Name: Decoding RNA Methylation's Role in Pancreatic Cancer - A Single-Base Resolution Study (Video) | JoVE
Uploaded: 2023-07-07T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Decoding RNA Methylation's Role in Pancreatic Cancer - A Single-Base Resolution Study at JoVE.com

Questo lavoro è stato sostenuto dal Consiglio Nazionale per la Scienza e la Tecnologia di Taiwan. [NSTC 111-2314-B-006-003]

1. Purificazione dell'RNA di poli(A)
NOTA: Utilizzare l'RNA totale trattato con DNasi I ed esaminare la qualità e l'integrità dell'RNA totale mediante valutazione dell'elettroforesi capillare o su gel convenzionale prima di procedere alla purificazione dell'RNA poli(A). I ricercatori dovrebbero essere in grado di identificare le bande ribosomiali dell'rRNA 28S e 18S nel campo ad alto peso molecolare e la banda dell'rRNA 5,8S nel campo a basso peso molecolare senza bande di str...

Creating Robust Bisulfite-mRNA Libraries for Transcriptome-Wide Mapping

<ol>
	<li>Boccaletto, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MODOMICS:+a+database+of+RNA+modification+pathways.+2021+update.">MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2021 update.</a> Nucleic Acids Research. 50, D231-D235 (2022).</li><li>Bohnsack, K. E., H&#246;bartner, C., Bohnsack, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Eukaryotic+5-methylcytosine+(m5C)+RNA+Methyltransferases:+Mechanisms,+Cellular+Functions,+and+Links+to+Disease.">Eukaryotic 5-methylcytosine (m5C) RNA Methyltransferases: Mechanisms, Cellular Functions, and Links to Disease.</a> Genes. 10 (2), 102 (2019).</li><li>Shinde, H., Dudhate, A., Kadam, U. S., Hong, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+methylation+in+plants:+An+overview.">RNA methylation in plants: An overview.</a> Frontiers in Plant Science. 14, 1132959 (2023).</li><li>Courtney, D. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epitranscriptomic+addition+of+m5C+to+HIV-1+transcripts+regulates+viral+gene+expression.">Epitranscriptomic addition of m5C to HIV-1 transcripts regulates viral gene expression.</a> Cell Host &amp; Microbe. 26 (2), 217-227 (2019).</li><li>Jonkhout, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+RNA+modification+landscape+in+human+disease.">The RNA modification landscape in human disease.</a> RNA. 23 (12), 1754-1769 (2017).</li><li>Legrand, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Statistically+robust+methylation+calling+for+whole-transcriptome+bisulfite+sequencing+reveals+distinct+methylation+patterns+for+mouse+RNAs.">Statistically robust methylation calling for whole-transcriptome bisulfite sequencing reveals distinct methylation patterns for mouse RNAs.</a> Genome Research. 27 (9), 1589-1596 (2017).</li><li>Schaefer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+5-methylcytosine+analysis+by+bisulfite+sequencing.">RNA 5-methylcytosine analysis by bisulfite sequencing.</a> Methods in Enzymology. 560, 297-329 (2015).</li><li>Amort, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinct+5-methylcytosine+profiles+in+poly(A)+RNA+from+mouse+embryonic+stem+cells+and+brain.">Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain.</a> Genome Biology. 18 (1), 1 (2017).</li><li>Schumann, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple+links+between+5-methylcytosine+content+of+mRNA+and+translation.">Multiple links between 5-methylcytosine content of mRNA and translation.</a> BMC Biology. 18 (1), 40 (2020).</li><li>Yang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5-Methylcytosine+promotes+mRNA+export+-+NSUN2+as+the+methyltransferase+and+ALYREF+as+an+m5C+reader.">5-Methylcytosine promotes mRNA export - NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader.</a> Cell Research. 27, 606 (2017).</li><li>Chen, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=5-Methylcytosine+promotes+pathogenesis+of+bladder+cancer+through+stabilizing+mRNAs.">5-Methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs.</a> Nature Cell Biology. 21 (8), 978-990 (2019).</li><li>Guo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Disease+activity-associated+alteration+of+mRNA+m(5)+C+methylation+in+CD4(+)+T+cells+of+systemic+lupus+erythematosus.">Disease activity-associated alteration of mRNA m(5) C methylation in CD4(+) T cells of systemic lupus erythematosus.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 8 (5), 430 (2020).</li><li>Song, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+roles+of+RNA+m5C+modification+and+its+implications+in+cancer+immunotherapy.">Biological roles of RNA m5C modification and its implications in cancer immunotherapy.</a> Biomarker Research. 10 (1), 15 (2022).</li><li>Xue, C., Zhao, Y., Li, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+RNA+cytosine-5+methylation:+detection,+regulatory+mechanisms,+biological+functions+and+links+to+cancer.">Advances in RNA cytosine-5 methylation: detection, regulatory mechanisms, biological functions and links to cancer.</a> Biomarker Research. 8 (1), 43 (2020).</li><li>Helm, M., Motorin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detecting+RNA+modifications+in+the+epitranscriptome:+predict+and+validate.">Detecting RNA modifications in the epitranscriptome: predict and validate.</a> Nature Reviews Genetics. 18 (5), 275-291 (2017).