Name: standardized identification of compound structure in tibetan medicine using ion trap mass spectrometry and multiple-stage fragmentation analysis
Uploaded: 2023-03-17T14:10:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Standardized Identification of Compound Structure in Tibetan Medicine Using Ion Trap Mass Spectrometry and Multiple-Stage Fragmentation Analysis at JoVE.com

Dette arbejde blev finansieret af Xinglin Talent Program fra Chengdu University of TCM (nr. 030058191), Nature Science Foundation of Sichuan (2022NSFSC1470) og National Natural Science Foundation of China (82204765).

1. Forberedelse af prøver
<ol><li>1 g af AMS-prøven vejes nøjagtigt, og den anbringes i en konisk kolbe med 30 ml 80% methanol. Overfør blandingen til en ultralydbad sonikator i 30 minutters ekstraktion ved 25 ° C. Centrifuger prøven ved 14.000 x g i 5 min. BEMÆRK: Frekvensen af ultralydbad sonikator er 40 KHz.</li>
	<li>Klargør en injektionssprøjte og et mikroporøst membranfilter (0,22 μm, kun organisk). Supernatanten filtreres ned i en prøveflaske på 2 ml.</li>
</ol><p class...

<ol>
	<li>Chen, X. -. F., Wu, H. -. T., Tan, G. -. G., Zhu, Z. -. Y., Chai, Y. -. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+chromatography+coupled+with+time-of-flight+and+ion+trap+mass+spectrometry+for+qualitative+analysis+of+herbal+medicines.">Liquid chromatography coupled with time-of-flight and ion trap mass spectrometry for qualitative analysis of herbal medicines.</a> Journal of Pharmaceutical Analysis. 1 (4), 235-245 (2011).</li><li>Ou, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematically+investigating+the+pharmacological+mechanism+of+Dazhu+Hongjingtian+in+the+prevention+and+treatment+of+acute+mountain+sickness+by+integrating+UPLC/Q-TOF-MS/MS+analysis+and+network+pharmacology.">Systematically investigating the pharmacological mechanism of Dazhu Hongjingtian in the prevention and treatment of acute mountain sickness by integrating UPLC/Q-TOF-MS/MS analysis and network pharmacology.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 179, 113028 (2020).</li><li>Kind, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+small+molecules+using+accurate+mass+MS/MS+search.">Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search.</a> Mass Spectrometry Reviews. 37 (4), 513-532 (2018).</li><li>Phetsanthad, A., Vu, N. Q., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multi-faceted+mass+spectrometric+investigation+of+neuropeptides+in+Callinectes+sapidus.">Multi-faceted mass spectrometric investigation of neuropeptides in Callinectes sapidus.</a> Journal of Visualized Experiments. (183), e63322 (2022).</li><li>Seetaloo, N., Phillips, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Millisecond+hydrogen/deuterium-exchange+mass+spectrometry+for+the+study+of+alpha-synuclein+structural+dynamics+under+physiological+conditions.">Millisecond hydrogen/deuterium-exchange mass spectrometry for the study of alpha-synuclein structural dynamics under physiological conditions.</a> Journal of Visualized Experiments. (184), e64050 (2022).</li><li>Karas, B. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dose+uptake+of+platinum-and+ruthenium-based+compound+exposure+in+zebrafish+by+inductively+coupled+plasma+mass+spectrometry+with+broader+applications.">Dose uptake of platinum-and ruthenium-based compound exposure in zebrafish by inductively coupled plasma mass spectrometry with broader applications.</a> Journal of Visualized Experiments. (182), e6358 (2022).</li><li>Chang, H. -. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uracil-DNA+glycosylase+assay+by+matrix-assisted+laser+desorption/ionization+time-of-flight+mass+spectrometry+analysis.">Uracil-DNA glycosylase assay by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis.</a> Journal of Visualized Experiments. (182), e63089 (2022).</li><li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+characterization+and+identification+of+major+constituents+in+Jitai+tablets+by+high-performance+liquid+chromatography/diode-array+detection+coupled+with+electrospray+ionization+tandem+mass+spectrometry.">Structural characterization and identification of major constituents in Jitai tablets by high-performance liquid chromatography/diode-array detection coupled with electrospray ionization tandem mass spectrometry.</a> Molecules. 17 (9), 10470-10493 (2012).</li><li>Pang, B., Zhu, Y., Lu, L., Gu, F., Chen, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+applications+and+features+of+liquid+chromatography-mass+spectrometry+in+the+analysis+of+traditional+Chinese+medicine.">The applications and features of liquid chromatography-mass spectrometry in the analysis of traditional Chinese medicine.