modifisert og supplert AST-metoder og brytningspunktene for å bestemme MIC for en bestemt "organisme-antimikrobiell middel" -kombinasjon som sensitiv (S), resistent (R) eller mellomliggende (I) 3, 4.
Fra 1980-tallet til 1990-tallet ble automatiske mikrobuljongfortynningsinstrumenter raskt utviklet og brukt i klinisk praksis, med eksempler som Alfred 60AST, VITEK System, PHOENIXTM og Cobasbact 5,6,7. Imidlertid var disse instrumentene dyre, krevde høye forbruksvarer, og deres deteksjonsområder ble designet for klinisk pasientmedisin 5,6,7. Av disse grunner er de ikke egnet for veterinær klinisk undersøkelse og påvisning av store mengder svært resistente stammer. I denne studien ble et intelligent ASAT/fagscreeningssystem med høy gjennomstrømning, inkludert en 96-punkts matriseinokulator (figur 1), bildeinnsamlingsomformer (figur 2) og tilsvarende programvare8, utviklet for å utføre AST for en gruppe bakteriestammer mot flere antimikrobielle midler samtidig ved agarfortynningsmetoden. Videre ble systemet også brukt til å oppdage og analysere lysismønstre av fager mot antimikrobielle resistente bakterier9, og lytiske fager ble valgt effektivt fra fagbiblioteket. Dette systemet ble funnet å være effektivt, rimelig og enkelt å betjene.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig01.jpg"> Figur 1: Strukturdiagram over 96-punkts matriseinokulatoren. 1: Inokulasjonspinneplate; 2: Mobiloperatør; 3: Frø blokk; 4: Inkubert plate; 5: Base; 6: Betjeningshåndtak; 7: Begrens pinnen. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig01large.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av denne figuren.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig02.jpg"> Figur 2: Strukturdiagram over bildeinnsamlingsomformeren. 1: Skall; 2: Skjerm; 3: Bildeoppkjøpsrom; 4: Deteksjon bord base; 5: Deteksjonstavle inn og ut av lager; 6: Kontrolltavle; 7: Konverteringsenhet for bildeoppkjøp; 8: Lyskilde; 9: Bildeskanner. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig02large.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av denne figuren.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well&#160; culture plate</td>
			<td>Beijing lanjieke Technology Co., Ltd</td>
			<td>11510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix AST image acquisition system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix inoculator&#160;</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB8274-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amikacin&#160;</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A857053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A822839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A830931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA224S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated calculation software for Lar index of AMR</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria Salmonella strains</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Animal origin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial resistance Lar index certification management system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ceftiofur</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C873619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ciprofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clavulanic acid</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean worktable</td>
			<td>Suzhou purification equipment Co., Ltd</td>
			<td>SW-CJ-2D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Colistin sulfate</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C805491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture plate</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>D832390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>E809130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.22 &#956;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGP033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Florfenicol</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>F809685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>G810322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottle 50 mL</td>
			<td>Xuzhou Qianxing Glass Technology Co., Ltd</td>
			<td>QX-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-throughput resistance detection system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image acquisition converter</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Meropenem</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>M861173</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mueller-Hinton agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB6232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16021-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 90 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16001-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella phages</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Shanghai Minquan Instrument Co., Ltd</td>
			<td>MQD-S2R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turbidimeter</td>
			<td>Shanghai XingBai Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>F-TC2015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varms base type library system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical high-pressure steam sterilizer</td>
			<td>Shanghai Shen&#39;an medical instrument factory</td>
			<td>LDZX-75L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary pathogen resistance testing management system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary resistance cloud monitoring and phage control platform V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance

