Name: application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance
Uploaded: 2023-07-21T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Detta arbete stöddes av det nationella nyckelforsknings- och utvecklingsprojektet (2019YFA0904003); Modernt jordbruksindustriellt system i Shandongprovinsen (SDAIT-011-09); Optimeringsprojekt för internationella samarbetsplattformar (CXGC2023G15). Stora innovationsuppgifter för jordbruksvetenskaps- och teknikinnovationsprojekt vid Academy of Agricultural Sciences Shandong, Kina (CXGC2023G03).

Salmonellastammarna som användes i denna studie samlades in från fjäderfä i Shandong, Kina, efter att ha fått godkännande från biosäkerhetskommittén vid Institute of Animal Sciences and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences, Kina.
1. Tillämpning av det intelligenta AST-systemet med hög kapacitet8
<ol><li>Förberedelse av inokulat<ol><li>Inkubera kvalitetskontrollorganismen Escherichia coli och 93 <...

<ol>
	<li>Ramanan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+resistance-the+need+for+global+solutions.">Antimicrobial resistance-the need for global solutions.</a> The Lancet Infectious Diseases. 13 (12), 1057-1098 (2013).</li><li>Xiaonan, Z., Qing, Z., Thomas, S. P., Yuqing, L., Martha, R. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=inPhocus:+Perspectives+of+the+application+of+bacteriophages+in+poultry+and+aquaculture+industries+based+on+Varms+in+China.">inPhocus: Perspectives of the application of bacteriophages in poultry and aquaculture industries based on Varms in China.</a> PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2 (2), 69-74 (2021).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests. CLSI document M100. , (2022).</li><li>Yuqing, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antimicrobial Sensitivity Testing Standard of EUCAST. , (2017).</li><li>Barnini, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+rapid+method+for+direct+antimicrobial+susceptibility+testing+of+bacteria+from+positive+blood+cultures.">A new rapid method for direct antimicrobial susceptibility testing of bacteria from positive blood cultures.</a> BMC Microbiology. 16 (1), 185-192 (2016).</li><li>H&#246;ring, S., Massarani, A. S., L&#246;ffler, B., R&#246;del, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+antimicrobial+susceptibility+testing+in+blood+culture+diagnostics+performed+by+direct+inoculation+using+the+VITEK&#174;-2+and+BD+PhoenixTM+platforms.">Rapid antimicrobial susceptibility testing in blood culture diagnostics performed by direct inoculation using the VITEK&#174;-2 and BD PhoenixTM platforms.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (3), 471-478 (2019).</li><li>Dupuis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cobasbact+automated+antimicrobial+susceptibility+testing+system.">Evaluation of the Cobasbact automated antimicrobial susceptibility testing system.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 4 (2), 119-122 (1985).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+of+bacterial+antimicrobial+resistance+detection+and+its+operation+method.">A system of bacterial antimicrobial resistance detection and its operation method.</a> China Patent. , (2019).</li><li>Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high+throughput+test+plate+for+screening+bacteriophage+of+zoonotic+pathogens+and+its+application.">A high throughput test plate for screening bacteriophage of zoonotic pathogens and its application.</a> China Patent. , (2022).</li><li>Adams, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bacteriophages. , (1959).</li><li>Nair, A., Ghugare, G. S., Khairnar, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+appraisal+of+bacteriophage+isolation+techniques+from+environment.">An appraisal of bacteriophage isolation techniques from environment.</a> Microbial Ecology. 83 (3), 519-535 (2022).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Shandong veterinary antibiotic resistance system. , (2023).</li><li>Ming, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+results+of+96-dot+agar+dilution+method+and+broth+microdilution+method.">Comparison of the results of 96-dot agar dilution method and broth microdilution method.</a> Chinese Journal of Antibiotics. 43 (6), 729-733 (2018).</li><li>Laxminarayan, R., Klugman, K. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communicating+trends+in+resistance+using+a+drug+resistance+index.">Communicating trends in resistance using a drug resistance index.</a> BMJ Open. 1 (2), e000135 (2011).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+antibiotic+therapy+effectiveness+against+the+major+bacterial+pathogens+in+a+hospital+using+an+integrated+index.">Assessing antibiotic therapy effectiveness against the major bacterial pathogens in a hospital using an integrated index.</a> Future Microbiology. 12, 853-866 (2017).</li><li>Ciccolini, M., Spoorenberg, V., Geerlings, S. E., Prins, J. M., Grundmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+an+index-based+approach+to+assess+the+population-level+appropriateness+of+empirical+antibiotic+therapy.">Using an index-based approach to assess the population-level appropriateness of empirical antibiotic therapy.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 70 (1), 286-293 (2015).</li><li>Yanbo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+application+of+inoculation+system+for+high-throughput+drug+susceptibility+test.">Preliminary application of inoculation system for high-throughput drug susceptibility test.</a> China Poultry. 42 (6), 52-57 (2020).</li></ol>

