Name: application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance
Uploaded: 2023-07-21T14:45:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Bu çalışma Ulusal Anahtar Araştırma ve Geliştirme Projesi (2019YFA0904003) tarafından desteklenmiştir; Shandong Eyaletinde Modern Tarımsal Endüstriyel Sistem (SDAIT-011-09); Uluslararası İşbirliği Platformu Optimizasyon Projesi (CXGC2023G15); Tarım Bilimleri Akademisi Shandong, Çin'in tarım bilimi ve teknoloji inovasyon projesinin başlıca İnovasyon görevleri (CXGC2023G03).

Bu çalışmada kullanılan Salmonella suşları, Çin'deki Shandong Tarım Bilimleri Akademisi, Hayvan Bilimleri ve Veterinerlik Enstitüsü Biyogüvenlik Komitesi'nden onay alındıktan sonra Çin'in Shandong kentindeki kümes hayvanlarından toplanmıştır.
1. Akıllı yüksek verimli AST sisteminin uygulanması8
<ol><li>Aşı hazırlama<ol><li>Kalite kontrol organizması Escherichia coli ve 93 Salmonella suşu, Mueller-...

<ol>
	<li>Ramanan, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+resistance-the+need+for+global+solutions.">Antimicrobial resistance-the need for global solutions.</a> The Lancet Infectious Diseases. 13 (12), 1057-1098 (2013).</li><li>Xiaonan, Z., Qing, Z., Thomas, S. P., Yuqing, L., Martha, R. J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=inPhocus:+Perspectives+of+the+application+of+bacteriophages+in+poultry+and+aquaculture+industries+based+on+Varms+in+China.">inPhocus: Perspectives of the application of bacteriophages in poultry and aquaculture industries based on Varms in China.</a> PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2 (2), 69-74 (2021).</li><li>CLSI. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Performance Standards for Antimicrobial Disk Susceptibility Tests. CLSI document M100. , (2022).</li><li>Yuqing, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Antimicrobial Sensitivity Testing Standard of EUCAST. , (2017).</li><li>Barnini, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+rapid+method+for+direct+antimicrobial+susceptibility+testing+of+bacteria+from+positive+blood+cultures.">A new rapid method for direct antimicrobial susceptibility testing of bacteria from positive blood cultures.</a> BMC Microbiology. 16 (1), 185-192 (2016).</li><li>H&#246;ring, S., Massarani, A. S., L&#246;ffler, B., R&#246;del, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+antimicrobial+susceptibility+testing+in+blood+culture+diagnostics+performed+by+direct+inoculation+using+the+VITEK&#174;-2+and+BD+PhoenixTM+platforms.">Rapid antimicrobial susceptibility testing in blood culture diagnostics performed by direct inoculation using the VITEK&#174;-2 and BD PhoenixTM platforms.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (3), 471-478 (2019).</li><li>Dupuis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+the+Cobasbact+automated+antimicrobial+susceptibility+testing+system.">Evaluation of the Cobasbact automated antimicrobial susceptibility testing system.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 4 (2), 119-122 (1985).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+system+of+bacterial+antimicrobial+resistance+detection+and+its+operation+method.">A system of bacterial antimicrobial resistance detection and its operation method.</a> China Patent. , (2019).</li><li>Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high+throughput+test+plate+for+screening+bacteriophage+of+zoonotic+pathogens+and+its+application.">A high throughput test plate for screening bacteriophage of zoonotic pathogens and its application.</a> China Patent. , (2022).</li><li>Adams, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Bacteriophages. , (1959).</li><li>Nair, A., Ghugare, G. S., Khairnar, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+appraisal+of+bacteriophage+isolation+techniques+from+environment.">An appraisal of bacteriophage isolation techniques from environment.</a> Microbial Ecology. 83 (3), 519-535 (2022).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Shandong veterinary antibiotic resistance system. , (2023).</li><li>Ming, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+results+of+96-dot+agar+dilution+method+and+broth+microdilution+method.">Comparison of the results of 96-dot agar dilution method and broth microdilution method.</a> Chinese Journal of Antibiotics. 43 (6), 729-733 (2018).</li><li>Laxminarayan, R., Klugman, K. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Communicating+trends+in+resistance+using+a+drug+resistance+index.">Communicating trends in resistance using a drug resistance index.</a> BMJ Open. 1 (2), e000135 (2011).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+antibiotic+therapy+effectiveness+against+the+major+bacterial+pathogens+in+a+hospital+using+an+integrated+index.">Assessing antibiotic therapy effectiveness against the major bacterial pathogens in a hospital using an integrated index.</a> Future Microbiology. 12, 853-866 (2017).</li><li>Ciccolini, M., Spoorenberg, V., Geerlings, S. E., Prins, J. M., Grundmann, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Using+an+index-based+approach+to+assess+the+population-level+appropriateness+of+empirical+antibiotic+therapy.">Using an index-based approach to assess the population-level appropriateness of empirical antibiotic therapy.</a> Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 70 (1), 286-293 (2015).</li><li>Yanbo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Preliminary+application+of+inoculation+system+for+high-throughput+drug+susceptibility+test.">Preliminary application of inoculation system for high-throughput drug susceptibility test.</a> China Poultry. 42 (6), 52-57 (2020).</li></ol>