For å forbedre effektiviteten av antimikrobiell følsomhetstesting (AST) og høy gjennomstrømningsscreening for resistente bakterier og for å redusere deteksjonskostnadene, ble et intelligent ASAT / screeningsystem med høy gjennomstrømning, inkludert en 96-punkts matriseinokulator, bildeoppkjøpsomformer og tilhørende programvare, utviklet i henhold til AST-kriterier og brytningspunktene for motstand (R) formulert av Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). AST og statistikk over minste hemmende konsentrasjon (MIC) distribusjoner (fra R / 8 til 8R) på 1,500 Salmonella-stammer isolert fra fjærfe i Shandong, Kina, mot 10 antimikrobielle midler ble utført av det intelligente høykapasitets ASAT / screeningssystemet. Lar-indeksen, som betyr "mindre antibiose, mindre resistens og rest til lite antibiose", ble oppnådd ved å beregne det vektede gjennomsnittet av hver MIC og dividere med R. Denne tilnærmingen forbedrer nøyaktigheten sammenlignet med å bruke forekomsten av resistens for å karakterisere antimikrobiell resistens (AMR) grad av svært resistente stammer. For stammer av Salmonella med høy AMR ble lytiske fager effektivt screenet fra fagbiblioteket av dette systemet, og lysispekteret ble beregnet og analysert. Resultatene viste at det intelligente AST / fagscreeningssystemet med høy gjennomstrømning var operativt, nøyaktig, svært effektivt, billig og enkelt å vedlikeholde. Kombinert med Shandong veterinære antimikrobielle resistensovervåkingssystem, var systemet egnet for vitenskapelig forskning og klinisk deteksjon relatert til AMR.

Etter protokollen til det intelligente AST-systemet med høy gjennomstrømning ble applikasjonen illustrert av Salmonella fra fjærfe i Shandong, Kina, som et eksempel.
Veksten av Salmonella-stammer på agarplater med ampicillin (R på 32 μg / ml) i konsentrasjoner fra 2 til 256 μg / ml bestemt av bildeinnsamlingsomformeren er vist i figur 3. Den horisontale 1st brønn A1 var negativ kontroll og viste ingen kolonivekst; A2 og A3 var ...

Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance

Her introduserer vi prinsippet, strukturen og instruksjonen til det intelligente antimikrobielle følsomhetstestings- / fagscreeningssystemet med høy gjennomstrømning. Dens søknad er illustrert ved å bruke Salmonella isolert fra fjærfe i Shandong, Kina, som et eksempel. Lar-indeksen beregnes, og dens betydning for evaluering av antibiotikaresistens diskuteres grundig.

Anvendelse av Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System og Lar Index of Antimicrobial Resistance

To improve the efficiency of antimicrobial susceptibility testing (AST) and phage high-throughput screening for resistant bacteria and to reduce the ...

