Name: biobanking of human aqueous and vitreous liquid biopsies for molecular analyses
Uploaded: 2023-09-11T14:00:00
Duration: 14 min 54 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Biobanking of Human Aqueous and Vitreous Liquid Biopsies for Molecular Analyses at JoVE.com

VBM поддерживается грантами NIH (R01EY031952, R01EY031360, R01EY030151 и P30EY026877), Стэнфордским центром оптических дисков Друзена и Исследованиями по предотвращению слепоты, Нью-Йорк, США. JW и DR поддерживаются Фондом витреоретинальной хирургии, США. DR поддерживается стипендией DARE, которая спонсируется Фондом Лундбека.

<ol>
	<li>Mishra, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intraoperative+complications+with+vitreous+biopsy+for+molecular+proteomics.">Intraoperative complications with vitreous biopsy for molecular proteomics.</a> Ophthalmic Surgeries, Lasers Imaging Retina. 54 (1), 32-36 (2023).</li><li>Velez, G., Bassuk, A. G., Colgan, D., Tsang, S. H., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Therapeutic+drug+repositioning+using+personalized+proteomics+of+liquid+biopsies.">Therapeutic drug repositioning using personalized proteomics of liquid biopsies.</a> JCI Insight. 2 (24), (2017).</li><li>Velez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Liquid+biopsy+proteomics+of+uveal+melanoma+reveals+biomarkers+associated+with+metastatic+risk.">Liquid biopsy proteomics of uveal melanoma reveals biomarkers associated with metastatic risk.</a> Molecular Cancer. 20 (1), 39 (2021).</li><li>Wert, K. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolite+therapy+guided+by+liquid+biopsy+proteomics+delays+retinal+neurodegeneration.">Metabolite therapy guided by liquid biopsy proteomics delays retinal neurodegeneration.</a> EBioMedicine. 52, 102636 (2020).</li><li>Harris, P. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+REDCap+consortium:+Building+an+international+community+of+software+platform+partners.">The REDCap consortium: Building an international community of software platform partners.</a> Journal of Biomedical Informatics. 95, 103208 (2019).</li><li>Finn, A. P., Materin, M. A., Mruthyunjaya, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Choroidal+tumor+biopsy:+A+review+of+the+current+state+and+a+glance+into+future+techniques.">Choroidal tumor biopsy: A review of the current state and a glance into future techniques.</a> Retina. 38 Suppl 1, S79-S87 (2018).</li><li>Tarantola, R. M., Graff, J. M., Somani, R., Mahajan, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+approach+for+small-gauge+pars+plana+vitrectomy+combined+with+anterior+segment+surgery.">Temporal approach for small-gauge pars plana vitrectomy combined with anterior segment surgery.</a> Retina. 32 (8), 1614-1623 (2012).</li><li>Mahajan, V. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sutureless+triplanar+sclerotomy+for+23-gauge+vitrectomy.">Sutureless triplanar sclerotomy for 23-gauge vitrectomy.</a> Archives in Ophthalmology. 129 (5), 585-590 (2011).</li><li>Mitchell, B. L., Yasui, Y., Li, C. I., Fitzpatrick, A. L., Lampe, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+freeze-thaw+cycles+and+storage+time+on+plasma+samples+used+in+mass+spectrometry+based+biomarker+discovery+projects.">Impact of freeze-thaw cycles and storage time on plasma samples used in mass spectrometry based biomarker discovery projects.</a> Cancer Informatics. 1 (1), 98-104 (2005).</li><li>Velez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+insight+into+the+pathogenesis+of+CAPN5-vitreoretinopathy.">Proteomic insight into the pathogenesis of CAPN5-vitreoretinopathy.</a> Science Reports. 9 (1), 7608 (2019).