Name: evaluating autophagy levels in two different pancreatic cell models using lc3 immunofluorescence
Uploaded: 2023-04-28T13:40:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Evaluating Autophagy Levels in Two Different Pancreatic Cell Models Using LC3 Immunofluorescence at JoVE.com

Bu çalışma, Buenos Aires Üniversitesi (UBACyT 2018-2020 20020170100082BA), Ulusal Bilimsel Araştırma ve Teknoloji Konseyi (CONICET) (PIP 2021-2023 GI− 11220200101549CO; ve PUE 22920170100033) ve Ulusal Bilimsel ve Teknolojik Tanıtım Ajansı (PICT 2019-01664) tarafından desteklenmiştir.

1. Hücre hazırlığı
<ol><li>12 mm'lik yuvarlak kapakları mutlak etanol içine batırın ve dikey olarak 24 delikli bir plakanın kuyucuklarına yerleştirin.</li>
	<li>Kapağı çıkarın ve çok kuyucuklu plakayı 15 dakika boyunca ultraviyole radyasyona maruz bırakın.</li>
	<li>Kapakları yatay olarak konumlandırın ve Dulbecco'nun Modifiye Kartal Ortamı (DMEM) ile yıkayın.</li>
	<li>Pankreas hücrelerinin düşük geçiş sayısını tohumlayın. Miktar, fiksasyon gününde% 50 -% 75 akı...