Agarspädningsmetoden är väletablerad och används i stor utsträckning. Principen för AST-systemet med hög kapacitet var agarspädningsmetoden. Ett av de kritiska stegen i protokollet var den noggranna överföringen av 96 inokulat med hög genomströmning på en gång, vilket utfördes flera gånger i rad. För att slutföra detta kritiska steg var stiften på 96-punkts matrisinokulatorn enhetliga och mycket släta. Den naturliga depositionen av varje stift var en volym på cirka 2 μL, som aggregerades till små d...

Eftersom antimikrobiella medel har använts i stor utsträckning för att förebygga bakteriella infektionssjukdomar har antimikrobiell resistens blivit ett globalt folkhälsoproblem1. Att bekämpa antimikrobiell resistens är den nuvarande huvuduppgiften, nämligen att övervaka antimikrobiell resistens mot epidemiologiska patogener och synergistisk behandling av känsliga antimikrobiella medel och lytiska bakteriofager2.
In vitro-testning av antimikrobiell känslighet (AST) är grundpelaren för att övervaka behandlingen och upptäcka nivån av antimikrobiell resistens. Det är en viktig del av antimikrobiell farmakologi och den kritiska grunden för klinisk medicinering. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) i USA och European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) har formulerat och reviderat internationella kriterier för AST och kontinuerligt modifierat och kompletterat AST-metoder och brytpunkter för att bestämma MIC för en viss kombination av "organism-antimikrobiellt medel" som känslig (S), resistent (R) eller intermediär (I)3. 4. veckor
Från 1980-talet till 1990-talet utvecklades snabbt automatiska mikrobuljongspädningsinstrument och tillämpades i klinisk praxis, med exempel som Alfred 60AST, VITEK System, PHOENIXTM och Cobasbact 5,6,7. Dessa instrument var dock dyra, krävde dyra förbrukningsvaror och deras detektionsintervall var utformade för klinisk patientmedicinering 5,6,7. Av dessa skäl är de inte lämpliga för veterinärmedicinsk klinisk undersökning och påvisande av stora mängder mycket resistenta stammar. I denna studie utvecklades ett intelligent AST/fagscreeningsystem med hög kapacitet, inklusive en 96-punkts matrisinokulator (figur 1), bildinsamlingsomvandlare (figur 2) och motsvarande programvara8, för att utföra ASAT för en sats bakteriestammar mot flera antimikrobiella medel samtidigt med agarspädningsmetoden. Dessutom användes systemet också för att detektera och analysera fagers lysmönster mot antimikrobiellt resistenta bakterier9, och lytiska fager valdes effektivt från fagbiblioteket. Detta system visade sig vara effektivt, prisvärt och lätt att använda.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig01.jpg"> Figur 1: Strukturdiagram över 96-punkts matrisinokulatorn. 1: Inokuleringsstiftplatta; 2: Mobiloperatör; 3: Frö block; 4: Inkuberad platta; 5: Bas; 6: Manöverhandtag; 7: Begränsa stiftet. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig01large.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna figur.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig02.jpg"> Figur 2: Strukturdiagram över bildtagningskonverteraren. 1: Skal; 2: Bildskärm; 3: Bildinsamlingsrum; 4: Detektionskortets bas; 5: Detektionstavla in och ut ur lager; 6: Styrkort; 7: Anordning för konvertering av bildinsamling; 8: Ljuskälla; 9: Bildskanner. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig02large.jpg" target="_blank">Klicka här för att se en större version av denna figur.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well&#160; culture plate</td>
			<td>Beijing lanjieke Technology Co., Ltd</td>
			<td>11510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix AST image acquisition system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix inoculator&#160;</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB8274-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amikacin&#160;</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A857053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A822839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A830931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA224S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated calculation software for Lar index of AMR</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria Salmonella strains</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Animal origin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial resistance Lar index certification management system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ceftiofur</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C873619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ciprofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clavulanic acid</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean worktable</td>
			<td>Suzhou purification equipment Co., Ltd</td>
			<td>SW-CJ-2D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Colistin sulfate</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C805491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture plate</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>D832390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>E809130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.22 &#956;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGP033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Florfenicol</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>F809685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>G810322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottle 50 mL</td>
			<td>Xuzhou Qianxing Glass Technology Co., Ltd</td>
			<td>QX-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-throughput resistance detection system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image acquisition converter</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Meropenem</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>M861173</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mueller-Hinton agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB6232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16021-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 90 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16001-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella phages</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Shanghai Minquan Instrument Co., Ltd</td>
			<td>MQD-S2R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turbidimeter</td>
			<td>Shanghai XingBai Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>F-TC2015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varms base type library system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical high-pressure steam sterilizer</td>
			<td>Shanghai Shen&#39;an medical instrument factory</td>
			<td>LDZX-75L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary pathogen resistance testing management system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary resistance cloud monitoring and phage control platform V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance

För att förbättra effektiviteten hos antimikrobiell resistensbestämning (AST) och screening av faghögkapacitetsscreening för resistenta bakterier och för att minska detektionskostnaden, utvecklades ett intelligent AST/fagscreeningsystem med hög kapacitet, inklusive en 96-punktsmatrisinokulator, bildinsamlingsomvandlare och motsvarande programvara, enligt AST-kriterier och brytpunkterna för resistens (R) som formulerats av Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). ASAT och statistik över fördelningen av minsta hämmande koncentration (MIC) (från R/8 till 8R) för 1 500 salmonellastammar isolerade från fjäderfä i Shandong, Kina, jämfört med 10 antimikrobiella medel utfördes av det intelligenta AST/fagscreeningsystemet med hög kapacitet. Lar-indexet, som betyder "mindre antibios, mindre resistens och kvarvarande till lite antibios", erhölls genom att beräkna det viktade genomsnittet för varje MIC och dividera med R. Detta tillvägagångssätt förbättrar noggrannheten jämfört med att använda förekomsten av resistens för att karakterisera graden av antimikrobiell resistens (AMR) hos mycket resistenta stammar. För stammar av Salmonella med hög AMR screenades lytiska fager effektivt från fagbiblioteket av detta system, och lysspektrumet beräknades och analyserades. Resultaten visade att det intelligenta screeningsystemet för ASAT/med hög kapacitet var användbart, exakt, mycket effektivt, billigt och lätt att underhålla. I kombination med Shandongs veterinära system för övervakning av antimikrobiell resistens var systemet lämpligt för vetenskaplig forskning och klinisk upptäckt i samband med antimikrobiell resistens.

I enlighet med protokollet för det intelligenta AST-systemet med hög kapacitet illustrerades dess tillämpning med salmonella från fjäderfä i Shandong, Kina, som ett exempel.
Tillväxten av Salmonella-stammar på agarplattor med ampicillin (R på 32 μg/ml) vid koncentrationer från 2 till 256 μg/ml, bestämd med bildtagningsomvandlaren, visas i figur 3. Den horisontella 1:a brunnen A1 var den negativa kontrollen och visade ingen...

Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance

Här introducerar vi principen, strukturen och instruktionen för det intelligenta antimikrobiella känslighetstestnings-/fagscreeningssystemet med hög genomströmning. Dess tillämpning illustreras genom att använda salmonella isolerad från fjäderfä i Shandong, Kina, som ett exempel. Lar-indexet beräknas och dess betydelse för bedömningen av antimikrobiell resistens diskuteras ingående.

Tillämpning av det intelligenta systemet för testning av antimikrobiell känslighet/fagscreening med hög kapacitet och LAR-index för antimikrobiell resistens

To improve the efficiency of antimicrobial susceptibility testing (AST) and phage high-throughput screening for resistant bacteria and to reduce the ...

