تترابط الأحماض الأمينية ببعضها البعض تساهميًا بواسطة روابط ببتيدية. تربط الرابطة الببتيدية بين مجموعة كربوكسيلية من أحد الأحماض الأمينية وبين المجموعة الأمينية للحمض الآخر. الببتيدات سلاسل صغيرة من الأحماض الأمينية،تتراوح بين اثنين إلى خمسين من الجزيئات أحادية القسيمة.

تتشكل الرابطة الببتيدية بواسطة تفاعل تكثيفي يُطلق جزيء ماء. عندما ترتبط مجموعة أمينية بمجموعة كربوكسيلية،ينتج عن ذلك تشكّل مجموعة أميدية. تمتاز الرابطة الببتيدية ببنيتها المستوية الجامدة،وتُظهر بعض خصائص الرابطة الثنائية.

وسبب ذلك أن الرابطة الثنائية في الكربونيل،يمكن أن تؤدي دور بنية الرنين بوجود الرابطة الببتيدية بين الكربون والنيتروجين. يؤدي هذا الرنين إلى تناقص طول الرابطة الحادية،وزيادة طول الرابطة الثنائية،ويمنع دوران المجموعات حول الرابطة الببتيدية. يمكن أن تتواجد الروابط الببتيدية في تشكيلات المقرون والمفروق.

في تشكيلات المقرون،تكون كربونات ألفا على طرف الرابطة الببتيدية ذاتها،أما في المفروق،فتكون على طرفي الرابطة المتقابلين. تحدث الروابط الببتيدية غالبًا في التشكيل المفروق،باستثناء،حين يمنح البرولين مجموعته الأمينية لتشكيل الرابطة. الأحماض الأمينية المرتبطة بروابط ببتيدية،يكون لها طرف-N وطرف-C الطرف-N هو الطرف الذي تكون فيه المجموعة الأمينية،غير مشاركة في تشكيل الرابطة الببتيدية،والطرف-C هو الطرف الذي تكون فيه الرابطة الكربوكسيلية غير مشاركة في تشكيل الرابطة الببتيدية.

يبدأ تسلسل الأحماض الأمينية في الببتيد أو البروتين دائمًا بالطرف-N،وينتهي بالطرف-C. عندما يترابط حمضان أمينيان بواسطة رابطة ببتيدية،يُعرفان بثنائيات الببتيد. وعندما يترابط ثلاثة أحماض أمينية أو أربعة معًا بواسطة روابط ببتيدية،فتُعرف بثلاثيات،ورباعيات الببتيد،على التوالي.

وعندما تترابط عدة أحماض أمينية معًا بواسطة روابط ببتيدية،فإنها تُعرف بمتعددات الببتيد. يمكن تحطيم الروابط الببتيدية بسرعة بواسطة التميه باستخدام محفزات كيميائية،كالأحماض أو الإنزيمات المعروفة بالبروتيزات. يتطلب تحطيم الروابطة الببتيدية إضافة جزيء ماء.

وفي المقابل،يمكن أن تتحطم تلك الروابط من تلقاء نتفسها،ضمن عملية بطيئة بوجود الماء.