<ol>
	<li>Grasso, D., Renna, F. J., Vaccaro, M. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initial+steps+in+mammalian+autophagosome+biogenesis.">Initial steps in mammalian autophagosome biogenesis.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 6, 146 (2018).</li><li>Galluzzi, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+definitions+of+autophagy+and+related+processes.">Molecular definitions of autophagy and related processes.</a> EMBO Journal. 36 (13), 1811-1836 (2017).</li><li>Kitada, M., Koya, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Autophagy+in+metabolic+disease+and+ageing.">Autophagy in metabolic disease and ageing.</a> Nature Reviews Endocrinology. 17 (11), 647-661 (2021).</li><li>Ktistakis, N. T., Tooze, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Digesting+the+expanding+mechanisms+of+autophagy.">Digesting the expanding mechanisms of autophagy.</a> Trends in Cell Biology. 26 (8), 624-635 (2016).</li><li>Tanida, I., Ueno, T., Kominami, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LC3+and+autophagy.">LC3 and autophagy.</a> Methods in Molecular Biology. 445, 77-88 (2008).</li><li>Kabeya, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LC3,+a+mammalian+homologue+of+yeast+Apg8p,+is+localized+in+autophagosome+membranes+after+processing.">LC3, a mammalian homologue of yeast Apg8p, is localized in autophagosome membranes after processing.</a> EMBO Journal. 19 (21), 5720-5728 (2000).</li><li>Mizushima, N., Yoshimori, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+interpret+LC3+immunoblotting.">How to interpret LC3 immunoblotting.</a> Autophagy. 3 (6), 542-545 (2007).</li><li>Vanasco, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mitochondrial+dynamics+and+VMP1-related+selective+mitophagy+in+experimental+acute+pancreatitis.">Mitochondrial dynamics and VMP1-related selective mitophagy in experimental acute pancreatitis.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 9, 640094 (2021).</li><li>Williams, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulatory+mechanisms+in+pancreas+and+salivary+acini.">Regulatory mechanisms in pancreas and salivary acini.</a> Annual Review of Physiology. 46, 361-375 (1984).</li><li>Mizrahi, J. D., Surana, R., Valle, J. W., Shroff, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+cancer.">Pancreatic cancer.</a> Lancet. 395 (10242), 2008-2020 (2020).</li><li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+and+function+of+autophagy+in+pancreatic+cancer.">Regulation and function of autophagy in pancreatic cancer.</a> Autophagy. 17 (11), 3275-3296 (2021).</li><li>Ropolo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+E2F1-EP300-VMP1+pathway+mediates+gemcitabine-induced+autophagy+in+pancreatic+cancer+cells+carrying+oncogenic+KRAS.">A novel E2F1-EP300-VMP1 pathway mediates gemcitabine-induced autophagy in pancreatic cancer cells carrying oncogenic KRAS.</a> Frontiers in Endocrinology. 11, 411 (2020).</li><li>Pardo, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gemcitabine+induces+the+VMP1-mediated+autophagy+pathway+to+promote+apoptotic+death+in+human+pancreatic+cancer+cells.">Gemcitabine induces the VMP1-mediated autophagy pathway to promote apoptotic death in human pancreatic cancer cells.</a> Pancreatology. 10 (1), 19-26 (2010).</li><li>Logsdon, C. D., Moessner, J., Williams, J. A., Goldfine, I. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Glucocorticoids+increase+amylase+mRNA+levels,+secretory+organelles,+and+secretion+in+pancreatic+acinar+AR42J+cells.">Glucocorticoids increase amylase mRNA levels, secretory organelles, and secretion in pancreatic acinar AR42J cells.</a> Journal of Cell Biology. 100 (4), 1200-1208 (1985).</li><li>Klionsky, D. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Guidelines+for+the+use+and+interpretation+of+assays+for+monitoring+autophagy+(4th+edition).">Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition).</a> Autophagy. 17 (1), 1 (2021).</li><li>Segeritz, C. -. P., Vallier, L., Jalali, M., Saldanha, F. Y. L., Jalali, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+9+-+Cell+culture:+Growing+cells+as+model+systems+in+vitro.">Chapter 9 - Cell culture: Growing cells as model systems in vitro.