</li><li>Guo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+mRNA+5-methylcytosine+modifications:+Detection,+effectors,+biological+functions,+and+clinical+relevance.">Advances in mRNA 5-methylcytosine modifications: Detection, effectors, biological functions, and clinical relevance.</a> Molecular Therapy - Nucleic Acids. 26, 575-593 (2021).</li><li>Saplaoura, E., Perrera, V., Colot, V., Kragler, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methylated+RNA+Immunoprecipitation+Assay+to+Study+m5C+Modification+in+Arabidopsis.">Methylated RNA Immunoprecipitation Assay to Study m5C Modification in Arabidopsis.</a> Journal of Visualized Experiments:JoVE. (159), e61231 (2020).</li><li>Quail, M. A., Swerdlow, H., Turner, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protocols+for+the+illumina+genome+analyzer+sequencing+system.">Improved protocols for the illumina genome analyzer sequencing system.</a> Current Protocols in Human Genetics. , (2009).</li><li>Chen, S. -. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+bisulfite+sequencing+reveals+NSUN2-mediated+suppression+of+epithelial+differentiation+in+pancreatic+cancer.">RNA bisulfite sequencing reveals NSUN2-mediated suppression of epithelial differentiation in pancreatic cancer.</a> Oncogene. 41 (22), 3162-3176 (2022).</li><li>Squires, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Widespread+occurrence+of+5-methylcytosine+in+human+coding+and+non-coding+RNA.">Widespread occurrence of 5-methylcytosine in human coding and non-coding RNA.</a> Nucleic Acids Research. 40 (11), 5023-5033 (2012).</li><li>Han, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+DNA+5-hydroxylmethylcytosine+and+RNA+5-methycytosine+reprogramming+during+early+human+development.">Dynamic DNA 5-hydroxylmethylcytosine and RNA 5-methycytosine reprogramming during early human development.</a> Genomics, Proteomics &amp; Bioinformatics. , (2022).</li><li>Amort, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long+non-coding+RNAs+as+targets+for+cytosine+methylation.">Long non-coding RNAs as targets for cytosine methylation.</a> RNA biology. 10 (6), 1003-1008 (2013).</li><li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+NSUN2+deficiency+on+the+mRNA+5-methylcytosine+modification+and+gene+expression+profile+in+HEK293+cells.">Effects of NSUN2 deficiency on the mRNA 5-methylcytosine modification and gene expression profile in HEK293 cells.</a> Epigenomics. 11 (4), 439-453 (2019).</li><li>Huang, T., Chen, W., Liu, J., Gu, N., Zhang, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+identification+of+mRNA+5-methylcytosine+in+mammals.">Genome-wide identification of mRNA 5-methylcytosine in mammals.</a> Nature Structural and Molecular Biology. 26 (5), 380-388 (2019).</li><li>Rieder, D., Amort, T., Kugler, E., Lusser, A., Trajanoski, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=meRanTK:+methylated+RNA+analysis+ToolKit.">meRanTK: methylated RNA analysis ToolKit.</a> Bioinformatics. 32 (5), 782-785 (2015).</li><li>Kraus, A. J., Brink, B. G., Siegel, T. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+and+specific+oligo-based+depletion+of+rRNA.">Efficient and specific oligo-based depletion of rRNA.</a> Scientific Reports. 9 (1), 12281 (2019).</li><li>Edelheit, S., Schwartz, S., Mumbach, M. R., Wurtzel, O., Sorek, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcriptome-wide+mapping+of+5-methylcytidine+RNA+modifications+in+bacteria,+archaea,+and+yeast+reveals+m(5)C+within+archaeal+mRNAs.">Transcriptome-wide mapping of 5-methylcytidine RNA modifications in bacteria, archaea, and yeast reveals m(5)C within archaeal mRNAs.</a> PLoS Genetics. 9 (5), e1003602 (2013).</li><li>Furlan, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computational+methods+for+RNA+modification+detection+from+nanopore+direct+RNA+sequencing+data.">Computational methods for RNA modification detection from nanopore direct RNA sequencing data.</a> RNA Biology. 18, 31-40 (2021).</li><li>Leger, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+modifications+detection+by+comparative+Nanopore+direct+RNA+sequencing.">RNA modifications detection by comparative Nanopore direct RNA sequencing.</a> Nature Communications. 12 (1), 7198 (2021).</li><li>Mateos, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+m6A+and+m5C+RNA+modifications+at+single-molecule+resolution+from+Nanopore+sequencing.">Identification of m6A and m5C RNA modifications at single-molecule resolution from Nanopore sequencing.</a> bioRxiv. , (2022).</li><li>Johnson, Z., Xu, X., Pacholec, C., Xie, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evaluation+of+parameters+in+RNA+bisulfite+sequencing+data+generation+and+analysis.">Systematic evaluation of parameters in RNA bisulfite sequencing data generation and analysis.</a> NAR Genomics and Bioinformatics. 4 (2), 045 (2022).</li><li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+calibration+of+epitranscriptomic+maps+using+a+synthetic+modification-free+RNA+library.">Systematic calibration of epitranscriptomic maps using a synthetic modification-free RNA library.</a> Nature Methods. 18 (10), 1213-1222 (2021).</li><li>Chao, H. -. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systematic+evaluation+of+RNA-Seq+preparation+protocol+performance.">Systematic evaluation of RNA-Seq preparation protocol performance.</a> BMC Genomics. 20 (1), 571 (2019).</li></ol>

