Name: selective labelling of cell-surface proteins using cydye dige fluor minimal dyes
Uploaded: 2008-11-26T00:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Selective Labelling of Cell-surface Proteins using CyDye DIGE Fluor Minimal Dyes at JoVE.com

<p> हम उनके सहयोग के लिए क्लीनिकल पैथोलॉजी, ऑस्ट्रिया, वियना विश्वविद्यालय के संस्थान में प्रोफेसर Dontscho Kerjaschki, Corina Mayrhofer और Sigurd क्रीगर धन्यवाद. </p>

<p class="jove_title"> सेल संस्कृति </p><ol><li> चीनी हैम्स्टर अंडाशय (चो-K1) कोशिकाओं F-12 हाम मध्यम में GlutaMAX मैं 10% भ्रूण बछड़ा सीरम, 50 यू / मिलीलीटर पेनिसिलिन, और 50 μg / मिलीलीटर स्ट्रेप्टोमाइसिन सल्फेट (Invitrogen) युक्त के साथ मानक सेल संस्कृति प्...

<ol>
	<li>Jang, J. H., Hanash, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Profiling+of+the+cell+surface+proteome.">Profiling of the cell surface proteome.</a> <em style='font-style: italic'>Proteomics</em>. <b>3</b>, 1947-1954 (2003).</li><li>Shin, B. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+profiling+of+the+cell+surface+proteome+of+cancer+cells+uncovers+an+abundance+of+proteins+with+chaperone+function.">Global profiling of the cell surface proteome of cancer cells uncovers an abundance of proteins with chaperone function.</a> <em style='font-style: italic'>J Biol Chem</em>. <b>9</b>, 7607-7616 (2003).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ettan+DIGE+System+User+Manual.">Ettan DIGE System User Manual.</a> <em style='font-style: italic'>GE Healthcare user manual 18-1164-40</em>. , (2006).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DeCyder+2-D+Differential+Analysis+Software+v+6.0.+GE+Healthcare+data+file+11-0011-98+Edition+AA.">DeCyder 2-D Differential Analysis Software v 6.0. GE Healthcare data file 11-0011-98 Edition AA.</a> , (2004).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=2-D+Electrophoresis+using+immobilized+pH+gradients,+principles+and+methods.">2-D Electrophoresis using immobilized pH gradients, principles and methods.</a> <em style='font-style: italic'>GE Healthcare handbook 80-6429-60 Edition AB</em>. , (2002).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CyDye+DIGE+fluors+and+labeling+kits.+GE+Healthcare+data+file+18-1164-84+Edition+AB.">CyDye DIGE fluors and labeling kits. GE Healthcare data file 18-1164-84 Edition AB.</a> , (2003).</li><li>Mayrhofer, C., Krieger, S., Allmaier, G., Kerjaschki, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DIGE+compatible+labeling+of+surface+proteins+on+vital+cells+in+vitro+and+in+vivo.">DIGE compatible labeling of surface proteins on vital cells in vitro and in vivo.</a> <em style='font-style: italic'>Proteomics</em>. <b>2</b>, 579-5785 (2006).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+labeling+of+cell-surface+proteins+using+CyDye+DIGE+Fluor+minimal+dyes.+GE+Healthcare+Application+Note+11-0033-92+Edition+AB.">Selective labeling of cell-surface proteins using CyDye DIGE Fluor minimal dyes. GE Healthcare Application Note 11-0033-92 Edition AB.</a> , (2005).</li></ol>

