معالجة الصور للخلايا العصبية mDA البشرية المشتقة من iPSC الملطخة بالفلورسنت لتوليد ملف تعريف النمط الظاهري

لمعالجة صور الخلايا العصبية الملطخة بالفلورسنت المكتسبة باستخدام مجهر مضان متحد البؤر ، استخدم برنامج ارتباط الفينول لتجزئة الصور واستخراج الميزات. في البرنامج ، قم بتحميل اللوحة المفضلة للوصول إلى البيانات وتحديد الصورة المطلوبة. لإجراء تجزئة الصورة على الصور الأولية المصححة للإضاءة ، اضبط شدة الفلورسنت لتصور القنوات المختلفة.

حدد تجريبيا عتبات شدة القناة المعنية لكل لوحة لضمان توافق الإشارة المجزأة المطلوبة مع الإشارة في الصورة الأولية وتقليل إشارة الخلفية. لفصل الخلايا الحية عن الخلايا الميتة ، حدد حجم النواة وعتبات الكثافة. قم بقياس حجم النواة بالنقر المزدوج وتصور الشدة المعروضة.

عند استخدام صور 40 X ، احتفظ بالمعلمات الافتراضية وقم بتشغيل المعالجة. مع البيانات الكمية الجدولية الناتجة ، قم ببناء ملامح النمط الظاهري لمقارنة خطوط الخلايا المختلفة أو ظروف العلاج. قم بتنفيذ دفتر ملاحظات Jupyter خلية تلو الأخرى ، باستخدام برنامج Jupyter لإنشاء ملف تعريف النمط الظاهري والتصور.

تم تقسيم الصور واستخراج ميزات النمط الظاهري. تم تحديد ما مجموعه 126 سمة كمية يمكن تجميعها في ملامح النمط الظاهري القائمة على أسس جيدة. أظهرت بعض الميزات تغييرات عند المعالجة المركبة.

على سبيل المثال ، انخفضت شدة مضان ألفا سينوكلين في هيدروكسيلاز التيروزين ، أو الخلايا الإيجابية TH ، عند العلاج بمثبط كيناز LARK2 PFE-360. ميزات أخرى ، مثل طول شبكة الخلايا العصبية MAP2 ، أو نسبة الخلايا العصبية الإيجابية TH ، قدمت اختلافات فقط بين خطوط الخلايا المختبرة ، ولكن ليس عند العلاج المركب.