Agar seyreltme yöntemi iyi kurulmuş ve yaygın olarak kullanılmaktadır. Yüksek verimli AST sisteminin prensibi, agar seyreltme yöntemiydi. Protokoldeki kritik adımlardan biri, arka arkaya birden çok kez gerçekleştirilen 96 aşının tek seferde doğru yüksek verimli transferiydi. Bu kritik adımı tamamlamak için, 96 noktalı matris aşılayıcının pimleri tek tip ve çok pürüzsüzdü. Her bir pimin doğal birikimi yaklaşık 2 μL'lik bir hacimdi ve agar ortamının yüzeyinde küçük damlacıklar halin...

Antimikrobiyal ajanlar bakteriyel enfeksiyon hastalıklarını önlemek için yaygın olarak kullanıldığından, antimikrobiyal direnç (AMR) küresel bir halk sağlığı sorunu haline gelmiştir1. AMR ile mücadele, epidemiyolojik patojenlerin AMR'sini izlemek ve hassas antimikrobiyal ajanların ve litik bakteriyofajların sinerjik tedavisinin mevcut ana görevidir2.
İn vitro antimikrobiyal duyarlılık testi (AST), tedaviyi izlemek ve AMR seviyesini tespit etmek için temel dayanaktır. Antimikrobiyal farmakolojinin önemli bir parçasıdır ve klinik ilaç tedavisinin kritik temelidir. Amerika Birleşik Devletleri Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) ve Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST), AST ile ilgili uluslararası kriterleri formüle etmiş ve revize etmiş ve AST yöntemlerini ve kesme noktalarını hassas (S), dirençli (R) veya orta (I) olarak belirli bir "organizma-antimikrobiyal ajan" kombinasyonunun MIC'sini belirlemek için sürekli olarak değiştirilmiş ve tamamlamıştır.3, 4.
1980'lerden 1990'lara kadar, otomatik mikro et suyu seyreltme cihazları hızla geliştirildi ve Alfred 60AST, VITEK System, PHOENIXTM ve Cobasbact 5,6,7 gibi örneklerle klinik uygulamaya uygulandı. Bununla birlikte, bu aletler pahalıydı, yüksek maliyetli sarf malzemeleri gerektiriyordu ve tespit aralıkları klinik hasta ilaçları için tasarlandı 5,6,7. Bu nedenlerden dolayı, veteriner klinik muayenesi ve büyük miktarlarda yüksek dirençli suşların tespiti için uygun değildirler. Bu çalışmada, 96 noktalı matris inokülatörü (Şekil 1), görüntü elde etme dönüştürücüsü (Şekil 2) ve ilgili yazılım8'i içeren akıllı, yüksek verimli bir AST / faj tarama sistemi, bir grup bakteri suşu için birden fazla antimikrobiyal ajana karşı aynı anda agar seyreltme yöntemi ile AST'yi yürütmek üzere geliştirilmiştir. Ayrıca sistem, fajların antimikrobiyal dirençli bakterilere karşı lizis paternlerini tespit etmek ve analiz etmek için de kullanıldı9 ve litik fajlar faj kütüphanesinden verimli bir şekilde seçildi. Bu sistemin verimli, uygun fiyatlı ve kullanımı kolay olduğu bulundu.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig01.jpg"> Şekil 1: 96 noktalı matris aşılayıcının yapısal diyagramı. 1: Aşılama pim plakası; 2: Mobil operatör; 3: Tohum bloğu; 4: İnkübe plakası; 5: Taban; 6: Çalıştırma kolu; 7: Limit pimi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/64785/64785fig02.jpg"> Şekil 2: Görüntü elde etme dönüştürücüsünün yapısal diyagramı. 1: Kabuk; 2: Görüntü ekranı; 3: Görüntü alma odası; 4: Algılama panosu tabanı; 5: Depo içinde ve dışında algılama panosu; 6: Kontrol panosu; 7: Görüntü alma dönüştürme cihazı; 8: Işık kaynağı; 9: Görüntü tarayıcı. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/64785/64785fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>96 well&#160; culture plate</td>
			<td>Beijing lanjieke Technology Co., Ltd</td>
			<td>11510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix AST image acquisition system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>96-dot matrix inoculator&#160;</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB8274-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amikacin&#160;</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A857053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A822839</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ampicillin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>A830931</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Analytical balance</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>BSA224S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Automated calculation software for Lar index of AMR</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacteria Salmonella strains</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Animal origin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacterial resistance Lar index certification management system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ceftiofur</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C873619</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ciprofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clavulanic acid</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C824181</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Clean worktable</td>
			<td>Suzhou purification equipment Co., Ltd</td>
			<td>SW-CJ-2D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Colistin sulfate</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>C805491</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture plate</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>D832390</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrofloxacin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>E809130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter 0.22 &#956;m</td>
			<td>Millipore</td>
			<td>SLGP033RB</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Florfenicol</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>F809685</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>G810322</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass bottle 50 mL</td>
			<td>Xuzhou Qianxing Glass Technology Co., Ltd</td>
			<td>QX-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>High-throughput resistance detection system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image acquisition converter</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Patented product</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Meropenem</td>
			<td>Shanghai McLean Biochemical Technology Co., Ltd</td>
			<td>M861173</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mueller-Hinton agar</td>
			<td>Qingdao hi tech Industrial Park Haibo Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>HB6232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 60 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16021-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri dish 90 mm x 15 mm</td>
			<td>Qingdao Jindian biochemical equipment Co., Ltd</td>
			<td>16001-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salmonella phages</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Shanghai Minquan Instrument Co., Ltd</td>
			<td>MQD-S2R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Turbidimeter</td>
			<td>Shanghai XingBai Biotechnology Co., Ltd</td>
			<td>F-TC2015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Varms base type library system V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vertical high-pressure steam sterilizer</td>
			<td>Shanghai Shen&#39;an medical instrument factory</td>
			<td>LDZX-75L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary pathogen resistance testing management system</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Veterinary resistance cloud monitoring and phage control platform V1.0</td>
			<td>Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Shandong Academy of Agricultural Sciences</td>
			<td>In-house software copyright</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