In questo protocollo, è stata ottenuta una pipeline dettagliata di arricchimento di poli(A), conversione di bisolfito e preparazione della libreria utilizzando componenti standardizzati. Ulteriori analisi di sequenziamento hanno fornito l'identificazione dell'mRNA 5-metilcitosina nei campioni di interesse.
Il passaggio critico è la qualità del materiale di partenza, l'RNA totale, poiché la degradazione dell'RNA avrebbe un impatto sul tasso di recupero della purificazione dell'RNA poli(A). ...

Tra oltre 150 tipi di modificazioni post-trascrizionali1, la modificazione della 5-metilcitosina (m5C) è stata identificata in vari tipi di RNA, tra cui l'RNA ribosomiale, l'RNA di trasferimento, l'RNA messaggero, il micro RNA, l'RNA lungo non codificante, l'RNA del vault, l'RNA enhancer e i piccoli RNA specifici del corpo cajal2. L'RNA m 5 C è associato a diversi meccanismi biologici e patologici come la regolazione dello sviluppo delle radici delle piante3, l'espressione genica virale4 e la progressione del cancro5. Lo scopo di questo protocollo è quello di fornire pipeline semplificate per caratterizzare il profilo di modificazione dell'mRNA m5C a livello di trascrittoma di campioni biologici in diversi stadi di sviluppo o nel contesto della malattia. Il sequenziamento del bisolfito a livello di trascrittoma è stato sviluppato per caratterizzare le posizioni e i livelli quantitativi di metilazione della citosina nell'RNA convertito in bisolfito alla risoluzionedella coppia di basi 6,7,8,9. Ciò è particolarmente utile quando si studia l'associazione dim5C con l'espressione genica e il destino dell'RNA che è coinvolto nei meccanismi di regolazione biologica nelle cellule. Nella cellula di mammifero, ci sono due lettori noti di m 5 C: ALYREF può riconoscere m 5 C nel nucleo e funge da trasportatore da nucleo mRNA a citosol10, mentre YBX1 può riconoscere m5C nel citoplasma e aumentare la stabilizzazione dell'mRNA11. Nelle cellule T CD4+ CD4+ del lupus eritematososistemico sono stati riportati mRNA m5C aberranti correlati alle vie immunitarie 12. Gli studi hanno rivelato un'associazione tra la modificazione dell'mRNA m5C e la modulazione dell'immunità del cancro e la progressione del cancro13,14. Pertanto, la mappatura del profilo di modificazione di m5C sull'mRNA può fornire informazioni cruciali per chiarire il potenziale meccanismo regolatorio.
Per studiare i ruoli funzionali della modificazione dell'RNA m 5 C in determinate condizioni biologiche, gli approcci basati sulla conversione del bisolfito (bsRNA-seq) e sull'arricchimento dell'affinità anticorpale come m 5 C-RIP-seq, miCLIP-seq e 5-Aza-seq possono essere combinati con la piattaforma di sequenziamento ad alto rendimento per fornire un rilevamento efficiente di regioni e sequenze mirate con le modifiche m5C su una scala a livello di trascrittoma15, Ore 16. Il vantaggio di questo protocollo fornisce il panorama completo dell'RNA m 5 C con una risoluzione a base singola, poiché l'approccio basato sull'arricchimento dell'affinità anticorpale si basa sulla disponibilità di anticorpi di alta qualità e potrebbe raggiungere la risoluzionea singolo frammento del paesaggio di metilazione m5C17.
