Name: chromatin immunoprecipitation from human embryonic stem cells
Uploaded: 2008-07-22T00:31:00
Duration: 10 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells at JoVE.com

Представлены Работа выполнена при поддержке гранта (RS1-00477-1) из Калифорнийского института регенеративной медицины (CIRM) для FS

<ol>
	<li>Evans, M. J., Kaufman, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+in+culture+of+pluripotential+cells+from+mouse+embryos.">Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos.</a> Nature. 292, 154-156 (1981).</li><li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polycomb+complexes+repress+developmental+regulators+in+murine+embryonic+stem+cells.">Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells.</a> Nature. 441, 349-353 (2006).</li><li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+developmental+regulators+by+Polycomb+in+human+embryonic+stem+cells.">Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 301-313 (2006).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Guenther, M. G., Jenner, R. G., Chevalier, B., Nakamura, T., Croce, C. M., Canaani, E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+and+Hox-specific+roles+for+the+MLL1+methyltransferase.">Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.. 102, 8603-8608 (2005).</li><li>Lee, T. I., Johnstone, S. E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+and+microarray-based+analysis+of+protein+location.">Chromatin immunoprecipitation and microarray-based analysis of protein location.</a> Nat. Protoc. 1, 729-748 (2006).</li><li>Sanchez-Elsner, T., Gou, D., Kremmer, E., Sauer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noncoding+RNAs+of+trithorax+response+elements+recruit+Drosophila+Ash1+to+Ultrabithorax.">Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ash1 to Ultrabithorax.</a> Science. 311, 1118-1123 (2006).</li></ol>

Хроматин иммунопреципитации (чип) предлагает ценную технику для вскрытия хроматина основе процессов при клеточной дифференцировки. Предпосылки для успеха этого метода хорошие антитела и доступности хроматина из-под контроля клеток или тканей, которые не имеют антиген интереса. Объединив чип с ДНК-микрочипов технологии, огромные объемы информации могут быть получены. Проверка ChIP результатов зависит от наличия подходящих тест-системы, которая может связать динамические ассоциации белков, белковых модификаций и / или РНК, связанные с исполнением биологических процессов во время развития клеток.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Poteinase-K</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>#EO0491</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNase-A</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fermentas</td>
<td>#EN0531</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>formaldehyde 37%</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>FX040-13</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>3150</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ethanol </td>
<td>Reagent</td>
<td>Goldshield</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>phenol:chloroform:isoamyl alcohol</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15593-031</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SA, fraction V</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>2930</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Dubecco's Phosphate Buffered Saline</td>
<td>Reagent</td>
<td>Gibco</td>
<td>14190</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HEPES</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>5330</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Chloride</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>S271-10</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>EDTA</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4050</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Triton X-100 </td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>9410</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Dodecyl Sulfate</td>
<td>Reagent</td>
<td>J.T Baker</td>
<td>4095-02</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lithium chloride</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>5910</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris-HCl</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>9230</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NP-40</td>
<td>Reagent</td>
<td>Calbiochem</td>
<td>492015</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Deoxycholic acid, sodium salt</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>BP349-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium acetate</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applichem</td>
<td>631-61-8</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycine</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4840</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycine</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4840</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dynalbeads, protein A</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>100.02D</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dynalbeads, protein G</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>100.04D</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>1.5ml Low Retention Microtubes, Xtreme</td>
<td>Other</td>
<td>Phenix Research Products</td>
<td>MAX-815S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Light, 2.0 ml</td>
<td>Reagent</td>
<td>Eppendorf</td>
<td>955154037</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