application of the intelligent high-throughput antimicrobial sensitivity testing/phage screening system and lar index of antimicrobial resistance

Dirençli bakteriler için antimikrobiyal duyarlılık testi (AST) ve faj yüksek verimli taramanın verimliliğini artırmak ve tespit maliyetini azaltmak için, 96 noktalı matris aşılayıcı, görüntü elde etme dönüştürücü ve ilgili yazılımı içeren akıllı bir yüksek verimli AST / faj tarama sistemi, AST kriterlerine ve Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI) tarafından formüle edilen direnç kırılma noktalarına ( R ) göre geliştirilmiştir. Çin'in Shandong kentindeki kümes hayvanlarından izole edilen 1.500 Salmonella suşunun 10 antimikrobiyal ajana karşı minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) dağılımlarının (R / 8 ila 8R) AST ve istatistikleri, akıllı yüksek verimli AST / faj tarama sistemi tarafından gerçekleştirildi. "Daha az antibiyoz, daha az direnç ve az antibiyoza kadar rezidüel" anlamına gelen Lar indeksi, her bir MK'nin ağırlıklı ortalamasının hesaplanması ve R'ye bölünmesi ile elde edildi. Bu yaklaşım, yüksek dirençli suşların antimikrobiyal direnç (AMR) derecesini karakterize etmek için direnç prevalansının kullanılmasına kıyasla doğruluğu artırır. Yüksek AMR'li Salmonella suşları için, litik fajlar bu sistem tarafından faj kütüphanesinden verimli bir şekilde tarandı ve lizis spektrumu hesaplandı ve analiz edildi. Sonuçlar, akıllı yüksek verimli AST / faj tarama sisteminin çalıştırılabilir, doğru, yüksek verimli, ucuz ve bakımı kolay olduğunu gösterdi. Shandong veteriner antimikrobiyal direnç izleme sistemi ile birlikte sistem, AMR ile ilgili bilimsel araştırma ve klinik tespit için uygundu.

