Amino asitler, peptit bağları yoluyla birbirlerine kovalent olarak bağlanır. Bir peptit bağı, bir amino asidin karboksil grubunu diğerinin amino grubuna bağlar. Peptitler, iki ila elli monomer arasında değişen küçük amino asit zincirleridir.

Bir peptit bağı, bir su molekülünü serbest bırakan bir yoğunlaşma reaksiyonu yoluyla oluşur. Bir amino grubu ve bir karboksil grubu birbirine bağlandığında, bir amid grubunun oluşumu ile sonuçlanır. Peptit bağı, katı bir düzlemsel yapıya sahiptir ve bir çift bağın bazı özelliklerini gösterir.

Bunun nedeni, karbonil üzerindeki çift bağın, karbon-nitrojen peptit bağı ile bir rezonans yapısı olarak hareket edebilmesidir. Bu rezonans, tekli bağın uzunluğunun azalmasına, çift bağın uzunluğunun artmasına neden olur ve grupların peptit bağı etrafında dönmesini engeller. Peptit bağları cis ve trans biçimlerinde mevcut olabilir.

Cis yapısında, alfa karbonları peptit bağının aynı tarafındadır ve trans konformasyonda bağın zıt taraflarındadır. Peptit bağları, prolinin amino grubunun bağ oluşumuna katkıda bulunduğu durumlar haricinde çoğunlukla dönüşüm yapısında meydana gelir. Peptit bağlarıyla bağlanan amino asitler bir N terminaline ve bir C terminaline sahiptir.

N-terminali, amino grubunun bir peptid bağı oluşumuna dahil olmadığı uçtur ve C-terminali, karboksil grubunun bir peptid bağı oluşumuna dahil olmadığı uçtur. Bir peptit veya proteindeki amino asit dizisi her zaman N-terminali ile başlar ve C-terminali ile biter. İki amino asit bir peptit bağı aracılığıyla birbirine bağlandığında, dipeptitler olarak bilinirler.

Üç ve dört amino asit, peptit bağları aracılığıyla birbirine bağlandığında, sırasıyla tripeptidler ve tetrapeptidler olarak bilinirler. Ve birkaç amino asit peptit bağları yoluyla birbirine bağlandığında, bunlar polipeptitler olarak bilinirler. Peptit bağları, proteazlar olarak bilinen asitler veya enzimler gibi kimyasal katalizörler kullanılarak hidroliz yoluyla hızla parçalanabilir.

Peptit bağının kırılması, bir su molekülünün eklenmesini içerir. Alternatif olarak, bu bağlar su varlığında yavaş bir işlemle kendiliğinden kopabilir.