<p class="jove_title"> प्रोटीन एकाग्रता </p><p class="jove_content"> दो लेबलिंग workflows की एक सिंहावलोकन चित्र 1 में दिखाया गया है. चूंकि कोशिकाओं को अभी भी बरकरार हैं जब सेल सतह प्रोटीन लेबलिंग प्रोटोकॉल के अनुसार लेबल, केवल कोशिका की सतह प्रोटी?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>CyDye DIGE Kit, 2 nmol</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>28-9345-30</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>2-D Quant Kit</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>80-6484-51</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IPG Buffer pH 3-11NL</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Heallthcare</td>
<td>17-6004-40</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Immobiline DryStrip pH 3-11NL, 24 cm</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-6003-77</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IPGbox</td>
<td>Tool</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>28-9334-65</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IPGbox kit</td>
<td>Tool</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>28-9334-92</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DeStreak Rehydration solution</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-6003-19</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Immobiline DryStrip Cover Fluid</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1335-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan IPGphor 3 IEF Unit</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>11-0033-64</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan IPGphor Manifold</td>
<td>Instrument component</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>80-6498-38</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan DALTtwelve Gel Caster </td>
<td>Tool</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>80-6467-22</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan DALTtwelve Separation Unit and Power Supply/Control Unit</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>80-6466-46</td>
<td>230 V unit: 80-6466-27</td>
</tr>
<tr>
<td>Typhoon 9410 Variable Mode Imager</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>63-0055-81</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan Spot Picker</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>18-1145-28</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan Digester</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>18-1142-68</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan Spotter</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>18-1142-67</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ettan MALDI-TOF</td>
<td>Instrument</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>18-1142-33</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DeCyder 2-D Differential Analysis Software</td>
<td>Other</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>28-4012-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>ImageQuant Analysis Software</td>
<td>Other</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>28-9236-62</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Urea</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1319-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>CHAPS</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1314-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne Dithiothreitol (DTT)</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1318-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bromophenol Blue</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1329-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1321-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Dodecylsulfate (SDS)</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1313-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne Glycerol 87%</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1325-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne ReadySol IEF 40% T, 3% C</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1310-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne TEMED</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1312-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne Ammonium Persulfate</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1311-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PlusOne Glycine </td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>17-1323-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>2-D Sample Prep for membrane proteins</td>
<td>Reagent</td>
<td>Pierce</td>
<td>89864</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Streptomycin sulphate</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15140-122</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

selective labelling of cell-surface proteins using cydye dige fluor minimal dyes

<p class="jove_content">भूतल प्रोटीन सेल अपने पर्यावरण के लिए प्रतिक्रिया और पड़ोसी की कोशिकाओं के साथ बातचीत करने की क्षमता के लिए केंद्रीय हैं. वे लगभग सभी intracellular संकेत के inducers हो जाना जाता है. इसके अलावा, वे पर्यावरण अनुकूलन और नशीली दवाओं के उपचार में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं, और अक्सर रोग के रोगजनन और विकृति (1) में शामिल हैं. प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत के संकेत दे रास्ते के लिए आंतरिक हैं, और इन जटिल जैविक प्रक्रियाओं में और अधिक जानकारी प्राप्त कोशिका की सतह प्रोटीन का अध्ययन करने के लिए, संवेदनशील और विश्वसनीय तरीके की जरूरत है. दो आयामी वैद्युतकणसंचलन (2 डी) बड़े पैमाने पर बायोमार्कर और जटिल प्रोटीन के नमूने में अन्य लक्ष्यों का पता लगाने के अंतर परिवर्तनों का अध्ययन करने के लिए के लिए प्रयोग किया जाता है. सेल सतह प्रोटीन, आंशिक रूप से उनके कम बहुतायत (1 सेलुलर प्रोटीन के 2%) के कारण, fractionation या कुछ अन्य प्रकार के संवर्धन के बिना एक 2 - डी जेल में पता लगाने के लिए मुश्किल हैं. उन्होंने यह भी अक्सर खराब कर रहे हैं 2-D जैल उनके hydrophobic प्रकृति और उच्च आण्विक वजन (2) के कारण में प्रतिनिधित्व. इस अध्ययन में, हम बरकरार विशिष्ट और प्रोटीन के इस महत्वपूर्ण समूह की लेबलिंग का पता लगाने के लिए CyDye DIGE Fluor न्यूनतम रंगों का उपयोग कोशिकाओं के लिए एक नए प्रोटोकॉल उपस्थित थे. परिणाम intracellular प्रोटीन की न्यूनतम लेबलिंग के साथ एक कोशिका की सतह प्रोटीन की एक बड़ी संख्या में विशिष्ट लेबलिंग दिखाया. यह प्रोटोकॉल, तेजी से उपयोग करने के लिए सरल है, और सभी तीन CyDye DIGE Fluor न्यूनतम रंजक (2 Cy, 3 Cy और Cy 5) के लिए सेल सतह प्रोटीन लेबल के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. इन सुविधाओं Ettan DIGE और प्रोटीन अभिव्यक्ति 2 - डी DeCyder विभेदकों विश्लेषण सॉफ्टवेयर का उपयोग कर परिवर्तन की प्रौद्योगिकी और विश्लेषण के साथ 2-D प्रतिदीप्ति अंतर जेल वैद्युतकणसंचलन (2 डी DIGE) का उपयोग कर बहुसंकेतन के लिए अनुमति देते हैं. सेल सतह प्रोटीन के स्तर के बाद समय के विभिन्न लंबाई के लिए चो कोशिकाओं (देखें तालिका 1) के सीरम भुखमरी के दौरान किया गया था. बहुतायत में छोटे परिवर्तन उच्च सटीकता के साथ पाया गया है, और परिणाम को परिभाषित सांख्यिकीय तरीकों द्वारा समर्थित किया गया है.</p>