</a> Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine. 2016, 3837270 (2016).</li><li>Ichou, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+the+activation+time+effects+and+the+internal+energy+distributions+for+the+CID,+PQD+and+HCD+excitation+modes.">Comparison of the activation time effects and the internal energy distributions for the CID, PQD and HCD excitation modes.</a> Journal of Mass Spectrometry. 49 (6), 498-508 (2014).</li><li>Fu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Suppression+of+oligomer+formation+in+glucose+dehydration+by+CO2+and+tetrahydrofuran.">Suppression of oligomer formation in glucose dehydration by CO2 and tetrahydrofuran.</a> Green Chemistry. 19 (14), 3334-3343 (2017).</li><li>Fu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solvent+effects+on+degradative+condensation+side+reactions+of+fructose+in+its+initial+conversion+to+5-Hydroxymethylfurfural.">Solvent effects on degradative condensation side reactions of fructose in its initial conversion to 5-Hydroxymethylfurfural.</a> ChemSusChem. 13 (3), 501-512 (2020).</li><li>Yang, S., Wang, Z., Zhao, H., Ren, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modern+research+of+Tibetan+medicine.">Modern research of Tibetan medicine.</a> World Journal of Traditional Chinese Medicine. 5 (2), 131-138 (2019).</li><li>Shang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ethno-veterinary+survey+of+medicinal+plants+in+Ruoergai+region,+Sichuan+province,+China.">Ethno-veterinary survey of medicinal plants in Ruoergai region, Sichuan province, China.</a> Journal of Ethnopharmacology. 142 (2), 390-400 (2012).</li><li>Su, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chalcone+derivatives+from+Abelmoschus+manihot+seeds+restrain+NLRP3+inflammasome+assembly+by+inhibiting+ASC+oligomerization.">Chalcone derivatives from Abelmoschus manihot seeds restrain NLRP3 inflammasome assembly by inhibiting ASC oligomerization.</a> Frontiers in Pharmacology. 13, 932198 (2022).</li><li>Fu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+out+the+reaction+network+of+humin+formation+at+the+initial+stage+of+fructose+dehydration+in+water.">Mapping out the reaction network of humin formation at the initial stage of fructose dehydration in water.</a> Green Energy &amp; Environment. , (2022).</li><li>Hua, Y., Jenke, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increasing+the+sensitivity+of+an+LC-MS+method+for+screening+material+extracts+for+organic+extractables+via+mobile+phase+optimization.">Increasing the sensitivity of an LC-MS method for screening material extracts for organic extractables via mobile phase optimization.</a> Journal of Chromatographic Science. 50 (3), 213-227 (2012).</li><li>Kumar, S., Singh, A., Bajpai, V., Kumar, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+characterization+and+distribution+of+monoterpene+indole+alkaloids+in+Rauwolfia+species+by+Orbitrap+Velos+Pro+mass+spectrometer.">Identification characterization and distribution of monoterpene indole alkaloids in Rauwolfia species by Orbitrap Velos Pro mass spectrometer.</a> Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis. 118, 183-194 (2016).</li><li>Bayat, P., Lesage, D., Cole, R. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tutorial:+Ion+activation+in+tandem+mass+spectrometry+using+ultra-high+resolution+instrumentation.">Tutorial: Ion activation in tandem mass spectrometry using ultra-high resolution instrumentation.</a> Mass Spectrometry Reviews. 39 (5-6), 680-702 (2020).</li><li>Wu, S. -. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+determination+of+disulfide+linkages+in+recombinant+therapeutic+proteins+using+online+LC&#8722;MS+with+electron-transfer+dissociation.">Mass spectrometric determination of disulfide linkages in recombinant therapeutic proteins using online LC&#8722;MS with electron-transfer dissociation.</a> Analytical Chemistry. 81 (1), 112-122 (2009).</li><li>Echterbille, J., Quinton, L., Gilles, N., De Pauw, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ion+mobility+mass+spectrometry+as+a+potential+tool+to+assign+disulfide+bonds+arrangements+in+peptides+with+multiple+disulfide+bridges.">Ion mobility mass spectrometry as a potential tool to assign disulfide bonds arrangements in peptides with multiple disulfide bridges.</a> Analytical Chemistry. 85 (9), 4405-4413 (2013).</li></ol>