</li><li>Montgomery, M. R., Hull, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alterations+in+the+glycome+after+HDAC+inhibition+impact+oncogenic+potential+in+epigenetically+plastic+SW13+cells.">Alterations in the glycome after HDAC inhibition impact oncogenic potential in epigenetically plastic SW13 cells.</a> BMC Cancer. 19 (1), 79 (2019).</li><li>Okamoto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+serum+metabolomics+pathways+and+patterns+between+patients+with+major+depressive+disorder+with+and+without+type+2+diabetes+mellitus:+An+exploratory+study.">Comparison of serum metabolomics pathways and patterns between patients with major depressive disorder with and without type 2 diabetes mellitus: An exploratory study.</a> Journal of Integrated Neuroscience. 22 (1), 13 (2023).</li><li>Pang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MetaboAnalyst+5.0:+narrowing+the+gap+between+raw+spectra+and+functional+insights.">MetaboAnalyst 5.0: narrowing the gap between raw spectra and functional insights.</a> Nucleic Acids Research. 49 (W1), W388-W396 (2021).</li><li>Wolf, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Human+Eye+Transcriptome+Atlas:+A+searchable+comparative+transcriptome+database+for+healthy+and+diseased+human+eye+tissue.">The Human Eye Transcriptome Atlas: A searchable comparative transcriptome database for healthy and diseased human eye tissue.</a> Genomics. 114 (2), 110286 (2022).</li><li>Seok, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+responses+in+mouse+models+poorly+mimic+human+inflammatory+diseases.">Genomic responses in mouse models poorly mimic human inflammatory diseases.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences U. S. A. 110 (9), 3507-3512 (2013).</li><li>Wolf, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+transcriptome+analysis+of+human+and+murine+choroidal+neovascularization+identifies+fibroblast+growth+factor+inducible-14+as+phylogenetically+conserved+mediator+of+neovascular+age-related+macular+degeneration.">Comparative transcriptome analysis of human and murine choroidal neovascularization identifies fibroblast growth factor inducible-14 as phylogenetically conserved mediator of neovascular age-related macular degeneration.</a> Biochimca et Biophysica Acta Molecular Basis of Diseases. 1868 (4), 166340 (2022).</li><li>Dowden, H., Munro, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trends+in+clinical+success+rates+and+therapeutic+focus.">Trends in clinical success rates and therapeutic focus.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 18 (7), 495-496 (2019).</li><li>Li, H. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+DNA+methylation+signatures+of+retinoblastoma+using+aqueous+humor+liquid+biopsy.">Characterizing DNA methylation signatures of retinoblastoma using aqueous humor liquid biopsy.</a> Nature Communication. 13 (1), 5523 (2022).</li><li>Velez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Personalized+proteomics+for+precision+health:+identifying+biomarkers+of+vitreoretinal+disease.">Personalized proteomics for precision health: identifying biomarkers of vitreoretinal disease.</a> Translational Vision Science and Technology. 7 (5), 12 (2018).</li><li>Skeie, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biorepository+for+ophthalmic+surgical+specimens.">A biorepository for ophthalmic surgical specimens.</a> Proteomics Clin Applications. 8 (3-4), 209-217 (2014).</li><li>Rinsky, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+aqueous+humor+proteome+in+patients+with+age-related+macular+degeneration.">Analysis of the aqueous humor proteome in patients with age-related macular degeneration.</a> Investigative Ophthalmology and Visual Science. 62 (10), 18 (2021).</li></ol>