Akıllı yüksek verimli AST sisteminin protokolünü takiben, uygulaması örnek olarak Çin'in Shandong kentindeki kümes hayvanlarından elde edilen Salmonella ile gösterilmiştir.
Görüntü elde etme dönüştürücüsü tarafından belirlenen 2 ila 256 μg/mL konsantrasyonlarda ampisilin (32 μg/mL R) içeren agar plakalarında Salmonella suşlarının büyümesi Şekil 3'te gösterilmektedir. Yatay 1. kuyu A1 negatif kontroldü...

Watch this Scientific Journal Video about Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance at JoVE.com

Application of the Intelligent High-Throughput Antimicrobial Sensitivity Testing/Phage Screening System and Lar Index of Antimicrobial Resistance

Burada akıllı, yüksek verimli antimikrobiyal duyarlılık testi/faj tarama sisteminin prensibini, yapısını ve talimatını tanıtıyoruz. Uygulaması, örnek olarak Çin'in Shandong kentindeki kümes hayvanlarından izole edilen Salmonella kullanılarak gösterilmiştir. Lar indeksi hesaplanır ve antimikrobiyal direncin değerlendirilmesindeki önemi kapsamlı bir şekilde tartışılır.

Akıllı Yüksek Verimli Antimikrobiyal Duyarlılık Testi / Faj Tarama Sistemi ve Lar Antimikrobiyal Direnç İndeksinin Uygulanması

To improve the efficiency of antimicrobial susceptibility testing (AST) and phage high-throughput screening for resistant bacteria and to reduce the ...