IT-MS og dets MSn-teknologi tilbyder en ny tilgang til at identificere strukturen af spor TCM-forbindelser. I modsætning til Q-TOF-MS, som ikke dybt kunne identificere fragmentionerne, udmærker IT-MS med MSn-teknologi sig på grund af dets evne til at isolere og akkumulere ioner. Denne artikel skitserer en metode til identifikation af sporstoffer i tibetansk medicin ved hjælp af IT-MS og MS n-teknikken. Metoden anvender n-værdien i MSn til at bestemme mængden af fragmentio...

Den kvalitative analyse af sporkomponenter i traditionel kinesisk medicin (TCM) er blevet et afgørende emne i forskningen. På grund af det høje antal forbindelser i TCM er det vanskeligt at isolere dem til kernemagnetisk resonansspektrometer (NMR) eller røntgendiffraktometer (XRD) analyse, hvilket gør massespektrometri (MS) -baserede metoder, der kun kræver lave prøvevolumener, stadig mere populære. Derudover har væskekromatografi (LC) kombineret med MS været meget udbredt i TCM-forskning i de senere år til forbedret adskillelse af komplekse prøver og kvalitativ analyse af kemiske forbindelser1. En almindelig metode er væskekromatografi-elektrospray ionisering time-of-flight massespektrometri (LC-ESI-TOF-MS), som er meget udbredt i kvalitativ forskning om tibetansk medicin2. Med denne metode beriges og adskilles komplekse komponenter i en LC-kolonne, og masse-til-ladningsforholdet (m / z) af adduktionionerne observeres ved anvendelse af en MS-detektor. Søgning i tandem MS (MS / MS eller MS2) databaser er i øjeblikket den hurtigste tilgang til sikre sammensatte annoteringer i små molekyleanalyser ved hjælp af quadrupole time-of-flight (Q-TOF) MS og Orbitrap MS3. Den dårlige kvalitet af databaser og tilstedeværelsen af forskellige isomerer hindrer imidlertid identifikationen af ukendte forbindelser. Desuden er oplysningerne i MS/MS-databasen begrænsettil 4,5,6,7. Det er vigtigt at undersøge de kemiske forbindelser i hver TCM ved hjælp af en generel protokol, der kan anvendes bredt på andre TCM.
IT-MS fanger en bred vifte af ioner ved at anvende forskellige radiofrekvensspændinger (RF) på ringelektroderne8. IT-MS kan udføre tidsserier MS-scanninger i flere trin i forskellige kronologiske rækkefølger, hvilket giver ingrediensfragmentering i flere trin MS (MS n), hvorn er antallet af produktionstadier9. Lineær IT-MS betragtes som den bedste til strukturidentifikation, da den kan bruges til sekventielle MSn-eksperimenter 10. Målrettede ioner kan isoleres og akkumuleres i lineær IT-MS1. MS n (n ≥ 3) i IT-MS giver flere fragmentoplysninger end MS/MS i Q-TOF-MS. Da IT-MS ikke kan låse målionen og dens fragmentioner, er det et kraftfuldt værktøj til strukturbelysning af ukendte forbindelser, herunder isomerer1. MSn-teknologi er blevet anvendt i vid udstrækning til strukturel analyse af ukendte proteiner, peptider og polysaccharider11,12. Tæthedsniveauet af fragmentioner i MSn giver mere molekylær fragmentinformation om målrettede forbindelser i komplekse prøver end MS / MS i Q-TOF-MS. Derfor er det vigtigt at anvende MSn-teknologi til strukturel identifikation i TCM.
Tibetansk medicin er en væsentlig bestanddel af TCM13, og disse lægemidler stammer primært fra dyr, planter og mineraler, der findes i plateauområdet14. Den tibetanske medicin Abelmoschus manihot frø (AMS) er frøet af Abelmoschus manihot (linn.) medicus. AMS er en traditionel urtemedicin, der anvendes til behandling af tilstande som atopisk dermatitis, gigt og spedalskhed. Den indeholder chalcon, som besidder antibakterielle, svampedræbende, anticancer, antioxidative og antiinflammatoriske virkninger15. I denne undersøgelse blev MS n-procedurerne forbedret, og der blev udviklet en detaljeret metode til at identificere sammensatte strukturer i den tibetanske medicin AMS ved hjælp af IT-MS og MSn. Visse MS-parametre, herunder iontilstand, scanningsområde og kollisionstilstand, blev optimeret til at overvinde problemer med at identificere sporforbindelser. Denne undersøgelse har til formål at fremme standardiseret strukturidentifikation af sporstoffer i TCM.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>CAS 75-05-8</td>
			<td>LC-MS grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid</td>
			<td>Knowles</td>
			<td>CAS 64-18-6</td>
			<td>HPLC grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Linear ion trap mass spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>LTQ XL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>liquid chromatograph</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>U3000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LTQ Tune</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>version 2.8.0</td>
			<td>MS control software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>CAS 67-56-1</td>
			<td>LC-MS grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure water</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>CAS 7732-18-5</td>
			<td>LC-MS grade</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xcalibur</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>version 2.0</td>
			<td>LC-IT-MS operational software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

standardized identification of compound structure in tibetan medicine using ion trap mass spectrometry and multiple-stage fragmentation analysis

Tibetanske lægemidler er komplekse og indeholder mange ukendte forbindelser, hvilket gør dybdegående forskning i deres molekylære strukturer afgørende. Væskekromatografi-elektrospray ionisering time-of-flight massespektrometri (LC-ESI-TOF-MS) er almindeligt anvendt til at ekstrahere tibetansk medicin; Imidlertid forbliver mange uforudsigelige ukendte forbindelser efter brug af spektrumdatabasen. Denne artikel udviklede en universel metode til identifikation af komponenter i tibetansk medicin ved hjælp af ionfældemassespektrometri (IT-MS). Metoden omfatter standardiserede og programmerede protokoller til prøveforberedelse, MS-indstilling, LC-prerun, metodeetablering, MS-erhvervelse, flertrins MS-drift og manuel dataanalyse. To repræsentative forbindelser i den tibetanske medicin Abelmoschus manihot frø blev identificeret ved anvendelse af flertrinsfragmentering med en detaljeret analyse af typiske sammensatte strukturer. Derudover diskuterer artiklen aspekter som valg af iontilstand, mobil fasejustering, optimering af scanningsområde, kollisionsenergikontrol, kollisionstilstandsskift, fragmenteringsfaktorer og begrænsninger ved metoden. Den udviklede standardiserede analysemetode er universel og kan anvendes på ukendte forbindelser i tibetansk medicin.