Авторам раскрывать нечего.

Хирургические образцы, взятые у пациентов, позволяют получить прямую молекулярную характеристику заболевания у живых людей 2,3,4,14 и могут помочь преодолеть ограничения моделей болезней клеток и животных, которые не полностью повторяют заболевание человека 15,16. Молекулярный анализ тканей человека может улучшить выбор новых мишеней для лекарств и может способствовать более высокому уровню успеха клинических испытаний и одобрения лекарств17. Кроме того, этот подход предлагает потенциал для персонализированной медицины, поскольку полученная ткань сохраняет уникальный геномный, эпигеномный, метаболический, гликомный и протеомный отпечаток каждого человека 2,18,19.
Высокое и стабильное качество образцов имеет основополагающее значение для всех применений молекулярного анализа. Предыдущие исследования показали, что немедленное замораживание после извлечения образца и предотвращение повторных циклов замораживания/оттаивания имеют решающее значение для высокого качества образца 9,20. Длительное хранение в течение нескольких лет при -70 °C не оказало существенного влияния на целостность протеомного профиля9. Стандартизированный протокол является важной основой для уменьшения смещения и улучшения сопоставимости научных данных, особенно когда в процессе отбора проб участвуют несколько человек (хирурги, техники и другие) или разные учреждения. Помимо качества образцов, аннотация образцов является еще одним важным фактором, который требует стандартизации, чтобы обеспечить корреляцию молекулярных результатов с клиническими данными. Для достижения этой цели наш протокол опирается на три основных принципа: 1) стандартизированная процедура отбора проб для биопсии водянистой влаги и стекловидного тела офтальмохирургом, 2) немедленная обработка и мгновенное замораживание образцов в операционной персоналом лаборатории и 3) аннотация метаданных каждого образца в веб-базе данных, которая позволяет исследователям быстро находить образцы для последующих экспериментов.
В дополнение к образцам20 стекловидного тела этот рабочий процесс также устанавливает стандартизированную коллекцию жидких биопсий водянистой влаги для молекулярного анализа. Водянистая влага представляет собой легкодоступную сложную жидкость в передней камере глаза, которая отражает не только глазные заболевания переднего, но и заднего отрезка глаза, включая заболевание сетчатки18,21. Наряду с тем фактом, что большое количество образцов водянистой влаги может быть собрано, например, во время операции по удалению катаракты, одной из наиболее часто выполняемых операций во всем мире, эти особенности делают ее интересным источником жидких биопсий из человеческого глаза. Стандартизированная аннотация метаданных каждого образца, установленная в этом рабочем процессе, также может позволить корреляцию данных протеома с проспективными данными клинического наблюдения. Это дает прекрасную возможность определить новые прогностические биомаркеры, которые могут помочь оценить прогноз для будущих пациентов.
Однако молекулярный анализ хирургических образцов человека также имеет важные ограничения. Например, сложные экспериментальные манипуляции часто возможны только на животных и клеточных моделях. Решение может состоять в том, чтобы сравнить молекулярный профиль животных или клеточных моделей с молекулярным профилем болезней человека. Эта стратегия может идентифицировать перекрывающиеся белковые биомаркеры и терапевтические мишени, которые могут быть проверены на животных или клеточных моделях, чтобы определить наиболее перспективных кандидатов, которые коррелируют с заболеванием человека и, вероятно, будут успешными в клинических испытаниях 4,16.
В заключение, наш рабочий процесс устанавливает практический интерфейс между операционной и исследовательской лабораторией, который позволяет стандартизированно и высокопроизводительно собирать, аннотировать и хранить высококачественные хирургические образцы для молекулярного последующего анализа, обеспечивая ценную основу для будущих трансляционных исследований.