</a> Basic Science Methods for Clinical Researchers. , 151-172 (2017).</li><li>Elliott, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Confocal+microscopy:+Principles+and+modern+practices.">Confocal microscopy: Principles and modern practices.</a> Current Protocols in Cytometry. 92 (1), 68 (2020).</li><li>Grasso, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=a+novel+selective+autophagy+pathway+mediated+by+VMP1-USP9x-p62,+prevents+pancreatic+cell+death.">a novel selective autophagy pathway mediated by VMP1-USP9x-p62, prevents pancreatic cell death.</a> Journal of Biological Chemistry. 286 (10), 8308-8324 (2011).</li><li>Ropolo, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+pancreatitis-induced+vacuole+membrane+protein+1+triggers+autophagy+in+mammalian+cells.">The pancreatitis-induced vacuole membrane protein 1 triggers autophagy in mammalian cells.</a> Journal of Biological Chemistry. 282 (51), 37124-37133 (2007).</li><li>Karanasios, E., Stapleton, E., Walker, S. A., Manifava, M., Ktistakis, N. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+cell+imaging+of+early+autophagy+events:+Omegasomes+and+beyond.">Live cell imaging of early autophagy events: Omegasomes and beyond.</a> Journal of Visualized Experiments. (77), e50484 (2013).</li><li>Kuma, A., Matsui, M., Mizushima, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LC3,+an+autophagosome+marker,+can+be+incorporated+into+protein+aggregates+independent+of+autophagy:+caution+in+the+interpretation+of+LC3+localization.">LC3, an autophagosome marker, can be incorporated into protein aggregates independent of autophagy: caution in the interpretation of LC3 localization.</a> Autophagy. 3 (4), 323-328 (2007).</li><li>Zhang, Z., Singh, R., Aschner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+the+detection+of+autophagy+in+mammalian+cells.">Methods for the detection of autophagy in mammalian cells.</a> Current Protocols in Toxicology. 69, 1-26 (2016).</li><li>Yoshii, S. R., Mizushima, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Monitoring+and+measuring+autophagy.">Monitoring and measuring autophagy.</a> International Journal of Molecular Sciences. 18 (9), 1865 (2017).</li><li>Betriu, N., Andreeva, A., Semino, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Erlotinib+promotes+ligand-induced+EGFR+degradation+in+3D+but+not+2D+cultures+of+pancreatic+ductal+adenocarcinoma+cells.">Erlotinib promotes ligand-induced EGFR degradation in 3D but not 2D cultures of pancreatic ductal adenocarcinoma cells.</a> Cancers. 13 (18), 4504 (2021).</li><li>Wang, W., Dong, L., Zhao, B., Lu, J., Zhao, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E-cadherin+is+downregulated+by+microenvironmental+changes+in+pancreatic+cancer+and+induces+EMT.">E-cadherin is downregulated by microenvironmental changes in pancreatic cancer and induces EMT.</a> Oncology Reports. 40 (3), 1641-1649 (2018).</li><li>Kim, S. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phenotypic+heterogeneity+and+plasticity+of+cancer+cell+migration+in+a+pancreatic+tumor+three-dimensional+culture+model.">Phenotypic heterogeneity and plasticity of cancer cell migration in a pancreatic tumor three-dimensional culture model.</a> Cancers. 12 (5), 1305 (2020).</li><li>Meng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytoplasmic+EpCAM+over-expression+is+associated+with+favorable+clinical+outcomes+in+pancreatic+cancer+patients+with+Hepatitis+B+virus+negative+infection.">Cytoplasmic EpCAM over-expression is associated with favorable clinical outcomes in pancreatic cancer patients with Hepatitis B virus negative infection.</a> International Journal of Clinical and Experimental Medicine. 8 (12), 22204-22216 (2015).</li><li>Brock, R., Hamelers, I. H., Jovin, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+fixation+protocols+for+adherent+cultured+cells+applied+to+a+GFP+fusion+protein+of+the+epidermal+growth+factor+receptor.">Comparison of fixation protocols for adherent cultured cells applied to a GFP fusion protein of the epidermal growth factor receptor.</a> Cytometry. 35 (4), 353-362 (1999).</li></ol>