chromatin immunoprecipitation from human embryonic stem cells

Функциональную и структурную сложность несметное число клеток в многоклеточных организмах возникает небольшое количество стволовых клеток. Стволовые клетки характеризуются двумя основными свойствами: самообновлению и multipotency, который позволяет стволовых клеток дифференцироваться в практически любой тип клеток 1. Клеточного стволовых дифференцированных клеток характеризуется потерей multipotency, структурные и морфологические изменения и иерархической активности транскрипционных факторов и сигнальных молекул, чья деятельность устанавливать и поддерживать камерного типа определенных закономерностей экспрессии генов. На молекулярном уровне, клеточной дифференцировки включает динамические изменения структуры и состава хроматина и выявление тех, динамические изменения могут предоставить ценную информацию о функциональных особенностях стволовых клеток и процесса дифференцировки клеток 2,3. Хроматин спрессованный ДНК-белкового комплекса, который образуется при клетками пакет хромосомной ДНК с белками, в основном, гистоны 4. Stemcellness и дифференцировки клеток коррелирует с наличием специфических массивов регуляторных белков, таких как эпигенетические факторы, гистоновых вариантов, и транскрипционных факторов 2,3,5. Хроматин иммунопреципитации (чип) дает ценный метод для мониторинга присутствия РНК, белков и белковых модификаций хроматина 6,7. Сравнение хроматина из разных типов клеток может выяснить динамические изменения в белок-хроматина ассоциаций, которые происходят во время дифференцировки клеток. Хроматин иммунопреципитации включает в себя очистку в естественных условиях сшитого хроматина. Изолированных хроматина сводится к более мелкие фрагменты от ферментативного пищеварения или механической силы. Хроматин фрагменты выделяются с использованием специфических антител к целевой белки или белков и ДНК модификаций. Осажденного ДНК или РНК, очищается и используется в качестве шаблона для ПЦР или ДНК-микрочипов основан анализов. Предпосылки для успешного ChIP высокие антитела качества желаемого антигена и доступности хроматина из-под контроля клеток, которые не выражают молекулой-мишенью. Чип может коррелировать присутствии белков, белков и РНК модификаций, а РНК с конкретной ДНК-мишени, и в зависимости от выбора outread инструмент, обнаруживает связь молекул-мишеней в определенных генов-мишеней, или в контексте всего генома. Сравнение распределения белков в хроматина дифференциации клетки могут выяснить динамические изменения хроматина состава, которые совпадают с прогрессией ячеек по клеточной линии.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Дифференциация ESC совпадает с камерного типа специфические изменения в структуре и составе хроматина. Обнаружение этих изменений дает ценную информацию о механизмах, которые определяют stemcellness и дифференцировки клеток. Хроматин иммунопреципитации (чип) представляет собой ценный метод препарировать молекулярные механизмы, лежащие дифференциации стволовых клеток.

Хроматин Иммунопреципитация из человеческих эмбриональных стволовых клеток

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Research

JoVE Journal

Biology

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

Распространение человеческих эмбриональных стволовых (ЭС) клеток

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

Вывод гемопоэтических стволовых клеток мышей эмбриональных стволовых клеток

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

Вывод человеческих эмбриональных стволовых клеток на применение специфических иммунных сывороток в хирургии

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

Культура и поддержание человеческих эмбриональных стволовых клеток

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Chromosomal Spread Preparation of Human Embryonic Stem Cells for Karyotyping

Хромосомные Подготовка распространения человеческих эмбриональных стволовых клеток для Кариотипирование

Although human embryonic stem cells (hESC) have been shown to present a stable diploid karyotype 1, many studies have reported that depending on culture ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

Замораживание и размораживание человеческих эмбриональных стволовых клеток

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

Дифференциация эмбриональных стволовых клеток в олигодендроцитов прекурсоров

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...

Fate Mapping of Human Embryonic Stem Cells by Teratoma Formation

Судьба картирование человеческих эмбриональных стволовых клеток на формирование тератома

Human embryonic stem cells (hESCs) have an unlimited capacity for self-renewal, and the ability to differentiate into cells derived from all three ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Хроматин Иммунопреципитация (чип) с Пробирной Динамический гистонов Внесение изменений в Активированный экспрессии генов в клетках человека

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Photobleaching Assays (FRAP &amp; FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Photobleaching Assays FRAP & FLIP to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Фотообесцвечивания Анализы (FRAP и FLIP), чтобы измерить хроматина Динамика белков в живых эмбриональных стволовых клеток

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with ...