Молекулярное профилирование жидких биопсий из человеческого глаза может захватывать локально обогащенные жидкости, содержащие такие молекулы, как ДНК, РНК, белки, гликаны и метаболиты из узкоспециализированных тканей глаза. Жидкостная биопсия из стекловидного тела в задней камере человеческого глаза оказалась в целом безопасной процедурой1. Они позволяют молекулярно охарактеризовать глазные заболевания у живых людей и предлагают потенциал для определения новых диагностических и терапевтических стратегий 2,3,4. Водянистая влага в передней камере глаза имеет еще более высокую хирургическую доступность и может быть получена в больших количествах, например, во время операции по удалению катаракты, которая является одной из наиболее часто выполняемых операций. Однако до сих пор не существует стандартизированного протокола для сбора, аннотации и биобанкирования биопсии водянистой влаги и стекловидного тела человека для последующего молекулярного анализа, включая протеомику, метаболомику и гликомику.
Здесь мы разработали протокол для сбора и биобанкирования высококачественных жидких биопсий для молекулярных анализов пациентов, перенесших операцию на глазах. Мобильный лабораторный интерфейс операционной (MORLI) позволяет исследователю немедленно мгновенно заморозить собранные образцы в криовиалах со штрих-кодом на сухом льду при температуре -80 °C в операционной (OR). Эта процедура обеспечивает высокое и стабильное качество образца для последующего молекулярного анализа. В дополнение к отличному качеству образцов решающее значение имеет точная аннотация образцов в биобанке. Используя веб-базу данных REDCap (Research Electronic Data Capture) 5, совместимую с HIPAA (Health Insurance Portability and Accountability Act)5, наш рабочий процесс позволяет хранить подробные метаданные для каждого образца, включая возраст, пол, заболевание, стадию заболевания, тип образца и уникальные особенности операции. Это позволит в будущем осуществлять точный поиск, например, образцов из конкретного заболевания или определенной группы пациентов. Кроме того, точное местоположение каждого образца в морозильной камере архивируется с использованием системы декартовой сетки, которая обеспечивает эффективный поиск образцов для последующих экспериментов. Мы показываем примеры анализа ДНК, белка, гликана и метаболитов.
Наш рабочий процесс представляет собой практическую и эффективную связь между операционной и исследовательской лабораторией и обеспечивает ценную основу для трансляционных исследований.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.5ml Tri-coded Tube, 96-format, External Thread</td>
			<td>Azenta Life Sciences, Burlington, MA 01803, USA</td>
			<td>68-0703-12</td>
			<td>used for aqueous humor samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 mL syringe</td>
			<td>surgical grade, whatever available in hospital</td>
			<td>-</td>
			<td>for aqueous humor biopsies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1.9ml Tri-coded Tube, 48-format, External Thread</td>
			<td>Azenta Life Sciences, Burlington, MA 01803, USA</td>
			<td>65-7643</td>
			<td>used for vitreous samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>3 mL syringe</td>
			<td>surgical grade, whatever available in hospital</td>
			<td>-</td>
			<td>for vitreous biopsies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>30-32-gauge needle</td>
			<td>surgical grade, whatever available in hospital</td>
			<td>-</td>
			<td>for aqueous humor biopsies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary electrophoresis coupled with Fourier transformed mass spectrometry (CE-FTMS)</td>
			<td>Human Metabolome Technologies, Inc., Tsuruoka, Japan</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Constellation vitrectomy system with 23-, 25-, or 27-gauge trocar cannula system</td>
			<td>Alcon Laboratories Inc, Fort Worth, TX, USA</td>
			<td>-</td>
			<td>for vitreous biopsies</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cooling box</td>
			<td>Standard styrofoam box, whatever available in lab</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dry ice</td>
			<td>Whatever available in lab</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Handsfree Standard Range Scanner Kit with Shielded USB Cable</td>
			<td>Zebra Symbol&#160;</td>
			<td>DS9208-SR4NNU21Z</td>
			<td>Barcode scanner</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human Glycosylation Antibody Array L3&#160;</td>
			<td>RayBiotech, Peachtree Corners, GA, USA</td>
			<td>GAH-GCM-L3</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mac mini</td>
			<td>Apple Inc., Cupertino, CA 95014, USA</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MetaboAnalyst software</td>
			<td>Pang et al., 2021, PMID: 34019663</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rack for 0.5ml tubes, 96-Format</td>
			<td>Azenta Life Sciences, Burlington, MA 01803, USA</td>
			<td>66-51026</td>
			<td>for aqueous humor samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rack for 1.9ml tubes, 48-Format</td>
			<td>Azenta Life Sciences, Burlington, MA 01803, USA</td>
			<td>65-9451</td>
			<td>for vitreous samples</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>REDCap browser-based sample database</td>
			<td>REDCap Consortium, Vanderbilt University, https://www.project-redcap.org</td>
			<td>-</td>
			<td>-</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

biobanking of human aqueous and vitreous liquid biopsies for molecular analyses

Важнейшей задачей в трансляционных исследованиях является создание жизнеспособного и эффективного интерфейса между уходом за пациентами в операционной (операционной) и исследовательской лабораторией. Здесь мы разработали протокол получения высококачественных жидких биопсий для молекулярных анализов водянистой влаги и стекловидного тела у пациентов, перенесших операцию на глазах. В этом рабочем процессе тележка Mobile Operating Room Lab Interface (MORLI), оснащенная компьютером, сканером штрих-кода и лабораторными приборами, включая бортовое холодильное хранилище, используется для получения и архивирования биологических образцов человека. Веб-база данных, соответствующая требованиям конфиденциальности, позволяет аннотировать каждый образец в течение всего срока его службы, а декартова система координат позволяет отслеживать каждый образец со штрих-кодом в хранилище, обеспечивая быстрый и точный поиск образцов для последующего анализа. Молекулярная характеристика образцов тканей человека не только служит диагностическим инструментом (например, для различения инфекционного эндофтальмита и других неинфекционных внутриглазных воспалений), но также представляет собой важный компонент трансляционных исследований, позволяющий идентифицировать новые лекарственные мишени, разрабатывать новые диагностические инструменты и персонализированные терапевтические средства.