Bu protokolde açıklanan yöntem, hücredeki endojen LC3 dağılımının görselleştirilmesine ve farklı koşullar altında otofajik seviyelerin ölçülmesine izin verir. LC3 dağılımını analiz etmek ve otofaji aktivasyonunu belirlemek için kullanılan bir başka benzer yöntem, floresan etiketli LC3 transfeksiyonunu (RFP-LC3 gibi) içerir19. RFP-LC3 transfeksiyonu, fiksasyona ihtiyaç duymama (bu yöntemin canlı hücre görüntüleme20'de uygulanmasına izin ver...

Makrootofaji (genellikle otofaji olarak adlandırılır), proteinler ve hasarlı organeller 1,2 dahil olmak üzere sitoplazmik bileşenleri seçici olarak parçalayan özel bir katabolik süreçtir. Otofaji, hücrelerin stres uyaranlarına fizyolojik olarak yanıt vermelerini ve böylece hücresel homeostazı korumalarını sağlar3. Otofaji sırasında, çift zarlı bir vezikül oluşur: otofagozom. Otofagozom kargo moleküllerini içerir ve onları bozunma için lizozoma götürür 1,4.
Otofagozomlar, otofajik protein mikrotübül ile ilişkili protein hafif zincir 3 (LC3)5 tarafından dekore edilmiştir. Otofaji indüklenmediğinde, LC3, LC3-I konformasyonundaki sitoplazmada ve çekirdekte yayılır. Öte yandan, otofaji indüklendiğinde, LC3, otofajik yapıların zarında bir fosfatidiletanolamin ile konjuge edilir6. Bu yeni LC3 konformasyonu LC3-II1 olarak bilinir. LC3 konformasyon kayması, hücresel lokalizasyonunda ve dodesil sodyum sülfat-poliakrilamid jel elektroforezinde (SDS-PAGE) migrasyonunda değişikliklere neden olur ve bu da immünofloresan ve batı lekesi 5,7 gibi tekniklerle tespit edilebilir. Bu şekilde, LC3 konjugasyonu, otofajik aktiviteyi ölçmek için kullanılabilecek otofajik süreçte önemli bir olaydır.
Pankreatik asinar hücre, sağlıklı koşullar altında düşük otofaji oranına sahip oldukça farklılaşmış bir hücredir. Bununla birlikte, farklı fizyolojik koşullarda veya farmakolojik stimülasyon altında, otofajiyi aktive edebilirler. Bu nedenle, bu hücre hattındaki otofajik seviyelerin belirlenmesi, farklı farmakolojik veya biyolojik ajanların otofaji üzerindeki potansiyel doğrudan veya dolaylı etkilerini incelemek için yararlıdır 8,9.
Duktal pankreatik adenokarsinom, geç tanısı ve yüksek kemoterapi direnci nedeniyle en ölümcül kanser türlerinden biridir10. Pankreas kanseri hücreleri, otofaji ile ilişkili proteinlerin transkripsiyonel upregülasyonu ve post-translasyonel aktivasyonu nedeniyle yüksek otofaji aktivitesine sahiptir11. Pankreas kanseri hücreleri, hipoksi, besin yoksunluğu veya kemoterapiye bağlı hasar gibi olumsuz koşullara yanıt olarak otofaji seviyelerini ayarlayabilir11. Bu nedenle, pankreas kanseri hücrelerindeki otofaji seviyelerini analiz etmek, değişen ortamlara nasıl adapte olduklarını anlamaya ve otofaji modüle edici tedavilerin etkinliğini değerlendirmeye yardımcı olabilir.
Bu çalışma, iki ayrı pankreas hücresel modelinde LC3 immünofloresansını gerçekleştirmek için bir yöntem göstermektedir. İlk model olan PANC-1 hücreleri, pankreatik duktal adenokarsinom için bir model olarak görev yaptı. Bu hücreler, daha önce otofajiyi indüklediği gösterilen bir kemoterapi ajanı olan gemsitabin ile, özellikle onkojenik Kirsten sıçan sarkom virüsü genini (KRAS) taşıyan pankreas kanseri hücrelerinde12,13 ile tedavi edildi. İkinci model olan AR42J hücreleri, ekzokrin pankreas hücrelerinin daha fizyolojik bir modeli olarak hizmet etti. Bu hücreler, asinar pankreas hücrelerine daha benzer hale gelmek için deksametazon ile farklılaştırıldı14. Bu hücrelerde, otofaji, güçlü bir mTOR inhibitörü olan PP24215 kullanılarak farmakolojik olarak indüklendi. Bu çalışmada, iki farklı pankreas modeli ile tanımlanan protokolün uygulanabilirliğini ve düşük ve yüksek otofaji durumlarını ayırt edebilme yeteneğini gösterdik.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>10x Phosphate-Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>46-013-CM</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>12 mm round coverslips</td>
			<td>HDA</td>
			<td>CBR_OBJ_6467</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24 Well- Cell Culture Plate</td>
			<td>Sorfa</td>
			<td>220300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Absolute ethanol</td>
			<td>Biopack</td>
			<td>2207.10.00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alexa Fluor 594 Donkey anti-rabbit IgG (H+L)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>R37119</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Confocal Laser Scanning Microscope</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td>LSM 800</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI (4&#39;,6-diamidino-2-phenylindole, dihydrochloride)</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>62248</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dexamethasone</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>D4902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMEN</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>01-052-1A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine Serum</td>
			<td>NATOCOR&#160;</td>
			<td>Lintc-634</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gemcitabina</td>
			<td>Eli Lilly</td>
			<td>VL7502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LC3B (D11) XP Rabbit mAb</td>
			<td>Cell Signaling Technology</td>
			<td>3868S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Anedra</td>
			<td>6197</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Parafilm &#34;M&#34; (Laboratory Sealing Film)</td>
			<td>Bemis/Curwood</td>
			<td>PM-996</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pen-Strep Solution</td>
			<td>Sartorius</td>
			<td>03-031-1B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PP242</td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td>SC-301606</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin EDTA</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11570626</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

evaluating autophagy levels in two different pancreatic cell models using lc3 immunofluorescence