Bu protokol, hem EST tespiti hem de faj figürü için çok düzeyli bir yöntem sunar. Ayrıca, farklı kontrol teknolojilerinin EMR seviyelerini karşılaştırmak için tasarruflar için büyük bir endeks tanıttı. Bu uygun maliyetli teknik akıllı, yüksek verimli ve çok işlevlidir.20.000 salgın gen ve analitik faj toplayan bir veteriner izleme ağı olan VAMS'ın kurulmasını sağlamıştır. Bu yöntem aynı zamanda tıpta, tarımda, hayvan kalp pilinde ve balıkçılıkta patojenik bakterilerin izlenmesi ve kontrol edilmesi için de kullanılabilir. Bu protokol ve bu şirket belgesinin bir olmasını sağlamalıdır.Teknik eğitim rehberi ile biz. Bunu takip etmek, herkesin kısa sürede tekniğe hakim olmasına yardımcı olacaktır. Kalite kontrol organizması E.coli'yi ve 93 test salmonella suşunu Mueller-Hinton agar plakalarında inkübe ederek başlayın.Daha sonra, her bir suşun hazırlanan aşısını 10 kez seyreltin. 200 mikrolitre steril normal salini, negatif kontrol olarak 96 oyuklu bir plakanın a-1 kuyusuna aktarın. Daha sonra iki E.coli süspansiyonunu sırasıyla pozitif ve kalite kontrolleri olarak a-2 ve a-3 kuyularına pipetleyin.Kalan 93 kuyucuğa, 200 mikrolitre seyreltilmiş test suşu ekleyin. Antimikrobiyal agar plakalarının hazırlanması için. İlk olarak, LAR indeksine göre test edilen farklı antibakteriyel ajanlar için konsantrasyon aralıklarını ayarlayın.CLSI standart agar seyreltme yöntemini izleyerek antibiyotik çözeltisi için bir log-iki ikiye katlama seyreltme şeması gerçekleştirin. Şimdi 18 mililitre erimiş Mueller-Hinton agar ortamı içeren sterilize edilmiş bir cam şişeye iki mililitre antimikrobiyal çözelti ekleyin. İyice karıştırdıktan sonra, bir biyo güvenlik kabini içindeki plakalara dökün.Agarın oda sıcaklığında katılaşmasına izin verin. Agar yüzeyinin kurumasını sağlamak için plakaların kapağının altında bir boşluk bıraktığınızdan emin olun. İnkübe edilmiş plakaların alt tarafında antimikrobiyal ajan türlerini ve ilgili konsantrasyonlarını etiketleyin.Her bir antimikrobiyal ajan için çoklu inkübe edilmiş plakaları, log iki katına çıkan seyreltme sırasına göre düzenlenmiş bir yığın halinde düzenleyin. Son olarak, her ajan için kontrol görevi görecek iki ilaçsız agar plakası hazırlayın. Bir biyo güvenlik kabini içindeki 96 noktalı matrisli bir aşılayıcının desteğine sterilize edilmiş bir aşılama pimi plakası takın.Daha sonra, hazırlanan tohum bloğunu test edilmiş suşlar ve mobil taşıyıcı üzerinde bir agar inkübe plakası ile düzenleyin. Mobil taşıyıcıyı, tohum bloğu aşılama pimi plakasının altına gelene kadar itin. Şimdi çalıştırma koluna basın ve 96 pimi tohum bloğunun 96 kuyusundaki aşıya doğru yönlendirerek aşılama pimi plakasını indirin.Çalıştırma kolunu kontrollü bir şekilde serbest bırakın ve her bir aşıyı iyice karıştırmak ve daldırmak için aşılama pimi plakasını otomatik olarak sıfırlayın, çalıştırma kolunu iki ila üç kez itin. Daha sonra, inkübasyon plakası aşılama pimi plakasının altında olacak şekilde taşıyıcı plakayı kaydırın ve konumlandırın. Çalıştırma kolunu aşağı bastırın, aşılama pimi plakasını indirin ve inkübe edilmiş plakanın yüzeyi ile tam teması sağlamak için bir ila iki saniye bırakın.Bir tur aşılamayı tamamlamak için çalıştırma kolunu bırakın. İnkübe edilmiş plakayı değiştirin ve antimikrobiyal agar plakaları partisi tamamlanana kadar işlemi tekrarlayın. Başka bir test edilmiş suş grubunu aşılamak için yeni bir aşılama pimi plakasına ve tohum bloğuna geçin.Aşılanmış antimikrobiyal agar plakalarını, aşı noktalarından gelen nem tamamen agar içine emilene kadar oda sıcaklığında inkübe edin. İnkübasyondan sonra, plakaları ters çevirin ve inhibe edilmemiş bakterilerin koloniler oluşturmasına izin vermek için inkübasyona devam edin. Görüntü toplama ve veri istatistiklerini gerçekleştirmek için, programı başlatmak için 96 nokta vuruşlu AST görüntü alma sistemine tıklayarak başlayın.Görev çubuğundan test bilgileri'ni seçin. Yeni bir test görevi oluşturmak için yeni'ye tıklayın ve gerekli ayrıntıları doldurun. Ardından, yeni oluşturulan görevi seçmek için veri toplamaya ve ardından fotoğraf ve test öğesine basın.Antibiyotiğin başlangıç konsantrasyonunu seçmek için antibiyotik adını ve gradyanını seçmek için antibiyotikleri seçin. Son olarak, görüntü alma dönüştürücüsü ile bağlantı kurmak için bağlan'a tıklayın. Ardından, inkübe edilmiş plakaları algılama plakası tabanına yerleştirin ve bunları görüntü elde etme dönüştürücüsüne yerleştirin.Plakaların görüntülerini çekmek için koleksiyona tıklayın. Antibiyotiklere basın ve bir sonraki plaka setini seçin. Başlangıç gradyanını belirlemek için gradyanı seçin, ardından bir sonraki görüntü toplama turuna geçin.Koloni oluşumunu belirlemek ve görüntüleri minimum inhibitör konsantrasyonlara, yani MIC değerlerine dönüştürmek için gönder'e tıklayarak prosedürü sonlandırın. Tüm MIC sonuçlarına erişmek için sorguya tıklayın. Farklı fajlar üretmek için çift katmanlı agar yöntemini kullanarak başlayın.Fajları uygun bir paralel konsantrasyona seyreltin ve 96 kuyulu tohum bloğuna 200 mikrolitre faj aşısı ekleyin. Daha sonra, incelenecek her suş için çift katmanlı bir inkübe plakası hazırlayın. Kurumasını sağlamak için çift katmanlı plakanın kapağının altında bir boşluk bırakın.Hazırlanan faj tohum bloğunu ve çift katmanlı plakayı 96 nokta vuruşlu inokülatörün mobil taşıyıcısına yerleştirin. Tüm fajları yarı agar yüzeyine aktarın. Tüm inoküler nem yarı agar içine emilene kadar plakaların oda sıcaklığında kalmasına izin verin.Şimdi test edilen suşlar için plakaları 37 santigrat derecede dört ila altı saat inkübe edin. Her bir çift katmanlı plakanın deneysel sonucunun görüntüsünü elde etmek ve kaydetmek için görüntü elde etme dönüştürücüsünü kullanın. Elde edilen görüntülere dayalı olarak farklı nokta şekillerinin sayısını ve morfolojilerini bir elektronik tabloya kaydedin ve farklı faj türlerinin ilgili oranlarını hesaplayın.Ampisilinli plakalarda salmonella büyümesinin morfolojik çalışması, a-1'deki negatif kontrolün büyüme göstermediğini gösterdi. A-4'teki salmonella suşunun MIC'si mililitre başına 64 mikrogram iken, a-5'inki mililitre başına 16 mikrogram idi. Ampisilin, siprofloksasin ve amoksisilin-klavulanik asidin yüzde direnç değerleri %50'den yüksekken, doksisiklin, florfenikol, sefotaksim ve enrofloksasin %30 ila %50 arasında idiGentamisin, amikasin ve meropenem %30'dan az yüzde direnç değerleri gösterdiSiprofloksasin ve amoksisilin-klavulanik asidin LAR indeksleri önemli ölçüde ertelendi.Çift katmanlı plakalar üzerinde salmonella büyümesinin morfolojik analizleri, fajların dört ana nokta morfolojisinin gözlendiğini göstermiştir. Yuvarlak berrak litik nokta, plakadaki konakçıyı güvenilir bir şekilde öldürebilen, ancak o konakçının pahasına başarılı bir şekilde çoğalabilen veya çoğalamayan bir fajdan geliyordu. Plakların toplanması gerçek plaklardan oluşmuştur.Bulanık litik nokta, plakadaki konakçıyı güvenilir bir şekilde öldürmeyen ve bu konakçının pahasına başarılı bir şekilde çoğalabilen veya çoğalamayan bir fajdan kaynaklandı. Litik olmayan nokta, litik olmayan doğayı gösterdi. Bu teknik, 96 agar lensi bir kerede kolayca verimli bir şekilde aktarır ve cihazlar görüntüleri otomatik olarak tanır ve ardından çizgi zarını hesaplar.Bu teknolojinin, fajların araştırılmasını ve sanayileşmesini teşvik etmesi bekleniyor ve fajların uygulanması, AMR problemini azaltmanın ve çözmenin şaşırtıcı yollarından biri.