Собранные образцы жидкой биопсии могут быть подвергнуты различным молекулярным анализам, включая анализ ДНК, белков, гликанов и метаболитов. Ранее было показано, что длительное хранение в течение нескольких лет при -70 °C не оказывало существенного влияния на целостность протеомного профиля9. База данных REDCap обеспечивает простой и быстрый поиск образцов. В базе данных можно искать образцы от определенной группы пациентов, например, всех пациентов с диабетической ретинопатией. Затем база данных предоставит штрих-коды труб и позиции на складе. На сегодняшний день мы собрали и заархивировали более 1000 жидких биопсий. База данных позволила нам быстро найти образцы для последующего анализа 3,10 и помогла провести следующие эксперименты.
17-летняя девушка обратилась с воспалением сетчатки и зрительного нерва. У нее был ослабленный иммунитет, и было опасение по поводу инфекции. Водянистая влага была взята из ее правого глаза и отправлена на анализ ДНК ПЦР. Результаты были положительными для цитомегаловируса и отрицательными для вируса простого герпеса и токсоплазмоза. Эти результаты показывают, что жидкая биопсия водянистой влаги может помочь отличить инфекционные формы внутриглазного воспаления от неинфекционных, что имеет решающее значение для выбора подходящей терапии.
Жидкостная хромато-масс-спектрометрия позволяет проводить объективный и полуколичественный анализ протеома. При жидкостной биопсии из стекловидного тела пациента, перенесшего витрэктомию, метод смог идентифицировать 484 уникальных белка, включая комплемент C3 (C3), оптицин (OPTC) и коллаген II типа альфа-1 (COL2A1) (рис. 1A).
Три биопсии стекловидного тела были проанализированы с помощью гликопротеомного мультиплексного ИФА (см. Таблицу материалов)11. Анализ обнаружил профили гликозилирования 500 белков человека, захватывая различные биологические пути, такие как метаболизм, иммунный ответ, клеточная адгезия и организация актина (рис. 1B).
Метаболомный скрининг с использованием капиллярного электрофореза в сочетании с масс-спектрометрией12 с преобразованием Фурье (см. Таблицу материалов) идентифицировал 292 различных метаболита в трех образцах жидкой биопсии водянистой влаги. Анализ путей (см. Таблицу материалов)13 выявил различные метаболические пути, включая метаболизм аминокислот, цикл мочевины и синтез карнитина (рис. 1C).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65804/65804fig01.jpg"> Рисунок 1: Репрезентативные результаты . (A) Протеомный анализ стекловидного тела человека с использованием жидкостной хроматографии и тандемной масс-спектрометрии (ЖХ-МС/МС) идентифицировал 484 уникальных белка в одной жидкостной биопсии. Уровни белка показаны и ранжированы на основе спектральных подсчетов. Репрезентативные белки выделены синим цветом. (B) Мультиплексный ИФА гликопротеомики обнаружил уровни гликозилирования 500 уникальных белков в трех биопсиях стекловидного тела. Анализ взаимодействия белков STRING выявил кластеры белковых взаимодействий (показаны кластеры, содержащие не менее 10 белков). Наиболее значительно обогащенный путь показан для каждого кластера. (C) Метаболомный анализ с использованием масс-спектрометрии выявил 292 различных метаболита в трех биопсиях жидкой водянистой влаги. Каждая точка представляет собой один образец. Высота полосы соответствует среднему числу метаболитов, полоса погрешности представляет собой стандартное отклонение. На правой панели показаны значительно обогащенные пути. Показано количество обнаруженных метаболитов (числитель), а также общее количество метаболитов в каждом пути (знаменатель). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65804/65804fig01large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Biobanking of Human Aqueous and Vitreous Liquid Biopsies for Molecular Analyses at JoVE.com

Biobanking of Human Aqueous and Vitreous Liquid Biopsies for Molecular Analyses

Этот протокол представляет собой интегрированную платформу биорепозитория для стандартизированного сбора, аннотации и биобанкирования высококачественной водянистой влаги человека и биопсии стекловидного тела для последующего молекулярного анализа, включая протеомику, метаболомику и гликомику.