Denne protokollen presenterer en flernivåmetode, både for EST-deteksjon og fagfiguren. Det introduserte også stor indeks for lagringer for å sammenligne EPJ-nivåer av forskjellig kontrollteknologi. Denne kostnadseffektive teknikken er intelligent, høy gjennomstrømning og multifunksjonell.Det har muliggjort etableringen av VAMS, et veterinær overvåkingsnettverk som har samlet inn 20.000 epidemiske gener og analytiske fager. Denne metoden kan også brukes til overvåking og kontroll av sykdomsfremkallende bakterier i medisin, landbruk, dyrehjertebatteri og fiskeri. Denne protokollen og dette selskapspapiret skal sørge for å være a.Vi med teknisk trening guide. Å følge det ville hjelpe alle å mestre teknikken på kort tid. Begynn med å inkubere kvalitetskontrollorganismen E.coli og 93 test salmonellastammer på Mueller-Hinton agarplater.Deretter fortynnes det forberedte inokulumet for hver stamme 10 ganger. Overfør 200 mikroliter sterilt normalt saltvann til a-1 brønnen på en 96 brønnplate som negativ kontroll. Deretter pipetterer du to suspensjoner av E.coli i henholdsvis a-2- og a-3-brønnene som positive og kvalitetskontroller.Til de resterende 93 brønnene, tilsett 200 mikroliter av den fortynnede teststammen. Til fremstilling av de antimikrobielle agarplatene. Først angir du konsentrasjonsområdene for de forskjellige antibakterielle midlene som testes, i henhold til LAR-indeksen.Utfør et log-to-doblingsfortynningsskjema for antibiotikaoppløsningen i henhold til CLSIs standard agarfortynningsmetode. Legg nå to milliliter av den antimikrobielle løsningen til en sterilisert glassflaske som inneholder 18 ml smeltet Mueller-Hinton agar media. Etter å ha blandet grundig, hell i plater inne i et biosikkerhetsskap.La agaren stivne ved romtemperatur. Sørg for å legge et gap under lokket på platene for å tillate tørking av agaroverflaten. Merk typene antimikrobielle midler og deres respektive konsentrasjoner på undersiden av de inkuberte platene.Ordne flere inkuberte plater for hvert antimikrobielt middel i en stabel arrangert i logg to dobling fortynningsrekkefølge. Til slutt forbereder du to stofffrie agarplater for å fungere som kontroller for hvert middel. Installer en sterilisert inokulasjonsstiftplate på støtten til en 96-punkts matriseinokulator i et biosikkerhetsskap.Deretter ordner du den forberedte frøblokken med testede stammer og en agar-inkubert plate på mobilbæreren. Skyv mobiloperatøren til frøblokken er under inokulasjonsstiftplaten. Trykk nå på betjeningshåndtaket og senk inokulasjonsstiftplaten, og led de 96 pinnene mot inokulumet i frøblokkens 96 brønner.Slipp betjeningshåndtaket på en kontrollert måte og tilbakestill inokulasjonsstiftplaten automatisk for å røre hver inokulumbrønn og dypp, skyv betjeningshåndtaket to til tre ganger. Etterpå, skift og plasser bæreplaten slik at inkubasjonsplaten er under inokulasjonsstiftplaten. Trykk ned betjeningshåndtaket, senk inokulasjonsstiftplaten og la den stå i ett til to sekunder for å sikre full kontakt med overflaten på den inkuberte platen.Slipp betjeningshåndtaket for å fullføre en runde med inokulering. Bytt ut den inkuberte platen og gjenta prosessen til batchen av antimikrobielle agarplater er fullført. Bytt til en ny inokulasjonspinneplate og frøblokk for å inokulere en annen gruppe testede stammer.Inkuber de inokulerte antimikrobielle agarplatene ved romtemperatur til fuktighet fra inokulumflekkene er fullstendig absorbert i agar. Etter inkubering, inverter platene og fortsett inkubasjonen for å tillate uhemmede bakterier å danne kolonier. For å utføre bildeinnsamling og datastatistikk, start med å klikke på 96-punktmatrisen AST-bildeinnsamlingssystemet for å starte programmet.Fra oppgavelinjen velger du testinformasjon. Klikk Ny for å opprette en ny testoppgave og fylle ut de nødvendige detaljene. Trykk deretter på datainnsamling etterfulgt av fotografi og testelement for å velge den nyopprettede oppgaven.Velg antibiotika for å velge antibiotikanavn og gradient for å velge den opprinnelige konsentrasjonen av antibiotika. Til slutt, klikk på koble til for å opprette en forbindelse med bildeoppkjøpsomformeren. Deretter plasserer du de inkuberte platene på deteksjonsplatebasen og setter dem inn i bildeinnsamlingsomformeren.Klikk på samlingen for å ta bilder av platene. Trykk på antibiotika og velg neste sett med plater. Velg gradient for å identifisere startgradienten, og fortsett deretter til neste runde med bildesamlingen.Fullfør prosedyren ved å klikke send for å bestemme kolonidannelse og konvertere bilder til minste hemmende konsentrasjoner, det vil si MIC-verdier. Klikk på spørringen for å få tilgang til alle MIC-resultatene. Begynn med å bruke dobbeltlags agarmetoden for å produsere forskjellige fager.Fortynn fagene til en passende parallell konsentrasjon og tilsett 200 mikroliter av faginokulumet i 96-brønnfrøblokken. Deretter forbereder du en dobbeltlags inkubert plate for hver belastning som skal undersøkes. La det være et gap under lokket på den dobbeltlagde platen for å tillate tørking.Plasser den forberedte fagfrøblokken og dobbeltlagsplaten på mobilbæreren til 96-punktsmatriseinokulatoren. Overfør all faginokulær til semi-agaroverflaten. La platene forbli ved romtemperatur til all inokulær fuktighet er absorbert i semi-agar.Nå inkuberer platene ved 37 grader Celsius for de testede stammene i fire til seks timer. Bruk bildeinnsamlingsomformeren til å skaffe og lagre bildet av det eksperimentelle resultatet av hver dobbeltlagsplate. Registrer antall og morfologier for de forskjellige spotformene i et regneark basert på de oppnådde bildene og beregne de respektive proporsjonene av de forskjellige typer fager.Morfologisk undersøkelse av salmonellavekst på plater med ampicillin viste at den negative kontrollen i a-1 ikke viste noen vekst. MIC av salmonellastammen i a-4 var 64 mikrogram per milliliter, mens den for a-5 var 16 mikrogram per milliliter. De prosentvise resistensverdiene for ampicillin, ciprofloksacin og amoksicillin-klavulansyre var høyere enn 50 %Mens doksycyklin, florfenikol, cefotaksim og enrofloksacin var 30 % til 50 %Gentamicin, amikacin og meropenem viste prosentvise resistensverdier på mindre enn 30 %LAR-indeksene for ciprofloksacin og amoksicillin-klavulansyre ble signifikant utsatt.Morfologiske analyser av salmonellavekst på dobbeltlagsplater viste at fire hovedpunktmorfologi av fager ble observert. Det runde klare lytiske stedet var fra en som pålitelig kunne drepe verten på tallerkenen, men som kanskje eller kanskje ikke lykkes med å replikere på vertens bekostning. Samlingen av plaketter ble dannet av ekte plaketter.Det uklare lytiske stedet skyldes en som ikke pålitelig drepte verten på tallerkenen, og som kanskje eller kanskje ikke lykkes med å replikere på vertens bekostning. Den ingen lytiske flekken indikerte ikke-lytisk natur. Denne teknikken overfører enkelt 96 agar-objektiv samtidig, og instrumentene gjenkjenner automatisk bilder og beregner deretter linjeterningene.Denne teknologien forventes å fremme forskning og industrialisering av fager og anvendelse av fager er en av de fantastiske måtene å redusere og løse problemet med AMR.