Research

JoVE Journal

Environment

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Yüksek Verimli Mikroplate Tahliller kullanarak Waters, Topraklar ve tortulları Mikrobiyal Ekstrasellüler Enzim Aktivitesi Belirlenmesi

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

Potansiyel Toprak Ekstrasellüler Enzim Aktivitelerinin Yüksek verim Florimetrik Ölçme

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Optimize Negatif Boyama: Elektron Mikroskobu ile Küçük ve Asimetrik Protein Yapısı incelenmesi için Yüksek verim Protokolü

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

Application of Two-spotted Spider Mite Tetranychus urticae for Plant-pest Interaction Studies

İki-benekli örümcek kenesi Uygulama<em&gt; Tetranychus urticae</em&gt; Bitki-belâ Etkileşim Çalışmaları

The two-spotted spider mite, Tetranychus urticae, is a ubiquitous polyphagous arthropod herbivore that feeds on a remarkably broad array of species, with ...

Modifying the Bank Erosion Hazard Index (BEHI) Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Modifying the Bank Erosion Hazard Index BEHI Protocol for Rapid Assessment of Streambank Erosion in Northeastern Ohio

Kuzeydoğu Ohio Streambank Erozyon Hızlı Değerlendirme Banka Erozyon Tehlike İndeksi (Behi) Protokolü değiştirme

Understanding the source of pollution in a stream is vital to preserving, restoring, and maintaining the stream&#8217;s function and habitat it provides. ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

Marul Potansiyel Kuraklığa tolerans Yarı-Yüksek Verim Tarama (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) Germplazm Koleksiyonlar

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

Toplam Lignin, lignin Monomer ve enzimatik Şeker Yayın: Lignocellulosic Biyokütle rekalsitrantların Varyasyonları yüksek verimlilik Taraması

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

The Effect of the Application of Thyme Essential Oil on Microbial Load During Meat Drying

Kekik esans uygulama etkisi et kurutma sırasında mikrobiyal yükü

Meat is a high protein meal that is used in the preparation of jerky, a popular food snack, where preservation and safety are important. To assure food ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Bitki enfeksiyon Test: Sprey ve bitki patojeni Magnaporthe Grisea ile aşı yara-aracılı

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

Yüksek işlem hacmi, analiz işleme parametrelerini ve Mısır (Zea mays L.) beslenme nitelikleri için Microscale Protokolü

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...