Detta protokoll presenterar en flernivåmetod, både för EST-detektion och fagsiffran. Det introducerade också ett stort index för sparande för att jämföra EMR-nivåer för olika styrtekniker. Denna kostnadseffektiva teknik är intelligent, har hög genomströmning och är multifunktionell.Det har gjort det möjligt att inrätta VAMS, ett nätverk för veterinär övervakning som har samlat in 20 000 epidemiska gener och analytiska fager. Denna metod kan också användas för övervakning och kontroll av patogena bakterier inom medicin, jordbruk, djurhjärtbatteri och fiske. Detta protokoll och detta företagsdokument bör ge för att vara en.Vi med teknisk utbildningsguide. Att följa det skulle hjälpa vem som helst att behärska tekniken på kort tid. Börja med att inkubera kvalitetskontrollorganismen E. coli och 93 testsalmonellastammar på Mueller-Hinton-agarplattor.Späd sedan ut det beredda inokulet av varje stam 10 gånger. Överför 200 mikroliter steril normal koksaltlösning till A-1-brunnen på en 96-hålsplatta som negativ kontroll. Pipettera sedan två suspensioner av E. coli i brunnarna a-2 och a-3 som positiva respektive kvalitetskontroller.Tillsätt 200 mikroliter av den utspädda teststammen till de återstående 93 brunnarna. För beredning av de antimikrobiella agarplattorna. Ställ först in koncentrationsintervallen för de olika antibakteriella medlen som testas, enligt LAR-indexet.Utför ett log-två-schema för fördubblingsutspädning av antibiotikalösningen enligt CLSI:s standardmetod för agarspädning. Tillsätt nu två milliliter av den antimikrobiella lösningen till en steriliserad glasflaska som innehåller 18 milliliter smält Mueller-Hinton-agarmedia. Efter att ha blandat ordentligt, häll upp på tallrikar inuti ett biosäkerhetsskåp.Låt agarn stelna i rumstemperatur. Se till att lämna ett mellanrum under locket på plattorna för att möjliggöra torkning av agarytan. Märk typerna av antimikrobiella medel och deras respektive koncentrationer på undersidan av de inkuberade plattorna.Ordna de multipla inkuberade plattorna för varje antimikrobiellt medel i en stapel som är ordnad i log två i dubbel utspädningsordning. Slutligen, förbered två läkemedelsfria agarplattor för att fungera som kontroller för varje medel. Installera en steriliserad inokuleringsstiftplatta på stödet av en 96-punktsmatrisinokulator i ett biosäkerhetsskåp.Ordna sedan det förberedda fröblocket med testade stammar och en agar-inkuberad platta på mobilbäraren. Tryck på mobilhållaren tills fröblocket är under inokuleringsstiftplattan. Tryck nu på manöverhandtaget och sänk inokuleringsstiftplattan, styr de 96 stiften mot ympen i fröblockets 96 brunnar.Släpp manöverhandtaget på ett kontrollerat sätt och återställ automatiskt inokuleringsstiftplattan för att röra om varje inokulum väl och doppa, tryck på manöverhandtaget två till tre gånger. Flytta och placera sedan bärplattan så att inkubationsplattan är under inokuleringsstiftplattan. Tryck ner manöverhandtaget, sänk inokuleringsstiftplattan och låt den stå i en till två sekunder för att säkerställa full kontakt med ytan på den inkuberade plattan.Släpp manöverhandtaget för att slutföra en omgång vaccination. Sätt tillbaka den inkuberade plattan och upprepa processen tills satsen med antimikrobiella agarplattor är klar. Byt till en ny inokuleringsstiftplatta och fröblock för att inokulera en annan grupp testade stammar.Inkubera de inokulerade antimikrobiella agarplattorna i rumstemperatur tills fukt från inokulatfläckarna har absorberats helt i agar. Efter inkubationen, vänd plattorna och fortsätt inkubationen så att ohämmade bakterier kan bilda kolonier. För att utföra bildinsamling och datastatistik, börja med att klicka på AST-bildinsamlingssystemet med 96 punkter för att starta programmet.I aktivitetsfältet väljer du testinformation. Klicka på ny för att skapa en ny testuppgift och fyll i de uppgifter som krävs. Tryck sedan på datainsamling följt av fotografi och testobjekt för att välja den nyskapade uppgiften.Välj antibiotika för att välja antibiotikanamn och gradient för att välja den initiala koncentrationen av antibiotikan. Klicka slutligen på anslut för att upprätta en anslutning till bildförvärvskonverteraren. Placera sedan de inkuberade plattorna på detektionsplattans bas och sätt in dem i bildinsamlingskonverteraren.Klicka på samling för att ta bilder av plattorna. Tryck på antibiotika och välj nästa uppsättning plattor. Välj övertoning för att identifiera startövertoningen och fortsätt sedan till nästa omgång av bildsamlingen.Slutför proceduren genom att klicka på skicka för att bestämma kolonibildning och konvertera bilder till lägsta hämmande koncentrationer, det vill säga MIC-värden. Klicka på fråga för att komma åt alla MIC-resultat. Börja med att använda dubbelskiktsagarmetoden för att producera olika fager.Späd fagerna till en lämplig parallell koncentration och tillsätt 200 mikroliter faginokulum i fröblocket med 96 brunnar. Förbered sedan en dubbelskiktsinkuberad platta för varje stam som ska undersökas. Lämna ett mellanrum under locket på den dubbelskiktade plattan för att möjliggöra torkning.Placera det förberedda fagfröblocket och dubbelskiktsplattan på den mobila bäraren av 96-punktsmatrisinokulatorn. Överför all faginokulär till semiagarytan. Låt plattorna förbli i rumstemperatur tills all inokulär fukt har absorberats i semiagar.Inkubera nu plattorna vid 37 grader Celsius för de testade stammarna i fyra till sex timmar. Använd bildinsamlingskonverteraren för att få och spara bilden av det experimentella resultatet av varje dubbelskiktsplatta. Anteckna antalet och morfologierna för de olika dekorformerna i ett kalkylblad baserat på de erhållna bilderna och beräkna respektive proportioner av de olika typerna av fager.Morfologisk studie av salmonellatillväxt på plattor med ampicillin visade att den negativa kontrollen i a-1 inte visade någon tillväxt. MIC för salmonellastammen i a-4 var 64 mikrogram per milliliter, medan den för a-5 var 16 mikrogram per milliliter. De procentuella resistensvärdena för ampicillin, ciprofloxacin och amoxicillin-klavulansyra var högre än 50 %Medan de för doxycyklin, florfenikol, cefotaxim och enrofloxacin var 30 % till 50 %Gentamicin, amikacin och meropenem visade procentuella resistensvärden på mindre än 30 %LAR-indexen för ciprofloxacin och amoxicillin-klavulansyra avfyrades signifikant.Morfologiska analyser av salmonellatillväxt på dubbelskiktsplattor visade att fyra huvudsakliga fläckmorfologi hos fager observerades. Den runda klara lytiska fläcken kom från en som på ett tillförlitligt sätt kunde döda värden på plattan, men som kanske eller kanske inte lyckas replikera på värdens bekostnad. Samlingen av plaketter utgjordes av äkta plaketter.Den grumliga lytiska fläcken var resultatet av en som inte på ett tillförlitligt sätt dödade värden på plattan, och som kanske eller kanske inte lyckas replikera på värdens bekostnad. Den icke-lytiska fläcken indikerade icke-lytisk natur. Denna teknik överför enkelt och effektivt 96 agarlins på en gång och instrumenten känner automatiskt igen bilder och beräknar sedan lintärningarna.Denna teknik förväntas främja forskning och industrialisering av fager och användningen av fager är ett av de fantastiska sätten att minska och lösa problemet med antimikrobiell resistens.