Tutti i campioni di RNA saranno processati con due cicli di arricchimento di mRNA utilizzando perle oligo(dT), tre cicli di reazione con bisolfito e la preparazione della libreria di sequenziamento. Per monitorare la qualità dell'RNA, ogni campione di RNA sarà esaminato mediante elettroforesi su gel capillare prima e dopo le procedure di purificazione dell'mRNA e reazione del bisolfito per valutare la distribuzione dei frammenti. Le librerie purificate saranno esaminate in base alle loro qualità di ampliconi PCR, ai frammenti di distribuzione dimensionale del DNA mediante elettroforesi su gel capillare e alle loro quantità complessive esaminate mediante saggi quantitativi basati su coloranti a fluorescenza prima del sequenziamento. Il sistema può anche essere utilizzato per analizzare un ampio spettro di campioni biologici come prodotti agricoli, virioni isolati, linee cellulari, organismi modello e campioni patologici.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent 2100 Electrophoresis Bioanalyzer System</td>
			<td>Agilent, Santa Clara, CA</td>
			<td></td>
			<td>RNA quality detection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMpure XP beads</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>A63881</td>
			<td>purify DNA</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyzer DNA high sensitivity kit</td>
			<td>Agilent, Santa Clara, CA</td>
			<td>5067-4626</td>
			<td>DNA quality dection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioanalyzer RNA 6000 Pico kit</td>
			<td>Agilent, Santa Clara, CA</td>
			<td>5067-1513</td>
			<td>RNA quality dection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DiaMag02 - magnetic rack</td>
			<td>Diagenode, Denville, NJ</td>
			<td>B04000001</td>
			<td>assist library preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DiaMag1.5 - magnetic rack</td>
			<td>Diagenode, Denville, NJ</td>
			<td>B04000003</td>
			<td>assist poly(A) RNA purificaion</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dynabeads mRNA DIRECT purification kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td>61011</td>
			<td>poly(A) RNA purificaion; Wash Buffer 1 and Wash Buffer 2</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol</td>
			<td>J.T.Baker</td>
			<td>64-17-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EZ RNA methylation kit</td>
			<td>Zymo, Irvine, CA</td>
			<td>R5002</td>
			<td>bisulfite treatment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Firefly luciferase mRNA</td>
			<td>Promega, Madison, WI, USA</td>
			<td>L4561</td>
			<td>spike in control seqeunce&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KAPA Library Quantification Kits</td>
			<td>Roche, Switzerland</td>
			<td>KK4824</td>
			<td>library quantification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td></td>
			<td>Total RNA quantity detection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext multiplex Oligos for illumina (index Primer set1)</td>
			<td>New England Biolabs, Ipswich, MA</td>
			<td>E7335S</td>
			<td>library preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NEBNext Ultra <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/65352/65352eq01.jpg" style="margin: auto;" /> Directional RNA Library Prep Kit for Illumina</td>
			<td>New England Biolabs, Ipswich, MA</td>
			<td>E7760S</td>
			<td>library preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nuclease-free Water</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>AM9932</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>P2 pipetman</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td>4641010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 2.0 fluorometer&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td></td>
			<td>RNA quantity detection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td>Q32854</td>
			<td>DNA quantity detection</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit RNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td>Q32852</td>
			<td>RNA quantity detection</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

enrichment of mrna and bisulfite-mrna library preparation for next-generation sequencing