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Selective Labelling of Cell-surface Proteins using CyDye DIGE Fluor Minimal Dyes

<p class="jove_content">एक सरल और विशिष्ट विधि फ्लोरोसेंट लेबलिंग और fractionation कदम बिना कोशिका की सतह प्रोटीन का बढ़ाया पता लगाने के लिए प्रदर्शन किया गया. कोशिका की सतह प्रोटीन में विभेदकों बहुतायत दो आयामी वैद्युतकणसंचलन (2 डी) और Ettan ™ DIGE प्रौद्योगिकी का उपयोग कर विश्लेषण किया गया था.</p>

सेल सतह प्रोटीन CyDye DIGE Fluor मिनिमल रंगों का उपयोग कर के चयनात्मक लेबलिंग

Surface  proteins are central to the cell's ability to react to its environment and to interact with neighboring cells. They are known to be inducers of ...

Research

JoVE Journal

Biology

Optical Recording of Electrical Activity in Guinea-pig Enteric Networks using Voltage-sensitive Dyes

गिनी - सुअर आंत्र वोल्ट के प्रति संवेदनशील रंगों का उपयोग नेटवर्क में विद्युत गतिविधि के ऑप्टिकल रिकॉर्डिंग

The enteric nervous system (ENS) is a self-contained network with identified functions, capable of performing complex behaviors in isolation. Its neurons ...

Avidity-based Extracellular Interaction Screening (AVEXIS) for the Scalable Detection of Low-affinity Extracellular Receptor-Ligand Interactions

Avidity-based Extracellular Interaction Screening AVEXIS for the Scalable Detection of Low-affinity Extracellular Receptor-Ligand Interactions

उत्सुकता आधारित कम आत्मीयता कोशिकी रिसेप्टर Ligand सहभागिता के स्केलेबल पता लगाने के लिए बाह्य सहभागिता स्क्रीनिंग (AVEXIS)

Extracellular protein:protein interactions between secreted or membrane-tethered proteins are critical for both initiating intercellular communication and ...

Optimized Staining and Proliferation Modeling Methods for Cell Division Monitoring using Cell Tracking Dyes

सेल डिवीजन ट्रैकिंग सेल रंजक का उपयोग करने की निगरानी के लिए अनुकूलित धुंधला और प्रसार मॉडलिंग तरीकों

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

जीनोमिक डीएनए से 5-hydroxymethylcytosine के चुनिंदा कब्जा

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Enrichment and Purging of Human Embryonic Stem Cells by Detection of Cell Surface Antigens Using the Monoclonal Antibodies TG30 and GCTM-2

मोनोक्लोनल एंटीबॉडी टीजी30 और जीसीटीएम-2 का उपयोग करके सेल सरफेस एंटीजन का पता लगाकर मानव भ्रूणस्टेम कोशिकाओं का संवर्धन और शुद्धीकरण

Human embryonic stem cells (hESC) can self-renew indefinitely in vitro, and with the appropriate cues can be induced to differentiate into potentially all ...

Glycopeptide Capture for Cell Surface Proteomics

कोशिका की सतह प्रोटिओमिक्स के लिए glycopeptide कैद

Cell surface proteins, including extracellular matrix proteins, participate in all major cellular processes and functions, such as growth, ...

Measurement of Extracellular Ion Fluxes Using the Ion-selective Self-referencing Microelectrode Technique

आयन चयनात्मक स्व संदर्भित Microelectrode तकनीक का प्रयोग कोशिकी आयन अपशिष्टों का मापन

Cells from animals, plants and single cells are enclosed by a barrier called the cell membrane that separates the cytoplasm from the outside. Cell layers ...

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

Photostable जाती रंगों का उपयोग करके वेवलेंथ बदलने वाले डीएनए संकरण जांच के संश्लेषण

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...

Determination of the Relative Cell Surface and Total Expression of Recombinant Ion Channels Using Flow Cytometry

सापेक्ष कोशिका की सतह और संयोजक आयन चैनलों के कुल अभिव्यक्ति से फ्लो का उपयोग का निर्धारण

Inherited or de novo mutations in cation-selective channels may lead to sudden cardiac death. Alteration in the plasma membrane trafficking of these ...

Analyzing Cell Surface Adhesion Remodeling in Response to Mechanical Tension Using Magnetic Beads

यांत्रिक तनाव के जवाब में सेल सतह आसंजन Remodeling का विश्लेषण चुंबकीय मोतियों का उपयोग

Mechanosensitive cell surface adhesion complexes allow cells to sense the mechanical properties of their surroundings. Recent studies have identified both ...