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Fastställande av mikrobiell extracellulär enzymaktivitet i Vatten, Jord och sediment med hjälp av hög genomströmning mikroplattor Analyser

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

Hög kapacitet Fluorometrisk Mätning av Potential Soil Extracellulär Enzymaktiviteter

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Optimerad Negativ Färgning: a hög kapacitet protokoll för prövningen Liten och Asymmetric Protein Structure genom elektronmikroskopi

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Tillämpning av Two-spotted Spider Mite<em&gt; Tetranychus urticae</em&gt; För växt-skadegörare Interaktionsstudier

The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae, is a ubiquitous polyphagous arthropod herbivore that feeds on a remarkably broad array of species, with ...

Modifying the Bank Erosion Hazard Index (BEHI) Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifying the Bank Erosion Hazard Index BEHI Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifiera banken Erosion Hazard index (BEHI) Protokoll för snabb bedömning av Streambank Erosion i nordöstra Ohio

Understanding the source of pollution in a stream is vital to preserving, restoring, and maintaining the stream&#8217;s function and habitat it provides. ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Semi-högkapacitetsscreening för Potentiell torka-tolerans Sallad (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) arvsmassa samlingar

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

Hög genomströmning Screening av motsträvighet Variationer i lignocellulosabiomassa: Total Lignin, Lignin monomerer, och enzymatisk Sugar Release

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Effekten av tillämpningen av Timjan eterisk olja på mikrobiell belastning under kött torkning

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Den växt infektion testet: Spray och sår-medierad inympning med den växt patogen Magnaporthe länkar

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

Hög genomströmning, hur provtagningsutrustningen skall protokollet för analys av bearbetning parametrar och näringsvärde i majs (Zea mays L.)

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...