Otofaji, proteinler ve hasarlı organeller de dahil olmak üzere sitoplazmik bileşenleri seçici olarak bozan özel bir katabolik süreçtir. Otofaji, hücrelerin stres uyaranlarına fizyolojik olarak yanıt vermelerini ve böylece hücresel homeostazı korumalarını sağlar. Kanser hücreleri, hipoksi, besin eksikliği veya kemoterapinin neden olduğu hasar gibi olumsuz koşullara uyum sağlamak için otofaji seviyelerini modüle edebilir. Duktal pankreatik adenokarsinom en ölümcül kanser türlerinden biridir. Pankreas kanseri hücreleri, otofaji proteinlerinin transkripsiyonel upregülasyonu ve post-translasyonel aktivasyonu nedeniyle yüksek otofaji aktivitesine sahiptir.
Burada, PANC-1 hücre hattı pankreas insan kanseri hücrelerinin bir modeli olarak kullanıldı ve AR42J pankreas asinar hücre hattı, oldukça farklılaşmış memeli hücrelerinin fizyolojik bir modeli olarak kullanıldı. Bu çalışmada, otofaji aktivasyonunun durumunun bir göstergesi olarak mikrotübül ile ilişkili protein hafif zincir 3'ün (LC3) immünofloresansı kullanılmıştır. LC3, bazal koşullarda, sitoplazmada yaygın bir dağılım paterni gösteren bir otofaji proteinidir (bu durumda LC3-I olarak bilinir). Otofaji indüksiyonu, LC3'ün yeni oluşan otofagozomların yüzeyindeki fosfatidiletanolamine konjugasyonunu tetikler ve otofagozomların oluşumuna ve genişlemesine yardımcı olan zara bağlı bir protein olan LC3-II'yi oluşturur. Etiketli otofajik yapıların sayısını ölçmek için, açık kaynaklı yazılım FIJI, "3D Nesneler Sayacı" aracının yardımıyla kullanıldı.
Hem fizyolojik koşullarda hem de kanser hücrelerinde otofajik seviyelerin ölçülmesi, hipoksi, kemoterapi tedavisi veya belirli proteinlerin yıkılması gibi çeşitli koşullar altında otofajinin modülasyonunu incelememizi sağlar.

Bu protokol, farklı koşullarda otofaji seviyelerini belirlemek için pankreas hücre hatlarında LC3'ün immünofloresansını gerçekleştirir. Bu deneyin sonucu, LC3 ve DAPI'ye karşılık gelen kırmızı ve mavi kanallardan hücresel görüntülerin gizlenmesiydi. LC3 görüntüleri bu proteinin hücresel dağılımını gösterirken, DAPI nükleer lokalizasyonu gösterir. Şekil 2A , LC3'ün immünofloresansının temsili bir görüntüsünü ve bazal veya gemsitabin tedavi koşullar?...

Watch this Scientific Journal Video about Evaluating Autophagy Levels in Two Different Pancreatic Cell Models Using LC3 Immunofluorescence at JoVE.com

Evaluating Autophagy Levels in Two Different Pancreatic Cell Models Using LC3 Immunofluorescence

Bu protokolün amacı, LC3 immünofloresan ve LC3 nokta ölçümü yoluyla pankreas kanseri ve pankreas asinar hücrelerinde otofajik düzeyleri belirlemektir.

LC3 İmmünofloresan Kullanılarak İki Farklı Pankreas Hücre Modelinde Otofaji Düzeylerinin Değerlendirilmesi

Autophagy is a specialized catabolic process that selectively degrades cytoplasmic components, including proteins and damaged organelles. Autophagy allows ...