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Fastsettelse av Microbial Ekstracellulær enzymaktivitet i Waters, jord og sedimenter ved hjelp av høy gjennomstrømming for mikro Analyser

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

Høy gjennomstrømming Fluorometrisk Måling av mulig Jord Ekstracellulære enzymaktivitet

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Optimalisert negativ farging: en High-throughput Protokoll for Undersøke Liten og Asymmetric Protein struktur ved elektronmikroskopi

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Anvendelse av Two-spotted Spider Mite<em&gt; Tetranychus urticae</em&gt; For Plant-pest interaksjonsstudier

The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae, is a ubiquitous polyphagous arthropod herbivore that feeds on a remarkably broad array of species, with ...

Modifying the Bank Erosion Hazard Index (BEHI) Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifying the Bank Erosion Hazard Index BEHI Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Endring av Bank Erosjon Hazard Index (Behi) Protokoll for Rapid Assessment of Streambank Erosjon i Northeastern Ohio

Understanding the source of pollution in a stream is vital to preserving, restoring, and maintaining the stream&#8217;s function and habitat it provides. ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Semi-High throughput screening for Potential Tørke-toleranse i Salat (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) genmateriale samlinger

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

Høy gjennomstrømming Screening av recalcitrance Variasjoner i lignocellulose Biomasse: Total Lignin, lignin Monomers, og Enzymatisk Sugar Slipp

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Effekten av anvendelsen av timian essensielle oljen på mikrobiell belastning under kjøtt tørking

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Anlegget infeksjon testen: Spray og såret-mediert Inoculation med anlegget patogen Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

Høy gjennomstrømming, Mikroskala protokollen for analyse av behandling parametere og ernæringsmessige egenskaper i mais (Zea mays L.)

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...