Cellobiose blev brugt som model til at verificere gennemførligheden af MSn i positiv iontilstand. Som vist i figur 2A producerede ESI-MS (positiv iontilstand) af cellobiose [C12H22O11]+ det protonerede molekyle [M+H]+ ved m/z 365. Produktionscanningen (CID-MS/MS) af [M+H]+ ved m/z 365 resulterede i den anden fragmention ved m/z 305 (figur 2B), som blev yderligere analyseret ved hjælp af MS3- og MS4...

Watch this Scientific Journal Video about Standardized Identification of Compound Structure in Tibetan Medicine Using Ion Trap Mass Spectrometry and Multiple-Stage Fragmentation Analysis at JoVE.com

Standardized Identification of Compound Structure in Tibetan Medicine Using Ion Trap Mass Spectrometry and Multiple-Stage Fragmentation Analysis

Her beskriver vi en generel protokol og design, der kan anvendes til at identificere spormængder og mindre bestanddele i de komplekse naturlige produktformuleringer (matrixer) i tibetansk medicin.

Standardiseret identifikation af sammensat struktur i tibetansk medicin ved hjælp af ionfældemassespektrometri og flertrinsfragmenteringsanalyse

Tibetan medicines are complex and contain numerous unknown compounds, making in-depth research on their molecular structures crucial. Liquid ...