Le modificazioni post-trascrizionali dell'RNA in vari tipi di trascritti di RNA sono associate a diverse regolazioni dell'RNA nelle cellule eucariotiche. È stato dimostrato che le modificazioni aberranti dell'RNA 5-metilcitosina e l'espressione disregolata delle metiltransferasi dell'RNA sono associate a varie malattie, compresi i tumori. Il sequenziamento del bisolfito a livello di trascrittoma è stato sviluppato per caratterizzare le posizioni e i livelli quantitativi di metilazione della citosina nell'RNA convertito in bisolfito alla risoluzione della coppia di basi. In questo documento, questo protocollo presenta in dettaglio le procedure di due cicli di purificazione del poli(A) RNA, tre cicli di reazione del bisolfito e la preparazione della libreria per consentire la mappatura a livello di trascrittoma dei siti di modificazione dell'mRNA 5-metilcitosina. La valutazione della quantità e della qualità dell'RNA dopo la reazione principale è essenziale per monitorare l'integrità dell'RNA ed è un passaggio fondamentale per garantire librerie di sequenziamento di alta qualità. Idealmente, le procedure possono essere completate entro tre giorni. Con questo protocollo, l'utilizzo di RNA totale di alta qualità come input può praticamente costruire robuste librerie di bisolfito-mRNA per il sequenziamento di nuova generazione dal campione di interesse.

Enrichment of mRNA and Bisulfite-mRNA Library Preparation for Next-Generation Sequencing

Una serie di librerie bsRNA-seq da linee cellulari19 sono state generate seguendo le procedure descritte in questo rapporto (Figura 1). Dopo la purificazione totale dell'RNA accompagnata dal trattamento DNase eseguito su campioni di linee cellulari e la qualità controllata mediante elettroforesi su gel e spettrofotometria UV-Vis (A260/A280), il campione di RNA può procedere all'arricchimento di poli(A) RNA. Per determinare se la doppia purificazione...

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Decoding RNA Methylation's Role in Pancreatic Cancer - A Single-Base Resolution Study (Video) | JoVE

Questo protocollo fornisce un flusso di lavoro facile da seguire per condurre la purificazione dell'RNA poli(A), la conversione del bisolfito e la preparazione della libreria utilizzando apparecchiature standardizzate per un campione biologico di interesse.

Arricchimento di mRNA e preparazione della libreria bisolfito-mRNA per il sequenziamento di nuova generazione

RNA post-transcriptional modifications in various types of RNA transcripts are associated with diverse RNA regulation in eukaryotic cells. Aberrant RNA ...

Questa ricerca ha lo scopo di studiare il ruolo della metilazione dell'RNA, in particolare la modificazione della 5-metilcitosina, nel cancro del pancreas. Le domande a cui vogliamo rispondere sono come la sovraregolazione o la sottoregolazione di alcune metiltransferasi dell'RNA influenzi i fenotipi delle cellule tumorali e anche attraverso quali substrati dell'RNA. Questo studio fornisce il panorama completo dell'RNA m5C a una risoluzione a base singola con apparecchiature standardizzate.Da questo studio che utilizza bisolfito RNA seq, i risultati collegano l'associazione della modifica dell'RNA m5C con la scarsa differenziazione delle cellule tumorali. Ciò dovrebbe aprire la strada a studi futuri per discernere gli effetti del passeggero rispetto al driver della malattia di m5C specifici nei trascritti dell'RNA. Con questa tecnica, possiamo identificare l'insieme di RNA differenzialmente metilati che possono partecipare alla progressione del tumore.Inoltre, gli esperimenti di base a singola molecola possono fornire un ruolo regolatorio più dettagliato dell'RNA specifico m5C.