LC3 immünofloresansı, pankreas hücrelerinde otofaji seviyelerinin belirlenmesini sağlar. Farklı ajanların pankreas hücre otofajisi üzerindeki potansiyel etkilerinin incelenmesine izin verir. İmmünofloresan, otofaji ile ilgisi olmayan protein agregaları oluşturmak gibi aşırı eksprese LC3'ün neden olduğu sorunları önleyen endojen LC3 proteinini tespit etmek için kullanılan bir tekniktir.Prosedürü gösterecek olan doktora mezunu Felipe Renna ve Maria Ines Vaccaro'nun laboratuvarından doktora öğrencisi Malena Herrera Lopez olacak. Hücre hazırlığına başlamak için, 12 milimetrelik yuvarlak kapak kaymalarını mutlak etanol içine batırın. Kapağı çıkardıktan sonra, ıslatılmış kapak kaymasını dikey olarak 24 delikli plakaya yerleştirin.Çok kuyucuklu plakayı 15 dakika boyunca ultraviyole radyasyona maruz bırakın. Ardından kapak kayışını yatay olarak konumlandırın ve DMEM ile yıkayın. Şimdi,% 10 FBS, penisilin ve streptomisin içeren DMEM'de yeniden askıya alınan pankreas hücrelerinin düşük pasaj sayısını görün ve hücreleri iki gün boyunca inkübe edin.Hücre tohumlamasından iki gün sonra, DMEM'de mikrolitre konsantrasyon başına bir mikrogramda gemsitabin çözeltisi hazırlayın. Daha sonra her bir kuyucuktan hacmin yarısını ayrı bir tüpte aspire edin ve uygun miktarda gemsitabin çözeltisi ekleyin. Her bir kuyucuğa karşılık gelen yarım hacmi tedavi edilen kuyucuklara geri döndürün ve hücreleri 24 saat boyunca inkübe edin.Hücreleri sabitlemek ve geçirgenleştirmek için, hücreleri içeren 24 delikli bir plakaya soğuk metanol ekleyin. Ayrıca soğuk PBS ile altı delikli bir plaka hazırlayın. Bir şırınga iğnesi ve cımbız kullanarak, her kapak kaymasını alın ve PBS'de iki kez yıkayın.Sonra altı dakika boyunca metanol içinde inkübe edin. PBS ile iki kez yıkadıktan sonra, kapak kaymalarını bir saat boyunca bloke edici bir çözelti içinde inkübe edin. Blokaj çözeltisine bir ila 1000 oranında bir anti LC3 ekleyin ve buz üzerinde tutun.Çok kuyucuklu kapağın üzerine bir parça laboratuvar sızdırmazlık filmi yerleştirin ve sızdırmazlık filmi üzerine kapak kayması başına 25 mikrolitre anti-LC3 çözeltisi ekleyin. Bir şırınga iğnesi ve cımbız kullanarak, her kapak kaymasını birincil antikor damlasının üzerine yerleştirin ve hücre tarafının çözelti ile temas halinde olduğundan emin olun. Çok kuyucuklu plakayı nem odasına yerleştirin.Folyo ile örtün ve gece boyunca buzdolabında inkübe edin. Ertesi gün, çok kuyucuklu plakayı nem odasından çıkarın. Kapak fişlerini tekrar çok kuyucuklu plakaya yerleştirin ve PBS ile üç kez yıkayın.Floresan etiketli anti-tavşanı, bloke edici çözeltide bir ila 800 oranında seyreltin ve karanlıkta buz üzerinde tutun. Çok kuyucuklu kapağı kapattıktan sonra, sızdırmazlık filmi üzerine kapak kayması başına 25 mikrolitre tavşan önleyici çözelti ekleyin. Ve kapak kaymasını daha önce gösterildiği gibi ikincil bir antikor ile tedavi edin.Daha sonra plakayı nem odasında, ışıktan korunan