Denne metode kan hjælpe forskere med at analysere strukturerne af tibetanske medicinforbindelser, især træets komponenter. Det kan give indsigt i den kvalitative undersøgelse af stoffets indhold i naturmedicin. Den største fordel ved denne teknik er, at nøjagtigheden af den sammensatte struktur opnået i dette tilfælde er højere end databasens.Denne teknik kan anvendes i strukturanalysen af metaboliske mellemprodukter i blære eller urin. Til at begynde med, den tibetanske medicin Abelmoschus manihots frø prøve forberedelse. Vej et gram AMS nøjagtigt og læg det i en konisk kolbe indeholdende 30 ml 80% methanol.Brug en ultralydbad sonikator ved 40 kilohertz, udfør ekstraktion på blandingen i 30 minutter ved 25 grader Celsius. Derefter centrifugeres prøven ved 14.000 g i fem minutter. Klargør en injektionssprøjte og et organisk 0,22 mikroporøst membranfilter, og filtrer supernatanten i en prøveflaske på to ml.Når du har tændt for vakuumpumpens kontakt, skal du åbne hovedventilen på argoncylinderen sammen med partialtrykventilen og justere trykket til ca. 0,3 megapascal. Åbn derefter nitrogenventilen. Start massespektrometri, eller MS, kontrolsoftware.Klik på Opvarmet ESI-kilde i softwarepanelet, og indstil MS-parametrene, herunder varmetemperatur, gasstrømningshastigheder, sprøjtespænding til positive og negative tilstande og kapillærtemperatur. Klik på knappen Anvend for at aktivere ionkilden til væskekromatografi eller LC.Forbered mobile faser A og B ved hjælp af 0,1% myresyre i en vandig opløsning i henholdsvis ren acetonitril. Degas dem i et ultralydbad sonikator på 40 kilohertz i mindst 15 minutter, før de forbinder opløsningerne til henholdsvis A og B væskepassager.Forbered en 1:9 volumenvolumen methanolvandopløsning, og fyld den derefter manuelt i pumpens og injektorens rensevæskeflasker. Når du har startet LC-MS-styringssoftwaren, skal du klikke på Direkte kontrol for at åbne LC-kontrolpanelet. Åbn renseventilen mod uret på pumpemodulet.Klik på Mere mulighed for at åbne pumpeindstillingen og indstille rensningsparametrene til fem ml i minuttet i tre minutter. Klik på Rens for at starte boblefjernelsen. Når du er færdig, skal du lukke renseventilen.Klik derefter på Prime Sprøjte for at skylle sprøjten i tre cyklusser, Vask bufferløkke for at skylle løkken i en cyklus og Vask nål eksternt for at vaske nålen i en cyklus. Anbring prøveflasken i prøveudtageren. Klik på Instrumentopsætning for at åbne vinduet Metoderedigering, og klik på Ny for at oprette en ny LC-MS-instrumentmetode.Opret en samlet driftstid for metoden, og indstil trykgrænsen. Samlet flowhastighed, flowgradient, prøvetemperatur, kolonnetemperatur og klartemperaturdelta i vinduet Metoderedigering. For MS-metoden skal du vælge eksperimenttypen Generel MS eller MSn.Angiv værdier for anskaffelsestid, polaritet, masseområde, tal for omdirigeringsværdi og varighed. Klik på Gem for at konfigurere indstillingerne som en instrumentmetode. Klik på Sekvensopsætning for at åbne sekvenstabellen, hvor du indtaster oplysningerne om prøvetype, fil, navn, sti, prøve-id, instrumentmetode, position og injektionsvolumen.Optag sekvenstabellen ved at klikke på Gem, implementer derefter indstillingerne, og start MS-erhvervelsen. For at indlæse MS-dataene i databehandlingssoftwaren skal du dobbeltklikke på råfilen i Explorer. I basistopkromatogrammet BPI