Биобанкинг биопсии водной и стекловидной жидкости человека для молекулярных анализов

A critical challenge in translational research is establishing a viable and efficient interface between patient care in the operating room (OR) and the ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Dissection of Human Vitreous Body Elements for Proteomic Analysis

Препарирование прав Стекловидное Элементы орган для анализа протеомных

The vitreous is an optically clear, collagenous extracellular matrix that fills the inside of the eye and overlies the retina. 1,2 Abnormal interactions ...

Isolation of Mouse Respiratory Epithelial Cells and Exposure to Experimental Cigarette Smoke at Air Liquid Interface

Выделение мышью Респираторные эпителиальных клеток и воздействие экспериментальный сигаретный дым в воздухе жидкость

Pulmonary epithelial cells can be isolated from the respiratory tract of mice and cultured at air-liquid interface (ALI) as a model of differentiated ...

Establishment and Propagation of Human Retinoblastoma Tumors in Immune Deficient Mice

Создание и распространение опухолей человека Ретинобластома в иммунодефицитных мышей

Culturing retinoblastoma tumor cells in defined stem cell media gives rise to primary tumorspheres that can be grown and maintained for only a limited ...

Cell Population Analyses During Skin Carcinogenesis

Анализы клеточной популяции на скинхед канцерогенеза

Cancer development is  a multiple-step process involving many cell types including cancer precursor  cells, immune cells, fibroblasts and endothelial ...

Three-dimensional Imaging of Nociceptive Intraepidermal Nerve Fibers in Human Skin Biopsies

Трехмерных изображений внутриэпидермальных ноцицептивных нервных волокон в человека биопсию кожи

A punch biopsy of the skin is commonly used to quantify intraepidermal nerve fiber densities (IENFD) for the diagnosis of peripheral polyneuropathy 1,2. ...

An Orthotopic Murine Model of Human Prostate Cancer Metastasis

Ортотопическая мышиной модели человеческого рака простаты Метастазы

Our laboratory has developed a novel orthotopic implantation model of  human prostate cancer (PCa). As PCa death is not due to the primary tumor, but  ...

Enrichment for Chemoresistant Ovarian Cancer Stem Cells from Human Cell Lines

Обогащение химиорезистентных рака яичников стволовых клеток из человеческих клеточных линиях

Cancer stem cells (CSCs) are defined as a subset of slow cycling and undifferentiated cells that divide asymmetrically to generate highly proliferative, ...

Human Dupuytren's Ex Vivo Culture for the Study of Myofibroblasts and Extracellular Matrix Interactions

Human Dupuytren's Ex Vivo Culture for the Study of Myofibroblasts and Extracellular Matrix Interactions

Человек Дюпюитрена<em&gt; Ex Vivo</em&gt; Культура по изучению Миофибробласты и внеклеточный матрикс взаимодействий

Organ fibrosis or &#8220;scarring&#8221; is known to account for a high death toll due to the extensive amount of disorders and organs affected (from ...

Whole Vitreous Humor Dissection for Vitreodynamic Analysis

Всего Стекловидное тело Рассечение для Vitreodynamic анализа

The authors propose an effective technique to isolate whole, intact vitreous core and cortex from post mortem enucleated porcine eyes. While previous ...

Induction of Accelerated Atherosclerosis in Mice: The "Wire-Injury" Model

Индукция ускоренного атеросклероза у мышей: модель "Wire-Injury"

Atherosclerosis is a proliferative fibro-inflammatory disease developing in the arterial wall, inducing a deficient blood flow or a lack of blood flow. ...