oda sıcaklığında iki saat boyunca inkübe edin. Antikor ile inkübasyonun sonunda, çok kuyucuklu plaka üzerindeki kapak kaymalarını PBS ile üç kez yıkayın. Her kapak fişini hazırlanan DAPI çözeltisi ile 10 dakika boyunca inkübe edin.PBS ile yıkandıktan sonra, çok kuyucuklu plakayı karanlıkta tutun. Hücre montajı için, su ve bir parça kağıt ile iki beher hazırlayın. Bir slayttaki kapak fişi başına 10 mikrolitre PVA-DABCO çözeltisi ekleyin.Kapak fişini suda yıkayın ve ardından kağıt üzerinde kurutun. Son olarak, PVA-DABCO damlasının üzerine yerleştirin. Ve karanlıkta gece boyunca kurutun.Ertesi gün, ters çevrilmiş bir konfokal mikroskop kullanarak, etiketli hücreleri görselleştirin ve görüntüleri yakalayın. Görüntüleri yakaladıktan sonra, yakalanan kanalları içeren her görüntü dosyasını Fiji ekranında sürükleyip bırakın. İletişim kutusunda, görüntüyü açmak için Tamam'ı tıklatın.Ardından açılan konsol penceresini kapatın. Görüntü sekmesinden Renk'i ve ardından Kanalları Böl'ü seçin. LC3 görüntüsü dışındaki kanallara karşılık gelen görüntüyü kapatın.Ardından Görüntü sekmesinde Ayarla'yı ve ardından Renk Dengesi'ni seçin. Hücre hatlarını görselleştirmek için görüntü doygunluğa ulaşana kadar maksimum kaydırıcıyı sola hareket ettirin. Hücre anahattını çizmek için serbest seçim aracını kullanın ve renkleri ayarlamak için sıfırla'yı tıklatın.Seçili öğeyi Düzen sekmesinden kesmek için Kes'i seçin ve görüntüyü kaydetmeden kapatın. Ve Düzenle sekmesinden yapıştır'ı seçin. Analiz menüsünde, 3B Nesneler Sayacı aracını seçin.Eşiği 2000 olarak ve boyut filtresini 50 ila 500 olarak ayarlayın. Nesnelerin ve özet kutularının işaretlendiğinden emin olun ve günlük penceresinin OK.In tıklayın, nokta sayısı algılanan nesneler olarak tanımlanacaktır. İmmünofloresan, LC3 proteininin hücresel dağılımını gösterirken, DAPI pankreas hücrelerinde nükleer lokalizasyon gösterdi.LC3 noktaları, gemsitabin tedavisi altında otofajik aktiviteyi gösteren önemli ölçüde artmıştır. Aşırı bir birleşme altında, ekzokrin pankreas hücreleri yığılma ve birbirlerinin üzerine yığma eğilimindedir. Paraformaldehit hücre fiksasyon yöntemi, LC3 proteinlerini korumak için etkisizdi, çünkü doğru dağılımı yansıtmıyordu.Fiksasyon veya tedavi, tohumlamadan iki gün sonra beklemeden yapıldığında, PANC1 hücreleri yuvarlak bir şekle sahipti. Bu morfoloji, sitoplazma ve çekirdek arasındaki ilişkiyi azaltarak LC3'ün hücre içi dağılımını anlamayı zorlaştırdı. Tamamlanmamış metanol fiksasyonu, uygun LC3 immün etiketlemesine müdahale ederek net olmayan görüntülere ve yetersiz nicelemeye neden olabilir.Bu prosedür sırasında hatırlanması gereken en önemli şey, hücrelerin paraformaldehit yerine altı dakika boyunca soğuk metanol içinde sabitlenmesi gerektiğidir. Bu prosedürü takiben, LC3 ve diğer proteinler arasındaki kolokalizasyon analiz edilebilir ve LC3 fonksiyonlarıyla ilgili farklı moleküler yolakların incelenmesine izin verilir.