skal du vælge det maksimale areal under kurven eller AUC ved at klikke og trække med musen.Det tilsvarende MS-spektrum vises i samme vindue. Vælg en målrettet ion til den næste MS/MS-analyse. Åbn vinduet Metoderedigering igen, og indstil m/z for målionen til én decimal i kolonnen Overordnet masse i indstillingstabellen MSn.Vælg derefter kollisionstilstand og indtast kollisionsenergien eller CE-værdien. Indstil MS/MS-scanningsområdet. Klik på Gem for at registrere MS-metoden og indtaste et nyt filnavn i sekvenstabellen.Klik på Start-knappen for at starte MS / MS-erhvervelsen. Når erhvervelsen er afsluttet, skal du dobbeltklikke på raw-filen i Explorer for at indlæse MS / MS-råfilen i databehandlingssoftwaren. Identificer den stærkeste fragmention i spektret, og indtast dens m/z-værdi på listen MSn-metode.Angiv MS3-parametrene i tabellen MSn-indstillinger, herunder kollisionstilstand, CE-værdi og scanningsområde. Klik igen på Gem for at optage MS-metoden og indtaste et nyt filnavn i sekvenstabellen. Klik på Start for at starte MS3-anskaffelsen.Som vist før skal du dobbeltklikke på raw-filen i Explorer for at indlæse MS3-raw-filen i databehandlingssoftwaren og gentage trinnene for at hente MS4-spektret. For at analysere dataene skal du dobbeltklikke på råfilerne for at åbne alle massespektrene fra MS til MSn. Beregn manuelt m / z-differensværdierne mellem ionen og de tilsvarende fragmentioner.Tegn derefter kernestrukturen manuelt i henhold til MS4-resultaterne, og udled den oprindelige struktur ved hjælp af funktionelle grupper eller molekylære segmenter baseret på m/z-forskelsværdien. Tegn manuelt de molekylære spaltningsstier i henhold til hver molekylær struktur i MSn. ESI-MS af model kulhydratcellobiose producerede det proteinerede molekyle M H ved m / z 365 i positiv tilstand.Produktionscanningen, eller CID MS/MS, resulterede i endnu en fragmention ved m/z 305. Endvidere resulterede MS3- og MS4-analyse sekventielt i de tredje og fjerde fragmentioner ved henholdsvis m / z 254 og m / z 185. MS / MS-analysen afslørede sekvensen af ionfragmenteringer, nemlig ringåbningshydrolyse, CC-spaltning og dehydrering.Så denne metode blev fundet egnet til kulhydrater. Den foreløbige kvalitative analyse af AMS ved hjælp af LC Q-TOF MS afslørede tilstedeværelsen af adskillige ukendte forbindelser. Den negative MSn-analyse af MH-ionen ved m/z 617 frembragte en anden fragmention ved m/z 571.MS3-analysen af denne fragmention frembragte en tredje fragmention ved m/z 525 ved tab af hydroxyethyl som methanol svarende til 32 dalton og hydroxyl som vand, hvilket er 18 dalton. MS4-analysen producerede fjerde fragmentioner ved m / z 344 og 273. Manuel identifikation af kernestrukturen afslørede forbindelsens molekylære struktur ved m/z 617 og dens spaltningsveje i MSn.Produktionscanningen af MH-ionen af en anden ukendt forbindelse blev udført, og dens molekylære struktur og spaltningsmekanisme blev også afsløret. Når vakuumpumpen er tændt, skal du vente i mindst fem timer for at sikre tilstrækkelig vakuumgrad til forsøgsbetingelserne. Statistisk analyse kan bruges til at samle fragmenterne med samme eller lignende masse-til-ladningsforhold.Med stigende massespektrometriopløsning kan denne teknik hjælpe forskere med at opnå nyere forbindelser i naturmedicin.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry (UPLC-HRMS)

Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS

Målrettede Metabolomics fra biologiske kilder Brug Ultraperformance væskekromatografi-højopløsningsmassespektrometri (UPLC-HRMS)

Here we present a workflow to analyze the metabolic profiles for biological samples of interest including; cells, serum, or tissue. The sample is first ...

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

Analyse af flygtige og oxidationsfølsomme Forbindelser med kold indsugningssystem og Electron Impact massespektrometri

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Sekventering af Plant Wall Heteroxylans Brug Enzymatisk, Chemical (Methylering) og fysiske (massespektrometri Nuclear Magnetic Resonance) Teknikker

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

Characterization, Quantification and Compound-specific Isotopic Analysis of Pyrogenic Carbon Using Benzene Polycarboxylic Acids (BPCA)

Characterization, Quantification and Compound-specific Isotopic Analysis of Pyrogenic Carbon Using Benzene Polycarboxylic Acids BPCA

Karakterisering, Kvantificering og Compound-specifikke isotopanalyse pyrogenfrihed Carbon Brug Benzen polycarboxylsyrer (BPCA)

Fire-derived, pyrogenic carbon (PyC), sometimes called black carbon (BC), is the carbonaceous solid residue of biomass and fossil fuel combustion, such as ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

Hurtig High-throughput Arter Identifikation af Botanisk Materiale Brug Direct Analyse i Real Time High Resolution massespektrometri

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Real-time Breath Analysis by Using Secondary Nanoelectrospray Ionization Coupled to High Resolution Mass Spectrometry

Real-time ånde analyse ved hjælp af sekundære Nanoelectrospray ionisering koblet til høj opløsning massespektrometri

Exhaled volatile organic compounds (VOCs) have aroused considerable interest, since they can serve as biomarkers for disease diagnosis and environmental ...

Synthesis and Mass Spectrometry Analysis of Oligo-peptoids

Syntese og massespektrometri analyse af Oligo-peptoids

Peptoids are sequence-controlled peptide-mimicking oligomers consisting of N-alkylated glycine units. Among many potential applications, peptoids have ...

Imaging Corrosion at the Metal-Paint Interface Using Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry

Imaging korrosion på metal-Paint interface brug Time-of-Flight sekundær ion massespektrometri

Corrosion developed at the paint and aluminum (Al) metal-paint interface of an aluminum alloy is analyzed using time-of-flight secondary ion mass ...

Ion Mobility-Mass Spectrometry Techniques for Determining the Structure and Mechanisms of Metal Ion Recognition and Redox Activity of Metal Binding Oligopeptides

Ion Mobility-massespektrometri teknikker til bestemmelse af strukturen og mekanismerne for metal Iongenkendelse og Redoxaktivitet af metal bindende oligopeptider