ابدأ التحضير وتحميل خلية التدفق التي تم فحصها بجودة عالية عن طريق قلب غطاء جهاز التسلسل للخلف وتحريك غطاء منفذ التحضير في اتجاه عقارب الساعة ، وتصور منفذ التحضير. لإزالة فقاعات الهواء ، اضبط ماصة P 1000 على 200 ميكرولتر وأدخل طرف الماصة عموديا في منفذ التحضير. أدر العجلة حتى يظهر حجم صغير يدخل طرف الماصة.
قم بتحميل 800 ميكرولتر من مزيج تحضير خلايا التدفق المعد مسبقا في خلية التدفق عبر منفذ التحضير لتجنب إدخال الفقاعات. ارفع غطاء منفذ العينة وقم بتحميل 200 ميكرولتر من مزيج التحضير المتبقي في خلية التدفق عبر منفذ التحضير. لضمان خلط حبات التحميل ، أعد تعليق المزيج الرئيسي للمكتبة عن طريق السحب والتنقيط ، قم بتحميل 75 ميكرولترا إلى خلية التدفق عبر منفذ العينة.
أعد تركيب غطاء منفذ العينة برفق لضمان دخول البونغ إلى منفذ العينة. أغلق منفذ التحضير واستبدل غطاء جهاز التسلسل. للاتصال الأساسي المباشر ، استخدم Rampart.
استخدم بيئة RabV في القطب الشمالي واعمل في الدليل الذي تم إنشاؤه لإخراج Rampart. ثم اكتب الأمر Rampart للانتقال إلى المسارات المطلوبة. أولا ، بروتوكول مخطط Rampart المحدد ، والقاعدة التالية المسماة المسار ، مجلد إخراج تمرير mino fastq للتشغيل.
افتح نافذة متصفح وانتقل إلى المضيف المحلي 3000 في مربع URL. انتظر حتى يتم استدعاء البيانات الكافية قبل ظهور النتائج على الشاشة. تعرض اللوحات الثلاث الأولى مخططات موجزة للتشغيل بأكمله.
يوضح الرسم الأول عمق تغطية القراءات المعينة لكل رمز شريطي لكل موضع نيوكليوتيد على الجينوم المرجعي للفهرس. يظهر الرسم الثاني القراءات المعينة من جميع الرموز الشريطية بمرور الوقت ، ويظهر الرسم الثالث قراءات معينة لكل رمز شريطي. تظهر اللوحات السفلية صفوفا من المؤامرات لكل رمز شريطي.
يظهر اليسار عمق تغطية القراءات المعينة لكل موضع نيوكليوتيد على الجينوم المرجعي للفهرس. توزيع طول القراءات المعينة في المنتصف. تظهر نسبة مواضع النوكليوتيدات على الجينوم المرجعي للفهرس الذي يحصل على تغطية 10x و 100x و 1000x للقراءات المعينة بمرور الوقت في الزاوية اليمنى.
لتعيين النسب لتسلسلات الإجماع ، استخدم MadDog. اسحب مستودع MadDog من GitHub لضمان العمل مع أحدث إصدار. قم بإنشاء مجلد داخل مستودع MadDog المحلي الذي تم إنشاؤه مسبقا.
داخل المجلد ، أضف ملف fastA الذي يحتوي على تسلسلات الإجماع. أضف أيضا ملف بيانات تعريف إلى المجلد. تأكد من أن هذا الملف عبارة عن ملف CSV يحتوي على أربعة أعمدة تسمى المعرف والبلد والسنة والتعيين.
اسحب مستودع MadDog من GitHub لضمان العمل مع أحدث إصدار. في واجهة سطر الأوامر ، قم بتنشيط بيئة conda باستخدام أمر conda activate MADDOG. في واجهة سطر الأوامر ، انتقل إلى مجلد مستودع MadDog.
أولا ، قم بإجراء تعيين النسب على التسلسلات للتحقق من وجود تشوهات محتملة وتحديد ما إذا كان تشغيل خطوة تعيين النسب الأطول مناسبا عن طريق تشغيل تعيين sh. أمر SH. عند المطالبة ، أدخل Y لتأكيد سحب المستودع والعمل مع أحدث إصدار من MadDog.
عند المطالبة ، أدخل اسم المجلد الذي يحتوي على ملف fastA داخل مستودع MadDog. عند اكتمال تعيين النسب، تحقق من ملف الإخراج في المجلد. إذا كان الإخراج كما هو متوقع وتم تعيين تسلسلات متعددة لنفس النسب، فقم بتشغيل تعيين النسب.
أثناء تشغيل تعيين النسب، احذف ملف إخراج المهمة الذي تم إنشاؤه للتو. في المحطة الطرفية داخل مجلد مستودع MadDog ، قم بتشغيل الأمر sh designation.sh. عند المطالبة ، أدخل Y للإشارة إلى أن المستودع قد تم سحبه وأن العمل يتم باستخدام أحدث إصدار من MadDog.
عند المطالبة ، أدخل اسم المجلد داخل مجلد مستودع MadDog الذي يحتوي على ملف fastA والبيانات الوصفية. تم استخدام العينة المراد تسلسلها لسير عمل تفسير فيروس داء بنجاح في ظروف مختبرية مختلفة في البلدان الموبوءة مثل تنزانيا وكينيا ونيجيريا والفلبين. أظهر الاتصال الأساسي المباشر باستخدام Rampart إنشاء القراءات في الوقت الفعلي والنسبة المئوية للتغطية لكل عينة.
أظهر نظام تصنيف النسب والتسميات ، MadDog ، المستخدم لتجميع وتفسير تسلسلات RABV الناتجة ، التصنيف الأعلى دقة للسلالات المحلية بعد تعيين MadDog.