Research

JoVE Journal

Biology

Monitoring Dynamic Changes In Mitochondrial Calcium Levels During Apoptosis Using A Genetically Encoded Calcium Sensor

Apoptozis sırasında Mitokondrial Kalsiyum Düzeyleri Dinamik değişiklikler izlenmesi Genetiği Kodlanmış Kalsiyum Sensor Kullanımı

Dynamic changes in intracellular calcium concentration in response to various stimuli regulates many cellular processes such as proliferation, ...

Mouse Sperm Cryopreservation and Recovery using the I&middot;Cryo Kit

Mouse Sperm Cryopreservation and Recovery using the IÃƒâ€šÃ‚Â·Cryo Kit

I · Cryo Kit kullanarak Fare Sperm Kriyoprezervasyon ve Kurtarma

Thousands of new genetically modified (GM) strains of mice have been created since the advent of transgenesis and knockout technologies.  Many of these ...

Measurement of Heme Synthesis Levels in Mammalian Cells

Memeli Hücrelerde Heme Sentezi Düzeylerinin Ölçümü

Heme serves as the prosthetic group for a wide variety of proteins known as hemoproteins, such as hemoglobin, myoglobin and cytochromes. It is involved in ...

Quantitative Immunofluorescence Assay to Measure the Variation in Protein Levels at Centrosomes

Kantitatif İmmünofloresan Deneyi sentrozomlar Protein Düzeyleri Varyasyon Tedbir

Centrosomes are small but important organelles that serve as the poles of mitotic spindle to maintain genomic integrity or assemble primary cilia to ...

Comparison of Three Different Methods for Determining Cell Proliferation in Breast Cancer Cell Lines

Meme Kanseri Hücre Hatlarında Hücre Proliferasyonunu belirlenmesi için üç Farklı Yöntemlerle Karşılaştırılması

Measuring cell proliferation can be performed by a number of different methods, each with varying levels of sensitivity, reproducibility and compatibility ...

Activating Autophagy by Aerobic Exercise in Mice

Farelerde Aerobik Egzersiz ile Autophagy etkinleştirme

Autophagy is a lysosomal degradation pathway essential for cell homeostasis, function and differentiation. Under stress conditions, autophagy is induced ...

Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

İki adımlı PCR ve Yeni Nesil 16S rRNA Gen Sıralaması Kullanarak Mikrobiyota Analizi

The human gut is colonized by trillions of bacteria that support physiologic functions such as food metabolism, energy harvesting, and regulation of the ...

Functional Assessment of Kinesin-7 CENP-E in Spermatocytes Using In Vivo Inhibition, Immunofluorescence and Flow Cytometry

Functional Assessment of Kinesin-7 CENP-E in Spermatocytes Using In Vivo Inhibition, Immunofluorescence and Flow Cytometry

Kinesin-7 CENP-E'nin In Vivo İnhibisyon, İmmünofloresan ve Akım Sitometrisi Kullanılarak Spermatositlerde Fonksiyonel Değerlendirilmesi

In eukaryotes, meiosis is essential for genome stability and genetic diversity in sexual reproduction. Experimental analyses of spermatocytes in testes ...

Analyzing Starvation-Induced Autophagy in the Drosophila melanogaster Larval Fat Body

Analyzing Starvation-Induced Autophagy in the Drosophila melanogaster Larval Fat Body

Drosophila melanogaster larva yağ gövdesinde açlığa bağlı otofajinin analizi

Autophagy is a cellular self-digestion process. It delivers cargo to the lysosomes for degradation in response to various stresses, including starvation. ...

Ultrastructural Localization of Endogenous LC3 by On-Section Correlative Light-Electron Microscopy

Kesit Üzerinde Korbağül Işık-Elektron Mikroskobu ile Endojen LC3'ün Ultrastrüktürel Lokalizasyonu

The visualization of autophagic organelles at the ultrastructural level by electron microscopy (EM) is essential to establish their identity and reveal ...